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Coronaviridae

Dr HACHID.A

Cours de microbiologie
4eme année pharmacie
08 Mars 2018
I - Introduction
• La famille des Coronaviridae comprend les Coronavirus et les
Torovirus , ils tirent leurs nom de l’aspect en couronne en
microscopie électronique.
• les Coronavirus comptent un grand nombre de virus infectant
une grande variété d’espèces animales.

RbCoV

GCoV
TCoV DCoV

PCoV

TGEV
IBV
PRCV
PEDV
en bleu : PHEV
HCoV-NL63
groupe 1
en rouge : HCoV-229E
FECoV Bat-CoV
groupe 2 FIPV
SARS-CoV
en vert : HCoV-HKU1
groupe 3
SL-CoV
CCoV HCoV-OC43
CRCV

Groupe BCoV-like
SDAV

MHV
I - Introduction (suite)

• Ce sont des pathogènes importants en médecine vétérinaire,


ils sont en effet responsables de maladies graves chez
plusieurs espèces d'élevage (volaille,..)

• Les coronavirus humains déterminent essentiellement des


infections des voies respiratoires de gravité variable , d’un
rhume banal jusqu’à une pneumonie très sévère.
II. Classification
• Ordre : Nidovirales

• Famille : Coronaviridae

• Genre : Coronavirus et Torovirus.


Les Coronavirus humains (HCoV) appartiennent à 02 groupes
antigéniques Groupe 1 Groupe 2
HCoV-229E HCoV-OC43

HCoV-NL63 HCoV-HKU1

MERS-CoV SRAS-CoV

Le MERS-Cov (Middle East Respiratory Syndrome) ou Coronavirus humain du


moyen orient est un nouveau virus découvert en 2012.
II. Caractères du virus
1 Structure :
. Les coronavirus sont des particles sphériques avec un aspect en
couronne en microscopie électronique
. Taille : 80 – 150 nm
. Virus enveloppé dérivant de la membrane cytoplasmique. L’enveloppe
virale comporte 04 protéines :
- Glycoproteine S :
sous forme de spécule
- Proteine M :
protéine de membrane
transmembranaire
- Proteine E :
proteine d’enveloppe
- proteine HE :
hémagglutinine-estérase , présente uniquement chez les coronavirus du
groupe 2
. La nucleo-capside estde structure tubulaire à symétrie héliocoïdale ,
formée de la phosphoprotéine N associée au génome
 Génome : Un segment d’ARN monocaténaire de polarité positive
( ARN messager), de 27 à 32 Kb

ORF 1a : Code ARN polymerase ARN dépendante


II. Caractères du virus

2 Multiplication des Coronavirus


2.1 - Animaux sensibles :
. Les coronavirus ont un spectre d’hote spécifique.
. Néanmoins; la transmission inter espèce des souches virales est
possible ( animal -> homme) , responsable de l’émergence de
nouveaux coronavirus humain : SRAS, MERS-CoV.

2.2 Culture cellulaire :


. Les coronavirus humain sont difficilement cultivables
. Cellules sensibles après adaptation :
- MRC5 (fibroblaste humain embryonnaire) : OC43 , 229E
- LLC-MK2 (épithélium de rein de singe rhésus) : OC43, NL63
- VERO E6 (épithélium de rein de singe vert) : OC63, SRAS
. Absence d’effet cytopathogéne en culture cellulaire
2.3 – Cycle de réplication :

- Représentation du cycle de réplication -


2.3 – Cycle de réplication :
Le cycle de réplication des coronavirus est long ce déroulant
exclusivement dans le cytoplasme.
- Fixation du virus à un récepteur à la surface des cellules cibles grâce au
protéines de surface (S, HE).
- Pénétration dans le cytoplasme ce fait par endocytose : fusion des
membrane virale et cellulaire (par intermédiaire de la protéine E).
- Décapsidation et libération de l’ARN génomique dans le cytoplasme.
- Traduction initial de l’ARN génomique et synthèse de l’ARN polymérase-
ARN dépendante.
- Synthèse d’un intermédiaire de réplication (brin anti-sens de polarité
négative) complémentaire du génome.
- le brin anti-sens sert de matrice pour la synthèse de l’ARN génomique
et, des ARN messagers monocistronique ( transcription discontinue)
- Traduction des ARN messagers par les ribosomes en différentes
protéines virales.
- Assemblage des particules virales , bourgeonnement dans l’appareil de
golgi et libération dans le milieu extracellulaire .
-
2.4 Propriétés physico-chimiques:
. Les Coronavirus, de par leur caractère enveloppé, sont
inactivés avec efficacité par la plupart des détergents et
désinfectants usuels.
. Ils sont thermolabiles, inactivés en une heure à 56°C ; il est
toutefois possible à température ambiante de retrouver des
particules virales infectantes après 1 semaines en milieu sec et 2
semaines en milieu humide.
Ils sont résistants aux basses températures (4°C)
. leur résistance aux pH acides permet le passage de la barrière
gastrique .
IV. Physiopathologie des infections à Coronavirus

Les organes cibles des infections à coronavirus sont principalement


l’appareil respiratoire , rarement l’appareil digestif et le système
nerveux central.
Certains coronavirus ont un tropisme élargi et sont responsables
d’infections systémiques comme :

- SARS-CoV (virémie)
- MERS-CoV
V - EPIDEMIOLOGIE

1- Modes de transmission :
La transmission interhumaine des coronavirus ce fait par les gouttelettes
respiratoires et par voie oro-fécale , par contact direct et indirect.

2 – Données épidémiologiques :
 Les coronavirus humains classiques (HCovs : 229E, NL63, OC43,
HKU1 )

 Ils sont ubiquitaire et de distribution mondiale.


 Ils sont responsables d’épidémies hivernales survenant principalement
dans de petites communautés (internats, écoles, familles…)
 Exposition aux coronavirus classiques ce fait durant la petite enfance
 SRAS-Cov

 Virus épidémique de 2002 à 2003 ( 1er cas en Chine , fin épidémie


Juillet 2003).

 Diffusion mondiale rapide favorisée par les voyages internationaux.

 Le virus SRAS-CoV était à l’origine d’une épidémie touchant plus de


8000 personne avec 774 cas de décès.

 Origine de Virus : Chauve souris , avec les rongeurs comme hôte


intermédiaire.
 MERS-Cov
 Il s’agit d’un nouveau virus humain apparu pour la première fois en
Jordanie en Avril 2012.

 Il est responsable d’une épidémie toujours en cours de progression


dont la plupart des cas reste essentiellement localisés en Moyen-Orient,
surtout l’Arabie-saoudite.

 Les cas importés sont tous liés au Moyen-Orient.

 Jusqu’à Décembre 2017 , plus de 2127 cas recensés dans 27 pays


avec au moins 757 décès

 Le réservoir du virus semble être le dromadaire ?


Distribution mondial des MERS-Cov
Dynamique de l’épidémie MERS-Cov :
- Cas importés par voyages internationaux
VI – Pouvoir pathogène
 Les coronavirus humains classique (HCovs : 229E, NL63,
OC43, HKU1 )
• Le plus souvent ,sont responsables d’infections des voies
respiratoires supérieurs chez les enfants. Ils sont des agents du
rhume commun.
• Ils sont associés à des Infections respiratoires basses (pneumonie,
bronchiolite,..) chez les personnes vulnérables :les immunodéprimés,
personnes âgées et jeunes enfants.

 SRAS-Cov
SRAS=Syndrome Respiratoire Aigu Sévère
• Pneumonie atypique sévère ( incubation 2-10 j)
• Morbidité et mortalité élevée , surtout chez les adultes :
- Détresse respiratoire avec réanimation dans 20-30 % des cas
- Mortalité 10-15 % , plus élevée chez >60 ans.
 MERS-Cov
• Responsable d’une infection respiratoire aigue sévère ( incubation >10 j)
• Il s’agit d’une affection à Fort pouvoir pathogène : pneumonie sévère,
insuffisance rénale et défaillance multi viscérale.
• Formes graves chez les personnes avec diabète, insuffisance rénale,
affection pulmonaire chronique ou immunodéprimés
• Virulence importante : 1/3 des cas symptomatiques décèdent
VII – DIAGNOSTIC VIROLOGIQUE

1 – Indication :
Le diagnostic des infections à coronavirus n’est pas toujours
indispensable. Par contre, il trouve son importance devant les cas
suivants :

- Infections respiratoires basses de pronostic sévère.

- Suspicion d’une infection respiratoire aigue à MERS-CoV.

- Enquêtes épidémiologiques pour infections respiratoires haute et


basse.
2 – Prélèvement :
 Type de prélèvement
 Liquide de lavage broncho-alvéolaire (LBA) dans un tube stérile
 Aspiration naso-pharyngé dans un milieu de transport pour virus
 Ecouvillonn age naso ou oro-pharyngé (NP ou OP) dans un milieu de
transport pour virus.
N.B : Le meilleur prélèvement pour le diagnostic des infections
respiratoires à coronavirus est le LBA. Si LBA est impossible à réaliser,
faire un prélèvement des voies respiratoires hautes (NP ou OP).

 Transport
 Les prélèvements doivent être acheminés immédiatement au
laboratoire dans une glacière ( à défaut , garder au max 48 heures à
+04 C° ).
 La Fiche de renseignement est obligatoire ( âge, sexe, hôpital,,
clinique, notion de voyage….)
3 – Techniques :

RT-PCR
4 – Diagnostic en routine :
 Détection directe

 La technique la plus utilisé pour le diagnostic des infections à


coronavirus est la détection d’ARN viral par RT-PCR
 Il existe plusieurs variantes de RT-PCR :
- RT-PCR simplex : détection d’un seul type de coronavirus
- RT-PCR multiplex : détection de plusieurs type de coronavirus à la
fois.

 La détection d’antigène viraux à partir des prélèvements respiratoires


par techniques immunofluorescence ou ELISA est simple et rapide. Elle
n’est pas adapté en routine par manque de réactifs commercialisés.
IV – Traitement / prévention
 Il n’existe ni traitement curatif ni de vaccin contre les infections humaines
à coronavirus

 En cas de suspicion d’une infection respiratoire à MERS-CoV, la prise


en charge du patient est réalisé dans un service de soins intensifs. La
prévention est basée sur :
- Isolement des cas suspects et/ou confirmés ( prévention des cas
secondaires).
- Mesures individuelles d’hygiène respiratoire (masque respiratoire) et
des mains ( lavage / solution hydro-alcoolique).
- Port obligatoire des lunettes de protection.
En cas de voyage en zone d’endémie pour MERS-COV ( Arabie
Saoudite,..etc) , les mesures suivantes sont recommandées:
- Mesures individuelles d’hygiène respiratoire : lavage fréquents des
mains, port de masque respiratoire ( lieu de rassemblement ,…).
- Mesures d’hygiène alimentaire : éviter lait cru et viande
insuffisamment cuite du chameau ( surtout sujet avec diabète , IR,ID…).