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Dr HACHID.A
Cours de microbiologie
4eme année pharmacie
08 Mars 2018
I - Introduction
• La famille des Coronaviridae comprend les Coronavirus et les
Torovirus , ils tirent leurs nom de l’aspect en couronne en
microscopie électronique.
• les Coronavirus comptent un grand nombre de virus infectant
une grande variété d’espèces animales.
RbCoV
GCoV
TCoV DCoV
PCoV
TGEV
IBV
PRCV
PEDV
en bleu : PHEV
HCoV-NL63
groupe 1
en rouge : HCoV-229E
FECoV Bat-CoV
groupe 2 FIPV
SARS-CoV
en vert : HCoV-HKU1
groupe 3
SL-CoV
CCoV HCoV-OC43
CRCV
Groupe BCoV-like
SDAV
MHV
I - Introduction (suite)
• Famille : Coronaviridae
HCoV-NL63 HCoV-HKU1
MERS-CoV SRAS-CoV
- SARS-CoV (virémie)
- MERS-CoV
V - EPIDEMIOLOGIE
1- Modes de transmission :
La transmission interhumaine des coronavirus ce fait par les gouttelettes
respiratoires et par voie oro-fécale , par contact direct et indirect.
2 – Données épidémiologiques :
Les coronavirus humains classiques (HCovs : 229E, NL63, OC43,
HKU1 )
SRAS-Cov
SRAS=Syndrome Respiratoire Aigu Sévère
• Pneumonie atypique sévère ( incubation 2-10 j)
• Morbidité et mortalité élevée , surtout chez les adultes :
- Détresse respiratoire avec réanimation dans 20-30 % des cas
- Mortalité 10-15 % , plus élevée chez >60 ans.
MERS-Cov
• Responsable d’une infection respiratoire aigue sévère ( incubation >10 j)
• Il s’agit d’une affection à Fort pouvoir pathogène : pneumonie sévère,
insuffisance rénale et défaillance multi viscérale.
• Formes graves chez les personnes avec diabète, insuffisance rénale,
affection pulmonaire chronique ou immunodéprimés
• Virulence importante : 1/3 des cas symptomatiques décèdent
VII – DIAGNOSTIC VIROLOGIQUE
1 – Indication :
Le diagnostic des infections à coronavirus n’est pas toujours
indispensable. Par contre, il trouve son importance devant les cas
suivants :
Transport
Les prélèvements doivent être acheminés immédiatement au
laboratoire dans une glacière ( à défaut , garder au max 48 heures à
+04 C° ).
La Fiche de renseignement est obligatoire ( âge, sexe, hôpital,,
clinique, notion de voyage….)
3 – Techniques :
RT-PCR
4 – Diagnostic en routine :
Détection directe