VIRUS DE L’HEPATITE C

COURS CES MICROBIOLOGIE

2018-2019
 Les hépatites

• Inflammations du foie
• Causes:
• virales:
• A et E
• B (+Delta) et C
• autres
• toxiques: médicaments, produits chimiques,…
• auto-immunes
• cryptogénétiques
 Les virus des hépatites
Les virus des hépatites sont hépatotropes,
ils sont responsables d'hépatites (élévation des ALAT)

VHA VHB VHC VHD VHE

(delta)

Famille Picornaviridae Hepadnaviridae Flaviviridae “viroïde” Hepeviridae

ARN ADN ARN ARN ARN

Génome simple brin partiellement simple brin simple brin simple brin
polarité + double brin polarité + circulaire polarité +

Enveloppe Non Oui Oui “Oui” Non

utilise Env VHB (AgHBs)

Transmission Fécale-orale Parentérale Parentérale Parentérale Fécale-orale

Hépatites 0,1% 0,1-1% Exceptionnelles 2-10% 1-3% (malnutrition)

fulminantes >2% chez >40 ans (co-infection B+D) 10-20% (grossesse)

Hépatites Non Oui Oui Oui Non (I°compétents)

chroniques 5-10% chez adultes 65-85% 60-80% (sur-infection) Oui (60% I°déprimés)
>90% chez nvx-nés

Vaccin Oui Oui Non “Oui” Non

par vaccin contre VHB (Oui en Chine 2012)

Les virus des hépatites ne se cultivent pas (ou très mal),

donc le diagnostic ne repose jamais sur l’isolement viral
 Virus de l’Hépatite C

• Famille : Flaviviridae

•Genre : Hepacivirus

- virus enveloppé
- virus à ARN simple brin de polarité positive  « ARN messager »
- réplication purement intra-cytoplasmique : clivage d’une poly protéine par
des enzymes cellulaires et virales
- aucune forme de latence connue
- aucune intégration dans le génome cellulaire
 Cycle de multiplication du VHC

Huh-7.5.1
Hépatocyte

Noyau RE
2. Traduction

1. Entrée
« Membranous
4. Assemblage 5. Sécrétion
web »
ARN(+)
Gouttelette
ARN(-) lipidique
ARN(-) cytosolique

3. Réplication Réplication cytoplasmique

ARN du VHC
Pas d’intermédiaire ADN
Pas d’intégration possible dans le sérum
Hépatite C : virus et marqueurs

Propriétés de l’ARN polymérase du VHC

• Erreurs au cours de la réplication

• Fréquentes
• -4 -5
10 -10 mutations par nucléotide copié au cours de la réplication du VHC
• Spontanées
• Au hasard

• Absence d’activité exonucléasique 3’5’

("proofreading")
• Accumulation de mutations sur le génome

• Processus de sélection, à l’origine de :

• La diversification des génotypes et des sous-types
• La distribution en quasi-espèces
 EPIDEMIOLOGIE

170 millions de porteurs chroniques

 3 % de la population mondiale
Au moins 6 Génotypes dont 1-2 et 3 prédominent
dans les pays industrialisés
The Global Burden of HCV Infection

• Approximately 170 million people are chronically infected

with HCV
• HCV is responsible for >350,000 deaths per year
worldwide
- 60,000 in Europe
- >7,500 in the US

• Up to 85% of HCV-infected patients are unaware of their

status
- 50.3% in the US
- 42.6% in France (i.e., 100,000 persons)

• Less than 10% of the HCV-infected population has

received treatment in the US
170 million people worldwide
Il existe une variabilité génomique du VHC liée au taux d'erreurs de l'ARN
polymérase qui définit des génotypes et des quasi-espèces.
Virus à ARN = taux de mutations élevé
Pas d'activité correctrice d'erreurs de la polymérase

Les génotypes viraux sont des marqueurs épidémiologiques :

Les génotypes 1, 2 et 3 sont ubiquitaires,
Le génotype 4 est retrouvé surtout en Afrique Centrale et en Egypte,
Le génotype 5 en Afrique du Sud et le génotype 6 en Asie.

Ce sont aussi des Indicateurs de sensibilité aux traitements : les génotypes 1
sont généralement moins sensibles.
Modes de transmission:
Modes de contamination:
contact avec le sang

• Transfusions sanguines
• Injections: médicales,
toxicomanie intraveineuse
• Gestes médicaux invasifs:
chirurgie, fibroscopie, …
• Tatouages, acupuncture,
• Mère-enfant
• Sexuelle
 Usagers de drogues IV

 Principal vecteur dans les pays occidentaux.

 Prévalence des Ac anti-VHC chez les toxicomanes : 70%
 Échange de seringues sans oublier l’échange de pailles
et le partage du matériel.
 Piercing et tatouage
 Risque diminué avec l’utilisation de
matériel à usage unique mais risque
de transmission via l’encre qui est
rarement individuelle
 Prévalence des Ac anti VHC* :
- tatouage : 2,23 %
- piercing : 1,66 %
 hijama
 Transmission nosocomiale

hémodialyse (séro-prévalence : 10-65%)+++

endoscopie digestive avec biopsie
cathétérisme cardiaque
transplantation d’organes
soins dentaires+++
 la transmission verticale (mère/enfant)

Transmission certaine, mais d’amplitude très variable selon le

statut maternel :
.5% pour les mères VHC virémiques, VIH négatives
.20-30% pour les mères VIH positives.

Transmission pendant l’accouchement et non in utero.

Transmission pourrait diminuer en cas de césarienne programmée

(mais Les études sont encore insuffisantes pour recommander la pratique systématique
d’une césarienne).
 Inconnu?:

• Le virus se transmet essentiellement par le sang

• Le partage d’objets de toilettes peut mettre en contact
avec du sang contaminé (rasoir, brosse à dent, peigne,
pince à épiler, coupe ongles,...)
Histoire naturelle:
Histoire naturelle de l’infection par le VHC
Infection aiguë
90% asymptomatique, 10% symptomatique

25% 75%

Guérison Infection chronique

> 90% hépatite chronique, de gravité variable
Disparition de l’ARN viral Persistance de l’ARN viral
dans le sérum dans le sérum

20%

Cirrhose hépatique
3-5% par an

Carcinome hépatocellulaire

Manifestations extra-hépatiques :
• cryoglobulinémies
• lymphomes
• diabète de type II
• …
 The main differences between HIV, HBV and
HIV 1HBV
HCV HCV 1,2 1,3

Host cell Host cell Host cell HCV RNA

cccDNA
Host DNA
Host DNA H Host DNA H H
Proviral DNA Integrated DNA
Nucleus Nucleus Nucleus

Life-long suppression Long-term suppression Definitive viral clearance

of viral replication of viral replication and SVR

Adapted from 1. Sorriano V, et al. J Antimicrob Chemother 2008;62:1-4. 2. Locarnini S and Zoulim F. Antiviral Therapy 2010;15 (suppl 3):3-14. 3.
Sarrazin C and Zeuzem S. Gastroenterology 2010;138:447-462.
 Histoire naturelle
• Peu de guérison spontanée de l’infection
• 20 à 30 % des patients évoluent vers la cirrhose
• En moyenne 25 ans après la contamination
Pas de
symptômes
Carcinome
Infection Infection Cirrhose hépatocellulaire
par le VHC chronique 20% 1 à 4 %/an
50-85%
Ictère
20 à 30%

1 à 2 mois 6 mois 10 à 30 ans

INCUBATION PHASE AIGUË PHASE CHRONIQUE

Virus de l’Hépatite C
IV. Diagnostic:
Diagnostic de l’infection, en deux étapes :
1. Première étape:

la recherche d’un contact viral par la détection d’anticorps anti –VHC

doit toujours être la première démarche :

- fenêtre sérologique longue, en moyenne 66 jours (38 à 94)

- technique ELISA
- une positivité (répétable) doit être confirmée :
. sur un autre prélèvement
. et par une AUTRE TROUSSE ELISA.
- NB : fenêtre raccourcie par test combiné Ac-Ag
2. Deuxième étape:

la détection d’ARN/HCV affirme la réplication virale et l’infection

actuelle :
PCR en temps réel ( 12-15 UI/ml)+++

- la persistance de détection d’ARN/HCV > 6 mois

affirme la chronicité de l’infection
 Evolution des marqueurs d’infection par le VHC
1) Guérison spontanée

ARN viral sérique

Anticorps anti-VHC

ALAT
 Evolution des marqueurs d’infection par le VHC
2) Hépatite C chronique

ARN viral sérique

Anticorps anti-VHC

ALAT

Traitement : - Interféron pégylé + Ribavirine (+/- DAA)

- Combinaison de DAAs (+/- Ribavirine)
Cas particuliers:
chez le nouveau-né de mère HCV + et ARN/HCV + :

• Présence d’anticorps passifs

• Détection d’ARN/HCV vers 2/3 mois d’âge (des faux
négatifs ont été décrits plus tôt)
• Renouvelée vers après > 6 mois si positive, pour faire le
diagnostic d’infection chronique
Chez un sujet immunodéprimé, en l’absence d’anticorps :

• penser à une détection de l’ARN/HCV si la sérologie est négative

•C’est le cas :
• lors du bilan de l’infection par HIV avec ID marquée et/ou
élévation des transaminases
• chez les hémodialysés ?
chez un sujet séro-positif et ARN/HCV non détectable :

• Répéter la détection d’ARN après environ 6 mois pour

affirmer l’éradication de l’infection
 tests virologiques
pré-thérapeutique

Génotypage

Charge virale
 1. le typage du virus

- le typage du virus est toujours nécessaire :

- 6 génotypes principaux (de 1 à 6)

- sérotypage:par typage sérologique des anticorps

- ou génotypage: étude de l’ARN/HCV après amplification :

. Par hybridation (méthode LIPA)

. Par PCR en temps réel

. ou par séquençage (référence région NS5B)

2. la quantification de l’ARN circulant ( charge virale )

point de départ pour la prédiction précoce d’une possible

réponse, en cours de traitement
 Résumé des tests pour HCV

Decision de traiter

Identification
Diagnostic et and
bilanPlanning Traitement

Diagnostic Stade Prognostic Durée du Suivi de la

traitement réponse
• Serologie • Test non • Genotype • Quantification ou
Test • Quantification
• Detection invasif détection ARN
ARN • Biopsie ARN
hépatique
Indications de la recherche de l’ARN du VHC dans le sérum

Sérologie VHC positive

- Diagnostic chez les nourrissons nés de mères ayant une hépatite C
- Diagnostic d’hépatite C actuelle +++
- Suivi de l’efficacité thérapeutique (réponse virologique) +++

Sérologie VHC négative

- Suivi d’un accident d’exposition au sang
- Diagnostic devant une hépatite aiguë due ni au VHA ni au VHB
- Diagnostic devant une hépatite chronique de cause inconnue
(immunodéprimés, hémodialysés,… )

Sérologie VHC douteuse

- Diagnostic d’hépatite C actuelle
 Stratégies de diagnostic

Diagnostic sérologique

Face à une suspicion d'hépatite à VHC, on pratique de la façon suivante :

dépistage du VHC par sérologie : recherche d'anticorps totaux anti VHC par ELISA.
Si le résultat de la sérologie est positif ou douteux :
confirmation sérologique sur un nouvel échantillon avec une autre technique ELISA : recherche
d'anticorps totaux anti VHC par ELISA.

Confirmation de l'infection par le VHC

Si le résultat de la sérologie confirme la présence d'anticorps anti-VHC, il faut affirmer la présence

du virus chez le patient :
recherche du génome viral dans le sérum par RT-PCR quantitative
Traitement
The endpoint of therapy is an SVR, defined by
undetectable HCV RNA in serum or plasma 12
weeks (SVR12) or 24 weeks (SVR24) after the end of
therapy
Historique du traitement de l’hépatite chronique C

Malades (% )
80

61 %
60

41 % 54 %
40 39 %

20 17 %
25 %

0
IFN IFN PEG-IFN PEG-IFN
monothérapie + ribavirine monothérapie + ribavirine
Hépatite C : Virus et Marqueurs

Cycle Viral du VHC & Cibles des DAAs

Lange et al., EMBO Mol Med 2014;6(1):4-15.

 Génome et protéines du VHC
DAA = « direct acting antivirals »

ARN linéaire, simple brin, de polarité positive

5’NC 3’NCR
R Phase ouverte de lecture

Polyprotéine
protéase ARN polymérase
ARN-dépendante
N
S
C E1 E2 p7 NS2 NS3 4
A
NS4B NS5A NS5B

Telaprevir (IncivoR)
Depuis 2011
Boceprevir (VictrelisR)
Depuis 2014 : Simeprevir (OlysioR) Daclatasvir (DaklinzaR) Sofosbuvir (SovaldiR) …
Paritaprevir Ledipasvir Dasabuvir (ExvieraR)
Grazoprevir Ombitasvir …
… …
Inhibiteurs de Inhibiteurs de Inhibiteurs de
protéase NS5A polymérase :
nucléos(t)idiques non nucléosidiques

Combinaison fixe Ledipasvir+Sofosbuvir (HarvoniR)

 Bilan pré-thérapeutique

Evaluation de la sévérité hépatique de l’hépatite C

- évaluation de la fibrose hépatique
* ponction-biopsie hépatique
* tests non invasifs
- facteurs d’aggravation de la fibrose hépatique
* sexe masculin, âge élevé lors de la contamination
* immunodépression (co-infection VIH, transplantation d’organes)
* consommation d’alcool, co-infection VHB
* syndrome métabolique

Evaluation de la sévérité non-hépatique de l’hépatite C

- manifestations extra-hépatiques
- état de santé du patient

Génotypage du VHC
- choix du traitement
Ex : inhibiteurs de protéase actuels non actifs sur le génotype 3
- génotype 3 : facteur d’aggravation de l’histoire de la maladie
De nombreuses molécules sont actives contre le VHC et de mieux en mieux tolérées
1. Les cibles virales des traitements :
 la protéase NS3/NS4a
Paritaprevir/ritonavir
Grazoprevir
Voxilaprevir
Glecaprevir
 la polymerase NS5B
Sofosbuvir
Dasabuvir

 la phosphoprotéine NS5a

Daclatasvir
Ledipasvir
Ombitasvir
Elbasvir
Velpatasvir
2. Une association médicamenteuse à connaître avec ses effets secondaires : Sofosbuvir + Velpatasvir pendant 12 semaines
3. Les réponses attendues aux traitements
Réponse virale prolongée : quantification de l'ARN viral indétectable 6 mois après l'arrêt du traitement.
Rebond virologique : quantification de l'ARN viral indétectable pendant le traitement et se positivant dans les 6 mois suivant l'arrêt du
traitement.
Échec thérapeutique : quantification de l'ARN viral détectable pendant le traitement
 Indications de la quantification de l’ARN du VHC
(charge virale)
Efficacité de réponse au traitement
Réponse

ARN viral sérique

ARN viral sérique

Interféron pégylé Interféron pégylé Absence
Traitement
+ Ribavirine Traitement
+ Ribavirine
virologique de réponse
prolongée virologique
= « soutenue »
Baisse
6 mois < 2 log
Baisse
> 2 log 3 mois
Détection
50 UI/mL Détection
50 UI/mL
Seuil Seuil

Mois Mois

- Mesure pré-thérapeutique
ARN viral sérique

ARN viral sérique

Interféron pégylé
Echappement Interféron pégylé Rechute
+ Ribavirine + Ribavirine
virologique
- Mesure à S4 (si indétectable = « réponse virologique rapide ») virologique

- Mesure à S12

- Mesure à la fin du traitement

- Mesure
Détection
50 UI/mL (3 mois et/ou) 6 mois après la fin du
50 traitement
Détection
UI/mL
Algorithme de prise en charge de l’hépatite C

Hépatopathie chronique
Hépatopathie chronique
ou facteurs de risque
Recherche d’anticorps anti-VHC
Hépatite chronique C
Recherche de l’ARN du VHC
Génotypage du VHC Confirmation par un
Hépatite chronique C test différent
sur un 2e sérum+++
Bilan hépatique et
extra-hépatique

Décision de traitement
Choix du traitement

Quantification de la charge virale :

- avant traitement
- à 4 semaines de traitement (S4)
- à 12 semainesde traitement (S12)
- à la fin du traitement
- 3 mois après la fin du traitement (S+12)
- 6 mois après la fin du traitement (S+24)

Résultat escompté :
réponse virologique prolongée
(témoin d’une éradication virale)