Planchage N 7 : Infections cardiaques/ septicémies

Question n 6 : Bactériémie à Bacilles à Gram négatif

08/10/2020
Dr. BENREBRIT Djezila
Résidente en 3ème année en microbiologie médicale
Terrain de stage : CHU Tlemcen
Adresse mail : djezila.benrebrit@hotmail.com

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 Plan
I. Introduction
II. Définitions
1. Bactériémie
2. Sepsis
3. Choc septique
III. Classification des bactériémies
1. Transitoires
2. Continue
3. Intermittentes
IV. Epidémiologie
V. Mécanismes physiopathologiques
VI. Manifestations cliniques
VII. Agents étiologiques
A. Escherichia coli et autres entérobactéries :
1. Rappel bactériologique
2. Porte d’entrée
B. Escherichia coli responsable de méningites –septicémies (MNEC : Meningitis Neonatal
E.Coli)
1. Rappel bactériologique
2. Porte d’entrée
3. Pouvoir pathogène
4. Sensibilité aux antibiotiques
C. Salmonella sérotype Typhi et Parathyphi :
1. Rappel bactériologique
2. Porte d’entrée
3. Pouvoir pathogène
4. Aspect clinique
5. Sensibilité aux antibiotiques
D. Pseudomonas aeruginosa :
1. Rappel bactériologique
2. Porte d’entrée
3. Pouvoir pathogène
4. Sensibilité aux antibiotiques
E. Haemophilus influenzae type b :
1. Rappel bactériologique
2. Porte d’entrée
3. Pouvoir pathogène
4. Sensibilité aux antibiotiques
F. Brucella spp :
1. Rappel bactériologique
2. Porte d’entrée
3. Pouvoir pathogène
4. Aspect clinique
5. Sensibilité aux antibiotiques
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VIII. Diagnostic au laboratoire
1. Hémoculture
A. Définition
B. Objectifs
C. Milieux d’hémoculture
D. Systèmes
E. Prélèvement
a) Indications
b) Mode de prélèvement
c) Moment du prélèvement
d) Nombre et volume
e) Acheminement
f) Fiche de renseignement
F. Traitement des prélèvements
a) Examen microscopique
b) Ensemencement
c) Identification et antibiogramme
G. Interprétation
a) Hémoculture positive à Bacille à Gram négatif
b) Hémoculture négative
c) Cas de Brucellose
2. Sérologie
A. Sérologie de Brucella spp
B. Sérologie Salmonella (abondonné)
3. Techniques d’amplification génique
IX. Conclusion

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 I. Introduction :
Les bactériémies sont une cause majeure de morbidité et de mortalité malgré la disponibilité d’un
nombre important de molécules antibiotiques et les progrès dans les soins médicaux.
Les bactériémies à Bacilles à Gram négatif posent un problème significatif en milieu hospitalier et
communautaire. De plus ces microorganismes posent de sérieux problèmes thérapeutiques en
raison de l’augmentation de l’incidence des souches multi résistantes.

II. Définitions :
1. Bactériémies :
La bactériémie correspond à la présence de micro-organismes dans le sang circulant qui est
normalement stérile.
2. Sepsis (nouvelle définition 2016 dans Référentiel en microbiologie médicale 6 ème édition
2018):
Dysfonction d’organe mettant en jeu le pronostic vital due à une réponse inappropriée de
l’hôte à une infection.
3. Choc septique :
Sepsis avec défaillance circulatoire ou métabolique ou cellulaire.

III. Classification des bactériémies :

Actuellement, trois types de bactériémies peuvent être distingues :
 transitoires : qui correspondent a des décharges brèves de bactéries dans le sang, sans
manifestations cliniques et spontanément résolutives ;
 continues : qui correspondent a des décharges continuelles qui se rencontrent notamment
lors d'endocardites ou en cas de brucellose ou de fièvre typhoïde ;
 intermittentes : qui correspondent a des décharges bactériennes répétées a la suite
d'infections diverses.

IV. Epidémiologie :
Prévalence: Les bacilles à Gram négatif sont la cause approximativement du quart jusqu’à la moitié
des bactériémies. Ceci dépend de la région géographique, que l’infection soit nosocomiale ou
communautaire, et des facteurs de risque des patients.
Bactériémies nosocomiales : Alors que, dans les années 1990, le rapport bactéries a Gram
négatif/bactéries a Gram positif isolées des hémocultures tendait à s'équilibrer, nous avons assiste
a une modification de ce rapport ces 15 dernières années en Europe, voyant les bactéries à Gram
positif revenir en tête.

V. Mécanisme physiopathologique :
- La bactériémie survient presque toujours d’une complication d’une infection localisée.
- La présence des bactéries ou leurs composants dans le sang peut stimuler une réponse
inflammatoire systémique.
- Le lipopolysacharide (endotoxine), composant des parois cellulaires des Bacilles à Gram négatif,
peut entrainer un choc septique (également connu sous le nom de choc endotoxique).
- La présence de l’endotoxine conduit à l’activation de diverses cascades inflammatoires.
- La libération de cytokines entraine une vasodilatation et l’augmentation de la perméabilité
vasculaire, provoquant une chute de la pression artérielle : c’est le choc septique.
- L’activation de la cascade de coagulation peut entrainer la coagulopathie intravasculaire
disséminée avec saignement et thrombose simultanément.
- Une endotoxémie peut survenir en l’absence de bactéries cultivables dans la circulation sanguine
dans le cas ou les Bacilles à Gram négatif qui provoquent l’infection se retrouvent dans une autre
localisation.

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VI. Manifestations cliniques :
Fièvre, avec ou sans frissons.
Complications : désorientation, hypotension et insuffisance respiratoire qui sont généralement
signes que le patient peut développer un choc septique qui est observé chez environs 25% des
patients présentant une bactériémie à BGN.
Les patients peuvent rarement présenter des signes de coagulation intra vasculaire disséminée tels
que des pétéchies et purpura.

VII. Agents étiologiques :

A. Escherichia coli et autres entérobactéries :
1. Rappel bactériologique :
Les Enterobacteriaceae sont des bacilles à Gram négatif, immobiles ou mobiles par une
ciliature peritriche, de culture aisée, aéro-anaérobies facultatifs, fermentaires, oxydase
négative, nitrate réductase positive.
2. Porte d’entrée :
a. En communautaire :
- Infections du tractus urinaire.
- Intra abdominal : angiocholite, appendicite.
b. En milieu hospitalier :
- Pneumonie nosocomiale.
- Bactériémie sur cathéter.
- Bactériémie sur sonde urinaire.
- Chirurgie digestive
B. Escherichia coli responsable de méningites –septicémies (MNEC : Meningitis Neonatal
E.Coli) :
1. Rappels bactériologiques :
Bacilles à Gram négatif mobiles par une ciliature peritriche, de culture aisée, aéro-
anaérobies facultatifs, fermentaires, oxydase négative, nitrate réductase positive.
2. Porte d’entrée :
Passage du nouveau né à travers la filière génitale ou plus rarement par voie trans
placentaire.
3. Pouvoir pathogène :
Environ 80% des souches isolées synthétisent une capsule polysaccharidique de type
K1 qui a un pouvoir pathogène par son activité anti phagocytaire.
Possède un système de captation de fer et des sidérophores.
4. Sensibilité aux antibiotiques :
Naturellement sensible aux antibiotiques actifs sur les bactéries à Gram négatif.
C. Salmonella sérotype Typhi et Parathyphi :
1. Rappel bactériologique :
Appartenant à la famille des Entérobactéries, c’est un bacille à Gram négatif mobile
par une ciliature peritriche, de culture aisée, aéro-anaérobie facultatif, fermentaire,
oxydase négative, nitrate réductase positive.
2. Porte d’entrée :
Réservoir strictement humain.
Ingestion d’eau ou d’aliments ayant subi une contamination fécale d’origine humaine.
3. Pouvoir pathogène :
- Septicémie à point de départ lymphatique
-Facteurs de virulence : Fimbrae, adhésines, LPS, flagelles permettent de traverser la
couche de mucus recouvrant l’épthélium intestinal.

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 - Mécanismes d’échappement à la bactéricidie  Survie dans les macrophages 
dissémination.
- Localisation dans la vésicule biliaire  réinfection continue de l’intestin.
4. Aspect clinique :
Incubation : 1 à 2 semaines.
Fièvre continue avec céphalées, anorexie, douleurs abdominales, diarrhée ou
constipation.
Taches rosées lenticulaires et hépato-splénomégalie.
5. Sensibilité aux antibiotiques :
Naturellement sensible aux antibiotiques actifs sur les bactéries à Gram négatif.
D. Pseudomonas aeruginosa :
1. Rappels bactériologiques :
Bacille à Gram négatif, aérobie strict, non fermentaire, oxydase positive, mobile par
une ciliature polaire, oxydant ou non le glucose. Peut respirer les nitrates en
anaérobiose.
2. Porte d’entrée : en milieu hospitalier
- Infections nosocomiales principalement les pneumonies chez les patients ventilés.
- Sur sonde urinaire.
- Chirurgie digestive
3. Pouvoir pathogène :
Le mécanisme de la translocation digestive chez le sujet neutropénique, mécanisme
qui permet des décharges bactériémiques à partir de la flore intestinale du malade.
4. Sensibilité aux antibiotiques :
Les antibiotiques habituellement actifs contre P. aeruginosa sont peu nombreux et
d'usage hospitalier. ß-lactamines : pipéracilline (associée à l'inhibiteur de ß-lactamase
tazobactam), ceftazidime, céfépime, ceftolozane (associé au tazobactam), ceftazidime
(associée à l'inhibiteur de ßlactamase avibactam), aztréonam, imipénème et
méropénème. Aminosides : tobramycine et amikacine. Fluoroquinolones :
ciprofloxacine. Polymyxines : polymyxine B et colistine. Autres : fosfomycine
E. Haemophilus influenzae type b :
1. Rappels bactériologiques :
Petits bacilles à Gram négatif, immobiles et non sporules, aéro-anaérobies facultatifs,
dont l'aspect polymorphe peut aller du coccobacille a des formes filamenteuses.
2. Porte d’entrée :
- Méningites, épiglottite.
- Essentiellement chez les enfants de moins de 5 ans.
3. Pouvoir pathogène :
- Facteurs de virulence : Capsule polysaccharidique, pili , fimbriae, facteurs d’adhésion
aux cellules épithéliales. Secrétion d’IgA protéases extracellulaire.
4. Sensibilité aux antibiotiques :
Les espèces du genre Haemophilus sont naturellement sensible in vitro aux β-
lactamines, aux quinolones, cyclines, rifamycines, sulfamides, trimethoprime,
phénicolés, fosfomycine, aminosides, nitrofuranes et même à la mupirocine.
F. Brucella spp :
1. Rappels bactériologiques :
Bactéries intracellulaires facultatives. Ce sont des coccobacilles à Gram négatif,
aérobies stricts, catalase positive, oxydase habituellement positive.
La plupart des souches isolees en pathologie humaine produisent une uréase d'action
rapide et intense.

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 2. Porte d’entrée :
L'homme peut se contaminer soit directement par voie cutaneomuqueuse au contact
d'animaux infectés (maladie professionnelle), soit indirectement par voie digestive
(lait, fromage) ou par inhalation de poussière ou d'aérosol de litière.
Les contaminations de laboratoire représentent une des sources majeures d'infection.
5. Pouvoir pathogène :
Phase aigue : septicémie d’origine lymphatique.
Incubation 1 à 3 semaines. Peut être plus longue.
Phase subaigue avec bactériémie intermittente et des localisations secondaires.
Forme chronique se défini par une forme prolongée au-delà d’un an.
6. Aspect clinique :
Fièvre ondulante, correspondant aux décharges bactériémiques.
Tableau pseudo-grippal : fièvre, sueurs, anorexie, asthénie, céphalés, myalgies,
arthralgies, adénopathies, splénomégalie, hépatomégalie.
7. Sensibilité aux antibiotiques :
In vitro, les Brucella sont sensibles à certaines bêta-lactamines : les pénicillines A, les
céphalosporines de troisième génération, l’imipénème. Les macrolides sont
modérément actifs. Le chloramphéncol est peu actif.
Les antibiotiques les plus actifs sont les aminosides, les tétracyclines, la rifampicine et
les fluoroquinolones.

VIII. Diagnostic au laboratoire :

1. Hémoculture
A. Définition :
Le diagnostic de la bactériémie se fait grâce à une hémoculture, prélèvement qui consiste à
mettre en culture du sang circulant qui est normalement stérile.
B. Objectifs d’une hémoculture :
 Affirmer la présence de bactéries.
 Orienter la recherche du foyer infectieux indéterminé.
 Diagnostic des infections sur cathéter ou matériel implanté.
 Apporter une aide à la conduite du traitement antibiotique le cas échéant.
C. Milieux d’hémoculture :
On ensemence généralement deux flacons pour chaque prélèvement, un flacon aérobie
et un flacon anaérobie.
Pseudomonas aeruginosa en présence de nitrates peuvent cultiver en anaérobiose.
D. Systèmes :
a. Systèmes manuels :
Ces flacons contiennent un milieu liquide nutritif et sont incubes à 35 à 37 °C à
l'étuve pendant 7 jours en général.
b. Systèmes automatisés :
Ces systèmes sont des appareils qui assurent en continu et simultanément la
surveillance, l'agitation, et l'incubation, de tous flacons d'hémocultures
introduits.
Lors de sa croissance, la bactérie produit du CO2, induisant soit une baisse du
pH, soit une modification de la pression a l'intérieur du flacon qui sera détectée.
Ainsi, une incubation de 5 jours est suffisante pour des flacons incubes à 35 °C
sous agitation douce dans les automates.
E. Prélèvement :
a. Indications :

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 Toute fièvre inexpliquée accompagnée ou non de signes cliniques évocateurs de
sepsis donne lieu à la prescription d'hémocultures.
L’hémoculture fait partie des 4 actions médicales obligatoires à mettre e, œuvre
dans les 3 heures suivant la prise en charge d’un sepsis.
b. Mode de prélèvement :
Pour tout établissement de sante, le protocole de prélèvement doit être strict et
validé par le comité de lutte contre les infections nosocomiales (CLIN) local.
La ponction veineuse est la seule méthode valable pour prélever le sang en vue
d’une culture bactériologique.
c. Moment du prélèvement :
Il est impératif de pratiquer le prélèvement le plus tôt possible et surtout avant
toute mise en route d'antibiothérapie.
Dans le cas contraire, une fenêtre thérapeutique de 48 à 72 heures est
recommandée.
L’intervalle entre deux prélèvements n’a pas d’importance.
Le prélèvement au moment d’un pic fébrile n’améliore pas la sensibilité de
l’examen.
d. Nombre et volume :
Chez l'adulte, un volume de 10 ml constitue un minimum.
Deux à trois hémocultures par 24 heures sont généralement suffisantes pour
isoler le germe responsable de la bactériémie.
Chez le nourrisson et l'enfant un volume de 1 a 2 ml est suffisant.
e. Acheminement :
Les hémocultures doivent être acheminées le plus rapidement possible au
laboratoire
f. Fiche de renseignement :
Figureront : nom, prénom et date de naissance du patient ; le service d'origine ;
la date, l'heure et le mode de prélèvement (veineux direct ou sur cathéter ou
autre dispositif) ainsi que la température du patient au moment ou il est
effectue, sans oublier de mentionner une éventuelle antibiothérapie et la nature
de celle-ci.
F. Traitement des prélèvements :
a. Examen microscopique :
Tout flacon détecté positif par l’automate doit faire l’objet :
 état frais
 coloration de Gram
Tout résultat positif de l'examen direct doit être communique rapidement au
clinicien.
L'examen direct, morphologie et Gram, peut être trompeur et l'orientation
initiale pourra être corrigée lors de l'examen direct des repiquages.
b. Ensemencement :
- Utiliser au minimum des milieux supplémentés en sang.
- Milieux adaptés à la morphologie de la bactérie et au contexte clinique.
- Incubation à 35°C en atmosphères aérobies et anaérobies.
c. Identification et antibiogramme:
 A partir des flacons positifs : méthodes rapides pour réduire les délais de
résultat.
- Identification pas spectrométrie de masse de type MALDI-TOF.
- Antibiogramme direct à partir des flacns par méthode de diffusion
(valisé par me CA-SFM dans la version 2018).

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  Après subculture :
Identification et étude de la sensibilité aux antibiotiques de la ou des
souche(s) isolée(s).
G. Interprétation :
L’interprétation du résultat tiendra compte du contexte clinique, de l’espèce du ou des
micro-organismes isolés.
a. Hémoculture positive à un Bacille à Gram négatif :
Selon le Référentiel en microbiologie médicale 2018 : un nombre égale ou
supérieur à 1 de flacons positifs à Entérobactérie, Pseudomonas aeruginosa,
Haemophilus spp, Brucella spp, quelque soit le nombre totale d’hémocultures
rélises et quelque soit le contexte clinique doit faire réaliser une identification et
un antibiogramme sans restriction.
b. Hémoculture négative :
Les hémocultures négatives signent le plus souvent une absence réelle de
bactéries dans le sang.
Cependant, devant un contexte clinique évocateur de sepsis il faut toujours
penser à une fausse négativité.
Les causes d'échec de cultures sont nombreuses :
- prélèvement effectue au moment non optimal, trop tardivement au cours de la
maladie ;
- prélèvement pratique sous antibiothérapie ;
- quantité insuffisante de sang ensemence ;
- infection localisée sans bactériémie ;
- le choix des conditions de subcultures n'étant pas adapte et/ou le temps de
culture trop court.
c. Cas de Brucellose :
Toute suspicion doit être signalée au laboratoire.
Les cultures de Brucella doivent être réalisées en laboratoire de niveau de
sécurité biologique 3 .
L’hémoculture positive à Brucella demeure la technique de référence pour
établir un diagnostic certain de brucellose.
L’isolement nécessite plusieurs semaines d’incubation des cultres.
La sensibilité des hémocultures est supériteure à 80% en phase aigue de la
maladie, inférieure à 50% en phase subaigue ou chroniqe ou si une
antibiothérapie a été administrée avant le prelèvement.
2. Sérologie :
A. Sérologie de Brucella spp :
 Séroagglutination de Wright : technique de référence.
 Epreuve de l’antigène tamponné (EAT) : dont le test au rose bengale.
 Réaction de fixation du complément.
 IFA (immunofluorescence indirecte)
 Elisa
B. Sérologie Salmonella :
Le sérodiagnostic de Widal-Felix n’a aucun intérêt pour le diagnostic de la fièvre
typhoïde manquant de sensibilité et de spécificité.
3. Techniques d’amplification génique (PCR) :
Techniques sensibles et spécifiques utilies dans le cas ou l’administration d’une
antibiothérapie empirique empêche l’isolement des bactéries.
La détection peut être réalisée à partir du sang ou du sérum.

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 IX. Conclusion :
La prise en charge d’une bactériémie à Bacille à Gram négatif comprend les traitements
symptomatiques et antibiotiques qui doit être commencé sans délais. Le choix du traitement
antibiotique va dépendre des signes cliniques, du patient, des résultats de l’hémoculture et de
l’antibiogramme.
La compréhension des mécanismes du sepsis et plus précisément des mécanismes immunologiques
impliqués dans le choc septique ont permis de mettre en œuvre des anticorps monoclonaux et des
traitements permettant de bloquer le développement du choc endotoxinique.

Bibliographie :
1. Elliot T, Casey A, Lambert P, Sandoe J. MEDICAL MICROBIOLOGY AND INFECTION Lecture Notes. 5th ed.
2011.
2. Denis F, Ploy M, Martin C, Cattoir V, Barbeyrac B, Barraud O et al. Bactériologie médicale. Issy-les-
Moulineaux: Elsevier Masson; 2016.
3. Bourlet T, Courcol R, Herrmann J, Lachaud L, Lamy B, Laudat P et al. Rémic. 6th ed. 2018.
4. FRENEY J, RIEGEL P. Précis Bactériologie Clinique. 3rd ed. 2019.
5. Denis F, Ploy M, Martin C, Cattoir V, Barbeyrac B, Barraud O et al. Bactériologie médicale. Issy-les-
Moulineaux: Elsevier Masson; 2016.
6. Gellen-Dautremer J. Bactériémies à Pseudomonas aeruginosa. Mise au point. Antibiotiques. 2010;12(2):75-81.

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