Les différents types d’infection virale

1. L’infection lytique productive = Virus nus

2. L’infection persistante productive = Virus enveloppés

3. L’infection latente non-productive  Infection persistante productive

Cellule non
4. L’infection abortive transformante permissive car ne
permet pas la
réplication du
génome viral entier

5. L’infection persistante productive transformante

Cellule permissive = permet la réplication du virus

1
5- L’infection persistante productive transformante
•L’infection conduit à la production de nouveaux virions
•Le génome viral s’intègre au génome de la cellule hôte
•Le virus possède dans son génome un ou plusieurs oncogènes viraux

Rétroviridae (ARN+, enveloppé)

Deux sous-familles
Ortho-retroviridae (6 genres)
1.a-retrovirus
2.b-retrovirus
3.g-retrovirus Oncovirus (Leucémies/Sarcomes ;
4.d-retrovirus homme/poulet/bovin/souris/macaque/poisson)
5.e-retrovirus
6.Lentivirus (Ex VIH) SIDA
Spuma-retroviridae (1 genre)
Spumavirus Pas de pathologie associée
2
 Organisation du génome ARN+
VIH

Les LTR (Long Terminal Repeat) = Régions non-codantes

• Séquences indispensables à la Rétrotranscription
• Séquences promotrices des gènes viraux

ψ
pro

Leader = Région non codante contenant des séquences régulatrices de la transcription et la séquence ψ qui permet
l’encapsidation de l’ARN génomique

Les gènes viraux

gag = code les protéines de structure : capside/core/matrice
pro = code une protéase (maturation des protéines virales)
pol = code les enzymes : RT/Intégrase
env = code les glycoprotéines d’enveloppe

3
 Selon les rétrovirus on vas trouver des gènes supplémentaires

d-retrovirus Les protéines virales sont issues de gènes

chevauchants, d’épissages alternatifs, du décalage
Rev/Tev des ribosomes lors de la traduction et du clivage de
polyprotéines précurseurs
Lentivirus

*rex, tax, Tev et tat = Activateurs transcriptionels

-> augmentent la production de virions  virulence
Les oncogènes viraux :
* v-myc (a-retrovirus ; Virus du Sarcome de Rous) -> prolifération -> cancérisation

Origine du pouvoir oncogène des rétrovirus :

Présence d’oncogène viraux v-Onc dans le génome viral Oncogenèse systématique

Site d’intégration à proximité de c-Onc Oncogenèse occasionnelle/aléatoire

4
 Les étapes clés du cycle rétroviral
7- Assemblage de la nucléocapside et
bourgeonnement des particules virales
Rôle majeur des protéines de structure
(gène gag : core, matrice et capside)
1- Reconnaissance et fixation du virus au
récepteur exprimé à la surface cellulaire
Rôle des glycoprotéines d’enveloppe (gène env,
VIH:gp120  CD4)

2- Fusion entre membrane virale

et membrane cellulaire
Rôle des glycoprotéines
d’enveloppe (gène env,
VIH:gp41  CXCR4)

6- Transcription/traduction 3- Décapsidation du génome ARN+

du génome viral et clivage des et reverse transcription
polyprotéines précurseurs Rôle de la protéine RT (gène pol)
Rôle de la protéase (gène pro)
4- Transport du génome ADNc vers le noyau
Rôle des protéines supplémentaires (gène Vpr, VIH)

5- Intégration de l’ADN viral au génome cellulaire

Rôle de l’intégrase (gène pol)

Nécessité de division cellulaire

Lentivirus : s’intègrent en absence de division
5
 Les bactériophages

•Un bactériophage (ou phage) est un virus n'infectant que les bactéries

•Les bactériophages sont présents dans l'ensemble de la biosphère. En effet, ils sont
présents partout où sont présentes les bactéries, donc en quantité très importante dans
les excréments, le sol et les eaux d'égout

•La découverte des bactériophages se fait en 1915 par Frederick W. Twort (à Londres)
qui remarque que des colonies de microcoques (bactéries) prenaient parfois un aspect
vitreux, dû à leur destruction, et que cette caractéristique était transmissible à des
colonies bactériennes normales par simple contact

6
 Structure
•Plus de 95% des phages connus (5 345 au total) possèdent,
*d’une tête ou capside à géométrie icosaédrique (24 à 200 nm) protégeant le
matériel génétique
*une molécule d'ADN double brin linéaire d'une taille de 5 à 650 kpb
*une queue à géométrie hélicoïdale impliquée dans l'entrée de l'ADN du phage
dans la cellule bactérienne

•Ces bactériophages appartiennent à l’ordre des Caudovirales

, T2

7
 Structure du bactériophage T4
(Myoviridae)
1- Tête (78 nm de diamètre)
2- Queue (100 nm de long et 16 nm de diamètre)
3- ADN double brin linéaire (168.9 kpb)
4- Capside icosaédrique
5- Collier composé de 6 spicules
6- Gaine contractile hélicoïdale avec Tube
protéique central creux
Le Phage T4 infecte 7- Fibres caudales longues
la bactérie Escherichia Coli 8- Spicules = fibres caudales courtes
(bactérie intestinale des 9- Plaque de base = Plateau
mammifères, elle compose
environ 80% de la flore La queue se divise en cinq parties :
intestinale chez l’homme) -Le collier composé de 6 spicules
-Le tube protéique central rigide et creux par lequel sera injecté
l'ADN lors de l'infection
-La gaine contractile qui se compresse pour enfoncer le tube
central dans la membrane cellulaire et injecter l'ADN viral dans
la cellule
-Le plateau
- Sur le plateau se greffe les fibres caudales qui servent à
l'adsorption du phage lors de l’infection : les fibres caudales
Microscopie électronique courtes (6) et les fibres caudales longues (6)
8
Structure du bactériophage l
(Syphoviridae)
55 nm

1-

2-
150 nm
190 nm
3- 15 nm
4- 25 nm
Le Phage l infecte 3 nm (intérieur)
la bactérie Escherichia Coli 12 nm (extérieur)
1- Tête (Capside, ADN double brin linéaire 48.5 kpb)

Queue :
2- Tube protéique flexible et non-contractile
3- Plaque de base de forme conique
4- Une seule fibre caudale

9
 L’infection par le phage T4 (Myoviridae)
1. Fixation (ou adsorption) réversible du phage sur la paroi
bactérienne grâce aux 6 fibres caudales longues  Récepteur =
protéine OmpC (Outer membrane protein C)
2. Cette fixation induit un changement conformationnel du
plateau, provoquant le relâchement des spicules qui engendre la
fixation irréversible du phage à la surface bactérienne en se
fixant à OmpC
3. Ceci entraîne une cascade de changements conformationnels
qui conduisent à la contraction de la gaine
4. La contraction de la gaine entraine le tube interne de la queue
vers la membrane de l’hôte
5. La membrane est ensuite perforée avec l'aide d’une enzyme
phagique (gp5), présente à l’extrémité du tube, qui va digérer le
Peptidoglycane Bactériophage T4

6. Injection de l'ADN viral dans le cytoplasme bactérien

7. La tête et la queue du phage restent à l'extérieur de la bactérie

10
 L’infection par le phage l (Syphoviridae)

Bactériophage l
1. Adsorption réversible du phage l sur la bactérie en fixant
l’extrémité de la fibre caudale à la porine LamB (elle constitue des
canaux permettant les échanges moléculaires de la bactérie avec
le milieu extérieur tel le maltose) à la membrane externe d’E.Coli.

2. Changement de conformation de la plaque de base qui renforce

l’interaction entre la fibre et le récepteur cellulaire LamB ->
Fixation irréversible

3. Injection de l’ADN phagique par diffusion passive au travers de

la porine LamB

4. La tête et la queue du phage restent à l’extérieur

11
 Reproduction (1)
Le cycle de reproduction des phages caudés dans la cellule peut suivre 2 schémas :

A- Certains phages sont virulents ou lytiques = phages T4/T2

•Aussitôt qu'ils infectent une bactérie (1),

•la réplication, la transcription et la traduction démarrent (2),
•de nouveaux virions sont assemblés et produits (3, 5 et 6) et
•des enzymes virales (Lysine et Holine) provoquent la lyse de la bactérie hôte (4) et
•la libération de nombreux nouveaux phages (7)

Entre 100 et 300 phages

Cycle lytique

12
 Reproduction (2)
B- Certains phages sont tempérés ou lysogènes = phage l

-Ces phages peuvent demeurer dans un état quiescent/latent en intégrant leur matériel
génétique à l'ADN de la bactérie = prophage
-Pendant cette phase de latence, l'expression des gènes nécessaires à la phase lytique est
réprimée par une protéine virale répresseur = cI
-Parfois, ces prophages ajoutent de nouvelles fonctions à la bactérie = conversion
lysogènique : expression d’une toxine par le prophage => les phages participent à
l’évolution des bactéries

Exp. L'inoffensive bactérie Vibrio qui, quand elle est lysogénisée par le phage CTX, cause le choléra
(Vibrio cholerae) suite à l’expression de la toxine cholérique produite par le prophage CTX
= Prophage

-Sous certaines conditions, en particulier en

cas de stress porté à la bactérie
(Ultraviolet), le prophage sort de sont état
quiescent : excision de l’ADN phagique et
activation de son cycle lytique
13
 Cycle de réplication du phage T4 (1)
= Phage virulent ou lytique
1- Adsorption
2- Pénétration de l’ADN du phage
3- Phase d’éclipse

a. La phase précoce
Une fois l'ADN du phage injecté dans la bactérie, les
gènes du phage sont transcrit/traduit grâce à la
machinerie de la cellule hôte (ARN polymérase, ribosomes ...)
=> expression des gènes précoces
4- Phase de libération
Fonctions des gènes précoces :
*des endonucléases (enzymes de restriction qui coupent l’ADN
cellulaire en fragments plus courts) qui vont attaquer l'ADN de
l'hôte pour stopper la transcription de ses gènes

*une ADN polymérase -> réplication de l'ADN phagique

c. Phase d’assemblage *une ARN polymérase -> transcription des gènes tardifs

b. La phase tardive
Les gènes tardifs codent
• les protéines de structure
• les enzymes de digestion de la paroi bactérienne
14
 Cycle de réplication du phage T4 (2)
= Phage virulent ou lytique

c. La phase de maturation = phase d’assemblage = phase de morphogenèse des virions

Phase durant laquelle commencent à apparaître des phages observables dans la bactérie

Chronologie des évènements :

-Assemblage des protéines de la tête
-Assemblage des protéines de la queue
-Encapsidation de l’ADN phagique dans la tête
-Assemblage des virions
-Accumulation des phages dans le cytoplasme de la bactérie

4- Phase de libération

-Digestion de la paroi bactérienne (Lysine et Holine)

- Libération des phages 20-30 minutes après l’adsorption
-Production de 100 à 300 phages par bactérie

15
Cycle de réplication du phage l
= phage tempéré ou lysogène

1- Adsorption
2- Pénétration de l’ADN du phage
3- Circularisation de l’ADN phagique

16
 Circularisation de l’ADN du phage l

o Dans les particules de phage, l'ADN est sous

forme d'une molécule linéaire de 48,5 kb avec
des extrémités simple brin complémentaires de
12 nucléotides ou « séquences cos »

o Les séquences cos sont aussi appelées

«extrémités cohésives»

o Dans la bactérie, les extrémités cos du phage

s'apparient pour former une molécule circulaire
avec 2 coupures distantes de 12 nucléotides

o Ces coupures sont rapidement réparées par la

ligase de l'hôte bactérien
o Le phage entame alors une des deux voies de
réplication possibles : la voie lytique ou la voie
lysogène
17
 Cycle de réplication du phage l
= phages tempérés ou lysogènes

1- Adsorption
2- Pénétration de l’ADN du phage
3- Circularisation de l’ADN phagique
4- Choix entre cycle lytique et cycle lysogénique

a. Cycle lytique (comme pour les phages

virulents)
Cycle lysogénique Cycle lytique
b. Cycle lysogénique
*Intégration de l’ADN phagique dans le génome
Évènement inducteur cellulaire
*Il est répliqué avec l'ensemble du génome au fur et à
mesure que les cellules se divisent

L'état quiescent est maintenu par un répresseur des

fonctions lytiques (cI). Il a pour rôle d'assurer la
stabilité de l'état prophage
Lorsque les circonstances le nécessite :
lorsque la bactérie est exposée à un stress endommageant
l’ADN -> Le prophage sort alors de son état quiescent et
active son cycle lytique 18
 Carte génétique du phage l
Gènes précoces immédiats et gènes précoces retardés
-cro, N, cI, cII et cIII = 5 Protéines régulatrices
de la lysogénie/cycle lytique
Si cycle lysogénique :
-Intégrase et les protéines permettant la
recombinaison = Protéines permettant
l’intégration de l’ADN phagique
Si cycle lytique :
-Excisionase = excision de l’ADN phagique
-O et P = réplication de l’ADN phagique
circulaire
-Q = l’expression des protéines tardives

Gènes tardifs exprimés lors

du cycle lytique :
*Protéines de la tête et de la
queue
*Terminase : coupe les
génomes viraux répliqués en
concatémères lors de leur
encapsidation
*Enzymes de lyse de la
parois bactérienne 19
 1ière étape
Expression des gènes précoces immédiats cro et N

PL PR
Excisionase
gènes tardifs
N cro

•Initiation de la transcription à partir des promoteurs PL et PR (la transcription s’arrête au niveau des
terminateurs TL et TR) -> expression de N et cro

•N : facteur d'anti-terminaison de la transcription qui en se fixant sur les sites NutL et NutR permet
l’expression des gènes précoces retardés cIII, intégrase, cII, O, P et Q = 2nd étape

N
TL’ PL PR
Excisionase
gènes tardifs
N cro

20
 3ième étape
Le choix lyse-lysogénie dépend de la quantité de cro versus cII&III
Le choix est lié à l’équilibre entre les facteurs cro et cII&III :
- La voie lysogénique sera suivie dans le cas où cII&III sont prédominants (expression de
l’intégrase et cI)

- La voie lytique sera suivie dans le cas où cro est prédominant (empêche l’expression de cI)

LYSOGENIE
•cII&III : augmente l’expression de l’intégrase, cI et CII
cI = Répresseur transcriptionnel
de O, P et Q
-> favorisent la lysogénie    
cII&cIII cI
LYSE
•cro : empêche l’expression de l’intégrase et cI -> augmente l’expression de O, P et Q

•O et P : protéines permettant la réplication de l’ADN phagique circulaire

•Q : facteur d'anti-terminaison de la transcription qui en se fixant au site Qut permet l'expression
de l’excisionase et des gènes tardifs
-> favorisent la lyse

 
Q 21
cro O et P (réplication)
 Le choix lyse-lysogénie dépend de l’état
physiologique de la bactérie
cII : "détecteur" pour le phage des conditions de croissance bactérienne
En effet,
-cII est dégradée par les protéases bactériennes HflA et HflB (inhibées par l’AMPc)
-lorsque la croissance bactérienne est forte ces protéases sont actives car [AMPc]int est
faible (la voie de dégradation du glucose utilise l’AMPc)

1. Croissance bactérienne forte :

[glucose]int forte, [AMPc]int faible
-> Protéases HflA et HflB actives: [cII] faible/dégradé
-> cro prédomine -> Pas d’expression de cI -> Expression de O, P et Q
-> Engagement dans la voie lytique

2. Croissance bactérienne faible :

[glucose]int faible, [AMPc]int forte
-> Protéases HflA et HflB inactives : [cII] forte/stable
-> cII/cIII prédomine -> Expression de l’intégrase et de cI -> Répression de O,
P et Q
-> Engagement dans la voie lysogénique 22
Lysogénie = Intégration de l’ADN phagique
dans le chromosome bactérien
o Dans la voie lysogène, une recombinaison homologue
se produit entre l'ADN circulaire du phage et le
chromosome de E. coli grâce à une courte séquence
appelée "att" commune au génome de la bactérie et à
celui du phage

o Le phage inséré dans le chromosome bactérien

s'appelle un prophage et la bactérie qui contient le
prophage est dite en phase lysogène

o Le génome du phage est répliqué et transmis d'une

bactérie à l'autre comme n'importe quel gène du
chromosome bactérien

o Au cours de cette phase lysogène, le gène cI qui code

un répresseur bloque la transcription des gènes du cycle
lytique et par conséquent bloque l'expression des
gènes tardifs de ce cycle

23
 Et après …

o Le prophage reste intégré jusqu'à ce qu'un signal induise son excision :

-Si augmentation du glucose dans le milieu de culture des bactéries ->

[glucose]int forte, [AMPc]int faible
-> Protéases HflA et HflB actives: [cII] faible/dégradé
-> cro prédomine -> Pas d’expression de cI -> Expression de O, P et Q
-> Engagement dans la voie lytique

-Si on expose la bactérie à des agents qui, comme la lumière ultraviolette,

endommagent l'ADN, le répresseur cI subit un clivage protéolytique par la
protéine bactérienne RecA. L'inactivation du répresseur cI permet la
transcription des gènes O, P et Q -> Engagement dans la voie lytique

o On observe, après induction, une excision de l'ADN du phase qui entre alors
dans une phase de multiplication lytique

24
25
26
 Utilisation des bactériophages

• En médecine humaine
Les phages détruisent les bactéries
En raison de cette propriété, avant la découverte des antibiotiques (1941), des
phagothérapies ont été mises au point pour lutter contre les infections bactériennes

Aujourd’hui, ce sont les antibiotiques qui sont le plus utilisés dans le traitement
antibactérien. En effet, les antibiotiques sont des molécules clairement identifiées
notamment dans leur procédé de préparation et dont l'élimination par le corps
humain est connu

• Utilisation en génie génétique comme vecteur de clonage dans les bactéries : banque
d’ADN pour le séquençage du génome cellulaire

27
E Colis

28
 L’infection de la bactérie (1)
La bactérie pour être infectée doit :
-être vivante
-être en phase exponentielle de croissance (avoir un apport nutritif convenable)
-avoir le récepteur du phage = bactérie sensible

1. Adsorption spécifique et réversible

o Les phages caudés, grâce à leur(s) fibre(s) caudale(s), adhèrent de façon réversible à
des récepteurs spécifiques exprimés à la surface cellulaire de la bactérie

2. Attachement irréversible
o Il s’agit d’un lien fort et irréversible, impliquant un plus grand nombre de liaisons entre
le virus et la cellule

o Cette étape est effectuée par un contact additionnel entre le phage et la surface
cellulaire. Ce contact peut se faire par le biais d’un nouveau récepteur ou du même
récepteur que précédemment

29
 L’infection de la bactérie (2)

3. Injection du génome

o Une fois ce lien irréversible établi, le phage enclenche l’injection du génome viral dans
la bactérie
o Certains phages ont intégré des enzymes dans leur capside leur permettant de digérer
localement la paroi bactérienne
o Contrairement aux virus infectant les animaux, seul l’acide nucléique (ADN) pénètre la
bactérie, la capside et les autres composants viraux restent à l’extérieur

30
 LTR = Promoteur viral

TAR = région de transactivation

-> recrute des facteurs cellulaires et
+1 viraux (Tat du VIH) qui augmentent
l’activité de l’ARN pol II donc
l’expression des gènes viraux

Sites de fixation aux facteurs de transcription cellulaires et viraux

31
 La reverse transcription
1. Fixation de l’ARNt
2. Synthèse du brin complémentaire
3’ 5’ par la RT
1. 3. Dégradation de l’ARN R-U5 par
l’activité RNaseH de la RT
5’ 3’ 4. 1ier déplacement de brin = saut
du brin R-U5-ARNt

2. 3’

5’ 3’

3’

RNaseH
5’ 3’

3 & 4. 3’

5’ 3’

32
 5. 3’
5. Synthèse du brin complémentaire
par la RT
6. Dégradation du génome RNA par
la RNaseH (sauf la séquence
5’ 3’ PPT)
7. Synthèse par l’ADN polymérase
3’ cellulaire
PBS PPT 8. Elimination de la PPT et de l’ARNt
par la RnaseH (RT)
RNaseH 9. 2nd déplacement de brin ou saut
5’ 3’
de brin
6. 3’ 10. Synthèse du brin complémentaire
PBS PPT par l’ADN polymérase cellulaire

3’
7.
3’
PBS PPT 5’
U3

8. 3’ 5’
PBS PPT
U3 PBS
5’ 3’
9. 3’
PBS PPT
5’

PBS
5’ 3’

10. PBS PPT

PBS

3’ 5’
PBS PPT
PBS 33
 Intégration de l’ADN viral
dans le génome cellulaire
Rôle majeur de la
Proteine virale IN 3’

= Intégrase 3’

1- Elimination des 2 Thymidines en 3’ par l’Intégrasse (IN)

3’

3’
2a- Clivage au hasard de l’ADN cellulaire et élimination
de quelques nucléotides en 3’ par l’IN

2b- Raccordement de l’extrémité 3’ de l’ADN viral avec

5’ l’extrémité 5’ de l’ADN cellulaire par l’IN

5’
3- Elimination des nucléotides non appariés, remplissage
du « trou » et ligature par l’ADN polymérase cellulaire
Leader

34