PHYTOPATHOLOGIE

Objectifs du cours

À la fin du cours l’étudiant devrait être en mesure de se

familiariser avec:

1- Les concepts généraux relatifs à la phytopathologie

2- Les agents responsables des maladies chez les végétaux

et leurs symptômes

3- Les stratégies de lutte contre les agents pathogènes

Dr. SEKA Koutoua
UFR Sciences de la Nature
Université Nangui Abrogoua
Dr SEKA, UNA 1
 Introduction
 les maladies des plantes dues aux champignons, bactéries
et virus constituent une cause de perte importante

 Dans les pays industrialisés, celles-ci s’élèvent à près de

40 % et concernent toutes les étapes de la chaîne alimentaire
depuis la production jusqu’à la transformation industrielle et la
commercialisation.

 Leur niveau est bien plus élevé encore (plus de 50 %)

dans les pays ACP qui payent le plus lourd tribu à ce gaspillage
de ressources alimentaires.

 D’où la nécessité de connaître les différents agents

pathogènes afin de pouvoir poser un diagnostic le plus précis
sur base des symptômes observés en champ ou en laboratoire
pour mettre en place des méthodes
Dr SEKA, UNA de lutte 2
 GENERALITES

 La phytopathologie est la science qui étudie les maladies des

plantes dans l’objectif de mettre en place des méthodes de lutte
contre l’agent phytopathogène responsable

 Elle étudie les maladies liées aux agents biotiques ( virus,

champignons, nematodes, bactéries, phytoplasme… et aux
agents abiotiques ( stress hydique, vent, forte température…)

Dr SEKA, UNA 3
 GENERALITES
 La maladie est une anomalie dans la structure ou la fonction
d‘une plante causée par un facteur irritant continu (agent causal
ou agent pathogène).

 Les maladies peuvent être divisées en deux principaux groupes :

infectieuses (ou biotiques)
non infectieuses (ou abiotiques)

 Les maladies infectieuses (biotiques)

 Les maladies infectieuses sont causées par des micro-

organismes (champignons, bactéries, virus, mycoplasmes et
rickettsies) qui peuvent être transmises par divers vecteurs
provoquant ainsi la maladie chez les nouveaux hôtes sensibles

Dr SEKA, UNA 4
 GENERALITES
 Les maladies infectieuses (biotiques)

 Un germe pathogène est donc un organisme vivant,

éventuellement virulent c’est-à-dire qui peut provoquer une
maladie chez la plante
 Les maladies infectieuses des plantes ne se développent
que
si les 3 conditions suivantes sont remplies :
 la plante hôte doit être sensible

 l'agent pathogène doit être virulent et capable

d'attaquer la plante

 l'environnement doit favoriser le développement de la

maladie (c'est-à-dire favoriser la sensibilité et la
Dr SEKA, UNA 5
virulence)
 GENERALITES
 Les maladies infectieuses (biotiques)
 Sensibilité (ou résistance) des plantes
 La sensibilité d'une plante dépend de 2 paramètres :
les conditions (l’état) des cellules et des tissus des
plantes avant l'infection :

les facteurs de résistance passive comprennent la

résistance des parois cellulaires (et des cuticules) qui
peuvent rendre difficile ou impossible la pénétration du
pathogène depuis l’extérieur et sa propagation à l’intérieur
des tissus

Dr SEKA, UNA 6
 GENERALITES
 Les maladies infectieuses (biotiques)
 Sensibilité (ou résistance) des plantes
 la faculté des cellules de réagir d'une manière particulière
à un agent pathogène : la résistance active se manifeste
seulement à partir du moment où l'infection commence

 Deux types sont bien connus et apparemment très répandus

dans la nature :
- la réaction d'hypersensibilité d'une plante à
l'infection, qui aboutit à une nécrose rapide, à une isolation des
cellules atteintes, et à un rejet du foyer d'infection

- la résistance induite, autre forme de réponse à

l'infection de la part de la plante, avec la production de
phytoalexines qui possèdent une activité fongistatique ou
Dr SEKA, UNA 7
fongicide
 GENERALITES
 Les maladies infectieuses (biotiques)
 Virulence de l'agent pathogène
 Le plus important facteur de la virulence d'un agent
pathogène est sa faculté de produire des enzymes et des
toxines, et de les transmettre à la plante

 Selon le type de maladie, l'infection peut avoir lieu:

soit à travers la cuticule intacte,
soit par pénétration mécanique,
soit par des blessures
soit par les orifices naturels existants à la surface de la
plante: stomates de l'épiderme, lenticelles du suber (liège),
hydatodes (stomates aquifères) du bord de la feuille.

Dr SEKA, UNA 8
Maladies virales des plantes

Dr SEKA, UNA 9
 Plan
1.Définitions
2. Importance économique des maladies virales
3. Morphologie, structure, mode de vie, cycle de vie
4. Nomenclature et classification des virus
5. Mode de transmission
6. Pathosystèmes viraux
7. Morphologie de quelques virus observés au microscope
électronique

Dr SEKA, UNA 10
1. Définitions
Maladies virales: maladies dont l’agent responsable est
un virus

Exemple de maladies virales : la mosaïque du manioc

(cassava mosaic virus-CMV), la mosaïque de l’igname
(Yam mosaic virus-YMV), le gonflement de la partie
apicale des rameaux du cacaoyer (Cocoa swollen shoot
virus-CSSV), les taches annulaire du papayer (Papaya
ringspot virus-PRSV) …….
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Dr SEKA, UNA 12
Dr SEKA, UNA 13
1. Définitions (suite et fin)
Virus : parasite acellulaire ayant un génome
polynucléotidique qui code au moins pour une protéine
impliquée dans sa réplication et qui, une fois dans la cellule
hôte, peut induire sa propre multiplication.
Le virus est donc une entité biologique et genomique avec
une vie de parasitisme obligatoire.
La particule virale ou virion possède des propriétés physico-
chimiques et structurales intrinsèques qui suffisent à le
caractériser de manière exhaustive.
Dr SEKA, UNA 14
2. Importance économique des maladies virales

impossibilité de réaliser certaines cultures dans

certaines région du pays.

Les producteurs s’adonnent à d’autres cultures

Baisse drastique des productions allant de 25 à 100

%.

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3. Morphologie, structure et mode de vie

La particule virale est de petite taille (nanomètre-nm) avec

un génome constitué d’acide nucléique ADN ou ARN
enveloppé dans une coque protéique

Pour exprimer ses protéines, le virus dépend totalement du

système de synthèse protéique de son hôte. Il intègre ce
système et détourne son métabolisme à son profit

Dr SEKA, UNA 16
3.1. Support de l’information : ADN ou ARN

Contrairement aux autres organismes cellulaires avec des

génomes à ADN bicaténaire, le génome des virus est très
diversifié (ADN ou ARN) avec des structures complexes.
Les virus des plantes ont des génomes suivants:
-ARN simple brin positif (ARN positif est le messager)
-ARN simple brin négatif (complémentaire est messager)
-ARN double brin (++ segment d’ARN bicaténaire)
-ADN simple brin (ADN circulaire monocaténaire)
-ADN double brin retroïde (replication implique une étape
de la transcription inverse)
Dr SEKA, UNA 17
3.2. Cycle viral
L’absence de métabolisme contraint le virus à mobiliser les
ressources métaboliques de la cellule hôte.
Le cycle viral comprend plusieurs étapes qui parfois se
chevauchent :
-pénétration dans la cellule ;
-décapsidation, l’information virale devient plus accessible ;
-traduction, le message viral est traduit par les ribosomes
qui synthétisent les protéines virales.
-réplication, c’est la duplication de l’acide nucléique en
deux exemplaires
-encapsidation, assemblage de l’acide nucléique et des
protéines pour former une nouvelle particule virale
Dr SEKA, UNA 18
 5. Diversité des modes de
dissémination des virus de
plantes

- Les virus des plantes sont des

parasites obligatoires stricts qui,
pour se multiplier, doivent se
trouver dans des cellules vivantes,
- Pour survivre, il faut que la
population virale puisse se
maintenir, soit en étant transmise à
la descendance de la plante
infectée, ou soit en contaminant
d’autres plantes,
- Pour ce faire, les virus utilisent
des moyens très variés
correspondants à 2 stratégies : la
voie interne (transmission
verticale) ou la voie externe
(transmission horizontale) qui fait
intervenir un troisième partenaire
(le vecteur).
Dr SEKA, UNA 19
 6. Pathosystème
virus – Bemisia tabaci – Plantes hôtes :
Un ménage à trois …

VIRUS VECTEUR

Plante Hôte

Dr SEKA, UNA 20
 Facteurs épidémiologiques:

Ces épidémies ont été favorisées par :

- L’intensification des cultures,
- L’homogénéisation des variétés cultivées,
- Les échanges de matériel biologique entre régions et continents,
- L’arrivée de nouvelles souches virales,
- La prolifération de certains vecteurs,
- L’apparition de biotypes du vecteur plus polyphages
et offrant ainsi aux virus de nouveaux hôtes potentiels,

Dr SEKA, UNA 21
Aleurode Bemisia tabaci vecteur de l’ East African cassava mosaic virus
(mode non multipliant)

Aleurode Bemisia tabaci vecteur du Cotton leaf curl virus

(mode non multipliant)

Dr SEKA, UNA 22
 Morphologie de quelques virus observés au microscope
électronique à transmission

100 nm 100 nm

A : Particules du YMV B : Particules du CMV

(Thouvenel et Fauquet, 1979) (Thouvenel et Fauquet, 1980)
Figure 1 : Particules virales en microscopie électronique
Dr SEKA, UNA 23
Diagnostic maladies virales des plantes

Dr SEKA, UNA 24
 Plan

1. Symptomatologie (symptômes observés sur la plante)

2. Diagnostic par voie biologique
3. Diagnostic sérologique
4. Apport de la microscopie électronique
5. Diagnostic moléculaire

Dr SEKA, UNA 25
Introduction
Etablir un diagnostic viral fiable, c’est reconnaitre la maladie
et détecter avec précision le ou les virus qui sont mis en
cause. C’est une étape indispensable pour une étude de
virologie végétale.
1. Symptomatologie (symptômes observés sur la plante)
La présence d’un virus peut provoquer une maladie virale
et cette maladie se manifeste par un ou plusieurs types de
symptômes.
Dr SEKA, UNA 26
1. Symptomatologie (symptômes observés sur la plante)
L’observation des symptômes sur l’ensemble de la plante,
leur évolution dans le temps puis dans l’espace et les
circonstances de leur apparition constitue la première
étape de diagnostic.
Mosaïques : une répartition anormale des pigments
chlorophylliens sur la feuille
Striure (claire, jaune, foncée…) : accumulation ou perte
des pigments
Dr SEKA, UNA 27
1. Symptomatologie (symptômes observés sur la plante)
Enroulement des feuilles en formes de cuillère
Feuilles en lacets de chaussure (shoestring)
Nécroses : la mort des cellules infectées
chlorose
Décoloration des feuilles
Apparition de taches brunes dans les racines et tubercules
Arabesques
Retard de croissance (rabougrissement).

Dr SEKA, UNA 28
Dr SEKA, UNA 29
Dr SEKA, UNA 30
1. Symptomatologie (symptômes observés sur la plante)
Plusieurs paramètres peuvent faire varier les symptômes
d’une maladie virale. L’observation des symptômes est
donc insuffisante pour établir un diagnostic fiable.
2. Echantillonnage
Plusieurs models d’échantillonnage : aléatoire,
systématique, stratifié (en diagonal, en parallèle, en ligne)
Attribution des numéros ou des codes
conservations des échantillons frais ou séchés
Dr SEKA, UNA 31
3. Diagnostic par voie biologique
3.1. Inoculation mécanique
Certaines plantes (Chenopodium sp., Nicotiana sp.) peuvent
reproduire après inoculation mécanique des symptômes
particuliers de virus. L’extrait de plante infectée obtenu par
broyat est déposé à la surface du limbe foliaire de la plante-test.
L’inoculation mécanique se fait par frottement à l’aide d’un
abrasif, d’une éponge ou des doigts.
Le virus pénètre facilement par les légères blessures provoquées
par les frottements.
Dr SEKA, UNA 32
3. Diagnostic par voie biologique
3.2. Inoculation par vecteur
Certains virus ne sont pas transmissibles mécaniquement,
en particulier les virus restreints au phloème (Nanovirus,
Luteovirus…) et des membres de Geminiviridae. Dans ce
cas l’on a recours à l’inoculation des plantes indicatrices par
des vecteurs.

Dr SEKA, UNA 33
4. Diagnostic sérologique

Réaction antigène-anticorps
Les techniques sérologiques mettent en œuvre l’interaction
entre deux protéines : l’antigène, protéines d’origine virale,
et les anticorps, protéines spécifiques de cet antigène
élaboré par un animal en réponse à l’injection de l’antigène.

Technique ELISA (Enzyme-linked immuno-sorbent assay)

- Marquage des immunoglobulines
Deux types de tests ELISA : DAS-ELISA et TAS-ELISA
DAS (un antigène en sandwich entre deux anticorps)
TAS (un antigène en sandwich entre trois anticorps)
Dr SEKA, UNA 34
Etapes du test DAS-ELISA
1. dépôt de l’IgG de l’anticorps polyclonal - anticorps de fixation
2. dépôt de l’antigène
3. dépôt de l’IgG de l’anticorps polyclonal conjugué à la phosphatase
alcaline - Anticorps de détection.

Etapes du test TAS-ELISA

1. dépôt de l’IgG de l’anticorps polyclonal - anticorps de fixation
2. dépôt de l’antigène
3. dépôt de l’IgG de l’anticorps monoclonal
4. dépôt de l’IgG de l’anticorps monoclonal marqué à la phosphatase
alcaline

Dr SEKA, UNA 35
Les étapes de la technique ELISA

Dr SEKA, UNA 36
 ELISA : DIRECT ET INDIRECT

DIRECT (ACP) DAS-ELISA

Dr SEKA, UNA 37
Résultat du test ELISA

Dr SEKA, UNA 38
Lecteur ELISA

Dr SEKA, UNA 39
Analyses moléculaires
Extraction d’ADN ou d’ARN, (utilisation d’un kit)
Amplification des fragments d’ADN ou d’ARN
Visualisation et interprétation par électrophorèse
Purification de l’ADN (PCR, RT-PCR)
Quantifier l’ADN ou l’ARN (qPCR)
Sequençage

Dr SEKA, UNA 40
PCR : amplification du gène d’intérêt et
du gène marqueur de sélection

Dr SEKA, UNA 41
 Génomique "traditionnelle« pour l’obtention d’une séquence
Séquençage
organisme à séquencer

Sequence"contigs"

assemblage du génome

Dr SEKA, UNA 42
 Modèle de séquence
>131030-54_M11_CI_86BamHI12_OYCrV-F781.ab1 1130
ACCACATACAGACAATCCCCCCCTTAGACATTCAGAGTTTACCAGTGGATGCCCACCACGGGGGGATA
GGCTGCTATTGTTAGGCGTTTTTTAAGATAAACCATCATGTCACTTACAATCATCAGGAAACAGCCAAAT
ATGAGAATCATACGGAGAATGCTTTACTACTATATATGGCATGTACCCATGCGTCAAATCCAGTATATGC
GAGTCTTAAATACGAATGTATTTCTATGATTCAGTCAGCAATTAATAAATATCGAATTTTATTTATGACTTT
CTGTTACATCTATTGTATTTAGTAGTACTGAATACAGAACATGGGCAACTGCCCTAATCACTAAATTAATT
GAAATTACACCCAAATTATTTAAGTATTTTAGAACCTGTGTTCTAAATACCCTTAAGAAACGACCAGTCT
GAGGCCGTAAGGTCGTCCAGACCCTGAAGTTGAGAAAACACTTGTGAATCCCCAATGCCTTCCGAAG
GTTGTGGTTGAACCGGATTTGGACATCTATTATGTGAAACGGCCGGTTGAACGGGTGTATTAGGTGTCT
TGTAATCTTGAAATATAGGGGATTTGGTGTCTCCCAGATAAAAACGCCATTCGTTGTCTGACGAGCAGT
GATGAGTTCCCCTGTGCGAGAATCCATGGTTGGCGCAGTTTATGTGTAGGTAGTATGAGCATCCACACT
TGAGGTCGATTCGTCTACGCCTCACTACCTTCTTCTTGGCTATGCGGTGCTGGACTTTGATCGGTAGTT
GAGTAGAGTGGCTCGCTGAGGGTGATGAATGTTGCATTTTTTATTGCCCAATCTTTCAATGCAGCATTTT
TATCTTCATCGAGATATTCTTTATATGATGCCGGTGGCCCAGGATTGCAGAGGAAGATTGTTGTGATACC
TCCTGTAATATGAATTGCTTACCCGTACTTACAGTTGCTTTGCCAGTCCCTTTGGGGCCGCATGAATTCC
TTAAAGAGTTTTAGGACATGCGGATCAACGTGATGAAGTGACGATATAACAAGGCGTCATTGGATTAGA
CCTTTTGAGCTAACAACCACAAGAACTACATGAAATAGTTATGTGGGGGCTTAGTTACCTAGGCCCACC
ATTAGTCTTCACCAGA

Sites d’identification des séquences : NCBI

Dr SEKA, UNA 43
 Pôle de Recherche Production Végétale (Unité de Santé des Plantes)

Diagnostics moléculaires (suite et fin)

Arbre phylogénétique

Dr SEKA, UNA 44
Lutte contre les maladies virales des plantes

Dr SEKA, UNA 45
Le contrôle des maladies virales n’est pas aisé. Ainsi, les méthodes de
lutte les plus efficaces sont largement prophylactiques :
1. sélections sanitaires;
2. lutte contre les vecteurs;
3. recherche de gènes de résistance naturelle
Une meilleure connaissance des mécanismes de l’infection virale, de
défense des plantes et de l’évolution des techniques de biologie
cellulaire et moléculaire ouvre de nouvelles perspectives de lutte. Le
génie génétique permet de transférer rapidement, dans un génotype
à améliorer, un ou plusieurs gènes d’intérêt tout en conservant les
autres caractères Dr SEKA, UNA 46
Réactions de défense de la plante
Trois types de résistance aux virus peuvent se produire dans une population d’hôte :
la résistance non-hôte,
la résistance variétale;
résistance acquise par des techniques d’amélioration appropriées.

• Dans une résistance non-hôte, aucun symptôme et particule virale ne sont

détectés dans la plante;
• La résistance variétale est observée chez une espèce ou un cultivar;
• La résistance conférée à une plante par transfert de gène étranger.
Les gènes transférés proviennent le plus souvent du virus lui-même, mais peuvent
avoir d’autres origines.
La création de variétés résistantes est le moyen de lutte le plus efficace et
économique.

Dr SEKA, UNA 47
 Méthode de lutte

1. Détruire les plantes hôtes et les réservoirs de

contamination
2. Faire de l’épidémiosurveillance pour détruire les premiers
foyers de contamination
3. Retarder l’activité des vecteurs par des traitements
chimiques
4. Utiliser des variétés ayant un niveau de résistance élevée
5. Utiliser des plants apparemment sains comme semences

6. Faire des tests de criblage pour sélectionner des variétés

ayant un niveau de résistance élevée

Dr SEKA, UNA 48
LES CHAMPIGNONS
PHYTOPATHOGENES

Dr SEKA, UNA 49
 DÉFINITION
 Les champignons parasites sont à l’origine des maladies
fongiques (ou cryptogamiques)
 Les MALADIES FONGIQUES sont dues à des champignons.
Ce sont des champignons: « phytopathogènes », c’est-à-dire
qui provoquent des maladies sur les plantes
Phyto = plante, pathogène = maladie

Constitution des Champignons

 Les champignons font partie du règne des MYCETES, ce
sont des organismes dépourvus de chlorophylle

 Ils ne possèdent ni racine, ni feuille, ni fleur. Ce sont des

organismes vivants constitués de MYCELIUM

 A la différence des organismes chlorophylliens que sont les

végétaux, ils ne peuvent photosynthétiser.
Dr SEKA, UNA 50
 MODE DE VIE

 Ne pouvant faire la photosynthèse et donc élaborer sa propre

matière organique le champignon doit puiser sa nourriture sur un
autre organisme (plante pour les cas étudiés)

- Il est de ce fait PARASITE: s’il vit au détriment d’un

organisme vivant.

- SAPROPHYTE: s’il vit sur un organisme mort (ex:

souche d’arbre mort)

- SYMBIOTIQUE: cas des champignons mycorhiziens

(association entre végétal et champignon)

Dr SEKA, UNA 51
  CARACTÈRES GÉNÉRAUX DES CHAMPIGNONS
 Les champignons, uni-ou pluri-cellulaires, sont réunis au
sein du règne des Fungi qui comprend
d’une part quatre phylums (les Chrytidiomycota, les
Zygomycota, les Ascomycota et les Basidiomycota),

et d’autre part, le groupe des Deutéromycètes (champignons

sans reproduction sexuée)

 Le nombre d’espèces fongiques est estimé à 1,5 million, dont

environ 100.000 sont décrites. Parmi ces espèces connues, plus
de 10.000 sont responsables de maladies chez les végétaux.

 L’appareil végétatif est appelé thalle qui peut être unicellulaire

(levures) ou filamenteux. L’ensemble des filaments ou hyphes
forme le mycélium

Dr SEKA, UNA 52
CARACTÈRES GÉNÉRAUX DES CHAMPIGNONS

Mycélium non cloisonné

Mycélium cloisonné

Dr SEKA, UNA 53
 CARACTÈRES GÉNÉRAUX DES CHAMPIGNONS
 La plupart des champignons possèdent deux modes de
reproduction :
la reproduction asexuée (ou végétative) et la reproduction
sexuée (ou parfaite).

 Les spores sexuées assurent fréquemment la conservation

des champignons pathogènes pendant la période d’arrêt de la
végétation en saison froide ou sèche et constituent les sources
d’inoculum (infection) primaire assurant la récurrence
de l’épidémie.

Dr SEKA, UNA 54
 CARACTÈRES GÉNÉRAUX DES CHAMPIGNONS

 La reproduction asexuée est rapide et répétitive ; elle permet

de produire un grand nombre de spores assurant l’extension
secondaire des maladies lors du développement explosif des
épidémies dans les cultures en végétation active

Dr SEKA, UNA 55
 ETAPES DE DÉVELOPPEMENT D’UN CHAMPIGNON
PHYTOPATHOGÈNE
 Conservation: dans les feuilles, bois morts, le sol,

 Pollution: les spores parviennent au contact de l’hôte,

 Contamination: les spores germent et le mycélium pénètre à

l’intérieur de la plante,

 Incubation: phase de latence pendant laquelle le mycélium se

développe sans qu’apparaissent de symptômes observable à la
surface de la plante

 Apparition des symptômes: dégâts visibles

 Reproduction et dissémination: formation des organes de

fructification, puis sporulation
Dr SEKA, UNA 56
 SYMPTÔME CAUSÉS PAR LES CHAMPIGNONS

 Les champignons phytopathogènes sont responsables de

différents types de symptômes:
 Nécrose : est une forme de dégât cellulaire qui mène à la
mort prématurée et non programmée des cellules dans le
tissu vivant.

Dr SEKA, UNA 57
 SYMPTÔMES CAUSÉS PAR LES CHAMPIGNONS
 Pourritures

Dr SEKA, UNA 58
 SYMPTÔME CAUSÉS PAR LES CHAMPIGNONS
 Rouille

 Flétrissement

Dr SEKA, UNA 59
 Symptôme causés par les champignons
 Altération de la couleur

Dr SEKA, UNA 60
Symptôme causés par les champignons

Dr SEKA, UNA 61
Symptôme causés par les champignons

Dr SEKA, UNA 62
 Symptômes associés aux tubercules d’igname pendant le
stockage

a b c

Pourriture noire Pourriture marron Pourriture verte

a : pourrirure noire; b : pourriture marron; c : pourriture verte

Figure 12 : Pourritures observées sur les tubercules de la variété d’igname krenglè

après 4 mois de stockage. Dr SEKA, UNA 63
 Technique de diagnostic
Etude l’efficacité du vin de palme sur les champignons isolés
 Isolement et identification des champignons

désinfection purification

observation identification

au microscope

Figure 5 : Technique d’isolement et d’identification des champignons

Dr SEKA, UNA 64
 Identification des champignons
Champignons isolés des pourritures d’igname

a b c d
Aspergillus niger Penicillium oxalicum

e f g h

Sclerotium rolfsii Rhizoctonia

a, b : Aspergillus niger; c, d : Penicillium oxalicum; e, f : Sclerotium rolfsii; g, h : Rhizoctonia
Vue macroscopique et microscopique de champignons isolés des pourritures
Dr SEKA, UNA 65
d’igname
 Identification des champignons
Champignons isolés des pourritures d’igname

j k l
i
Trichoderma Curvularia

m n o p
Fusarium Mucor
I, j : Trichoderma; k, l : Curvularia; m, n : Fusarium; o, p : Mucor

Figure 11 (suite et fin) : Vue macroscopique et microscopique de champignons

Dr SEKA, UNA 66
isolés des pourritures d’igname
 Test de pathogenicité

 Mise en évidence de la pathogénicité des

champignons isolés
Inoculum
fongique
conservation

Test de pathogénicité

Dr SEKA, UNA 67
 DIAGNOSTIC DES MALADIES
Diagnostic indirect: au laboratoire
2. Identification des champignons par les tests moléculaires

Dr SEKA, UNA 68
 MÉTHODES DE LUTTE CONTRE LES CHAMPIGNONS
PHYTOPATHOGÈNES
 Lutte culturale
 Ces mesures sanitaires permettent de réduire l’inoculum
primaire et la propagation du pathogène par :
 L’utilisation de semence saine
 Assolement et rotation des cultures
 Date de semis
 Manipulation
 Fumure et amendement
 irrigation

 Lutte génétique
 Elle est basée sur la culture de variété résistante ou tolérante
au pathogène considéré

Dr SEKA, UNA 69
 MÉTHODES DE LUTTE CONTRE LES CHAMPIGNONS
PHYTOPATHOGÈNES
 Lutte chimique
 Elle se fait par l’utilisation de fongicides soit :

 Systémiques
 Non systémiques ou de contact

 Lutte biologique
 Elle repose sur l’utilisation de nombreux antagonisme existants
entre les être vivants.

 L’antagonisme de Trichoderma (champignon du sol) peut être

utilisé contre d’autres champignons pour éviter les lésions
ultérieures (Fusarium, Pythium, Rhizoctonia)

Dr SEKA, UNA 70
 MÉTHODES DE LUTTE CONTRE LES CHAMPIGNONS
PHYTOPATHOGÈNES
 Lutte par utilisation d’extraits végétaux
 L’utilisation d’extraits de nombreuses plantes permettent de
contrôler certains champignons phytopathogènes

Dr SEKA, UNA 71
 Lutte contre les champignons des
tubercules l’igname

Former des cultivateurs à la reconnaissance des symptômes

Utiliser les extraits de plantes chromonena, gingembre, vin

de palme..)

Mettre en place d’épidémiosurveillance

Dr SEKA, UNA 72
Nématodes

Dr SEKA, UNA 73
 Définition
Les nématodes sont de petits animaux à corps mou,
allongé et filiforme qu’on appelle « vers ». Il existe trois
grands groupes de vers :
Les vers plats ou plathelminthes (le ténia, la douve du
foie)
Les vers annelés ou annélides (le lombric, la sangsue)
Les vers ronds ou némathelminthes (ascaris, les
anguillules)
Les nématodes appartiennent au groupe ou phylum des
némathelminthes.

Dr SEKA, UNA 74
 2. Principaux types de symptômes
Symptômes sur les parties aériennes
Symptômes causés par les nématodes des parties
aériennes

Maladie d’Ufra sur riz Stries et décolorations en

causé par Ditylenchus rayures sur feuille de
angustus bananier Ensete (Musa)
causé par Aphelenchoides
Plissement/entortil sp.
lement des feuilles
de riz par
Dr SEKA, UNA 75
Ditylenchus
2. Principaux types de symptômes
Symptômes sur les parties aériennes
Symptômes causés par les nématodes des
racines

Chlorose et Chute d’un plant de Distribution en taches,

croissance réduite bananier causé par nanisme et chlorose de pieds
d’un pied de riz Radopholus similis. de maïs attaqués par le
(gauche) en nématode à galles
présence de (Meloidogyne spp.)
Heterodera Dr SEKA, UNA 76
2. Principaux types de symptômes

Symptômes sur parties

souterraines
Galles

Déformation massive et regroupement de galles sur le système

racinaire de légumes attaqués par Meloidogyne spp.

Dr SEKA, UNA 77
2. Principaux types de symptômes

Symptômes sur parties souterraines

Galles

Chapelet de galles en perles sur

Galles sur les tubercules causées par
racines de laitue causé par
Meloidogyne spp.
Meloidogyne spp.
Dr SEKA, UNA 78
2. Principaux types de symptômes

Symptômes sur parties souterraines

Galles

Galles sur betteraves

Galles sur tubercules de manioc

Dr SEKA, UNA 79
 2. Principaux types de symptômes

Symptômes sur parties souterraines

Raccourcissement du système racinaire

Symptômes de racines raccourcies sur maïs on maize, causés par

Paratrichodorus minor

Dr SEKA, UNA 80
 2. Principaux types de symptômes

Symptômes sur parties souterraines

Lésions sur racines et tubercules

Lésions internes et nécroses à la Lésions internes sur patate douce

surface d’une igname infestée par le causées par le nématode à galles
nématode de l’igname (Scutellonema (Meloidogyne incognita)
bradys).
Dr SEKA, UNA 81
 2. Principaux types de symptômes

Symptômes sur parties souterraines

Pourriture des racines et tubercules

Pourrissement, fissures de racines

de bananier en présence de
Radopholus similis, Helicotylenchus Pourriture sèche sur igname causée
multicinctus et Meloidogyne spp. par le nématode de l’igname
Dr SEKA,(Scutellonema
UNA bradys). 82
2. Principaux types de symptômes
Symptômes sur parties
souterraines
Crevasses et
craquelures

Fissures et crevasses à la surface d’un Crevasses sur patate douce en

tubercule d’igname (gauche) causées présence de Rotylenchulus spp
par Scutellonema bradys

Dr SEKA, UNA 83
II. Diagnostic des maladies causées par les nématodes

1. Diagnostic au champ

1.1. Echantillonnage

1.2. outils d’échantillonnage

1.3. nombre d’échantillons

1.4. Schémas d’échantillonnage

1.5. Collecte des échantillons de sol

1.6. Collecte d’échantillons de racines

1.7. Collecte d’échantillons de parties aériennes

1.8. Soins à porter aux échantillons

Dr SEKA, UNA 84
 2. Diagnostic au laboratoire
Extraction des nématodes
Il existe quatre techniques de base pour l’extraction des nématodes

• Extraction par la méthode de Baermann

• Méthode par broyage de racines ou de feuilles

• Méthode par tamisage

• Méthode par incubation

Trois autres méthodes existe mais nécessitent des équipements spécial

• l’élutriation,
• la méthode de Fenwick
• la méthode par centrifugation-flottaison –isés

Dr SEKA, UNA 85
1. Extraction par la méthode de Baermann

Cette méthode (ou ses adaptations) est souvent appelée

méthode modifiée de Baermann, méthode des assiettes,
ou méthode des plateaux de Whitehead.

Avantages:
• Un équipement spécialisé n’est pas nécessaire

• Une méthode facile à adapter en fonction des

circonstances et des matériels

• Une méthode qui extrait un grand nombre de nématodes

mobiles

• Une technique simple

Dr SEKA, UNA 86
1. Extraction par la méthode de Baermann

Inconvénients:
• Les nématodes de grande taille, lents et peu mobiles ne
sont pas aussi bien extraits

• Les extractions sont parfois sales (particulièrement

lorsque la teneur en argile du sol est élevée) et par
conséquent difficiles à compter

• La proportion de nématodes extraits peut varier avec la

température, occasionnant des variations supplémentaires
entre échantillons extraits à des périodes différentes

• L’extraction maximale prend 3–4 jours.

Dr SEKA, UNA 87
 1. Extraction par la méthode de Baermann
1.1. Méthode d’extraction par Baermann pour les
échantillons de sol.

1. Tamisage grossier de 2. Mesure standardisée 3. Etalement du filtre de

l’échantillon pour d’un certain volume cellulose sur le tamis ou
enlever les plus gros d’échantillon, e.g. 100 panier
débris et les mottes de ml.
terre.

Dr SEKA, UNA 88
 1. Extraction par la méthode de Baermann
1.1. Méthode d’extraction par Baermann pour les
échantillons de sol.

4. Placer le sol sur le filtre de 5. Verser l’eau avec précaution dans la

cellulose en s’assurant que le soucoupe, uniquement dans l’espace
sol ne déborde pas en dehors compris entre le tamis et la soucoupe
du filtre.

6. Conserver les échantillons en

extraction pendant 2 jours en
vérifiant que les échantillons soient
toujours humides et ne séchent pas
Dr SEKA, UNA 89
avec l’évaporation.
 1. Extraction par la méthode de Baermann
1.1. Méthode d’extraction par Baermann pour les
échantillons de sol.

7. Egoutter le tamis 8. Verser la 9. Rincer abondemment

avec précaution, le suspension contenant la soucoupe dans le
retirer de la soucoupe les nématodes dans bécher.
et jeter sol et filtre. un bécher/tasse
étiqueté.

Dr SEKA, UNA 90
 1. Extraction par la méthode de Baermann
1.1. Méthode d’extraction par Baermann pour les
échantillons de sol.

10. Laisser les échantillons 11. Réduire le volume de la suspension

reposer quelques heures ou une par décantationou en passant cette
nuit. suspension sur un tamis à petites
mailles (i.e. 28 μm) afin de la concentrer
dans un bécher avant l’observation des
nématodes.

12. L’échantillon peut être conservé

Dr SEKA, UNA 91
dans un tube pour une observation
 1. Extraction par la méthode de Baermann
1.1. Méthode d’extraction par Baermann pour les échantillons
de sol.

13. Si l’échantillon doit être expédié

pour analyse, les nématodes, après
décantation, doivent être transférés
depuis le fond du large tube vers un
tube plus petit à l’aide d’une pipette

Dr SEKA, UNA 92
 1. Extraction par la méthode de Baermann
1.2. Méthode d’extraction par Baermann pour les échantillons d
racines
Secouez légèrement les racines ou tubercules afin de retirer la terre ou
rincez-les sous un robinet d’eau puis séchez-les légèrement avec un
papier absorbant. Pelez les tubercules avec précaution à l’aide d’un
couteau ou d’un épluche légume.

1. Coupez les racines 2. Pesez un sous 3. Placez ce sous

et/ou les pelures de échantillon (aliquote). échantillon sur le
tubercules et placez-les tamis pour extraction.
dans un récipent
étiqueté.
Suivre les étapes 5–13 pour la méthode d’extraction par
Dr SEKA, UNA 93
Baermann pour les échantillons de sol.
 Observation et identification des
nématodes

Présence de nématodes
Utilisation d’une loupe agglutinés au substrat
binoculaire avec un
éclairage par le fond
(diascopie).
Dr SEKA, UNA 94
III. Méthodes de lutte contre les nématodes
phytopathogènes
1. Mesures phytosanitaires

2. Pratiques agricoles au champ

3. Fertilisants inorganiques et organiques

4. Thermothérapie des semenceaux

5. Lutte chimique

6. Résistances variétales

7. Gestion intégrée des nématodes phytoparasites

Dr SEKA, UNA 95
Bactéries

Dr SEKA, UNA 96
Les procaryotes sont des organismes unicellulaires dont les cellules sont
dépourvues de noyau différencié. Parmi les procaryotes phytopathogènes, on
distingue les bactéries sensu stricto pourvues d’une paroi (conférant une forme
rigide à la cellule) et les mollicutes (phytoplasmes et spiroplasmes) qui en sont
démunis.

Certaines bactéries sont sphériques ou ovoïdes (les coques), tandis que d’autres
ont la forme de bâtonnets droits (les bacilles) ou plus ou moins incurvés (les
vibrions). Les Actinomycètes forment de longs filaments multinucléés
constituant un « pseudo mycélium ».

Toutes les bactéries parasites des végétaux sont des bacilles ; elles ont
généralement une longueur de 1-2 µm et une largeur de 0,3 à 0,5 µm, soit une
taille 10 à 20 fois inférieure à celle d’une cellule végétale typique (figure 2).

Dr SEKA, UNA 97
Les bactéries Gram + fixent la coloration de Gram (du nom de son
inventeur), les bactéries apparaissent de couleur violette.
Les bactéries Gram – ne fixent pas la coloration et apparaissent roses
après le traitement. En effet chez les bactéries Gram - la paroi bactérienne
est doublée d’une nouvelle membrane riche
en phospholipides et liposaccharides qui empêchent la coloration violette
de se fixer. Les bactéries apparaissent de couleur rose.

Symptômes causés par les bactéries

Les symptômes généraux causés par les bactéries sont : les

flétrissements, les nécroses, les tumeurs et anomalies racinaires, les
pourritures et dépérissements, les gales, les complexes de
symptômes
Dr SEKA, UNA 98
 Maladie bactérienne :
Erwinia carotovora et Clavibacter michiganensis

Dr SEKA, UNA 99
 Le chancre asiatique des agrumes
causé par Xanthomonas citri pv. citri

Dr SEKA, UNA 100

Dr SEKA, UNA 101
Symptômes de maladie bactérienne et test
d ’exsudat

Dr SEKA, UNA 102

Méthode de lutte culturale

Utilisation de semences de bonne qualité certifiée

Bonne préparation et bon entretien de la pépinière
Repiquage aux dates et stades recommandés
Proscription de la monoculture
Rotation de culture et assolement obligatoire
Fertilisation recommandée
Utilisation de plants et de rhizomes (pour multiplication végétative)
indemne de bactéries
Désinfection des couteaux et autres outils de transplantation par
trempage dans une solution de 10 % de formaldéhyde pendant la
transplantation.
Destruction des plants attaqués par le feu

Dr SEKA, UNA 103

Méthode de lutte génétique
Utilisation de variétés résistantes ou tolérantes recommandées par
les services techniques compétents comme les instituts de recherche
agricole.

Méthodes de lutte chimique

Cette méthode implique l’utilisation de produits chimiques naturels
de synthèse contre les organismes visés. Le principal avantage de la
lutte chimique est son effet immédiat.

Dr SEKA, UNA 104

MERCI DE VOTRE
ATTENTION

Dr SEKA, UNA 105