Master II : Protection des végétaux Epidémiologie et prévision des risques Pr.

MEBARKIA Abdelkrim

‫الجمهورية الجزائرية الديمقراطية الشعبية‬

‫وزارة التعليم العالي والبحث العلمي‬

Université Ferhat Abbas Sétif 1 1 ‫ سطيف‬،‫جامعة فرحات عباس‬

Sciences de la Nature et de la Vie

Master 2 : Protection des végétaux

Epidémiologie et prévision des risques

Pr. Abdelkrim MEBARKIA

Année universitaire 2020-2021

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Introduction

Une lésion sur une feuille causée par un pathogène n'a pas un impact significatif, économique

ou écologique. Une épidémie qui provoque des pertes importantes de récolte ; comprend des milliers ou

des millions d'événements qui impliquent l'infection toute d’une population de parasite et de leurs

plantes hôtes.

L'importance économique de certaines maladies épidémiques des plantes (mildiou de la pomme

de terre, mildiou de la vigne, graphiose de l'orme, feu bactérien des pommoeïdées, etc.…) fait que dans

certains pays elles sont classées dans la rubrique des calamités agricoles ; rappelons que sous l'Antiquité,

les fêtes données pour apaiser le Dieu Robigo montrent que l'assimilation des épidémies de rouille sur

céréales aux calamités agricoles existait déjà.

De par sa nature même une épidémie est un phénomène dynamique ; toute production agricole

s'inscrit dans une cinétique qui est définie par un objectif à atteindre (de qualité, de quantité, de coûts,

de préservation de l'environnement. Toutes propositions de protection phytosanitaire et la mise en

application de celles-ci doivent tenir compte du cheminement de la trajectoire retenue pour atteindre

l'objectif fixé.

1. Historique de l’épidémiologie végétale

En pathologie végétale le terme d'épidémie a été utilisé pour la première fois, en France, par

Duhamel de Montceau en 1728. Par la suite et après deux siècles, de nombreux scientifiques se sont

intéressé à l’épidémiologie végétale. Jones en 1913 a mis en évidence le rôle et l’importance de

l’environnement dans l’apparition des maladies et des épidémies. En 1946, Gaùman propose son

schéma du cycle d'infection et émet l'hypothèse du « genius epidemicus ». Large en 1952 a introduit la

notion d’évaluation des pertes dues aux épidémies. Ayant le premier à voir introduit la notion de

quantification de la maladie. Horsfall et Dimond en 1960, ont introduit la technique de prédiction et la

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détermination de la densité d’inoculum et ce n'est qu'en 1963, avec la publication du premier livre de

Van der Plank que l'épidémiologie en pathologie végétale devient une discipline scientifique à part

entière.

2. Les concepts épidémiologiques

L'épidémiologie est définie comme l'étude de la distribution et les caractéristiques de la

fréquence de la maladie dans les populations de la plante hôte. Elle se concentre sur la progression de

la maladie, la multiplication de l'agent pathogène à travers l'espace et le temps.

Dans son approche classique, quantitative, elle répertorie les zones touchées, mesure à l’aide de

modèles la progression des maladies dans le temps et dans l’espace. Ces paramètres dépendent de la

biologie de l’agent pathogène (la maladie d’une plante peut être causée par une bactérie, un virus, un

champignon ou encore un nématode) de ses vecteurs (vent, insectes, animaux ou homme) et des

conditions environnementales. Ainsi, en protection des cultures, les techniques culturales, la sensibilité

des plantes cultivées à la maladie et les peuplements végétaux parfois réservoir d’agents pathogènes

sont pris en compte.

3. Les champs de l’épidémiologie

Demarly (1977a) représente schématiquement les divers niveaux d’investigation qui

caractérisent les relations hôtes parasites :

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Le niveau A. La dimension des nations voire des continents,

Le niveau B. Celui des espaces socioéconomique et écologiques,

Le niveau C. Celui de la phytotechnie dont l’agriculture à la maitrise,

Le niveau D. Correspond à l’espace d’entrée de l’épidémiologie,

Le niveau E. Correspond à l’interface hôte-pathogène,

Les niveaux F, G et H se situent au niveau des relations individuelles,

4. Domaine de l’épidémiologie

4.1. Epidémiologie descriptive

C’est l’étude qui s’intéresse à la distribution et la répartition de l’agent pathogène ainsi qu’aux

différents indicateurs épidémiologiques.

4.2. Epidémiologie analytique

Elle s’intéresse à l’influence et l’impact des facteurs et des marqueurs sur le développement

d’une épidémie.

4.3. Epidémiologie expérimentale

Ces études s’apparentes aux études de cohortes mais, contrairement aux études analytiques, le

facteur d’exposition est choisi par l’épidémiologiste dans l’objectif :

- Mettre au point de nouvelles molécules dans le cadre de traitement.

- Evaluation d’une stratégie ou d’un programme de lutte.

- Evaluation de méthode de détection et de diagnostic.

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5. Phytopathométrie

La quantification des maladies des plantes, également appelée phytopathométrie, vise à évaluer

les symptômes causés par des agents pathogènes sur les plantes et leurs signes. Lord Kelvin, considère

que sans la quantification de la maladie, il n’y aura pas : d’études épidémiologiques, ni une évaluation

des pertes, ni d’enquêtes sur les maladies.

5.1. Objectifs de quantification de la maladie

Parmi les objectifs visés par la quantification de la maladie, on a principalement :

- Etudier l’évolution de la maladie ou des épidémies (courbes de développement ou évolution de

la maladie.

- Déterminer le moment opportun d’application d’un traitement.

- Evaluer la résistance des génotypes aux agents pathogènes.

5.2. Méthodes de quantification des maladies

5.2.1. Méthodes directes

La quantification des maladies est basée sur l’évaluation des symptômes et des signes. Parmi ces

paramètres, on trouve :

- Prévalence. C’est le taux de champs contaminés par une maladie par rapport au nombre de

champs prospectés.

- Incidence (fréquence). C’est le taux de plantes ou organes infectés en fonction du nombre de

plants totaux.

- Détermination de l’aire sous la courbe (AUPC : area under the progress curve). Elle représente la

progression de l’incidence entre deux point.

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- Sévérité (intensité). C’est le taux de la zone de tissu atteinte selon les échelles de notation

appropriées à chaque maladie.

5.2.2. Méthodes indirectes

Le recours à ces méthodes dans le cas où les symptômes typiques sur plants malades ne peuvent

pas être observés ou sont difficilement mesurables (nanismes, gales, tumeurs, retard de croissance,

manque de vigueur de la plante, etc…). Parmi ces méthodes, on cite : Techniques de comptages,

détermination de la distribution spatiale de la maladie, comparaison des rendements dans les parcelles

exposées et non exposées.

6. Notion d’épidémie

La notion épidémie est souvent employée pour présenter un développement soudain et rapide

ou répandu de la maladie. Elle est utilisée aussi pour désigner la dynamique de la maladie, c.-à-d., le

changement de la quantité de la maladie dans le temps. Par cette définition il peut y avoir des épidémies

rapides ou des épidémies lentes.

L'endémie

Elle correspond à des maladies réparties de façon homogène ou hétérogène mais qui ne touchent

qu'un faible nombre d'individus. La fréquence des plantes malades reste basse et relativement constante

au cours du temps ; ce qui ne veut pas dire que l'impact agronomique d'une endémie est faible. Une

autre caractéristique de l'endémie est que la présence du parasite est permanente.

Les fausses épidémies

Celles-ci s'observent dans deux cas. Le premier correspond à une seule période de contamination

mais la variabilité de l'expression de la maladie entre les plantes donne, lors de la lecture au niveau du

peuplement, l'impression visuelle de la progression d'une épidémie. Le deuxième cas correspond à

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plusieurs contaminations primaires qui se suivent sur un laps de temps relativement court et dont

l'expression plus ou moins différée dans le temps, de quelques jours à plusieurs dizaines de jours, donne

l'impression de la progression visuelle d'une épidémie.

6.1. Caractéristiques d’une épidémie

Les principales conditions pour qu’une infection donne naissance à une épidémie sont les

suivantes :

Du côté de l’hôte : forte concentration des plantes génétiquement identiques, grande sensibilité

de l’hôte, présence de l’hôte intermédiaire pour certaines rouilles.

Du coté de parasite : pouvoir de reproduction élevé, pouvoir pathogène élevé, dispersion aisée.

Du coté climat : conditions favorisantes l’infection, soit dans la plupart des cas forte humidité,

température environ 20°C.

6.2. Différents types d’épidémie

Epidémies annuelles

Les épidémies annuelles, plus ou moins fortes, se déroulent sur un espace constant ; elles sont

fréquentes dans les cultures céréalières, la pomme de terre et les vergers.

Epidémies pluriannuelles

Les épidémies pluriannuelles progressent sur un ou plusieurs continents et s'étendent sur

plusieurs années. Lorsqu’une épidémie se déclenche dans une contrée nouvelle, elle est très forte les

premières années, gagne rapidement de nouvelles régions puis diminue pour se stabiliser.

7. Cycle de base de l’épidémie

7.1. Définition

On appelle un cycle de base de l’épidémie, l'ensemble des changements d'état de parasite et de

la maladie qui sont rencontrés lorsque la chaîne d'infection se déroule.

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7. 2. Paramètres du cycle de base

Toute épidémie requiert pour ce développé des tissus végétaux susceptibles d'être contaminés

puis malades et un parasite apte à les infecter. Le système épidémique comprend trois catégories de

variables d'état :

-
Celles qui sont propres au parasite.
-
Celles qui concernent la maladie qui induit.

- Celles qui caractérisent les états de peuplement hôte.

Il est nécessaire de connaître tous les éléments constitutifs de cycle de base avant d'entreprendre

toute approche épidémiologique. L'amorce de cycle de base est l'inoculum primaire dont la première

caractéristique est qu'il doit être compatible avec la population végétale. Suivant les modalités de

dissémination de l'inoculum, son origine peut être endogène à la parcelle où a été mis en place le

peuplement, on parle d'auto- inoculum, d'endo-infection et d'endodémie; ou origine exogène à la

parcelle on parle alors d'allo-inoculum d'allo-infection et d'exodémie. Cette distinction est très

importante en épidémiologie qualitative.

Lorsque la contamination réalisée, la vitesse de déroulement de cycle de base est principalement

fonction de la durée de latence qui marque le début de l'apparition de tissus contagieux donc de

production d'un inoculum secondaire. Cette durée varie beaucoup, pour un hôte donné, d'un parasite

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à l'autre. Un an pour le charbon sur le blé, quelques jours pour l'oïdium. Elle est souvent modelée par

les conditions climatiques et par les modalités de résistance de l'hôte. Cette donnée est, pour les parasites

biotrophes, celle qui explique au mieux la vitesse d’un développement d'une épidémie. Ce qui n'est pas

le cas pour les parasites nécrotrophes. La période d'incubation est le délai qui sépare la contamination

de l'apparition des symptômes visuels. Ce délai est souvent utilisé, chez les maladies fongiques, pour

juger de la période de latence ; pour les champignons biotrophes ces deux durées sont souvent très

proches alors que pour les parasites nécrotrophes il existe souvent une relation d'homothétie entre ces

deux états.

7.3. Vitesse de déroulement du cycle de base

Lorsque la contamination réalisée, la vitesse de déroulement de cycle de base est

principalement fonction de la durée de latence qui marque le début de l'apparition de tissus contagieux

donc de production d'un inoculum secondaire. Cette durée varie beaucoup, pour un hôte donné, d'un

parasite à l'autre. Un an pour le charbon sur le blé, quelques jours pour l'oïdium. Elle est souvent

modelée par les conditions climatiques et par les modalités de résistance de l'hôte. C’est le cas des

parasites biotrophes, qui explique au mieux la vitesse d’un développement d'une épidémie. Par contre,

elle ne l’est pas pour les parasites nicrotrophes.

7.4. Nombre de répétitions du cycle de base

Le nombre de fois où le cycle de base peut se répéter est fonction de la durée de réceptivité de

l'hôte qui peut varie de 2 à 3 jours pour l'ergot du blé, à toute la durée de vie du végétale c'est-à-dire à

plusieurs années pour les plantes pérennes comme les arbres, il est aussi fonction de la durée de chaque

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cycle successif. Ces répétitions dépendent de la qualité d'inoculum secondaire produit, donc de la durée

de vie des tissus contagieux, et des modalités de dissémination de parasite face à la fréquence des

événements qui permettent la contamination (figure 1).

Note : les cycles de bases ne se succèdent pas les uns après les autres ; plusieurs, plus au moins avancés

dans leur déroulement, cohabitent en même temps sur le peuplement végétal.

Figure 1. Cycle de base de l’épidémie

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