Synthèse Romane Pasque - Elumens

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SYNTHÈSES - TUYAUX - QUESTIONS D’EXAMENS  
ET BIEN PLUS ENCORE
BAC 1 Médecine Biologie 2020-2021
Biologie – synthèse
1. Convergence des sciences naturelles
La biologie a un niveau d’organisation plus élevé, qui permet d’acquérir des propriétés nouvelles
=> émergence
Critères du vivant : organisation cellulaire, complexité ordonnée, réponse à l’environnement, croissance,

développement, reproduction, transformation d’énergie, maintien de l’homéostasie, adaptation évolutive.
Théorie cellules : tous et seuls les êtres vivants sont faits de cellules
Atome < molécule < polymère/macromolécules < structures subcellulaires < cellule < tissu < organe <
système < organisme < population (organismes de la même espèce) < communauté (plusieurs espèces au
même endroit) < écosystème (communautés + milieu) < biosphère
EN : H 2.1, C 2.5, N 3, O 3.5, F 4
Liaisons van der Waals : entre des atomes

apolaires
Dipôle-dipôle : similaire à liaisons H mais

sans H
London : les mouvements aléatoires des

e- créent un déséquilibre dans la
répartition de la charge qui fait apparaître
des petites charges transitoires
=> interactions entre les charges opposés et transitoires (le nombre des interactions fait leur force)
2. L’ère abiotique - à l’origine des biomonomères
Abiotique = sans vie
Terre formée il y a 4,6 milliards d’année par l’effondrement d’une nébuleuse (accrétion des poussières).
Chaleur tellement dense que les 1000 premiers km de la couche superficielle en fusion (il ne reste aucune
roche à observer des 600 premiers millions d’années => ère Hadéen). Des gaz s’échappaient de ce magma en
fusion ainsi que des vapeurs d’eau. La Terre s’est refroidie -> la vapeur d’eau est devenue liquide, mais pression
tellement élevée que la température de condensation de l’eau est à 350°C. Des centaines de milliers de
météorites s’écrasent sur la Terre et amènent de l’eau.
Eau solvant polaire presque qu’universel, cohésive et adhérente, capacité thermique massique élevée,
enthalpie de vaporisation élevée => permet la formation et le maintien de la vie en empêchant les différences
de température trop importantes et en régulant la température.
1
Théories sur l’origine de la vie sur Terre :
- Molécules organiques trouvées dans des météorites : les chimistes ont pu démontrer que la synthèse
abiotique de nucléosides était possible dans le milieu spatial, l’énergie libérée par l’impact d’une
météorite synthétise des acides gras (mission Rosetta)
- Expérience de Miller et Urey (années 20) : soupe primitive portée à ébullition et avec des décharges
électriques pendant une semaine. Echantillons prélevés contenaient des acides aminés (on a appris
plus tard que l’atmosphère de l’époque était moins réductrice)
Ribose= aldopentose, Glucose = aldohexose

Galactose = aldohexose, Fructose = cétohexose
Dans l’eau, les sucres qui ont plus de 4 carbones
forment des cycles (α et β anomères)
! un hexose ne formera pas spécialement un cycle à
six pièces
Proline : forme particulière

Cystéine : porte un S et un thiol
(sulfhydrile)
Méthionine : porte un S et est le premier
↑ α hydroxyde en bas,
β hydroxyde en haut
Acide gras : molécule organique + groupement acide carboxylique
Nombre de C généralement paire (entre 4 et 36), molécule saturée si elle ne possède pas de double liaison
dans sa chaine de carbone. Pour numéroter les C :
- Nomenclature alpha α (utilisée en chimie) : le premier C est celui de la fonction carboxylique

- Nomenclature oméga ω (utilisée en sciences biomédicale) : le premier C est celui le plus éloigné de la
fonction carboxylique
Isomérie cis-trans des acides gras : cis= très grande courbure de la molécule
2
3. L’ère prébiotique - à l’origine du vivant
Prébiotique : va mener à la vie
Hypothèse : le premier oligomère est une molécule d’ARN, formée par un assemblage de nucléotides
préexistants par un catalyseur.
Ce catalyseur pourrait être une argile (montmorillonite) qui aurait formé un assemblage de couches qui aurait
permis la synthèse d’oligomères à une cinquantaine de nucléotides.
Ces fragments d’ARN synthétisés sont en partie catalytiquement actifs. Ces chaines sont capables de s’associer
les unes aux autres et ne perdent pas leurs fonctions. A l’heure actuelle il existe encore des ARN catalytiques
(ex : ribosomes).
Limite de l’hypothèse : instabilité chimique de l’ARN (les pentoses portent tous des OH qui sont réactionnels)
-> a poussé les scientifiques à spéculer que les molécules d’ARN possédaient un squelette moléculaire plus
stable qu’actuellement.
Les nucléotides qui forment l’ARN sont des ribonucléotides qui peuvent former des bases (adénine, guanine,
uracile, cytosine). Ils sont liés ensemble par des réactions de condensation (entre le H d’un groupement OH lié
au troisième C du pentose d’un nucléotide et le OH du groupement phosphate du nucléotide suivant -> lien
phosphoester). Sens de la synthèse des molécules : 5’ -> 3’
Structure de l’ARN monocaténaire : elle est flexible mais peut se replier sur elle-même, de manière à avoir
certaines régions de la même molécule qui peuvent se lier par complémentation (2 liaisons H entre A et U et 3
liaisons H entre C et G)
Fonctions très nombreuses : support de l’information génétique dans certains virus, transmettre l’information
génétique dans les cellules eucaryotes et procaryotes (ARNm), réguler les informations dans la transmission
des gènes, transport du support des acides aminés.
Hypothèse : le RNP world. Expliquerait la transition entre un monde strictement ARN et un monde contenant
de l’ARN et ADN.
Condensation des acides aminés : lien entre le groupement carboxylique d’un acide aminé et la fonction amine
du suivant. Fait apparaitre l’extrémité aminoterminale (N terminale) et l’extrémité carboxy terminale (C
terminale).
4 niveaux de structure des protéines :
- Primaire : ordre défini dans lequel les acides aminés s’enchainent

- Secondaire : régions définies par leur structure 3D (hélices α stabilisées par des liaisons peptidiques et
feuillets β stabilisées par des liaisons H)
- Tertiaire : repliement dans l’espace de l’ensemble de la structure : fait apparaitre des domaines
protéiques avec des fonctions spécifiques (stabilisés par des liaisons ou des interactions)
- Quaternaire : parfois, pour qu’une protéine soit active, elle nécessite la présence d’une ou plusieurs
autres protéines
Découverte de la transcriptase inverse (enzyme en 1962) : possède la capacité de copier une molécule d’ARN
en une molécule d’ADN. Permet d’envisager le passage d’ARN vers ADN.
Tout comme l’ARN, les molécules d’ADN sont de polymères de nucléotides liés par une réaction de
condensation, mais l’ADN est composé de désoxyribonucléotides (plus stable : explique la sélection de l’ADN
comme support de l’information génétique). L’uracile est remplacé par la thymine (A-T 2 liaisons H et C-G 3
liaisons H => union antiparallèle)
Condensation des monosaccharides : toujours un des hydroxydes portés par le C qui porte le groupement
carbonyle (liaison osidique)
- Saccharose (sucre de cuisine) : glucose + fructose lien α 1-2
3
- Lactose (sucre du lait) : glucose + galactose lien β 1-4

- Maltose : glycogène + sucre de l’amidon lien α 1-4
- Isomaltose : glycogène + sucre de l’amidon lien α 1-6
- Polysaccharides de réserve (solubles dans l’eau)
• Amidon : amylopectine + amidon
• Amylose : polymère linéaire de glucoses liaison α 1-4
• Glycogène // amylopectine : glucoses liaison α 1-4, ramifiés au C6 (glycogène : ramification tous les
8 à 12 glycoses, amylopectine : tous les 24 à 30 glucoses)
• Dextrane : glucoses liaisons α 1-6 avec des chaines latérales liaisons 1-2, 1-3, 1-4, …
- Polysaccharides de structure (pas solubles dans l’eau grâce à la liaison β)
• Cellulose : glucoses liaisons β 1-4 (linaire : coton, papier, …)
• Chitine (constitué les squelettes des arthropodes, utilisé pour des fils de suture biodégradables) :
assemblage acétyle-glucose-amine liaisons β
Lipides complexes : hydrophobes à cause de la grande proportion de liaisons OH (covalente apolaire) -> acides
gras, triglycérides, phospholipides, stéroïdes
- Les acylglycérols : glycérol (issus d’un sucre, 3C portant chacun un OH) et acyl (acide gras, sans
préciser la longueur) -> formé par une réaction de condensation (liaison ester)
Liaisons CH : enthalpie de dissociation plus importante que celle des OH -> briser une chaine de
triglycérides libère 2 fois plus d’énergie qu’une chaine de sucres.
Glycérol : partie polaire (hydrophobe), Acyl : partie apolaire (hydrophile)
- Les phospholipides (basé sur un diacylglycérol) : on greffe un groupement phosphate sur le OH libre
du glycérol (liaison phosphoester : molécule d’eau libérée), on greffe un acide aminé sur un des O du
phosphate (liaison Phosphoester).
Molécule particulièrement amphiphile (une région hydrophile et une hydrophobe) : dans l’eau elle
forme des structures qui ont tendance à éliminer l’eau dans les région apolaires (micelles, liposomes,
bicouche linéaire à l’origine des membranes cellulaires)
- Les stérols (= stéroïdes) : constitués par un noyau de stérane (3 cycles à 6 carbones attachés à un cycle
à 5 carbones) portant un OH
-> hormones, éléments intervenant dans la digestion
 On a tous les polymères nécessaires pour le vivant (exclure l’eau et créer des membranes)
4. Les protocellules ou les prémices de la vie
Coacervat : structure colloïdale ovale (1 à 500 µm de diamètre).
Expérience d’Oparin : on ajoute des enzymes à un coacervat provenant de la sève d’un arbre : ils sont stabilisés
et on peut observer une ébauche de métabolisme artificiel. On ajoute un substrat pour l’enzyme qui
polymérise les glucoses entre eux et le phosphate devient un ‘déchet’ qui sort du coacervat. Le coacervat
grossit jusqu’à atteindre une taille critique et donne naissance à deux coacervats filles (si l’un des deux contient
des enzymes, le métabolisme se reproduit).
=> Oparin a simulé non seulement le métabolisme mais aussi la photosynthèse, ce qui implique que des
molécules simples peuvent acquérir ce genre de comportement (ça ne veut pas dire que les coacervats sont
des ancêtres de cellules non plus).
 Théorie du monde lipidique (revue en 2001) : si on met des lipides ainsi que d’autres constituants dans
une solution, ils peuvent s’assembler.
Toutes les cellules possèdent une information génétique. Emballer cette information dans une membrane
lipidique ne suffit pas pour faire une cellule, il faut une relation bénéfique entre les différents constituants. Le
matériel génétique pourrait évoluer pour construire des lipides, qui permettraient de protéger le patrimoine
génétique, qui ferait donc des lipides plus efficaces.
Szostak (Nobel 2009) : il tente de créer en laboratoire des protocellules à partir de lipides et d’un patrimoine
génétique (ARN catalytique capable de s’auto répliquer). Il forme des protocellules et en crée d’autres avec des
4
ARN non fonctionnels ou pas d’ARN du tout. Il apparait un comportement de compétition darwinienne entre
les deux structures mises ensemble : la protocellule va se répliquer, ce qui va générer du stress sur sa
membrane, elle va donc voler des lipides aux autres (cooptation) pour grossir et se diviser. En raison du
transfert, un gradient de protons va apparaitre (+ à l’intérieur qu’à l’extérieur) => forme d’énergie potentielle
toujours utilisée par nos cellules modernes.
=> démontre l’importance de la bicouche lipidique
Membrane plasmique : bicouche de phospholipides (5 à 10 nm), protéines et lipides (tels que du cholestérol
mais seulement dans les cellules animales) regroupés entre eux sous formes de radeaux : on dit que la
membrane est une mosaïque fluide (pas figée).
Les protéines pour être membranaires doivent interagir avec la membrane :

transmembranaires traversent la membrane (polytopiques), monotopiques
(interagissent avec la bicouche sans la traverser de part en part)
- Structure tertiaire telle qu’un domaine particulier est très hydrophobe

et donc pénètre les bicouche (A)
- Tronçon d’acides aminés hydrophobes et donc pénètre la bicouche (B)
- Protéines liées par un lien covalent à des phospholipides ou acides
gras dans la bicouche (C)
- La tête de la protéine porte des charges et peut interagir avec les
phospholipides (D)
La bicouche a une perméabilité sélective : elle laisse passer les petites

molécules apolaires, les gaz, et des petites molécules polaires (alcools, eau,
acides gras, stéroïdes non lipidiques), mais ne laisse pas passer les ions, les
acides aminés, l’ATP, les molécules trop grosses (monosaccharides, protéines,
acides nucléiques). L’urée est un déchet, elle est polaire mais passe.
Diffusion : les molécules s’agitent vers un désordre maximal.
Gradient de concentration : quand le gradient est accompagné par une différence de distribution des charges,
on a un gradient électrique qui fait apparaitre une différence de potentiel entre les deux milieux => forme
basique d’énergie (stockage, énergie potentielle) // barrage
Osmose : diffusion d’eau en réponse à un déséquilibre de concentration en molécules non perméantes. On

parlera de pression osmotique ∆𝜋𝜋 = 𝑖𝑖 (𝐶𝐶𝑖𝑖 − 𝐶𝐶𝑒𝑒 )𝑅𝑅𝑅𝑅 avec i : le nombre d’ions dans la molécule non perméante
Osmolarité : concentration totale (tous les ions ou molécules présents) -> dans les cellules 0,310 osM
Solution isotonique : même concentration que la cellule (on compare en ne s’intéressant qu’aux composés
perméants). Hypotonique : de l’eau rentre dans la cellule pour compenser (turgescence, risque de lyse
osmotique : explosion de la cellule). Hypertonique : de l’eau sort de la cellule (plasmolyse)
Passage des molécules à travers une membrane (! pas bicouche) ne se limite pas à
traverser la partie lipidique. Certaines protéines facilitent le passage. Les protéines
transmembranaires ne sont pas totalement apolaires (il y a des régions polaires).
Protéines canal : s’organise en hélice pour faire un ‘trou’ dans lequel peuvent
passer certaines molécules (l’intérieur du trou est polaire) : les ions avec une
charge et une taille comparable ainsi que l’eau peuvent passer. Certains canaux répondent à des stimulus
(autres toujours ouverts) :
- Canal contrôlé par un liguant : s’ouvre pour laisser passer des molécules puis se referme (stimulus
chimique)
- Canal contrôlé par le voltage : stimulus physique
- Canal mécanique : stimulus physique
5
Transporteurs : protéines qui facilitent le passage de certains ions et petites molécules organiques polaires
(sucres ou acides aminés). Ils doivent se lier spécifiquement au soluté qu’ils doivent transporter, ce qui rend le
système saturable (avantage : lorsque tous les transporteurs sont occupés, on peut ajouter autant de
molécules qu’on veut, ça n’ira pas plus vite). A l’inverse des canaux, le transporteur doit modifier sa forme
(vitesse plus réduite).
Concentration Km : constante de Michaëlis, c’est le reflet de l’affinité
de l’enzyme pour le substrat (plus il est petit, plus l’affinité est grande)
Glut 1 : dans les globules rouges, Glut 2 : dans les cellules du foie
=> en fonction de la concentration, un système est plus avantageux
que l’autre (basse : les transporteurs, haute : diffusion simple)
Transport actif primaire : se passe dans le sens inverse des gradients

de concentration (besoin d’énergie : ATP). Il est dit primaire car c’est
au site de transport même qu’est consommée l’énergie.
Les pompes : complexes de protéines transmembranaires qui utilisent une source d’énergie chimique
(hydrolyse d’ATP) ou physique (énergie des électrons : énergie d’une molécule cédée à une autre, rhodopsine :
énergie lumineuse).
Uniports : ne transportent qu’une substance à la fois >< cotransports : plusieurs substances à la fois (vont dans
le même sens : symport >< vont dans des directions opposées : antiport)
Transport actif secondaire = transport actif

indirect : n’utilise pas directement l’énergie de
l’ATP mais utilise une différence de potentiel
électrochimique de l’ion transporté. Il bénéficie
du gradient de protons sorti grâce à l’uniport
actif primaire et va prendre du saccharose (qui
entre contre son gradient) par la même
occasion sans devoir dépenser de l’ATP
(couplage entre un transport actif et un
transport passif)
5. Les premières cellules – à la découverte des procaryotes
La biochimie des cellules modernes

garde la trace du passage d’ARN à ADN.
Kinase : classe d’enzymes qui ajoutent

du phosphate
Réductase : enzyme qui fait une

réaction de réduction (dans ce cas, sur
le ribose)
Transition probablement passée par

une forme d’ADN primitif (U-ADN :
contient de l’uracile). Arguments en faveur : la synthèse moderne des désoxyribonucléotides est réalisée à
partir de ribonucléotides de l’ARN, dans les cellules modernes, il n’y a pas de nucléotides monophosphates de
la thymine (TMP) sans passer par un nucléotide de l’ARN qui contient de l’uracile.
A l’heure actuelle, on rencontre encore de l’U-ADN dans certains bactériophages.
LUCA (last universally commun ancestor) il y a 3,8 milliards d’années : traces de vie chimiques dans les sources
chaudes.
Eubactéries il y a 3,5 milliards d’années : stromatolithes (bactéries capables de faire la photosynthèse).

Êtres vivants unicellulaires entre 2,2 et 2,9 µm, peuvent se rassembler et vivre en communautés
! eubactéries = archées ≠ bactéries = procaryotes)
6
Forme de la cellule donnée par un squelette externe qui porte le nom de paroi (permet de résister à la lyse
osmotique). Eubactérie sans paroi = mycoplasme.
Paroi composée de peptidoglycans : polymères de sucres linéaires unis par des liaisons polypeptiques, les
chaines sont liées entre elles par des acides aminés (! Enantiomère D)
Eubactéries Gram + : paroi épaisse, coloration mauve.
Eubactéries Gram - : paroi fine mais surmontée d’une couche externe de peptigoglycans, coloration rose.
Couche S (pas toujours présente) : intervient dans l’adhésion de l’eubactérie, composée de protéines
Capsule (pas toujours présente) : entoure toute la paroi et au-delà de l’adhésion, empêche la phagocytose.
Constituée de protéines et de polysaccharides.
Flagelle : appendice moteur ancré simultanément dans la paroi et la membrane

plasmique. Chez les procaryotes : exclusivement constitué de protéines, la flagelline.
Canal d’ions H+ : le mouvement des protons au travers du disque engendre le

mouvement du flagelle : force protons motrices.
Ce type d’énergie est utilisé à des autres fins dans des cellules sans flagelle.
Cytoplasme : cytosol (composante liquide) + organites. Contient de ribosomes

(responsables de la synthèse des protéines) codés par le génome de la cellule, fait
d’une seule molécule d’ADN bicaténaire de forme circulaire. Chez les procaryotes,
on ne parle pas de chromosome mais de génophore. Cet ADN est ‘nu’, il n’est pas
associé à des protéines de structure appelées des histones.
De cette cellule sortent des annexes : le flagelle et les pili (les + court sont les pili communs/fimbriae, les +
épais sont les pili sexuels)
Plasmides : portent un ou quelques gènes dont l’expression va modifier le phénotype de la cellule et lui donner
un avantage sélectif (ex : résistance aux antibiotiques). Exploités dans le domaine du gémi génétique : permet
d’apporter de nouveaux gènes à des cellules procaryotes ou eucaryotes (la cellule à laquelle on injecte ces
plasmides sera fonctionnelle et pourra produire des protéines étrangères)
=> application dans le domaine de la santé : on peut introduire les gènes qui vont coder pour une protéine
humaine (ex : insuline).
Certains plasmides peuvent être transférés d’une cellule procaryote à une autre : transfert horizontal de
gènes -> repose sur un processus appelé la conjugaison.
Plasmide F (fertilité) : le plus étudié, se trouve les cellules Escherichia coli (F+ si elle le possède, F- si elle ne le
possède pas), possède un gène responsable de la mise en place du pili sexuel (tube protéique creux).
Le pili va à la recherche de la surface de la cellule receveuse pour former un pont de conjugaison. La cellule
donneuse vient donc placer son plasmide F qui est copié indépendamment de la réplication du génophore, fait
par une processus appelé amplificateur circulaire.
Il copie un seul des deux brins en une
copie complémentaire qui reste
monocaténaire. Après la copie, elle est
transférée de la cellule F+ vers la -.
La cellule receveuse va alors accomplir
la synthèse du brin complémentaire et
devenir F+.
Temps de doublement moyen d’une

bactérie typique (E. coli) : 20 minutes.
Temps de croissance fonction du type
cellulaire et des conditions dans
lesquelles est la cellule.
Pendant la scissiparité : le génophore va se répliquer => réplication et division synchronisées.
7
Les traces fossiles des archées sont indiscernables des eubactéries, mais il existe des traces chimiques typiques
des archées trouvées dans des roches (schistes) qui ont 2,7 milliards d’années.
≠ avec les eubactéries : membrane plasmique pas forcément une bicouche de phospholipides
Liaison qui lie

l’hydrocarbure avec
le stérol est une
liaison éther.
Paroi : composée d’un pseudo peptidoglycane, que d’acides aminés de type L, sucres ≠ de ceux des eubactéries
=> cette disparition de l’énantiomère D pourrait être un signe d’évolution (pas présent chez nous)
Métabolisme : beaucoup plus varié que celui des eubactéries, seul le domaine des archées a développé une
voie métabolique capable de produire du méthane (ce type d’archées est présent dans les intestins)
Archées considérées comme des cellules extrêmophiles (conditions extrêmes de pression, chaleur, salinité, pH).
A l’heure actuelle on en connait aucune archée pathogène (toujours mutualiste ou commensaliste). Peuvent
être phototrophes, chimiotrophes, autotrophes ou hétérotrophes.
Si elles se retrouvent dans un environnement défavorable à leur survie, certaines bactéries sont capables de
former une endospore (paroi très épaisse contenant une toute petite quantité de cytoplasme) qui va subsister
à l’intérieur de sa mère jusqu’à sa mort puis rester protégée jusqu’à germer à nouveau => sporulation.
6. Les concurrents de LUCA
D’après une théorie, les concurrents de LUCA possédaient des propriétés chimiques qui leur permettraient de
parasiter LUCA et donc de se répliquer à l’intérieur et d’y subsister.
Les virus seraient donc des descendants des concurrents de LUCA qui seraient devenus des parasites qui
auraient détournés les machineries moléculaires et cellulaires de LUCA à leur profit et auraient pendant le
processus abandonné des fonctions communes à LUCA et continué à se simplifier jusqu’à se reposer
totalement sur la machinerie de l’hôte. Ils auraient donc perdu tous les attributs qui font d’eux des êtres
vivants, ils n’ont gardé que le strict nécessaire pour mettre les cellules à leur service.
A l’heure actuelle, il existe des bactéries susceptibles de parasiter le cytoplasme d’autres cellules (théorie
crédible).
Virus : 20 à 250 nm, possède une structure de base : un acide nucléique (génome, peut être constitué d’une ou
plusieurs molécules d’ADN ou ARN mono ou bicaténaire) entouré par une coque (capside composé d’un seul
type de protéine. Chaque protéine porte un nom, on appelle ça un capsomère). La nature de l’acide nucléique
est à la base d’une des classifications des virus (Baltimore). Un grand nombre de virus sont entourés d’une
membrane biologique (ils sont enveloppés). Possède deux formes distinctes :
- Forme particulaire libre (à l’extérieur des cellules) : virion

- Forme intracellulaire
 On estime sur Terre qu’il y aurait 1031 virus
Chaque espèce de virus a une gamme plus ou moins étroite d’hôtes potentiels -> peut y avoir des
recombinaisons entre virus ou mutations. Quand le virus est à l’intérieur d’un hôte, il a un tropisme particulier
pour un type cellulaire donné (la varicelle n’infecte par les cellules des intestins).
Sans hôte, temps de vie assez court (quelques minutes à quelques jours). La cellule infectée va subir des
dommages qui peuvent être irréversibles et entrainer la destruction de la cellule. Certains virus ne sont pas
pathogènes (adénovirus), d’autres ne le sont pas immédiatement (latent).
Au moins 10% de notre patrimoine génétique serait d’origine virale (vestiges inactifs d’infections datant parfois
de plusieurs millions d’années). Certains pensent que cette quantité atteint les 50%. Il y a d’autres séquences
de notre patrimoine génétique qui seraient d’origine virale, toujours actives et qui sont principalement des
vestiges de rétrovirus qui ont eu la capacité d’intégrer leur patrimoine génétique dans le nôtre.
8
Le cycle viral : ensemble des processus qui se produisent dans la cellule infectée visant à produire de nouveaux
virions, exploite aussi l’énergie de la cellule, sa machinerie et ses biomonomères.
- Adsorption ou adhérence : fixation du virion à la surface de la cellule pour laquelle il a un tropisme

(protéine particulière permet d’entrer) -> résultat d’une interaction spécifique entre une ou quelques
protéines à la surface de la cellule et à la surface du virion. Cette interaction entre les protéines est le
résultat d’interactions entre les domaines protéiques (interactions faibles : pas de liaisons covalentes,
de pont disulfure) -> si l’interaction est trop solide, le virus sera piégé : besoin de liaison labile (qui
peut se défaire)
- Pénétration : dépend de l’espèce virale considérée et donc de la structure du virion
• Bactériophages : le virion n’entre pas dans la cellule, il agit comme une seringue moléculaire
(il injecte son patrimoine génétique dans le cytoplasme)
• Virus enveloppé qui pénètre les cellules animales : il peut entrer dans la cellule par fusion
membranaire (capside recouverte par une enveloppe phospholipidique qui va fusionner avec la
membrane de la cellule au point de contact, ce qui entraine l’entrée de la capside dans le cytoplasme
de la cellule) ou par endocytose (le point de contact entre le virion et la cellule provoque une
invagination de la membrane plasmique de la cellule, les lèvres de cette invagination vont finir par se
toucher et fusionner, entrainant la formation d’une vésicule à l’intérieur du cytoplasme définie par
une membrane originaire de la membrane plasmique de la cellule
- Décapsidation
• Bactériophages : la pénétration s’accompagne d’une décapsidation (le patrimoine génétique
quitte le virus)
• Virus enveloppé : la capside se rompt grâce à des enzymes (souvent produites par la cellule
elle-même) et une acidification et entraine la sortie du patrimoine génétique de la capside vers le
cytoplasme
- Réplication du génome viral : selon son patrimoine génétique, la réplication peut prendre des formes
différentes
- Synthèse et assemblage des composants : composants viraux néosynthétisés grâce aux ressources,
aux organites et à la machinerie moléculaire de la cellule : capsomère, enzymes, protéines
synthétisées par les ribosomes sur la base d’un ARN messager d’origine virale
- Libération : les virions qui viennent d’être synthétisés sont libérés grâce à une rupture de la
membrane de la cellule, par bourgeonnement de la capside au travers de la membrane plasmique
(c’est de cette manière que la capside s’entoure d’une enveloppe, qui est donc le vestige de la cellule
qui a produit la particule virale) ou par libération par des vésicules (la cellule meurt plus tard
d’épuisement)
Virus de la varicelle et du zona (VZV) : ADN bicaténaire enveloppé (de la famille de l’herpès, caractérisé par une
latence). Pénétration par fusion, après la décapsidation, l’ADN viral va pénétrer dans le noyau en passant par
un port nucléaire. Il ne va pas s’intégrer au génome de la cellule (il reste individualisé) mais va se cycliser et
former un épisome (petit chromosome surnuméraire capable de se répliquer). L’épisome peut être dupliqué et
ses gènes peuvent être transcrits.
Cas infectieux -> 3 familles : immediate (1ers à être transcrits, gènes lithiques : conduisent à la réplication
accélérée pour produire de nouveaux virus), early et late => sortent par bourgeonnement.
Pendant la latence : quelques gènes viraux sont exprimés (gènes de la latence), permet au virus de rester caché
(puis activation)
Virus du syndrome d’immunodéficience acquise (VIH) : ARN monocaténaire (rétrovirus) dit à polarité positive (il
peut directement être utilisé comme ARN messager). Pénétration par fusion, décapsidation puis directement la
transcriptase inverse va lancer la synthèse de l’ADN puis va synthétiser le deuxième brin. Cet ADN va entrer
dans le noyau en même temps qu’une deuxième enzyme virale (l’intégrase), qui va intégrer l’ADN viral dans la
cellule. Le génome viral porte le nom de provirus (il est aussi à polarité positive : il est le support des ribosomes
pour les nouvelles protéines et il peut créer des virions). Le moment venu, les gènes viraux vont s’exprimer.
9
Virus de la grippe (influenza) : ARN monocaténaire enveloppé dit à polarité négative (il ne peut pas être
directement le support de la traduction), son patrimoine génétique est segmenté en 8 molécules d’ARN
différentes. Pénétration par endocytose, il libère ses ARN viraux et ses enzymes spécialisées dans la réplication
de son génome, qui sont transportés dans le noyau. Il y est fait une copie de l’ARN viral, qui va être positif et
servir de support à la traduction des protéines virales. Cet ARN à polarité positive va servir à synthétiser un
nouveau brin qui lui sera complémentaire, qui va être transporté vers le cytoplasme et hors de la cellule pour
créer de nouveaux virions.
Le cycle des bactériophages (intéressant car on peut tuer une bactérie résistante aux antibiotiques avec des
bactériophages) divisé en deux cycles :
- Lysogénique : la cellule bactérienne se divise en contenant le prophage -> multiplication du virus sans
conséquence directe pour la cellule (jusqu’à ce qu’on passe au prochain cycle)
- Lytique : la cellule se met à produire des bactériophages qui vont sortir en la tuant -> synthèse d’un
nouvel ADN qui permet de synthétiser des protéines bactériophages.
7. L’origine des eucaryotes
Premières traces d’eucaryotes il y a 1,6 milliards d’années (traces chimiques plus anciennes mais hypothèse : il
y a 2,7 milliards d’années)
Noyau : définit l’eucaryote (présence à un moment de son développement)

Plusieurs théories tentent d’expliquer l’apparition du noyau :
- Hypothèse des replis membranaire : formation d’invaginations de la membrane plasmique procaryote

ancestrale qui n’avait pas de paroi. Elles se seraient individualisées de la membrane et seraient à
l’origine de l’enveloppe nucléaire, du réticulum endoplasme et de l’appareil de Golgi. Ces replis
peuvent être observés à l’heure actuelle chez certaines eubactéries.
- Hypothèse endosymbiotique ou endocaryotique : connue pour l’origine des chloroplastes et des
mitochondries. Une eubactérie ancestrale aurait phagocyté une archée par endocytose. Ça implique
un transfert de certains gènes du patrimoine de la cellule hôte vers celui de l’archée qui devient le
noyau. Dans ce modèle, le noyau possède deux membranes, tandis que dans le précédent c’est
l’enveloppe nucléaire qui est constituée de deux membranes.
La première hypothèse semble plus simple à imaginer mais la seconde et soutenue par des arguments
moléculaires : quand on compare les patrimoines génétiques, les archées sont plus proches des eucaryotes que
les eubactéries.
Noyau : localisation particulière dans lequel est stocké le patrimoine génétique de la cellule. Il n’est pas
délimité par une membrane, mais par une structure appelée l’enveloppe nucléaire (membrane qui se replie sur
elle-même pour former des couches). Chaque membrane est constituée d’une bicouche de phospholipides
dans laquelle on retrouve des protéines. Fait apparaitre une lumière (espace creux appelé espace
internucléaire). L’enveloppe est percée par des orifices appelés les pores nucléaires, qui permettent la
communication entre le nucléoplasme et le cytoplasme.
Les pores nucléaires ne sont pas de simples trous, ils sont

organisés par des protéines (100 dans un pore) qui forment
les complexes de pores nucléaires. Du côté
nucléoplasmique, les protéines forment un genre de panier
(basket) pour réguler les entrées et sorties. Certaines
molécules passent librement : eau, ions, petites molécules
mais les acides nucléiques et protéines ont leur passage
régulé.
10
<- Translocation : passage de macromolécules au travers des pores, besoin de

protéines ‘vecteurs’ (d’importation).
Lame nucléaire : la surface interne de l’enveloppe nucléaire est tapissée par un

réseau de protéines (les lamines) qui s’assemblent pour faire des tétramères,
qui s’assemblent sous formes de filaments pour former des treillis. Ce grillage va
être le support physique de l’enveloppe nucléaire, il impose la forme du noyau
(observable grâce à la cryofracture).
Système endomembranaire : compartiments faits par les endomembranes (le + développé : RE)
Réticulum endoplasmique rugueux : constitué par un empilement de citernes (saccules) aplaties dont les
lumières sont communicantes. Ces saccules ont la capacité de se lier et porter les ribosomes, ce qui leur donne
leur aspect rugueux. Ils ne sont liés que lorsque le ribosome fait la traduction d’une protéine. La lumière du RER
est en continuité avec celle de l’enveloppe nucléaire.
Réticulum endoplasmique lisse : réseau de tubes.
Appareil de Golgi : face cis communique avec le RER par le biais de

vésicules qui se dirigent vers le Golgi, fusionnent et deviennent des
nouvelles citernes. Face trans communique avec la membrane par le biais
de vésicules qu’elle lui envoie (la nourrit en lipides et en protéines).
Vésicules de sécrétions vont libérer des protéines à l’extérieur de la cellule
et d’autres qui vont subir une maturation pour devenir des lysosomes
(vésicules digestives)
Origine des organites multimembranés : théorie selon laquelle les chloroplastes et les mitochondries seraient
dus à une endosymbiose. Les cellules avec des organismes anaérobies aurait été forcées par l’apparition de la
photosynthèse à trouver un moyen de supporter l’oxygène -> apparition des mitochondries qui ont été
endocytées.
Même raisonnement pour les chloroplastes : endocytose d’une cyanobactérie.
Mitochondrie : réseau diffus qui occupe une grande partie de l’espace de la cellule, composée de deux
membranes (externe et interne) qui délimitent l’espace intermembranaire et la matrice de la mitochondrie qui
est le siège de réactions biochimiques. Contient des molécules d’ADN bicaténaire nu (indépendant de l’ADN
nucléaire) et porte des ribosomes plus petits que ceux dans le cytoplasme. Les mitochondries se divisent
indépendamment de la division cellulaire par scissiparité.
L’ADN mitochondrial code chez l’humaine 13 protéines spécifiques et contient 22 gènes qui codent pour les
ARN ribosomiques de transfert.
Membrane externe : bicouche de phospholipides qui contient du cholestérol et des protéines (dont bon
nombre qui sont porines) -> excessivement perméable aux ions, à l’eau et aux petites molécules.
Membrane interne : bicouche de phospholipides qui contient plus de protéines dont la cardiolipine mais pas de
cholestérol. Elle est très imperméable par rapport à l’externe et forme des replis vers la matrice qui constituent
des structures appelées les crêtes.
Chloroplastes : présent dans les cellules eucaryotes capables de faire la

photosynthèse. Contient de l’ADN bicaténaire circulaire nu et des ribosomes
plus petits encore que dans les mitochondries. ADN fonctionnel : porte des
gènes codant des protéines, des ADN ribosomiques et de transfert.
Les thylakoïdes sont des repliements de la membrane interne.
 Arguments en faveur de la théorie de l’endosymbiose : endosymbioses modernes, présence d’un

génome indépendant et fonctionnel, similarité avec le génome des protéobactéries ou de
cyanobactéries, divisions indépendantes et par scissiparité, structure de l’ADN similaire à celle des
bactéries, ribosomes similaires à ceux des bactéries (plus petits que chez les procaryotes), présence de
deux membranes, composition membranaire
11
8. Les rôles du système endomembranaire
Réticulum endoplasmique lisse :
- Synthèse des phospholipides : certains

phospholipides peuvent être formés à partir de
précurseurs dans la membrane du REL. La synthèse
de phospholipides se déroulant dans le REL sert à
‘nourrir’ les autres membranes. Il y a des réserves
lipidiques dans les cellules sous formes de
gouttelettes (cercles). Chaque couleur représente
un organite. PC, PI, PS et PE sont des
phospholipides. Le REL participe aussi à la synthèse
des stéroïdes (lipides de signalisation, hormones sexuelles synthétisées à base de cholestérol) :
réaction principalement dans le REL et un peu dans la mitochondrie.
- Stockage du calcium : permet de réguler la
concentration cytosolique. Il peut le relarguer grâce
à une série de canaux ou le reprendre grâce à la
protéine SERCA, une pompe à calcium. Le calcium
n’est pas libre, il est fixé à des protéines
(calséquestrine ou calréticuline). Il permet
l’interaction entre l’actine et la myosine (protéine
motrice) et permet la contraction musculaire.
Réticulum sarcoplasmique (même structure que le REL, cellule musculaire) : contient le calcium.
- Participe à la détoxification : participe dans la transformation de molécules xénobiotiques pour les
rendre le plus hydrosolubles possibles (élimination dans les urines).
RH : molécule non polaire -> le REL à la surface va hydroxyler les molécules avec
des enzymes CyP450 (en combinaison avec des enzymes oxydoréductases qui
donnent les électrons des molécules de NADPH, H+) pour le rendre plus soluble.
Siège central de cette détoxication : le foie. C’est aussi là que le glycogène est
dégradé pour donner du glucose.
Le réticulum endoplasmique rugueux :
- Participe au trafic des protéines : dans le cytosol, les protéines sont synthétisées par les ribosomes
dont certains se lient à la surface du RER quand ils font la synthèse (dépend de la destination finale de
la protéine : si elle est destinée au système endomembrané, le ribosome s’attache au RER)
- N-glycosylation : durant leur synthèse, les protéines sont importées dans la lumière du réticulum ->
exportation cotraductionnelle. Pendant son élongation, elle passe par un canal pour entrer dans la
lumière du RER où elle peut être catalytiquement liée à des sucres (glycan) sur un acide aminé
(l’asparagine). La glycosylation se fait sur un azote.
L’appareil de Golgi :
- Maturation et tri des protéines : il régule le transport vésiculaire vers la membrane plasmique et se
charge de modifier les protéines qui empruntent ce chemin d’exportation. Il fait de nouvelles
glycosylations et modifie celles faites par le RE, ajoute des sulfates, des lipides, etc. => modification
post traductionnelle.
- O-glycosylation : les vésicules qui ont transité du réticulum vers la face cis du Golgi vont recevoir des
chaines de glucides sur deux acides aminés (la sérine et la thréonine) qui portent un groupement OH
sur leur chaine latérale pour devenir de nouvelles citernes. La N-glycolisation est modifiée (on enlève
des sucres et on construit quelque chose de plus gros).
12
Les lysosomes : délimitées par une membrane. Contiennent des

enzymes hydrolytiques actives à un pH acide (lysosome 5, cytosol
7) : protéases, nucléases, lipases, glycosidases, phosphatases,
sulfatases. La membrane comporte une pompe à protons (ATPase).
- Autophagie : les organites obsolètes sont isolés du

cytoplasme en s’entourant d’une double membrane
(provenant de la membrane du RE qui se replie :
phagophore)
- Digestion intracellulaire de matières prélevées dans
l’espace extracellulaire : le lysosome primaire fusionne avec
un endosome (vacuole alimentaire ou phagosome). Après
fusion, le lysosome dégrade le contenu, les monomères
sont sortis du lysosome secondaire pour être utilisé dans la synthèse de nouveaux
polymères ou molécules organiques.
Endocytose : entrée d’un matériel venant de l’extérieur de la cellule
- Pinocytose (= boisson cellulaire) : prélèvement dans l’extérieur de liquides et des

molécules en solution dans ce liquide. L’origine de ces invaginations est une
mobilisation du cytosquelette fin de la cellule (fait d’actine). Le pinosome se
dirige vers un endosome existant avec lequel il va fusionner -> devient un nouvel
endosome plus grand qui ira fusionner avec un lysosome.
- Phagocytose (nourriture cellulaire) : mécanisme par lequel la cellule importe de
façon aspécifique une structure particulaire (solide) qui a une taille de l’ordre du
micromètre. Réalisé après un contact physique entre la cellule et la particule.
Elle projette des pseudopodes (prolongements cellulaires) qui vont à la
rencontre de la particule -> devient un phagosome qui va fusionner avec un
lysosome primaire.
- Endocytose médiée par un récepteur : reconnaissance spécifique de la molécule
à transporter par des récepteurs spécifiques liguants qui possèdent une région
transmembranaire. A l’endroit où il y a ces récepteurs, la membrane forme une
légère dépression pour que les liguants puissent s’y accumuler. A la face cytosolique de cette
dépression, la membrane plasmique est tapissée de protéines particulières (clathrines). Cette
organisation donne à ces dépressions le nom de puits tapissés. Ils se referment grâce à la fusion
membranaire.
Exocytose : exportation vers l’extérieur qui se fait grâce à des vésicules qui fusionnent avec la membrane
plasmique. Participe à l’élimination des déchets cellulaires, à l’émission dans le milieu extracellulaire de
molécules de signalisation/ communication (hormones) ou d’enzymes. Les exocytoses peuvent être
constitutives (pas besoin de signal pour les provoquer) ou régulées (besoin d’un signal qui engendre une
augmentation transitoire de la concentration cytosolique en calcium, qui permet de déclencher l’exocytose).
Cytosquelette : 3 types de formes
- Fin : fait d’actine (plutôt souple) -> filaments (7nm)

- Epais : fait de tubuline (rigide) -> tube (8-12 nm)
- Intermédiaire : fait d’une grande diversité de protéines (kératine, lamine) -> donne la forme à la
cellule (pas dynamique, stables) (25 nm)
Actine existe dans la cellule sous forme de globule (G), en présence d’ATP, va s’associer et devenir actine F. Une
extrémité est dite - et une + (on polymérise du côté + et on raccourcit du côté -).
Tubuline s’associent entre elles, forment une chaine. Plusieurs chaines vont s’associer pour former des tubes
(extrémités + et -)
-> fuseau mitotique : microtubules, flagelle.
13
9. Les rôles des mitochondries
ATP : adénosine triphosphate -> plus susceptible de libérer de l’énergie en fonction de

l’environnement
=> Réaction exergonique : l’énergie des produits < l’énergie des réactifs (+/- spontanée)
Réaction endergonique : l’énergie des réactifs < énergie des produits -> besoin d’apport d’énergie
Si énergie des produits = énergie des réactifs : réaction à l’équilibre
Couplage : pour que la réaction endergonique puisse avoir lieu elle est couplée à une exergonique. Réaction
anabolique : besoin d’énergie pour avoir lieu (on construit quelque chose). On utilise l’énergie de l’ATP qui
devient ADP ou AMP. On doit refaire de l’ATP grâce à une réaction catabolique (on détruit quelque chose de
gros en ses éléments constitutifs -> on libère de l’énergie)
=> on couple l’anabolisme et le catabolisme par l’intermédiaire de l’ATP => métabolisme
La respiration cellulaire : chez les procaryotes dans le cytoplasme, chez eucaryotes dans le cytoplasme et la
mitochondrie
𝐶𝐶6 𝐻𝐻12 𝑂𝑂6 + 6𝑂𝑂2 + ~36 𝐴𝐴𝐴𝐴𝐴𝐴 + ~36 𝑃𝑃𝑃𝑃 → 6𝐶𝐶02 + 6𝐻𝐻2 𝑂𝑂 + ~36 𝐴𝐴𝐴𝐴𝐴𝐴 + é𝑛𝑛𝑛𝑛𝑛𝑛𝑛𝑛𝑛𝑛𝑛𝑛 𝑡𝑡ℎ𝑒𝑒𝑒𝑒𝑒𝑒𝑒𝑒𝑒𝑒𝑒𝑒𝑒𝑒
Thermodynamique : étude des échanges de chaleur (2 lois fondamentales)
- Lorsqu’une forme d’énergie est transformée en une autre, la quantité totale d’énergie reste la même
(// Lavoisier)
- Une partie de l’énergie transformée n’est plus accessible pour faire le travail que l’on cherche à faire
(souvent énergie thermique, sonore) => augmente l’entropie
Respiration cellulaire : oxydation complète du glucose mais progressive pour ne pas libérer trop d’énergie d’un
coup.
Glycolyse : 1re étape de la respiration cellulaire dans le cytoplasme. Destruction du glucose grâce à des enzymes
cytoplasmiques -> transformer le glucose en deux molécules de pyruvate. 3 étapes : activation du glucose,
fragmentation/ scission, oxydation -> synthèse, formation d’ATP.
- Investissement : la cellule investit de l’ATP (2 molécules pour chaque molécule de glucose qui entre
dans la glycolyse). Permet de maintenir le glucose à l’intérieur de la cellule (on le charge avec un
groupement phosphate de l’ATP) -> phosphorylation (lien phosphoester). Formation
thermodynamiquement non favorable -> réaction endergonique
- Rôle de la phosphorylation : maintient une concentration intracytoplasmique en glucose basse -> le
gradient du glucose reste entrant
- Clivage des hexoses diphosphates : la molécule chargée devient instable, il est plus facile de la casser.
On a un hexose diphosphate qui va être coupé en deux trioses monophosphates, chacun peut
continuer la voix de la glycolyse
- Remboursement : oxydation des trioses phosphates -> réaction exergonique (énergie utilisée pour
phosphoryler le produit de l’oxydation du triose). Le résultat de cette oxydoréduction est un composé
doublement phosphorylé qui a beaucoup d’énergie, qui voit un de ses groupements PO4 transférés à
de l’ADP). Ce transfert est catalysé par une enzyme (kinase)
- Intérêts : la molécule monophosphorylée provenant de cette réaction voit son groupement PO4
unique transféré aussi par une kinase à une autre molécule d’ADP. Le résultat est une molécule acide
non phosphorylée qui contient 3C : le pyruvate
Phase mitochondriale :
- Entrée du pyruvate dans la mitochondrie (COO- : ne peut pas franchir les membranes)
Membrane externe : porines permettent le passage
Membrane interne : système de transport spécifique au pyruvate (symport pyruvate proton)
=> Transport passif (deviendra un actif secondaire)
14
- Décarboxylation oxydative du pyruvate : oxydation (son e- est donné au NAD+) et il perd un CO2
(décarboxylation). On profite pour donner l’électron au coenzyme A => acétyl CoA (permet de former
des lipides et point d’entrée du cycle de Krebs)
- Cycle de Krebs : catalysé par des enzymes. Permet d’oxyder le
groupement acétyl de l’acétyl CoA (les carbones viennent au départ du
glucose -> on continue son oxydation). Permet de libérer en 4 étapes du
GTP (nucléotide triphosphate de l’ARN) qui est utilisé pour synthétiser
de l’ATP.
Chaque tour du cycle produit une molécule d’ATP, 3 molécules de
NADH+, H+ et une molécule de FADH2
- Phosphorylation au niveau du substrat : principe sur lequel repose la
formation de l’ATP. On a deux molécules dont une qui a un phosphate et
qui va le donner à l’autre (l’ADP, le substrat). Produit 4 molécules d’ATP
Les électrons arrachés au glucose ne voyagent pas seuls, ils sont toujours liés à des molécules. Le transfert des
e- n’est pas immédiat, il passe par le NAD+ et le FAD avant d’aller vers l’oxygène. Plus on va vers l’oxygène, plus
les molécules sont fortes (oxydantes).
En vert : adénine (+ rouge adénosine)

En bleu : nucléotide
En gris : nicotine
 Dinucléotide adénine nicotine amide (forme

oxydée)
 NADH, H+ : a l’énergie de deux e- en plus
Même construction : nucléotide attaché à de la riboflavine (vitamine)

La partie flavine fait le gain de deux e-
Le potentiel rédox a augmenté : le FAD est plus oxydant que la NAD+ (il a plus d’affinité pour les e-)
La chaine respiratoire : située dans la membrane interne de la mitochondrie. Les complexes sont de plus en
plus oxydants. Plus les électrons avancent dans la chaine, plus ils perdent de l’énergie.
NADH, H+ subit une oxydation et redevient NAD+ : ses e- vont sur le complexe 1, qui est donc réduit et utilise
une partie de l’énergie des e- pour transporter des protons de la matrice vers l’espace intermembranaire
(transport actif primaire) => l’e- a perdu son énergie, le coenzyme Q10 le prend (ce n’est pas une protéine, elle
est liposoluble) et la transporte au complexe 3.
15
FADH2 est aussi oxydant que le complexe 1, c’est donc le complexe 2 qui va lui prendre son e- et le faire devenir
FAD pour retourner dans le cycle de Krebs : les e- sont un peu moins énergétiques que dans le complexe 1, le
coenzyme Q10 va les prendre et les amener au complexe 3.
Le complexe 3 fait le même travail que le 1 contre une partie de l’énergie de ses e-. Le cytochrome C (protéine)
va venir les prendre et les emmener au complexe 4, qui fera le même travail.
Les e- n’ayant presque plus d’énergie, l’oxygène va venir les prendre et subir une réduction pour devenir de
l’eau, qui va être rejetée comme le C02 via notre expiration.
Phosphorylation oxydative :
- Le transport actif des p+ vers l’espace intermembranaire génère une forme d’énergie potentielle sous
la forme d’un gradient de p+ qui est utilisée par le 5e complexe (de l’ATP synthase/F1Fo-ATPase).
Normalement une ATPase pompe un matériel d’un compartiment à une autre et une ATP synthase
synthétise de l’ATP => ce complexe peut faire les deux. Cette ATP synthase ressemble à l’ATPase du
lysosome ; elle utilise le gradient de p+ pour synthétiser de l’ATP à partir d’ADP et de phosphate
inorganique.
- Oxydation d’une molécule de NADH, H+ par l’intermédiaire du complexe 1 permet de synthétiser 3
molécules d’ATP. Celle du FADH2 avec le complexe 2 permet d’en synthétiser 3. Mécanisme de
conversion porte le nom de chimiosmose (synthèse de l’ATP avec un gradient de concentration) ><
Phosphorylation au niveau du substrat
Bilan énergétique par glucose :
Entrées Sorties
Glycolyse 1 glucose
2 ATP 4 ATP + 2 ATP
2 NADH, H+
2 Pyruvates
Décarboxylation oxydative 2 Pyruvates
2 NADH, H+
2 Acétyle coA
Cycle de Krebs 2 Acétyl CoA
6 NADH, H+
6 FADH2
2 ATP + 2 ATP
Chaîne de transport des électrons 10 NADH, H+ (30) - 25 ATP + 25 à 30 ATP
2 FADH2 (4) -3 ATP + 3 à 4 ATP
+ 32 à 38 ATP
La production de ROS (reactive oxygen species) : rendus très réactifs par la présence d’e- de valence non-
appariés. La formation des radicaux libres dans la mitochondrie est constante et
indissociable des différents métabolismes aérobies. Mitochondries sources majeures
(principalement anion superoxyde). S’ils réagissent avec les membranes ou les molécules
cellulaires (ADN) ils peuvent les endommager : il y a des molécules pour les neutraliser.
Les e- peuvent s’échapper des complexes prématurément (surtout 1 et 3), ils vont alors être captés par
l’oxygène, qui va devenir l’anion superoxyde O2.- => dismutation (réaction où la molécule est à la fois son
oxydant et réducteur) donne naissance à de l’eau oxygénée et du dioxygène => réaction de Fenton catalysée :
eau oxygénée transformée en un radical hydroxyle instable.
Les radicaux de l’oxygène peuvent voler des e- aux constituants de la cellules (lipides membranaires,
protéines : dommages membranaires, acides nucléiques : mutations).
Les superoxydes dismutases (SOD) : métalloenzymes, système de détoxification des radicaux libres, dépendent
d’ions métalliques pour fonctionner. Ils catalysent la dismutation de l’anion superoxyde en peroxyde
d’hydrogène et en dioxygène. Le peroxyde d’hydrogène peut à son tour être détoxiqué.
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Les glutathions peroxydases (GPX) : détoxifient le peroxyde d’hydrogène en lui prenant des e- et les donnant au
glutathion réduit qui devient oxydé. Il doit donc être préalablement réduit à l’aide d’une enzyme (la glutathion
réductase) qui prend ses électrons à une molécule appelée du NADPH, H+. Cette enzyme a besoin pour
fonctionner d’un certain métal (le sélénium).
La catalase : enzyme qui participe à la neutralisation du peroxyde d’hydrogène et le transforme en eau et en

oxygène.
Les antioxydants : molécules qui se font oxyder à la place des constituants importants de la cellule.
La mitochondrie aide aussi au stockage temporaire du calcium en jouant le rôle de tampon dans le cas d’une
élévation importante de la concentration cytosolique (jonction mitochondrie-membrane réticulum : MAM). Le
calcium passe de la lumière du réticulum vers la matrice de la mitochondrie grâce à deux canaux en suivant le
gradient de concentration (transporteur dans la membrane interne de la mitochondrie VDAC) -> il peut
translater du cytoplasme vers la mitochondrie et inversement grâce à un échangeur sodium-calcium.
10. Les rôles des chloroplastes (non vu)

11. L’évolution du métabolisme (non vu)
12. Evolution du patrimoine génétique de la cellule eucaryote
Souche S : bactérie possédant une capsule -> peut la transmettre à une R : ne possède pas de capsule
Expérience de Griffith (1928) : l’injection de souche S à un animal provoque automatiquement sa mort,

contrairement à celle de la souche R => présence d’une capsule rend pathogène.
Il a injecté des souches S tuées par la chaleur : ne tue pas l’animal, mais souches S tuée + R -> mort. Il existe un
agent transformant qui permet de passer les caractéristiques permettant de produire la capsule des souches S
mortes aux souches R vivantes.
=> Première preuve de la possibilité de transférer des caractères spécifiques d’un organisme à un autre
Expérience de Avery, Macleod, McCarty (1944) : différentes expériences pour trouver l’agent transformant. Ils
ont isolé une fraction hydrosoluble de souche S tuée par la chaleur et ils ont démontré qu’elle était suffisante
pour transformer des souches R en S.
Ils ont incubé cette fraction avec des enzymes (protéase, RNase, DNase) -> seule celle incubée avec la DNase a
perdu sa capacité à se transformer => composante chimique de l’agent transformant
Théorie de Levene : l’ADN n’est qu’une succession d’unités composées de tétranucléotides donc ne peut pas
être porteur d’une information (ADN support squelette et protéines porteurs d’ADN)
Expérience de Hershey et Chase (1952) : ils ont prouvé que l’ADN est porteur de l’information génétique en
utilisant des bactériophages constitués d’un acide nucléique et de protéines. Ils ont pu isoler le fait que l’ADN
contient du phosphore et pas les protéines et que les protéines contiennent parfois du S mais jamais l’ADN. Ils
ont injecté séparément des bactéries E. coli avec des bactériophages et ont déterminé où se trouvait la
radioactivité.
Loi de Chargaff (1951) : après une analyse quantitative de la composition de l’ADN de l’oursin, il a pu
comprendre la complémentarité des bases.
Cliché de Rosalind Franklin (1951) : a permis à Watson et Crick qui ont vu ses résultats d’établir le modèle de
l’ADN bicaténaire (avec les informations de Chargaff)
Modèle de l’ADN : s’enroule de manière antiparallèle. La stabilité de la structure repose sur la complémentarité
des bases (3 liaisons H pour C-G et 2 pour A-T) => la structure asymétrique fait naitre deux sillons de trailles
différentes. L’hélice de l’ADN a un diamètre de 2 nm et possède un sens de rotation spécifique. Un tour
d’hélice (3,4 nm) a dix paires de bases empilées. Les liens phosphodiesters unissent les bases azotées (unies
entre elles par des ponts H)
Accroissement de la taille du génome : a engendré des contraintes de torsion -> linéarisation qui a provoqué la
fragmentation de la molécule et donc sa non-continuité
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Organisation du génome : ADN associé à des protéines de structures qui permettent la compaction dans le
nucléoïde (dans les procaryotes, plus d’ADN que de protéines, dans les eucaryotes : quantités similaires). Pour
stocker le patrimoine génétique, les cellules font appel à de l’ADN super enroulé. De nombreuses protéines
agissent pour tenir cet enroulement mais aussi pour le stabiliser.
4 histones en doublet forment un octamère autour

duquel s’enroule un segment d’ADN +/- 2,5 fois
formant un nucléosome. Les nucléosomes
s’enchainent à la manière d’un collier de perles, liés
par de l’ADN de liaison (20 à 80 paires de bases) pour
former la fibre chromatinienne, qui va se compacter
et former de la chromatine (diamètre 30 nm), qui
encore plus condensée devient un chromosome.
L’euchromatine est composée des gènes actifs, qui

sont transcrits et exprimés à un moment donné. Elle
est divisée en active et inactive (seule 10% de
l’euchromatine humaine est activement transcrite, le
reste est inactive en raison d’un niveau de condensation intermédiaire). Les gènes de l’hétérochromatine ne
sont pas exprimés (représente 10% de la chromatine). La différence entre les deux est facile à discerner en
microscopie électronique ; l’euchromatine apparait sous la forme de zone peu dense aux électrons tandis que
l’hétérochromatine apparait comme très dense, principalement localisée dans la région marginale du noyau, en
bordure de l’enveloppe nucléaire. Dans cette zone, elle est liée au cytosquelette intermédiaire du noyau, la
lame nucléaire (a l’aspect d’un grillage situé à la face interne de l’enveloppe nucléaire)
Gène : partie informative d’un génome (segment d’ADN, d’ARN si virus). Ce segment d’acide nucléique doit
pouvoir être copié en un segment d’ARN fonctionnel ou transcrit.
Structure d’un gène procaryote : un gène commence toujours par une région initiatrice et régulatrice appelée
le promoteur et se termine par une région terminatrice, le terminateur. Les gènes se suivent sans région de
séparation, ils sont contigus et continus. Plusieurs gènes peuvent être à la suite l’un de l’autre et être sous
contrôle de mêmes éléments régulateurs ; on parle d’opéron polycistronique.
Opéron : code plusieurs protéines souvent impliquées dans un même processus biologique.
-> un seul ARN est produit et servira de matrice à la production des différentes protéines, un opéron peut donc
être considéré comme un gène. La transcription d’un opéron est sous le contrôle du produit d’un gène
régulateur qui se lie à une séquence appelée opérateur.
Structure d’un gène eucaryote : gènes contrôlés par de nombreux éléments régulateurs dont les enhancer et
silencer parfois situés à de grandes distances du gène lui-même (en amont ou en aval). Généralement les gènes
eucaryotes ne sont ni contigus ni continus -> les transcrits sont subdivisés en exons et introns (segments non
informatifs).
Les gènes sont séparés par de longues régions appelées ADN satellite. Chez les humains, la longueur cumulée
de ces régions représente 75% du génome, les introns en représentent 24 -> seuls 1% de la longueur du
génome humain est vraiment codant pour des protéines.
13. L’expression du génome
Décrit le flux d’information génétique portée par une molécule d’ADN dans nos cellules. Elle peut être copiée à
l’identique par une étape portant le nom de réplication ou copiée en une molécule d’ARN qui pourra après être
traduite en protéine par une action appelée la transcription.
Dans le cas des virus, l’ARN peut aussi subir une réplication -> la réplication est donc la copie d’une molécule
d’acide nucléique en une autre molécule d’acide nucléique de la même nature, tandis que la transcription est
une copie d’une molécule d’acide nucléique en un autre molécule d’acide nucléique d’une autre nature.
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La transcription (ADN -> ARN) : dans les cellules eucaryotes, a lieu principalement dans le noyau, plusieurs
régions très localisées (particulièrement le nucléole).
Nucléole : dans le noyau se trouve une région fonctionnellement différente

des autres, dans laquelle se déroule la transcription des gènes qui codent
pour les ARN ribosomiques.
Arbre de noël : fragments d’ADN portant un gène qui code pour un ARN
ribosomique (au moment de son observation, le gène était transcrit) -> ne
peut s’observer sous cette forme que dans le nucléole.
Polymérases de l’ARN : enzymes responsables de la transcription de l’ARN.
La longueur des molécules d’ARN permet de déterminer le début et la fin de la molécule d’ADN.
ARN polymérase : enzyme qui catalyse la transcription, elle synthétise de l’ARN. Cette synthèse est dépendante
de (dirigée par) l’ADN.
Au cœur de l’enzyme, les deux brins d’ADN sont localement séparés pour former une bulle de transcription. Les
deux brins sont appelés respectivement codant et matrice. Ce dernier est utilisé comme support dans la
synthèse de l’ARN. La synthèse de toute molécule d’acide nucléique se déroule de 5’ vers 3’, la lecture du brin
matrice se fait dans le sens 3’ vers 5’.
Le brin codant porte exactement la même séquence que l’ARN (sauf U et T) -> d’où le nom.
Chez les procaryotes (eubactéries + archées) : il n’y a qu’une seule ARN polymérase qui
est constituée de sous unités : les polymérases centrales, elles-mêmes constituées de
deux sous-unités β (catalytiques : capables de faire la synthèse de l’ARN), de deux sous-
unités α (stabilisent l’ensemble) et une sous-unité ω (participe à la liaison de la
polymérase sur le brin matrice).
Cette structure ne peut pas démarrer la transcription seule : besoin du facteur σ (reconnait des signaux
spécifiques sur l’ADN qui marquent l‘origine des gènes)
Initiation de la transcription : se passe au niveau d’une séquence (promoteur, pas transcrit) qui est le site de
reconnaissance et de liaison de l’ARN polymérase.
En aval se situe le site start noté +1. Deux sites importants en amont : -35 (concencius, largement maintenu
dans les différentes espèces et les différents gènes) et -10 (pribnow, équivalent de la boite TATA chez les
eucaryotes, aussi un concencius).
Cette disposition des deux boites dans le promoteur le rend asymétrique, ce qui indique pour l’ARN
polymérase le sens de la transcription (-35 vers -10). La sous-unité σ se fixe à la boite -35 pour assurer
l’orientation correcte. A la position -10, l’ARN polymérase commence à dérouler les doubles brins d’ADN sur
une longueur d’une dizaine de paire
Début de la transcription : l’ARN polymérase subit le dégagement ; elle s’éloigne du promoteur (utilise de l’ATP
ou du GTP). Lorsque l’enzyme est suffisamment éloignée, le facteur σ se décroche également et la transcription
peut continuer -> ce phénomène est appelé l’élongation (40 à 50 nucléotides/ seconde)
Après le passage de l’ARN polymérase, la bulle de transcription se referme et l’ADN se réenroule sur lui-même.
Terminaison : lorsque l’ARN polymérase arrive au terminateur, la transcription s’arrête.

Soit terminaison intrinsèque : la bulle de
transcription dépasse deux séquences
complémentaires l’une de l’autre, l’ARN sort de la
bulle, se referme sur lui-même et forme une région
de pseudocathénaire (domaine tige-boucle).
L’existence de ce repliement est un signal pour
l’ARN polymérase que la transcription doit s’arrêter
-> le complexe se détache de l’ADN et l’ARN synthétisé est libéré dans le cytoplasme.
Soit terminaison dépendante de Rho (protéine) : moins fréquent. Rho se lie à une séquence reconnue sur l’ARN
et remonte la molécule jusqu’à provoquer le détachement du complexe de transcription.
19
Cas de l’ARN polymérase II : enzyme impliquée dans la transcription des gènes qui codent pour les ARN
messagers (à l’origine des protéines).
Chez les eucaryotes, utilisation de plusieurs facteurs pour l’initiations : les facteurs de transcription qui
fonctionnent ensemble pour associer l’ARN polymérase au promoteur.
La liaison de la protéine TBP (liée à la boite TATA) avec TF2D (facteur de transcription de l’ARN polymérase)
constitue le cœur du complexe. Sur base de ce complexe se déroule l’assemblage progressif des facteurs de
transcriptions généraux (tous identifiés par TF2) qui sont nécessaires à l’assemblage du complexe d’initiation.
Structure d’un promoteur eucaryote : succession de boites
- Boite TATA : équivalent de la pribnow des procaryotes, elle est reconnue par TBP (protéine de liaison
associée au facteur de transcription général TF2D)
- BRE : l’élément de réponse TF2B
Le début de la transcription est aussi au site

noté +1.
En aval de ce site se situe la boite DPE
(reconnue par le facteur TF2D). En amont du
promoteur se situent les éléments du
contrôle proximal : séquences d’ADN appelées éléments de réponse, la liaison des facteurs de transcription
spécifiques à ces éléments permet de moduler le niveau de base de la transcription débutée (fonction des
tissus ou des conditions de vie spécifiques de la cellule).
Ces facteurs de transcription sont des protéines constituées de deux domaines différents : un de liaison à l’ADN
et un régulateur, capable d’interagir physiquement avec le complexe d’initiation.
Modulation distale de la transcription : peut se dérouler dans des

régions éloignées du gène. Eléments de contrôle distaux en amont ou
en aval du gène : enhancer ou silencer, il sont constitués d’éléments de
réponse pouvant lier des facteurs de transcription spécifiques (d’un
tissu donné ou d’une condition particulière), mais ces éléments sont
parfois situés à plusieurs milliers voire millions de bases du gène qui
doit être contrôlé.
Grâce à la flexibilité de l’ADN, les facteurs de transcription et l’ARN
polymérase sont rapprochés. Le complexe final est quasi spécifique à
chaque gène tant le nombre de possibilités est grand.
Dégagement : lorsque l’ARN a une

longueur de +/- 10 nucléotides, la
polymérase brise son lien avec le
promoteur et les protéines de
régulation. Cette étape consomme de
l’énergie sous forme d’une molécule
d’ATP (sert à phosphoryler une sous-
unité de l’ARN polymérase II).
Coiffe méthyle-G : chez les

eucaryotes, les extrémités du
transcrit ne sont pas celles de l’ARN messager final. D’abord ajout d’une coiffe méthyle : quand la molécule
d’ARN en cours d’élongation a une longueur d’environ 20 nucléotides, cette molécule est modifiée par l’ajout
d’un groupement GT en 5’ -> formation d’un lien phosphoester (seule liaison 5’-5’ observée entre deux
nucléotides dans les acides nucléiques). Ce GTP après sa liaison à la molécule d’ADN sera modifiée
chimiquement pas l’ajout d’un groupement méthyle sur la base azotée.
=> Modification cotranscriptionnelle : se déroule pendant la transcription du gène, joue un rôle dans la stabilité
de l’ARN, dans sa maturation ultérieure et dans la traduction qu’il subira par les ribosomes
20
Polyadénylation : seconde modification, se déroule à la fin de la transcription du côté 3’, au niveau d’une
séquence spécifique que l’on appelle le signal de polyadénylation. Le transcrit est coupé.
Une série de 100 à 200 résidus A (adénosine) sont ajoutés par une polyA polymérase : queue polyA.
Ce mécanisme sert aussi à la terminaison : ajout de la queue polyA et du clivage du transcrit.
Il joue également un rôle dans la stabilité de l’ARN tout comme la coiffe.
Contrôle transcriptionnel : chez les procaryotes, l’ARNa polymérase fonctionne à pleine vitesse quasiment par
défaut, le seul but sera de le freiner pour contrôler l’expression des gènes.
Chez les eucaryotes, c’est le mécanisme inverse, l’ARNa polymérase travaille à très basse vitesse, il faut
accélérer lorsque c’est nécessaire avec des facteurs de transcription généraux et spécifiques.
Modulation épigénétique de la transcription :

structure de la chromatine modifiée pour passer
d’euchromatine à hétérochromatine ou inversement
en fonction des nécessités.
Repose sur la modification chimique des histones
(acétylation) et de l’ADN (méthylation).
L’acétylation des histones repose sur l’activité de

l’enzyme HAT (histone acétyle transférase) ou KAT (se
fait aussi sur la lysine dont le symbole est K). Le
groupement acétyle vient d’une molécule donneuse :
l’acétyl coenzyme A.
Le mécanisme inverse existe, la désacétylation des histones catalysée par une enzyme HDAC (histone
désacétylase ou KDAC).
Lorsque l’histone est acétylée, sa charge + disparait, ce qui empêche les interactions fortes avec la molécule
d’ADN, la chromatine sera donc décondensé => la transcription pourra avoir lieu.
De la même façon, il existe des enzymes qui vont modifier l’ADN : les ADN méthyltransférases et des
déméthylases. Lorsqu’il est méthylé, la chromatine est fermée. Le groupement méthyl est apporté par une
petite molécule qui porte le nom de SAM (soufre adénosyl méthionine)
ARN ribosomiques des eucaryotes : 80% des ARN,

codé par un opéron qui code pour 3 ARNr (produits
et maturés dans le nucléole)
S est une unité qui donne un indice de la densité de la
molécule.
Les sous-unités ribosomiques sont séparées
indépendamment dans le nucléole.
La 18S s’associe à des protéines ribosomiales.
ARN de transfert des eucaryotes : formé dans le nucléoplasme ou la mitochondrie (cytosol dans le cas des
bactéries : les gènes sont organisés en opérons). Première étape de maturation : on enlève des régions
additionnelles grâce à deux ARNases
différentes. Une endonucléase (enzyme
hydrolytique qui dégrade les acides
nucléiques partant du milieu de la molécule)
va exciser les introns (clivage) et lier les
fragments obtenus. L’épissage de l’ARNt de la
mitochondrie se fait par l’ARNt lui-même.
-> Structure tridimensionnelle très
particulière en forme de trèfle ou
apparaissent des régions pseudo-
bicaténaires.
21
Epissage du pré-ARNm : se déroule dans le noyau avant l’exportation de l’ARN dans le

cytosol réalisé grâce au spliceosome -> modification cotranscriptionnelle.
Ribonucléoprotéines snRNPs reconnaissent les introns, s’associent les uns aux autres
pour former les spliceosomes. Durant l’association, l’extrémité 3’ de l’intron est coupée.
L’extrémité 5’ de l’intron qui est donc libérée va aller sur lier sur le groupement
hydroxyle situé sur le 2’ du pentose au niveau d’une base (A) : point de ramification. On
forme ainsi une sorte de lasso. Le spliceosome va cliver la partie 5’ de l’intron et donc
permettre aux deux exons successifs d’être liés l’un à l’autre. Le lasso va ensuite quitter
avec le spliceosome l’ARN qui est maintenant mature (constitué d’exons).
ARNm eucaryotes : exons + régions UTR (non traduites). Le 5’ UTR contient la CAP et les
régions qui sont le résultat de la transcription du gène situé entre le point d’initiation de
la transcription et le début du premier exon. Le 3’ UTR contient la région PolyA et la région du gène transcrite
entre la fin du dernier exon et le terminateur
Epissage alternatif : le même ARN pré-messager peut être épissé de différentes façon (4 à 25 différentes). Ce
phénomène permet d’expliquer l’existence de plus de 100 000 protéines différentes dans une cellule alors que
seulement 20 000 gènes sont identifiés.
14. L’expression du génome II
Le flux d’information de la cellule va de l’ADN vers l’ARN (transcription) puis de l’ARN vers les protéines
(traduction). L’ordre des nucléotides détermine la séquence primaire des protéines, en blocs de trois
nucléotides (codons ou triplets).
Expérience de Crick-Brenner : ils ont utilisé la proflavine, capable de générer des insertions de nucléotides dans
l’ADN de bactériophages T4. En ajoutant ou enlevant des nucléotides par 3, le gène était fonctionnel, ce qui
leur a permis de conclure que le code génétique était bien codé par des triplets sans ponctuations entre eux
(en continu).
L’attribution des 64 codons aux 20 acides aminés existants a nécessité deux technologies :
- Des systèmes biologiques ou biochimiques non cellulaires qui synthétisent des protéines à partir d’un
ARN
- La possibilité d’obtenir des ARN synthétiques de séquences définies pour intervenir dans le système
de séquence.
3 codons stop : UAA, UAG et UGA et 1 codon initiateur : AUG (méthionine). Le code génétique est redondant ;
jusqu’à 6 codons peuvent coder pour le même acide aminé. Il existe 2 acides aminés qui sont codés par un seul
codon : AUG (méthionine, codon initiateur) et UCC (tryptophane).
Le code génétique provient probablement d’un ancêtre
commun (peut-être avant LUCA) -> il est possible de
transférer des gènes d’un organisme à un autre :
génigénétique. Il y a des exceptions : principalement
chez les mitochondries et les chloroplastes.
Traduction de l’ARN : seuls les ARNm peuvent être

traduits.
Le ribosome est constitué d’un assemblage complexe

d’ARNr et de protéines. La biogénèse des ribosomes est en fait celle de ses sous-unités. L’ARN les constituant
est transcrit principalement dans le nucléole. L’assemblage final des ribosomes ne se fait que lorsqu’un ARNm
est sur le point d’être traduit dès qu’un ribosome est complet dans une cellule, cela signifie qu’il est lié à un
ARNm et que la traduction est en train d’avoir lieu.
22
Représentation cristallographique du ribosome

- En bleu : grosse sous-unité (foncé ARNr, transparent protéines)
- En jaune : petite sous-unité
- En rouge : structure d’un ARNt déjà en place dans le ribosome
Site A (aminoacyle) : ne contient pas d’ARNt

Site P (peptidyl) : là où se trouve l’ARNt
Site E : « exit »
La petite sous-unité intervient dans le décodage de l’ARNm, alors que la formation du lien peptidique dans la
traduction de l’ARNm en protéine se déroule dans la grande sous-unité qui contient une région possédant une
activité peptidyl transférase. Les protéines sont là pour assurer le placement correct de l’ARNr qui a l’activité
catalytique.
L’ARNt a deux fonctions : il doit être capable d’interagir avec l’ARNm et les acides aminés.
Le site accepteur est l’extrémité 3’ de la cellule, elle se termine toujours par la séquence
5’CCA3’. L’acide aminé se fixe à cette extrémité de la molécule et la boucle d’anticodon et
la boucle inférieur de la feuille du trèfle : elle peut former des paires de bases avec les
codons de l’ARNm.
Pour que la traduction se

déroule, chaque acide aminé
doit être fixé à un ARNt
portant l’anticodon
correspondant. Liaisons
covalente effectuée par des
enzymes d’activation. Une
molécule d’ATP fournit
l’énergie nécessaire à cette réaction endergonique (anabolique) : deux PO4 sont libérés.
Le chargement : formation d’un lien ester entre le groupement carboxyle de l’acide aminé et un groupement
hydroxyle (souvent 3’ ou 2’) du pentose de l’acide aminé de l’ARNt.
Cette orientation de l’acide aminé est importante, elle conditionne le sens de synthèse des protéines.
L’énergie nécessaire pour la formation endergonique de la liaison peptidique est déjà stockée dans la liaison
ester nouvellement formée.
L’initiation : assemblage de ribosomes autour de l’ARNm, initié par la liaison de l’ARNt initiateur (portant la
méthionine) à la petite sous-unité du ribosome. L’ensemble porte le nom de complexe de pré-initiation. Il s’unit
ensuite à l’ARNm au niveau du codon initiateur. Grâce à des protéines appelées facteur d’initiation ou F, mais
aussi à du GTP qui agit comme source d’énergie, la grosse sous-unité du ribosome vient terminer l’assemblage
du complexe d’initiation.
Dans ce dernier, l’ARNt
initiateur est situé au
niveau du site P du
ribosome et est lié au
codon initiateur AUG de
l’ARNm de façon
antiparallèle et
complémentaire par son
anticodon (qui est donc
CAU). L’initiation
requiert de nombreux
facteurs accessoires : les
facteurs d’initiation
eucaryotiques (EIF).
23
L’élongation : succession des étapes qui permettent d’ajouter progressivement des acides aminés à la protéine
en synthèse. Nouvel ARNt chargé par un acide aminé arrive uni à un facteur d’élongation (EF) et également uni
à un GTP. Il se place au niveau du site A du ribosome et il s’unit par complémentarité au codon correspondant
de l’ARNm. Lors de cette fixation, le GTP est hydrolysé et le EF est libéré, accompagné du GDP.
L’ARNr de la grande sous-unité catalyse la formation d’un lien peptidique entre le groupement amine de l’acide
aminé situé au niveau du site A et le groupement carboxylique de l’acide aminé initial porté par l’ARNt situé au
niveau du site P.
Au même moment, la liaison covalente qui unissait la méthionine à l’ARNt est rompue.
L’ARNt du site P est donc déchargé de son acide aminé, et l’acide aminé initiateur est transféré sur le second
acide aminé.
L’ARNt qui est vide glisse vers le site E, alors que l’ARNt portant le dipeptide, lui, glisse vers le site P.
La translocation nécessite aussi un facteur d’élongation, une source d’énergie qui est le GTP.
L’ARNt vide quitte la structure et peut être rechargé par une aminoacyle ARNt synthétase spécifique.
La terminaison : l’élongation se poursuit jusqu’à l’apparition d’un codon stop. Il n’existe pas d’ARNt portant un
anticodon spécifique d’un codon stop, c’est une protéine (le facteur de libération) qui va l’identifier et
provoquer la séparation du ribosome, libérant la protéine nouvelle synthétisée.
Il y a moins d’ARNt (45) que de codons codant un acide aminé (61). La liaison de la troisième base de
l’anticodon est moins stricte que les deux autres. Cette plus grande latitude est en accord avec la
dégénérescence du code génétique. Cette flexibilité s’appelle le ballotement, c’est la troisième base qui est
impliquée et qui est identifiée sous le nom de base wobble ou encore base bancale.
Très souvent, un ARNm donné peut être simultanément lu (traduit) par

plusieurs ribosomes. On parlera alors de polyribosome ou de polysome.
Ces polyribosomes peuvent avoir un aspect linéaire, mais très souvent ils
ont un aspect en forme de colimaçon => en fonction de la longueur de la
chaine de polypeptides en cours de synthèse, on peut déterminer où se
trouvent les extrémités de l’ARNm.
Acquisition du repliement correct pour devenir fonctionnelle. La protéine va se replier de façon à occuper le
moins d’espace possible et à minimiser son énergie libre : elle va adopter la forme la plus stable. Le mécanisme
inverse s’appelle la dénaturation.
Les protéines plus grosses ont besoin d’aide pour adopter leur forme fonctionnelle, elles y sont aidées par des
protéines chaperones, de la famille des protéines thermiques HSP. Dans certains cas, une étape
complémentaire est nécessaire, elle fait appel à une autre famille de protéines chaperonnes, les chaperonines,
qui vont assister au repliement final grâce à de l’ATP.
Exportation des protéines : conduire la protéine au bon endroit (dans le bon compartiment).
Les protéines portent un ou des signaux d’adressage, il s’agit de courtes étendues d’acides aminés souvent
localisés à l’extrémité aminoterminale de la protéine.
Dans le cas où la protéine est destinée à résider dans le cytosol, sa
synthèse se termine sous la même forme (grâce à un ribosome libre), il
n’y a donc pas d’exportation.
Si la protéine est destinée au noyau ou à a mitochondrie, on parle
d’exportation post traductionnelle, car elle apparait après la synthèse
complète de la protéine
par un ribosome libre ->
<- Si la protéine est destinée autre part (système

endomembrané, membrane plasmique, extérieur de la cellule),
on parle d’exportation cotraductionnelle : la synthèse de la
protéine, débutée par un ribosome libre dans le cytosol se
terminera par le même ribosome, mais attaché à la membrane
du réticulum endoplasmique.
24
Dégradation des protéines obsolètes : deux voies différentes
- Autophagie : envoi de la protéine à dégrader vers le lysosome, où elle sera hydrolysée par les
protéases et les acides aminées constituants seront recyclés pour l’usage de la cellule. D’autres voies
d’autophagie existent, comme celles impliquant des protéines mal repliées ou encore la micro-
autophagie qui ne nécessite pas la formation d’un autophagosome (dépassent le cadre du cours)
- Protéasome : assemblage protéique qui reconnait des protéines étiquetées par l’accumulation de
petites protéines qui lui sont liées (ubiquitine). La protéase réduit la protéine ainsi marquée en ses
acides aminés constitutifs qui peuvent être réutilisés par la cellule. L’ubiquitine est ajoutée aux
protéines à dégrader grâce à de l’ATP et une succession d’étapes de transfert comprenant de
nombreuses protéines intermédiaires. Elle sera finalement transférée à de nombreuses reprises sur la
protéine à dégrader.
15. La perpétuation du génome
Généralement, une cellule se divise pour donner naissance à deux cellules filles. Cette étape porte le nom de
division cellulaire ou mitose chez les eucaryotes. Les cellules filles sont génétiquement identiques l’une à
l’autre et à la cellule d’origine, ce qui explique que toutes nos cellules nucléées à l’exception des gamètes
possèdent exactement le même patrimoine génétique, car elles proviennent des divisions successives d’une
seule cellule de départ, le zygote.
En tant que mammifère, nos cellules sont diploïdes (pas le cas de tous les êtres vivants), ce qui implique que
chaque cellule à l’exception des gamètes porte deux copies de l’information génétique.
Réplication de l’ADN : modèle semi-conservatif,

les brins d’ADN parentaux se séparent, chaque
brin reste intact et sert de motif pour la synthèse
d’un nouveau brin complémentaire (modèle
confirmé par l’expérience de Meselson et Stahl,
ils ont utilisé plusieurs formes d’azote
isotopiques, un étant plus lourd que l’autre).
La réplication de l’ADN est réalisée par une machinerie enzymatique complexe dont le cœur est l’ADN
polymérase. Cette enzyme synthétise une molécule d’ADN mais nécessite pour y parvenir un modèle (une
matrice). L’ADN polymérase nécessite aussi des désoxyribonucléotides, qui lui sont fournis sous la forme de
nucléosides triphosphates. Une particule d’ADN polymérase est incapable de synthétiser de l’ADN ab initio, elle
a besoin d’une amorce qu’elle va allonger dans un sens unique (5’->3’), à une vitesse de mille nucléotides par
seconde.
La synthèse de l’ADN est un processus endergonique, l’énergie est apportée à l’enzyme par les nucléosides
triphosphates. Lors de la formation du lien phosphoester, un pyrophosphate est libéré par clivage d’une liaison
phosphoanhydre. Les nucléosides triphosphate sont donc non seulement les éléments structurels de l’ADN,
mais aussi la source d’énergie nécessaire à son élongation.
Chez les eubactéries, 3 types d’ADN polymérase. Chez les eucaryotes et le archées, paysage enzymatique plus
complexe, chacune identifiée par des lettres grecques (4 représentées). Les processus sont comparables dans
tout le règne du vivant.
Chez les procaryotes, l’origine de la réplication est unique, il s’agit d’une séquence particulière de l’ADN et la
réplication début donc à ce point, puis se propage progressivement à tout le génophore jusqu’au point situé à
l’opposé de l’origine de réplication et qui sera le site de terminaison. A la fin du processus, deux génophores
complets coexisteront.
25
Œil de réplication : séparation localisée des deux brins d’ADN réalisées par des enzymes spécialisées et
appelées hélicases (protéine motrice dont la fonction dépend de l’ATP) qui se déplacent le long d’un des brins
d’ADN, dans une direction privilégiée. Pendant ce déplacement, elles vont rompre les liaisons H, créant les
fourches de réplication.
Une enzyme, l’ARN polymérase ADN dépendante (aussi appelée ADN primase), synthétise un fragment d’ADN
sur la base de la matrice. Elle utilise des ribonucléositriphosphates comme matière première de la synthèse de
l’amorce et comme source d’énergie pour la synthèse. Cette amorce n’est pas de l’ADN mais de l’ARN,
synthétisée sur chaque brin d’ADN séparé dans le sens 5’->3’.
L’ADN polymérase III synthétise le nouveau brin. Il existe un brin continu dans chaque fourche et donc deux
dans chaque œil de réplication. L’accroissement de l’étendue de l’œil de réplication pour la progression des
hélicases fait apparaitre des régions d’ADN monocaténaire en amont des amorces. Ces régions, lorsqu’elles
seront suffisamment grandes, seront amorcées par l’ADN primase en amont des amorces initiales, on parle de
brin discontinu. Il est dit chimérique, ce sont des fragments qui portent le nom de fragments d’Okazaki, dont la
partie ADN va être allongé et la partie ARN supprimée par l’ADN polymérase I. ils sont ensuite liés entre eux par
une enzyme spécialisée : l’ADN ligase, qui crée un lien phosphoester entre les désoxynucléotides 3’ d’un
fragment et le désoxynucléotide 5’ du fragment précédent.
Certaines de ces enzymes sont regroupées dans un énorme complexe de protéines appelé le réplisome. Il est
fait de deux molécules d’ADN polymérase III (une réplique le brin continu, une le discontinu), qui se déplacent
donc dans le même sens, avec l’hélicase et l’ADN primase (l’ADN polymérase I et les ligases en sont exclus).
Chez les eucaryotes, l’ADN n’étant pas circulaire et beaucoup plus long, il porte plusieurs origines de
réplications, et donc plusieurs yeux de réplication qui fusionnent lorsqu’ils se rejoignent.
Le fait qu’il soit linéaire pose un problème, puisque la présence d’extrémités entraine la perte d’un fragment
d’ADN à chaque réplication pour le brin discontinu.
=> pour éviter la perte d’informations, les extrémités de chaque molécules (télomères) portent des séquences
répétées non-informatives.
Lorsqu’une limite minimale est atteinte par la taille des télomères d’une cellule, celle-ci entre en senescence. Il
s’agit du ralentissement de l’activité vitale de la cellule ou d’un arrêt de la division en raison du vieillissement.
Certaines cellules cancéreuses peuvent passer outre ce point, ou faire l’acquisition d’un processus leur
permettant d’allonger la longueur de leur télomères (processus qu’elles réactivent venant des cellules
souches).
Dans les cellules souches (et cancéreuses), l’allongement des télomères peut être réalisé par plusieurs
modalités. La plus fréquente est l’usage d’une enzyme (ribonucléoprotéine RNP) particulière : la télomérase,
qui allonge la molécule d’ADN dans le sens 5’->3’ grâce à son brin matrice, qui est une molécule d’ARN (le
26
TERC). Lorsque le télomère est suffisamment allongé, le brin complémentaire est comblé par la réplication
grâce à une ADN synthase et une ADN polymérase.
L’ADN polymérase III effectue environs 100 erreurs tous les millions de base. Elle dispose d’une activité appelée
le proofreading qui vérifie que la base ajoutée correspond à celle de la matrice. Si ce n’est pas le cas, elle
retourne en arrière en utilisant une activité exonucléase dans le sens 3’ -> 5’ pour éliminer le nucléotide ajouté
par erreur et reprend sa course dans le sens 5’ -> 3’ en corrigeant son erreur. Ce système permet de limiter à 1
erreur par milliard de bases.
Mutations ponctuelles : silencieuse (pas de modification de la signification du codon), faux sens (modification
du codon), non-sens (codon devient stop) ou indel (insertion ou délétion).
16. La division cellulaire
Microtubule : tube creux formé de 13 protofilaments organisés en

anneaux. Un protofilament est constitué par la polymérisation de
dimère de deux protéines globulaires : la tubuline α (extrémité -)
et β (extrémité +). Cet assemblage leur donne une polarité. Les
microtubules sont moins flexibles que les microfilaments d’actine
mais sont aussi très dynamiques. Chaque extrémité peut
s’allonger ou se raccourcir, cependant la + s’allonge plus vite et la
- se raccourcit plus vite.
Pas de paires de centrioles ni de centrosome dans les cellules
végétales, présence des anneaux de tubuline γ. Les levures et les
neurones ne possèdent pas de centrosomes.
Les microtubules sont utilisés comme support à des protéines particulières appelées MAP qui vont déterminer
la fonction des microtubules. Parmi ces fonctions, il y a les protéines motrices qui génèrent des forces grâce à
l’hydrolyse de l’ATP, il s’agit donc d’ATPase (licases, myosines, prestine, kinésines, dynéines).
Kinésines et dynéines ont une structure quaternaire,
constituées d’au moins deux chaines de polypeptides
associés l’une à l’autre pour obtenir la fonction de la
protéine. Le domaine moteur va générer le mouvement et
la force tandis que le domaine de liaison au cargo lie une
charge que la protéine motrice et en charge de
transporter dans la cellule. Ces protéines sont spécialisées
dans le déplacement de structure au sein des cellules en
suivant les routes tracées par les microtubules.
Mitose : évènements nucléaires et chromosomiques qui

se déroulent lors de la division de la cellule. Elle est suivie
par la division à proprement parler de la cellule qui
porte le nom de cytodiérèse. La durée moyenne de
la mitose est de 90 minutes.
La prophase débute par l’amorçage de la

condensation de la chromatine, qui devient
chromosome. La transcription s’arrête
progressivement à mesure que la chromatine se
condense.
Chromosome : le centromère est le point de liaison des molécules d’ADN dupliquées, qui constituent les
chromatides sœurs du chromosome.
Prophase : mise en place du fuseau mitotique, qui est un assemblage particulier de microtubules qui va
remplacer l’assemblage normal de ces structures durant la mitose. Les deux paires de centrioles se déplacent
27
dans la cellule et commencent à s’éloigner l’une de l’autre, formant entre elles un faisceau de microtubules
(faisceau radial orienté vers la membrane plasmique et faisceau orienté vers le centre de la cellule).
En même temps, l’enveloppe nucléaire est progressivement démantelée. Les composantes ne disparaissent
pas, ils sont incorporés au RE. Les protéines de la lame nucléaire (lamines nucléaires) organisées en tétramères
sont phosphorylées par une enzyme (MPF) qui est une kinase. Les lamines se séparent et l’enveloppe nucléaire
perd son support, ce qui entraine sa désorganisation.
Prométaphase : pendant cette phase, la chromatine est complètement

condensée en chromosomes qui s’unissent au fuseau mitotique. Cette
fixation se fait par l’intermédiaire d’une pièce multiprotéique appelée le
kinétochore (chaque chromosome en possède deux, chacun situé au niveau
du centromère). Chacun est susceptible d’interagir avec une vingtaine de
microtubules. Un kinétochore contient deux régions : une plaque interne et
une externe. La première est étroitement associée avec le centromère d’un
chromatide et l’autre interagit avec les microtubules.
La couronne fibreuse serait un support de protéines motrices
(dans ce cas, la dynéine). La dynéine va faire la liaison entre la
couronne fibreuse et les microtubules.
Métaphase : moment précis où les chromosomes sont alignés

sur l’équateur. Cette zone où ils sont alignés est appelée la
plaque équatoriale, c’est l’axe de la future division cellulaire.
Anaphase : phase la plus courte de la mitose,

consiste en la séparation des chromatides sœurs
de chaque chromosome. Débute par la
dégradation des protéines qui les maintiennent
ensemble (cohésine) par une protéase
spécialisée appelée la séparase. Une fois libérées
l’une de l’autres, les chromatides sœurs sont
entrainées vers les pôles de la cellule grâce au
raccourcissement des microtubules kinétochoriens et à l’action des protéines motrices.
Télophase : le fuseau mitotique se désorganise par dépolymérisation et l’enveloppe nucléaire se reforme. Cette
reformation repose sur la déphosphorylation des lamines qui avaient été l’élément déclencheur du
démantèlement du noyau, qui provoque la formation à partir d’éléments du RE d’une enveloppe nucléaire
autour de chaque chromatide qui commence immédiatement à se décondenser. Ces fragments de chromatine
entourés par un fragment d’enveloppe nucléaire fusionnent les uns aux autres jusqu’à reproduire un noyau
contenant toutes les molécules de chromatine localisée de la future cellule fille.
Cytodiérèse : division de la cellule. Dans les cellules animales, c’est un élément du cytosquelette qui provoque
la division, des microfilaments d’actine interagissent avec des protéines motrices. Grâce à cette interaction,
l’anneau qui se met en place à l’équateur de la cellule se contracte et étrangle progressivement la cellule
jusqu’à la séparation des deux cellules filles. Souvent cette étape se superpose partiellement à la télophase.
Sur base d’une observation microscopique d’un échantillon de tissus, on peut calculer un index mitotique
(proportion de cellules en mitose dans l’échantillon exprimé en %). Il est un indicateur puissant de la survie
d’un patient cancéreux (> 5% survivent moins longtemps).
Inhibition de la polymérisation des microtubules par le taxol (paclitaxel) pour traiter certains cancers.
Blocage de la mitose pour observer les chromosomes (caryotype) -> anomalies chromosomiques (syndrome de
Klinefelter : 3 chromosomes sexuels, syndrome de Down : 3 chromosomes 21)
28
17. Le cycle cellulaire et son contrôle
La durée d'un cycle cellulaire varie très fortement en fonction du type de

cellule considéré : plus court dans les cellules embryonnaires, car elles
sont plus petites (la durée de cycle d'une cellule embryonnaire
drosophile est de l'ordre de dix minutes, alors que la durée de celui d'une
cellule différenciée adulte est de l'ordre de 24h). Des extrêmes existent,
c'est le cas des hépatocytes dont la durée du cycle dépasse 8700 heures
(un an). D'autres cellules quittent ce cycle en G1 pour entrer dans une
phase de quiéssance appelée G0. Elles peuvent y rester des jours, des
semaines, des mois voire ne jamais en sortir. C'est le cas des neurones et
des cellules musculaires différenciées.
Expériences de Masui et Markert et celles de Smith et Ecker : ont démontré que le cytoplasme des cellules en
phase M contenait un régulateur positif capable de provoquer la transition en G2. Ce régulateur a reçu le nom
de MPF (Mphase promoting factor)
Expérience de Rush sur « le blob » : a fusionné des blobs en différentes phases de leur cycle, voulait au départ
prouver l’existence d’une horloge biologique. Ils ont remarqué l’accroissement de la quantité d’une substance
dans le cytosol jusqu’à atteindre son maximum juste avant la mitose.
MPF est un complexe de deux protéines : cycline B (régulatrice de l’activité enzymatique) et cdk1 (kinase)
-> phosphoryle les lamines, ce qui aboutit au démantèlement de l’enveloppe nucléaire pendant la prophase.
Contrôle de l’oscillation : l’apparition de la cycline B est le résultat de l’enclenchement de l’expression du gène

qui code et de la traduction de l’ARNm correspondant (synthèse de protéine).
La disparition de la cycline est le résultat de sa dégradation par le protéasome, après sont marquage pour la
dégradation par de l’ubiquitine.
La cdk du complexe doit d’abord subir des phosphorylations inactivatrices avant d’être l’objet d’une
déphosphorylation activatrice -> on ajoute 3 PO4 puis
on en enlève 2. Cette complexité du système permet
d’éviter les activations accidentelles du MPF.
Lorsque le MPF a fait son œuvre et que la cycline B est
dégradée, le cdk1 perd son PO4 activateur par une
déphosphorylation et le cycle peut recommencer.
Expériences de Rao et Johnson : suggèrent que

l’élément régulateur de la phase S n’est pas identique
à celui de la phase M. La transition G1-S est aussi contrôlée par un couple de cycles : cycline E et cdk2.
La cible majeure de ce complexe est la protéine pRb, qui dans sa forme active se lie à un facteur de
transcription nommé E2F, ce qui l’empêche de se lier à l’ADN pour y exercer son rôle de facteur de
transcription positif. Lorsque le complexe est actif, il phosphoryle rB qui devient inactif -> la protéine pRb est
donc un frein au cycle cellulaire.
29
Trois points de contrôle existent dans le cycle cellulaire pour vérifier de la qualité de ses étapes et que son
déroulement est sans danger pour l’organisme
- G1 checkpoint ou point de restriction : évalue l’adéquation de l’environnement de la cellule avec une

division (la cellule a-t-elle reçu un signal go/ facteur de croissance). Si la cellule a reçu un signal, le
complexe cyclique D cdk46 est activé, il peut phosphoryler rB pour conduire la cellule vers la phase S.
L’intégrité du génome est aussi vérifiée. Si l’ADN est endommagé, la cellule active une cascade de
kinases dont la dernière phosphoryle une protéine : p53 qui, sous sa forme activée est capable de se
lier à l’ADN au niveau du promoteur du gène codant pour la protéine p21 qui est un inhibiteur de ck2.
-> L’apparition de p21 bloque la cellule en G1 pour lui permettre de mettre en œuvre des mécanismes
de réparation. Si la cellule parvient à réparer, il n’y a plus d’activation de p53 et le cycle peut
redémarrer, dans le cas inverse, l’abondance de p21 croît, ce qui envoie la cellule vers un programme
de mort : l’apoptose.
- G2 checkpoint : vérifie l’intégrité du génome. Les dommages mènent à l’activation d’une cascade de
kinases dont la dernière phosphoryle une protéine nommée cdc25 qui est une phosphatase destinée à
éliminer les phosphatases inhibitrices qui avaient été ajoutés au complexe MPF en préambule de son
activation.
La phosphorylation de cdc25 entraine la translocation du noyau vers le cytoplasme : elle ne peut donc
plus activer MPF -> Blocage du cycle en G2
- M checkpoint : en métaphase de la mitose, vérifie l’attachement correct des kinétochores aux
microtubules pour éviter les anomalies chromosomiques
Complexe APC (anaphase promoting

complex) : ubiquitine ligase
Proto oncogènes et gènes suppresseurs de

tumeurs : codent pour des protéines qui vont
gérer la vitesse de division des cellules. Les
produits des proto oncogènes induisent la
division, tandis que ceux des gènes
suppresseurs de tumeurs inhibent la division.
Mort cellulaire : nécrose (la cellule éclate : lyse) ou apoptose (la cellule se condense)
Apoptose : élimination de cellules anormales ou endommagées ou fin de vie physiologique de la cellule.

Caractérisée par la rupture de l’asymétrie de la membrane : les phosphatidylsérines basculent vers le feuillet
externe de la membrane plasmique (normalement que dans le feuillet interne). Caractérisée aussi par une
condensation de la cellule qui est accompagnée par une réduction de la surface de la membrane plasmique, ce
qui provoque l’apparition de boursouflures à la surface, portant le nom de beblings, qui finissent par se séparer
les unes des autres puis être éliminées par phagocytose par le système immunitaire. Deux voix mènent à
l’apoptose :
- Voie intrinsèque : dommages irréparables à la cellule, provoque la sortie du cytochrome C de la

mitochondrie vers le cytosol. Il est transporteur des électrons entre les complexes 3 et 4 de la chaine
respiratoire, sa sortie a deux effets : la réduction de l’activité de la chaine respiratoire et sa liaison à un
super complexe de protéines, l’apoptosome (consiste en un assemblage du cytochrome C, de l’ATP et
de nombreuses autres protéines). Une des protéines est une forme inactive de la caspase 9, qui est
activée par un clivage protéolytique. Va provoquer une cascade d’activations par clivage protéolytique
jusqu’à la caspase 3 effectrice en fin de cascade.
- Voie extrinsèque : passe par un signal moléculaire extérieur, un liguant qui va se lier à un récepteur
membranaire. Cette liaison provoque elle aussi l’activation d’une caspase initiatrice : la procaspase 8
qui entame une cascade d’activations protéolytiques culminant à l’activation de la caspase 3 effectrice
Ces caspases effectrices sont les tueurs à gage de la cellule, par leur activité protéolytique, elles vont dégrader
des protéines importantes de la cellule, ce qui va aboutir à la mort de cette dernière.
30
18. La transmission du patrimoine génétique I
Méiose : origine des gamètes chez les animaux, réduit de moitié le nombre de chromosome des cellules mères
vers les cellules filles
Ploïdie d’une cellule : nombre d’exemplaire de jeux

complets de chromosomes (n). Nos cellules sont
diploïdes (2n) à l’exception des gamètes qui sont
haploïdes (n)
Variation de la quantité d’ADN : la ploïdie reste

constante, mais la quantité d’ADN varie, on compte
par complémentarité (C)
La méiose consiste à passer d’une cellule 2n4C à des

cellules 1n1C. La cellule doit donc avoir procédé à la phase S. Chez les animaux, seules les cellules germinales
sont capables de réaliser la méiose, mais pas les cellules somatiques.
Première division méiotique – méiose I :
- Prophase I : condensation progressive de la chromatine autour d’une structure protéique, fait

apparaitre de longs filaments dans le nucléoplasme qui s’attachent à la face interne de l’enveloppe nucléaire
grâce à des plaques d’attachement (phase leptotène)
Les filaments fins du leptotène s’associent par paires de façon très précise dans un processus qui porte le nom
de synapsis aboutissant à la formation d’un complexe qui unit les filaments (complexe synaptonémique) et
permet d’aligner les gènes homologues avec exactitude. Ce complexe est constitué de protéines qui forment
un élément central relié à deux éléments latéraux, chacun interagissant avec la chromatine. Il comprend de la
cohésine qui unit les chromatides sœurs entre elle et les filaments homologues entre eux. Cette association
porte le nom de tétrade ou bivalent.
Le complexe est complètement mis en place à la fin d’une étape appelée zygotène.
La condensation de la chromatine progresse jusqu’à l’apparition des chromosomes à l’étape pachytène,
pendant laquelle apparaissent aussi les nodules de recombinaison. Ces
éléments se mettent en place sur l’élément central du complexe
synaptonémique. Ce sont des assemblages enzymatiques responsables de
la recombinaison intra chromosomique (crossing over).
Etape suivie par la désintégration du complexe et donc une séparation
des chromosomes homologues qui restent unis par les régions où ont eu
lieu les recombinaisons : les chiasmas. Cette étape porte le nom de
diplotène et voit également une décondensation des chromosomes.
La diacinèse clôture la prophase I : les chromosomes se condensant à nouveau et se détachent de l’enveloppe
nucléaire, qui est démantelée. Les chromosomes sont unis au fuseau de microtubules par l’intermédiaire de
kinétochores (mode d’attachement syntélique).
- Métaphase I : formation d’une plaque équatoriale. L’attachement syntélique des chromosomes va
entrainer une répartition sur la plaque en tant que bivalent. Cette organisation particulière engendre une autre
recombinaison : la 1re recombinaison interchromosomique.
Le hasard pourrait placer les tétrades de manière telle que tous les chromosomes d’origine maternelle soient
dirigés vers un des pôles de la cellule. Une autre possibilité est un panachage de cette répartition. La
dynamique des microtubules et l’action de protéines motrices séparent les chromosomes homologues mais pas
les chromatides sœurs.
- Anaphase I
- Télophase I
La première division méiotique réduit la quantité d’ADN dans les cellules filles ; on parle de division
réductionnelle -> cellules 1n2C. Division suivie par une période appelée intercinèse pendant laquelle la quantité
d’ADN n’est pas modifiée.
31
Deuxième division méiotique – méiose II (pas de phase S) :
- Prophase II
- Métaphase II : l’attachement des chromosomes au fuseau se fait sous une modalité amphitélique. Cet
attachement amène les chromosomes au niveau de la plaque équatoriale, ce qui entraine une dernière
recombinaison : 2e recombinaison interchromosomique (principe identique à celui de la 1re recombinaison
interchromosomique)
- Anaphase II
- Télophase II
La deuxième division méiotique produit des cellules 1n1C.
Les erreurs de la méiose : on parle d’aberrations

chromosomiques.
Certains organismes font la méiose à d’autres fins que la

formation des gamètes ; par exemple les fleurs l’utilisent pour
créer des grains de pollens qui peuvent au même subir des mitoses.
Un autre exemple est celui du cycle de vie de l’agent responsable de la malaria, qui est un protozoaire.
19. La transmission du patrimoine génétique II
Hérédité : transmission de traits par des facteurs génétique.
Gregor Mendel : étude de l’hybridation de la plante de pois Pisum Sativum par fusion de gamètes (il prélevait
les étamines de certaines fleurs et le pollen d’autre pour faire des hydrides et éviter l’autofécondation).
Monohybridisme : transmission d’un seul caractère à la fois.
- Il n’y a pas de forme intermédiaire des caractères. Chaque caractère est porté par un facteur (gène)
qui existe sous deux formes (allèles) et reçues intactes par la descendance
- Chaque individu hérite de 2 facteurs venant de chacun des parents pour chaque caractère
- Une forme du caractère masque l’autre : facteur dominant (l’autre est récessif)
- Les deux formes du facteur se séparent pendant la formation des gamètes
 Loi de la ségrégation des allèles (1re loi de Mendel)
Homozygote : de lignée pure, les deux allèles portés sont identiques >< Hétérozygote : de lignée hybride, les
deux allèles portés sont différents
Génotype : patrimoine génétique >< phénotype : expression du patrimoine (allèles dominants)
Tableau (ou carré) de Punnet ou arbre de pedigree (généalogique) utilisé pour exprimer la transmission d’un ou
plusieurs caractères génétiques.
Ex : transmission du glaucome juvénile : arbre généalogique ne permet pas de déterminer si c’est un allèle
dominant ou récessif.
Transmission qui concerne les chromosomes non-sexuels : transmission autosomale.
Dihybridisme : transmission de deux caractères à la fois.
=> Ségrégation indépendante des caractère (2e loi de Mendel) grâce à la recombinaison interchromosomique
Génétique non formelle : certains traits ne sont pas complètement dominants, d’autres sont poly-alléliques,
d’autres sont polygéniques.
Ex : hypercholestérolémie familiale peut prendre sa source dans un allèle déficient du récepteur aux
lipoprotéines de faible densité (Low Density Lipoproteins) qui contiennent le cholestérol. L'individu
homozygote dominant exprime des récepteurs fonctionnels capables de provoquer l'endocytose médiée par
les récepteurs des LDL. Il en résulte une concentration plasmatique en cholestérol basse. Les cellules de
l'individu homozygote récessif sont incapables de procéder à l'endocytose du LDL puisque le récepteur est
32
inopérant. La concentration plasmatique en LDLC est donc élevée et il en résulte des accumulations de lipides
sous formes de tumeurs bégnines, sous-cutanées ou encore dans la cornée. Les individus hétérozygotes ont un
phénotype intermédiaire, avec des signes cliniques moins sévères.
La codominance (souvent confondue avec la dominance incomplète) : souvent, les gènes ne portent pas
uniquement deux allèles, mais plusieurs dont plusieurs peuvent être simultanément dominants et s’exprimer
pleinement dans le phénotype.
Ex : groupe sanguin ABO déterminé par un gène noté i qui code une enzyme impliquée dans la glycosylation
des protéines à la surface du globule rouge. L’enzyme codée par IA ajoute une glycosylation se terminant par
une N-acétylgalactosamine (carré jaune). Celle codée
par IB ajoute une glycosylation terminée par un
galactose (cercle jaune). Celle ajoutée par l’allèle I
n’ajoute pas de glycosylation terminale. IA et IB sont
codominantes et I est récessif.
L’hérédité polygénique : la plupart du temps, la relation entre génotype et phénotype est plus complexe. Il
s’agit de caractères contrôlés par plusieurs gènes, impliquant une variation
continue progressive.
Ex : couleur de la peu chez l’humain contrôlée par trois gènes, chacun
portant deux allèles. Le trait répond aussi à une transmission par dominance
incomplète. 8 gamètes peuvent être produites, produisant 7 phénotypes
différents. Dans le cas du croisement de deux individus hétérozygotes, pour
chacun des gènes les probabilités d’apparition de chaque phénotype ne sont
pas identiques, mais se distribuent sur une courbe (de Gausse).
Epistasie : l’expression phénotypique de certains caractères peut être altérée par un autre gène.
Ex : couleur de labrador, le gène B code la couleur du pelage et existe sous deux formes (dominante noire,
récessive brune). La couleur du pelage est influencée par un second gène indépendant appelé le gène
d’extension (E), qui n’influence pas la couleur mais sa capacité à être exprimée dans la peau et la fourrure (les
porteurs de E seront blancs/beiges). Le même système existe chez l’humain pour la couleur des cheveux.
Expériences de Thomas Morgan : travaille sur la mouche drosophile, ce qui a permis de mettre en relation
l’hérédité d’un caractère avec les chromosomes sexuels (la couleur des yeux des mouches). Le mâle aux yeux
rouge étant W+ dominants, aux yeux blancs W- récessif, gène porté par le chromosome X du mâle.
Chromosomes sexuels : X ou Y, aussi appelé les gonosomes.

Chez les humains (et les drosophiles) : système XY, chez les oiseaux : système ZW (ZZ mâle et ZW femelle),
système X0 chez les sauterelles par exemple (XX femelle, X mâle). L’abeille repose sur un système haploïde-
diploïde (femelles diploïdes, mâles haploïdes issus d’une reproduction non-sexuée : la parthénogenèse).
Certaines maladies sont plus fréquentes chez un sexe qu’un autre. Cette différence est expliquée par l’hérédité
des chromosomes sexuels (qui ne peuvent pas se recombiner pendant la méiose) et par la longueur plus
grande du chromosome X par rapport au Y (X 156 millions de paires de bases, 1000 à 2000 gènes, Y 57 millions
de paires de bases, 200 gènes).
Ex : daltonisme, dystrophie de Duchenne, certaines formes d’hémophilie
Dans les cellules de femmes : un des chromosomes X s’inactive au cours du

développement de l’embryon. Cette inactivation est le résultat d’une forte concentration
de la chromatine en raison de son hyperméthylation. Il s’agit d’un phénomène de
compensation de doses, qui s’effectue aléatoirement dans chaque cellule de l’embryon.
Le chromosome X condensé est baptisé le corpuscule de Barr, il entraine des individus
qui sont des mosaïques génétiques.
Ex : chat écaille de tortue
Mise en évidence du crossing-over : la fréquence d’apparition des recombinaisons est liée à la localisation de
gènes sur les chromosomes (exprimée en % : centimorgan cM).
33
20. L’embryologie
Les cellules souches : cellules non-différencié capable d’auto-renouvellement, se divise par mitose pour
produire d’autres cellules souches par mitose symétrique ou une cellule souche et une cellule progénitrice qui
va subir une différenciation, qui est l’acquisition d’une spécialisation, par mitose asymétrique.
Cellules souches totipotentes : ont la plus grande capacité de différenciation (si on en prélève une de
l’embryon, on peut aboutir à un nouvel individu).
Cellules souches pluripotentes : quelques jours après la fécondation (5-6), l’embryon atteint le stade
blastocyste. Les cellules sont capables de produire des progéniteurs qui peuvent se différencier en toutes les
cellules de l’organisme à l’exception des annexes embryonnaires.
Cellules souches multipotentes : cellules souches adultes, ne peuvent donner naissance qu’à des cellules
appartenant à un des feuilles embryonnaires : l’endoderme, le mésoderme et l’ectoderme.
Détermination : perte de la capacité de différenciation d’une cellule, qui devient unipotente et ne peut donner
qu’un seul type cellulaire (mécanisme à l’origine : méthylation irréversible).
Spermatogenèse : débute à la puberté, se déroule dans les testicules au niveau des tubules séminifères. Dans la
paroi du tube du côté périphérique, se trouvent les cellules germinales (spermatogonies), qui sont des cellules
souches unipotentes diploïdes qui se divisent par mitose de façon à entretenir le pool de cellules souches. Lors
de la mitose asymétrique, elles donnent naissance à une cellule progénitrice, le spermatocyte I. Tout en se
rapprochant de la lumière du tubule, il va entamer une méiose. A l’issu de la division réductionnelle, il devient
le spermatocyte II et après la division équationnelle, le spermatide (1 spermatocyte II -> 4 spermatides), qui
devra subir une maturation pour acquérir le flagelle et sa structure finale de spermatozoïde afin d’être libéré
dans la lumière du tube séminifère. La formation d’un spermatozoïde chez l’humain dure environ 64 jours.
Ovogenèse : durant le développement fœtal, les cellules souches germinales colonisent les gonades en
formation et y évoluent en ovogonies (cellules souches unipotentes) qui vont d’abord se multiplier par mitoses
successives. Vers la douzième semaine de vie fœtale, des ovocytes I vont entrer en méiose mais resteront
bloquées au stade diplotène, on parle de diapause, qui subsistera jusqu’à l’ovulation à partir de la puberté. A la
naissance, les ovaires contiennent environ un million d’ovocytes I, chacun contenu dans un follicule. A la
puberté, à chaque cycle, un de ces follicules est stimulé par l’action d’hormones et atteint sa pleine maturité, il
termine sa division réductionnelle et produit un globule polaire et un ovocyte II qui va débuter sa division
équationnelle, mais la progression va être stoppée en métaphase II. C’est sous cette forme que l’ovule est
libéré dans la cavité générale. La méiose ne se terminera que dans l’éventualité d’une fécondation (encore une
fois il y aura libération d’un globule polaire).
Fécondation : union des

gamètes mâles et femelles,
initiée par la fusion de la
membrane plasmique de
spermatozoïde avec celle de
l’ovule.
La fusion membranaire active l’ovule. Cette activation semble être induite par une augmentation importante et
transitoire de la concentration cytosolique en Ca2+, qui joue le rôle de second messager (il va relayer et
amplifier une information primaire à l’ensemble de la cellule). Cette onde de dépolarisation engendre des
modifications à la surface cellulaire afin d’éviter la polyspermie. Libération dans l’espace périvitellin du contenu
de petites vésicules cytosoliques qui étaient localisées à proximité de la membrane plasmique. Les enzymes
libérées éliminent les récepteurs membranaires d’arrimage du spermatozoïde et durcissent la zone pellucide, la
rendant ainsi imperméable aux spermatozoïdes et augmentant la protection du futur embryon. Le noyau
spermatique se décondense et devient un pronucléus mâle (ne contient qu’un génome haploïde).
34
Reprise de la méiose : les futurs appareils microtubulaires se formeront à partir des centrioles paternels, les
patrimoines génétiques mâle et femelle sont chacun sous forme de pronucléi qui subissent individuellement
une phase S. Grâce à l’action du centrosome paternel et des microtubules qu’il génère, les pronucléi se
rapprochent et se démantèlent en chromosomes qui s’arrangent sur la plaque équatoriale -> apparition du
zygote : 1re cellule diploïde d’un nouvel organisme. Très rapidement, les microtubules répartissent les
chromosomes dans les deux cellules de l’embryon, c’est le stade bicellulaire (à deux blastomères : chacun étant
une cellule totipotente). Pendant les 96 premières heures, la cellule se divisera jusqu’à ce qu’il y en ait une
trentaine (stade morula) mais la taille de l’embryon n’augmentera pas, il s’agit de la segmentation.
Tout en étant toujours incluse dans sa zone pellucide, la morula subit la blastulation, ses cellules les plus
internes se resserrent les unes contre les autres : compaction.
Le nouvel organisme se développera uniquement à partir de ces cellules qui constituent l’embryoblaste
(bouton embryonnaire).
Pendant ce temps, les cellules extérieures s’aplatissent et se lient les unes aux autres par des jonctions
cellulaires et forment la paroi épithéliale appelée trophoblaste qui donnera naissance aux annexes
embryonnaires.
Par ce procédé, une cavité (blastocœle) se forme et se remplit de liquide à l’intérieur de l’embryon qui devient
le blastocyste.
Les cellules du bouton embryonnaire s'accumulent à un pôle du blastocyste (pôle embryonnaire) dont les
cellules sont des cellules souches pluripotentes. Les jonctions cellulaires peuvent appartenir à différentes
catégories, mais elles partagent des points communs qui sont l'union de deux cellules adjacentes par
l'interaction de protéines spécifiques. Dans le cas des jonctions d'ancrage, comme les jonctions adhérentes et
les desmosomes, les protéines impliquées sont des cadhérines. Les jonctions étanches (tight junction)
obéissent au même principe mais l'accolement des membranes des cellules adjacentes est extrêmement étroit,
ce qui interdit le passage, même de petites molécules, de part et d'autre de cette jonction. Tous ces systèmes
interagissent également avec du cytosquelette, que ce soient les filaments fin (microfilaments d'actine) pour
les tight junction et les jonctions adhérentes ou des filaments intermédiaires pour les desmosomes.
Eclosion : après 5 jours, le blastocyste se

libère de la zone pellucide, résultat de
mouvements de contraction de l’embryon
et de l’action d’enzymes. Permet la
croissance de l’embryon qui aura migré de
la trompe de Fallope vers la cavité utérine à
cause des battements des cils des cellules
qui constituent l’épithélium des trompes et
va s’implanter dans la paroi utérine ->
35
Gastrulation : modifications profondes résultant de mouvements cellulaires complexes. Le passage du disque

embryonnaire didermique à un disque tridermique nécessite l'invagination d'un troisième feuillet entre les
deux premiers.
L'épiblaste (surface ovale baignée par le liquide amniotique) : la région la plus large est la région céphalique ou
encore la région rostrale, alors que la région la moins épaisse est la région caudale-> 1er plan de construction de
l'organisme : son axe longitudinal antéro postérieur (axe céphalo
caudal), sépare l'embryon en deux moitié (gauche et droite) qui
caractérise sa symétrie bilatérale.
Le disque embryonnaire s'épaissit au niveau de la ligne médiane, le
long de l'axe céphalo caudal. Cette structure est la ligne ou le sillon
primitif, elle prend naissance au pôle caudal et s'allonge vers le pôle
céphalique jusqu'à la moitié de la longueur de l'embryon. Elle
résulte de la prolifération et de la migration des cellules de
l'épiblaste vers la région médiane du disque.
Par la suite, la ligne médiane s'allonge vers l'extrémité caudale et sa face dorsale se creuse d'un sillon (sillon
primitif), siège d'importantes migrations cellulaires, les cellules épiblastiques vont glisser dans la dépression de
la ligne primitive, pour s'enfouir sous l'épiblaste. Deux mouvements notables au travers du sillon : un
mouvement latéral et un vers la région céphalique
 Mise en place des 3 feuillets
Origine des orifices digestifs : deux régions de l’embryon

triblastique restent composées de deux feuillets uniquement, une
dans la zone céphalique et une dans la zone caudale. L’épiblaste y
reste intimement accolé à l’entoblaste, il n’y a pas d’invasion des
cellules mésoblastiques. Ces accolements correspondent à la membrane pharyngée et à la membrane cloacale
qui seront ultérieurement percées pour former respectivement la bouche et l’anus.
Mécanismes de
l’embryologie : le
sillon contient un
groupe de cellules
localisées à son
extrémité, il s’agit
d’une primitive au
nœud de Hensen. Son
excision et sa greffe
sur un embryon dont
l’axe antéropostérieur
et déjà organisé
provoque la formation
d’un deuxième axe.
Les cellules qui
constituent ce nœud
agissent comme un
centre d’organisation de l’axe. Certaines régions de l’embryon influencent le devenir des régions voisines ->
phénomène d’induction, résultat de l’émission par ses cellules organisatrices de protéines solubles qui vont
modifier la différenciation des cellules cibles.
Ces protéines solubles agissent comme des molécules informatives et sont spécifiques de récepteurs
membranaires.
Dans un premier cas, le récepteur lié à son liguant spécifique active par phosphorylation d’une première kinase
et déclenche une cascade jusqu’à la protéine effectrice, qui va provoquer la réaction de la cellule.
Dans un deuxième cas, le système est comparable mais il fait intervenir une molécule particulière appelée
messager secondaire, dont la concentration dans la cellule augmente et il lance la cascade de phosphorylation.
36
Ces messagers peuvent être dérivés de l’ATP, des lipides de la membrane plasmique ou encore de l’ion calcium
du REL.
Ce mécanisme de transmission donne plusieurs avantages à la cellule : accroit le nombre de point de contrôle
possible et amplification du message initial.
Clonage reproductif : destiné à créer un être vivant et viable >< clonage thérapeutique : vise à former des tissus
ou des cellules d’un individu dans l’optique d’une thérapie
Clonage reproductif naturel : scission d’embryons (jumeaux).
Clonage reproductif artificiel : premier clonage d’un vertébré

en 1952, premier clonage d’un mammifère en 1996 (Dolly)
-> 3 variétés de moutons différentes utilisées, un a donné un
œuf (ovocyte II) dont le patrimoine génétique a été enlevé
(œuf énucléé), un a donné une cellule somatique diploïde
non germinale (dans ce cas, venait de la glande mammaire)
qui est donneuse du noyau et est fusionné avec l’œuf
énucléé. On laisse cette cellule se diviser à plusieurs reprises
avant de l’implanter dans l’utérus d’un troisième mouton qui
est mère porteuse. Dolly est morte après 7 ans par la suite
d’un vieillissement prématuré dû à des télomères arrivés
précocement à leur limite de taille.
Un clone n’est pas une copie parfaite, dans le cas de Dolly,

des gènes mitochondriaux de l’œuf énucléé persiste. Si on
s’intéresse au cas de Copycat (2001), qui était le clone de
Rainbow, un chat écaille de tortue, on peut voir que même
s’ils ont le même patrimoine génétique, ils ne l’expriment pas
de la même façon car les corpuscules de Barr sont aléatoires.
Copycat a vécu 19 ans et a eu une nombreuse descendance.
Clonage thérapeutique : même principe mais sans implanter la cellule dans un utérus et présence de signaux
extracellulaire pour influencer la différenciation vers le tissu souhaité.
21. La transmission du patrimoine génétique III
Diversité génétique : l’évolution est conduite par la sélection naturelle et les mutations.
Des analyses des séquences du génome humain ont fait apparaitre des différences interindividuelles
s’intéressant à une seule base dans un gène donné, qui existent dans plus de 1% de la population et se
nomment single-nucléotide polymorphisms (SNP).
Equilibre de Hardy-Weinberg : les proportions originales de génotypes dans une population restent constantes
de génération en génération à condition qu’une sélection en soit exercée, qu’aucune mutation ne survienne,
qu’aucun allèle ne soit apporté dans une population à partir d’une autre source (aucune immigration), que la
population soit grande et que les fécondations s’y déroulent de façon aléatoire. On peut décrire l’équilibre sous
forme d’équation : (𝑝𝑝 + 𝑞𝑞)2 = 𝑝𝑝2 + 2𝑝𝑝𝑝𝑝 + 𝑞𝑞 2 = 1 avec p fréquence de l’allèle dominant et q fréquence de
l’allèle récessif.
Effet fondateur : forme particulière de migration, une population ne modifie par une autre, mais en crée une
nouvelle en colonisant un nouveau territoire. Certains allèles peuvent être perdus et la fréquence des autres
profondément modifiée.
Effet bottle neck : résultat d’une réduction subite et importante du nombre d’individus dans la population,
l’échantillon survivant de la population se reconstitue avec des fréquences alléliques parfois très différentes de
celles de la population d’origine.
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Evolution par sélection naturelle :
- Evitement de la prédation
- Sélection pour la résistance : agents toxiques (pesticides ou antibiotiques)
- Sélection par le climat : exemple de la couleur de peau (peau foncée protège les folates de la
dégradation par les UVA, cette photolyse induit une carence en vitamine B9 tandis que peau claire
permet d’accroître la synthèse cutanée de vitamines D grâce aux rayonnements UV)
Spéciation : apparition d’une nouvelle espèce
- Isolement géographique de deux populations : deux espèces subitement séparées géographiquement

sont dites allopatriques, deux espèces pas séparées géographiquement qui se spécifient sont dites
sympathiques
- Adaptation à l’environnement
- Dérive génétique et apparition de mutations aléatoires
22. Un exemple de système – le système digestif
Tissus : composés de cellules qui partagent la même structure et les mêmes fonctions.
Au début du développement, les cellules se déterminent en trois feuillets embryonnaires : l'endoderme, le
mésoderme, l'ectoderme. Chaque feuillet poursuit sa différenciation :
- Tissu conjonctif : tissu de remplissage, il trouve son origine dans le mésoderme, peut être constitué de
plusieurs types cellulaires dont les fibroblastes et les adipocytes.
- Tissus épithéliaux : cellules étroitement liées les unes aux autres, juxtaposées sans la présence de
substances fondamentales ou de fibres entre elles et reposent sur une structure mince, appelée lame
basale. Il s'agit d'un tissu de recouvrement qui marque l'interface avec l'air ambiant ou une cavité
intérieure.
- Tissu nerveux et Tissu musculaire
Adhésion cellulaire : décrit le processus par lequel les
cellules épithéliales interagissent entre elles, par
l’intermédiaire de protéines spécialisées formant les
jonctions cellulaires. Il peut également s’agir de
l’interaction des cellules avec l’environnement non
cellulaire de la cellule qui porte le nom de matrice extra
cellulaire. C’est un réseau tridimensionnel de
macromolécules produites et excrétées par les cellules
résidentes. Il peut s’agir de protéines comme les fibres de
collagène, de glycoprotéines comme la fibronectine qui sert à unir les fibres de collagène de la matrice et des
protéines transmembranaires appelées intégrine. Ça peut aussi être des polysaccharides.
L’adhésion des cellules entre elles ou à la matrice se fait par l'intermédiaires de protéines spécialisées appelées
CAM, qui appartiennent à 4 grandes familles ayant chacune une fonction spécifique et un liguant spécifique :
- Les intégrines, : établissent des liaisons hétérotypiques

- Les immunoglobulines : établissent des liaisons homotypiques
- Les cadhérines : établissent des liaisons homotypiques
- Les sélectines : établissent des liaisons hétérotypiques
En fonction de leur rôle dans le tissu, les systèmes d'adhésion cellulaire peuvent être classés en jonctions
d'ancrage (maintiennent les cellules ensemble et en contact avec la matrice, ce sont des jonctions adhérentes,
des desmosomes et des hémidesmosomes), étanche (ou jonction serrée, forment un joint étanche entre les
cellules, les rendant ainsi imperméable à la diffusion) ou communicante (systèmes de protéines permettant la
communication entre les cytoplasmes de cellules adjacentes, de petites molécules peuvent par cet
intermédiaire passer d'une cellule à l'autre)
38
Dans le cas du système digestif, les jonctions serrées jouent un rôle capital, elles assurent l’étanchéité des
épithélia en formant une ceinture qui entoure la cellule et l’unit à ses voisines. Cette spécificité leur permet de
réguler le passage paracellulaire de soluté. Outre ce rôle de régulation de perméabilité, les jonctions serrées
ségrégent également les jonctions membranaires entre deux régions distinctes, le pôle apical et le pôle
basolatéral.
Chez la majorité des animaux, le système digestif prend la forme d’un tube constitué de plusieurs couches
appelées les tuniques.
La cavité buccale est le premier compartiment du système digestif, c’est là que se déroule la première étape de
la digestion : la digestion mécanique, grâce à la mastication et la digestion chimique grâce à la salive produite
par l’association des 3 paires de glandes salivaires : parodides (sous et en avant de l’oreille) qui sont les plus
grandes chez l’humain, submandibulaires (sous la mâchoire) et sublinguales (sous la langue).
Ces glandes sont dites exocrines puisqu’elles libèrent une substance à l’extérieur. La composition de la salive
est complexe, elle contient entre autres des ions et des enzymes. Parmi les ions, HCO3- y joue un rôle tampon
important. Du côté apical de la cellule qui sécrète la salive, sa sécrétion vers la salive repose sur un transport
actif secondaire couplé à une pompe de l’ion chlore. Du côté basal, l’entré d’HCO3- dans la cellule repose
également sur un transport actif secondaire Na indépendant grâce à l’action de la NA+/K+/ATPase. Toujours du
côté basal, un récepteur de l’acétylcholine provoque l’exocytose contrôlée des granules de sécrétion contenant
des protéines dont des enzymes.
Parmi ces enzymes, on retrouve l’amylase salivaire et le lysozyme (il s’agit d’hydrolases : seules les liaisons
constituées par condensation peuvent subir cette hydrolyse).
Amylase salivaire : enzyme hydrolytique, active à pH 7, hydrolyse les liens α 1-4 entre des unités de glucoses
situées à l’intérieur de chaines d’amylose, d’amylopectine et de glycogène. Elle produit ainsi du maltose et des
dextrines limites.
Lysozyme : détruit le peptidoglycane de la paroi bactérienne des Gram + en clivant la liaison glycosidique située
entre l’acide N-acétylmuramique et le N-acétylglucosamine. Son rôle dans le système digestif n’est pas de
participer à la digestion mais de participer à la lutte antimicrobienne.
Lipase linguale : enzyme produite dans la cavité buccale par les glandes gustatives de la région latéro-
postérieure de la langue (glandes de Von Ebner). Elle début le processus d’hydrolyse des triglycérides et
fonctionne à un pH optimal entre 4,5 et 5,4. Elle hydrolyse le lien ester qui unit un acide gras court ou moyen
au C3 du glycérol.
Après la déglutition, le bol alimentaire progresse par péristaltisme dans l'œsophage puis accède à l'estomac via
un sphincter œsophagien appelé cardia. L'estomac est une poche où sont transitoirement stockés les aliments.
La paroi de l'estomac répond à la description générale que nous avons faite du tube digestif. Une
caractéristique de la muqueuse gastrique est l'existence d'une structure arrondie appelée glande gastrique. Il
s'agit du prolongement des cryptes mais coupé de façon diagonale. L’épithélium gastrique contient plusieurs
types cellulaires dont des cellules pariétales qui sont responsables de la sécrétion de l'acide et les cellules
principales qui sont, elles, responsables de la sécrétion des enzymes, on les appelle également les cellules
chefs.
39
Durant le stockage des aliments, ceux-ci subissent une étape de digestion mécanique grâce aux mouvements
de contractions de l'estomac et digestion chimique grâce à l'action de différentes substances présentes dans le
suc gastrique. Les cellules pariétales libèrent de l'HCL dans la lumière de l'estomac dont le pH en début de
digestion est de l'ordre de 5, ce qui permet à la lipase linguale
de maintenir son activité et désactive l’amylase. Le pH s'acidifie
jusqu'à atteindre 2. Cette acidité participe à la protection du
système digestif vis-à-vis des procaryotes potentiellement
pathogènes et est également un agent dénaturant des protéines
alimentaires. Les liaisons qui participent au maintien de leur
structure tertiaire sont perturbées, ce qui les rend plus sensibles
à la digestion par endopeptidase (pepsine) qui, pour éviter son
action protéolytique à l'intérieur de la cellule qui l'a produit, est
synthétisée sous forme inactive ; les cellules principales de l'épithélium gastrique produisent un zymogène de
la pepsine (un précurseur inactif) nommé pepsinogène. Sous l'action du pH très acide de la lumière de
l'estomac, le pepsinogène subit un clivage spontané qui sépare la pepsine active du peptide d'activation. Dans
la lumière de l'estomac, la pepsine va alors hydrolyser les protéines du bol alimentaire.
L'acidité ambiante accroit aussi l'affinité du facteur intrinsèque pour la vitamine B12 ou cobalamine, produit
par les cellules épithéliales de l'estomac. La vitamine B12 est requise pour la production des globules rouges et
sera absorbée dans la partie terminale de l'intestin. À l'issu de la digestion dans l'estomac, son contenu prend
le nom de chyme.
L’intestin grêle est un tube d'environ 5 mètres qui suit l'estomac. Il est divisé en trois segments : les 25
premiers centimètres constituent le duodénum, le reste est divisé en jéjunum et lieum. Le duodénum est le
segment qui reçoit le chyme de l'estomac ainsi que les sécrétions des deux glandes annexes (le foie et le
pancréas).
Le foie est une glande amphicrine ou mixte, elle produit des substances dont certaines sont déversées dans le
torrent circulatoire (fonction endocrine) et d'autres sont déversées à l'extérieur de l'organisme (fonction
exocrine). Les cellules qui remplissent cette fonction sont les hépatocytes, qui sont entourées par de fins
canalicules où circule la bile jusqu'aux canaux principaux (biliaires).
Ces cellules sont aussi longées par des sinusoïdes sanguines permettant les échanges entre les hépatocytes et
le sang.
Le produit exocrine du foie est la bile. Il s'agit d'un liquide où se mélangent les pigments biliaires et les sels
biliaires. Les pigments sont des déchets du catabolisme des globules rouges et ne participent donc pas à la
digestion. Les sels (aussi appelés acides) sont des dérivés réduits du cholestérol. Ils ont été conjugués à des
molécules polaires comme la taurine ou la glycine. En raison de cette structure amphiphile, les sels biliaires
participent à l'émulsification des graisses dans la lumière de l'intestin grêle. Les globules graisseux provenant
de notre alimentation sont donc fragmentés en petites gouttelettes recouvertes de sels biliaires. La bile
contient également de grandes quantités de HCO3-.
Le pancréas est également une glande mixte : 5% de sa masse participe à sa fonction endocrine, par
l'intermédiaire des îlots de Langerhans qui produisent deux hormones importantes : l'insuline et le glucagon.
Elles contrôlent toutes deux la glycémie et participent donc au maintien de l'homéostasie. La fraction exocrine
est majoritaire. Il s'agit des cellules acinaires qui forment des acini, de petites structures organisées en sacs
aveugles autour de petits canaux qui se rejoignent en canaux de plus en plus larges. Les cellules acinaires sont
aisément reconnaissables en microscopie par l'accumulation de granules de sécrétion à proximité de leurs
pôles apicals. Ces granules contiennent les enzymes qui constituent le suc pancréatique.
Le suc pancréatique est un fluide riche en HCO3- et en enzymes sécrétées par les cellules acinaires. Ces enzymes
protéolytiques peuvent hydrolyser des peptides, des polysaccharides, des lipides et des acides nucléiques.
L'amylase pancréatique, quoique différente de la salivaire au niveau de sa structure primaire, catalyse une
réaction identique à celle catalysée par l'amylase salivaire. Les nucléases catalysent l'hydrolyse des acides
nucléiques. La lipase pancréatique humaine clive les triglycérides en monoacides glycérols et acides gras. Mais
pour fonctionner de façon optimale, elle requiert la présence d'une protéine coenzyme, la colipase, qui est
sécrétée sous la forme d'un zymogène inactif. Les protéases du suc pancréatique sont elles aussi sécrétées sous
40
la forme d'un zymogène. Il s'agit principalement du trypsinogène, du chymotrypsinogène, de la pro-

carboxypeptidase et de la pro-élastase.
Le duodénum reçoit donc le chyme acide de l'estomac, la bile du foie et le suc pancréatique. La bile transite par
la vésicule biliaire où elle est stockée et concentrée avant d'être déversée. La bile et le suc pancréatique sont
déversées au même endroit par le sphincter Oddi et les ions HCO3- qu'ils contiennent neutralisent l'acidité du
chyme. L’épithélium du duodénum produit une enzyme particulière, l'entérokinase, aussi appelée
entéropeptidase. Il s’agit d'une peptidase. Son principal rôle est de cliver le fragment inhibiteur appelé TAP
(Trypsine Activation Peptase) situé à l'extrémité carboxy-terminale du trypsinogène. À son tour, la trypsine
(enzyme active) va exciser les peptides inhibiteurs du chymotrypsinogène, la pro-carboxypeptidase, de la pro-
élastase et de la pro-colipase.
Digestion des graisses : dans le duodénum et dans la

lumière intestinale en général, les lipides contenus dans
de petites gouttelettes résultant de l'émulsification des
graisses alimentaires par les sels biliaires peuvent être
hydrolysés par la lipase pancréatique en présence de la
colipase. La colipase n'a pas d'activité enzymatique mais
permet à la lipase de se lier aux gouttelettes lipidiques
sans être inhibée par les sels biliaires. La lipase
pancréatique hydrolyse le lien ester qui lie les acides gras
au C1 et C3 du glycérol. Il en résulte donc des acides gras
libres et un monoacide glycérol. Ces molécules
hydrophobes forment des micelles dans la lumière du
tube digestif ou sont absorbées par les cellules digestives
de l'épithélium intestinal.
Digestion des protéines : tout au long de la lumière de l'intestin grêle, les protéines qui s'y trouvent vont
poursuivre leur hydrolyse initiée par la pepsine dans l'estomac. L’action progressive des endopeptidases
comme la trypsine, la chymotrypsine ou l'élastase qui clive la chaine peptidique en son milieu en des sites
spécifiques, mais aussi grâce à l'action des exopeptidases qui hydrolysent progressivement les peptides par
leurs extrémités, vont produire des acides aminés libres et de courts
peptides qui vont être absorbés par l'épithélium intestinal. Parmi les
exopeptidases, on trouve la carboxypeptidase produite par le pancréas
et qui ronge la protéine par son extrémité carboxy-terminale. Mais il
existe aussi l'aminopeptidase, produite par l'intestin grêle et qui réduit
la longueur de la protéine par son extrémité aminoterminale.
Digestion des polysaccharides : progressive, débute dans la bouche et
se poursuit dans la lumière intestinale par l'action de l'amylase pancréatique, ce qui produit du maltose. Une
partie non-négligeable des sucres que nous ingérons le sont sous la forme de disaccharides (saccharose et
lactose) qui arrivent intact dans la lumière intestinale où débute leur digestion concomitamment à celle du
maltose. Ils sont hydrolysés par une classe d'enzyme, les hydrolases spécifiques, appelés disaccharidases
(maltase, lactase et saccharase ou sucrase en anglais). Ce sont des enzymes ancrées de la membrane plasmique
du pôle apical de la cellule de l'épithélium intestinal. Elles catalysent l'hydrolyse de leurs disaccharides
spécifiques en monosaccharides qui seront absorbés par le pôle apical grâce à un transport actif secondaire
utilisant le sodium comme force motrice, qui est maintenue grâce à la NA+/K+/ATPase localisée au pôle
basolatéral. Les monosaccharides ne sont pas accumulés dans la cellule qui les absorbe, ils sont redistribués à
tout l'organisme par la voie sanguine. À cette fin, les monosaccharides absorbés sortent de la cellule
absorbante par un système de diffusion facilitée.
La structure microscopique de l'intestin grêle est clairement en lien avec sa fonction principale, qui est
l'absorption des nutriments. À cette fin, la surface d'absorption est maximisée par l'accumulation de plus
microscopiques, appelés villosités recouvertes par les cellules absorbantes, les entérocytes. À cela s'ajoute un
niveau complémentaire de microplis, les microvillosités qui sont observables au sommet apical de chaque
entérocyte pour constituer une structure appelée la bordure en brosse. Chaque microvillosité est soutenue par
les microfilaments du cytosquelette. Les villosités se prolongent par des cryptes, dans lesquelles se situent les
cellules souches.
41
L’intestin grêle se poursuit par le colon, dont la structure microscopique s'en approche. La différence la plus
notable est la réduction, voire disparition des villosités. Le colon est essentiel à la réabsorption de l'eau. Il
contribue ainsi chaque jour à réabsorber 9 litres de liquide, provenant de l'alimentation et des différentes
sécrétions de notre tube digestif. Il héberge une flore microbienne riche composée d'eubactéries, d'archées,
mais aussi de levures. Des microorganismes participent au développement de notre système immunitaire, à la
production de vitamines, au métabolisme de xénobiotiques (ils sont appelés le microbiome). On estime qu'un
humain adulte héberge un kilo de microorganismes dans son intestin, soit 100 milliards de cellules (10 fois plus
que les cellules humaines dans tout le corps)
42

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