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Une molécule est une structure de base de la matière appartenant à la famille des
composés covalents. L'Union internationale de chimie pure et appliquée définit la
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molécule comme « une entité électriquement neutre comprenant plus d'un atome » .
C'est l'assemblage chimique électriquement neutre d'au moins deux atomes, différents ou
non, qui peut exister à l'état libre, et qui représente la plus petite quantité de matière
possédant les propriétés caractéristiques de la substance considérée. Les molécules
constituent des agrégats atomiques liés par des forces de valence (liaisons covalentes) et
elles conservent leur individualité physique. Des forces plus faibles, telles les liaisons
hydrogène et celles de type van der Waals, les maintiennent à proximité les unes des
autres à l'état liquide et/ou solide. Modèle en 3 dimensions d'une
molécule de saccharose.
L'assemblage d'atomes constituant une molécule n'est pas définitif, il est susceptible de
subir des modifications, c’est-à-dire de se transformer en une ou plusieurs autres
molécules ; une telle transformation est appelée réaction chimique. En revanche, les
atomes qui la constituent sont des assemblages (de particules) beaucoup plus stables, qui
se conservent durant une réaction chimique car la transformation d'atomes, appelée
transmutation, nécessite des apports d'énergie beaucoup plus importants faisant l'objet
des réactions nucléaires.
Histoire
Le nom « molécule » provient du latin scientifique molecula, diminutif du nom latin moles, se traduisant par « masse ».
Le concept de molécule, sous sa forme actuelle, a été présenté la première fois en 1811 par Avogadro, qui a su surmonter la
confusion faite à cette époque entre atomes et molécules, en raison des lois des proportions définies et multiples de John Dalton
(1803-1808).
L'analyse d'Avogadro a été acceptée par beaucoup de chimistes, à des exceptions notables (Boltzmann, Maxwell, Gibbs). Mais
l'existence des molécules est restée en discussion ouverte dans la communauté scientifique jusqu'au travail de Jean Perrin (1911)
qui a alors confirmé expérimentalement l'explication théorique du mouvement brownien en termes d'atomes proposée par
Einstein (1905). Jean Perrin a également recalculé le nombre d'Avogadro par plusieurs méthodes.
Caractéristiques
Ordonnancement
Les molécules d'un corps sont en agitation permanente (sauf au zéro absolu). Cette agitation, appelée mouvement brownien, a
été décrite la première fois par Robert Brown en 1821 dans les liquides (mais expliquée presque 100 ans plus tard).
À l'état gazeux, les molécules sont très espacées, très agitées, avec des mouvements désordonnés
provoqués par les chocs entre elles ou avec les parois (les corps solides avec lesquels elles sont en contact).
À l'état liquide, l'espace entre les molécules est beaucoup plus restreint, et l'agitation beaucoup plus lente.
À l'état solide, les molécules sont rangées selon un empilement, régulier ou non, et vibrent autour d'une
position moyenne.
La température d'un corps donne une indication du degré d'agitation des molécules.
Les forces d'interaction de très faible intensité qui s'exercent à distance entre les molécules, appelées forces de van der Waals,
conditionnent ces arrangements et par conséquent les propriétés physiques des composés moléculaires.
Ainsi, par exemple, les propriétés physiques exceptionnelles de l'eau sont dues pour beaucoup aux liaisons hydrogène.
Stabilité
Les molécules sont des ensembles a priori électriquement neutres, dans lesquels les atomes sont liés entre eux majoritairement
par des liaisons covalentes (il existe de nombreux exemples d'assemblages supra-moléculaires par liaisons de type van der
Waals, hydrogène ou ionique), où apparaissent parfois des dissymétries électroniques pouvant aller jusqu'à donner des ions par
solvatation (solvants polaires). Dès lors, on doit conclure que le dihydrogène (H2), le dichlore, le difluor et tant d'autres gaz
diatomiques, sont électriquement neutres. Ce qui laisse entendre que lorsqu'ils sont isolés, ils sont zérovalents, pour respecter
l'équivalence qu'il doit y avoir dans toute équation équilibrée en charges et globalement neutre comme : 2 H2 + O2 = 2H2O. Ici,
dans la partie des réactifs, le dihydrogène et le dioxygène sont des molécules isolées et donc n'ont pas de charge propre, comme
H2O (bien que molécule polaire). L'équation chimique vérifie donc la neutralité de la charge globale.
La forme et la taille d'une molécule (ou de l'une de ses parties) peut jouer un rôle dans son aptitude à réagir. La présence de
certains atomes ou groupes d'atomes à l'intérieur d'une molécule joue un rôle majeur dans sa capacité à se rompre ou à fixer
d'autres atomes issus d'autres corps, c’est-à-dire à se transformer pour donner naissance à d'autres molécules.
Les différents modes de représentation des molécules sont destinés à expliciter les différents sites réactifs ; certains
enchaînements d'atomes, appelés groupes fonctionnels, produisent ainsi des similitudes de propriétés, tout particulièrement dans
les composés organiques.
Macromolécules et polymères
Les molécules possédant au moins plusieurs dizaines d'atomes sont appelées macromolécules ou polymères.
Exemples :
les protéines, les lipides, les sucres, les acides nucléiques tels l'ADN et autres biomolécules de grandes
tailles sont également des macromolécules où la grande variété des liaisons chimiques internes induit une
réactivité chimique souvent très sélective jouant un rôle majeur dans l'activité biologique des êtres vivants ;
les polyoléfines telles le polyéthylène (polymère synthétique) sont constituées d'enchaînements -C-C- ; le
nombre d'atomes de carbone des chaînes peut atteindre plusieurs dizaines de milliers (correspondant à un
degré de polymérisation élevé), d'où des propriétés physiques particulières.
les gaz nobles (à l'état gazeux, liquide ou solide) qui, ayant une couche de valence saturée, ne se composent
que d'atomes indépendants (ce sont des substances monoatomiques). À l'état condensé (liquide ou solide),
la cohésion de l'ensemble est assurée par les forces de London ;
les gaz d'autres corps simples, monoatomiques à très haute température (à des températures
inférieures ils sont généralement moléculaires) ;
les métaux (à l'état gazeux, liquide ou solide), purs ou en alliage. À l'état condensé (liquide ou solide), les
atomes sont liés les uns aux autres par la mise en commun globale et délocalisée d'électrons (liaison
métallique), mais sans formation de petits groupes. Les métaux solides forment une structure
tridimensionnelle appelée réseau métallique ;
les composés ioniques (ou sels) à l'état solide ou liquide, qui regroupent des cations et des anions c'est-à-
dire des éléments portant une charge positive (cations) ou négative (anions). La cohésion de l'ensemble est
assurée par la force électrostatique qui attire les ions ayant des charges électriques de signes opposés
(liaison ionique). Lorsqu'un ion n'est pas monoatomique mais constitué d'un groupe d'atomes doté d'une
charge globale non nulle, on parle d'ion polyatomique (ou moléculaire). Les sels solides forment une
structure tridimensionnelle appelée réseau ionique ;
les réseaux covalents solides, qui sont des composés covalents non moléculaires comme le diamant, le
graphite, le graphène ou encore le dioxyde de silicium. Ce sont des structures covalentes géantes, créant un
réseau tridimensionnel comparable aux structures des réseaux métalliques ou ioniques.
Niveau moléculaire
La structure des organismes biologiques qui constituent la biosphère peut être décomposée en plusieurs niveaux d'organisation :
atomique, moléculaire, cellulaire, tissulaire, organique, des systèmes nerveux, et enfin celui de l'organisme dans sa totalité
fonctionnelle.
L'étude scientifique du vivant se fait par des recherches sur les éléments de chacun de ces niveaux, puis par la compréhension
des interactions entre ces différents niveaux (voir l'article Méthode scientifique).
L'étude du niveau des molécules permet de comprendre le fonctionnement de la cellule, qui est l'unité fonctionnelle élémentaire
du vivant.
Notes et références
1. (en) Entrée « molecule (http://goldbook.iupac.org/M04002.html) », 24 février 2014
(DOI 10.1351/goldbook.M04002 (https://dx.doi.org/10.1351/goldbook.M04002)), d'après IUPAC (compilé par
Alan D. McNaught et Andrew Wilkinson), Compendium of chemical terminology : IUPAC recommendations (the
Gold Book) [« Compendium de terminologie chimique : recommandations IUPAC »], Oxford, Blackwell science,
1997 (réimpr. 2000), 2e éd. (1re éd. 1987), VIII-450 p., 28 cm (ISBN 0-8654268-4-8 et 978-0-8654268-4-9).
2. (en) Raymond L. Neubauer, Evolution and the Emergent Self: The Rise of Complexity and Behavioral Versatility
in Nature, Columbia University Press, 2011 (lire en ligne (https://books.google.com/books?id=5VH_hCSHMCk
C)), p. 259.
Voir aussi
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Molécule (https://commons.wikimedia.org/
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molécule, sur le Wiktionnaire
Liens externes