Biochimie générale

I. Introduction : la molécule d’eau

L'eau (H2O) est un solvant de tout ce qui est vivant (solvant organique) qui va avoir un impact énorme sur la
conformation des molécules (Polaire ou non). C’est l'eau qui impose :
- à une protéine d'avoir telle structure
- à des lipides des membranes d'avoir telle organisation
- à une molécule qu'elle soit soluble ou non.

Comme elle a un impact sur la conformation, cette conformation, on sait que c’est elle qui est la forme active. Tout ce
qui est organisation des protéines, des lipides, interaction molécule-molécule ne se fait que parce que l'on a une
structure dans l'espace particulière et cette structure est imposée parce que l'on est dans l'eau. On n'imagine pas
d'autres solvants biologiques que l'eau.

1. Généralité

Structure

L'eau, H2O possède 2 doublets non liants au niveau de l'O du fait de la couche de valence et on a 2 électrons qui
peuvent donner 2 liaisons  entre l'O et l'H.
Les 2 doublets non liants (appelé « m ») font que la molécule n'est pas linéaire car ils occupent un espace dans
la structure tridimensionnelle.
Si on regarde de façon plus tridimensionnelle, si on considère que les 2 doublets non liants sont dans le plan, on
a une liaison vers l'avant et une vers l'arrière.
L'O, au même titre que le C a une structure sp3 et tétragonale avec 4 sites de liaison : 2 qui sont des liaisons
simples O-H et 2 qui sont des liaisons non liantes qui sont des doublets avec une organisation tétraédrique.

Electronégativité

Cela va avoir un impact énorme parce que d'un point de vue de l'électronégativité : celle de l'O est très
supérieure à celle de l'H. Globalement, les 2 électrons qui sont dans la liaison  ne sont pas attirés de façon équivalente
par les 2 atomes ce qui fait que ces 2 électrons vont avoir tendance à se diriger vers l'O. On n'a donc pas une répartition
équivalente des électrons sur l'H et sur l'O. La conséquence est que l'on créer des charges partielles. Cela veut dire que
si l'on regarde la charge exacte, notamment la densité des électrons qui sont sur l'H par rapport à l'O, on a un excès de
densité sur l'O par rapport à l'Homme.
Globalement la molécule est neutre. Le système va osciller entre des formes qui sont ioniques avec des charges
entières positives ou négatives et une molécule globalement qui est neutre mais avec des charges partielles qui sont loin
d'être négligeables.
Il y a un autre élément qui est important, c’est que la molécule est coudée à cause des 2 orbitales non liantes.
Les 2 liaisons n'étant pas inversées, on a une résultante qui n'est pas nulle que l'on appelle le moment dipolaire et qui
est la résultante des 2 vecteurs des 2 liaisons. Le moment dipolaire existe car la molécule n'est pas plane, possède une
polarisation des liaisons et elle est coudée. Globalement, la force de l'eau c’est le fait d'avoir cette notion de molécule
dipolaire. C’est une molécule qui est donc polaire et qu'elle a un pôle positif, un négatif avec des charges partielles.

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 2. Eau : solvant polaire

La 1ère conséquence qui est une des plus importantes, est que découle de ce comportement la notion de liaison H
(forme un réseau). C’est une liaison de type dipôle, c’est une interaction entre un pôle positif et un pôle négatif partiels
(si c'était des charges entières, on parlerait de liaisons ioniques). Cette liaison H se fait toujours avec un H qui porte la
charge partielle positive +.

En biologie, globalement, la liaison H ne s'applique qu'à un cas limité de molécules. Tel que dès que l'on a un O ds
une molécule biologique, l'O ou l'N sont toujours associé soit à un H soit à un C. Tel qu'à chaque fois, le N et le O seront
toujours enrichis en électrons par rapport au voisin.

Dans le cas de l'eau, c’est typiquement ce qui se passe parce que l'eau est à la fois l'accepteur et le donneur de
liaison H puisque dans l'eau l'H est associé à l'O et cet H là pour rentrer en contact avec l'O d'une autre molécule d'eau.
La particularité de l'eau, c’est qu'une molécule d'eau peut être à l'origine de 4 liaisons H. C’est une particularité de l'eau
qui fait un solvant très particulier et qui va donc avoir un impact important sur tout ce qui est biologique  Dans une
molécule d'eau, on a 2 H qui sont capables de former 2 liaisons H avec 2 autres O et on a un O qui p faire 2 liaisons H ac
2 autres H de 2 molécules d'eau.

Sphère de solvatation : ensemble de molécules d’eau capable de solvater une molécule dipolaire emprisonné

Un autre élément, c’est que les énergies ne sont pas du tout les mêmes. Si on parle en termes d'e-, une liaison H
est ce que l'on appelle une liaison faible alors qu'une liaison covalente est une liaison forte. Du point de vue valeur, si on
compare la liaison H et la liaison covalente, la liaison covalente est + de 20 fois stable que la liaison H. Cela veut dire
que l'on va déjà rompre les liaisons faibles avant les liaisons fortes ie que si on chauffe de l'eau, on ne va pas casser les
molécules mais les séparer.

Composé polaire : un composé est polaire, s’il est capable de faire des liaisons simples ou complexes avec l’eau grâce à
l’aide des charges partielles.

Sphère de solvatation : fonction polarisée vont former des liaisons avec l’H2O

3. Composé apolaire

L’électronégativité du carbone est équivalente à celle de l’hydrogène, donc la liaison entre C et H donne des charges
partielles pratiquement nul donc il n’y a pas de polarisation.

Même si on considérait qu'il y a une petite différence, la géométrie

de la molécule fait que la résultante globalement serait nulle donc la
molécule n'a pas de moment dipolaire donc elle est apolaire ou non
polaire. Elle n'est pas chargée : il n'y a pas de partie qui est positive et une
autre négative. Il n'y a donc pas de charges partielles.

Si on prend le point d'ébullition de l'eau, il est de 100°C. Celui du méthane est de -162°C. La chaleur est
l'agitation thermique, plus on augmente la chaleur, plus on va avoir une agitation des molécules qui va être forte.
A 0°K, les molécules ne bougent plus. On peut considérer qu'il y a 260° de différence entre l'ébullition du méthane par /
ça et en termes d'E c énorme.

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 L'ébullition implique de passer de l'état liquide à l'état gaz donc de rompre toutes les liaisons qui retiennent les
molécules ensemble c’est-à-dire que c’est l'énergie qui va permettre la rupture des liaisons faibles. C’est-à-dire que
cette quantité d'énergie énorme de 260° est la quantité qu'il faut pour rompre les 4 liaisons H qui entourent l'O d'une
molécule d'eau alors que dans le cas du méthane il n'y a quasiment pas besoin d'énergie car les molécules interagissent
très peu.

C’est la façon la plus simple de visualiser le fait qu'une molécule d'eau est une molécule qui est polaire et la
polarité permet aux molécules d'eau d'être associées entre elles. Alors que les molécules apolaires n'ont aucune raison
de rester en contact et vont se dissocier bcp plus facilement.

Si le composé X est apolaire, normalement il ne pourra pas y avoir de contact, de formation de liaisons H entre la
molécule et l'eau et il y aura un refus d'association

Solubilisation :
Une cellule vivante n'est pas que de l'eau. Une cellule, on va avoir de l'eau et des composés qui vont soit
accepter d'être au contact de l'eau soit refuser.
Si le composé X est polaire, il a des charges partielles ou entières. Automatiquement, on va avoir formation
d'une sphère de solvatation ; on va pouvoir former un réseau de liaisons H entre l'eau et le composé. L'eau va
entourer le composé X et les 2 composés vont être séparés et la molécule devient soluble ds l'eau c’est-à-dire
qu’elle est insérée à l'intérieur du réseau tridimensionnel formé par les molécules d'eau.

4. Composés amphiphiles

On a vu 2 cas extrêmes quand la molécule est soit totalement polaire ou apolaire. Il existe aussi le cas des molécules
amphiphiles. Ce st des molécules qui ont le dble caractère c’est-à-dire une partie polaire et une partie apolaire. Ça
devient très important en biologie. Si on met cette molécule ds l'eau, les parties apolaires vont avoir tendance à se
regrouper pour minimiser le contact avec l'eau et les parties polaires vont rechercher le contact avec l'eau, la formation
de liaisons H pour avoir cette stabilisation. On va donc avoir immédiatement un système d'orientation, la molécule va
s'orienter dans l'eau pour présenter ces fonctions polaires à l'eau et empêcher que la fonction apolaire soit en contact
avec l'eau.

La membrane est constituée par des phospholipides qui sont des acides gras avec les O des 2 fonctions acides qui
forment une liaison ester avec le glycérol. Le glycérol est un trialcool où chaque fonction alcool est associée par une
liaison ester à une fonction acide : les 2 fonctions du haut à 2 fonctions acides carboxyliques de 2 acides gras et celle du
bas à une fonction acide qui est un acide phosphorique avec un phosphate qui est associé à une partie X.

Si on met cette molécule ds l'eau, immédiatement ça ne forme pas des micelles mais des membranes. On va avoir 2
feuillets c’est-à-dire que les 2 chaines alkyles vont se mettre en contact et les têtes polaires vont se mettre à l'extérieur.

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L'eau a des contacts ac les têtes polaires. A l'intérieur on a le domaine membranaire qui est la zone hydrophobe ou
apolaire.

On considère en biologie que polaire est hydrophile et apolaire est hydrophobe.

5. Ionisation de l'eau :

L'eau a la capacité de se scinder en un proton et un groupement hydroxyle. C’est important en biologie puisque
comme on est dans l'eau, on a la notion de pH. Globalement, dans les conditions d'équilibre, les conditions standards le
pdt qui est = à 10-14. Si on est ds des conditions d'éq, globalement le pH est = 7 qui est la neutralité.
Si on a un composé biologique qui est acide. Il y a 2 grandes familles : les acides soient de type carboxylique soit de
type phosphorique.

Cette fonction carboxylique va être en équation avec une forme déprotonnée + un proton. Si on libère un proton, on
va rompre l'éq et on va avoir une concentration en protons qui va être de 10 -6, 10-5, 10-4… et donc le pH va descendre en
dessous de 7 c’est-à-dire en dessus de la zone de neutralité. Il y a aussi d'autres fonctions : fonctions acides
phosphoriques où le pH devient aussi inférieur à 7.

Si un composé est basique, en biologie, le cas le plus important c le fait où le composé va fixer des protons et cela va
déséquilibrer ds l'autre sens et aug le pH. Ex : tout ce qui est fonction amine. Le pH va aug et ê supérieur à 7.

Les acides aminés ont à la fois le caractère basique et acide dc ce st à la fois des acides et des bases.

Pr résumer c important parce que l'on génère des COO-, des NH3+ dc on génère des charges positives et des charges
négatives qui vt ê à l'origine de formation de liaisons H qui vt participer à l'interaction protéine-protéine, qui vt
participer à la structuration des protéines.

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 Protéine
1. Généralités

Elles sont constituées de n x aa avec des liaisons peptidiques. C’est un polymère d'acides aminés qui possèdent des
fonctions :
- Enzymes qui fabriquent, modifient principalement tous les composés nécessaires à la vie de la cellule.
- Transport (hémoglobine qui transporte l’O2)
- Défense (elles vontt protéger le syst vis-à-vis d'agressions externes. Chez les humains, on a les anticorps. Chez
les plantes, on va avoir des protéines de défense contre les parasites. Il y a des peptides de défense dans les
bactéries. Tous les systèmes vivants ont des systèmes de protection contre des agresseurs et pour beaucoup ce
sont des systèmes de défense protéique, elles vont soit inactiver soit inhiber soit tuer l'agresseur.
- Régulation (des hormones, contrôler)
- Information (récepteur qui permet de percevoir des réceptions externes. Il y a la conduction de signal qui va
permettre à une cellule de recevoir l'info et de la traduire sous forme de réponse adaptée)
- Stucture (structurer les cellules, les collagènes de la peau)
- Mouvement (Pour permettre la contraction musculaire par ex. Elles vont permettre au système de se mouvoir
dans son environnement)

Système par template : Elles sont codées par une séquence d'acides nucléiques : ADN.
L'ADN donne de l'ARN qui donne des protéines. Une protéine est dc le reflet d'une séq codante. Une protéine
n'est pas uniquement la traduction de l'ADN. Ce qui sort de la traduction est une protéine qui est "nue". Au-delà du syst
de codage, on a derrière tout ce qui est modif post-traductionnelles.

Peptides (≤100 aa.) Vs proteines, les peptides sont des séquences courtes, non structuré, alors que les proteines
ont un nombre d’aa plus importante et qui va se structurer c’est-à-dire elle va adopter dans l’espace une conformation
particulière (1D, 2D, 3D, 4D). Une proteine va subir des modifications post-traductionnelles

Les modifications post-traductionnelles. Ce sont toutes les modifications qui vont apparaitre sur la protéine
après qu'elle ait été traduite.
Donc une protéine n'est pas simplement le reflet de la séquence codante : une protéine est le reflet d'une
séquence codante plus un on a un certain nombre de modifications pour donner la protéine finale.
C’est-à-dire qu’à partir de la protéine "nue" qui provient de la simple traduction du code génétique, on va avoir
des modifications plus ou moins sophistiquées qui vont conduire à la protéine mature puisqu'elle a subi des maturations
mais on plus elle est fonctionnelle.
Sauf quelques cas particuliers, la plupart des protéines passent par ce phénomène de traduction puis ensuite de
maturation.

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 2. LES ACIDES AMINÉS

Rappels

Ds la molécule de base, il y a 3 éléments importants :

- On a une fonction acide qui a la capacité de libérer des protons à partir de la fonction polaire : COOH.
- On a une base qui est capable de fixer un proton.
- Il y a un carbone asymétrique. C un C sp3. Entre 2 acides aminés, la seule partie qui est variable est le R. Le reste
est cst. Ie que globalement les 4 substituants portés par le C st ≠ et on a immédiatement 2 composés qui st ≠. C
ce que l'on appelle l'isomérie optique.

Classification :
R = Chaine C, H : Aliphatique
R= OH : Hydroxylés
…

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 Dans le cas des aa, il y a exclusivement des aa de la série L étant déterminés selon la représentation dite de
Fischer. Sauf la glycine qui n'a pas de C asymétrique.
La variabilité est liée à la nature de la chaine latérale, il y a 22 aa que l’on classe en fonction de la chaine latérale

Remarque : il y a un système de codes. La nomenclature est une façon d'écrire une molécule qui soit reconnue au
niveau international. Nomenclature du code à 3 lettres : Abc. Ex de l'alanine : Ala. Il y a aussi le code à une lettre : A. Ex
de la glycine : Gly : G
Le code a une lettre ne sert que pour du codage informatique
Nouveau, Un 23 aa. Protéinogène : le Séléno cystéine

Propriétés physicochimiques

Il existe la notion d'hydropathie : c’est la notion hydrophilie / hydrophobie d’un aa

Comme il n'y a que la chaîne latérale qui varie d'un aa à un autre, l'hydropathie sera forcément liée à la chaîne
latérale. Si la chaîne latérale est polaire (N, O), il aura un caractère hydrophile.

Si la chaîne latérale est apolaire (alkyle ie C, H), on aura un aa qui aura un caractère hydrophobe. A partir de là,
on va avoir une échelle d'intensité de la polarité ou de la polarité. C’est l'échelle de Kyte et Doolittle qui va de -4,5
(hydrophile : arginine) à 4,5 (hydrophobe : leucine). Ça va permettre de mieux comprendre la protéine en termes de
polarité ou apolarité.

Absorption en UV et visible

C’est une technique très visuelle, très simple à mettre en œuvre, non destructrice c’est-à-dire que l'on peut faire
l'analyse sans avoir à détruire le produit ce qui est utile quand on n’en a pas bcp.

On va voir ce que sont les processus d'absorbance et notamment c tout ce qui est le pb de la spectroscopie
d'absorbance. Le principe général est lié à un principe universel qui est issu de la physique quantique qui est de dire que
si on a des photons. Les photons sont des particules de lumière. Chaque photon a une particularité qui est d'être défini
c
par une longueur d'onde et une E particulière. E=h
❑
Il y a une corrélation directe entre l'E d'un photon et sa lgr d'onde et cette corrélation est liée à 2 cste : c qui est
la vitesse de la lumière et h qui est la constante de Planck. Cad qu'à chaque λ correspond une E. Plus λ est important,
plus l'E est faible et inversement, pour des très faibles lgr d'onde, on a des E qui vt ê considérables.

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 Une énergie interne a une échelle d'énergie du système, on a 2 états :

 un état initial (fondamental)

 un état excité qui st 2 états de la matière.

Et entre les 2 on a une différence d'E : E et on va pouvoir consommer cette énergie en absorbant le  auquel
correspond exactement la quantité d'E nécessaire pour faire le transfert d'E.

Dans le domaine des UV qui est une gamme particulière, les longueurs d'onde qui sont à peu près entre 200 et 400 nm.

D'un point de vue énergétique, on a ce genre de diagramme c’est que les électrons dans leur état le plus stable
sont dans des orbitales , ensuite on a des orbitales  qui sont à un niveau énergétique plus important et ensuite, on a
leurs complémentaires qui sont les antiliantes * et les *.

Ce sont 2 possibilités de positions électroniques des électrons mais ce que l'on va observer ce son les électrons
qui vont pouvoir passer de l'état  à * et de  à * : ce st des transferts électroniques.

La phosphorescence ou la fluorescence : émission d’un photon quans un éléctron repasse à son état initial après avoir
été excité.

En UV et visible, on observe principalement ce qui est lié à des transferts π → π*. Et principalement s'il il y a des
conjugaisons : ce sont les effets mésomères. Dans l'UV et le visible, on va détecter des transferts π → π* c’est-à-dire
que l'on va détecter facilement la molécule que si on a des syst . En biologie, la détection de composés se fait que si les
composés possèdent des systèmes π et de préférence des systèmes π conjugués. Donc une molécule qui absorbe dans
ces domaines là et une molécule qui a des insaturations.

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Acido-basicité

(Est ce que le composé est chargé ? Donc possibilité de liaison ionique ? à l’état physiologique, pH physio)

Dans les acides aminés, on a une fonction acide c’est-à-dire que l'on a la fonction acide associée au C. Elle est capable
de se dissocier pour donner un proton.

On a aussi une autre fonction : NH2 qui a un caractère particulier. Comme c’est une base, elle est capable de
fixer un proton sur le doublet non liant. Donc on a un équation avec la fonction NH2 ac son doublet libre ou la fonction
NH2 qui a fixé un proton dc qui n'a plus de doublet libre mais qui a une charge positive (NH 3+)

Donc on a toujours quelque soit les acides aminés, 2 fonctions acido-basiques

Rappels :

On est ds le cas où ce sont des acides ou des bases faibles cad qu'il n'y a pas de dissociation à 100%, il y a un éq
entre les 2. On a donc une constante d’équilibre :

Ds le cas des acides ou des bases faibles, on a dc tjr cette équation ac la forme acide et la forme basique. On a un éq qui
est géré par une cste d'éq Ka qui est égale aux [] des pdt sur [] des substrats :

Le pka est une constante qui est spécifique de la fonction. Elle régit les équations. On a le pH du milieu (pH dépend de
l’environnement). Pka est spécifique de AH. Ça veut dire que globalement, pour tout système, pka étant fixe, si on fait
varier le pH du milieu d'un acide faible ou d'une base faible, on va faire varier les proportions entre les formes
protonées et déprotonées. Si :

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Si on balaye le pH d'une solution qui contient une fonction acido-basique, on a un poit "central" qui est le pka et qui lui
est un élément spécifique sur lequel on ne p rien faire.

Si on est à des pH + acides que le pka, c’est la forme acide qui va être prioritaire et quand on est à des pH +
basiques que le pka, c’est la forme basique qui est prioritaire. On a une équation qui est un rapport de force entre le pH
et le pka.

Ce qui se passe ici, si on a ½ équivalent de OH- (c’est-à-dire ½ de la quantité que l'on a mise), on a consommé la moitié
de l'acide dc il va rester en solution (AH) = (A-). Si les 2 sont équivalents, le terme devient nul donc le pH qui est mesuré
à ce moment est = au pKa de la fonction acide. C la neutralisation. Expérimentalement, on p dc déter la valeur du pka
lorsque l'on est à la demi-équivalence du syst. Expérimentalement, on va avoir :

Demi équivalence

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Ex de l’acide acétique :

Qd on est à ½ équivalent, on arrive au niveau du plateau et dONc à une mesure du pH qui est 2GAL au pka (4,8).
On a une zone tampon càd que qd on ajoute de l'acide ou de la base, le pH varie très peu.

C’est-à-dire qu’autour du pka, on a une zone tampon où le système amorti l'addition de soude et de base et
même si on a des variations, ça ne va pas changer le pH. D'où l'utilisation de tampons en biologie c’est-à-dire que quand
on met une molécule dans ce tampon-là, même s’il y a des échanges de protons ou de OH-, le milieu va absorber les
modifier et on va tamponner le système.

Quand on est à pH ≃ 7, globalement on va avoir la forme basique qui va être ≃ = à 100 fois la forme acide donc
la forme qui est la forme prioritaire en solution est la forme carboxylate. Si on se met autour de pH = 3, on va avoir la
forme acide qui va ê prioritaire. Dc on va passer d'une concentration importante de la forme acide à un milieu neutre
intermédiaire et ensuite une concentration majoritaire de la forme basique.

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Retour aux aa :

Quelques soient les acides aminé, si on prend le cas général : le pka de la forme acide est autour de 2 et celui de
la forme basique est autour de 9-10. C’est-à-dire que l'on va avoir un système de dissociation de la fonction acide et un
système de dissociation de la fonction basique qui vt se succéder.

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Réactivité chimique

Tout ce qui fait apparaitre des problèmes de réactivité c’est-à-dire comment la molécule va réagir lors de
réactions. Quand on regarde un aa, il y a une partie qui est constante et la seule réactivité facile à mettre en œuvre est
liée à l'atome d'N qui est nucléophile (il peut faire des attaques nucléophiles  Nucléophile, ça veut dire que l'on a un
site qui est riche en électrons et il va pvr attaquer un site pauvre en électrons.)

Le principe (si on simplifie à l'extrême) est que si on a un acide aminé on va le faire réagir avec une espèce, un
réactif, l'atome d'N va aller attaquer, éliminer la partie X et fixer l'espèce de boule ce qui va permettre d'obtenir une
fonction NH associée à la boule.

La boule est une fonction qui va permettre ensuite de suivre, de détecter (quelque chose qui absorbe
généralement soit ds l'UV soit ds le visible). C’est-à-dire des syst  ou aromatiques.

C’est-à-dire qu’une fois que c’est couplé sur l'acide aminé, on utilise cette partie qui va servir de marqueur pour
pouvoir dire l'aa est ici.

Ex : les dinitrofluorobenzènes.

C’est un composé qui réagit très facilement sur les fonctions NH2. Il suffit de mélanger les 2, l'aa se jette sur la
fonction fluor, élimine le fluor et ça permet de coupler la fonction NH2 à ce dérivé. L'intérêt est que c’est un dérivé jaune
que l'on peut suivre par chromatographie, spectroscopie. Quelque soit l'aa, il va être dérivé de façon équivalente donc
ce n'est pas sélectif.

Ex : les dérivés avec la Phényl Iso Thio Cyanate (PITC).

Ce sont des réactifs qui réagissent très bien sur les acides aminés. Dès que l'on a un acide aminé, l'attaque
nucléophile se fait très facilement par l'attaque du NH2 sur le C central. On a ensuite un réarrangement. On va utiliser le
fait que l'on a un groupement aromatique qui a une longueur d'onde max = 254 nm qui permet de faire de la détection.

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Propriétés chimiques des chaines latérales

Il y a un cas qui est très important, c’est celui de la cystéine qui a une chimie du soufre qui fait que globalement
si on prend 2 résidus de cystéine, sur les 2 cystéines qui sont en contact, elles sont capables de réagir entre elles pour
former ce que l'on appelle un pont disulfure qui est une liaison S-S.

Cette liaison se fait très facilement. C’est une liaison covalente c’est-à-dire que l'on a une liaison forte. C’est une
liaison qui se fait selon un équilibre et ce n'est pas un équilibre qui est seulement un échange de protons mais aussi
d'électrons.

Ce n'est pas une réaction acide-base mais c’est un équilibre rédox : c’est une réaction d'oxydoréduction. D'un côté
on a la forme qui est réduite et de l'autre la forme qui est oxydée. Quand on va parler d'ouverture ou de fermeture de
ponts disulfure.

On va parler de réactions de réduction ou d'oxydation et pas d'échanges de protons car il y a des électrons.

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 II. Propriétés des peptides et protéines

1. Rappel : liaison peptidique

C’est ce qui va permettre à partir des unités minimales (aa) de constituer des squelettes, des enchainements.

C’est que si on un aa n°1 avec sa chaine latérale R1, on va avoir la fonction NH2 qui va aller réagir sur un acide
aminé qui lui possède sa propre chaine R2. C’est un mécanisme simple.

La réaction, quelle soit chimique ou biologique  dans un site catalytique

Ce n'est rien d'autre qu'une attaque nucléophile de la fonction NH2 sur le carboxyle  départ une fois qu'il y a
eu l'attaque de la fonction hydroxyle  va permettre avec le proton qui reste ici de former le dipeptide.

Quand on va faire la réaction inverse, on va faire une réaction d'hydrolyse c’est-à-dire que l'on va insérer une
molécule d'eau sur la liaison. La liaison que l'on créer est la liaison peptidique.

Le produit va dépendre de quelle est la fonction NH2 qui attaque la fonction COOH. Conséquences de ceci, il y a
la nécessité d'avoir une nomenclature qui est une façon d'écrire qui soit reconnue au niveau international.

Elle est de dire, de faire une lecture du N → C terminal.

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 Ex : qu'est-ce que ASG ?

Remarques : tous les tripeptides ont le même squelette, et ne diffèrent que par leur chaine latérale.

Ce qui est en rouge est variable. C’est la nature des chaines latérales et leur emplacement dans la séquence qui va faire
que 2 protéines n'auront pas la même structure et le même comportement. Et ce qui est vert est le squelette
identitique.

Profil d’hydropathie d’une protéine

Evolution hydrophile / hydrophobe le long de la séquence

C’est exclusivement lié aux chaines latérales avec un élément

supplémentaire ici, c’est que quand on va parler de profil d'hydropathie, ce
n'est pas de savoir si tel acide aminé est ± hydrophile ou ± hydrophobe mais
c’est de dire quelle est l'évolution sur la séquence. C’est-à-dire comment
évolue l'hydropathie au fur et à mesure que je lis la séquence.

 On va voir ce qu'est un profil d'hydropathie : on va simplement tracer l'indice d'hydropathie en fonction de

la séquence.

Ex le + classique : quand on a une protéine membranaire.

Comment savoir si on a une protéine membranaire ? C’est une

protéine dont un segment doit obligatoirement traverser la membrane
donc elle doit avoir minimum un domaine que l'on appelle un domaine
transmembranaire qui doit être très hydrophobe puisque cette partie
apolaire va être en contact avec les parties apolaires de lipides. Il doit y
avoir aussi un nombre qui est à peu près de 12 à 18 acides aminés
consécutifs hydrophobes pour que ça ressemble à un domaine
transmembranaire. On va avoir un profil comme ceci :

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 La protéine aura une hélice  pour traverser la membrane qui est hydrophobe. Par prédiction, d'après le profil,
ça veut dire que probablement, là, il y a un domaine transmembranaire et c’est à ce niveau-là que la protéine va se
mettre en hélice  pour traverser une membrane. Chez certaines protéines, on peut avoir plusieurs domaines
transmembranaires cela veut dire qu'elle va traverser plusieurs fois une membrane.

Le profil d'hydropathie sert donc à comprendre non pas sur un acide aminé, mais sur l'ensemble d'une
séquence comment se répartissent les zones hydrophiles et les zones hydrophobes.

Acidobasicité :

Une liaison peptidique est la chose suivante :

 Ceci vient du pdt de réactivité du COOH qui était acide sur NH2 qui était basique. La question qui se pose
est : est-ce que cette molécule-là est acide ou basique ?

Ce qui se passe ici, c’est qu'il y a des effets électroniques que l'on appelle des effets mésomères qui sont des
possibilités de transferts d'électrons : soit d'électrons  soit des doublets non liants mais dans certaines
configurations. On est typiquement ici dans une configuration où il peut y avoir un effet mésomère (que les
électrons du doublet st capables de se délocaliser.)

Ce sont des formes mésomères limites. C’est ce que l'on appelle un phénomène de conjugaison. C’est-à-dire
que l'atome d'N de la liaison peptidique n'est plus basique car le doublet n'est plus disponible car il est impliqué dans un
phénomène de résonnance et en plus comme la liaison peptidique est un peu entre les 2, l'atome d'N a une charge
partielle positive qui l'empêche de fixer un proton. La conséquence de ceci est que si on fait le bilan :

Quand on a une fonction NH2, c’est une base parce que le doublet est disponible. Cependant, dès que l'on créer
un peptide ou une protéine, le doublet n'est pas dispo. La conséquence est qu'il n'est pas donneur de protons, il n'est
pas accepteur de protons : la liaison peptidique est neutre.

La conséquence de ceci, dès que l'on créer un peptide ou une protéine, quelque soit la longueur, on a le N terminal et le
C terminal.

On a le squelette qui est unique et on a les chaines latérales. Tout le squelette central est neutre car il est
constitué de liaisons peptiques qui sont neutres donc la question de l'acidobasicité est uniquement liée aux pKa du C
et du N terminal et voire aux pKa des chaines latérales qui sont ionisables.

Si on s'intéresse à un peptide autour de 6-7, globalement, il va avoir aux extrémités un NH 2 qui va être protoné
et COOH qui va être déprotoné et on aura sur les chaines latérales, que des formes COO- qui apparaissent que si on a de
l'Asp et du Glu.

Et on aura des charges positives qui vont apparaitre autant que l'on aura de Lys ou d'Arg. le seul cas
intermédiaire est l'histidine qui est un peu entre 2 eaux.

17
 Donc pour connaitre l'état de charge d'une protéine, ça revient à dire combien on a de Glu et d'Asp d'un côté et
combien on a de Lys et d'Arg de l'autre. Que se soit un peptide ou une protéine, ce qui va définir son poids isoélectrique
(pI) ça va ê globalement un rapport de force entre (Arg + Lys) vs (Glu + Asp).

1. peptide versus protéines

Peptides :
- Petite séquence courte non structurée
- Flexible
Protéines :
- Grande taille
- Structuration
- Modifications post-traductionnelles

2.Propriétés physicochimiques
On a vu l'hydropathie, l'absorbance en UV et l'acidobasicité.

Quelques soient une protéine il y a un squelette central commum, la seule variable sont les chaines latérales

 Absorbance en UV :
Une protéine c n fois ce motif-ci :

Il y a une absorbance universelle au niveau du CO : max ≃ 210-220 nm. On l'utilise peu car il y a tout qui absorbe, ce
n'est pas assez sélectif. En revanche, on aura toujours un 2ème max autour de 260-280 nm si et seulement si on a des
motifs qui absorbent à ces longueurs d'onde-là  si on a des groupements aromatiques  si on a la Phe, la Tyr ou le
Trp.

3. Prop chimiques
 L'hydrolyse :

C’est extrêmement difficile chimiquement. Enzymatiquement, il y a des enzymes qui font ça très bien.
Globalement, l'hydrolyse, ça revient à cliver par de l'eau. Hydrolyse, ça veut dire réinsérer une molécule d'eau sur la
liaison. Les enzymes sont des hydrolases  cela se fait par catalyse acide.

Ça permet de couper tous les acides aminés. Les conditions d'hydrolyse, c’est généralement HCl 6M, 120°. La
liaison peptidique est très stable en milieu chimique. Les enzymes font ça à température ambiante c’est-à-dire qu’elles
vont contourner un peu le problème de l'hydrolyse et c’est toute la subtilité des systèmes enzymatiques.

18
  Solubilité :
Globalement quand on travaille avec des protéines, le problème de la solubilité est assez délicat. Il y a 2 cas de
figure :

 Soit on veut purifier des protéines et on va le faire par des systèmes de précipitation.
 Soit on veut faire une expérience avec une protéine.

→ D'une manière générale, on va pouvoir augmenter la solubilité d'une protéine en rajoutant un peu de sel
avec des faibles concentrations en sels : on utilise toujours un tampon. Les sels en complexant la protéine vont aider à
permettre la solubilité donc de faciliter la formation de la sphère d'hydratation autour de la protéine.

→ La solubilité généralement est minimale au pI (point isoélectrique)  c’est-à-dire que les charges négatives
équilibrent les charges positives. Les charges négatives, positives sont des composés qui sont extrêmement hydrophiles
et qui vont faciliter la solubilité. Si on connait le pI, il faut se mettre dans un tampon dont le pH n'est pas exactement le
celui du pI.

→ Cependant si on a une forte concentration en sels, on a le processus de relargage c’est-à-dire que la protéine
précipite. C’est-à-dire que quand on a une concentration très importante en sels, le sel va se coller sur la protéine, va
détruire la sphère de solvatation et à ce moment-là, la protéine saturée en sels va se mettre à précipiter.

→ On a aussi les solvants organiques qui sont solubles ds l'eau. Ce sont les alcools, de l'acétone qui sont
miscibles à l'eau donc on peut faire des mélanges eau-alcool, eau-acétone et quand on augmente les solvants, ça
permet aussi de provoquer la formation d'un précipité de la protéine. Là aussi, le solvant, petit à petit remplace l'eau et
la protéine étant soluble dans l'eau, comme on rajoute des solvants hydrophobes, on va avoir un précipité.

Ces 2 derniers cas sont très utiles quand on fait de la biochimie des protéines pour faire de la purification (=
extraire la protéine du milieu). Généralement, quand on travaille sur des protéines, au début, il y a toujours des étapes
initiales où on va enrichir et on va simplement utiliser le fait que l'on peut précipiter très facilement des protéines. En
plus, c’est très facile à faire et ça peut être extrêmement utile. Le principe est le suivant :

 On prend l'exemple de ce que l'on appelle des précipitations au sulfate d'ammonium. On a un extrait de
protéines c’est-à-dire que l'on a une solution avec les protéines qui sont en solution dans le tampon
d'extraction. Dedans, si on fait un extrait, on va avoir de tout : des glucides, des protéines, des lipides,
des acides nucléiques… c’est-à-dire tout ce qui est dans la cellule. Généralement, avant de faire des
séparations, on va essayer d'enrichir les protéines.

Et ce que l'on fait, c’est que l'on rajoute par exemple 10% de sulfate d'ammonium. Il y a déjà certaines protéines, très
sensibles aux sels qui vont précipiter. Ensuite, le précipité, on le remet dans une solution d'eau, on dilue et à certain
moment, les protéines vont repasser en solution dés que la concentration de sulfate sera bien inférieure à la
concentration nécessaire pour qu'elles soient relarguées dans le milieu. Et ensuite, on va passer à 20% où on va avoir un
précipité, 30% : un précipité à 30% et ainsi de suite.

19
  Dérivation :
Pour dériver un peptide, on va faire comme quand on dérive un aa. On va utiliser là aussi le fait que c’est la
fonction NH2 que l'on va cibler pour toutes les dérivations.

C’est-à-dire que le peptide s'il est constitué de son N et de son C terminal, s'il a dedans des NH 2 notamment des
lysines ou des arginines et bien les réactifs vont cibler ceux-ci. Les liaisons peptidiques sont peu réactives car l'N n'est
plus nucléophile.

 Complexation :
C’est très simple à faire et ça va permette de faire des
dosages. Le dosage est basé simplement sur la formation de
complexes entre du cuivre (cuivrique) : complexe Cu2+ et
peptides. Il y a les dosages de Folin, Biurée, Lowry. Tous ces
dosages sont basés sur la même chose  on forme des
complexes.

 Modifications Post Traductionnelles

20
 a) Coupure protéolytique :
On prend les proteines liées au trafic cellulaire, c’est tout ce qui va etre la circulation des proteines entre sont lieu
de synthèse et sa cellule cible. Ex : les peptides d’dressage aux mitochondries ou aux chloroplastes

Synthèse  cyto  mitochondrie ou chloroplaste  clivage du peptide

Le peptide est clivé pendant le transport et a une cible porpre

On avait commencé à voir les aspects de maturation. C’est-à-dire que globalement, une protéine va subir un certain
nombre de modifications, soit par formation de liaisons de coordination. Aujourd’hui on va voir la formation irréversible
de liaisons covalentes qui sont les éléments les plus importants.

Les liaisons covalentes c’est ce que l'on appelle d'une manière plus générale, les modifications post-
traductionnelles. Ce sont des modifications qui se passe sur la protéine après la traduction du code génétique. On va
avoir tout un ensemble de modifications. Systématiquement, ces modifications vont apporter un plus à la molécule qui
la porte. On peut avoir :

 Une des modifications les plus classiques ce n'est pas la formation d'une liaison supplémentaire, c’est un clivage
de la protéine. On a énormément de cas où une fois que la protéine va être synthétisée, elle va être clivée.
Ex le plus classique : c’est ce que l'on appelle les peptides signaux.

 Un peptide signal est le fait que dans la séquence protéique, on va avoir pour une certaine catégorie de
protéines, une séquence dont la fonction est de faire de l'adressage au RE. C’est-à-dire que les

21
 protéines qui ont ce signal-là vont être adressées vers le système de sécrétion et celles qui ne l'ont pas
vont rester dans le cytosol.
Donc l'adressage ici, ça va permettre de rentrer dans le système de sécrétion. Ce peptide-là, ensuite, il
est clivé après l'entrée. C’est-à-dire qu'il sert seulement à l'entrée de la protéine dans le RE et une fois
qu'il a fait son boulot, il est clivé par des protéases. Donc en gros, la protéine mature est quand le
peptide est clivé.

b) Fomation de liasion covalente

 La glycosylation est une réaction enzymatique consistant à lier
de façon covalente et irreversible un glucide à une chaîne
peptidique.
o N-glycosylation : liaison amide entre une asparagine et
un ose.
o O-glycosylation :
 Liaison osidique entre une sérine ou une
thréonine et un ose.
 Enzyme : oligosaccharyl transferase

o Rôle de la glycosylation :
 Reconnaissance et adhésion cellulaire
 Contrôle du repliement des protéines
 Modulation métabolique d’enzymes
 Transport et adressage de protéines
 Rôle structural

 Il y a les processus d'ancrage lipidique. C’est le cas où sur la

protéine va venir s'ancrer, se fixer par une liaison sur un acide
gras soit un terpène soit des glycosylinositol (PI :
phosphatidylinositol).

Ce lipide va servir d'ancrage : il va former une ancre qui va permettre à

la protéine de d'insérer au niveau des membranes. Une partie lipidique
va rentrer dans les membranes qui sont des zones hydrophobes et qui va
permettre à la protéine de flotter un peu au-dessus de la membrane.

22
 Les phosphorylations :
 Elles vont être impliquées dans tout ce qui est phénomènes de régulation d'activités (comme tout ce
qui est régulation des processus enzymatiques, tout ce qui est régulation des processus d'interactions
protéine-protéine, etc…). C’est un phénomène réversible, fait par une kinase et défait par une
phosphatase.
Tous ces processus passent par 3 ou 4 phénomènes de régulation dont un est le processus de
phosphorylations.

L'autre particularité par rapport aux autres modifications post-traductionnelles, c’est qu'elle est
réversible : on peut avoir phosphorylation ou déphosphorylation.
On a un processus qui est réversible et qui permet justement de réguler entre un état actif et un état
inactif ou 2 états actifs différents. La phosphorylation va se faire sur des résidus thréonine, tyrosine et
sérine parce que globalement, la phosphorylation va se faire sur une fonction alcool. D'une manière
générale, on va avoir l'aa qui peut être une Thr, Ser ou Tyr qui ont une fonction alcool sur leur chaine
latérale. Ils vont exister sous 2 états : un état déphosphorylé et un état phosphorylé.

Ça permet de réguler de façon très fine les processus cellulaires. Ces processus qui sont très rapide
permettent de moduler l'activité au sein des cellules. On ne peut pas dire telle forme est la forme active
et telle forme est la forme inactive : parfois c’est la forme phosphorylée qui est active et la

23
 déphosphorylée qui est inactive. Parfois c’est l'inverse et parfois les 2 formes sont actives mais ne font
pas le même travail.

 On a décrit que les familles principales  les plus classiques et donc celles que l'on retrouve le plus souvent
mais il en existe d'autres. Ce sont des cas plus rares.

 Le phenomène d’amidation peut aussi avoir lieu un transfert d’un groupement ammoniac sur la fonction
terminal, on neutralise la charge négative du coté COOH.

 Sur la fonction N terminale, on a d'autres modification qui sont des

acétylations. Un acétyl, c’est un groupement de type acide
acétique qui vient se fixer sur le NH2. Ce sont des modifications qui
sont aussi relativement classiques mais beaucoup moins que celles
que l'on a vu avant.

 Il y a des choses + bizarres comme le cas de cet aa qui est l'acide glutamique. On a des processus que l'on
appelle des -carboxylations c’est-à-dire que l'on va carboxyler sur la C.

Carboxylation veut dire que l'on rajoute un groupement COOH là où il y a un H. On obtient dans un -
carboxylglutamate qui est un aa qui provient d'une modification de l'acide glutamique.

24
 Les 2 charges – vont servir un peu de pinces pour permettre de fixer du Ca2+ donc les 2 carboxylates vont agir
un peu comme des sels de complexation de Ca et on retrouve ça notamment dans les processus de coagulation
sanguine.

 On a certains facteurs de coagulation qui sont issus de carboxylations pour permettre au Ca de

procéder à ces processus de coagulation.

c) Liaison de coordination
C’est une iaison covalente qui implique un doublet (oxygène ou azote) avec un ion métal.

i. Métalloprotéine

Ce sont des interactions entre des acides aminés et des métaux.

ii. Hémoprotéine

Protéine + ion métallique sont fixé ensemble grâce à l’hème (porphyrines).

Ex : Hème a un plan à 4 azotes avec des doublets qui viennent fixer l’ion métallique en son
centre.

Ex : on prend le cas de l'insuline :

C’est une hormone chez les mammifères qui va contrôler le glucose

sanguin en diminuant la quantité de glucose, en agissant sur le stockage ou sur
la dégradation du glucose pour éviter qu'il s'accumule au niveau sanguin.

La séquence d'ADN code pour ce que l'on appelle une proinsuline

comme une proprotéine (le terme pro- voulant dire que c’est un statut non
mature la structure de base qui vont subir des modifications pour donner : c’est
la protéine nue.) Cette protéine nue a différents domaines : un qui est le
peptide signal, le peptide β, le peptide C et le peptide .

25
 Globalement, quand on regarde la protéine finale, il y a toute une partie qui va disparaitre. Le fait qu'il y ait un
peptide signal va permettre de rentrer dans le RE et quand la proinsuline rentre dans le réticulum, il va se passer 2
choses qui sont ce que l'on appelle les processus de mise en conformation.

Une fonction du réticulum va être de mettre la protéine sous sa structure tridimensionnelle fonctionnelle.

 Donc cette mise en conformation va permettre de replier, de faire des ponts disulfures qui font
partie des principaux éléments du repliement d'une protéine sur elle-même et ensuite, on va
avoir clivage du peptide C.

Tout ça va se faire ensuite dans le système de sécrétion jusqu'à l'association avec du zinc (Zn 2+)
et ensuite sécrétion. Quand on regarde déjà ce qui se passe au niveau du réticulum, avant
l'association du zinc, on est très loin de la protéine telle qu'elle est codée par la séquence
d'ADN. Le peptide C a permis le repli de la protéine sur elle-même. Si on regarde l'insuline telle
qu'elle est sécrétée, on est très loin du simple reflet de la séquence codante

Entre la proinsuline et l'insuline qui est sécrétée, il y a quand même une différence qui est considérable.

4. Séquence primaire : source d'information

C’est la façon de travailler sur les protéines. Même si la protéine quand elle est codée par la séquence génétique est
loin de la réalité, dans la séquence primaire, on a tout un ensemble d'information qui sont très utiles. Si on a la
séquence, car il y a des processus de séquençage des organismes. La séquence, automatiquement, elle nous donne la
masse moléculaire car il suffit d'ajouter la masse de chaque aa pour avoir la masse moléculaire.

On peut aussi avoir automatiquement le pI car la charge d'une protéine est le rapport (Asp, Glu : charges négatives)
vs (Lys, Arg : charges positives) et il suffit simplement de les compter.

Autre point : si on veut s'intéresser à l'absorption en UV, la détecter et la doser, on va s'intéresser qu'à 2 aa : on va
se mettre à max = 280 nm et à cette longueur d'onde-là, on va pister et cibler exclusivement 2 aa qui absorbent de façon
importante qui sont la Tyr et le Trp.

Au niveau de la séquence, on a des données relativement sures sur ce que

l'on appelle des "motifs". Un motif est une séquence particulière dont on
sait qu'elle va induire tel comportement dans la cellule. On va voir la
séquence et l'ordinateur, dès qu'il va avoir une protéine il va nous dire ce
qu'il voit dedans.

Qu'est-ce qu'on a dans la séquence ? Par ex on a un peptide signal

et il le sait parce qu'il regarde du côté Nterminal car la particularité d'un
peptide signal, c’est que le côté Nter est très hydrophobe. Si on a un
peptide signal, ça veut dire que la protéine va rentrer ds le systèmpe de
sécrétion.

Tout ne se passe pas n'importe où, n'importe comment, il y a des motifs de reconnaissance.

26
 1) PEPTIDES ET PROTÉINES : GÉNÉRALITÉS

1. Peptides

Ce qui différencie la notion de protéines et de peptides c’est que quand on a un peptide, c’est une petite
séquence mais c’est quelque chose qui est relativement flexible et non ou peu structuré. Un peptide a plutôt tendance
à être extrêmement mobile, flexible parce que globalement, il n'y a pas suffisamment de liaisons H qui vont permettre à
ce peptide de s'organiser de façon stable dans l'espace.

Une protéine est quelque chose de beaucoup plus grand et du fait que la taille augmente, on va augmenter les
interactions entre les aa et la protéine va se mettre à avoir une structure : quand on parle de structure secondaire,
tertiaire ou quaternaire, on est dans le cas d'une protéine.

Une fois que le peptide est synthétisé à partir de l'ADN et ainsi de suite c’est-à-dire que c’est la traduction d'une
séquence codante, on va avoir un système enzymatique qui va permettre de cycliser  qui va provoquer la réaction du
NH2 terminal ac le COOH terminal. Donc la conséquence de ceci, on a un peptide qui va se refermer sur lui-même. Le
problème c’est que l'on ne sait plus où est l'extrémité terminale donc pour retrouver la séquence au niveau du génome,
ça devient plus compliqué parce que l'on ne sait plus où est le peptide de départ.

27
 Dès que l'on parle de protéine, on doit avoir le reflexe que la protéine, qui va servir de base à la protéine telle
qu'elle est dans son milieu, provient des processus de traduction avec le système de codons. Donc à partir de là, la
simple connaissance de la séquence codante permet de déterminer la séquence protéique mais ce n'est qu'une étape.

Dès que l'on parle de protéine, derrière il va y avoir tout un ensemble de maturations et on va obtenir la
protéine mature.

Quand on parle de protéine mature, ça veut dire que c’est elle dans son état final qui va être la protéine
fonctionnelle.

C’est-à-dire que dans une cellule, on peut avoir une protéine qui est exprimée, traduite mais qui n'est pas fonctionnelle
parce qu'il y a eu des défauts au niveau de sa maturation.

Histoire des découvertes

 1951 : liaison hydrogène + hélice alpha des protéines  PAULING

 1953 : Double hélice ADN  WATSON CRICK

 1958 : Structure 3D de la myoglobine + structure complexe

LES DIFFERENTES STRUCTURES

 SECONDAIRE : Quand on regarde l'ensemble de la protéine, on

regarde les motifs interne. On a des séquences courtes avec des
organisations particulières universelles.
On a des formations de liaisons peptidiques avec formation de double
liaison dans un système plan.

Domaines secondaires :

Séquences répétitives avec la même organisation.

2 organisations possibles :
 Hélice alpha : séquence unique enroulé grâce à des
liaisons hydrogènes. 3.6 aa par tour d’hélice
 Feuillet beta : 2 séquences différentes en parallèle ou
antiparallèle. Coude beta : retournement sur
différentes séquences courtes.
Zones structurées de façon non répétitive

 TERTIAIRE : l'ensemble des repliements, l'ensemble des liaisons, y compris les interactions avecc ce qui peut y
avoir danss la protéine, notamment s'il y a des associations par liaisons de coordination ou par des liaisons
covalentes.

 QUATERNAIRE : c’est un cas particulier ce n'est pas le cas général de toutes les protéines. On va avoir
plusieurs sous-unités avec des axes de symétrie, des organisations très particulières car, à cette organisation est
associée la notion de modulation de l'activité :  effet allostérique qui va permettre à la protéine avec ses
sous-unités d'avoir une activité qui va être fonction de l'environnement.

28
Le cas le plus classique en biologie est celui de l'Hb. La myoglobine et les unités d'Hb fonctionnent de façon totalement
similaire : elles sont capables de fixer l'O mais dans la myoglobine on a simplement une fixation de l'O, dans l'Hb, la
fixation de l'O est fonction d'éléments externes, notamment de la pression en CO2. L'Hb va capter ou libérer de l'O en
fonction des concentrations locales en CO2 c’est-à-dire que ce n'est plus juste du stockage, c’est une protéine qui va
transporter de l'O d'un endroit qui va être pauvre en CO2 vers un endroit qui va être riche en CO2.

 Ensuite, il y a une dernière catégorie, plus classique que les

organisations quaternaires qui sont ce que l'on appelle des
COMPLEXES PROTEIQUES. Dans le cas de l'immunoglobuline, on a
plusieurs sous-unités associées mais ce ne sont pas des structures
symétriques : il n'y a pas d'axe de symétrie et à cette protéine-là ne
sont pas associées aussi des notions de modifications de l'activité
par phénomènes allostériques. Souvent, on oublie de dire que la
plupart des protéines marchent en complexe.

I) NOTIONS DE CONFORMATIONS NATIVES

Ce que l'on appelle la conformation native d'une protéine, lorsque la protéine va se structurer dans l'espace c’est-
à-dire qu’elle va globalement former des domaines secondaires, des domaines tertiaires voire des domaines
quaternaires (structure 2D, 3D voire 4D) ou des complexes protéiques.

Une fois que toutes ces structures sont formées + les modifications post-traductionnelles et tout ce qui est mise en
conformation de la protéine, cette protéine, c’est ce qu'on appelle la protéine native. A cette notion de protéine native
est associée la notion de protéine qui est maintenant fonctionnelle.

Une fois qu'elle est organisée dans l'espace elle va définir des zones. Le fait de replier la protéine dans l'espace fait
que l'on va mettre dans une zone particulière tridimensionnelle, des aa qui vont être en contact et qui vont déf des
sites.

 Cette notion de site  quand on regarde tridimensionnellement la protéine, on va avoir tout un ensemble d'aa
qui sont autour d'une zone particulière. On aura ceci que si la protéine est repliée c’esta dire que pour les aa
d'un site, ils ne sont absolument pas consécutifs sur une séquence primaire. C’est une zone de la protéine à
laquelle va être associée une fonction. Ça peut être :

 Un site catalytique = l'endroit où les aa qui sont positionnés dans l'espace vont être capables de
prendre en charge un substrat et de le transformer en un pdt. C’est une réaction catalytique,
enzymatique.

 Ça peut être un site de reconnaissance cela voulant dire que ce site-là va interagir avec un autre
partenaire pour permettre de reconnaitre 2 cellules entre elles ou 2 protéines entre elles. Ça ne veut
pas dire pour autant que derrière il y aura modification chimique mais ça veut dire simplement que
les 2 protéines vont interagir.

 Ça peut être un site de fixation = on va avoir des sites de fixation de sucres, des sites de fixation de
l'atp, des sites de fixation de molécules que l'on veut transporter, des sites de fixation de l'O, etc…
Systématiquement, la notion de site est associée à la fonction de la protéine et que cette fonction
29
 n'a de sens que si la protéine est ds un état conformationnel qui permette aux aa du site d'être
dans une géométrie tridimensionnelle particulière.

1. Dénaturation
C’est-à-dire que l'on va détruire la structure native. Si on détruit la structure native cela signifie que globalement,
on va perdre l'organisation tridimensionnelle particulière et la conséquence, immédiatement, on perd l'activité.

Si on décompose, on ouvre la protéine, les aa qui sont responsables d'une fonction ne sont plus dans une
géométrie particulière et globalement, on perd la fonction qui peut être catalytique, de fixation, de reconnaissance,
etc…

Donc pour dénaturer, détruire la fonction native, la façon la plus simple et d'aller détruire les facteurs de
structurations donc la cible de toutes les techniques de dénaturation ça va être ce que l'on appelle les facteurs de
structuration. Les facteurs de structurations sont les liaisons H, les liaisons simples, les liaisons ioniques, d'interactions
hydrophobes, les ponts disulfures, etc…

On a la température de dénaturation. Globalement, on va quasiment avoir un élément pour dénaturer qui

correspond à chaque fois a une cible spécifique. Température veut dire agitation. Si on induit assez
d’agitationon va perdre l’activité.
La conséquence est que si on perd les liaisons H, il n'y a plus d'hélices , de feuillets  et immédiatement, la
protéine se déstructure. La témperature est variable selon les protéines. La protéine doit être stable toujours
dans ses conditions physiologiques.

On a des agents que l'on appelle chaotropiques (détruit la structure spatiale). Ce sont des agents dont le plus
connu est l'urée. Un agent chaotropique, ça veut dire que l'urée va être capable lui aussi de cibler les liaisons H.
Parce que quand on regarde l'urée c’est en fait une liaison peptidique double. L'élément principal de
structuration notamment au niveau des motifs secondaires st les liaisons H entre les carbonyles et les fonctions
NH.

30
  L'élément important est donc la liaison H et que c’est cette liaison qui est à l'origine de
feuillets  et d'hélices . Si on touche à ces liaisons, on va perdre les feuillets  et les
hélices  et globalement la protéine va s'ouvrir, elle va perdre complètement sa
structure.
Si on rajoute de l'urée, la protéine va lâcher : il va s'insérer là-dedans ie que l'urée va
être capable de jouer le même rôle que les liaisons peptidiques. Si on arrive au bout
d'un moment en forçant un peu sur les concentrations à insérer une molécule d'urée, la
conséquence est que ça va ouvrir les hélices et les feuillets.

On a les agents hydrophobes. Leur cible ça va être d'aller perturber tout ce qui regroupements hydrophobes.
C’est-à-dire que l'agent hydrophobe va se coller dans ces zones hydrophobes et va aller les déstructurer.
L'exemple le plus classique ce sont des détergents c’est-à-direque ce sont des molécules avec des longues
chaînes alkyles avec une charge négative ou positive à l'extrémité.

Pour casser les ponts disulfures, on utilise ce que l'on appelle des thiols qui sont des fonctions de type R-SH. Si
on a 2 cystéines comme ceci, les 2 cystéines vont imposer à la protéine de se refermer sur elle-même. Si on
rajoute un thiol dans des conditions réductrices, on va changer le pont disulfure entre 2 cystéines et entre les
cystéines et le thiol que l'on rajoute.
La conséquence est que l'on fait simplement un échange chimique entre cystéine et un thiol qui fait que l'on va
avoir une ouverture de la protéine car on n'a plus le lien entre les 2 aa : on n'a plus rien qui retient les 2
fragments.

2. Dénaturation / renaturation
Ce sont des aspects qui sont d'un point de vue conceptuel, très importants Quand on parle de renaturation, est-
ce automatiquement, va-t-elle se mettre sous une conformation fonctionnelle ? C’est vrai si la protéine est très simple :
il y a des cas où ça marche C’est ce que l'on appelle l'expérience de Anfinsen qui date de 1965.

 Il a pris une protéine qui est ce que l'on appelle une ribonucléase. C’est-à-dire que c’est une enzyme
qui est capable de mesurer une activité enzymatique. Si on dénature et que la protéine, on la laisse se
re-conformer toute seule : si on retrouve une activité  elle a retrouvé sa structure native.

7) ANALYSE DES PROTÉINES

1. Masse moléculaire
Comment connaitre une masse moléculaire ? Il y a 2 techniques que l'on appelle les techniques de perméation et
d'électrophorèse. Elles st continuellement utilisées dans les labos.

 Technique de perméation que l'on appelle aussi des techniques de tamis moléculaire.

Le principe est que l'on va séparer les protéines en fonction de leur taille en jouant sur leur capacité ±
importante de diffuser dans un milieu. Tamis moléculaire = on va avoir un gel dans une colonne.

Dans le gel, on va mettre des protéines qui sont en solution. On compte les gouttes en bas. Ce gel est constitué
de billes qui sont des billes constituées de polymère complètement artificiel. Ce sont des polymères que l'on appelle
des polymères réticulés qui signifie que c’est un polymère qui
est poreux = des réticulations dans tous les sens. On peut
contrôler la porosité en jouant sur le taux de réticulations.

Si on prend 2 molécules, une petite et une grosse, il y

en a une qui peut rentrer et une qui ne peut pas. La petite va

31
pouvoir circuler et la grosse ne peut pas rentrer dans le système de réticulations : la seule possibilité, c’est qu'elle circule
entre les billes. Il y a donc un tamisage, une sélection selon la masse de la molécule. C’est la plus grosse qui va arriver
avant en bas parce que globalement, elles sont soumises simplement à la gravité et si les vitesses sont constantes, celle
qui a le chemin le plus court va mettre un temps d'émission qui va être beaucoup moins important.

 Les techniques d'électrophorèse : la technique classique

Les gels SDS-PAGE. SDS le détergent = ceui qui va dénaturer la protéine, l'ouvrir.

PAGE : Poly Acrylamide Gel Electrophoresis ce qui veut dire gel d'électrophorèse sur polyacrylamide.

Le polyacrylamide est le polymère qui va constituer le gel. Electrophorèse = on va utiliser ici comme force un
champ électrique. C’est-à-dire que contrairement à la colonne de tout à l'heure, ce n'est plus la gravité qui sert de force
mais c’est le champ électrique.

Si on prend une protéine + SDS, le SDS va se fixer sur la protéine, ça dénature, la protéine s'ouvre et ça va fixer
en + une molécule de SDS pour 2 aa. Donc on va recouvrir la protéine de SDS. (On utilise aussi un thiol si on a des ponts
disulfures). Globalement, on va donc avoir une charge négative pour 2 aa.

La conséquence de ceci, c’est que l'on un rapport de la masse sur la charge qui est une constante. Donc quand
on sature de SDS, quelque soit la taille, on a une charge pour 2 aa donc on gros si on a 20 aa dans la protéine, on a 10
charges. Le rapport est constant ce qui est important car la force électrique que l'on va appliquer, elle est fonction du
rapport de la masse sur la charge donc cette charge électrique qui est appliquée aux protéines, elle est identique pour
toute protéine.

Donc globalement, on annule complètement la contribution de la charge partielle de la molécule, de la masse.

ème
Le 2 élément est que toutes les protéines sont négatives
puisqu'elles sont toutes saturées de SDS, quelque soit leur
pH, quelque soit leur point isoélectrique. L'intérêt est que
dans un champ électrique, tout le monde va aller dans le
même sens et le seul facteur de sélection va être la vitesse

32
de migration. Elle va aller ± vite en fonction de sa capacité à diffuser dans le gel. La vitesse de migration va donc être
fonction de la diffusion. Plus la molécule est petite, plus elle va diffuser facilement, plus elle est grosse, plus elle va
diffuser difficilement.

2. Mesure du point isoélectrique (pI):

Le point isoélectrique revient à dire quelle est la charge en fonction du pH. C’est-à-dire qu'une protéine va
passer par plusieurs états de charges. Comme pour les aa, quand on balaye la gamme de pH, on va passer par toutes les
combinaisons : positive, globalement neutre et négative. Le point où il y a la neutralité électrique est ce que l'on
appelle le point isoélectrique qui est le point où on a autant de charges positives que négatives.

Comment on détermine le point isoélectrique qui est un autre élément caractéristique de la protéine. On a
encore 2 techniques, une technique qui est de type colonne ouverte et une technique qui est de type
électrophorétique :

 En colonne, on a ce que l'on appelle des colonnes d'échanges d'ions.

C’est-à-dire que globalement, on a un gel et ce gel porte soit des charges positives soit des charges négatives. Si
c’est une charge positive, il va fixer une protéine chargée négativement et s’il a une charge négative, il va fixer une
protéine chargée positivement.

Si on prend un système qui est un échange d'anions, les particules de gel qui sont dans la colonne (il n'y aura pas
de diffusion), la partie fonctionnelle est que l'on aura un motif a une charge qui est tjr positive.

Conséquence : si on met une protéine 1 négative et une protéine 2 qui est sous sa forme positive, par simple
interaction électrostatique, on va fixer la protéine négative sur le gel et l'autre va passer tout droit, va être éluée.

La conséquence est que une fois que l'on a balancé le mélange de protéines sur le ph, on est dans un état où le
gel porte une charge positive sur laquelle est associée par liaison ionique une protéine qui est sous son état négatif.

Qu'est-ce que l'on fait ensuite pour relarguer ? Quel facteur peut-on changer pour relâcher la protéine et en
déduire son pI ? On va jouer sur le pH car i l y a un moment donné où la protéine va passer de son état négatif à son état
isoélectrique et quand elle est sous cet état, il va être éluée. Quand on est au pH isoélectrique, la protéine passe à un
état qui est globalement neutre et il y aura élution.

 Electrophorèse : gel de focalisation Isoélectrique.

33
 C’est une technique d'électrophorèse c’est-à-dire que l'on va appliquer un champ électrique mais dans des
conditions où on va permettre non pas de déterminer la masse mais la charge, le pI.

Le principe est le suivant : si on met un gel. Le gel ici va servir simplement de gel neutre dans lequel va pouvoir
se mouvoir la protéine. Si on applique à ce gel un champ électrique comme tout à l'heure. Si on dépose une protéine,
ce qui se passe, on n'a pas saturé de SDS donc globalement on ne va pas forcer sa charge artificiellement donc elle va
migrer en fonction de la charge qu'elle porte.

Si on a une protéine n°1 chargée positivement par exemple, elle va aller vers le pole -. Si on a une protéine n°2
qui est chargée négativement, elle va aller de l'autre côté. Et si on a une protéine n°3 où on est au pI, elle ne bouge
pas, elle reste au point de dépôt.

Dans le gel de focalisation isoélectrique, on a un gel qui va servir de matrice où les protéines vont se déplacer
donc lequel on aura un champ électrique + on aura ce que l'on appelle des ampholytes qui sont des molécules
particulières qui permettent de constituer un gradient de pH quand on leur applique un champ électrique. C’est-à-dire
que les protéines vont se déplacer mais au fur et à mesure qu'elles se déplacent le pH local va changer.

Donc dans le système, on dépose les protéines à un endroit,

on a un gradient de pH qui se forme grâce aux ampholytes qui sont
en mélange avec le gel. Les protéines vont migrer et s'arrêter au
niveau de leur pI.

 Donc après migration  lorsque l'on a attendu que

le système s'équilibre, on fait une révélation et on
va retrouver les protéines qui se st toutes arrêtées
à leur pI où elles ne sont plus soumis au champ
électrique (c’est pour cela qu'elles s'arrêtent).

Remarque : on a aussi les gels 2D. Ce sont des gels où globalement on aura sur 1D une focalisation isoélectrique
et ensuite une 2ème dimension où on faire migrer sous la forme SDS-PAGE.

Comme toute technique de 2D, on obtient ce que l'on appelle des cartes 2D. Après révélation, on va avoir des
choses comme ceci, les protéines se répartissent sur le gel. Sur un axe, on a séparé en fonction du pH donc on a séparé
les protéines on fonction du pI et selon l'autre dimension, en fonction de la masse moléculaire. C’est-à-dire que pour
une expérience, on peu associer pour chaque protéine, 2 caractéristiques : la masse moléculaire et le pI.

3. Détermination de la séquence
= détermination la séquence primaire. Ayant accès à la séquence primaire, ça va permettre de dire est-ce qu'à partir
de la séquence primaire on va avoir quelques indications (grâce au fait que l'on connaisse bcp de séq ds les banques de
données, que l'on connaisse bcp d'info sur les types de modif) sur à quoi sert cette protéine. Il y a différents niveaux. Il y
a d'abord ce qui est :

- La composition : le but est d'avoir la proportion de chaque aa. L'objéctif ici est principalement en agro-
alimentaire (au sens très large, notamment tout ce qui est alimentation du bétail) où on va dans certains cas,
s'intéresser à la concentration de certains aa, l'objectif est de savoir quelle est la concentration d'aa essentiels
par exemple.

34
 Ces aa essentiels ne sont pas synthétisés chez les mammifères et pour le métabolisme, ce sont des aa qui sont
issus uniquement de l'alimentation. Globalement, si on veut avoir un équilibre nutritionnel idéal, il faut que l'on
ait au niveau alimentation, des protéines qui possèdent ces aa essentiels.

Comment on procède à des hydrolyses ? L'hydrolyse est simplement le fait d’avoir la réaction inverse de la
formation de la liaison peptidique c’est-à-dire que l'on va cliver les liaisons peptidiques en présence d'eau et en
présence d'une source de protons : c’est une hydrolyse de type acide. Les conditions sont extrêmement fortes :
acide chlorhydrique très concentré, ce sont des conditions qui sont extrêmement violentes.

Si on clive au niveau des flèches, ça veut dire que l'on va re-libérer l'ensemble des aa avec des proportions en aa
qui sont des proportions des aa dans la protéine initiale. Ensuite, l'analyse par chromatographie, va permettre
de déter la proportion d'alanine, la proportion de glycine, etc…

Remarque : on peut avoir un petit souci au niveau de l'hydrolyse sur la chaine latérale, notamment si la chaine latérale
possède elle aussi des liaisons qui sont de type amide.

4. Approche indirecte (=analyse par protéomique) :

Principe : on part du principe que la séquence génomique est connue. C’est-à-dire qu’on travaille sur un
organisme dont le génome a été séquencé. On veut identifier une protéine.

L’ensemble des protéines potentielles sont connues. Avec l’approche on dit si on a une séquence partielle. On
regarde la banque de données, et globalement on saura qu’elle est la protéine qui contient cette séquence.

Il faut que la séquence partielle soit au minimum de 10 AA. Ensuite on peut définir la fonction, la localisation …

Il faut une séquence peptidique (8 à 10aa) obtenu par séquence Edman ou spectrométrie de masse. Ensuite on
interroge la banque de donnée pour trouver la séquence de la protéine.
La séquence complète nous permet de connaître la masse, les motifs de glycolysation (modifications), d’adressage
(lieu) ... et le PI de la protéine.
Cette séquence permet le phénomène de phylogénie.

35
 III) Enzymologie
I. Les enzymes :

C’est une protéine qui catalyse une réaction biologique. Si on a un produit A  B, on a un enzyme qui fait le job.

Rmq : il n’y a pas que les protéines qui ont des capacités enzymatiques, mais aussi des ARN catalytiques appelés
ribozymes.

a. Rappels :
 Catalyseur :
Un catalyseur permet d’accélérer la vitesse de réaction en baissant la barrière énergétique entre le substrat et le
produit (thermodynamique, l’enthalpie libre doit rester négative). Les lois de la thermodynamique s’appliquent aux
systèmes chimiques et biologiques.

C’est une réaction qui est possible car son deltaG > O.

Mais cette réaction passe généralement par un intermédiaire réactionnel. La conversion de S en P implique de
passer la barrière énergétique. Le catalyseur va provoquer une baisse de la quantité d’énergie de l’intermédiaire, donc
ça demande moins d’énergie pour passer du substrat au produit.

En conséquence, le catalyseur intervient n fois. Il est en quantité infime. Le catalyseur n’est jamais modifié.

Le catalyseur diminue la barrière énergique de la réaction, elle est donc plus rapide. Le catalyseur est :
- Toujours régénéré en fin de réaction (non modifié), il est non stœchiométrique
- Il agit donc en quantité très faible
- Il ne modifie pas les paramètres thermodynamiques de la
réaction

b. Propriétés des enzymes :

36
Une enzyme est un catalyseur : elle augmente la vitesse, sont en quantité faible et elles sont non modifiées.

Principe : il y a plusieurs situations :

- Présentation des substrats en les rapprochant

- Effet de desolvatation : la molécule est entourée d’eau, les deux sphères de solvatation va rendre difficile le
contact des deux molécules qui interagissent donc on enlève l’eau.

Les enzymes rendent les réactions très rapides. C’est une nécessité.

Ex : H2O2  H20 + ½ O2. Seul : barrière = 75kJ/mol ; avec du platine = 46kJ/mol ; avec une catalase = 2kJ/mol
(conversion instantanée).

Les enzymes agissent au pH et à la température de leur milieu physiologique (naturel) :

- Pepsine = protéase de l’estomac, pH optimal = 2

- Bactéries thermophiles, T° optimal = 90°C

Les enzymes sont spécifiques et efficaces :

- Efficace = par principe un rendement

doit être égale à 100%.
Ex : Dans le cycle de Krebs il y a 9
réactions avec chacune un rendement
de 90% donc un rendement global pour
1 cycle de 8% don plus de 90% de
carbone perdu. Donc 8,10% de carbone
va faire le cycle.

- Spécifique : un substrat = un produit (c’est-à-dire un seul isomère).

Ex : pyruvate réduction de 2H+ + 2e- donne du lactate
(fermentation lactique).
Le mécanisme est le même : les protons électrons arrivent sur le
carbone, et après on a le transfert des électrons.
D’un point de vue chimique on aura un mélange racémique de
L et de D-lactate ; en biologie on aura seulement 100% de L-lactate
(lactate naturel) fabriqué par le lactate deshydrogénase car elle
reconnait les eux faces du pyruvate.

Les enzymes sont régulées : nécessaire pour s’adapter aux conditions et aux
besoins physiologiques, l’enzyme n’a pas besoin d’agir n’importe où et n’importe quand. Système de régulation :

- Génique/contrôle transcriptionnel : l’expression du gène est liée au besoin. On joue + ou – sur la synthèse de
l’enzyme (facteurs de transcriptions, promoteurs, …).

37
 - Inter-conversion : on fait varier l’état (activée, désactivée) de phosphorylation (enzyme sous état phosphoryler
ou dephosphoryler), en fonction de son état on change l’activité de l’enzyme.

- Processus allostérique : l’activité est fonction d’effecteurs externes = les signaux métaboliques, ils vont soient
baisser l’activité, soient augmenter l’activité. Système sophistiquer où l’activité est fonction d’effecteur externe
(molécule qui va aller se lier à un autre site que le site catalytique) :
 Effecteur positif : augmente la vitesse de réaction.
 Effecteur négatif : diminue la vitesse de réaction.

Ils vont rendre compte de l’état de la cellule. S’il y n’y a pas de régulation, on ne sait pas comment un mécanisme peut
fonctionner.

Régulation = modulation des activités qui vont permettre d’activer + ou – les enzymes pour permettre à notre
organisme de s’adapter aux besoins physiologiques.

c. Site catalytique.

Former par repliement 3D des protéines. Il va permettre la fixation du substrat par

des liaisons faibles avec une orientation donner.
C’est là où se situe la réaction. C’est là où se fixe le ou les substrat(s).

Cette fixation fait intervenir les chaînes latérales d’acides aminés, elles sont à
l’origine de la fixation.
Elle va se faire soit par des liaisons faibles, des liaisons hydrogènes, liaisons
ionique, Van Der Walls, ….
Il faut un repliement dans l’espace de l’enzyme.

Principe de la clé-serrure: le site catalytique a une conformation particulière

qui ne fera entrer qu’un seul substrat: 1 substrat → 1 produit.

Exemple:la lactate déshydrogénase: Il y trois types de liaisons.

Exemple: la chymotrypsine: Une zone qui permet de fixer l’AA aromatique.

d. Nomenclature.

Il y a six classes d’enzymes qui sont numérotées de 1 à :

- Classe 1 = oxydoréductases: il y a échange d’électrons, on change l’état d’oxydation de la molécule
- Classe 2 = transférases: il y a un transfert de groupe (lipides, glucides, phosphate, ct) sur un substrat.
- Classe 3 = hydrolases: on introduit une molécule d’eau. Exemple: les protéases, glycosidases, ARNase, lipase.
- Classe 4: lyases: rupture ou formation de liaisons C-C, C-O, C-N, C-S, de façon non hydrolytique, non
oxydoréduction.
- Classe 5: isomérases: on passe d’un isomère 1 à un isomère 2.
- Classe 6: lygases : formation de liaisons C-C, C-N, C-O, C-S, assistée par ATP (réactions ATP-dépendante), on a
besoin d’énergie. Ex: pyruvate carboxylase.

II. Les Co-enzymes.

a. Le co-enzyme: partenaire de l’enzyme.

38
Composé non protéique qui transporte les éléments complémentaires de la réaction. Il est présent en proportion en
rapport stœchiométrique.

En oxydoréduction, il va amener des électrons complémentaires pour que la réaction se fasse, il est en proportion
stœchiométrique avec le substrat.

On peut contrôler la réaction en jouant sur les flux de quantité de coenzyme

ENZ
Si on a A ------→ B par un système enzymatique, s’il y a ajout ou élimination d’électrons et d’un groupe, l’enzyme étant
catalytique (elle ne peut pas être incluse dans cet ajout ou cette élimination), cela implique l’intervention d’un
partenaire: le co-enzyme.

Ex:
- NADH = transport d’électron
- Carboxylase = ajoute CO2

Conséquences:
- le rapport doit être stœchiométrique.
- on aura des co-enzymes qui existent sous deux statuts.

Remarque:
-Le co-enzyme est non protéique.

b. Caractéristiques des co-enzymes.

Ils sont non protéiques. Ils interviennent dans des proportions stœchiométriques. Ils sont régénérés en permanence.

Ils dérivent des vitamines qui sont des composés essentiels (ils proviennent de l’alimentation).
Un co-enzyme = vitamine + modifications
Les modifications vont permettre la reconnaissance par l’enzyme et la vitamine porte l’activité (= capacité à
transférer électrons et groupes carbonés).

Exemple: NADH vs NADPH, ce sont deux co-enzymes qui dérivent de la même vitamine,
le nicotinamide. Par contre, ils sont associés à deux processus différents. Le phosphate
va être impliqué dans la reconnaissance par les oxydoréductases.
Anabolisme: synthèse.
Catabolisme: dégradation.

c. NADH/NADPH.
Ils sont associés à des oxydoréductases. Il y a un transfert d’un H+ et de 2 e-. La vitamine est le nicotinamide.
2 couples:
- NADH/NAD+
- NADPH/NADP+

d. FAD et FML.
Vitamine: acide pantothénique. Ce qui nous intéresse est le motif actif. Ce sont
des co-enzymes associées à des oxydoréductases.

e. Le co-enzyme A.
C’est lié à des transferts de groupe de carbone.
La réaction se fait sur la partie « SH »

f. Biotine.
C’est un co-enzyme de transfert de groupe de carbone.
Elle est associée au transfert de CO2, elle est donc associée au carboxylase biotine.
39
 III. La cinétique enzymatique :

L’objectif de la cinétique est de définir la vitesse d’une réaction enzymatique.

On cherche v en fonction de la concentration en substrat. (v=f(substrat)).
Il faut que ce soit indépendant de la concentration en enzyme.

1. Cinétique chimique:
Si je m’intéresse à une réaction, on a d’une manière générale: si j’ai un produit substrat (S1° plus un substrat S2
transformé en un premier produit et un deuxième produit alors: v= K x [S1] α x [S2] β
 General : aS1 + bS2  cP1 + dP2 alors v=K x [S1] α x [S2] β
On définit l’ordre de la réaction qui est égale à α + β

Ordre 1 :

Si on a un système simple, une molécule transformée, (S  P) on a v=kx(S1) 1

(S)

Remarque: on a des dégénérescences: tous les systèmes dégénèrent, diminuent de -1, si un substrat est en
concentration constante.

Ex: hydrolyse du saccharose. On chauffe et ça libère du glucose et fructose.

V = K x [saccharose] x [eau] et eau = solvant donc [H2O] >> [saccharose] car la
concentration en eau est constante par rapport à celle du saccharose. On a donc une
dégénérescence de 2 en 1 : on passe à l’ordre 1.

Réaction d’ordre 2 car on a deux substrats d’où v = K’ x (saccharose) = ordre 1.

40
Ordre 0 :
On peut avoir des dégénérescences de 1 en 0 :

S  P mais la concentration de S est constante pendant la réaction.

Donc v = K x (S) = constante.

(S)

2. Cinétique enzymatique:

L’objectif: si on a un substrat transformé en un produit, avec l’enzyme E, on veut savoir la vitesse en fonction de la
concentration en substrat.
On parle d’enzyme michaelienne.

En présence d’enzyme, la réaction se déroule en deux étapes :

- Fixation du substrat par une enzyme : formation du complexe E-S

- Conversion du substrat en produit : décomposition qui mène à E+P

E + S  E – S  E + P} vrai en condition initiale, si non E + P  E – S

K1 K2

E+S= enzyme libre

E-S= enzyme complexée

L’enzyme est régénéré en fin de réaction, elle n’est pas modifiée.

Remarque: ceci est vrai dans des conditions initiales, quand on met
en contact l’enzyme et le substrat il ne faut pas que la réaction
inverse ait le temps de se faire, sinon on doit prendre en compte que
l’enzyme et le produit peut se refixer sur l’enzyme et redonner le
système inverse.

Expérimentalement:

Si j’ai un système enzymatique et que je rajoute un substrat,

on regarde la vitesse de formation de P: système à un substrat.
Si je mesure la concentration du produit (P) en fonction du temps: On
va avoir une proportionnalité qui varie dans le temps.
La vitesse est globalement la variation de P en fonction du
temps soit la tangente de la droite à l’origine.
Le coefficient directeur de la tangente à la droite donne la
vitesse initiale.

Pour S1: on définit une vitesse initiale 1 (V1)

41
Pour S2: on a V2
Globalement pour une expérience n on a Sn=Vn

L’expérience me donne v = fonctions(S)

On est à un ordre 0, quelle que soit la concentration on a un plateau.

Donc on a une courbe de type y=ax/b+x
Donc globalement, la vitesse est une v= a[S]/ b+[S] avec a et b constante.

Equation de Michaelis Menten:

E+SE–SE+P
K1 K2

On va définir V en fonction de S. La vitesse est indépendante

de la concentration d’enzyme.
On part de l’hypothèse de l’état stationnaire : [E – S] =
constante, c’est-à-dire que l’on a autant de complexe former
que de complexe détruit.

Donc la vitesse de formation du complexe (K1x (S)x(E)) = vitesse

de décomposition du complexe (K2(E-S) + K-1(E-S)).

K1[E][S] = K1[E – S] + K2 [E – S]  [E][S]/[E – S] = K1 + K2/ K1

= Km (constante de michaelis)

Et= enzyme totale.

La vitesse maximale de cette réaction: si ES=concentration totale

d’enzyme.
Globalement la vitesse maximale….

Bilan: si j’ai une enzyme michaélienne: elle répond à: V = Vmax [S] /

Km + [S]
Avec Vmax et Km = constantes spécifiques de l’enzyme (deux enzymes n’ont pas la même constante).

Si on a une faible concentration de substrat : alors v= (Vmax/k) x (S) .

Si (S) >> km 

42
Conclusion : pour une enzyme, on a un couple de deux constantes (Vmax et Km) qui sont spécifiques de l’enzyme.

Signification de Vmax et Km:

- Vmax correspond à la vitesse maximale de décomposition du
complexe E-S en E+P. Donc Vmax= E-S  E+P.
- Km = (K-1 + K2) / K1. Avec l’hypothèse de k2 << k-1 alors on a km =
k-1 / k2 = 1/ affinité (c’est l’inverse de l’affinité).
Donc la constante de michaelis c’est l’inverse de l’affinité de
l’enzyme pour le substrat. E + S  E – S : si l’affinité est forte on
aura un Km faible et inversement.

Donc un système enzymatique fonctionne en deux étapes, fixation et

décomposition. E + S  E – S  E + P

On a donc deux constantes (K1 et K2) qui caractérisent chacune une partie.

Détermination :

Système de représentation en double inverse: V = Vmax [S] / Km + [S]

Avec Vmax/2 on a Km.

Si on a une concentration non saturée (pas atteint le plateau) notre Vmax mesuré sera inférieur au Vmax réel.
Tout simplement parce qu’on n’a pas assez de concentration de substrat.
Donc la représentation double inverse c’est simplement de dire: 1/V
= fonction (1/[S]) est une droite.
 1/V = Km + [S] / Vmax x [S]  (Km/ Vmax) x (1/(S]) + (1/Vmax)

Quand 1/[S] = 0 alors 1/V = 1/Vmax donc 1/V = 0 et 1/[S] = -1/Km

Donc quand on représente 1/V en fonction de 1/S on a :

43
La droite coupe en 1/Vmax.

La constante de michaélis ne peut pas être négative donc l’extrapolation (après l’ordonné) est théorique.

Expérimentalement:

On a une concentration d’un substrat S, on mesure P en fonction du temps,

alors la tangente = V1.
[S1]  d[P1] / dt alors tangente = V1
Puis on a encore (Sn) = Vn.

Donc 1/V = fonction (1/(s))

3. Caractéristiques des enzymes:

 Unité enzymatique:
C’est une ui.
Une ui = quantité d’enzyme qui va permettre de faire de la conversion de 1µmol de
substrat en une minute. (1ui = 1µm/min)
On utilise le katal : il dit que l’unité international est donc des moles par seconde.
Donc si on a une unité, on a une µmol/mn soit 10-6 moles / secondes soit 1ui =
16,67.10-9 Katal.

 Concentration enzymatique:
Solution = 1ui /mL

 Activité spécifique:
C’est le nombre d’unité par milligramme de protéines.

 Influence du pH et de la température:
La température va nous donner un comportement comme ceci:
Avant la baisse on a une température particulière dans laquelle on a pleins
d’activités pour dénaturer la protéine= température de dénaturation qui dépend
de l’enzyme.

L’effet du pH fait varier l’état de charge des AA: on va perdre la capacité de fixer le
substrat.
Quand on regarde la vitesse de réaction on a qqlc comme ceci:
On aura un pH optimum= moment où l’activité enzymatique est la plus forte.

44
  Notion d’activateur:
C’est tout ce qui est composé nécessaire pour l’activité de l’enzyme. Un
système enzymatique a besoin de toutes les informations présentes dans son
milieu naturel.
Les principaux peuvent être soit des ions soit des co-enzymes.

Conséquence: globalement, pour définir un système enzymatique, on définit

tous les paramètres nécessaires.

Ex: réaction qui convertit le malate en oxaloacetate.

Informations de l’enzyme (malate deshydrogénase) :

- 3000 ui/mg  pour 1mm on a 3000 µmoles en une minute.

- pH = 7,5 / 25°C  oxydation
- EC = 1.1.1.37 : oxydoréductase, substrat = fonction alcool, enzyme a
NADP

 Inhibition

Un inhibiteur enzymatique est une molécule qui va diminuer la vitesse de réaction.

Il y en a deux sortes: compétitive, non compétitive.

 Inhibiteur compétitif:
On a un inhibiteur qui rentre en compétition avec le substrat, c’est à dire que le site catalytique qui reconnait
le substrat peut reconnaitre l’inhibiteur. Il est reconnu par le même site catalytique du substrat mais ne le modifie pas.
On va donc baisser l’affinité pour S. Le Km est modifié, l’affinité de l’enzyme pour son substrat est perturbée donc
diminue.
Globalement, le comportement du système enzymatique
va être comme ceci:
- Si j’ai un site enzymatique sans inhibiteur on va avoir
notre courbe normale. Si on a un inhibiteur, on va avoir
le même comportement michaélien par contre on a le -
1/km apparent qui est plus faible puisqu’on diminue
l’affinité. De ce fait, le 1/Vmax est inchangé car
globalement on perturbe que l’affinité.

Km apparent = Km (1 + ([I]/KI))

Ce qui veut dire qu’il se passe ceci: E+S / E+I  E-S / E-I  E+P

Si on veut bloquer un système enzymatique il y a plusieurs façons: on utilise un inhibiteur qui va diminuer de
façon forte ou partielle l’affinité enzymatique. On utilise ça en médecine, pharmacologie…
Ce sont des molécules très recherché en pharmacologie. Ex: statine, anticancéreux, glyphosate (inhibiteur de la
synthèse de tyrosine et phénylalanine: des AA essentiels).

Ex: Inhibiteur de la trypsine:

La trypsine est une enzyme qui coupe après arginine ou lysine. La
molécule possède le même motif que l’arginine, c’est-à-dire que
quand la trypsine reconnait l’arginine elle se fixe sur ce site-là, et
donc l’inhibiteur va se fixer sur ce site également et bloquer la
fixation de la trypsine pour l’arginine.
45
  Inhibiteur non compétitif:
C’est un cas beaucoup plus rare. Il n’entre pas en
compétition. Il se fixe sur l’enzyme mais pas sur le site catalytique.
Il se fixe sur l’enzyme mais ne modifie pas l’affinité du substrat,
l’inhibiteur se fixe sur un autre site et diminue la vitesse de
réaction. Km n’est pas modifié mais Vmax est modifié.
E+S+I  E-S-I  E+P
Il va perturber la vitesse de décomposition puisqu’il perturbe la
formation intermédiaire.
Globalement on a toujours la représentation conventionnelle, si on
diminue la Vmax, on augmente le -1/Vmax.

 Inhibition suicide (covalente) :

Un inhibiteur compétitif, suffisamment homologue pour pouvoir entrer et se fixer
dans le site catalytique de l’enzyme, va former une liaison covalente définitive, il ne va
pas pouvoir se libérer de l’enzyme après son action: il tue le site.
L’inhibiteur va tuer l’enzyme, son site catalytique ne peut plus prendre en charge aucun
substrat, elle devient inactive. Mais les enzymes sont tout le temps régénérer.
Ex :

- Aspirine
- Organophosphoré = neurotoxique : gaz sarin, ct
- PMSF : inhibiteur suicide des anti-protéases

4. L’allostérie

Les enzymes dites allostériques ont plusieurs caractéristiques: elles sont non michaélienne. C’est une enzyme qui a une
structure quaternaire (avec des sous-unités). Quand on va fixer le substrat on va avoir modification de la structure qui
va modifier l’affinité. Phénomène où l’activité dépend de l’environnement

Coopérativité: elles ont un substrat et un effecteur. Cet effecteur est un

autre produit qui va soit augmenter la vitesse en augmentant l’affinité de
l’enzyme pour son substrat (effecteur positif) soit diminuer la vitesse en
diminuant l’affinité pour le substrat (effecteur négatif).

On va avoir un comportement très différent:

46
On aura un changement d’attitude en fonction de la
concentration en substrat.
Globalement on peut dire que : V = (Vmax[S]n) / (Km + [S]n) avec
n coefficient de Hill

Si n = 1 : enzyme mickaélienne ; si n >1 ou <1 : coopérativité

positive ou négative.

Un substrat donne un produit grâce à une enzyme allostérique qui va permettre un système substrat/produit avec des
enzymes mickaélienne. C’est la cellule qui va agir sur la voie métabolique en influençant sur l’état de l’effecteur (positif
ou négatif). Une enzyme allostérique est toujours située en début de chaine métabolique (succession de réaction
métabolique).

Dans presque tous les cas, on aura une chaine A  B  C  D  E avec des
enzyme michaelienne entre chaque réaction pour que l’action puisse se faire.
Un substrat donne un produit grâce à une enzyme allostérique qui va permettre
un système substrat/produit avec des enzymes mickaélienne.

Si on veut réguler la chaine métabolique, il nous suffit de réguler E1 (la première enzyme qui est allostérique). Si E1 ne
fabrique pas B, le cycle ne se fait pas. (Les autres enzymes sont michaélienne). La régulation se fait en présence
d’effecteur positif ou négatif sur le dernier produit : c’est de l’auto-régulation, en fonction de ce que la cellule a besoin
elle active ou non le cycle avec la quantité d’effecteur qui active ou désactive le système.

 Senseurs métaboliques :
Ces effecteurs sont des signaux métaboliques : ils vont rendre compte de l’état physiologique de la cellule. Il y en a
trois :
- Soit on rend compte de l’état énergétique : ATP/ADP/AMP
- Soit on rend compte de l’état réducteur : on regarde si on a assez de NADH/NADPH (accepteur d’électron)
- Soit on rend compte de l’état de disponibilité en carbone

Le senseur va analyser si la cellule a ces trois composés en quantité suffisante et de ce fait va envoyer une réponse par
l’effecteur positif ou négatif.

Rmq : très souvent, le produit final d’une chaine est un effecteur négatif. Le produit final va permettre le rétro-contrôle
pour montrer que l’enzyme n’a plus besoin de fabriquer un composé que la cellule n’a plus besoin.

Ex : la synthèse des acides Gras :

L’acétyl-CoA va donner le manéline- Coa.

Petit à petit on va fabriquer du C16:0. Le précurseur ici est le citrate. Le citrate est un indicateur de présence d’énergie

47
dans la cellule. C’est la source de carbone. Si on veut contrôler la synthèse, il suffit de contrôler l’acétyl-Coa carboxylase
qui est allostérique et a deux effecteur (citrate : positif et palmitate : négatif)

Les lipides :
Introduction:
Les lipides sont des composés hydrophobes avec des motifs CxHy.
Ils ont plusieurs fonctions:
- Energie: source énergétique majeur = combustion d’acide gras.
- Structure: ex de phospholipides dans les membranes, les stérols, ct
- Signalisation: stéroïdes, acide arachidonique, ct
- Métabolisme: vitamines liposolubles

On retrouve deux grandes familles chez les lipides par rapport à la biosynthèse de l’acétyl CoA:
- En C2 (=C14, C16, C18, C20) qui donne les triglycérides, les phospholipides, des médiateurs (éicosanoïdes): ce
sont des carbones pairs.
- En C5 par l’isopenténylpyrophosphate (PIP) qui va donner les terpènes: stérols, stéroïdes, vitamines

Si je résume: on va avoir l’Acétyl-CoA, ses deux carbones vont donner des AG qui
vont avoir un nombre pair (C2). Les AG vont soit donner des triglycérides (du
stock énergétique), des phospholipides (fabriquent la membrane) ou de la
signalisation (processus physiologique, exemple de l’acide arachidonique).

L’acétyl-CoA peut donner également des AG dit « C5 ». Ces C5 vont donner des
stérols (notion de membrane, comme le cholestérol), des stéroïdes
(signalisation).

48
I. Les acides gras :

49
Structure :
Un AG est une chaine alkyle plus ou moins longue et paires avec ou sans
insaturations (C14, C16, C18, C20).
Ils sont en « zig-zag »: problème de structure, de conformation. Elle permet de
rendre la molécule beaucoup plus stable.
Les acides gras insaturés: chaine alkyle avec une ou plusieurs doubles liaisons
(polyinsaturée) avec une conformation naturelle CIS (Z).
Si on a des doubles liaisons, elles sont toujours non-conjuguées. On ne peut donc pas déplacer des électrons.

Conséquence: acide linoléique

Je numérote Δ à partir de COOH ou oméga en partant de la fin, par

rapport à la notion d’AG essentiel.

Ex: acide arachidonique

- Acide gras essentielles
- C20 : 4 Δ5, 8, 11, 14

1. Les Acides Gras essentiels :

Ce sont des acides gras apporté par l’alimentation (animaux).

Ce sont des précurseurs d’autres acides gras (acide
arachidonique).

Cette notion est liée aux désaturases qui permettent leur

biosynthèse. La désaturases ne fabriquent des structures que
sous la forme CIS.
Entre les animaux et les plantes, les désaturases ont des spécificités différentes:
- Les animaux désaturent vers la fonction COOH
- Les végétaux désaturent vers la fin de la chaine alkyle.

En fonction de la position de la double liaison ce n’est pas la même

désaturation.

Les AG essentiels sont physiquement importants, ils sont vitaux chez les mammifères. Le plus important est l’acide
arachidonique.

Acide arachidonique:
C’est un AG important, c’est un précurseur de médiateur:
- Prostaglandine
- Prostacycline
- Tromboxanes
- Leucotriènes

Cet AG arachidonique c’est un C20: 4 Δ5, 8, 11, 14.

Il est à la fois un mélange entre les processus de désaturation
végétal et animal (puisque les désaturases animales ne peuvent
pas désaturer au niveau végétal). Les doubles liaisons du côté
Cterminal sont d’origine végétale.

50
Biosynthèse de l’acide arachidonique : on part de l’alimentation avec un acide gras végétal (acide linoléique) : C18: 2
Δ 9, 12  on va rajouter des carbones, on a : C20 : 2 Δ11, 14 puis on aura
des désaturases animales C20 : 4 Δ5,8, 11,14

Ces composés sont des oméga 6. On retrouve les oméga 3 et 6 que

dans les végétaux!!!! (Si on en retrouve dans le poisson c’est parce
qu’ils se nourrissent de phytoplancton, pas parce qu’ils en produisent).

2. Propriétés chimiques:

L’auto-oxydation:
C’est lié au problème de rancissement: action de l’oxygène.
On a des AG en présence d’oxygène, ce qui va provoquer des
réarrangements, des molécules de types peroxyde, très actives, qui
conduisent à la dégradation.
C’est donc une dégradation radicalaire, qui implique des électrons libres, d’un acide gras pas de l’oxygène.
Il faut donc stabiliser les AG pour permettre une utilisation quotidienne.

On va utiliser des antioxydants: vont s’opposer au processus de dégradation radicalaire. Ce sont

globalement des composés qui fonctionnent comme des pièges à électron intermédiaire.
Les antioxydants peuvent être soit naturels (cas des vitamine C et E) ou des conservateurs utilisés
en agroalimentaire qui procède sur le principe des quinones.

L’iodation:
Ce sont des techniques utilisées en agroalimentaire.
Ça concerne la capacité de l’iode à s’additionner sur des doubles liaisons.
Globalement quand on a une double liaison sur un AG, on peut y additionner de l’iode pour donner un composé bi-iodé.
C’est utilisé pour déterminer le pourcentage de double liaison, d’insaturation dans les graisses.
À partir de là on définit l’indice d’iode qui est le gramme d’iode par 100g de graisse.

Hydrogénation:
C’est le fait que l’on va ajouter non pas de l’iode mais de l’hydrogène en présence d’un catalyseur. Ça permet de
rajouter l’hydrogène sur notre double liaison. On va obtenir des graisses saturées.

On doit au final avoir un indice d’iode = 0 pour savoir si la réaction est complète.
C’est lié à un certain nombre de composés: des graisses saturés (matière
agroalimentaire beaucoup plus stables, comme la margarine). Globalement on augmente la stabilité vis-à-vis de O2.
Donc les graisses saturées sont donc beaucoup plus stables.

51
 II. Graisses et cires:

Les graisses sont particulièrement des triglycérides: un AG + un glycérol. Il y a trois alcools. On a des
liaisons de types ester.

Les triglycérides sont neutres. Leur fonction c’est d’être une réserve énergétique d’acide gras.

On peut avoir l’action d’une lipase qui va libérer un glycérol + 3 acides gras pour obtenir de l’énergie.

Pour les cires, ce sont des esters entre les AG et alcool longue chaine.
Ce sont souvent des isolants au sens très large (cire d’abeille, cuticule des végétaux…)

III. Phospho et glycolipides

On est dans une notion centrale en biologie: la notion de membrane. On fabrique un système hydrophobe qui sépare
deux milieux hydrophiles. Ce sont la base des membranes avec des têtes polaires et des queues apolaires.

Ces composés sont basés sur deux familles différentes qui font la même chose (évolution de
convergence) : glycérophospholipides et sphingolipides.
On a un squelette qui est un phosphoglycérol et un deuxième squelette qui est la sphingosine.
Ces deux squelettes différents vont contenir des molécules qui ont la même fonction. Les deux squelettes
vont conduire dans les deux cas à des lipides très amphiphiles.

1. Glycérophospholipides:

Squelette: glycérol qui porte un phosphate.

Là-dessus, il va y avoir couplage de deux acides gras sur les deux fonction alcool du haut.
Sur le phosphate on couple une partie X avec une fonction alcool. (X-OH)

Donc on les représente comme ceci: en haut on a les AG, en bas on a la partie phosphate O-X.
X= sérine, choline, éthanolamine et inositol.
52
On aura:

La chaine avec le phosphate et X est polaire, quel que soit le composé X

utilisé: c’est la tête polaire.
Pour la partie avec les AG, on a deux chaines très hydrophobes.

La sérine et l’inositol sont neutres, donc le phosphatidylserine et le

phosphatidylinositol sont chargés -1
La choline et l’éthanolamine sont chargés +1, donc le phosphatidylcholine et le phosphatidyléthanolamine sont neutres.

Remarque :
Liaison ester-carboxylique: au niveau des liaisons des AG.
Si je fais une hydrolyse je redonne la fonction ester + la fonction alcool.
Pour le phosphate on a aussi des liaisons ester mais elles sont phosphoriques.
Cela vient du fait que l’acide phosphorique (H3PO4) est un triacide: si je le
combine à une fonction alcool en perdant de l’eau, j’obtiens un mono-ester.
On peut faire d’autres liaisons ester en faisant des liaisons di-ester ou tri-ester.
Le phosphodiester permet de faire un pont phospodiester: ponter deux
fonctions alcool à travers un phosphate.

Si j’ai un glycérophospholipide: j’ai 4 liaisons ester. Globalement, tout ce qui

est processus hydrolytique en biologie, on aura accès à 4 phospholipases.
On aura la phospholipase A1, A2 (ce sont des lipases sur l’ester carboxylique),
la C et la D.

Ex : cascade de l’acide arachidonique : est associé sur un

phospholipide. Dans la membrane on a un premier AG, la tête
polaire, le tout dans une membrane.
- Cascade de l’acide arachidonique: réponses
physiologiques = phospholipase A2 qui va cliver l’acide
arachidonique pour la libérer, qui sera pris en charge pour
être transformer.
- Transduction de signaux: perception d’un message externe
avec une réponse cellulaire adaptée. Phospholipase C envoie des signaux
secondaires qui vont induire la réponse cellulaire.
53
 - Phospholipase C : induit du PIP2 puis du IP3 (messager)

Charge ?
La charge est globalement neutre au pH physiologique mais dépend aussi des charges des acides aminés qui composent
le glycérophospholipide s’il est localisé en intra ou en extracellulaire.
Le phosphate est toujours autour de PH=7 : on a une charge de -1.
La charge globale du phospholipide dépend du X, s’il ramène une charge ou non.
La sérine et l’inositol sont neutres, donc le phosphatidylserine et le
phosphatidylinositol sont chargés -1
La choline et l’éthanolamine sont chargés +1, donc le phosphatidylcholine et le phosphatidyléthanolamine sont neutres.

2. Les sphingolipides.

Fonction principale:

Il en existe 12.
La tête polaire est soit la phosphatidylcholine soit un glucide (glycosphingolipides).
Les glycosphingolipides ont la particularité de pouvoir fixer les virus et les bactéries (présence de lectines qui fixent les
glucides).

Au niveau du NH2 on aura la chaine d’AG.

On retrouve un AG, constitutif de la sphingosine, un deuxième AG
greffé et la tête polaire (au niveau du CH2OH).
Pour la tête polaire on a deux cas: soit la phosphoryl choline, soit un
glucide (séquence oligo mono saccharide). Avec un glucide associé à
une partie lipide on forcément un glycolipide, retrouvé en membrane.
Ils sont impliqués dans les processus de reconnaissance en surface.

54
 IV. Les terpènes
Les terpènes possèdent une base a 5 carbones = isopenténypirophosphate (IPP)

Plusieurs types :

- 2X5 : monoterpène C10

- 4x5 : diterpènes C20
- 6x5 : triterpènes C30
- 8x4 : tétraterpènes C40

1. Les monoterpènes C10

Petits composés peu polaires et très volatils. Ils constituent les huiles essentielles chez les plantes. Liés
aux processus d’attractant ou répulsifs.

Fonction : majoritairement utilisé comme attractant pour attirer les insectes polinisateurs.

2. Les triterpènes C30

Dérivent du squalène qui donne des stérols (composés qui sont dans la membrane) qui eux vont donner
par oxydation, au niveau du métabolisme, des stéroïdes (hormones, signaux biologiques).
Les stérols sont notion de fluidité membranaire.

Chez les mammifères : le cholestérol

55
Va donner par modification un certain nombre d’hormones avec oxydation des cycles.

3. Les tretraterpènes C40

Utiliser lors de la photosynthèse chez les plantes (carotènes, ct).

V. Les vitamines A, D, E, K et coenzyme Q

Les vitamines proviennent d’une modification des terpènes.

Différentes modifications et implication des vitamines :

- Vitamine A : vient de l’oxydation des carotènes. Elle est liée au processus de la vision.
- Vitamine D : vient de la photolyse du cholestérol ( ouverture des stérols provoqué par des photons) .
Impliquer dans la fixation du calcium.
- Vitamine K : vient de la – carboxylation  oxydoréduction
- Coenzyme Q : impliquer dans la respiration cellulaire (transport d’électron dans la chaine
respiratoire)
- Vitamine E : impliquer dans la capture d’électron, c’est un antioxydant naturel (fontionnent de la
même façon que les antioxydants utilisés dans l’agro-alimentaire)

VI. Les membranes

Permet la compartimentation & de créer des frontières
(notion claire) : on contrôle les entrée et sorties. Elle permet
une séparatin physique.
1. Structure
On a deux éléments différents :

56
 - Lipides amphiphiles : formation spontanée d’une bicouche lipidique (membrane) en présence d’eau
avec un feuillet interne et un feuillet externe.
 Lipides : glycérophospholipides et sphingolipides.
Formation d’un double feuillet. Noyau hydrophobe + tête polaire.

- Composés supplémentaire insérés : on a insertion de différents composés dans la bicouche lipidique.

Composés = stérols (fluidité), protéines associées : (Récepteur, ancrage, ct).

Remarque :
- Notion fondamentale : adaptation dans les organismes extrèmophiles : les membranes ne sont pas
constituées par des phospholipides mais de lipides avec deux tête polaires (résiste à la chaleur).

Les protéines membranaires

Ce sont des protéines co-purifiées avec les membranes.

On retrouve 3 familles différentes :

- Protéines transmembranaires
- Protéines périphériques : associer à des protéines transmembranaires
- Protéines ancrées : protéines de surface avec une ancre lipidique dans la membrane.

2. Notion de mosaïque fluide

57
 Une membrane autorise la diffusion latérale des lipides mais la diffusion entre deux feuillets est
impossible  SAUF s’il y a une action contrôlé par des flipases pour que cette diffusion soit possible
(système de flip-flop).

3. Composition et organisation
Composition

La composition d’une membrane est extrêmement variable, les seuls éléments indispensables sont les lipides
amphiphiles et les composés insérés.

Ex :

- Neurone : 25% protéines, 75% lipides (45% sphingolipides, 45% glycérophospholipides, 10%
cholestérol)
- Mitochondrie : 75% protéines, 25% lipides (100% glycérophospholipides)

Organisation

Les membranes sont asymétriques :

- Les deux feuillets d’une même membrane vont avoir des compositions différentes.
- Orientation particulière et unique des protéines et des glycolipides : lier a la voie de biosynthèse =
détermine le lieu d’action de la molécule.
L’orientation définis le lieu d’action.
Ex :

58
Les glucides
Introduction

Les glucides sont des carbohydrates : Cn(H20) m.

On retrouve deux familles :

- Monomères = monosaccharide
- Polymères : liaisons glycosidiques entre monomères = polysaccharide et oligosaccharide.

Différentes fonctions :

- Structure : composition des parois  cellulose

- Energie : glucose (production d’énergie par la glycolyse).
Stockage de glucose (amidon et glycogène)
- Communication : cellule – cellule ou cellule – protéine.

59
 I) Structure des monosaccharides

1. Généralités

Un monosaccharide possède une fonction carboxyle et une fonction

alcool, il y a nécessité de ses fonctions pour permettre une cyclisation en
milieu aqueux.

Principaux squelettes :

Certains monosaccharides sont formés grâce à un aldose  principaux

monsaccharides . Isomères :

- n = 3 : pentose
- n = 4 : hexose

60
Certains sont formés grâce à une cétose. Isomère : n = 3

Filiation

On retrouve les séries D et L où deux familles portent le même nom :

- hexoses : 16 = 8L + 8D

Remarque :

- Alanine : la série D et L ont les mêmes

propriétés physico-chimiques mais ne diffère
que par la géométrie spatiale.

C’est la position de l’avant dernier carbone qui va donner la série de la molécule.

Pour le monosaccharide : Ex : glucose (retenir le glucose)

Le carbone 5 du glucose donne sa série, il est de la série D.

Le L-glucose sera l’image miroir du D-glucose

Nomenclature

Les monosaccharides sont écrits sous forme de code à 3 lettres :

- Galactose : Gal
- Mannose : Man
- Glucose : Glc

Les 3 monosaccharides majeurs sont :

- Glucose série L ou D
- Galactose : épimère du glucose en C4
- Mannose : épimère du glucose en C2

61
 Les cétoses : le fructose

Isomère du carbone 1 en carbone 2 du D-glucose. Dans la glycolyse, l’isomèrase permet de transformer

le glucose 6P en fructose 6P.

2. Les dérivés

Plusieurs sortes de dérivation de monosaccharide :

- Les désoxy : on enlève un oxygène

- Les sucres aminés : on substitut la fonction alcool par une fonction NH2 généralement acétyler (NH – C=O –
CH3).
- Acide uronique : oxydation de la fonction CH2 – OH en fonction acide COOH

Nomenclature : on définit la série, le squelette et la dérivation.

62
Exemple :

- 6 – désoxy – L – galactose

3. Monosaccarides complexes

Rôles centrales dans la biologie animale.

Ex : acides sialique

II) Cyclisation

Formation d’un cycle par les fonctions alcool et carboxyle en milieu

aqueux. On aura des cycles à 6 ou à 5 carbones.

Ex :

- D – glucose

- Pyranose : simplification de la représentation par la projection

d’Haworth.

63
  Position des OH :

Technique de la double permutation : exemple du D – glucose.

On préfigure la forme linéaire sur la forme cyclique.

 Le carbone 1 :

C’est le carbone qui porte la fonction carboxyle, il porte le nom de carbone anomérique ; après la cyclisation il
portera deux fonctions alcools.

Lors de la cyclisation on forme un nouveau carbone asymétrique (C1) = 2 isomères supplémentaires alpha et beta.

Attribution des alpha et beta :

- Alpha : le OH en 1 et le OH de la série (D ou L) sont du

même côté en Fisher
- Beta : le OH en 1 et le OH de la série sont du côté opposé
en Fisher

 Mutarotation

On a un monosaccharide en équilibre entre toutes ses formes

cycliques et ouvertes.

64
Principe : si on prend du D-glucose et qu’on le met en solution, il va se trouver dans un système en équilibre.

III) Propriétés chimiques

 Absorbance

Pas d’absorbance dans l’UV car pas de groupement aromatique.

 Mutarotation

On retrouve majoritairement les glucides sous forme cyclique mais peut être retrouvé sous forme ouverte.

 Fonction

On aura deux fonctions suivant l’état de structure du glucide :

- OH
- Carbonyle : C=O
-
 Fonction carbonyle

Permet une action d’oxydo-réduction du carbone.

Suivant la disponibilité du Carbone on aura soit des réactions d’oxydation, soit des réactions de réductions.

 Fonction alcool

Ester

Possibilité de former des liaisons ester avec différents acides.

65
Ether

Possibilité de réaction de méthylation : formation d’une liaison ester H3C – O – CH3

Ce sont des liaisons extrêmement stable en milieu acide.

Application = perméthylation : on va transformer toute les liaisons alcool en liaison ester.

 Formation des glycosides

A la base des liaisons entre deux monosaccharides. On a une dérivation du carbone anomérique.

Bilan :

66
Remarque : je mets en équilibre deux espèces :

- Un monosaccharide qui est possiblement en forme ouverte (mutarotation) fait apparaitre la fonction aldéhyde
pour des réactions d’oxydo-réduction.
Ce sont des composés réducteurs.
- Un glycoside avec la fonction alcool non libre (forme cyclique), il n’y a pas de possibilité de mutarotation. Ce
sont des composés non réducteurs.

IV) Les oligosaccharides

1. La liaison glycosidique

A partir de deux monomères, on forme un dimère avec des liaisons glycosides.

La liaison former peut être alpha ou beta et les cycles furanose ou pyranose.

Ex :

- 2 D-glc : avec deux D – Glucose on peut former 64 disaccharide.

-
 D – Glc pyranose alpha 1  2 D – Glc
 D – Glc pyranose béta 1  2 D – Glc

67
 2. Les oligosaccharides

Oligosaccharide non réducteur

Tous les carbones anomérique sont liés.

Ex :

- Saccharose : liaisons D – Glc alpha 1 (anomérique)  2 (anomérique) D – Fructose

Oligosaccharide réducteur

Quelques soit la taille du glucide, il y a toujours une extrémité réductrice (OH libre).

Ex :

- Lactose : D – Galactose pyranose beta 1  4 D – Glucose

On a une liaison glycoside donc il y a impossibilité de mutarotation.

Le groupement ~OH libre en bout de chaine du glucose est capable de
mutarotation donc sont réducteur.

Cas général :

Le dernier monosaccharide (D) porte l’extrémité réductrice (OH) alors que le premier monosaccharide (A) est une
extrémité non réductrice.

Les ramifications : liaison possible sur les OH du cycle avec d’autres molécules.

68
 3. Les glyco-conjugués

Molécule composée d’un glucide et d’un non glucide.

Ex : glycoprotéines

- N – glycoprotéine : glucide associé, via un atome d’azote d’une asparagine

- O – glycoprotéine : glucide associé via un atome d’oxygène d’une sérine ou d’une thréonine

Ex : Les nucléosides :

- Liaison entre un ribose et une base azotée par une liaison N – glycosidique

V) Analyse

1. Structure d’un oligo ou polysaccharide

Connaitre : Extrémité non réductrice, point de branchement, liaison alpha ou béta avec quel carbone, forme pyranose
ou furanose, extrémité réductrice (OH)

2. Approches

Techniques utilisées :

- Spectrométrie de masse : Permet de connaitre la taille et la séquence.

- RMN (résonnance magnétique nucléaire)
- Technique de perméthylation : permet de connaitre la séquence

Technique de perméthylation

Principe : déterminer le lactose

- Alpha ou béta (avec des enzymes)

- Liaison 1  X ?
- Sucre réducteur, ct)

D – galactose beta 1  4 D – glucose

69
La perméthylation se fait sur les fonctions OH des carbones 2.

Etapes :

1) Hydrolyse : D – galactose + D – glucose

2) Réduction (NaBH4 = H-) + hydrolyse : D – galactose + D – glucitol
3) Perméthylation : traitement d’une base + iodure de méthane = toute les fonctions alcool libre sont transformer
en fonction O – CH3
4) Hydrolyse des liaisons glycosidique : on obtient du tétra – O – méthyl – 2, 3, 4, 6 D – galactose et du tri – O –
méthyl – 2, 3, 6 D – glucose
La fonction OH libre en carbone 4 du tri – O – méthyl nous donne la position de la liaison en 1  4.
La fonction OH libre du carbone 5 du tétra – O – méthyl nous donne la forme pyranose.

Ex : oligosaccharide

- Hydrolyse : 3 Glucose + 1 Mannose + 1 galactose

- Réduction + hydrolyse : 3 Glucose + 1 Mannose + 1 Galactitol

 Penta saccharide avec un galactose réducteur

- Perméthylation :
 2 tétra O – méthyl 2, 3, 4, 6 D – Glucose = glucose terminal et forme pyranose
 1 tri O – méthyl 2, 3, 6 D – Glucose = liaison 4 Glucose 1 
 1 di-tri O – méthyl 2, 6, D – Mannose = D – Mannose lié en 1  et 4  (point de branchement)
 1 tri O – méthyl 2, 3, 6 D – Galactose = Galactose réducteur avec une liaison en 4
- Résultat :

70