Université Privée des Sciences, Arts et Techniques de Sfax

Faculté Privée des Sciences Paramédicales

Cours

Biochimie structurale

1ère Année Sciences Infirmières

1ère Année Anesthésie
1ère Physiothérapie

Chapitre I : Introduction : qu’est-ce que la biochimie ?

Chapitre II : les biomolécules / Section I : L’eau

Section II : Les lipides

Enseignant : Dr. ELHAYEK DHOUIB Donia

 Biochimie Structurale

Chapitre I : Introduction : qu’est-ce que la biochimie ?

La biochimie est l'étude des réactions chimiques qui se déroulent au sein des êtres

vivants, et notamment dans les cellules.

C'est d'une part l'étude des molécules qui constituent les êtres vivants, plus
précisément l'étude de leur structure ou conformation. C'est d'autre part, l'étude de la
transformation de ces molécules, c'est-à-dire l'étude des réactions chimiques au sein
de la cellule et des organismes, notamment :

- Les réactions de dégradation ou catabolisme des aliments qui fournissent l'énergie

nécessaire aux organismes.

- Les réactions de biosynthèse ou anabolisme des composés dont les cellules ont
besoin.

L'objectif principal de la biochimie de nos jours est de comprendre, en intégrant les

données obtenues au niveau moléculaire, comment les biomolécules et leurs
interactions génèrent les structures et les processus biologiques observés dans les
cellules, ouvrant la voie à la compréhension des organismes dans leur ensemble.

La biochimie s'intéresse en particulier aux structures, aux fonctions et aux interactions

des macromolécules biologiques telles que les glucides, les lipides, les protéines et
les acides nucléiques, qui constituent les structures cellulaires et réalisent de
nombreuses fonctions biologiques.

Les résultats de la biochimie trouvent des applications dans de nombreux domaines

tels que la médecine, la diététique ou encore l'agriculture ; en médecine, les
biochimistes étudient les causes des maladies et les traitements susceptibles de les
soigner ; les nutritionnistes utilisent les résultats de la biochimie pour concevoir
des régimes alimentaires sains tandis que la compréhension des mécanismes
biochimiques permet de comprendre les effets des carences alimentaires ; appliquée à
l'agronomie, la biochimie permet de concevoir des engrais adaptés aux différents
types de cultures et de sols ainsi que d'optimiser le rendement des cultures, le
stockage des récoltes et l'élimination des parasites.

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Une donnée importante caractérisant les molécules biologiques est le petit nombre
d'éléments chimiques qui entrent dans leur composition, le nombre total étant de 27.

On remarque qu'à eux seuls, C, H, O, et N représentent environ 96% de la

composition de la matière vivante. Ces 4 principaux éléments ont été sélectionnés par
la nature pour leurs propriétés particulières. Ils sont représentés de manière homogène
chez tous les organismes.

On remarque en premier lieu que ce sont des atomes de faible numéro atomique Z (6,
1, 8 et 7). De ce fait, si l'on se réfère à leur configuration électronique, ce sont les plus
petits atomes qui, en établissant une ou plusieurs liaisons, sont capables d'acquérir une
couche externe complète, et sont stables :

- H a besoin d'1 électron pour compléter sa couche 1s

- O a besoin de 2 électrons pour compléter sa couche 2p
- N a besoin de 3 électrons pour compléter sa couche 2p
- C a besoin de 4 électrons pour compléter sa couche 2p

Le carbone est un élément tout à fait particulier en ce qui concerne les biomolécules,
dont on peut considérer qu'il en constitue le squelette :
-il peut en effet partager deux paires d'électrons avec un autre carbone et former une
double liaison -C=C-, comme dans le cas de l'éthylène (2H=C=C=H2)
-mais également avec l'oxygène : -C=O
-et avec l'azote : -C=NH
-la triple liaison entre un carbone et un autre élément est extrêmement peu rencontrée
dans le monde vivant.

Au passage, il faut noter qu'il existe une liberté complète de rotation autour de chaque
liaison simple. En conséquence, les biomolécules peuvent exister sous un grand
nombre de formes que l'on appelle : conformations. En revanche, quand la liaison
établie avec le carbone est double, on obtient des structures rigides.

On peut donc supposer que l'une des raisons de la sélection du carbone par la nature,
résulte de cette remarquable possibilité qu'a le carbone de créer des squelettes
moléculaires dont la souplesse ou au contraire la rigidité peut être modulée par
l'utilisation de liaisons simples, doubles, voire exceptionnellement triples.

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Enfin, lorsque le carbone établit 4 liaisons simples, l'ensemble adopte

une configuration tétraédrique. Si les 4 substituants sont des atomes ou des groupes
fonctionnels de nature différente, le carbone est dit asymétrique ou chiral. Il peut
exister sous deux formes isomères l'une de l'autre, ce sont des énantiomères.

Une caractéristique remarquable de ces énantiomères est qu'ils ont des propriétés
chimiques et physiques (excepté le pouvoir rotatoire) absolument identiques. En
revanche, leurs propriétés biologiques peuvent être totalement différentes, à tel point
qu'une forme énantiomérique peut s'avérer létale pour un organisme, alors que l'autre
forme entre dans la constitution de toutes les biomolécules d'un groupe.

Un exemple est le goût sucré de certaines molécules et le goût amer de l'autre forme
énantiomérique de ces mêmes molécules.

Ainsi on voit l'énorme possibilité qu'ont ces 4 éléments de donner naissance à de très
nombreux types de fonctions et de liaisons.

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Chapitre II : Biochimie structurale : les biomolécules

Les quatre classes principales de molécules biochimiques, également

appelées biomolécules, sont les glucides, les lipides, les protéines et les acides
nucléiques. Plusieurs de ces biomolécules sont susceptibles de former des complexes
moléculaires de grande taille qui assurent souvent des fonctions biochimiques
indispensables à la vie de la cellule.

Section I : L’eau

En raison de son ubiquité, l'eau a été longtemps considérée comme un liquide inerte
emplissant simplement les espaces intermoléculaires dans les organismes vivants. Elle
représente environ 65% de la masse des êtres vivants. Tous les constituants de la
cellule "baignent" dans un environnement aqueux. C'est dans ce milieu que se font les
échanges entre les cellules, qu'ont lieu les réactions du métabolisme, etc.. Les
propriétés de l'eau telles que son pouvoir de solvatation, d'ionisation jouent un rôle
primordial dans la détermination de la structure et des propriétés biologiques des
molécules des constituants cellulaires (protéines, acides nucléiques, lipides, etc..).

I-Structure de l'eau :

1-Structure électronique et géométrie de la molécule :

Les structures électroniques des atomes entrant dans la composition de l'eau sont :

- Hydrogène : H - 1 électron

- Oxygène : O - 8 électrons dont deux électrons célibataires (électrons pouvant

participer à une liaison covalente).

2-Polarité de la liaison O-H : dipôle

L'oxygène a une électronégativité de 3,5 alors que l'hydrogène a une électronégativité

de 2,1 (échelle d'électronégativité de Pauling). Cette différence d'électronégativité va
faire apparaître une polarisation permanente de la liaison O-H : charge partielle

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permanente négative sur l'atome le plus électronégatif O, et une charge partielle

positive sur l'atome le moins électronégatif H.

Cette distribution des charges électriques constitue un dipôle

II-La molécule d'eau établit des liaisons hydrogène :

Une conséquence capitale de la polarité de la molécule d'eau est l'attraction qu'elle

exerce sur les molécules d'eau avoisinantes : l'atome d'hydrogène d'une molécule subit
l'attraction de l'atome d'oxygène d'une autre molécule. Il s'établit une liaison
hydrogène.

Dans une liaison hydrogène, l'atome d'hydrogène reste lié par covalence à son atome
d'oxygène et une distance presque double le sépare de l'atome d'oxygène accepteur.
Les liaisons hydrogène sont des liaisons de faible énergie.

La stabilité de la liaison hydrogène dépend de sa géométrie : elle sera d'autant plus

stable que l'oxygène et l'hydrogène de la liaison O-H et l'oxygène accepteur seront
colinéaires.

En novembre 2013, les premiers clichés de liaison hydrogène au sein d'une

macromolécule biologique ont été obtenus.

L'eau peut former jusqu'à 4 liaisons hydrogène avec ses voisines :

-l'atome d'oxygène d'une molécule accepte 2 hydrogènes et chaque groupe O-H sert
de donneur d'hydrogène.

Conséquence sur la structure de l'eau pure :

- L'état dans lequel chaque molécule d'eau n'a aucune liaison hydrogène est l'état
vapeur
- L'état dans lequel chaque molécule d'eau a quatre liaisons hydrogène est la structure
des cristaux de glace.
- La structure liquide est une structure où environ 15% des molécules forment quatre
liaisons intermoléculaires à une température de 37°C (température du corps humain).

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Celle-ci est un réseau tridimensionnel de molécules fortement associées. Mais ce

réseau n'est pas figé, le temps de demi-vie d'une liaison hydrogène est de l'ordre de
10-10 s.

III-Les liaisons hydrogène confèrent à l'eau des propriétés

extraordinaires :

- Chaleur spécifique : la chaleur représente le transfert d'énergie qui s'établit quand

deux corps de températures différentes sont mis en contact. L'eau a une chaleur tout
particulièrement élevée. La conséquence de cette propriété majeure de l'eau est
de stabiliser la température. Ainsi les climats varient moins lorsque l'eau absorbe ou
au contraire dégage une certaine quantité de chaleur. En se réchauffant de quelques
degrés seulement les océans emmagasinent une quantité colossale de chaleur, et
inversement.

Au niveau de la cellule, il en va de même et cela est d'autant plus important que la

plupart des réactions biochimiques dépendent de la température. La raison de ce
phénomène, c’est qu’il y a absorption de chaleur quand les liaisons hydrogène se
rompent et, inversement, il y a un dégagement de chaleur lorsqu'elles se forment.

- Chaleur de vaporisation : la chaleur de vaporisation est la quantité de chaleur

que 1 gramme de liquide doit absorber, à température constante, pour passer de l'état
liquide à l'état gazeux. Là encore, l'eau a une chaleur de vaporisation très élevée, en
comparaison des autres liquides.

Comme dans le cas de la chaleur spécifique, l'énergie nécessaire à rompre les liaisons
hydrogène pour que les molécules d'eau se dissocient et puissent changer d'état
explique les fortes valeurs observées.

Un aspect biologique important de cette propriété de l'eau est que l'un des moyens les
plus efficaces dont dispose le corps humain pour abaisser sa température est
la transpiration au cours de laquelle une grande quantité d'énergie est absorbée pour
évaporer l'eau.

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- L'eau se dilate quand elle gèle : la densité de la plupart des substances

augmente au cours de leur congélation. Le refroidissement de l'eau augmente aussi sa
densité mais étonnamment jusqu'à un maximum atteint pour une température de 4°C.
Ensuite, l'eau se dilate en se refroidissant davantage.

La raison en est encore une fois liée aux liaisons hydrogène : en effet, la glace se
forme quand la vitesse des molécules d'eau n'est plus assez élevée pour rompre les
liaisons hydrogène. Il apparaît alors un réseau cristallin où toutes les molécules d'eau
sont liées à 4 molécules voisines par liaisons hydrogène. Ces liaisons maintiennent les
molécules éloignées les unes des autres, diminuant ainsi la masse volumique.

L'eau est donc l'une des rares substances qui possède une masse volumique moindre à
l'état solide qu'à l'état liquide. La conséquence physique est que la glace flotte et en
hiver seule la surface des étendues liquides gèle. La couche de glace joue alors le rôle
d'un isolant thermique qui empêche le fond des océans et des rivières de geler,
préservant ainsi des conditions propices à la vie.

- Pouvoir de cohésion, adhérence et tension superficielle : les liaisons

hydrogène dans l'eau ont une durée très courte. Mais en revanche, elles ne cessent de
se former constamment et donc les liaisons hydrogène représentent une force qui
maintient ensemble les molécules d'eau et qui lui confère une particularité que n'ont
que peu d'autres solvants : la cohésion.

Chez les plantes : la cohésion permet à l'eau de résister à la gravitation et ainsi de se

déplacer dans les tiges des plantes. Les molécules d'eau en s'évaporant des feuilles
vont être remplacées par celles situées en dessous qu'elles attirent. Cette traction se
transmet jusqu'à la racine. L'attraction mutuelle entre des molécules de substances
différentes s'appelle l'adhérence. Ainsi l'adhérence entre l'eau et les parois des tissus
végétaux permet également de contrer la gravitation.

IV-Liaison ionique :

L'eau est dite liquide ionisant : elle favorise l'ionisation de certaines molécules par
rupture de liaison covalente entre des atomes. L'acide chlorhydrique (HCl) est une
molécule avec une liaison covalente très polarisée.

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Si on dissout HCl dans l'eau, les atomes se séparent et chacun se retrouve sous la
forme d'un ion : HCl ---------→H+ + Cl-
Les interactions électrostatiques entre les charges des dipôles de chaque molécule
augmentent la polarisation de la molécule HCl jusqu'à l'ionisation :
- O (δ-) de l'eau et H (δ+) de HCl
- Cl (δ-) de HCl et H (δ+) d'une autre molécule d'eau

Cette ionisation aboutit à :

- un ion chlorure solvaté, entouré de molécules d'eau (liaisons hydrogène)
- un ion hydroxonium H3O+ (voir complément de cours)
Lorsqu'on dissout dans l'eau du chlorure de sodium, on trouve uniquement des ions
Na+ et Cl-, chacun étant hydraté (entouré de 4 à 5 molécules d'eau dans une
conformation similaire à une configuration tétraédrique).
On pourrait toutefois s'attendre à que des ions Na+ et Cl- s'attirent par interaction
électrostatique et reforment une liaison covalente,
La force d'attraction sera d'autant plus faible que la constante diélectrique du milieu
sera grande : l'eau a une constante diélectrique élevée, ce qui minimisera cette force et
donc les recombinaisons.
Ce sont les phénomènes de solvatation, de liaisons hydrogène et la valeur élevée de la
constante diélectrique de l'eau qui rendent compte de son très grand pouvoir de milieu
ionisant.

V-Comportements des molécules biologiques dans un

milieu aqueux :

- Molécules polaires ou hydrophiles : ces molécules sont essentiellement formées de

groupes polaires et sont donc complètement solubles dans l'eau.
- Molécules apolaires ou hydrophobes : ces molécules ne portent pas de groupes
polaires, elles sont souvent formées de chaînes aliphatiques ou cycles carbonés : elles
sont insolubles dans l'eau et solubles dans des solvants apolaires (acétone, toluène,
benzène).
- Molécules amphipolaires ou amphiphiles : ce sont des molécules biologiques
formées de groupes polaires et de structures apolaires.
Elles pourront être solubles lorsque leur structure tertiaire leur permettra de présenter
à l'extérieur des groupes polaires.

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Section II : Les lipides

I-Définition :

Les lipides sont des substances insolubles en milieu aqueux, mais solubles dans les
solvants organiques (’acétone, l’éther de pétrole, benzène, chloroforme, éthanol
chaud, etc). Ce sont les huiles et les graisses.

Ils sont caractérisés par la présence dans leur molécule d’au moins un acide gras ou
une chaîne grasse.

II-Rôle biologique :

Fonctions biologiques cosmopolites, substances constitutives de matrice

membranaire, cofacteurs enzymatiques, transporteurs d’électrons, pigments
absorbants la lumière, points d’ancrage hydrophobe, agents émulsionnants, hormones
et messagers intracellulaires et substances de réserves énergétiques (triglycérides)

III-Classification des lipides :

1- Acides gras (AG) :

En petite quantité à l’état libre, mais en grande quantité engagés dans des liaisons
ester ou amide.

Un AG comporte : un groupement COOH et un groupement R de nature aliphatique.

La formule générale est R-COOH.

La classification des AG repose sur deux critères principaux :

- Le nombre d’atome de carbone,
- La présence ou l’absence des doubles liaisons.

1-1-AG saturés :

Une chaîne aliphatique constitue leur groupement R.

De formule : CH3-(CH2)n-COOH=CnH2nO2 .

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Ils ne comportent pas des doubles liaisons.

Les plus fréquentent sont l’acide palmitique (C16, n=14), l’acide stéarique (C18,
n=16). La chaîne carbonée forme un zigzag.

1-2-AG insaturés :

Le nombre et la localisation des doubles liaisons vont créer une nouvelle diversité. Il
en découle une nouvelle classification des acides gras.
Dites aussi désaturés, ils comportent au moins une double liaison C=C, c’est dire
qu’ils ne sont pas saturés en hydrogène.

- Acides gras monoinsaturés : ils ne comportent qu’une seule double liaison : acide
oléique.
Exemple : Acide oléique ou le C18 : 1 (n-9)
n = le nombre d’atome de carbone = 18
(n – 9) indique que la première double liaison rencontrée est située entre le Cn - 8 et le
Cn – 9 c’est à dire le C9 et le C10.

- Acides gras polyinsaturés : ils comportent plusieurs doubles liaisons : acide

linoléique.

1-3- AG spéciaux :

Certaines structures particulières peuvent se rencontrer :

- Ramification
- Nombre impair de carbones
- Les deux : ramification et nombre impair de carbone
- Triple liaison
- Cyclisation

1-4-Propriétés des acides gras :

1-4-1-Propriétés physiques :

Point de fusion : dépend de deux facteurs :

- nombre d’atome de carbone : le point de fusion augmente avec le nombre de
carbones.

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- le taux d’insaturation : le point de fusion diminue avec l’insaturation, pour un

nombre constant d’atomes de C.

Solubilité : dans les solvants organiques et est liée à la structure bipolaire.

L’hydrophobie de la chaîne hydrocarbonée apolaire l’emporte sur la faible
hydrophilie du groupement COOH.

1-4-2-Propriétés chimiques : saponification :

Un acide gras en présence d’une base forte, à chaud, donne un sel ou savon, et de
l’eau.
Le savon est soluble dans l’eau et présente des propriétés détergentes et un pouvoir
moussant. On peut doser les acides gras à l’aide d’une solution de potasse (KOH)
alcoolique, en présence de phénolphtaléine. Ceci permet d’évaluer la quantité globale
d’acides gras libres. On obtient un indice d’acide, correspondant aux mg de potasse
nécessaires pour neutraliser l’acidité libre contenue dans 1g de matière grasse.

2- Glycérolipides :

On distingue deux grands groupes : les glycérides et les phospholipides. Leur

structure est commune : un glycérol est estérifié par plusieurs acides gras.

2-1-Glycérides :

Nature : neutres, ils ne contiennent que C, H et O. Ce sont des esters d’acides gras et
de glycérols. Un, deux ou trois molécules d’AG estérifient le glycérol. (monoglycérides,
diglycérides, et triglycérides). Les triglycérides sont les constituants majeurs du tissu
adipeux des animaux et des huiles et graisses végétales.

Propriétés physiques : les glycérides se présentent soit à l’état liquide ou solide

onctueux au toucher. Leur point de fusion dépend de leur composition en AG. En
général la température de fusion s’élève avec le nombre des AG saturés et la longueur
de leurs chaînes.

Propriétés chimiques :
- réaction d’hydrolyse : hydrolyse enzymatique (lipases) → glycérol + acides gras ou
en milieu alcalin à chaud → glycérol + savons (sels d’acides gras)
- réactions liées à l’insaturation :

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Hydrogénation : ajout d’hydrogène à des acides insaturés : sous pression, avec un

catalyseur.
Addition d’halogènes : l’iode se fixe uniquement sur les doubles liaisons.

2-2-Phospholipides (Glycérophospholipides) :

Nature : ce sont des glycérolipides dont un des carbones du glycérol porte non un
acide gras mais un acide phosphorique, ce qui donne un acide phosphatidique.

Rôle : une molécule ayant deux charges opposées a des propriétés tensioactives, c’est-
à-dire qu’elle permet de stabiliser des émulsions. Ce sont les phospholipides de la
membrane plasmique. Alors que les acides gras constituent la partie hydrophobe,
l’acide phosphorique constitue la partie hydrophile.

3-Autres types de lipides :

3-1- Sphingolipides :

Les acides gras ne sont plus liés à une molécule de glycérol mais à une sphingosine.

3-2-Cérides :

Esters d’acide gars et d’alcool à chaîne non ramifiée ayant un nombre pair d’atomes
de carbone. Constituants majeurs de la cire d’abeilles.

3-3-Stérides et composés isoprèniques :

La structure isoprène se répète un certain nombre de fois, éventuellement en formant

des cycles. Stérides : esters d’acides gras et de stérol. Entrent dans le métabolisme des
stéroïdes (hormones).

IV-Méthodes d’analyse :

1-Extraction :

L’extraction des lipides se fait au moyen de solvants organiques, tels que le

chloroforme, le méthanol, etc. Après broyage du matériel biologique, on ajoute le
solvant et on agite, on laisse reposer. Les phases aqueuse et organique et on recueille
la phase organique.

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2-Séparation et dosage :

La séparation des lipides du solvant de départ ainsi qu’entre eux se fait par des
techniques chromatographiques. Le principe est que chaque molécule possède une
affinité propre pour une certaine molécule. Si on fait passer un mélange complexe sur
cette molécule, les constituants du mélange seront d’autant plus retenus que leur
affinité sera grande. En utilisant des jeux de colonnes et de solvants adaptés, on peut
donc séparer les différents éléments du mélange. Grâce à un système de détection
approprié, on peut ensuite quantifier chaque espèce moléculaire sortant de l’appareil.

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