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molécules bioactives
CHM-106
Danny Létourneau
TRIMESTRE AUTOMNE 2023
Semaine 1 Cours#1
Plan de la matière
• Semaine 1 (28 août au 1 sept) : Mardi 29 août : Plan de cours et présentation
Jeudi 31 août : Activités étudiantes (levée des cours de 8 h 30 à 22 h 00)
• Semaine 2 (4 au 8 septembre) : Cours #1 : Introduction et État physique de la matière.
• Semaine 3 (11 au 15 septembre) : Cours #2 : Équilibre acido-basique : tampon et pH
• Semaine 4 (18 au 22 septembre) : Cours #3 : Type de réactions et stœchiométrie
• Semaine 5 (25 au 29 septembre): Cours #4 : Cinétique chimique et équilibre
• Semaine 6 (2 au 6 octobre) : Cours #5 : Solubilité, électrolytes, force ionique et chélation
• Semaine 7 (9 au 13 octobre) : Cours #6 : Oxydo-réduction et électrochimie et révision
• Semaine 8 (16 au 20 octobre) : Semaine examen Intra
• Semaine 9 (23 au 27 octobre) : Relâche des activités pédagogiques
• Semaine 10 (30 oct. au 3 novembre) : Cours #7 : 1ere loi de la thermodynamique : l’énergie est conservée
• Semaine 11 (6 au 10 novembre) : Cours #8 2eme loi de la thermodynamique : L’entropie…
• Semaine 12 (13 au 17 novembre) : Cours #9 Énergie libre de Gibbs et équilibres
• Semaine 13 (20 au 24 novembre) : Cours #10 Thermodynamique des ions et transport d’électron
• Semaine 14 (27 nov. au 1 décembre) : Cours #11 La cinétique des processus biologiques
• Semaine 15 (4 au 8 décembre) : Cours #12 Coefficient de partition et spectroscopie et révision
• Semaine 16 (11 au 15 décembre) : Semaine examen Final
https://fr.wikipedia.org/wiki/Tableau_p%C3%A9riodique_des_%C3%A9l%C3%A9ments
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Révision (suite)
• Interactions liantes et non liantes
• Les liaisons ioniques résultent de l'attraction
électrostatique entre les cations et les anions et
donnent lieu à des réseaux généralement durs et
cassants appelés "solides ioniques".
• Les liaisons covalentes sont dues au partage d'électrons
entre atomes et compose la majorité de molécules,
telles que H2O, CH3OH, lipides ou des protéines.
• Les liaisons métalliques apparaissent lorsque les
atomes sont capables de mettre en commun un ou
plusieurs de leurs électrons dans un réseau commun,
donnant naissance à des métaux avec leur éclat
caractéristique et conductivité électrique.
• Les liaisons hydrogènes (ponts) résultent de
l’interaction dipôle-dipôle entre molécules d’hydrogène
et atomes électronégatifs.
https://www.chemistrylearner.com/chemical-bonds
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Révision (suite)
• La liaison covalente est de la plus importance en biologie car elle est
responsable pour la stabilité du squelette des molécules organiques, telles
que l'ADN et les protéines.
• La liaison hydrogène, A–H···B, où A et B sont l'un des atomes N, O ou F.
sont plus faible que la liaison covalente,
• rôle majeur dans la détermination de la forme d’une macromolécule. De plus,
comme il est assez faible, il permet les changements de conformation importante
pour la fonction (ex. enzyme, ADN)
• Les interactions de van der Waals, de nature non électronique, sont des
attractions faibles de courte portée entre groupes d'atomes dans
différentes régions d'une macromolécule ou entre différentes molécules.
• La principale différence entre les trois états de la matière est la liberté des particules de se déplacer les unes contre les
autres.
• Si la séparation moyenne des particules est grand, il n'y a pratiquement aucune restriction sur leur mouvement, et la substance est
un gaz.
• Si les particules interagissent si fortement les unes avec les autres qu'elles sont verrouillées ensemble rigidement, alors la substance
est un solide.
• Si les particules ont une mobilité intermédiaire entre ces extrêmes, alors la substance est un liquide.
• La fusion d'un solide et la vaporisation d'un liquide en termes de augmentation de degré de liberté des particules à
mesure qu'un échantillon est chauffé et que les particules sont capables de se déplacer plus librement.
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État physique de la matière
• Par état physique (ou simplement "état"), on entend une • Équation d’état
condition spécifique d'un échantillon de matière qui est décrit p = f(n,V,T)
en termes de sa forme physique (gaz, liquide ou solide) et du
volume, la pression, la température et la quantité de • Équation des gaz parfaits
substance présente. (ideal gaz)
• Ex. 1 kg d'hydrogène gazeux (H2) dans un volume de 10 dm3 à une
pression (P) et à une température (T) sont dans un état physique
pV = nRT
particulier. La même masse de gaz dans un récipient de volume 5
dm3 sera dans un état physique différent.
• Deux échantillons d'une substance donnée sont dans le même état
physique s'ils sont dans le même état de matière (c'est-à-dire qu'ils
sont tous deux présents sous forme de gaz, de liquide ou de solide)
et s'ils ont la même masse (m), volume (V), pression (P) et
température (T).
• Une propriété qui dépend de la taille (« étendue ») de l'échantillon est appelée une propriété extensive.
• Ex. la masse d'un échantillon de 10 mg d'une protéine est la somme des masses des 10 portions, chacun de 1 mg. Tandis que la valeur
d’une propriété intensive (ex.T) est la même pour chacun des sous-systèmes et pour le système global.
• La masse, le volume et la quantité de substance sont tous des propriétés extensives. La température et la
pression sont des propriétés intensives.
• La masse molaire est intensive parce que la dépendance à la taille de m et n s'annule dans le rapport m/n.
• Toutes les propriétés molaires, Xm = X/n, où X est une propriété extensive, sont intensives pour la même
raison. La masse volumique, r = m/V, est également intensive.
• où nous avons utilisé des unités plus pratiques pour la constante R. Notez comment toutes les unités
(sauf kPa dans ce cas) s'annulent comme des nombres ordinaires.
• La loi des gaz parfaits peut être utilisée pour calculer le volume molaire d'un gaz parfait à
n’importe quelle température et pression.
• Il montre également que, pour une température et pression données, à condition qu'ils
se comportent parfaitement, tous les gaz ont le même volume molaire.
• L'énergie potentielle, Ep (et communément appelé V), d'un corps est l'énergie qu'il possède
en raison de sa position. La dépendance précise de la position dépend du type de force
agissant sur le corps.
• Un exemple important d'énergie potentielle est l'interaction coulombienne entre deux charges électriques Q1
et Q2 séparés par une distance r :
• (A+,B-) ⇌ A+, B-
• où KD est la constante de dissociation ionique.
mol/kg
Molale mole par unité de masse (ou de volume) de solvant mol/L
ou mol/L
AH ⇌ A- + H+ donc p=2
Cosm= C•(1+a(p-1)
Na3PO4
Glucose
Urée
Total
Na3PO4
Glucose
Urée
Total