1-Molécules de La Vie - DIAPORAMA

UE de BIOLOGIE FONDAMENTALE
1. LES MOLÉCULES DE LA VIE
Eric BATTAGLIA
eric.battaglia@univ-lorraine.fr
Présentation succincte du cours
• Cours enregistrés et en présentiel
• Constituants moléculaires de la cellule animale
(humaine)
• Aborder les notions fondamentales utiles à la
compréhension de la physiologie humaine et des
pathologies
• Liens avec les autres interventions de biologie
fondamentale & avec les autres UE
• Fil conducteur : perturbations des molécules de la vie
(nature, concentrations, localisation pathologies
• Illustration avec des exemples d’intérêt proche de votre
future activité 2
1-1. Introduction : organisation du

monde vivant
3
Niveau d’organisation du monde vivant :
du plus simple au plus complexe
• Atomes Ex : H • Tissus Ex :
(hydrogène) muscles
• Molécules Ex : H20 • Organes Ex :
(O=atome d’oxygène)
• Organites Ex : coeur
mitochondries (production • Systèmes Ex :
d’énergie)
système digestif
• Cellules Ex : cellules
musculaires (fibres • Organismes Ex :
musculaires ou myocytes)
humains
4
UE de BIOLOGIE FONDAMENTALE – cours de E. Battaglia • >Organismes
La cellule humaine (vue en coupe)
et ses organites
• Représentation très
imagée!
• Cellule : unité de base du
monde vivant (voir le
cours « la cellule :
organisation, vie et
mort » – T. Oster) Éboueurs
-lysosomes-
• Organites : spécialisés
dans une fonction
• Fonctionnement possible
par le biais des Barrière sécurisée
-membrane plasmique-
molécules de la vie
constituant la cellule 5
UE de BIOLOGIE FONDAMENTALE – cours de E. Battaglia
Les molécules de la vie,
constituants d’une cellule de
l’organisme :
• Eau et solutés. Les ions
• Acides aminés, peptides et protéines
• Glucides
• Lipides
• Acides nucléiques : voir « biologie moléculaire :
de l’ADN aux protéines » - T. Oster

1-2. La chimie de la cellule
1-2-1. Eau et solutés. Les ions
7
• Toutes les cellules contiennent des ions,
des molécules organiques de petites
tailles, des macromolécules
Constituants cellulaires Exemples
ions inorganiques Na+, K+, Cl-, SO42-, HPO42-,

HCO3-, Ca2+, Mg2+…
molécules organiques certains glucides, amino-
(petites) acides, lipides, nucléotides,
peptides
macromolécules organiques protéines, polysaccharides,

acides nucléiques
• Solutés : substances solubles dans un

solvant 8
Importance de l’eau dans le
fonctionnement de la cellule
• L’environnement
intracellulaire et
extracellulaire est
aqueux
• L’eau est un solvant : les
constituants du monde Charge à
δ -
caractère -
vivant sont généralement
solubles dans l’eau
• Possible grâce aux
propriétés des molécules
d’eau
• C’est une molécule
δ + Charge à caractère +
δ +
polaire
9
Interaction eau-ions, eau-macromolécules
l’eau est un bon solvant de nombreux
constituants du monde vivant
Exemple H
H H O
O H
NaCl Na+ Cl-
Les sels se dissocient dans l’eau ions
cations (ex : Na+) et anions (ex : Cl-)
Certains ions sont des électrolytes : ils
permettent la transmission d’une charge
électrique (voir cours « Tissus et cellules
excitables » - C. Langlet) 10
• Texte
L’ionogramme
• Mesure de la concentration en ions dans le
sang (ou autres fluides de notre organisme)
• Valeurs ~ constantes. Notion d’homéostasie
(voir enseignements à venir)
Ions Concentration en mmoles/L
Sodium 135-145
Potassium 3,5-5
Chlorure 95-115
Calcium 2,25-2,5
• Conséquences d’une modification de

l’homéostasie. Exemple 1 : hypo- et
hypernatrémie fatigue, coma
Exemple 2 : chute potassium (Hypokaliémie)
11
troubles cardiaques
1-2-2. Acides aminés, peptides et

protéines
12
Rôles fonctionnels des protéines
chez l’homme
• Rôle structural : soutien mécanique
des cellules et tissus
• Enzymes : transformation chimique
(catalyse enzymatique)
• Transport
• Hormones, récepteurs
• Défense de l’organisme (anticorps)…
13
Les protéines : un enchaînement d’acides
aminés,une fonction dans l’organisme
14
Les acides aminés, unités de base
constituant les protéines
R
Amino-acide (acide aminé)
• Les amino-acides (aa) ont une structure
générale de même type
• Le groupement R variable confère les
propriétés différentes entre chaque aa 15
Nature des acides aminés
2 exemples :
R R
On compte 20 acides aminés qui peuvent

être classés suivant leur propriétés
(groupement R = chaîne latérale ; ou
Radical)
16
Amino-acides (aa) :
importance en nutrition
• La plupart des aa proviennent de
l’alimentation
• Rôle principal : constituant des
protéines
• aa essentiels/non essentiels :
11 des 20 aa sont synthétisés par
l’homme : aa non essentiels. Autres aa
: essentiels (origine : alimentation)
17
Amino-acides essentiels et non essentiels
Non essentiels Essentiels
Alanine Histidine
Arginine* Isoleucine
Asparagine Leucine
Aspartate Lysine
Cystéine Méthionine
Glutamate Phénylalanine
Glutamine Thréonine
Glycine Tryptophane
Proline Valine
Sérine
Tyrosine
* Synthétisé chez l’homme mais en faible quantité. Apport par les nutriments nécessaire
18
parfois considéré comme un aa essentiel
Diagnostic de maladies du
métabolisme des amino-acides
• Analyse des aa du plasma ou urine
• Concentration anormalement élevée dans
l’urine : hyperaminoacidurie
• Exemple : phénylcétonurie
Déficience d’une enzyme (voir aussi plus loin), la
phénylalanine hydroxylase (Phe. Hydrase)
Phe. Hydrase
phénylalanine tyrosine
19
Diagnostic de maladies du
métabolisme des amino-acides
• Analyse des aa du plasma ou urine
• Concentration anormalement élevée dans
l’urine : hyperaminoacidurie
• Exemple : phénylcétonurie
Déficience d’une enzyme (voir aussi plus loin), la
phénylalanine hydroxylase (Phe. Hydrase)
phénylalanine
Phe. Hydrase
tyrosine
X X
• accumulation
- de phénylalanine (plasma, urine) à
des doses toxiques (cerveau)
• traitement : régime spécial avec peu de
phénylalanine 20
Peptides, polypeptides et protéines
Les liaisons peptidiques connectent les aa

entre eux pour former des peptides ou des
liaison peptidique polypeptides / protéines (polymères d’aa)
• Peptide : ~ < 50 aa. Exemple : insuline

• Polypeptide : ~ > 50 aa
• Protéine : forme fonctionnelle du polypeptide 21
Les protéines sont actives lorsqu’elles acquièrent une
structure tridimensionnelle
( figure vue précédemment)
• Structure primaire : séquence linéaire

en aa
• Structure tertiaire :
arrangement tridimensionnel des protéines
forme active des protéines dans l’organisme = elles
exercent une fonction définie
L’enchaînement des aa (structure primaire)
détermine la structure tertiaire des protéines.
La structure tertiaire détermine la fonction de la
22
protéine…
+ polysaccharides à
« poche » de la surface des
fixation bactéries
Structure du lysozyme
• Premier exemple : une enzyme, le lysozyme

• Lysozyme : présent dans la salive, le blanc d’œuf... C’est
un antibactérien : destruction de la paroi
(polysaccharides) = fonction du lysosyme. Lien entre
structure et fonction? 23
Érythrocytes (globules rouges) Hémoglobine

• Deuxième exemple : l’hémoglobine, une protéine de
transport dans les globules rouges
• Transport O2 vers les cellules et CO2 en dehors des
cellules 24
• Concept fondamental de la biologie
structurale : la structure des protéines
détermine leurs fonctions
• Certaines maladies génétiques
(mutations des gènes - cf cours T Oster)
sont liées à la modification de la
séquence en amino-acides perte ou
modification de la fonction
• Exemple : anémie falciforme
25
Hémoglobine et anémie falciforme (drépanocytose)
Le changement d’un seul amino-acide peut affecter la structure et la
fonction d’une protéine mutation (ici de l’hémoglobine)
Figure 10
26
apolaire
polaire
• Un seul amino-acide dans l’hémoglobine est modifiée : Glu (acide

glutamique) Val (Valine)
• Conséquence : la structure de l’hémoglobine est modifiée (moins
soluble)
• Précipitation (agrégat) responsable de la forme (faucille) des 27
hématies
Application clinique : analyse des protéines du
sérum et aide au diagnostic pathologique
sens de déplacement
Anode + Cathode -
alb. glob. α1,α2, β, γ
• Méthode : albumine
Dépôt des
électrophorèse sérums
• Principe : protéines sont

chargés migration
dans un champ globulines
α1 α2 β γ
électrique
• Remarque : nombre de
protéines dans le sérum :
très supérieur à 5
(albumine, α1, α2,β, γ) ! Anode + Cathode -
Exemple de profil de protéines du
sérum obtenu par électrophorèse
28
UE de BIOLOGIE FONDAMENTALE – cours de E. Battaglia T. X. O'Connell et al American Familly Physician (2005)
29
Protéines sériques et aide au diagnostic de
pathologies . Exemple de la cirrhose hépatique.
↓albumine
Profil normal
Cirrhose
↑↑globulines
30
UE de BIOLOGIE FONDAMENTALE – cours de E. Battaglia P. Fauchier, F Catalan. Interpretive guide to clinical electrophoresis (1988)
Une catégorie de protéines
essentielles : les enzymes
• Les enzymes sont des catalyseurs

biologiques – composés qui accélèrent la
vitesse d’une réaction chimique
• Elles sont essentielles à la vie :
métabolisme
31
La catalyse enzymatique :
augmentation de la vitesse d’une réaction chimique
enzyme enzyme
catalyse
Molécule A Molécule B
(substrat) (produit)
enzyme
substrat produit 32
La catalyse enzymatique :
augmentation de la vitesse d’une réaction chimique
enzyme enzyme
inhibiteur
X
catalyse
Molécule A Molécule B
(substrat)
X
(produit)
inhibiteur
X
enzyme
substrat
produit X 33
Exemple d’intérêt clinique : mode
d’action des anti-inflammatoires non
stéroïdiens (AINS)
Exemple : aspirine (acide
acétylsalicylique)
Cycloxygénases (COX) : synthèse
de prostaglandines (à partir
d’acide arachidonique)
inflammation, douleur
Aspirine : inhibiteur de COX =
bloque la catalyse 34
Marqueurs en biologie clinique
• Marqueurs biologiques : indicateurs
biologiques (molécules du vivant) de
possibles pathologies. Exemple :
marqueurs enzymatiques
• La présence d’une enzyme est mise en
évidence par le biais de l’activité qu’elle
catalyse. Exemple : présence d’une
activité enzymatique hépatique dans le
sang atteinte hépatique
• Exemple de marqueurs enzymatiques :
enzymes de type transaminase (voir
diapositive suivante)
Dosages enzymatiques (bilan biochimique)
• SGPT (ALAT) : sérum glutamopyruvate

transférase (alanine-aminotransférase)
SGOT (ASAT) : sérum glutamooxaloacétate
transférase (aspartate-aminotransférase)
• ALAT: principalement foie, rein…
ASAT : principalement muscles striés, foie…
• Ce sont des marqueurs enzymatiques de
possibles pathologies : augmentation
importante associée à des hépatites, atteintes
cardiaques, insuffisances rénales…
1-2-3. Les glucides
37
Définition des glucides
• Chimiquement : hydrates de carbone : (H

& O (H20) et C)
• Exemple du glucose C6H12O6 ou C6(H20)6
• Un glucide : en général de formule

Cn(H20)n
38
Rôles des glucides
• Source d’énergie de l’organisme

(exemple : glucose)
• Rôle structural (exemple : acide
hyaluronique au niveau de la peau,
des articulations...)
• Adhésion cellulaire…
39
Les glucides
• Oses ou monosaccharides (monomères) Sucres

= glucides de
• Diholosides ou disaccharides (dimères) petite taille
• Oligosaccharides Glucides de grande
• Polysaccharides taille
40
Les oses ou monosaccharides
• Exemple : glucose
Hexose (6 carbones) C6H12O6
(structure volontairement simplifiée-tous les

atomes ne sont pas apparents)
Horn et al. Biochimie humaine

41
Dosage des oses : cas du glucose
• Essentiel en clinique : variation

anormales du glucose dangereuse
pour la santé :
• Diabètes (diagnostic, évolution)
• Méthode la plus utilisée : méthode
enzymatique
42
Exemple de dosage du glucose :
méthode utilisant l’enzyme glucose oxydase
glucose oxydase
Glucose dérivé du glucose + H2O2
+ Composé
• H202 produit réagit avec un
composé « couleur »
quantifiable (intensité fonction
du glucose présent)
• détermination de la
glycémie, glucosurie :
étalonnage nécessaire : lien 43
entre intensité de « couleur » et Glucomètre

concentration en glucose
• Valeurs normales de la glycémie:
à jeun : ~0,7-1,1 g/L (3,9-6,1 mM)
• Glucosurie :
Filtration-réabsorption rénale (voir cours
physiologie rénale) : normalement pas de
glucose dans les urines (voir seuil ci-dessous)
chez un sujet sain
Seuil rénale du glucose : 1,8 g/L (réabsorption
rénale insuffisante)
Glucosurie : diabète, lésion rénale…
• Importance du dosage du glucose dans les
fluides biologiques
44
Dosage Hémoglobine Hb et
hémoglobine glyquée HbA1C
• Hb : protéine de transport 02 et CO2

• HbA1c : hémoglobine glycosylée
(glyquée) : fixation de dérivés du
glucose sur l’Hb
• HbA1c : suivi thérapeutique des
patients diabétiques. Aide à la
décision clinique
• % HbA1c par rapport à Hb : marqueur
biologique d’une exposition cumulée au
glucose : % HbA1c proportionnel au taux
moyen de glucose dans le sang
• Reflète l’équilibre glycémique sur 2-3 mois
surveillance à long terme des
diabétiques
• % HbA1c = HbA1c/Hb x 100
taux de ~ 4 à 6 % représente une valeur
normale.
> ~ 7%. glycémie moyenne trop élevée
durant les 2-3 derniers mois
Les diholosides ou disaccharides
• Deux oses ou monosaccharides reliés

disaccharides
• Exemple en rapport avec la nutrition
humaine
glucose galactose
glucose glucose glucose fructose
maltose lactose saccharose

(structure volontairement simplifiée-tous les
= le sucre
atomes ne sont pas apparents) 47
UE de BIOLOGIE FONDAMENTALE – cours de E. Battaglia Horn et al. Biochimie humaine
Les oligosaccharides
• 3 à 10 monosaccharides
• Souvent liés à des protéines
• Rôle dans la reconnaissance cellulaire
• Exemple : les groupes sanguins ABO
(voir cours hématologie)
Membrane des globules rouges

(érythrocytes)
Comparaison des oligosaccharides à la surface des globules rouges
: exemple du groupe O et du groupe A 48
UE de BIOLOGIE FONDAMENTALE – cours de E. Battaglia Horn et al. Biochimie humaine
Les polysaccharides
• > 10 monosaccharides
• 2 exemples en santé humaine : glycogène
et héparine
• Glycogène : réserve de glucose chez
l’homme (muscles et foie)
49
Exemple de polysaccharides : glycogène
Matériau de base : maltose

Structure ramifiée (diglucose)
50
http://mpronovost.ep.profweb.qc.ca/BIONP1/bionp1_molecules_glucides.html
Exemple de polysaccharides : héparine
Héparine
• Anticoagulant Xn
Site initial de
l’hémorragie
Hémorragie &
coagulation
Fibrine
Thrombine
(hémorragie
stoppée)
Fibrinogène
circulant dans le Fibrine Coagulation
plasma 51
Exemple de polysaccharides : héparine
Héparine
• Anticoagulant Xn
• Fixation à l’antithrombine Site initial de
séquestration de la l’hémorragie
thrombine
Hémorragie &
• Utilisé en coagulation
injection :
thrombose, Fibrine Héparine-antithrombine
Thrombine
(hémorragie X
infarctus, stoppée)
X
Fibrinogène
AVC circulant dans le X
Fibrine Pas de
coagulation
plasma 52
Coagulation du sang : caillot sanguin
plaquette
fibrine
érythrocyte
53
1-2-4. Les lipides
54
Définition des lipides
• Structures
moléculaires très
hétérogènes difficile
à définir…
• Insolubles dans l’eau :
substances apolaires
• Composés synthétisés O
à partir d’unités acétyl- H3C C
CoA S CoA
Acétyl-CoA intervenant dans la
biosynthèse des lipides
55
Rôle et classification des lipides
• Rôles très variables : servent de

carburant (énergie), interviennent dans la
structure des cellules (membranes),
hormones, digestion…
• Structures très variables différentes
classes
• Quelques exemples d’intérêt
56
Quelques exemples de lipides
• Acides gras
• Glycérolipides
• Cholestérol
57
Les acides gras
O
HO
(structures volontairement simplifiées-tous les
Hydrophobe Hydrophile
• Différentes structures : acides gras saturés (liaison C-C)
& insaturés (C=C). Monoinsaturé, polyinsaturé
O O
HO HO
Exemple d’acide gras saturé : Exemple d’acide gras insaturé : acide

acide palmitique oléique
HO
acide linoléique
58
Acides gras et nutrition
• Acides gras essentiels : issus de

l’alimentation - notre organisme ne les
synthétise pas
= acide linoléique et acide linolénique
• Acides gras non-essentiels

Exemple : acide oléique
59
Nomenclature des acides gras
• Basée sur le nombre de C, les doubles liaisons C=C (nombre,
position)
• Exemple :
O
O
9
HO HO
1
Acide palmitique C16:0 Acide oléique C18:1 et ∆9
60
Nomenclature des acides gras
• Basée sur le nombre de C, les doubles liaisons C=C (nombre,
position)
• Exemple :
O
O
9
HO HO
1
Acide palmitique C16:0 Acide oléique C18:1 et ∆9
oméga
• Autre nomenclature (nutrition) : Cω (C à l’extrémité CH3)

Exemple : ω-6, ω-3… (structures volontairement simplifiées-tous les
O
32 1
HO
Exemple d’un acide gras oméga-3 (acide a-linolénique) ω-3 ω 61

Glycérolipides
• Glycérol : élément de base O
O H2C O C R2
R1 C O C H O
H2C O P O X
O-
sérine, choline, éthanolamine,
ou inositol + 2 acides gras +
glycérol + phosphate
Glycérol + acides gras
- Triglycérides - Glycérophospholipides
Graisses de réserve constituants des
et protection contre membranes cellulaires
le froid 62
Horn et al. Biochimie humaine Cooper. The cell : a molecular approach
Structure phospholipidique de la membrane des cellules
Partie hydrophile
Partie hydrophile Partie hydrophobe
Partie hydrophobe
Nature des glycérophospholipides assemblage

spontané en bicouche lipidique 63
UE de BIOLOGIE FONDAMENTALE – cours de E. BattagliaLodish et al. Mol Cell Biol
Exemple de membrane cellulaire : la
membrane plasmique
Partie
hydrophile
Partie
hydrophobe
Partie
hydrophobe
Partie
hydrophile
64
Isoprénoïdes
• Groupe hétérogène
• Cholestérol et dérivés, vitamines
liposolubles (stéroïdes, vitamine A…)
• Dérivés de l’isoprène
• Exemple : cholestérol
65
Cholestérol
• Association/cyclisation de
dérivés de l’isoprène
cholestérol
• Rôle dans les membranes
(stabilité)
• Rôle dans la synthèse des
acides biliaires (solubilisation (structures volontairement simplifiées-tous les
des lipides de l’intestin), des

hormones stéroïdes…
• Transport du cholestérol dans
le sang : lipoprotéines 66
UE de BIOLOGIE FONDAMENTALE – cours de E. Battaglia Cooper. The cell : a molecular approach
Lipoprotéines (5 à 500 nm)
• Transporteurs des lipides dans les milieux
extracellulaires
Apolipoprotéine
• Cœur : hydrophobe
• Surface : hydrophile
Phospholipide
Triglycéride
Cholestérol libre
Cholestérol estérifié 67
UE de BIOLOGIE FONDAMENTALE – cours de E. Battaglia P Alagona (2010) Vascular health and risk managment
Application clinique : cholestérol et
athérosclérose
• Dépôt de cholestérol sur la paroi interne

des artères athérosclérose
• Dépend de la nature et proportion des
lipoprotéines présentes (LDL, HDL)
68
http://mpronovost.ep.profweb.qc.ca/BIONP1/bionp1_molecules_lipides.html
Application clinique : cholestérol et
calculs biliaires (lithiase biliaire)
Vésicule biliaire contenant des calculs
69
http://www.santea.com/gp/santea/gp/specialites/gastro_enterologie/pathologies/foie_pancreas_voies_biliaires/lithiase_biliaire/fiches_patients/qu_est_ce_que_la_lithiase_biliaire
http://www.gallstonessymptoms.net/gallbladder-stones.htm
Le bilan lipidique
Exemple : dosage du cholestérol total
• Cholestérol total : somme des fractions de

cholestérol (libre et estérifié) transportées
par les différentes lipoprotéines
• Mais aussi triglycérides...
• dosage enzymatique
• modification du régime
alimentaire/prise de médicaments
= ↓ cholestérolémie) 70

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1. LES MOLÉCULES DE LA VIE

1-1. Introduction : organisation du

UE de BIOLOGIE FONDAMENTALE – cours de E. Battaglia

1-2. La chimie de la cellule

1-2-1. Eau et solutés. Les ions

ions inorganiques Na+, K+, Cl-, SO42-, HPO42-,

macromolécules organiques protéines, polysaccharides,

• Solutés : substances solubles dans un

• Conséquences d’une modification de

1-2. La chimie de la cellule

1-2-2. Acides aminés, peptides et

On compte 20 acides aminés qui peuvent

Les liaisons peptidiques connectent les aa

• Peptide : ~ < 50 aa. Exemple : insuline

• Structure primaire : séquence linéaire

• Premier exemple : une enzyme, le lysozyme

Érythrocytes (globules rouges) Hémoglobine

• Un seul amino-acide dans l’hémoglobine est modifiée : Glu (acide

• Principe : protéines sont

• Les enzymes sont des catalyseurs

• SGPT (ALAT) : sérum glutamopyruvate

1-2. La chimie de la cellule

1-2-3. Les glucides

• Chimiquement : hydrates de carbone : (H

• Un glucide : en général de formule

• Source d’énergie de l’organisme

• Oses ou monosaccharides (monomères) Sucres

(structure volontairement simplifiée-tous les

Horn et al. Biochimie humaine

• Essentiel en clinique : variation

entre intensité de « couleur » et Glucomètre

• Hb : protéine de transport 02 et CO2

• Deux oses ou monosaccharides reliés

maltose lactose saccharose

Membrane des globules rouges

Matériau de base : maltose

1-2. La chimie de la cellule

1-2-4. Les lipides

• Rôles très variables : servent de

Exemple d’acide gras saturé : Exemple d’acide gras insaturé : acide

• Acides gras essentiels : issus de

• Acides gras non-essentiels

• Autre nomenclature (nutrition) : Cω (C à l’extrémité CH3)

Exemple d’un acide gras oméga-3 (acide a-linolénique) ω-3 ω 61

Nature des glycérophospholipides assemblage

des lipides de l’intestin), des

• Dépôt de cholestérol sur la paroi interne

Vésicule biliaire contenant des calculs

• Cholestérol total : somme des fractions de

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