Université Sultan Moulay Slimane

Faculté des Sciences et Techniques

Département des Sciences de la Vie
Beni-Mellal

Biochimie Métabolique
« Biologie – Chimie - Géologie »
Année 2019 – 2020

Partie I : Notion d’Enzymologie et Bioénergétique

1
 Pr. ELABBADI N.

1. Introduction

Pour vivre, la cellule doit puiser de l'énergie du milieu extérieur. Chez les végétaux, l'énergie
lumineuse sert à la photosynthèse (anabolisme), au cours de laquelle le CO2 et l'eau se
combinent (réaction de réduction) pour former des glucides, matière organique. Chez les
organismes aérobies, ces glucides sont oxydés pour reformer de l'eau et du CO2 au cours de la
respiration (catabolisme) avec formation de l’énergie sous forme d’ATP en général (objet du
cours Biochimie Métabolique).

Dans la cellule animale, l'énergie chimique ATP (adénosine triphosphate) une fois formée est
utilisée pour effectuer l’ensemble des travaux cellulaires.

- Le catabolisme intracellulaire permet la libération d'énergie libre dont une partie est
stockée sous forme d'ATP et de transporteurs d'électrons réduits (NAD(P)H et
FADH2).

2
 - L'anabolisme est l’ensemble de réactions de biosynthèse de macromolécules
nécessitant généralement un apport d'énergie libre fournie par l'hydrolyse de l'ATP
et/ou par le pouvoir réducteur du NAD(P)H et du FADH2.

Anabolisme
• Synthèse des macromolécules biologiques
complexes : protéines, acides nucléiques,
polysaccharides, lipides, ... à partir de
molécules de structures simples, acides
aminés, nucléotides, oses simples, glycérol
et acides gras, ... «
• ou à partir des éléments : CO2 et H2O
Catabolisme
• Dégradent les macromolécules biologiques
complexes en molécules de structures
simples
• pour finir par l'oxydation complète en CO2
et H2O avec formation d’ATP

L'anabolisme et le catabolisme ont lieu simultanément dans la cellule. Ces deux processus
sont extrêmement régulés et ce de manière coordonnée. Par ailleurs, les voies de dégradation
et de biosynthèse qui pourraient être en compétition sont, chez les eucaryotes, souvent
localisées dans des compartiments sub-cellulaires distincts.
Exemple : la voie de dégradation oxydative des acides gras est localisée dans la mitochondrie
et celle de leur biosynthèse est localisée dans le cytosol.
Toutes les réactions du métabolisme se déroulent à une très grande vitesse, bien supérieure à
celles qu'elles auraient isolément dans la nature et cela grâce à des catalyseurs biologiques :
les ENZYMES

2. Notion d’enzymologie et catalyse

Les enzymes font partie intégrante du métabolisme cellulaire. Elle n’existe pratiquement pas
de transformation biochimique non catalysée par une enzyme. Outre leur rôle primordial dans
la baisse d’énergie d’activation permettant aux réactions de se dérouler dans des
températures physiologiques, les enzymes assurent également la sélectivité et la spécificité
des réactions in vitro comme in vivo.

2.1. Structure native de l’enzyme (structure tertiaire et quaternaire)

Enzyme est généralement une protéine présentant des propriétés de « catalyse spécifique »
d’une réaction chimique du métabolisme de l’être vivant qui la produit. La forme native
(fonctionnelle) d’une protéine enzyme est une structure tridimensionnelle permettant la

3
formation de site (s) catalytique (s) et de site (s) régulateur(s). C’est le repliement sous
contrôle énergétique de la structure primaire sur elle-même qui favorise le rapprochement des
chaînes latérales (groupements fonctionnels) des aminoacides constitutifs du site actif et/ou
régulateur de l’enzyme.

2.1.1. La structure tridimensionnelle (globulaire) dépend avant tout de la séquence des

acides aminés (chaîne primaire), puis stabilisée dans l’espace (volume) par des liaisons
covalentes et non covalentes.

Quatre grands types d'interactions interviennent dans le repliement de la chaîne peptidique:

• L'effet hydrophobe : les acides aminés dont les radicaux sont hydrophobes (chaînes
latérales hydrophobes) ont plus d'affinité entre eux qu'avec les molécules d'eau
entourant la protéine. La chaîne peptidique a donc tendance à se replier de façon à
regrouper les radicaux hydrophobes entre eux au centre de la molécule, évitant ainsi le
contact direct avec l'eau. Inversement, les acides aminés hydrophiles (chaînes latérales
hydrophiles) ont tendance à se disposer à la périphérie de façon à être en contact avec
l'eau.

• Les liaisons ioniques : les radicaux qui s'ionisent positivement forment des liaisons
ioniques avec ceux qui s'ionisent négativement.

4
 • Les liaisons hydrogène ou pont hydrogène est une liaison chimique de basse intensité
(20 x plus faible que la liaison covalente classique) qui relie les molécules, et qui
implique un atome d'hydrogène
• Les ponts disulfure : deux des 20 acides aminés ont des radicaux contenant un atome
de soufre. C'est le cas de la cystéine. Deux cystéines peuvent former une liaison
covalente entre elles par l'intermédiaire de l'atome de soufre de leur radical. Cette
liaison covalente peut relier deux cystéines éloignées l'une de l'autre sur la chaîne
primaire.
• Liaison de van der Waals est une interaction électrique de faible intensité entre
atomes, molécules, ou entre une molécule et un cristal

Certains acides aminés (pas tous) jouent un rôle important dans la façon dont la chaîne se
replie en trois dimensions. Si on change un de ces acides aminés par un autre, la protéine
risque d'adopter une toute autre forme.

2.1.2. Structure quaternaire (enzyme allostérique)

Les enzymes allostériques ont une structure quaternaire oligomérique (dimère, tétramère, etc.)
c.à.d. qu’elles sont constituées de petit nombre de polypeptides (protomères) identiques ou
différents. Chaque polypeptide est une structure tertiaire. L'association de ces sous unités,
essentiellement par des liaisons non covalentes (voir ci-dessus), permet la formation d’une
structure quaternaire de l'enzyme avec plusieurs sites actifs et allostériques. En général, il y a
un site actif et un site allostérique par protomère. La fixation d’un ligand sur l’un des
protomères induit sa transition allostérique qui le fait basculer vers l’état active au inactive
selon la nature du ligand (substrat, inhibiteur, activateur). Le phénomène de transition
allostérique se propage de protomère en protomère voisin d’où coopérativité entre les
protomères d’une molécule d’enzyme.
Exemple de l’hémoglobine : une protéine formée de quatre sous unités (protomères sous
forme tertiaire), deux chaînes α et deux chaînes β. Dans les globules rouges (circulation
5
sanguine), l’hémoglobine est responsable du transport d’oxygène à partir du site de capture
les poumons jusqu’aux différents tissus. La première figure ci-dessous, montre bien que dans
l’espace, la structure quaternaire de l’hémoglobine change de configuration selon qu’elle est
chargée par l’O2 ou du CO2.

La deuxième figure montre la saturation en oxygène des deux protéines responsables du

transport d’O2. L’hémoglobine en rouge qui montre une saturation en oxygène en fonction de
la pression partielle en O2, avec une vitesse de capture d’O2 typiquement allostérique (forme
sigmoidale, courbe en S). En revanche, la myoglobine (structure tertiaire) récupère l’oxygène
sanguin (transporté par l’hémoglobine) pour le transférer à la mitochondrie (transport
intracellulaire (dans la cellule). La saturation de la myoglobine par l’O2 est hyperbolique, avec
une saturation beaucoup plus rapide [équation de Michaelis-Menten, V=(Vmax x S)/(Km + S)]
(courbe en bleu).

6
Le fonctionnement allostérique (hémoglobine) permet de prendre l’O2 au niveau des poumons
là où sa concentration est forte et de le libérer au niveau des tissus périphériques (muscle,
cerveau, etc. ) où la d’oxygène est faible. En revanche, le fonctionnement hyperbolique
(myoblobine) permet de récupérer le maximum d’oxygène de la cirulation sanguine et de le
transférer vers la mitochondrie. L’oxygène ne doit être libre dans les condition
physiologiques.

2.2 Site actif

Le site actif des enzymes est une région privilégiée de l'enzyme qui interagit avec les substrats
qui seront eux même transformés en produits. Le site actif est constitué d'acides aminés ou
plus exactement par les groupements fonctionnels des radicaux libres des acides aminés qui
interviennent dans la catalyse enzymatique. Prenons comme exemple la dégradation
(hydrolyse, digestion) des protéines par la chymotrypsine. La chymotrypsine intervient dans
la protéolyse des protéines du système digestif des mammifères et autres êtres vivants. Elle
catalyse le clivage des chaînes polypeptidiques par hydrolyse selon un mécanisme réactionnel
développé dans la figure suivante :

7
Le site actif schématisé en vert est formé essentiellement des acides aminés His57, Asp102,
Gly193 et Ser 195, qui ne sont pas proche dans la structure primaire de la protéine enzyme. La
chymotrypsine attaque les groupes carbonyles (protéine substrat en rouge) impliqués dans une
liaison peptidique grâce à la sérine 195, laquelle se lie à son substrat pour former un
intermédiaire substrat-enzyme covalent (figure b). Le produit de la réaction c.à.d. protéine
coupée au niveau de la phénylalanine est formé suite à une cascade de mécanisme réactionnel
pour retrouver l’état initial du site actif de l’enzyme (fig. f). Ce dernier est prêt pour reprendre
une deuxième protéine substrat (cycle catalytique) pour la transformer en produit.

En général, le site actif des enzymes (ou récepteurs) sont le plus souvent formés des résidus
portant des fonctions amine, acide, hydroxyle, thiol : SERYL, ASPARTYL ou GLUTAMYL,
CYSTEYL, HISTIDYL, LYSYL et accessoirement ARGINYL et TYROSYL. L’implication
de ces acides aminés constitutifs du site actif dans la catalyse enzymatique est liée à leur
aptitude à transférer des électrons (caractère d'agents nucléophiles) et des protons (caractère
acide-base selon Broensted). Le caractère de nucléophilie est plus prononcé pour la sérine, la
cystéine et l'acide aspartique. Le caractère acide-base est plus prononcé pour l'histidine et la

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tyrosine. L'histidine intervient comme relais de proton où le noyau imidazole joue le rôle de
'renforceur' du caractère de nucléophilie des donneurs d'électrons (substrats) en captant le
proton de leur OH. Ce sont finalement que quelques acides aminés de l'enzyme (acides
aminés de contact) qui sont nécessaires pour la catalyse. L'élimination de certains acides
aminés non constitutifs du site actif n'entraîne pas forcément la disparition de l'activité
enzymatique.

2.3. Catalyse enzymatique (Enzyme = catalyseur)

Un catalyseur est une substance qui augmente la vitesse d'une réaction chimique en diminuant
l'énergie d'activation. Un catalyseur retrouve sa forme initiale à la fin de la réaction.

Profile énergétique d’une transformation en présence et en absence d’un catalyseur

On va considérer la transformation du saccharose en glucose et fructose. Le saccharose est le
substrat (réactif) alors que le glucose et le fructose sont les produits de la réaction. La courbe
bleue représente les variations d'énergie d’une réaction sans catalyseur. La même
transformation en présence d’un catalyseur (enzyme saccharase) est représentée en rouge.
Sans catalyseur, il faut fournir plus d'énergie d’activation pour que la réaction se produise.
Avec le catalyseur enzyme, la quantité d'énergie d’activation à fournir est plus faible et la
réaction se produit plus facilement. Attention le catalyseur ne change pas l’énergie nette
dégagée par la réaction, nommée variation d’énergie libre de Gibbs ∆G (voir partie 3,
Bioénergétique).
Les enzymes sont des catalyseurs spécifiques, c'est-à-dire qu'elle catalyse toujours la même
transformation, se produisant sur les mêmes corps chimiques initiaux. Les protéines
enzymatiques (catalyseurs) agissent à des concentrations très faibles et elles augmentent la
vitesse des réactions chimiques. A la fin de la réaction la structure de l'enzyme retrouve sa
9
forme initiale. Dans les cellules, la seule énergie cinétique des molécules à la température
ambiante est suffisante pour que la réaction se produise.

Substrat : Molécule qui entre dans une réaction pour y être transformée grâce à l’action catalytique
d’une enzyme. Toutes les molécules, indépendamment de leur taille, qui entrent dans une réaction
enzymatique et sont définitivement modifiées sont appelées substrats (ex. glucose, protéine, lipide,
ADN, ARN, etc.).

Dans la cellule, les réactions chimiques se font souvent à la chaîne. Le produit d'une première réaction
devient le substrat d'une autre réaction dont le produit devient le substrat de la prochaine réaction et
ainsi de suite jusqu'à l'obtention d'un produit final. De telles chaînes de réactions sont appelées voies
métaboliques (ex. glycolyse, cycle de Krebs etc.).

2.4. Vitesse initiale d’une réaction catalysée par une enzyme

a. Vitesse d’une réaction du premier ordre

Une réaction du premier ordre correspond à la transformation d’un seul réactant (substrat) en produit.
L’expression de vitesse est :
V = -d[A]/dt = +d[P]/dt = k[A] avec k est la constante de vitesse  d[A]/[A] = -kdt.
Cette transformation suit une fonction exponentielle décroissante en fonction du temps:
[A] = [Ao] exp(-kt) avec k constante de vitesse.
Si on utilise le logarithme des concentrations l’équation devient linéaire :
ln[A]/[Ao] = 2,303 Log[A]/[Ao] = -kt .
La représentation graphique de [P] en fonction du temps « t » montre une courbe exponentielle avec
une partie initiale quasi rectiligne.

[P]

V=0

10
 t

La vitesse au début de la réaction est une constante (pour un temps t appelé t o), puis elle diminue en
fonction de la consommation du réactant (ou substrat).

A l’équilibre, la vitesse est égale à 0. La mesure de la pente de la tangente à la courbe dans la partie
linéaire donne la vitesse initiale (Vo) qui est donc une constante. Cela n’est possible que dans la
mesure où l’on peut assimiler la courbe exponentielle de la réaction du premier ordre à une droite dans
sa partie initiale, donc à définir les conditions initiales par les caractéristiques suivantes : temps de
réaction relativement court (temps to) et faible quantité de substrat transformé en produit, pour pouvoir
négliger une éventuelle réaction inverse. Expérimentalement, on peut déterminer le temps t0 qui
correspond à la partie linéaire de la courbe pour une réaction catalyser par une enzyme (voir TP et
TD).

b. Vitesse de réaction enzymatique

Expérimentalement (TP), pour mesurer l'activité d'une réaction enzymatique n'ayant

qu'un substrat et un produit, dans un milieu défini, on dose les concentrations du substrat
ou du produit, en fonction du temps écoulé. La concentration du substrat décroît au cours
du temps, celle du produit croit au cours du temps.
Prenons comme exemple l’hydrolyse du saccharose en glucose et en fructose en présence
d’enzyme spécifique Saccharase. Le substrat de la réaction est le saccharose (sucre de
table le plus consommé au monde) et les produits de la réaction d’hydrolyse sont le
glucose et le fructose. Cette hydrolyse du saccharose permet son assimilation par
l’organisme, car seul le glucose peut servir de carburant pour nos cellules et c’est la
concentration en glucose qui est mesurée lorsque l’on parle de « taux de sucre dans le
sang ».

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Pour cette réaction enzymatique, on peut donc suivre la catalyse enzymatique par le
dosage (mesure) du saccharose (substrat) ou par celui du glucose ou fructose (produits).

Lorsqu'on fait ces mesures à des temps t1 puis t2 séparés par un délai dt, on appelle S1 et
P1 les concentrations du substrat et du produit au temps t1 et S2 et P2 les concentrations du
substrat et du produit au temps t2. La différence entre les concentrations du substrat dS est
l'opposé de la différence entre les concentrations du produit dP. On appelle vitesse de la
réaction le rapport - dS sur dt, qui est égal au rapport dP sur dt. La vitesse de réaction
représente le nombre de moles de substrat transformés en produit, dans un volume
donné et pour un temps donné.

c. Phases de la réaction

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 • En mesurant la concentration du produit P en fonction du temps. Dans un milieu où il
n'y a au temps 0 que des molécules de l'enzyme et du substrat, la réaction se déroule
de façon non uniforme.

• On distingue une première phase très brève (phase pré-stationnaire), au cours de

laquelle la vitesse de la réaction est croissante. Durant cette phase, les molécules de
substrat se lient avec l'enzyme : la concentration du complexe enzyme-substrat
augmente.

• Lorsque toutes les molécules de l'enzyme sont occupées par des molécules du substrat
la vitesse de la réaction est au maximum possible et reste constante tant que la
concentration du substrat est grande et celle du produit petite. C'est ce qu'on observe
lors des premières mesures (phase stationnaire).

• Lorsque la concentration du produit augmente, la réaction inverse commence à

concurrencer celle qu'on mesurait : la vitesse diminue (effet du produit).

• Enfin dans une dernière phase, tardive, la vitesse de la transformation est nul
(équilibre). Dans cette phase la vitesse de transformation du substrat en produit est
égale à la réaction inverse de transformation du produit en substrat.

(Voir TD, TP et consolidation)

d. Equation de Michaelis-Menten

Variation de la vitesse de réaction avec la concentration en substrat : Pour tenir compte de ces
caractéristiques, Michaelis et Menten ont proposé un modèle simple soit la formation d’un

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complexe enzyme-substrat (ES) comme intermédiaire obligatoire de toute réaction
enzymatique

k1/k2 k3
E + S ES E + P
 

Il est postulé que P ne se retransforme pas en S, la réaction 2 étant essentiellement

irréversible. Ceci est valable tant que la concentration de P ne devient pas importante, soit
dans la période initiale de réaction. Cette période initiale c. à. d temps d’incubation fixe
appelé aussi le temps t0 d’une réaction enzymatique qui permet de réaliser l’expérience Vi en
fonction de S (figure suivante). On peut évaluer le temps t0 de la réaction par la méthode
graphique des tangentes. Pour cela, on réalise un graphique montrant la concentration de
produit formé au cours du temps pour différentes concentrations en S (courbes de progression,
voir Consolidation, TD et TP) et la vitesse est alors évaluée par la tangente à l’origine Vi.
Une fois le temps t0 est évalué alors l’expérience (ou graphe) qui suit peut donc être réalisée.

Vi

Vmax

V = Vmax [S]/ ([S] + Km)

où Km constante de Michaélis

Vmax/2 et Vmax vitesse maximale de la

réaction

[S]
Km

.
V = (Vmax x [S]) / (Km + [S]) avec Km = (k2 + k3)/k1
(équation de Michaelis-Menten)
Si S << Km  V = Vmax x S/Km c.à.d. que la vitesse est proportionnelle à [S].
Si S>> Km  V = Vmax indépendamment de [S].
Si S = Km  V = Vmax/2 c.à.d. que Km est la concentration à laquelle la vitesse de la réaction est
égale à la moitié de sa vitesse maximale
- Activité Enzymatique (AE) ou vitesse de réaction = moles (ou mmoles) de substrat transformé
par minute et pour un volume donné (Vi = n moles/min)

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Parfois on trouve Unité Internationale d’Enzyme (UI). UI = AE = mmoles de substrat transformé/min
pour un volume donné

Activité Spécifique d’une réaction enzymatique est toujours déterminée dans les conditions saturantes
(Vi = Vmax) c.à.d. [S] >>> [E].
Activité Spécifique = Activité Enzymatique divisée par la quantité de protéines (mg) utilisée pour la
catalyse. AS = mmoles/min/mg

Nombre d’Unités = Activité Spécifique x total mg protéine dans la préparation enzymatique

Activité Moléculaire spécifique = moles de substrat transformé par minute et par mole d’enzyme (aux
environs de 105).
L’activité moléculaire spécifique (comme le Km) est un paramètre intrinsèque de l’enzyme
pour un substrat déterminé.

La constante de Michaelis d’une enzyme (Km = 10-2 à 10-6 moles/litre) est une caractéristique
importante car elle permet d’évaluer l’affinité de l’enzyme pour un substrat
donné.

e. Transformation de l’équation de Michaelis-Menten (MM).

Le but de cette transformation de l’équation de Michaelis-Menten est de déterminer les valeurs
moyennes de la Vmax et du Km une activité enzymatiques dans les conditions expérimentales
appropriées.

V0= (Vmax x [S])/(km + [S])

L’inverse de l’équation de Michaelis-Menten donne :
1/V = (Km + S)/(Vmax x S) = Km/(Vmax x S ) + 1/Vmax
Cette équation est la relation de Lineweaver-Burk qui est représentée, si on porte 1/V = f(1/S),
par une droite de pente Km/Vmax et d’ordonnée à l’origine 1/Vmax

1/V

a tg a = Km/Vmax
1/Vmax

-1/Km
1/S

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Cette représentation permet d’obtenir une distribution rectiligne des points expérimentaux. Ce
qui permet de tirer des valeurs expérimentales plus juste de Km et Vmax.

Une autre transformation pratique de l’équation de Michaelis-Menten conduit à l’expression

V = -Km (V/S) + Vmax
V
Vmax
a tg a = -Km
Vmax/Km

V/S
On obtient la représentation d’Eadie-Hofstee (v en fct (v/s)) qui donne Vmax et Km.

2.5. Inhibition de l’activité enzymatique

Un effecteur est un corps chimique qui par sa liaison avec l’enzyme modifie la vitesse de la
réaction enzymatique
• soit en l’accélérant : Activateur
• soit en la ralentissant : Inhibiteur

Le substrat et le produit, l'enzyme, les ions, les coenzymes et l'énergie sont les facteurs
indispensables à la réaction enzymatique. Les autres molécules (ligands) qui entrent en liaison

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avec l'enzyme peuvent avoir un effet positif ou négatif. Ils peuvent favoriser ou au contraire
contrarier (inhiber) le déroulement de la réaction.
Les ligands qui peuvent modifier la vitesse de la réaction sans être des cofacteurs
indispensables, nous les appellerons effecteurs. Les effecteurs peuvent être des molécules ou
des atomes quelconques, minéraux ou organiques. Ceux des effecteurs qui accélèrent la
réaction sont les activateurs. Ceux qui la ralentissent sont les inhibiteurs.

2.5.1. Inhibition de l’activité enzymatique sans présence d’un ligand inhibiteur :

Comme les protéines sont stabilisées par des liaisons non covalentes faible énergie), alors toute
perturbation par la température, pH, force ionique, ou solvant organique, conduira à une
dénaturation certaine de la protéine fonctionnelle (consolidation TP, TD).

- Température au delà de 37 °C provoque la rupture des liaisons non covalentes avec

dénaturation des protéines
- pH perturbe la structure tertiaire et quaternaire des protéines en agissant sur les groupes
fonctionnels des acides aminés des protéines.
- Force ionique perturbe les liaisons ioniques

2.5.2. Inhibition par un ligand

a/ inhibiteur compétitif. Exemple la succinate déshydrogénase qui fera l’objet des Travaux
Pratiques.

• La succinate déshydrogénase est une enzyme de la membrane interne de la mitochondrie. Sa

structure est complexe et comporte plusieurs coenzymes liés.

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 • La réaction catalysée est une oxydation du succinate en fumarate avec transfert des
hydrogènes sur le coenzyme Q (voir ci-après en 6). Le succinate est un diacide à 4 carbones,
qui se fixe à l'enzyme grâce aux charges négatives de ses fonctions acides; l'enzyme peut alors
déplacer les deux hydrogènes des carbones centraux.

• Le malonate est aussi un diacide et la distance entre ses deux charges négatives est voisine de
celle qui sépare les deux fonctions acides du succinate : le malonate peut se fixer aussi sur le
site actif de l'enzyme, mais la structure de son unique carbone intermédiaire ne permet
évidemment pas l'oxydation ; la liaison de la succinate déshydrogénase avec le malonate rend
donc l'enzyme inactive. Une concentration plus élevée de l'un de ces deux diacides chassera
l'autre du site actif de l'enzyme, de sorte qu'il y a bien compétition des deux molécules vis à
vis de l'enzyme.

• L’inhibiteur se combine de manière réversible avec l’enzyme pour former un complexe

enzyme-inhibiteur.

• L’inhibiteur ne peut pas se combiner avec l’enzyme en même temps que le substrat.

• Il y a compétition entre substrat et inhibiteur pour le même site actif de l’enzyme.

• Le substrat et inhibiteur ont souvent des structures analogues.

V0 = Vmax [S] / ([S] + Km (1 + [I]/Ki)) = Vmax [S] / ([S] + K’m)

Avec K’m = Km (1 + [I]/Ki)
1/V0 = 1/Vmax + (Km/Vmax [S]) (1 + [I]/Ki) = 1/Vmax + (K’m /Vmax ) x 1/[S]
1/V

+I

-1/Km 1/S
-1/(km(1+I/Ki))

Vmax reste constante et K’m = Km (1+I/Ki) variable avec K’m>Km c.à.d. [I] diminue l’affinité
de E pour S

b/ Inhibiteur non compétitif

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Un inhibiteur non compétitif peut se combiner à la fois à l’Enzyme libre et au complexe ES.
L’inhibiteur non compétitif se fixe sur un site qui est différent du site de fixation du substrat (site
actif).

L'anhydrase carbonique est une enzyme présente à la surface plasmique intracellulaire (liée
à l'échangeur anionique AE1 Cl/HCO3) des globules rouges (ou hématies ou encore
érythrocytes) qui transforme le CO2 en H2CO3 et inversement. Dans les reins, elle sert à
libérer les protons H+.

L'anhydrase carbonique est inhibée par l'acétazolamide qui est un médicament. Cette inhibition est non
compétitive vis à vis du gaz carbonique, substrat de l'enzyme.

V0 = Vmax / [(1 + Km/[S]) (1 + [I]/Ki)]

1/V0 = (1/Vmax) (1 + [I]/Ki) (1 + Km/[S]) =
1/V’max

1/v +I

-I

1/V’max = 1/Vmax(1+I/Ki) Km ne change pas

V’max < Vmax

1/Vmax

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 1/S
-1/Km

c/ inhibiteur incompétitif

L’inhibiteur incompétitif ne se combine pas avec l’enzyme libre et n’affecte pas l’interaction de celui
ci avec son substrat, mais il se combine avec le complexe ES pour donner ESI inactif.

1/V

+I

1/Vmax (1+I/Ki) -I

1/Vmax

1/S

-1/Km (1+I/Ki) -1/Km

d/ Inhibition par excès de substrat

1/V

1/Vmax

1/S

-1/Km

20
2.5.3. Enzyme allostérique
Les enzymes allostériques montrent une vitesse V0 en fonction de S sous forme de sigmoïde qui
traduit le phénomène de coopérativité. Dans ce cas l’enzyme est formée de sous unités (structure
quaternaire).

• Le graphe représentant la vitesse initiale d'une enzyme allostérique n'est pas une hyperbole
comme celui des enzymes michaéliennes. Les constantes de vitesse et d'affinité de
telles enzymes varient en fonction des ligands, de telle sorte que la courbe prend une
forme sigmoïde, caractéristique de la coopération qui se fait entre les protomères.

• Sur cet exemple, on a représenté la vitesse initiale d'une réaction allostérique en fonction de la
concentration d'un substrat qui lui-même exerce un effet sur l'enzyme tendant à diminuer la
constante Km. Par comparaison, la courbe en tirets représente la même réaction en cinétique
michaélienne (sans cet effet allostérique).

• Cette cinétique allostérique est plus lente que la cinétique michaélienne pour les petites
concentrations du substrat et devient plus rapide au-delà. Aux environs du point d'inflexion de
cette sigmoïde la pente de la courbe est plus accusée, ce qui signifie que pour une même
différence entre deux concentrations du substrat, l'accélération de la réaction sera plus grande
dans le cas de l'enzyme allostérique. Cette propriété de coopérativité des protomères donne
un avantage aux systèmes allostériques par rapport aux enzymes à cinétique michaélienne
pour la régulation de la vitesse des réactions enzymatiques.

21
 • La myoglobine est une protéine qui transporte l'oxygène dans le cytoplasme des cellules.
Elle est constituée d'une seule chaîne d'acides aminés. Sa vitesse de transport de
l'oxygène en fonction de la pression de ce gaz est de type michaélien et la courbe qui
la représente est une hyperbole.
• L'hémoglobine est une protéine qui transporte l'oxygène dans les globules rouges. Elle
est constituée de quatre chaînes d'acides aminés. Sa vitesse de transport de l'oxygène
en fonction de la pression de ce gaz, est de type allostérique et la courbe qui la
représente est une sigmoïde. La coopération entre les protomères confère à
l'hémoglobine une grande affinité pour l'oxygène dans les poumons où il est abondant,
et au contraire une faible affinité pour l'oxygène dans les tissus où il est transmis aux
cellules.
• L'hémoglobine a donc un comportement différent d'un organe à l'autre lorsque les
pressions d'oxygène sont différentes. Cette protéine s'adapte mieux aux conditions du
milieu grâce à l'allostérie.

(Consolidation séances TD)

On définit un indice de coopérativité, ñ, qui apparaît dans l’équation suivante : ( Log
[V0/(Vmax – V0)] = ñ Log [S] - C
Log [V0/(Vmax – V0)]

22
 Pente = ñ

Log [S]

Dans la partie linéaire, ñ est au maximum, mais toujours inférieur ou égal au nombre de sous unités de
l’enzyme.
A l’extérieur de ce domaine linéaire de [S], ñ varie avec [S] jusqu’à ce que la pente (ñ) soit égale à 1
 coopérativité nulle
- Modèle concerté (ou symétrique) → par Monod, Wyman et Changeux (MWC) 1965
• Molécules d’enzyme entre deux conformations qui sont en équilibre
• les protomères sont identiques au sein d’une même molécule d’enzyme
R (forme relachée) T (forme contracté)
Active (forte affinité) Inactive (faible affinité)
- Modèle Séquentiel → Koshland, Nemethy et Filmer (KNF) : Les sous unités catalytiques peuvent
assumer deux états de « conformation différente », mais les sous unités peuvent subir des
changements de conformation individuels et séquentiels.

D’autres types de modèles ont été proposés pour la cinétique allostérique. Dans des systèmes poly-
enzymatiques, le produit final de la réaction peut inhiber spécifiquement une enzyme se trouvant au
début, ou près du début de la séquence réactionnelle. C’est une inhibition par le produit finale, feed
back, ou encore une rétro-inhibition.
Les enzymes allostériques possèdent, en plus du site catalytique, un site régulateur auquel l’effecteur
est fixé de façon réversible. Les effecteurs peuvent être des inhibiteurs ou des activateurs.
La plupart du temps, les enzymes allostériques sont constituées de plusieurs chaînes polypeptidiques
(oligomères).

En conclusion les enzymes allostériques montrent une sigmoïde (V en fonction [S]) indiquant le
phénomène de coopérativité. Cette dernière peut être positive ou négative vis-à-vis du substrat
ou un ligand.

2.5.4.. Dosage enzymatique (Consolidation TP)

23
 • Représentons cette fois ces vitesses initiales en fonction des concentrations E1, E2 et E3 de
l'enzyme. Il apparaît que les vitesses mesurées sont linéairement proportionnelles aux
concentrations de l'enzyme utilisées.

• Cette constatation est le fondement même du dosage enzymatique : en effet, la vitesse initiale
d'une préparation enzymatique A (extrait brut ou semi purifié) de concentration inconnue en
protéine est proportionnelle à sa quantité (ou volume) utilisée. En comparant cette vitesse
initiale (qu'on appelle dosage enzymatique) à celles d'autres préparations de concentration en
enzyme connues (enzyme pure), on peut évaluer la concentration en enzyme qu'on cherchait
dans A. Ces dosages enzymatiques sont des mesures d'activités catalytiques qu'on exprime
dans le Système International en Katal, unité qui représente une quantité d'enzyme capable de
catalyser la transformation d'une mole de substrat en une seconde. En pratique médicale, le
microkatal et le nanokatal sont les sous-multiples correspondant à l'ordre de grandeur des
activités mesurées. Pour exprimer des concentrations d'enzyme on rapporte au volume
considéré et l'unité devient le nanokatal par litre par exemple.

***********************
Zymogènes = précurseurs inactifs d’enzymes
Enzymes digestives (pepsine, trypsine et chymotrypsine) qui sont synthétisées sous forme
de zymogènes inactifs; pepsinogène, trypsinogène et chymotrypsinogène, respectivement.

Isoenzymes = enzymes exerçant la même catalyse mais qui existe sous des formes moléculaires
multiples avec des Km et Vmax différents.

24
Ribozymes sont des ARN qui possèdent la propriété de catalyser une réaction chimique
spécifique notamment au niveau des ribosmes. Le terme « ribozyme » est un mot formé à
partir des mots « acide ribonucléique » et « enzyme ». Pour plus d’information vous pouvez
taper Ribozymes sur internet.

En résumé
• Enzyme = unité catalytique généralement de nature protéique, excepté les Ribozymes
• Il assure la spécificité et la sélectivité de réaction
• Le contrôle de la vitesse du flux métabolique cellulaire dépend des conditions physiologiques
globales bien déterminées.
• L’enzyme baisse l’énergie d’activation d’une transformation, mais il n’a aucune influence sur
l’énergie libre (∆G) d’une transformation. D’une autre manière l’enzyme ne peut pas catalyser
une réaction défavorable d’un point de vue thermodynamique (∆G>0).
Questions
Que représente la vitesse initiale, vitesse maximale et Km d’une réaction catalysée par une
enzyme ?
Discuter le complexe ES par rapport à la vitesse de réaction enzymatique.
Utilisation de l’enzymologie (enzymes) dans les deux cas suivants :
• Diagnostic médical
• Technologie alimentaire

25
Quelques applications industrielles.

Enzymes employées Utilisations

Industrie des Cellulases Dégradation dela cellulose en glucides simples qui

biocarburants peuvent être fermentés pour produire de l'éthanol
cellulosique63.

Ligninases Prétraitement de la biomasse pour la production de

biocarburants63.

Lessive Peptidases, amylases, lipases Élimine les protéines, l'amidon, les taches
biologique de graisse ou d'huile de la vaisselle ou du linge64.

β-Mannosidases Homogénéisation des préparations à base de gomme

de guar64.

Brassage Amylase, glucanases, peptidases Clivage des polysaccharides et

des polypeptides du malt65:150–9.

β-Glucanases Amélioration des propriétés de filtration du moût et

de la bière65:545.

Amylases et pullulanases Production de bières basse calories et ajustement des

caractéristiques de fermentation65:575.

Acétolactate Amélioration de l'efficacité de la fermentation en

décarboxylase (ALDC) réduisant la formation de diacétyle66.

Cuisson des Papaïne Utilisation comme attendrisseur pour favoriser

aliments la tendreté de la viande en cuisine67.

Industrie laitière Rennine Hydrolyse des protéines lors de la production

de fromages68.

Lipases Production des camemberts et des bleus tels que

le roquefort69.

26
Processus Amylases Production de sucres à partir d'amidon, par exemple
agroalimentaires pour produire du sirop de maïs à haute teneur en
fructose70.

Peptidases Réduction de la teneur en protéines de la farine, par

exemple lors de la fabrication de biscuits71.

Trypsine Production de nourriture hypoallergénique (en) pour

bébés71.

Cellulases, pectinases Amélioration de la clarté des jus de fruits72.

Biologie Nucléases, ADN ligase et ADN Utilisation d'enzymes de restriction et réaction en

moléculaire polymérases chaîne par polymérase afin de créer des ADN
recombinants73:6.2.

Industrie Xylanases, hémicellulases et lignine Élimination de la lignine du papier kraft74.

papetière peroxydases

Hygiène Peptidases Nettoyage des protéines des lentilles de contact afin

de prévenir les infections75.

Traitement de Amylases Conversion de l'amidon en glucose et

l'amidon divers sirops à sucre inverti76.

27
3. Bioénergétique

La variation totale d’énergie libre qui accompagne une réaction peut être déterminée selon la relation
suivante: A B
G = G° + RT Log ([B]/[A])
R, constante des gaz parfaits = 8,315 J/mole degré = 1,987 cal/mole degré
T température absolue exprimée en degrés Kelvin (°K) (273 + T en °C)

G ne dépend que de la différence entre l’énergie libre des produits (état final) et l’énergie libre des
réactifs (état initial).

La variation d'énergie libre de Gibbs, mesure la partie de l'énergie d'un système qui produit un travail
utile.

• Quand G' est négatif, la réaction se déroule spontanément.

• Quand G' est positif, la réaction ne peut avoir lieu sans un apport d'énergie libre de Gibbs
d'une autre réaction et on parle alors de couplage de deux réactions.
• Quand G' = 0, la réaction ne peut plus effectuer de travail utile : la réaction est à l'équilibre.

Le rôle des enzymes est d’abaisser l’énergie d’activation jusqu'à un niveau de l’ordre de
grandeur de l’énergie cinétique due à l’agitation thermique aux températures physiologiques.

La vitesse d’une réaction chimique déterminée est proportionnelle à la concentration des

molécules ayant atteint cet état de transition. L’état de transition sur le graphe correspond au
sommet des courbes. L’énergie libre d’activation G# représente la quantité d’énergie
nécessaire, à une température donnée, pour amener toutes les molécules d’une mole de
substrat à l’état de transition.

28
Les catalyseurs, en particulier les enzymes, se combinent transitoirement avec les substrats
(exemple Enzyme-Substrat) et induisent un état de transition qui nécessite moins d’énergie
libre d’activation que celui de la réaction non catalysée. Ainsi, les catalyseurs accélèrent la
vitesse de la réaction en réduisant l’énergie d’activation.

3.1. Energie libre standard (G°) et constante d’équilibre (Kéq)

La spontanéité d’une réaction varie en fonction des conditions expérimentales. L’état standard
d’une réaction est défini à P = 1 atm, T = 298°K et [C] = 1 M. On peut ainsi définir la
variation d’énergie libre standard (G°) à P = 1 atm, T = 298°K et [C] = 1 M

Il existe une relation entre la variation d’énergie libre (G) (conditions non standard) et la variation
d’énergie libre (G°) dans les conditions standards.

Soit la réaction 1°/ aA  bB G = G° + RT ln [B]b/[A]a

A l’équilibre, G = 0  G° = -RT ln [Béq]b/[Aéq]a
= -RT ln Kéq

Soit la réaction 2°/ A+BC+D

Expression de G = G° + RT ln [C]i [D]i / [A]i [B]i
G = -RT ln [C]éq [D]éq / [A]éq [B]éq + RT ln [C]i [D]i / [A]i [B]i

G°

[ ]éq = concentration à l’équilibre

[ ]i = concentration initiale
G° peut être déterminé si on connaît la valeur de Kéq
G° dépend de : - la nature des réactifs,
- des concentrations des réactifs et des produits de la réaction.

G  G° sauf quand tous les constituants du milieu réactionnel sont à 1 M (conditions
standard).

En Biochimie l’état de référence est défini à pH = 7 car la plupart des réactions biochimiques ont lieu
à pH voisin de 7 (neutralité). La variation d’énergie libre à pH = 7 est désignée par G’.

29
 Exemple d’application
Soit la réaction d’isomérisation du dihydroxyacétone phosphate en glycéraldéhyde-3-phosphate (réaction
dans la glycolyse).

HOCH2-CO-CH2-O-P P-O-CH2-CHOH-CH=O Kéq = [B]/[A] =0,475 à 25°C et pH 7

DHAP (A) glycéraldéhyde-3-P (B)
G°’= -2,303 x RT log Kéq = -2,303 x 1,98 (cal/mol) x 298 (°K) x log 0,475
G°’ = 1800 cal/mol = 1,8 kcal/mol
Si [A]i = 2 x 10-4 M et [B]i = 3 x 10-6 M
G’ = G°’ + RT ln [B]/[A] = -0,7 kcal/mol

La réaction d’isomérisation de A (dihydroxyacétone phosphate) en B (glycéraldéhyde-3-phosphate) est

spontanée G’ < 0 bien que G°’ > 0

3.2. Potentiel d’oxydo-réduction et G (consolidation TD)

Une réaction d’oxydo-réduction est caractérisée par son potentiel d’oxydo-réduction E :

E = E(couple accepteur d’él.) –E(couple donneur d’él.)
oxydant réducteur
G = -nF E et G° = -nF E°

E, au même titre que G, fournit un critère de spontanéité des transformations. Il est
également relié au travail maximum qu’une réaction spontanée est susceptible de fournir à
une réaction non spontanée pour qu’elle s’éffectue.

En général : soit la réaction (Red1 + oxyd2  oxyd1 + red2 + m H+) faisant intervenir le
transfert de n électrons et m protons.

E = E° - RT/nF ln([ox1] [red2] [H+]m/[red1] [ox2])

E = E° - RT/nF ln [H+]m – RT/nF ln([ox1] [red2]/[red1] [ox2])

Potentiel redox dans les conditions standard de nombreux couples redox d’importance biologique.

Réducteur Oxydant n* E’° (volts)**

Succinate + CO2 -cetoglutarate 2 -0,67

Acetaldehyde (réduit) Acetate 2 -0,60

Ferredoxin (réduit) Ferredoxin (oxydé) 1 -0,43

H2 2H+ 2 -0,42

NADH + H+ NAD+ 2 -0,32

NADPH + H+ NADP+ 2 -0,32

Lipoate (réduite) Lipoate (oxydé) 2 -0,29

30
Glutathion (réduite) Glutathion (oxydé) 2 -0,23

Ethanol Acetaldehyde 2 -0,20

Lactate Pyruvate 2 -0,19

Succinate Fumarate 2 +0,03

Cytochrome b (Fe2+) Cytochrome b (Fe3+) 1 +0,07

Ascorbate Dehydroascorbate 2 +0,08

Ubiquinone (réduit) Ubiquinone (oxydé) 2 +0,10

Cytochrome c (Fe2+) Cytochrome c (Fe3+) 1 +0,22

H2O ½ O2 + 2H+ 2 +0,82

* n (nombre d’électrons transférées) ; ** E’° (volts) à pH 7 et température 25°C

R = 1,987 cal/mol/K x 4,18 = 8,314 J/mol/K

F = 96500 coulombs (J/v/équi)/4,185 = 23060 cal/v/équivalent

4. Couplage des réactions biochimiques

Dans le monde vivant toutes les réactions de biosynthèse (synthèse protéines, lipides, ADN,
etc.), d’activation (par phosphorylation) ou de régulation (phosphorylation /
déphosphorylation) nécessitent un couplage de réactions. En effet touts ces réactions
biochimiques ne sont pas favorables d’un point de vue thermodynamique (G’<0). La molécule
ATP (énergie chimique intracellulaire) joue un rôle primordial dans le métabolisme cellulaire.

4.1 Rôle et structure de l'ATP

L'ATP joue donc un rôle central dans le métabolisme cellulaire :
• c'est le composé à haut potentiel énergétique le plus abondant dans la cellule
• l'hydrolyse des composés à potentiel plus énergétique que celui de l'ATP sert la
plupart du temps à la synthèse de l'ATP
• c'est l'énergie libre de Gibbs libérée (lors de l'hydrolyse de l'ATP) qui est utilisée
pour les différents travaux cellulaires.

31
 L'ATP est un triphosphate de
nucléoside dans lequel :

• une liaison ester phosphate relie le

phosphate à l'oxygène 5' du ribose

• une liaison phosphoanhydride relie

les phosphates  et 

• une liaison phosphoanhydride relie

les phosphates  et 

L'énergie libre de Gibbs contenue dans l'ATP est transférée au moment où la liaison ester
phosphate ou les liaisons phospho-anhydrides sont hydrolysées.
• l'hydrolyse de la liaison ester phosphate libère : G°' = - 3,5 kcal.mol-1
• l'hydrolyse de chacune des 2 liaisons phospho-anhydrides libère : G°' = - 7,3
kcal.mol-1

Exemples d'autres composés à haut potentiel énergétique

molécule liaison G°' hydrolyse
phosphoénolpyruvate énol ester - 14,8 kcal/mol
acétyl phosphate anhydride mixte - 11,2 kcal/mol
phosphocréatine / phosphoarginine phosphoamide - 10,3 kcal/mol
coenzyme A ou CoASH thioester - 9 kcal/mol
pyrophosphate inorganique (PPi) phosphoanhydride - 8,0 kcal/mol
adénosine diphosphate phosphoanhydride - 7,3 kcal/mol
adénosine monophosphate ester phosphate - 3,5 kcal/mol

4.2. Conditions de couplage

Les conditions physiologiques sont très loin de l’état standard. Ainsi, lorsque G’< 0, la
réaction est spontanée et de l’énergie est fournie ; cette énergie peut servir à stimuler des
réactions qui nécessitent de l’énergie libre d’où couplages.

32
Conditions
Pour qu’une transformation non spontanée puisse se faire il faut :
1. la présence d’une autre transformation spontanée avec suffisamment d’énergie pour
que le G global (G réaction 1 + G réaction 2) soit inférieur à zéro.

2. La présence d’un élément de couplage qui permet de transférer le travail d’une

transformation à une autre. En Biologie, cet élément de couplage est souvent une
protéine enzyme.

Exemple (réaction numéro 10 de la glycolyse)

Soit la réaction de phosphorylation de l’ADP en ATP lors de la glycolyse:
1/ ADP + Pi + H+  ATP + H2O G°’ = +30 KJ/mol et dans les conditions physiologiques
G’ = +45 KJ/mol
2/ Phosphoénolpyruvate (PEP) + H2O  pyruvate + Pi G°’ = -62 KJ/mol. Dans les conditions
physiologiques, les concentrations de PEP, pyruvate et Pi sont telles que G’ = -80 KJ/mol
3/ On peut écrire : PEP + H2O  pyruvate + Pi
ADP + Pi + H+  ATP + H2O
PEP + ADP + H+  pyruvate + ATP
G°’ = -32 KJ/mol
G’ = -35 KJ/mol
La réaction n° 2 fournit le travail nécessaire pour que la réaction n°1 puisse se faire.

Signification du couplage
Il ne faut pas considérer le couplage comme une succession de deux réactions

phosphatase ATPase/synthase
Exemple : PEP Pi ATP

Pyruvate ADP

La succession des deux réactions ne peut pas se faire de manière spontanée que si G de
chaque réaction est inférieur à zéro.

Dans les conditions physiologiques, la deuxième réaction (c.à.d. formation d’ATP) ne se fera
jamais.

33
En réalité, les deux réactions s’effectuent simultanément et non successivement. Le
groupement phosphoryl du PEP est transféré directement à l’ADP sans passer par la molécule
H2O.

PEP + ADP + H+  pyruvate + ATP G°’ = -32 KJ/mol

G’ = -35 KJ/mol

Dans ce cas l’élément de couplage et la pyruvate-kinase, enzyme complètement différente du

système ATPase / synthase mitochondrial.

En conclusion : une réaction avec G < 0 ne pourra pas stimuler une autre réaction dont le
G’ > 0 sauf s’il y a couplage. Couplage nécessite un élément de couplage, en général une
protéine enzyme, et les deux réactions doivent s’effectuer simultanément avec un G global
inférieur à zéro (G global < 0).

4.3. Couplages faisant intervenir un transport

a/ Une réaction chimique spontanée peut être couplée à un transport actif non spontané : on
parle de couplage chimio-osmotique.

b/ Transport spontané peut être couplé à une réaction chimique non spontanée : on parle de
couplage osmo-chimique

c/ Transport spontané peut être couplé à un transport actif : on parle alors de couplage
osmo-osmotique.

En biologie, les échanges se font entre deux compartiments, de composition différente,

séparés par une membrane biologique (bicouche lipidique + protéines + sucres + canaux +
etc…). L’élément permettant le couplage entre les deux transformations (transport et réaction
chimique ou deux transports) est de nature protéique ou un complexe multi-protéique. Le
schéma ci-après illustre les différents couplages à travers la membrane mitochondriale, lieu de
synthèse de l’ATP.

[1] Couplage entre la réaction d’oxydo-réduction (NADH/NAD+) et le transport actif de H+ de

la matrice mitochondriale (où la concentration [H+] est faible et donc le potentiel
électrochimique faible) vers le cytosol (où la concentration [H+] est forte et donc le potentiel
électrochimique élevé)
 couplage chimio-osmotique

34
 Cytoplasme
[H+] forte concentration
H+
(espace intermembranaire)

membrane

NADH NAD+

+ ½ O2 + H2O H+ Pi
ATP
ADP + Pi H+

osmo-chimique [2] chimio-osmotique [1] osmo-osmotique [3]

Matrice

[2] Le retour spontané de H+ (G<0) vers la matrice est couplé à la synthèse d’ATP à partir
de l’ADP + Pi
ADP + Pi  ATP + H2O (G>0)
 couplage osmo-chimique

[3] Le retour spontané de H+ (G<0) vers la matrice est couplé au transport actif de Pi
permettant l’entrée de Pi dans la matrice mitochondriale.

 couplage osmo-osmotique

Eléments de couplage :

• [1] Chaîne respiratoire membranaire de transfert d’électrons

• [2] L’ATP synthase
• [3] Transporteurs

35
5. Coenzymes et vitamines
Les vitamines sont des molécules organiques essentielles aux processus biologiques des
organismes supérieurs mais qui ne peuvent pas être synthétisés par ces organismes. Dans la
plupart des cas, la vitamine contribue en grande partie à la structure du coenzyme.

Enzyme Coenzyme Vitamine

Oxydo-réduction NADH, NADPH Vitamine PP [niacine]
FADH2, FMNH2 Vitamine B2
Coenzyme A Acide pantothénique
Acide tétrahydrofolique Acide folique
Transférase Phosphate de pyridoxale Vitamine B6
Pyrophosphate de thiamine Viatamine B1
biotine Vitamine H [biotine]
Lyase Pyrophosphate de thiamine Vitamine B1
Isomérase Cobamide coenzyme Vitamine B12

5.1. Le pouvoir réducteur des coenzymes

Ces molécules constituent une forme d'énergie universelle. Leur énergie chimique est
contenue dans les électrons qu'elles portent à l'état réduit (réaction d’oxydoréduction). Cette
forme réduite est formée essentiellement lors du catabolisme cellulaire (en bleu).

Cette énergie est libérée lors de leur ré-oxydation et elle sert à la formation d'un gradient de

protons utilisé pour la synthèse d'ATP (en rouge) (voir plus tard).

molécule abréviation
nicotinamide adénine dinucléotide réduit NADH
nicotinamide adénine dinucléotide phosphate réduit NADPH
flavine mononucléotide réduit FMNH2
flavine adénine dinucléotide réduit FADH2

36
a/ La nicotinamide adénine dinucléotide [NAD/NADH, H+] contient le groupe nicotinamide
qui est l'amide de l'acide nicotinique.
A cours de la réduction du coenzyme, le groupe nicotinamide capte un proton et un ion
hydrure d'un substrat qui est déshydrogéné :

NAD+ + 2H+ +2 e- <===> NADH + H+

Dans la structure nicotinamide adénine dinucléotide phosphate (réduite ou non /

NADP+ ou NADPH+), il ya substitution de l'hydrogène de l'hydroxyle situé en position 2'
du ribose lié à l'adénine par un groupe phosphoryle

37
b. flavine mononucléotide (ou FMN) et Flavine adénine dinucléotide (FAD)
Riboflavine, vitamine B2, qui est phosphorylé pour donner la flavine mononucléotide, ou
FMN, et la flavine-adénine dinucléotide, ou FAD

Flavine mononucléotide

38
 Flavine adénine dinucléotide

c/ Le cytochrome Q ou ubiquinone
Participe au transfert des électrons dans la chaîne respiratoire mitochondriale. Il est constitué
d'un noyau quinone.

d/. Transporteurs de groupement acyles

Coenzyme A (CoA)

39
 Le coenzyme A dérive d’une vitamine du groupe B. C’est le groupement thiol –éthylamine
qui constitue la partie active de la molécule,

6. Chaîne respiratoire et production D’ATP

Les cellules aérobies tirent la majeure part de leur énergie de la respiration, transport des
électrons des molécules de combustibles organiques vers l’oxygène moléculaire. Le transfert
des électrons du NADH (ou FADH2) à l’oxygène moléculaire s’effectue par une succession
de couples rédox constituant une chaîne respiratoire dans la membrane interne
mitochondriale.

6.1. Intermédiaires de la chaîne respiratoire

Sont des couples rédox qui se trouvent dans un état d’oxydoréduction bien défini. Ainsi, la
forme oxydée d’un couple est réduite par la forme réduite du couple qui le précède, et réduit à
son tour la forme oxydée du couple qui le suit.

Le réducteur initial (NADH) est régénéré par le métabolisme, tandis que l’oxydant final est
fourni en permanence par le milieu extérieur (la respiration, O2).

Ces couples rédox sont associés à des protéines, elles mêmes associées en complexes multi-
protéiques, le tout localisé dans la membrane interne mitochondriale selon une architecture
bien définie, permettant un transfert efficace et rapide des électrons du couple donneur
(initial) au couple accepteur (final).

- Nicotinamide adénine dinucléotide (NAD+/NADH). Structures ci-dessus?

La réduction de la forme oxydée fait intervenir 1 H+ et 2 e- :
NAD+ + 2 e- + H+  NADH Em = -0,32 V
La forme réduite est le donneur d’électrons à la chaîne respiratoire.

- Flavines nucléotides sont de deux types: flavine mononucléotide (FMN/FMNH2) et flavine

adénine dinucléotide (FAD/FADH2). Structures ?

La réduction de la forme oxydée du couple fait intervenir 2 H+ et 2 e- .

FMN (ou FAD) + 2 e- + 2H+  FMNH2 (ou FADH2) Em = -0,22 V
Dans la membrane interne mitochondriale, les flavines sont associées aux chaînes
polypeptidiques des protéines par des liaisons covalentes ou non covalentes. Ainsi, le

40
potentiel d’oxydoréduction ci-dessus peut être différent selon l’environnement du coenzyme
(FMN ou FAD).

- Ubiquinones : sont des couples rédox hydrosolubles qui peuvent être soit sous forme libre
dans la matrice lipidique, soit associées aux complexes protéiques. La forme libre des
quinones est impliquée dans le transfert des électrons entre les complexes multi-protéiques.

La réduction de la forme oxydée du couple fait intervenir 2 H+ et 2 e- :

UQ + 2 H+ et 2 e-  UQH2 Em = +0,04 V

- Centre FeS : sont constitués d’atomes de fer reliés ente eux par des atomes de soufre labiles.
Les atomes de fer du centre sont liés par liaison de covalence à la chaîne polypeptidique par
l’intermédiaire des atomes de soufre de cystéines. Les centres peuvent être plus au moins
complexes : Fe2/S2 ; Fe4/S4 ; Fe8/S8.

La réduction de la forme oxydée du couple (quelle que soit la complexité du centre) ne fait
intervenir qu’un seul électron :

Fe/Soxydé + e-  Fe/Sréduit Em = -0,5 à +0,25 V, le potentiel de demi-

réduction du couple dépend de l’environnement protéique.

- Cytochromes : sont des hémoprotéines qui participent à des réactions d’oxydoréduction. Le

couple rédox fixé à la protéine est le groupement hème. Différents hèmes se différencient par
la nature du substituant (hème a, hème b, hème c, …) et, donc différents cytochromes avec
différentes chaînes polypeptidiques.

La réduction de la forme oxydée du couple ne fait intervenir qu’un seul électron :

cytochrome (Fe+++) + e-  cytochrome (Fe++) Em = -0,1 à +0,5 V

Le potentiel rédox du couple dépend de la structure protéique.

Le cytochrome c comme le coenzyme Q (ubiquinone) sont dans transporteurs mobiles

d’électrons de la chaîne respiratoire.

6.2. Organisation de la chaîne respiratoire

La chaîne respiratoire est localisée dans la membrane interne mitochondriale. Cette chaîne de
transport d'électrons est constituée de quatre complexes protéiques :
- complexe I : NADH-coenzyme Q oxydoréductase,

41
 - complexe II : succinate-coenzyme Q oxydoréductase,
- complexe III : coenzyme Q-cytochrome c oxydoréductase,
- complexe IV : cytochrome c oxydase.
Le coenzyme Q (ubiquinone) et le cytochrome c sont des transporteurs mobiles de la chaîne
respiratoire.
Une grande partie de l'énergie produite dans les voies cataboliques se retrouve contenue dans
les formes réduites NADH et le FADH2. Cette énergie sera convertie en ATP dans la
mitochondrie. An effet, les coenzymes réduits mitochondriaux cèdent leurs deux électrons à
un système de transporteurs qui, par une cascade de réactions d'oxydo-réduction, amène ces
électrons jusqu'à l'accepteur final, une demi-molécule d’oxygène (NADH + H+ + ½O2 
NAD+ + H2O E°’ = +1,14 V ; G°’ = -220 kJ)

La membrane interne est imperméable aux ions H+. Cependant, au cours de ce transfert
électronique, il y a formation d'un gradient de protons de part et d'autre de cette membrane, ce
qui permet la synthèse d'ATP lors d'une réaction catalysée par l'ATP synthase mitochondriale.
La respiration et la phosphorylation de l'ADP sont donc couplées via ce gradient de protons.

Le complexe NADH déshydrogénase (complexe I) qui accepte les électrons du NADH et les
transmet, par l’intermédiaire d’une flavine (FMN) et d’au moins cinq centres Fe-soufre, à
l’ubiquinone (Coenzyme Q). Il est constitué de plus de vingt chaînes polypeptidiques (750
kDa).

42
NADH + H+ + UQ  NAD+ + UQH2 E°’ = +0,36 V ; G°’ = -70 kJ. Les deux protons
nécessaires à la réduction de UQ en UQH2 sont prélevés dans le milieu matriciel.

Le Coenzyme Q transfère ses électrons au second complexe enzymatique respiratoire, le

complexe b-c1 (complexe III). Ce complexe accepte les électrons de l’ubiquinone et le
transmet au cytochrome c, qui, à son tour, les transporte jusqu’au complexe cytochrome c
oxydase (complexe IV). Le complexe III est constitué de huit chaînes polypeptidiques (250
kDa) et comprend quatre centres rédox : un Fe/S, deux hèmes de type b et un hème de type c
(c1)

UQH2 + 2 cyt c (Fe+++)  UQ + 2 H+ + 2 cyt c (Fe++) E°’ = +0,21 V ; G°’ = -40 kJ. Deux
cyt c seront nécessaires pour capter les deux électrons provenant de UQH 2. Les deux protons
résultant de l’oxydation de UQH2 en UQ sont libérés dans le milieu extramatriciel.

Le complexe IV (cytochrome a-a3) accepte les électrons des deux cytochromes c réduits et
les transmet à l’oxygène moléculaire (1/2 O2). Il est constitué de treize chaînes
polypeptidiques (150 kDa) et comprend quatre couples rédox : deux hèmes type a et deux
atomes de Cu.

2 cyt c (Fe++) + ½ O2 + 2H+  2 cyt c (Fe+++) + H2O E°’ = +0,47 V; G°’ = -110 kJ. Les deux
protons nécessaires à la réduction de ½ O2 en H2O sont prélevés dans le milieu matriciel.

Les complexes enzymatiques respiratoires couplent le transport d’électrons

énergétiquement favorable au pompage de protons hors de la matrice. En effet, le transport
spontané des électrons dans chaque complexe enzymatiques respiratoires (G°’
respectivement -70 kJ, -40 kJ et -110 kJ) est couplé à un vrai pompage de protons hors de
la matrice : 3 à 4 H+ au niveau du complexe I, 2 H+ au niveau du complexe III et 2 H+ au
niveau du complexe IV. En gros, on peut considérer que, lors du transfert de 2 électrons du
NADH à ½ O2, une dizaine de H+ sont transportés de la matrice vers le milieu extra
matriciel.

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Le complexe II est une voie non prioritaire de fonctionnement du système de phosphorylation
oxydative. Sa fonction est celle d'une succinate ubiquinone oxydo réductase qui transfert les
électrons du succinate directement à l’UQ, sans passé par le complexe I. Le complexe II
comprend huit chaînes polypeptidiques (250 kDa) et six couples rédox (1 FAD, 1 cyt b, 4
Fe/S).

Succinate + UQ  fumarate + UQH2 E°’ = +0,01 V ; G°’ = -2kJ

La faible variation d’énergie libre (enthalpie libre) ne permet pas un couplage avec un
transporteur de H+ (comme le complexe I). Ainsi, lorsque le succinate est le donneur
d’électrons (via le centre FAD/FADH2) à la chaîne respiratoire, seuls 6 à 8 H+ sont pompés
vers l’espace extra matriciel.

Il est possible de bloquer le flux d’électrons par addition d’inhibiteurs spécifiques, agissant
en certains points de la chaîne. La roténone et l’amytal agissent au niveau de la NADH
déshydrogénase (complexe I). L’antimycine A au niveau du complexe III ou encore
cyanide ou monoxyde du carbone au niveau du complexe IV.

Chaîne de transport des électrons

complexe I complexe III complexe IV

NADH → FMN → Fe.S → CoQ → cyt b → Fe.S → cyt c1 → cyt c → cyt a cyt a3 → O2
     
Rotenone  Fe.S Antimycin A cyanide 
Amytal 
FAD


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L’antimycine, un antibiotique, bloque le transfert d’électrons entre le cytochrome b et le
cytochrome c1 (complexe III). Le cyanure, l’hydrogène sulfuré et l’oxyde de carbone inhibe
l’étape terminale au niveau du cytochrome a, a3. Le site d’action de ces inhibiteurs à été
déterminé par des mesures spectrophotométriques de l’état d’oxydo-réduction des
différents transporteurs d’électrons, avant et après l’addition de l’inhibiteur à des
mitochondries respirant activement ; il se produit alors un ‘cross-over point’ : le
transporteur d’électrons à gauche de ce point devient réduit et celui à droite de ce point plus
oxydé.

Il existe également des agents découplant qui n’influencent pas le transport des électrons le
long de la chaîne respiratoire mais empêche la phosphorylation de l’ADP en ATP. On peut
citer par exemple le 2,4-dinitrophénol (acide faible à caractère hydrophobe) et le
carbonylcyanide-p-methoxyphenylhydrazone. Ces agents découplant agissent en rendant la
membrane mitochondriale perméable aux protons; en leur présence le transport d’électrons
à travers la chaîne respiratoire se déroule normalement mais l’énergie chimique « ATP »
n’est pas formée car la force protomotrice à travers la membrane est dissipée.

Les animaux hibernants élèvent leur température corporelle lors du réveil grâce au
découplage de la chaîne respiratoire par une protéine découplant (tissu adipeux brun par
exemple). Dans ce cas on parle de rôle physiologique.

Enfin, une mutation au niveau d’une de nombreuses chaînes polypeptidiques participant au

transport d’électrons peut entraîner une perturbation du bon fonctionnement de la chaîne
respiratoire. De nombreuses myopathies sont de nature mitochondriale et ont pour origine
une mutation au niveau d’une des protéines de la chaîne respiratoire.

6.3. Phosphorylation de l’ADP en ATP (ATP synthase)

Le NADH, formé dans la matrice, cède ses équivalents réducteurs à la NADH déshydogénase
(complexe I). Ce dernier est accessible par la face interne de la membrane interne. Les
électrons sont cheminés du complexe I jusqu'à l'oxygène moléculaire, via le coenzyme Q -
complexe III - cytochrome c - complexe IV. L'oxygène moléculaire, accepteur final des
électrons, sera réduit en H2O.

Le FADH2 produit dans la matrice mitochondriale cède, quant à lui, ses équivalents
réducteurs au complexe II. Le cheminement des électrons est ensuite identique à celui suivi

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par les électrons fournis par le NADH (coenzyme Q - complexe III - cytochrome c - complexe
IV).

Au cours de ce transfert, des protons sont expulsés de la matrice vers l'espace inter-
membranaire (au niveau des complexes I, III et IV) ce qui crée, de part et d'autre de la
membrane interne, un gradient électrochimique d'ions H+ qui contient l'énergie d'oxydation. Il
est constitué d'un gradient de pH (la matrice devient plus basique) et d'un gradient de charges
(la face matricielle de la membrane interne est chargée négativement).

Le retour des protons dans la matrice ne peut se produire qu'au niveau de passages spécifiques
constitués par l'ATP synthase (complexes FoF1). Fo est un canal transmembranaire qui laisse
passer sélectivement les protons, F1 contient le site catalytique responsable de la synthèse de
l'ATP à partir d'ADP et de Pi. Le gradient électrochimique de protons fournit ainsi l'énergie
nécessaire à la synthèse d'ATP, on dit qu'il est déchargé.

Le rapport P/O est le nombre d'ATP synthétisés par atome d'oxygène réduit. On a longtemps
considéré que le transfert de deux électrons du NADH à l'oxygène produisait environ 3 ATP,
et que celui du FADH2 générait environ 2 ATP.

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47