Biochimie II Jadot

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Objectif du cours : étudier le métabolisme.

Comment utiliser l’énergie ? Où va-t-on la puiser ? …

Métabolisme ENERGETIQUE.

« Voies métaboliques » : description – régulation – intégration … dysfonctionnement.

Réactions métaboliques, formules (mémorisation ?/restitution ?), mécanisme (- exemple : vitamines et

cofacteurs).

Approche réductionniste : bénéfices et risques.  On va tout voir de manière totalement isolé, alors
qu’en réalité, tout est en relation.

Signaux = hormones (ex : insuline, glucagon)  Important dans la régulation de la glycémie.

Phosphorylation oxydative : oxphos

1)1) Métabolisme
Métabolisme: vue
: vued’ensemble
d’ensembleetetnotion
notiondede« «couplage
couplage» »

Métabolisme dans sa globalité = 2 grand processus.

Gauche : processus exergoniques, produisent de l’énergie.

Ex : le catabolisme de façon générale. Lorsqu’on consomme

des nutriments ou des molécules (graisses, etc.)  processus
exergoniques : mettent de l’énergie à disposition de
l’organisme.

Droite : endergoniques . Consommation d’énergie, anabolisme

(construction de biomolécules) consomme de l’énergie. La
neurotransmission, la contraction musculaire, etc. sont des
processus consommateurs d’énergie.

Pour que tout soit harmonieux : le couplage entre les deux

est indispensable.
Toute l’énergie produite par le catabolisme seraient libérée
sous forme de calories si on avait pas se couplage.

!Extrême importance des mécanismes de couplages.

Qu’est-ce qu’un couplage ?

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Le couplage dans cet exemple mécanique, c’est le

câble et la poulie. Dans sa globalité le rendement du
système est environ d’une 40aines de %.

Processus endergonique sont caractérisés par 𝛥𝐺 >

0 et exergonique par 𝛥𝐺 < 0.

Le couplage qui va nous intéresser est de

nature chimique ! Pas de poulie ou de corde.
 Oxphos (stratégie la plus importante et
rentable) et d’autre réactions !
Phosphorylation de l’ADP en ATP est
endergonique : demande de l’énergie, sera
rendu possible par un processus exergonique.

Ex : utilisation de sucres.

ATP en ADP = exergonique.

Clivage d’une liaison phosphate  création
d’énergie qui sera utile pour une réaction
endergonique.
A coté de l’ATP on a des coenzymes
d’oxydoréduction qui vont remplir le même
genre de fonction. FAD, NAD, …
FAD est capable, grâce à un processus
exergonique, de se réduire en FADH2
(réaction endergonique).
Utilisation de l’ATP comme monnaie énergétique d’échange et d’autre nucléotides + coenzymes
d’oxydoréduction.

Entre le rouge et le bleu : couplage.

Mais c’est plus compliqué que ça, le couplage entre rose et bleu implique 2 demi couplages du fait de
l’intervention de ces molécules intermédiaires.

Intérêt ? Dans une cellule les 2 réactions ne sont pas toujours l’une a coté de l’autre, les processus ne se
déroulent pas nécessairement au même endroit ou au même moment.

2) Liaison pyrophosphates des nucléotides :

Base nucléotidique purique (adénine) dans une
liaison N osidique avec un ribose => Nucléoside
(Adénosine)

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L’adénosine peut devenir une adénylate (phosphorylée) : AMP, ADP, ATP.
Dans l’ATP, on retrouve deux liaisons pyrophosphates (vagues rouges) qui sont riches en énergie.
Il y a bien 3 P dans l’ATP mais que 2 des liaisons sont riches en énergie.

AMP : le seul P restant est engagé dans une liaison ester simple qui n’est pas particulièrement riche en
énergie.

Nucléosides di- et triphosphate : propriété qu’a l’ATP est retrouvée à l’identique avec les autres
nucléotides. NDP, NTP, ..
Parfois on utilise du GTP, de l’UTP, ..
Pour construire le glycogène on utilise de l’UTP, de la même manière qu’on utilise l’ATP.

3) Les coenzymes :
3.1) Nicotinamide adénine dinucléotide = NAD
Les coenzymes nicotiniques NAD+/NADH (et NADP+/NADPH) contribuent au couplage de réactions d’oxydo-
réductions.

Structure oxydée : charge positive.

2 nucléotides fixés l’un à l’autre par une liaison 5’-5’ pyrophosphate.

Base nucléotidique : nicotinamide.

Hétérocycle azoté, l’azote est porteur d’une charge +.
 C’est dans cette structure qu’on va pouvoir osciller entre un état réduit et oxydé. C’est une
molécule qui fonctionne comme accepteur/donneur de protons dans des processus de couplage.
NMN : partie fonctionnelle est l’hétérocycle azoté !

 Vitamine B3 : niacine
Couple acide nicotinique – nicotinamide.

Acide nicotinique : capable de la biosynthétiser.

Soit on peut l’extraire du catabolisme du tryptophane
soit on peut le trouver dans l’alimentation.

La forme utile de la molécule = nicotinamide, base

nucléotidique du NAD+.

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Pellagre = carence en nicotinamide.

3.2) Participations du NAD+ dans les redox :

Ce qui se passe : AH2 est la forme oxydée du substrat ( 2 électrons et 2 H+)

La forme réduite des coenzymes nicotiniques correspond à la forme oxydée ayant « accepté » deux
électrons et un proton (soit un hydrure H-)
 Pour obtenir NADH, il faut accueillir 2 électrons sur la base nucléotidique et 1 proton. Le 2e
proton est libéré. D’où le + H+.

3.3) Les coenzymes flaviniques :

Cousin du NADH : le FAD, couple : FAD/FADH2

FAD : flavine adénine dinucléotide.

On peut avoir un FMN (flavine mono nucléotide)

Sur la flavine : réaction d’oxydoréduction se met en place.

Une moitié représente un AMP, ensuite : 5’5’ pyrophosphate.

Molécule de ribose peut subir une réduction pour devenir
ribitol (un polyol, sucre réduit)

Quand on part du ribofuranose ou ribitol on obtient le sucre

à 5C dans la flavine

Noyau isoalloxazine : isoalloxazine = base nucléotidique.  Accepte les électrons.

Base nucléotidique + ribitol = riboflavine (vitamine B2)

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3.4) Participation du FAD aux réactions d’oxydoréduction :

Rien n’est libéré : les deux électrons et deux protons sont dans la molécule réduite.

µR = ribitol + le reste mais ça n’intervient pas dans la réduction.

Délocalisation électronique et accueil d’un proton : forme protonée et intermédiaire.

Processus de réduction (forme semi-réduite) qui est une forme semi quinone.

Quinones : possibilité de perdre leur électron et donner à un Oxygène -> formation de O=O. (processus
accidentel )  Anion super oxyde (famille des ROS, espèce ox deriv des oses) Ultra réactif. (Stress
oxydatif).

Accepter un proton et un électron supplémentaire : structure complétement réduite ; R = ribitol

pyrophosphate et adénosine = FADH2
Les bases peuvent osciller entre un état réduit et oxyder.

4) Oxphos :
Processus métaboliques qui correspondent à des mécanismes
permettant d’utiliser des sources d’énergie.
Stocks d’énergie (organisme ou alimentation)

Catabolisées

Convergence : tout rejoins l’Acétyl-CoA et le cycle de Krebs.

Macromolécules qui peuvent être dégradées en molécules
simples.

Les catabolismes vont rejoindre un tronc centrale : glycolyse,

pyruvate hydrogénase et cycle de Krebs.

Dégradation progressive des molécules : mettre de l’énergie à

disposition. On va récupérer le + possible cette énergie.
Certaines réactions forment directement de l’ATP. (vert)

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Flèches turquoises = réactions d’oxydation de substrat couplées à la réduction d’un coenzyme. Réduction
d’un coenzyme  conférer un paquet d’énergie.
 Accumulation et convergence dans le mécanisme
de phosphorylation oxydative.

Chiffres romains : les grandes étapes.

I : catabolisassions en molécules simples

II : utilisation des molécules simples pour obtenir des

métabolites communs

III : cycle de Krebs

IV : mécanisme de phosphorylation oxydative.

Même numérotation.

Phosphorylation oxydative :

Prend place dans la mitochondrie (membrane interne) +++ pas complet.

Oxydation de coenzymes, flux d’électrons et O2 en H2O = chaine respiratoire.

4.1) Tout se passe dans la mitochondrie.

La mitochondrie est un organite composé de 4 souscompartiments :
- La membrane externe : membrane qui est caractérisée par sa
relative perméabilité. On y retrouve des porines. Sa structure avec
porines lui permet d’être une membrane à travers la quelle peuvent
passer de nombreuses molécules de petites tailles ainsi que des ions.
- L’espace inter-membranaire
- La membrane interne : Elle se replie pour former des crêtes bien
caractéristiques. Elle est, contrairement à la membrane interne,
extrêmement imperméable, notamment aux protons (fondamental !).
Cette membrane renferme toute une série d’intervenants.
- Matrice mitochondriale : On y retrouve un grand nombre d’enzymes
solubles dont les oxydo-réductases responsables de l’oxydation de
toute une série de molécules simples qui permettront l’accumulation
d’énergie sous forme de co-enzymes réduits.
Une bonne partie (pas tous) de ces réactions d’oxydation/réduction
du fuel énergétique se mettent en place dans cette matrice

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mitochondriale. On produit la majorité des coenzymes réduits à l’intérieur de la mitochondrie, les autres
devront venir du cytosol.

4.2) Schéma de la phosphorylation oxydative :

4 étapes, 2 couplages.

1. Oxydation du coenzyme réduit en

coenzyme oxydé. (oxydation des coenzymes)
 Processus exergonique

2. 1e couplage : la chaine respiratoire

(l’énergie correspondant à l’oxydation des
coenzyme donne l’activation du pompage des
protons)
 Construction d’un gradient de protons.
(accumulation de protons dans l’espace
intermembranaire : différence de pH !)

3. Reflux des protons. Processus exergonique.

4. 2e couplage : la phosphorylation d’ADP en ATP. Trouver les 30 KJ/mol pour la réaction. (couplage
avec le reflux des protons) Processus endergonique.

2 machines : la chaine respiratoire et l’ATP synthase.

4 étapes qui font l’objet de 2 couplages.

 Si la membrane était perméable au protons , on ne pourrait pas construire le gradient de

protons . Il y a des transporteurs comme l’ATP synthase qui est un site qui à évoluer pour
effectuer le reflux des protons.
Principe identique à celui du pompage turbinage.

Lorsque l’énergie est présente en abondance : alimentation d’une turbine et augmenter le niveau d’eau
dans le bassin supérieur ; (pompage de protons)

Laisser passer dans le bassin inférieur : exergonique (atp synthase)

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Pas étudier tel quel : réaction qu’on va décrire dans le métabolisme.

M = mitochondrie, C = cytosol.

5) La chaine respiratoire :

 Autant de couplage que de points de contacte.

Collection d’accepteurs/donneurs d’électrons.

L’oxydation de NADH en NAD+ = porte d’entrée  Utilisation des 2 e- qui vont être utilisés pour
transformer A en AH2. Etc. Jusqu’a Z en Zh2 et création d’H2O.

Chaine de transfert des électrons/ chaine respiratoire. Turquoise = flux des électrons. => Processus
exergonique.
Utilisation progressive de l’énergie pour construire le gradient de protons.

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5.1) Molécules participant au transfert des électrons dans la chaine respiratoire :

4 grandes catégories :

1. Flavoprotéines  protéine qui utilise

une flavine comme groupement
prosthétique.
FMN et FAD (on retrouve les 2 dans la chaine
respiratoire)

2. Ubiquinone (coenzyme Q) :
Famille des Terpénoïdes, constitué de plusieurs unités
isoprènes.
Longue queue hydrophobe associée à cette structure
cyclique.

Petite molécule diffusible en milieu lipidique.

3. Cytochromes : hémoprotéines  hème = Ferro-porphyrine

Myoglobine et hémoglobine : essentiel de

ne pas oxydé, permettre une
oxygénation sans oxydation, car sinon
structure moléculaire plus capable
d’exercer sa fonction.

Hème associée au cytochrome : fonction

= permettre flux électronique.
On va exploité le fait que le fer va
pouvoir osciller entre état ferreux et
ferrique. Fe3+ + 1é  Fe2+

Même molécule mais le fonctionnement

est différent lorsqu’elles interviennent
dans la chaine respiratoire.

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Il existe des cytochromes, qui vont appartenir à 3 grandes familles : A, B et C en fonction de l’hème
utilisée. Et dans ces familles, plusieurs numéros !

5.2) Centres fer-soufre :

Protéines fer-soufre : chaine peptidique avec un centre fer-souffre  Fe2-S2
Fonctionnel : fer participe au flux électronique et dans la chaine respiratoire : RedOx

Correspondent aux lettres A, B, C, …, Z.

Rappel du cours précédant : Coenzymes réduits : produits par redox et catabolisassions de nutriments en
particulier. Coenzyme réduit : emmagasine l’énergie.

Processus exergonique : oxydation des coenzymes  Utilisé pour le flux de protons, ensuite ces protons
refluent au niveau de protéines qui permettent ce refus (ex atp synthase) où l’énergie de ce reflux de
protons est exploitée pour construire des liaisons phosphate dans des molécules d’ATP.

5.3) Molécules participant au transfert des électrons dans la chaine respiratoire :

X = chaine peptidique

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Deux questions :

1. Comment connaitre (expérimentalement) la séquence de la chaine respiratoire ?  Point 1

2. Comment comprendre la séquence de réaction ?  les électrons prennent un chemin et pas un

autre.

1 - Etudier le trajet suivi par les électrons :

Inhibiteurs de flux : ciblent 1 intervenant de la chaine respiratoire.

Roténone interrompt le flux électronique, l’antimycin A aussi et CN- ou CO aussi.

Inhibiteurs et on connait l’endroit où ils agissent.
L’expérience doit être capable de distinguer une forme redéduite et oxydée d’un intervenant. En
appliquant un inhibiteur, tout les intervenants en amont de l’inhibiteur vont se retrouver dans leur état
réduit et tout se qui est en aval va se retrouvé dans une forme oxydée (orange)

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Ordre d’intervention des cytochromes :

Ajout NADH : donneur d’électrons.

Si pas d’oxygène : état réduit.

Ajout d’O et possibilité de mesurer la
réaction des cytochromes, on retrouve
ces courbes là. À partir de là, on à la
possibilité de connaitre l’ordre
d’intervention. L’ordre = b, c1, c, a + a3.

2- comprendre le trajet suivi par les électrons :

1. Potentiel redox :
Tout ces intervenants qui participent au flux électronique ont leur caractéristiques propres. Une de ces
caractéristique est le potentiel redox, mesure de la propension relative qu’aura une molécule à
accepter/capter des électrons.
Tout ces intervenant n’ont pas le même potentiel redox. Ce potentiel est d’autant plus élevé que la
molécule est oxydante.
 L’élément le plus oxydant est l’oxygène.
Les électrons vont dans le sens croissant des potentiels redox (sauf situation pathologique)  trajet
irréversible et unidirectionnel.

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2. Organisation architecturale de la chaine de transfert des électrons :
Organisation en grand complexes, qui sont en quelque sorte des structures figées,
On distingue 4 grands complexes (I, II, III, IV)

Récupération de fragments de mb interne ; On solubilise les

fragments en utilisant un détergent puis électrophorèse pour
isoler les complexes.

Il y à un 5e complexe : structure énorme mais seuls I à IV 

participent de la chaine électronique.
V  ATP synthase, met en place la synthèse de l’ATP, autre
chose !
I NADH  Q
II succinate  Q
III Q  cytochrome C
IV Cytochrome C  O2

3. Le coenzyme Q est particulier car il est lipidique et donc diffusible. Récolte les électrons des
complexes I et II puis les envoie au complexe III.

Flux électronique linéaire ? Plus compliqué !

Q accepte les électrons soit de NADH soit succinate : convergence de 2 flux électronique.

Chaine respiratoire en Y avec 2 portes d’entrée . NADH et succinate. (en réalité c’est plus compliqué, il
y en à plus)

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4. Structures avec beaucoup d’intervenants.

NADH déshydrogénase (complexe I)  Activité biologique est de permettre l’oxydation du NADH en NAD+.
4 grands complexes et 2 intermédiaires (coenzyme Q et cytochrome c)

Différence de potentiel redox importante en partant du complexe I.

En partant du complexe II, la différence de potentiel redox est minime.
L’oxygène est la porte de sortie.

Couplage de flux
électronique et
pompage de protons.

Équation : met en
relation 𝛥G (valeur de
l’énergie rendue
disponible par le flux)
Il faut savoir à
combien d’e- on
s’intéresse (n), signe -
car exergonique
F = cste de faraday
et 𝛥E = différence
de potentiel redox.

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2 portes d’entrée.

Autres possibilités de portes d’entrée : FMN et

FAD, Acyl-CoA
Le coenzyme Q est réellement un point de
convergence.
Il n’y a pas que deux portes d’entrée, mais on
parlera que de 2.

6) Le complexe I :

NADH + H+  NAD+
FMN
Les électrons passent par une série de centres
fer-souffres.
Accepteur final = coenzyme Q
Besoin de 2 H+ pour former la forme reduite QH2.
Flux de H+ rendu possible par le trajet
électronique.  processus consommateur
d’énergie, envoyer des protons vers la membrane,
construction d’un gradient de protons.
Le trajet électronique de 2 électrons autorise le
pompage de 4 électrons.

6.1) Molécules capables d’interférer avec la phosphorylation oxydative :

*Roténone : inhibiteur du complexe 1

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7) Complexe II, succinate déshydrogénase :

FAD puis série de centre F2-S2

Hème b
Le cytochrome b ne participe pas au flux
des électrons. Il lutte contre le stress
oxydant, il est à l’écart du flux
électronique : rôle protecteur
Envoie des électrons jusqu’au coenzyme Q.

Pas de pompage de protons : la

différence de potentiel redox est minime,
pas suffisamment d’énergie pour
alimenter de manière significative un
pompage de H+.
Permet un pompage en aval (III, IV)

8) Complexe III :
Pour 2e transportée 4 H+ pompés.

Le cytochrome C ne fait pas partie du complexe !

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8.1) Simplification du fonctionnement du cycle de l’ubiquinone :
Décrit le fonctionnement du complexe III.
Le coenzyme Q participe au
fonctionnement du flux électronique
du complexe III. On retrouve des
cytochromes B, C1 et cytochrome C à
l’extérieur qui est en attente des
électrons.
L’ubiquinone peut participer au flux
électrons par électrons.

QH- : forme radicalaire.

2 « rotations « pour faire passer les

électrons.

Pompage de protons : bénéfice du

flux électronique.

9) Complexe IV : cytochrome C oxydase

Flux de 4e pour pas avoir de demi O2.

2H+ au niveau des complexes car 2e.

2 centres redox : hème a ou a3, ces

hèmes sont associées à un centre
redox contenant du cuivre.
10 H+ ont été pompés
Accumulation de protons espace
intermembranaire : double potentiel.
 Potentiel chimique et électrique.

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10) La théorie chimio-osmotique :
Gradient électrochimique et force proton-motrice.

Accumulation de protons : sert à construire de l’atp.

On à généré une force : la force proton-motrice, permettant le fonctionnement de l’ATP synthase.

Coût énergétique de la construction du gradient électrochimique (...ou bénéfice énergétique de sa
dissipation)

10.1) La force proton motrice :

Force rendue disponible par la dissipation du gradient
électrochimique.
Le bénéfice énergétique de la dissipation de ce gradient
est évidemment identique au coût énergétique de sa
construction. Ce coût nous est donné par l’équation sous
la DIA. Cette équation nous enseigne que plus le gradient
électrochimique est important = plus on accumule de
protons= plus de 𝛥pH est important = plus le 𝛥𝜓 est
important à plus le coût énergétique sera élevé pour
construire un gradient de ce type-là.
À l’inverse, lorsque l’on va permettre au protons de
refluer vers la matrice mitochondriale, le 𝛥pH et le 𝛥𝜓
vont tendre vers 0 et donc on va récupérer un 𝛥G de
valeur négative cette fois !

Ce 𝛥G de valeur négative correspond au bénéfice

énergétique de la dissipation du gradient, c’est la force
proton motrice.
Pour fixer les choses : On vient de parler du coût
énergétique (𝛥G >0) de la construction du gradient
électrochimique mais d’où provient l’énergie nécessaire pour construire ce gradient électrochimique ? Il
provient évidemment du fonctionnent de la chaîne respiratoire, càd du 𝛥G <0 qui était égale à -nF𝛥E’0

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10.2) Notion de couplage mitochondrial :
Le couplage mitochondriale se rapporte
en fait au lien qui existe entre d’une
part la respiration (càd la
consommation d’O2, le fonctionnement
de la chaîne respiratoire)et d’autre
part la phosphorylation (càd le
fonctionnement de l’ATP synthase). En
d’autres mots, on a un couplage entre
la chaîne respiratoire qui construit le
gradient électrochimique et la
phosphorylation de l’ATP qui le «
consomme » (utilise la force proton-
motrice).
Couplage entre la chaîne respiratoire et la phosphorylation de l’atp (qui utilise la force proton motrice)
Si on bloque le flux électronique, il n’y a pas de phosphorylation de l’atp.

Inhibiteur atp synthase : la conséquence est un blocage du flux électronique.

 Couplage bidirectionnel.

2 ordonnées :
Mesurer la consommation d’O (g) et la synthèse d’ATP (d)

a) Ajout de succinate : ajout d’électrons.  augmentation de la concentration d’atp ! Mise en route de

l’ATP synthase. CN- : inhibe la cytochrome oxydase

b) ajout d’oligomycine (et pas CN-) : inhibiteur de l’atp synthase. Arrêt de la synthèse d’ATP, Ajout du DNP :
respiration reprend alors que l’atp synthase est toujours inhibée. Illustration d’un découplage ! (atypique).

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Mécaniquement, comment agit le DNP (petite molécule qui à les propriétés d’un agent découplant) ?

DNP : se retrouve dans

l’espace
intermembranaire, pH
faible, mise en place
d’une protonation du
DNP.

Forme non dissociée :

possibilité de diffuser a
travers la membrane
mitochondriale.
On retrouve donc du DNP protoné dans la matrice. Dès lors que la molécule se retrouve dans un endroit
plus basique, le DNP se déprotone.
La structure moléculaire est tel que l’excès électronique ne va pas apparaitre comme une charge nette -1
mais va être partagé entre tout les atomes de la structure du DNP. Malgré cette charge négative, la
molécule garde ces propriétés de diffusion à travers la membrane.

 Protonation : espace membranaire

 Déprotonation : matrice.

Cycle futile : réel flux de protons. DNP = navette à protons.

Le DNP en absence de synthèse d’ATP, fait disparaitre le gradient électrochimique, provoque la
disparition de la force proton motrice, prive l’atp synthase d’énergie.

Analogie au barrage : le DNP fait un « trou » dans le barrage. Perte d’ énergie potentielle.

Gradient électro chimique : composé électronique et composé chimique, DNP fait disparaitre les protons
(disparition de 𝛥𝑝𝐻 et 𝛥𝜓) mais certains ionophores vont conduire à, par exemple, un flux de potentiel :
disparition 𝛥𝜓 mais garde 𝛥𝑝𝐻.

Certains ionophores : découplage partiel (une des deux composantes)

Mais si protonophore : annulation simultanée de 𝛥𝑝𝐻 et 𝛥𝜓.

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10.3) Thermogénine (UCP1) :
Protéine UCP : protéine de découplage. Protéine qui fait partie intégrante de la membrane interne de la
mitochondrie. Fonctionne dans des conditions physiologiques.

UCP1 : permet reflux de protons dans un contexte extérieur de l’ATP synthase. Mécanisme régulé, protons
qui passent par UCP1 échappent a l’atp synthase.

Bénéfice : lorsque les protons sont « gaspillés » passant par UCP1  processus exergonique mais qui n’est
pas couplé à un mécanisme endergonique. Le reflux n’est pas couplé : l’énergie rendue disponible est
dissipée, perdue sous forme de chaleur. UCP1 : prot de découplage physiologique, contribue à la
thermorégulation.

Ex : bébés qui ont bcp de graisse brune : beaucoup, beaucoup de mitochondries ! Mitochondries : beaucoup
de cytochrome, c’est pour ça que c’est brun.

Mécanisme de transport d’acides gras : diffusion d’acide gras et les protons accompagnent ce flux.

10.4) ATP synthase , FOF1 ATPase, ATP mitochondriale :

FOF1 : indique le fait que c’est

une protéine constituée de 2
parties FO et F1

FO (O et pas zéro) : lié au fait

que la prot est inhibée par
l’oligomycine, et l’oligomycine
cible la partie FO.
FO est très hydrophobe, encré
dans la mb interne,

F1 : dans la matrice
mitochondriale, polaire.

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Une partie de FO est liée à la tête de F1.

Protéine qui va tirer partie du flux de protons (retour
de prot vers la matrice) et les protons refluent à
travers FO.

FO : « canal à protons », dissipation des protéines

F1 : partie catalytique, constituée avant tout de 3

dimères : association alpha-beta
La réaction catalysée par l’atp synthase est une
réaction ultra importante.

Découverte de Boyer :

Hypothèse : en rouge.

Première étape : formation de complexe ES.

Construction sans cout énergétique.

Réaction de phosphorylation de l’ADP : complexe E-

ATP.
Réaction de phosphorylation pratiquement à
l’équilibre.

Mais alors à quoi sert la force proton motrice ?

Cette énergie sert à dissocier E-ATP  Libération
de l’ATP en solution. .
Ces pas la catalyse en tant que tel qui est couteuse mais la libération de l’atp.
On a ici une vue du dessus, on regarde depuis la matrice mitochondriale. (Notre écran = surface matricielle
de la MMI)
On retrouve cette structure de F1, ces
dimères alpha-beta. Au centre on a la S-U
gamma de F0.
On remarque que la structure 3D de ces S-U
alpha et beta ne sont pas les mêmes dans les
3 copies, on a 3 structures différentes. Ceci
est représenté par les 3 types de traits.
Si on regarde d’un peu plus près, on
remarque que les 3 copies des dimères alpha-
beta ne sont pas associés à la même chose…
On voit sur la droite un dimère alpha-beta
associé à une molécule d’ATP, la réaction
s’est produite. Un peu plus haut à gauche le
dimère est lié à un ADP. Et le dimère du bas
est vide, n’est associé à rien.

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En associant le fait qu’il y ai plusieurs conformations
différentes en fonction des dimères et le fait que les
dimères se lient à des choses différentes, on a pu
déterminer le mécanisme de fonctionnement de l’ATP
synthase
Les protons passent par la partie FO (transmembranaire).

Sous unités C : forment une espèce de tonneau. Les protons

qui passent  font une rotation.

Système de rotation mécanique de ce « tonneau » et

protons au bout du chemin passent dans la membrane.
Rotation -> FO se comporte comme un rotor.
Mise en rotation de ce rotor.
Lien entre ça et synthèse d’atp .

Ce pour quoi on a besoin d’énergie : dissociée de l’atp.

Deux sous unités b et a : sont immobiles. Tient par le dessus le « chapeau », F1.

𝜖 𝑒𝑡 𝛾 et gamma : tournent de façon décentré (grâce à la rotation).

Sous-unité 𝛾 va toucher successivement les 3 dimères alpha-beta.  « Contacte moléculaires » qui vont
imposer un changement de structure. La rotation du tonneau va forcer les dimères alpha-beta à adopter
leur différentes structures. Donc aussi la transition ATP vide  libération de l’atp.

 La force proton motrice est utilisée pour la mise en place d’un travail mécanique : la rotation.

On voit bien les trois structures différentes avec les

différentes associations.
Le basculement d’une structure vers l’autre se fera grâce à
l’intervention de la force proton motrice, c’est ce qui est
indiqué ici parles 3 H+ (requis pour produire un ATP).
La force proton motrice force donc l’adoption par ces SU de
structures 3D qui seront compatibles avec la fixation de
différentes choses.
Ce caractère endergonique qui correspond à la libération de
l’ATP c’est finalement la conséquence d’un travail mécanique, de
l’imposition d’une structure tridimensionnelle nouvelle

Expérience : réalisée par un groupe japonais.

Objectif : démontrer que l’hypothèse de Boyer est correcte.

Prouver qu’il y à bien un rotor et un stator.

 Mettre en évidence la rotation !

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Pour le démontrer : purifier FOF1 ATPase (après l’avoir modifié) Faire apparaitre des histidines
positionnées stratégiquement de façon tel qu’elles soient visibles à l’extérieur.
Il faut les placer pour qu’elles ne
modifient pas le processus
enzymatique. Histidine interagit
avec du nickel : point de colle
donnant la poss de faire inter F1
avec une lame couverte de nickel.

2e chose : modification d’une des

chaine carbonées pour y fixer par
intermédiaire de l’avidine (prot qui
à une affinité extra ordinaire pour
la biotine)

Petit point rouge ; biotine.

 Coller les chaine carbonées
avec un filament d’actine
modifié pour qu’il ai une florescence naturelle.

3e chose : F ATPase : cousines de cette FOF1 ATPase  utilisent de l’ATP pour mettre en place un flux
d’ions.
FOF1 fait l’inverse que les autres F ATPases.

+ Pari supplémentaire : fournir de l’ATP au système (et de l’eau) : si la réaction inverse se met en place,
cela force la mise en rotation du rotor et donc la visualisation est possible grâce à la fluorescence.

Montre que c’est bien système mécanique  et effectivement ils ont vu une magnifique rotation du
microfilament d’actine fluorescent.

11) Points supplémentaires

11.1) Force proton-motrice et activités de transport :
Nous avons vu le fonctionnement de la chaîne respiratoire, nous avons vu comment on peut, grâce à la
chaîne respiratoire, construire un gradient électrochimique, bénéficier d’une force proton motrice qui
nous permettra de mettre en place la réaction catalysée par l’ATPsynthase, càd la construction de
nouvelle molécule d’ATP = raison d’être principale de la force proton motrice.
Il est à signaler que la force proton motrice est utilisée à
d’autres fins que de construire cette liaison phosphate.
L’illustration ci-contre montre une utilisation l’alternative au
gradient électrochimique avec la thermogénine, l’UCPA, protéine à
effet découplant. Elle exploite le gradient de protons dans un
mécanisme qui n’est pas couplé, et où finalement, l’énergie
correspondante à la dissipation du gradient de protons
permettait de produire des calories et de contribuer à la
thermorégulation.

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Il existe d’autres phénomènes qui sont dépendants d’un gradient électrochimique, et en particulier des
activités de transports. On en a deux représentées ci-contre. Elles sont très importantes car elles
contribuent au fonctionnement de l’ATP synthase.
1) A gauche, on voit ce qu’est l’ANT, adénine nucléotide translocase. Cette protéine fonctionne
comme un antipore, çad une protéine transmembranaire qui est capable de mettre en place un
processus d’échange. Cet échange est un échange entre de l’ATP qui sort de la matrice
mitochondriale, et de l’ADP qui entre dans la matrice mitochondriale. Ce processus est de
première importance parce que l’ATP est fabriquée par de l’ATP synthase, par la partie F1 qui
fait protrusion dans la matrice mitochondriale, cet ATP est produit dans la matrice
mitochondrial, mais est principalement utilisé dans le cytosol et dans les compartiments
subcellulaires. Autrement dit, cet ATP cellulaire doit sortir de la mitochondrie, alors qu’on sait
que les membranes des mitochondries sont particulièrement perméables. Donc, cela ne peut avoir
lieu qu’au niveau d’un transporteur spécifique qu’est la protéine dont on parle.
Par ailleurs, l’ADP est produit dans le cytosol et dans d’autres compartiments subcellulaire. Il est très
important que cet ADP rejoigne la matrice mitochondriale puisque l’ADP devra servir de substrat à l’ATP
synthase. On comprend que cet échange soit indispensable et cet échange est permis grâce à l’existence
d’un gradient électrochimique pour une raison très simple : tenant compte des groupements ionisables de
l’ATP et du pH, l’ATP se présente porteur de 4 charges négatives, alors que l’ADP est porteur de 3 charges
négatives.
Autrement dit, l’existence même du gradient électrochimique, l’accumulation de protons qui existe sous la
face cytosolique de la membrane interne des mitochondries, favorise le processus d’échange, le
fonctionnement de l’antiporteur ANT. Mais, lorsqu’on échange un ATP contre un ADP, c’est comme si on
accumulait une charge négative à l’extérieur de la membrane interne des mitochondries. C’est un
processus qui est favorisé par le gradient électrochimique : c’est comme si on consommait un proton pour
permettre ce transport qui est un transport électrogénique.
2) Sur la droite de l’ATP synthase, on voit un autre transporteur important : la phosphate
translocase ,c’est un transporteur de phosphate (phosphate qui est un substrat de l’ATP
synthase). En effet, l’ATP synthase catalyse la réaction ADP + phosphate à ATP + H2O. Il lui faut
donc du phosphate dans la matrice mitochondriale et ce phosphate, il provient principalement de
l’extérieur de la mitochondrie. Pour faire pénétrer ce phosphate vis-à-vis duquel la membrane
interne de la mitochondrie est totalement imperméable, le mécanisme de transport implique un
transporteur qui fonctionne selon un mécanisme de symport, c’est-à-dire que ce n’est pas un
échange, mais une sorte de cotransport : de phosphate d’une part et d’un proton de l’autre.
En effet, on voit que le phosphate, H2PO4- est une molécule porteuse d’une charge négative, et on a, un
contre ion, qui est un proton et qui pénètrera en même temps que le phosphate dans la matrice
mitochondriale. A chaque fois qu’on fait pénétrer un H2PO4- dans la matrice mitochondriale pour qu’il
puisse servir de substrat à l’ATP synthase, on consomme un proton, c’est-à-dire qu’on consomme une
fraction du gradient électrochimique, on utilise en quelque sorte une partie de la force protomotrice,
étant donné que le proton qui pénètre avec le phosphate ne peut pas en même temps passer dans la
partie F0 de l’ATP synthase pour alimenter le fonctionnement enzymatique de cette partie.
On peut reprendre le tableau des agents qui interfèrent avec la phosphorylation oxydative et voir
qu’une inhibition de l’échange ATP-ADP peut être réalisée par l’actractyloside, glycoside qui inhibe le
fonctionnement de la protéine ANT, c’est-à-dire de cet antipore, cet échangeur ATP-ADP.

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11.2) Navette à électrons : acheminement des électrons d’origine cytosolique dans la mitochondrie :
Le système est assez simple, mais, avant de décrire le mécanisme de fonctionnement de cette navette à
électrons, expliquons d’abord la raison pour laquelle ces systèmes sont indispensables.
On voit que, sur le schéma, on a un substrat réduit qui
va se transformer en produit oxydé : on est dans le
cytosol. Cette réaction est typique.
Le substrat réduit pourrait être du lactate oxydé en
pyruvate par exemple. Cela pourrait également être
un intermédiaire de la glycolyse.
Il y a une série d’oxydoréductase qui se trouvent
dans le cytosol et qui sont des oxydoréductases
permettant l’oxydation d’un substrat avec transfert
des électrons vers le coenzyme NAD.
Donc, le NAD se réduit en NADH. Ce qui est mis en fluo
est la molécule où se trouvent les électrons.
Or, pour que cela fonctionne, le NADH doit pouvoir céder ses électrons à travers une réaction
d’oxydoréduction qui se mettra en place au niveau de la porte d’entrée de la chaine respiratoire, c’est-
à-dire au niveau du complexe 1 de celle-ci. Seulement, cette porte d’entrée se trouve sur la face
matricielle de la membrane interne des mitochondries. Autrement dit, pour que le NADH puisse céder ses
électrons, participer à la réaction des NADH déshydrogénases, il faudrait que cette molécule de NADH
puisse passer à travers la membrane interne des mitochondries, ce qui est impossible car la membrane lui
est imperméable. On pourrait penser que les électrons sont gaspillés, mais ce n’est pas le cas parce qu’il
existe les navettes à électrons.
Ces navettes à électrons constituent un système extrêmement simple basé sur l’existence au minimum de
deux oxydoréductases catalysant la même oxydoréduction, mais qui sont deux formes iso enzymatique,
existant d’une part dans le cytosol, et d’autre part dans la mitochondrie. Ces oxydoréductases sont Ex
et Ex’.
La deuxième condition est qu’il existe deux transporteurs : un transporteur permettant de faire entrer
le produit de l’enzyme Ex, et un deuxième transporteur permettant de faire sortir le produit de l’enzyme
Ex’.
Si on dispose de ces deux conditions : deux isoenzymes de la même oxydoréductase, et deux transporteurs
à on voit se mettre en place un processus cyclique qui est assez facile à comprendre : on tire parti des
électrons de la réoxydation du NADH cytosolique pour réduire une molécule X en XH2, tirer parti du fait
qu’il existe dans la membrane interne des mitochondries un transporteur permettant de faire pénétrer
dans la matrice mitochondriale la forme réduite XH2 dans laquelle on a des électrons, et l’isoenzyme Ex’
met alors en place une réaction d’oxydoréduction réplique de celle qu’on vient d’utiliser dans le cytosol si
ce n’est qu’elle se déroule en sens inverse, durant laquelle les électrons cédés temporairement à la
molécule XH2 seront retournées dans le NADH.
Pour rappel, le NADH pourra alors rejoindre le complexe 1 de la chaine respiratoire, la NADH déshydrogénase,
et alimenter la chaine respiratoire et la phosphorylation oxydative. Tout cela fonctionne de manière
cyclique, c’est-à-dire sans flux net ni de XH2 ni de X pour autant qu’il y a un échange XH2 pour X grâce à
l’implication de deux transporteurs différents.

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Avec un système comme celui-ci, on voit que les électrons se retrouvent dans la matrice mitochondriale
sans qu’il n’existe des mécanismes de transports du coenzyme NADH. On a un système où le seul flux net
est un flux d’électrons à c’est ce qu’on appelle la navette à électrons.

11.3) Transaminases (Amino-transférases) :

Regardons les intervenants de la première navette à é. Pour pouvoir évoquer le fonctionnement de cette
première navette, on doit comprendre ce que sont les transaminases.
Les transaminases sont des enzymes qui appartiennent à la famille des transférases. Pour rappel, il existe
une diversité dans les transférases. La transaminase est une amino-transférase.
Dans le rectangle rouge de l’illustration ci-dessus, on a une réaction générique que présente la
transaminase. C’est une activité enzymatique qui implique deux substrats, qui sont un acide α-aminé, et
un α-cétoacide. Ces deux molécules vont réagir l’une avec l’autre : la fonction amine de l’acide αaminé va
être transférée vers l’accepteur α-cétoacide. Et, au terme de cette réaction, on voit que c’est une
interconversion qui se met en place puisque l’acide α-aminé donneur est transformé en αcétoacide, et
que l’α-cétoacide accepteur est transformé en acide α-aminé.

 Ces réactions sont réversibles et extrêmement importantes dans le métabolisme de l’azote. C’est
ce type de réaction qu’on va devoir utiliser pour comprendre la première navette à électrons
dont on va parler.
Au-dessus et en-dessous de ce rectangle, on voit deux exemples de réactions de transamination.

a) Au-dessus, on a l’aspartate aminotransférase, une enzyme (AST ou encore GOT). Dans ce cas-ci,
l’acide aminé est l’acide aspartique, et l’α-cétoacide est, comme souvent, l’α-cétoglutarate. Si on
applique la réaction générique, on obtient un α-cétoacide qui est l’oxaloacétates, et l’acide
aminé qui est l’α-cétoglutarate, à savoir le glutamate.

b) La deuxième aminotransférase est l’alanine aminotransférase (ALT ou GPT), ou alanine

transaminase.
Il est important de connaitre ces deux transaminases, ces 2 réactions de transaminations parce
qu’on aura besoin de l’une d’entre elles dans la description de la première navette à électrons, mais
aussi parce que ce sont des enzymes importantes en médecine : ce sont des enzymes dont la mesure

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de l’activité dans le sérum est réalisée en routine dans les labo parce que l’apparition de ces enzymes
dans le sérum en activité trop grande peut traduire une souffrance tissulaire. En effet, dès le
moment où un tissu commence à souffrir, il va relarguer dans le sang ces activités enzymatiques
solubles qui peuvent être relarguées aisément et constituer un marqueur de cette souffrance
tissulaire.

11.4) Navette malate/aspartate :

La première navette a électrons est la navette malate-aspartate. Si on regarde cela par rapport au
schéma général ci-dessus, on a l’impression que l’illustration ci-contre est plus compliquée, ce qui n’est
pas le cas.
On commence la lecture du schéma à 10h, au niveau de l’oxaloacétate. La première réaction est
catalysée par une enzyme, la malate déshydrogénase. Une forme enzymatique de la malate
déshydrogénase se trouve dans le cytosol, qui va utiliser les électrons de coenzymes réduits
cytosoliques NADH pour mettre en place la réduction de la molécule d’oxaloacétate en malate.

 Le bénéfice de l’opération est le fait qu’il existe dans la membrane interne des mitochondries un
transporteur entrant de malate.
Dans la matrice mitochondriale, le malate peut devenir le substrat d’une forme isoenzymatique
mitochondriale de la même malate déshydrogénase, mettant en place une réaction réplique mais se
déroulant en sens inverse, à savoir l’oxydation du malate en oxaloacétate avec la production de
NADH, qui peut, à partir de là, rejoindre la NADH déshydrogénase, c’est-à-dire la porte d’entrée de la
chaine respiratoire et alimenter la phosphorylation oxydative.
Il n’y a pas de manière de faire sortir l’oxaloacétate. C’est là qu’on va devoir un tout petit peu
compliquer le système pour mettre en place un mécanisme qui, globalement, soit un mécanisme dans
lequel il n’y a pas de flux net de métabolites, un mécanisme dans lequel le seul flux net est un flux
d’électrons.

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Si on connait les transaminases, la solutions est assez simple. On voit que l’oxaloacétate qu’on produit
dans la matrice mitochondriale va être le substrat de l’aspartate aminotransférase pour libérer
entre autre de l’aspartate. Cet aspartate peut ressortir de la mitochondrie parce qu’il existe un
transporteur permettant de faire sortir l’aspartate, qui peut réagir dans le cytosol avec de
l’αcétoglutarate pour donner du glutamate et de l’oxaloacétate.

Le glutamate qui est produit par l’AST cytosolique va ressortir du cytosol, et donc pénétrer dans la
mitochondrie, tandis que le produit de l’AST de la matrice mitochondriale peut rejoindre le cytosol en
sortant de la mitochondrie. Tout cela implique deux transporteurs qui sont deux antipores : un
antipore malate α-cétoglutarate, le n°2 dans le schéma, et un antipore aspartate glutamate, qui
est l’intervenant n°5 dans le schéma.
Donc, puisqu’on ne peut pas échanger directement le malate contre de l’oxaloacétate, on doit
impliquer des réactions de transamination pour avoir à notre disposition les échangeurs, les
transporteurs permettant de mettre en place un système pour lequel il n’y a pas de flux net autre
que celui des électrons.

11.5) Navette glycérol 3-phosphate déshydrogénase :

La deuxième navette est la navette glycérol-3-
phosphate déshydrogénase. Ce système est plus simple et
ressemble au mécanisme général.
Dans la partie supérieure, on est du côté cytosolique de
la membrane interne de la mitochondrie. Dans le cytosol,
on a des processus comme la glycolyse qui oxydent
diverses molécules cytosoliques, des réactions d’oxydation
qui réduisent du NAD+ en NADH.
Donc, l’objectif visé est toujours de faire parvenir ces
électrons qui sont transitoirement stockés dans le NADH
et de les faire parvenir au niveau de la chaine
respiratoire.
Le système en question implique une enzyme spécifique :
la glycérol-3-phosphate déshydrogénase cytosolique.
Cette enzyme va utiliser ce NADH pour mettre en place une réaction de réduction du
dihydroxyacétone phosphate, dont la formule est écrite ci-dessus, réduit par la glycérol-3-phosphate
déshydrogénase en glycérol-3-phosphate.
Ensuite, on implique une enzyme qui est une isoenzyme de la glycéro-3-phosphate déshydrogénase,
mais qui est une enzyme membranaire. Cette glycérol-3-phosphate déshydrogénase membranaire est
une enzyme qui fait partie intégrante de la membrane interne des mitochondries. C’est une enzyme
qui va réoxyder le glycérol-3-phosphate, et transférer les électrons directement vers le FADH2.
Seulement, le FADH2 qui renferme ces électrons transitoirement sera cédé directement au coenzyme
Q.
Cela nous rappel l’organisation de la chaine respiratoire, du fait que les complexes 1 et 2 par rapport
au coenzyme Q forment une sorte d’Y, mais on voit ici que c’est plus compliqué que cela, qu’il y a
d’autres portes d’entrée pour les électrons vers la chaine respiratoire. On amène les électrons
directement du FADH2 associé à la glycérol-3-phosphate déshydrogénase mitochondriale vers le
coenzyme Q.

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De là, bien entendu, on participe au cycle de l’ubiquinone et on envoie les électrons dans la suite de la
chaine respiratoire pour alimenter la phosphorylation oxydative.
Donc, le mécanisme est simple. Mais, en termes de rendement, du nombre d’ATP qu’on peut obtenir
grâce à deux électrons, on voit qu’initialement, dans le système, on avait deux électrons associés au
NADH. Au terme du fonctionnement de ce système de navette, on voit que ces deux électrons se
trouvent associés au FADH2. Autrement dit, c’est un système dans lequel on court-circuite le
complexe 1 de la chaine respiratoire. En effet, si on prend la navette malate aspartate, les deux
électrons cytosoliques présents dans le NADH vont se retrouver dans un NADH qui est présent dans la
matrice mitochondriale. Il n’y a donc pas de perte de rendement. Par contre, si on part de deux
électrons présents dans le NADH et qu’on les injecte au niveau du coenzyme Q, on prive de 4 protons
en termes de force protomotrice. Donc, si on empreinte la navette glycérol-3-phosphate
déshydrogénase, on produira moins d’ATP à partir du NADH cytosolique que si on avait emprunté la
navette malate-aspartate.

11.6) Calcul de rendement :

La façon d’exprimer le rendement en nombre d’ATP
ou d’ADP phosphorylées va généralement faire appel
au rapport P/O, qui est le nombre de liaisons
phosphate établies par atomes d’oxygène consommés.

Donc, si on consomme 1 atome d’oxygène =½ O2), ça

veut dire une paire d’électrons. Une autre façon de
désigner le rapport P/O c’est le nombre d’ATP
obtenus par paire électroniques investies dans la
chaine respiratoire.
Ce rendement fait l’objet de valeurs consensuelles.
On estime généralement que 3 H+ sont nécessaires
pour construire une liaison à haute énergie dans la
molécule d’ATP, et que 1 H+ est requis pour les
activités de transport périphérique. Autrement dit,
pour obtenir 1 ATP, il faut 4 protons par paire
d’électrons.
On garde en tête qu’il y a une différence d’origine de cette paire d’é selon qu’il s’agit d’une paire d’é
présent dans le coenzyme NADH ou dans le FADH2. Si ces deux électrons sont fournis à la chaine
respiratoire au départ d’une molécule de NADH, on injecte les électrons au niveau du complexe 1, c’est-
à-dire qu’on donne la possibilité de contribuer à la construction du gradient électrochimique à
hauteur de 10 H+ par paire d’électrons.
 Donc, si on a 10 protons, on a 2,5 ATP. Donc le rapport P/O du NADH est de 2,5.
Si on fait la même estimation pour le FADH2, on obtient 1,5 comme rapport P/O car, dans ce cas-là, on
court-circuite le complexe 1, on se prive de 4 protons, il en reste donc 6 qu’on divise par 4, ce qui
donne 1,5. Si le FADH2 vient de la glycérol-3-phosphate déshydrogénase dont on vient de parler, on ne
passe pas par le complexe 2.On les emmène directement dans le coenzyme Q, et c’est la même chose.
Le trajet qui est en quelque sorte rentable en termes de construction de gradient électrochimique
se limitera au complexe 3 et 4.

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Le tableau ci-contre reprend
le rendement de l’oxydation
complète du fuel énergétique
par excellence que représente
la molécule de glucose. C’est un
processus renfermant plusieurs
étapes qui permettent
l’oxydation complète du
glucose.

On voit que les étapes du processus sont reprises dans la partie gauche du tableau. C’est un
catabolisme qui commence par la glycolyse. On a ensuite l’oxydation du produit de la glycolyse, c’està-
dire du pyruvate, puis l’oxydation de l’acétyl-CoA, qui est le produit de l’oxydation du pyruvate.
Le catabolisme du glucose et d’autres fuels énergétiques représente des processus par lesquels on va
produire directement un certain nombre de molécules d’ATP, mais également accumuler des
coenzymes réduits, c’est-à-dire des électrons qui sont issus des réactions d’oxydation de différents
métabolites. Ces électrons vont converger vers la chaine respiratoire, alimenter cette chaine
respiratoire, alimenter la formation d’un gradient électrochimique, et donc générer une force proton
motrice, et permettre à l’ATP synthase de construire de nouvelles molécules d’ATP, de phosphoryler de
l’ADP en ATP en construisant ces liaisons pyrophosphate à C’est le principe de base.
Ce qu’on a dans la deuxième colonne du tableau, ce sont les produits directs, c’est-à-dire soit de l’ATP
ou du GTP à certaines étapes, mais également ses équivalents réducteurs, les molécule de NADH ou de
FADH2 qui sont produits lors des réactions d’oxydation qui constituent certaines étapes du processus
oxydatif.
Dans la troisième colonne, on a le rendement énergétique exprimé en nombre de molécules d’ATP pour
l’oxydation d’une molécule de glucose. Si on va en dessous du tableau à droite, on voit que le
rendement complet de l’oxydation du glucose représente 30 ou 32 molécules d’ATP, ce qui est
étonnant puisqu’on s’attend à ce que le rendement soit un chiffre bien déterminé. Donc, pourquoi
cette espèce d’hésitation entre 30 ou 32 ?
L’explication réside dans l’étape de glycolyse, la première étape du processus, qui est une étape
cytosolique alors que toutes les autres étapes sont mitochondriale. C’est une énorme différence
parce que cette glycolyse va permettre la réduction de 2NAD+ en 2NADH dan le cytosol. Or, on sait
que ce NADH cytosolique est incapable de traverser la membrane mitochondriale, donc, les électrons
devront emprunter un des systèmes de navettes. Dès lors, deux options s’offrent nous :

- Soit, les deux molécules de NADH provenant de la glycolyse empruntent la navette malate
aspartate, dans ce cas, les deux molécules de NADH cytosolique donneront lieu à l’apparition de
deux molécules de NADH dans la matrice mitochondriale, et donc que le rendement est conservé :
on peut utiliser le rapport P/O , 2x2,5 = aura 5 ATP produites grâce au NADH cytosolique issu des
deux réactions d’oxydation glycolytique.

- Soit, les deux molécules de NADH provenant de la glycolyse empruntent la navette glycérol3-
phosphate déshydrogénase. On sait dans ce cas-là que les électrons sont retrouvés dans deux
molécules de FADH2 au niveau de la membrane interne mitochondriale. Sachant que le rapport P/O
du FADH2 vaut 1,5, ce qui était un rendement potentiel de 5 dans le cytosol est transformé en un
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rendement réel de 3 dans la mitochondrie. C’est ce qui explique qu’on a deux possibilités, 30 ou 32
ATP pour l’oxydation complète d’une molécule de glucose.

11.7) Contrôle de la chaine respiratoire (où contrôle par les substrats) : Adaptation de la
phosphorylation à la demande énergétique :
Le dernier concept est le contrôle respiratoire, ou contrôle par les substrats. On entend par «substrats
» les substrats de l’ATP synthase, qui sont l’ADP et le phosphate. Donc, il existe un contrôle de l’efficacité
relative de la chaine respiratoire qui se fait au travers de la disponibilité des substrats de l’ATP synthase.
L’intérêt biologique est qu’on va pouvoir adapter l’oxydation de fuels énergétiques à la charge
énergétique d’une cellule en faisant appel à ce qu’on appelle le contrôle respiratoire ou contrôle par le
substrat.

Donc, l’efficacité de ce mécanisme de phosphorylation oxydative va varier en fonction de la disponibilité

de l’ADP et du phosphate. On voit sur l’illustration ci-contre que l’ADP et le phosphate vont exercer un
effet qui s’apparente à un effet positif sur le fonctionnement de la chaine respiratoire. C’est un maillon
important de la mécanique du contrôle respiratoire.
Pour expliquer le contrôle respiratoire, on repart du schéma général ci-dessous, qui est le schéma de la
phosphorylation oxydative alimentée en électrons par une molécule de NADH.

On part de la gauche du schéma, et on remarque que ces coenzymes réduits, en l’occurrence dans
l’exemple ci-contre, proviennent de réactions cataboliques d’oxydations de fuels énergétiques divers. On
a donc toute une série d’oxydoréductases qui vont oxyder des fuels énergétiques et l’énergie
d’oxydation va se retrouver sous la forme de coenzymes réduits NADH.
Le NADH va pouvoir s’oxyder au niveau de la NADH déshydrogénase, c’est-à-dire du complexe 1 de la chaine
respiratoire, ou mettre en place un flux électronique à travers les complexes 1, 3, et 4 dans cet exemple-ci
de la chaine respiratoire. Finalement, les électrons seront acceptés par l’oxygène, et le bénéfice de

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l’opération est que les complexes mettent en place en pompage de protons, c’est-àdire qu’ils contribuent
à la construction d’un gradient électrochimique, et donc à la genèse d’une force protomotrice.
Ces protons vont pouvoir refluer au niveau de l’ATP synthase. C’est la force protomotrice, phénomène
exergonique qui correspond au reflux des protons, qui alimentera en énergie le fonctionnement de l’ATP
synthase qui catalysera la réaction endergonique de phosphorylation de l’ADP en ATP. Il utilisera ces
substrats ADP et phosphate pour produire des molécules d’ATP. C’est un résumé des principales étapes de
la phosphorylations oxydative, couplée au catabolisme énergétique.
 On peut alors utiliser ces éléments pour comprendre ce qu’est le contrôle respiratoire.
Pour rappel, il y a deux chose à comprendre dans ce concept : la mécanique du contrôle respiratoire et
l’intérêt que cela présente, à savoir comment la charge énergétique d’une cellule peut finalement se
traduire par une régulation de la vitesse relative d’oxydation de fuels énergétiques divers.
Pour comprendre ce concept, on part du côté droit de la figure ci-contre. On imagine qu’on se retrouve
dans une cellule où la charge énergétique est très importante. On va donc avoir beaucoup d’ATP et
relativement peu d’ADP et de phosphate.

La conséquence de ceci est que, si les substrats de l’ATP synthase sont peu disponibles, l’ATP synthase va
fonctionner au ralenti. Si l’ATP synthase fonctionne au ralenti, le reflux des protons à partir de l’espace
intermembranaire, donc à travers la partie FO de l’ATP synthase, sera inhibé, ou en tout cas ralenti.
Autrement dit, on va voir se mettre en place une augmentation de la concentration des protons dans
l’espace intermembranaire. Or, on a vu que lorsque cette accumulation est trop importante, on finit par
bloquer le fonctionnement des pompes à protons qui se trouve au niveau des complexe 1, 3, et 4.
Autrement dit, si on bloque ce flux de protons à travers ces complexes 1, 3, et 4, la chaine respiratoire va
s’arrêter car on a un couplage étroit entre le flux électronique et le pompage des protons. Si la chaine
respiratoire est inhibée, ou ralentie, dans ces conditions-là, il est évident que l’oxydation du NADH sera
fortement ralentie.
On va accumuler du NADH et surtout minimiser la concentration du NAD+ disponible dans la cellule. S’il y a
peu de NAD+ disponible, cela signifie que les oxydoréductases utilisant le NAD+ comme accepteurs
d’électrons seront ralentis dans leur activité d’oxydation de fuels divers. On est parti d’un scénario où la
charge électrique était très importante, et la réponse qu’on obtient est en quelque sorte une
diminution de l’efficacité avec laquelle les fuels énergétiques divers seront oxydés. à C’est une
adaptation physiologique, une adaptation du catabolisme énergétique à la charge énergétique. Tout
cela est rendu possible par le contrôle respiratoire, ou contrôle par les substrats.

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