Centre Universitaire d’Ain Témouchent

Institut des Sciences et de la Technologie

Département des SNV

Cours
Introduction à la biochimie microbienne

M. Mohammed ZIANE

1
Année universitaire 2022/2023
 Microorganismes
- Un organisme vivant, invisible à l'œil nu, qui
ne peut être observé qu'à l'aide d'un microscope.
- Microorganismes sont des systèmes chimiques
autonomes et auto-productible

Macromolécules :
– glucides et polysaccharides : Source d’énergie et stockage d’énergie
– acides gras : Membranes cellulaires et stockage d’énergie
– acides aminés : Fonctions diverses et polyvalentes
– nucléotides : Les sous unités des acides nucléiques, transfert d’énergie
et transmission des signaux intracellulaires

2
 Croissance microbienne
9,0
8,0
7,0
6,0
log UFC/mL

5,0
4,0
3,0
2,0
1,0
0,0
0 20 40 60

Temps en heure

La croissance microbienne est le résultats d’une activité

métabolique intense et synchronisée (biosynthèse et/ou
production d’énergie) 3
 Activité microbienne
Ensemble des phénomènes biologiques et physiologiques
correspondant aux actes du microorganisme

Réactions biochimiques
‘Energie’

Physiologie microbienne : Science qui étudie les fonctions et les

propriétés de microorganismes.
4
 Biochimie microbienne
• Discipline scientifique qui traite de la chimie des êtres
vivants. Biochimie structurale, métabolique et
enzymologie. (Dictionnaire le petit robert)

• Etude des réactions chimiques qui se déroulent au sein

des êtres vivants. (Wikipedia)

5
 Vu ensemble
des différentes
voies
métaboliques
dans la cellule

6
 Principe d’une réaction biochimique
La réaction biochimique est l'ensemble des phénomènes liés à la
transformation chimique d'une substance en une autre substance à
l'intérieur de la cellule.

Ligand

Coenzyme + Enzyme
Substrat Produit

Métabolisme
Ensemble des réactions biochimiques qui se déroulent au sein d'un
microorganisme pour lui permettre notamment de se maintenir en vie, de se
reproduire, de se développer et de répondre aux stimulus de son 7
environnement.
 Métabolisme bactérienne

Protéines Réactions exergoniques : Produisent l’énergie

Glucose
Polysaccharide Catabolisme ‫الهدم‬
Lipides
kilojoules (KJ)
?

Macromolécules Métabolismes Métabolites

intermédiaire
+
Voies amphibolisme
Structure
Energie
Fonctionnement
2H : équivalents réducteurs
P : groupement phosphate
Anabolisme ‫البناء‬
Voies de biosynthèse
Réactions endergoniques : consomment l’énergie
8
Application de la biochimie microbienne

• Identification de microorganismes
(Taxonomie)

• Microbiologie industrielle

9
Sources d’ énergie pour les microorganismes
• Nutriments nécessaire pour la croissance :

– Nutriments : Macronutriments (source de C, source de

N…) et micronutriments (Fe, Cu…etc.)
– Conditions environnementales (Température, pH, aw…etc.)
– Source d’énergie (Régénération de l’ATP)

• Source d’énergie
– Lumière
– Chimique
• De nature organique
• De nature inorganique
10
 Croissance microbienne
9,0 Métabolites secondaires
8,0
7,0
log UFC/mL 6,0
5,0
Métabolites primaires
4,0
3,0
2,0
1,0
0,0
0 20 40 60

Temps en heure

La croissance microbienne est le résultats d’une activité métabolique

intense et synchronisée (biosynthèse et/ou production d’énergie)
Ziane et al., 2014 11
 Qu'est-ce que le métabolisme énergétique ?
- Le métabolisme énergétique regroupe l'ensemble des réactions qui
s'accompagnent (au sein d'une cellule) de la production d'énergie chimique
utilisable par la cellule.

- Ces réactions sont toutes des réactions d'oxydoréduction au cours desquelles une
source d'énergie (substance nutritive prélevée dans le milieu de culture) est
oxydée.

- Ces oxydations cataboliques conduisent d'une part à la production de

coenzymes réduits (qui devront être réoxydés pour assurer la pérennité du
système) et d'autre part à la production d'ATP (molécule servant de forme de
transport d'énergie dans toutes les cellules vivantes).

12
 Rappel sur la réaction d’Oxydo-Réduction
• Oxydation est le perte des électrons.
• Réduction est le gain des électrons.
• Réaction “Redox” est le couplage de réaction
d’oxydation et du réduction.
Réduction
Donneur des
électrons Accepteur
des électrons

A oxydé B réduit

Oxydation
13
NB : Oxydation est le perte des électrons (e-), réduction est le gain des e-
 Rappel sur Réaction d’Oxydo-Réduction
Dans un système biologique, les électrons sont souvent
associés à un atome d’ hydrogène. Oxydation biologique
est souvent une déshydrogénation.

Or FAD+ FADH2

Sugars, amino acids,

fatty acids

14
Sous quelle forme l’énergie est stockée dans
la cellule?
– Energie est stocké sous forme d’ATP
– La rupture des liaisons régénère l’énergie

ADP P
ATP :

ATP déchargé : ADP P

Energie utilisée pour la synthèse de X + Y

la molécule Z
Z
L’énergie peut être stockée sous d’autres formes
15
moléculaires (ou équivalents réducteurs)
 Principales coenzymes
Nom de la coenzyme Abrévi Vitamine Groupement
ation transféré
Nicotinamide-adénine- NAD Nicotinamide (vit H, e-
dinucléotide (Coenzyme I) PP)

Nicotinamide-adénine- NADP Nicotinamide (vit H, e-

dinucléotide-phosphate PP)
(Coenzyme II)
Flavine mononucléotide FMN Riboflavine (vit B2) H, e-

Flavine adénine dinucléotide FAD Riboflavine (vit B2) H, e-

Ubiquinone (Coenzyme UQ - H, e-

Cytochromes (a, b, c…) Cyt - e-

Acide tétrahydrofolique THF Acide folique Monocarboné
(coenzyme F)
16
 Genèse de l’ATP
• Photophosphorylation : photosensibilisation des
pigments chlorophylliens et transfert des électrons à
travers les transporteurs transmembranaires aboutit à la
formation de l’énergie

• Phosphorylation au niveau du substrat : substitution

des molécules de Phosphore à la molécule

• Phosphorylation oxydative : Régénération de l’ATP

durant le transfert des électrons au long des
transporteurs transmembranaires de la chaine
respiratoire 17
Types trophiques chez les microorganismes

• Le type trophique (du mot grec, « La nourriture ») est un type

scientifique qui définit la manière dont un organisme vivant
constitue sa propre matière organique (anabolisme) et produit
l'énergie dont il a besoin (catabolisme). Ces deux mécanismes
sont intimement liés et forment le métabolisme d'un
organisme.
• Le type trophique analyse la question selon trois axes :
– la nature de la source de carbone (-auto-, -hétéro-)
– la nature organique (-organo-) ou inorganique (-litho-) du donneur d'électrons
(pour la réduction de la source de carbone en molécules organiques)
– la nature de la source d'énergie qui sera emmagasinée dans les molécules
organiques synthétisées (photo- , chimio-), ou consommée par les cellules pour
leur fonctionnement.

18
Classification des microorganismes selon leurs sources
d’énergie
1. Phototrophe
Conversion de l’énergie lumineuse (quanta) en énergie chimique
(ATP…etc.).
– Photoautotrophes (utilisent du CO2 comme source de carbone)
– Photohétérotrophes (utilisent du carbone organique)

Pigments (Chloropylles et/ou bactériochlorophylles;

caroténoïdes, phycobiline)
– Algues vertes
– Cyanophycées
– Quelques espèces bactériennes (bactéries pourpres sulfureuse, Bactéries
pourpres non sulfureuses, Bactéries vertes sulfureuses)

Caroténoïdes et phycobiline sont des pigments accessoires photoprotecteurs 19

 Quel est le processus de la photosynthèse?

L’ensemble des évènements (photochimiques) qui

assurent la conversion de l’énergie lumineuse en énergie
chimique

• Photophosphorylation (lumineuse):
Synthèse d’ATP au cours du flux d’électrons photosynthètiques résulte de la
formation d’une force proton-motrice générée durant le transport d’électrons et
de l’activité d’ATPases couplant la formation d’ATP

• Synthèse de composés organiques (obscure):

• Réduction de CO2 en composés organiques
• Réserves glucidiques
20
• …etc.
 Où se déroule la photosynthèse?
Chez les Eucaryotes
La photosynthèse a lieu dans la membrane où se trouve
des chlorophylles (chaîne de transfert des électrons)

chloroplastes

(Photobilisome)

Cynabactéries est probablement à l’origine des chloroplastes selon la théorème des

endosymbiotiques dont l’appareil voisine des pigments biliares (phycobiliproteinrs)
phycobilisome 21
22
 Où se déroule la photosynthèse?
Chez les Procaryotes
chlorosomes
chlo

Antenne collectrice : Bactéries vertes sulfureuses,

phototrophes anoxégeniques filamenteuse (chloroflexales)
Absence de matrice protéique supportant les pigments
photosynthétique (enveloppe supplémentaire)

Autres structures transmembranaires : expansion chez les bactéries pourpres 23

varient selon les espèces
Notion de centre réactionnel et pigment de
l’antenne

Les molécules de chlorophylles ou bactériochlorophylles sont

associées à des protéines pour former des complexes composés
de 50 à 300 molécules.

24
 Types de chlorophylles microbiens
Chlorophylle a Bactériochlorophylle a

Phototrophes anoxygéniques
Phototrophes oxygénique
Bactéries pourpres
Algues
Cyanobactéries

Ils se ressemblent aux cytochromes sauf à la place de fer il y a le Mg 25

Différentes types de bactériochlorophylles

26
Synthèse de l’énergie chez les phototrophe

• Chez les organismes phototrophes, le processus de

synthèse de l’ATP induit par la lumière implique un
transport d’électrons faisant appel à une série de
transporteurs d’électrons.

• Ces transporteurs sont organisés en série dans le

complexe photosynthétique depuis ceux qui ont le
potentiel réducteur le plus électronégatif vers ceux
qui ont le potentiel le plus électropositif

27
 Principe du transfert des électrons au travers
les transporteurs transmembranaires
électronégatif
Donneur d’électrons
Chaine du transport des électrons

performants

Accepteur d’électrons
performants
28
électropositif
Vu ensemble sur le métabolisme photosynthétique
Cyanobéctérie

oxydoréductase plastocyanine réduite + ferrédoxine oxydée + hν plastocyanine oxydée + ferrédoxine réduite.

nCO2 + nH20 (CHO)n + O2 + E (ATP)

29
 Types des organismes phototrophes
• Phototrophe oxygénique
– Production d’oxygène
hv
CO2 + 2H2O (CH2O) + H2O + 2 O

• Phototrophe anoxygénique
– En anaérobiose : bactéries pourpres

hv
CO2 + 2H2S (CH2O) + H2O + 2 S

Equation générale de photosynthèse

hv
CO2 + 2H2A (CH2O) + H2O + 2 A 30
 Photosynthèse oxygènique
(Membrane de thylacoïde)

Peuvent parcourir une chaine de transfert

d’électrons et fournir de l’énergie pour :

- établissement d’une force proton-motrice

- réduction directe de NADP (métabolismes

synthétiques)

31
 Photosynthèse anoxygénique

1. Réaction photochimique qui régénère le flux d’électrons

s’effectue en une seule étape
2. Les électrons qui sont produits pour réduire la nicotamide
adénosine dinucléotide (NAD) ne peuvent être renouvelés à
partir de molécules d’eau
3. D’autre substances donatrices d’électrons (composés réduits
du soufre) doivent être présents dans le milieu
4. Il n’y a pas, en conséquence, pas de production d’oxygène
gazeux.

32
33
 Les principaux caractères taxonomiques des
bactéries phototrophes
Groupe Famille Genres Anaérob Caractéristiques
iose à la
lumière
1. Bactéries Chromatiaceae Amoebobacter, Chromatium, + Gram +
pourpres Lamprocystis, Lamprobacter, Thiocapsa, Mobile par cils ou
sulfureuses Thiocystis, Thiodictyon, Thiopedia, immobiles, soufre
Thiospirillum intracellulaire

Ectothiorodospiraceae Ectothiorodospira + Gram –

Mobiles par cils
Soufre extracellulaire
2. Bactéries Rhodospirillaceae Rhodobacter, Rhodocyclus, + Gram –
pourpres non Rhodomicrobium, Rhodopila, Mobiles par cils
sulfureuses Rhodopseudomonas, Rhodomicrobium, Soufre extracellulaire
Rhodospirillium

3. Bactéries Chlorobiaceae Ancalochloris, Chlorobium, + Gram –

vertes Chloroherpeton, Pelodictyon, Mobiles ou
sulfureuse Chloroflevuceae Prosthecochloris immobiles
Soufre extracellulaire
Chloroflevus aurantiacus + Gram –
Mobiles par
glissement
Soufre extracellulaire
34
 Tableau récapitulatif des types trophiques chez
les phototrophes
Source Source Source de
Type trophique Exemples
d'énergie d'électrons carbone
Organique Certaines bactéries
Photoorganohétérotrophe
-hétérotrophe (Cyanobactéries…)
Composé
organique Minérale
-organo- (dioxyde de Certaines bactéries
Photoorganoautotrophe
carbone) (Athiorhodacées…),
-autotrophe
Lumière
Photo- Organique Certaines bactéries
Photolithohétérotrophe
-hétérotrophe (Thiobaca…)
Inorganique Minérale Certaines bactéries (la
-litho-* plupart des
(dioxyde de
Photolithoautotrophe Cyanobactéries,
carbone)
Thiorhodacées,
-autotrophe
Chlorobactéries…)

35
 Quel est l’intérêt des
microorganismes phototrophes?

36
 2. Chimiotrophe

• Les bactéries chimiotrophes sont des procaryotes qui utilisent

l'énergie de l'oxydation de composés chimiques comme source
initiale d‘énergie.
• Les chimiotrophes “transforment” des produits chimiques pour
en tirer de l’énergie. Ces processus d’oxydo-reduction
nécessitent des substrats donateurs d’hydrogène (e- et H+) et
des substrats accepteurs d’hydrogène. Dans ce transfère
interviennent des transporteurs d’électrons intermédiaires,
comme la chaîne de transfert d’électrons ou des transporteurs
libres (NAD, NADH, FAD, etc.).

37
 Chimiotrophe

• Ces bactéries utilisent des composés chimiques, par oxydo-

réduction pour élaborer leurs propres constituants organiques.
Selon la nature du composé utilisé, minéral ou organique, on
distingue deux grands types :
• Les bactéries chimio-lithotrophes utilisent des composés
minéraux
• les bactéries chimio-organotrophes utilisent des composés
organiques. Elles constituent l'immense majorité des
eubactéries chimiotrophes.

38
Type de formation d’énergie chez les bactéries
chimiotrophe

• Phosphorylation des composés

• Phosphorylation oxydative

39
 Exemple du métabolisme aérobie d’un microorganisme
CO2
C6H12O6 + O2 CO2 + H2O + 36ATP glucose
sugar oxygen carbon dioxide oxygen usable energy

NAD+ CO2
Glycolysis 2 ATP
NADH
Membrane cellulaire 2 pyruvates CO2

Donneur des
électrons et Krebs Cycle
des protons
(H+)
H+ +
H
H+ NADH, FADH2

Chain de H+ NAD, FAD+

transport O2 ATP fuels
H+
des électrons H+ H 2O
H+ construction/synthe
et ATP sis reactions inside
+ H+ ~ 30 ATP
Synthase H the cell
H+ H+ ATP Synthase 40
(Ox. Phos.) H+
 Transport des électrons et le potentiel
d’oxydoréduction
Définition
Le potentiel d'oxydoréduction – en abrégé potentiel rédox – est une
grandeur thermodynamique qui mesure le pouvoir oxydant ou réducteur d'un système
rédox. Plus un système est oxydant, c'est-à-dire plus il est apte à se réduire en captant des
électrons, et plus son potentiel d'oxydoréduction est élevé. Plus il est réducteur et a
tendance à céder des électrons, et plus son potentiel rédox est bas.

• En biologie le potentiel d’oxydoréduction

(E0) est donné à pH=7
• Exemple :

½ O2 + 2H+ + 2e- H2O (E0= +0,816 volts)

2 H+ + 2e- H2 (E0= -0,421 volts)41

Composants de la chaine
respiratoire
Enzyme respiratoire Couple redox

NADH
NAD+ / NADH
déshydrogénase
Succinate FMN ou FAD / FMNH2
déshydrogénase ou FADH2
Complexe du Coenzyme Q10 ox /
cytochrome bc1 Coenzyme Q10 réd
Complexe du Cytochrome b ox /
cytochrome bc1 Cytochrome b réd
Cytochrome c ox /
Complexe IV
Cytochrome c réd
Cytochrome a ox /
Complexe IV
Cytochrome a réd
Complexe IV O2 / HO−

Conditions : pH = 7

42
43
 Exemple des donneurs d’électrons organiques

Donneur d’électrons Electron acceptor “modules”

Cyt b, Fe/S, FAD fumarate

Fumarate reductase

Dehydrogenase:
Lactate Cyt b, Fe/S, Mo DMSO
Succinate MQ
Formate DMSO reductase
UQ
NADH
Glycerophosphate TMAO
Cyt b, Fe/S, Mo
Hydrogenase
TMAO reductase

Cyt b, Fe/S, Mo NO3-

Nitrate reductase 44
Animation de la chaîne oxydative

45
 Exemple du chimiolithotrophe
Oxydation de l’hydrogène

Hydrogénobactéries H 2 + 02 H20 46
Exemples des donneurs des électrons inorganiques

Donneur Réaction Type de chimiolithotrophe

d‘électrons

Phosphite HP032- + SO2- + H+ 4HPO42- + HS- Phosphito bactéries

Hydrogène H2 + ½ 02 H2O Hydrogéno-bactéries

Sulfure HS- + H+ + ½ 02 S0 + H20 Sulfo-bactéries

Soufre S0 + 1(1/2 O2) + H2O SO42- + 2H+ Sulfo-bactéries

Ammonium NH4+ + 1(1/2 O2) N02- + 2 H+ H20 Bactéries nitrifiantes

Nitrite N02- + 1 ½ O2 NO2- Bactéries nitrifiantes

Fer ferrique Fe2+ + ¼ O2 Fe3+ + ½ H2O Ferro-bactéries

47
Tableau récapitulatif de types trophiques chez
les chimiotrophe
Source Source Source de
Type trophique Exemples
d'énergie d'électrons carbone
Mycètes (champignons),
végétaux non
Organique chlorophylliens (parasites
Chimioorganohétérotrophe
-hétérotrophe comme l'Orobanche), la
Composé plupart des bactéries
organique (dénitrifiantes ...).
-organo-
Minérale
Rare, certains
(dioxyde de
Composé Chimioorganoautotrophe Dinoflagellés
carbone)
chimique (mixotrophie)
-autotrophe
organique
ou non Organique Certaines bactéries
Chimiolithohétérotrophe
Chimio- -hétérotrophe (Bosea, Albibacter…)
Certaines bactéries dites
chimiosynthétiques,
Inorganique Minérale
terrestres (nitrifiantes,
-litho-* (dioxyde de
méthanogènes…), ou
carbone, Chimiolithoautotrophe
marines (écosystèmes
méthane)
hydrothermaux). La
-autotrophe
source d'énergie est
inorganique.
48
 Quel est l’intérêt des
microorganismes chimiotrophes?

49
 Classification des microorganismes selon leur
type respiratoire
• Respiration :
– Substrat énergétique est complètement oxydé
– Substrat est métabolisé par l’intervention d’un agent
oxydant externe
• Aérobie
• Anaérobie
• Fermentation :
– Substrat est partiellement oxydé. Elle porte le nom de
la ou des substance (s) produite (s)
– Substrat est métabolisé sans intervention d’un agent
oxydant externe (provient de métabolisme du
microorganisme)
• Chimioorgantrophe utilise un seul processus 50
Classification des microorganismes selon leur type
respiratoire
Respiration aérobie

C’est une chaine de réaction et de réduction par

laquelle les électrons et les protons sont
transportés par l’intermédiaire d’une chaine de
transport électrique pour réduire un accepteur
d’électron exogène (présent dans le milieu et
n’appartient pas à la substance qui a donné les
électrons) qui est l’O2.

51
Exemples de la chaine du transport des électrons
oxydation du soufre

52
Exemples de la chaine du transport des électrons
Nitrification : oxydation de l’ammonium (NH3)

Nitrosomonas : oxyde l’ammoniac en nitrite 53

Classification des microorganismes selon leur type
respiratoire
Respiration anaérobie

• Est propre aux bactéries qui assument une

phosphorylation par transport d’électrons dans des
conditions anaérobies

• C’est un mécanisme semblable à la respiration

aérobie chez certains microorganismes sauf que
l’accepteur final est une substance minerale autre que
l’O2 ou organique mais présente dans le milieu.

54
55
Exemple du milieu de culture de chaque
composant
N° Ingrédients Rôle (ou intérêt)

56
Merci pour votre attention

57