Cours de Structure 3D Des Macromolécules Biologiques L3Biomol DERKAOUI

Structure 3D des macromolécules
biologiques
Chapitre I: les acides nucléiques
1
Introduction
Les macromolécules (ou polymères) sont des

molécules ayant un poids moléculaire élevé. Elles
résultent de l’assemblage d’un trés grand nombre de
molécules liées les unes aux autres.
La notion de macromolécule a été introduite en

1922 par le chimiste allemand Hermann Staudinger.
Ce dernier a reçu le prix Nobel en 1953 pour ses
découvertes dans le champ de la chimie
2
macromoléculaire .
Introduction
Tout organisme, bactérien, animal ou végétal,

contient un grand nombre de macromolécules
responsables et indispensables à la vie.
Il existe 4 grandes catégories de macromolécules :
Les glucides : monosaccharides, disaccharides et
polysaccharides
Les lipides : phospholipides, cholestérol, ..etc.
Les protéines
Les acides nucléiques : ADN et ARN.
3
4
Un peu d’histoire
La première découverte de l’acide

désoxyribonucléique (ADN) remonte à 1869 quand
Friedrich Miescher, un scientifique suisse, l’isola à
partir de globules blancs, puis retrouva cette
molécule également dans d’autres cellules telles que
les cellules du rein, du foie, de levure ou encore
d’oeuf de poule...
5
Un peu d’histoire
Avec les connaissances scientifiques de l’époque,

Miescher n’a pas réussi à concevoir que la nucléine,
nom donné à l’ADN à l’époque, puisse à elle seule
expliquer la différence physique entre les individus et
entre les différentes espèces animales.
6
Un peu d’histoire
Il a donc fallu attendre plus d’un demi-siecle plus

tard, pour que les chercheurs dont Frederick
Griffith (1928), Dawson et Sia (1931), Alloway
(1932), Oswald Avery, Maclyn McCarthy et
Colin MacLeod (1944) découvrent que l’ADN est
la molécule support de l’information génétique.
7
Un peu d’histoire
Quelques années plutard, la structure de cette

molécule a été également identifiée suite aux travaux
de Erwan Chargaff (1950), Rosalind Franklin
(1953) etWatson et Crick (1953).
Aujourd’hui, avec l’évolution des techniques de la

biologie moléculaire, on a séquencé le génome de
plusieurs espèces eucaryotes et procaryotes.
8
Structure primaire de l’ADN
- Les nucléotides
- La liaison phosphodiester
- Les nucléosides
9
Les nucléotides
10
Les nucléotides
L’acide désoxyribonucléique (ADN) est une

macromolécule composée d’un enchainement de
nucléotides, d’où le terme polynucléotide. Chaque
nucléotide est composé:
D’une base azotée, qui peut etre une purine ou une
pyrimidine ;
D’un pentose (ose a 5 atomes de carbone) ;
D’un groupement phosphate
11
Les nucléotides
12
Bases azotées
L’ADN contient 4 bases azotées (nucléobases): adénine
(A), cytosine (C), guanine (G) et thymine (T).
L’adénine, la cytosine et la guanine sont communes à
l’ADN et l’ARN. La thymine est remplacée par l’uracile
dans l’ARN.
On trouve deux catégories de bases azotées :
Les purines (adénine et guanine) constituées de deux
cycles aromatiques ;
Les pyrimidines (cytosine et thymine) constituées d’un
13 seul cycle aromatique.
Bases azotées
14
Bases azotées
Les bases azotées ne peuvent s'associer que deux à deux
par leurs liaisons hydrogènes : deux liaisons hydrogènes
entre l'adénine et la thymine et trois liaisons hydrogènes
entre la guanine et la cytosine.
Les cycles aromatiques qui composent les différentes

bases azotées permettent aux acides nucléiques
d’absorber la lumière dans l’ultra-violet (UV à 260
nm).
15
Bases azotées
La valeur de 260 nm est une valeur moyenne
d’asorbance des 4 bases nucléotidiques.
Les propriétés optiques des bases azotées sont utilisées

dans les analyses spectrophotométriques afin de
détecter, doser et contrôler la pureté des acides
nucléiques.
16
Bases azotées
En plus des 4 bases incorporées à l’ADN au cours de
sa synthèse, on rencontre parfois des bases modifiées
par méthylation (addition d'un groupement méthyle
CH3).
Cette modification de l'ADN est effectuée par des
enzymes particulières appelées ADN
méthyltransférases (DNA methyl-transferase ou
DNMTs).
Selon les espèces, plusieurs types de nucléotides
méthylés peuvent être rencontrés, principalement les
cytosines, dont la méthylation sur le C5 donne la 5-
méthylcytosine, et les adénines dont la méthylation
sur le N6 produit la N6-méthyladénine.
17
Pentose
L’ADN est composé d’un désoxyribose (C5H10O4) (l’ARN
est composé d’un ribose).
Le désoxyribose est un pentose dérivé du ribose, dans lequel
on a substitué le groupement hydroxyle du carbone n° 2 par
un atome d’hydrogène, ce qui implique la perte d'un
oxygène.
18
Pentose
Les atomes de carbones du désoxyribose sont numérotés de
1’ à 5’. Cette numérotation en « ‘ » permet de faire la
distinction avec celle des bases.
Le désoxyribose est beaucoup plus stable que le ribose, une
caractéristique intéressante pour une molécule servant à
stocker l'information.
19
Phosphate
Le phosphate (ou acide
phosphorique, H3PO4) est
identique pour les
nucléotides de l'ADN et de
l'ARN.
Il est fixé sur le carbone 5' du
désoxyribose et le carbone 3'
du désoxyribose du
nucléotide suivant.
20
Phosphate
Les phosphates présents entre
les nucléotides portent des
atomes d’oxygène chargés
négativement à pH 7. Cela
confère une charge globale
négative de l’ADN à ce pH.
21
La liaison phosphodiester
22
Les nucléotides sont reliés
entre eux sur chaque brin
d’ADN par des liaisons
covalentes (liaisons
phosphodiester).
Le phosphate d'un
mononucléotide (en C5' de
son sucre) se lie au C3' du
sucre du mononucléotide
23
précédant.
Ainsi, nous partons d' un
phosphate, puis un 5' sucre
(+base) et le 3' de ce sucre,
lié à un second phosphate - 5'
sucre, dont le 3' est libre pour
la prochaine étape d'
élongation.
La liaison, et donc l'
orientation de la molécule, est
24
par conséquent 5' -> 3'.
Les polynucléotides sont faits
de l' addition successive de
monomères dans une
configuration 5' - 3' générale.
25
Cette orientation se trouve
définie par la position du
groupe phosphate libre du
premier nucléotide,
généralement le phosphate
porté par le carbone 5’, et par
le groupe OH libre porté par
le carbone 3’ du dernier
nucléotide.
26
Les nucléosides
27
Les nucléosides
Les nucléosides sont constitués d'une base azotée
liée au pentose (ribose ou désoxyribose) via une
liaison glycosidique entre le carbone C1’ du sucre et
l’azote N1 des pyrimidines (a) ou l’azote N9 des
purines (b).
28
Les nucléosides
Dans les cellules, les nucléosides peuvent être

phosphorylés par des kinases spécifiques, permettant
la formation de nucléotides.
Les nucléotides sont donc des nucléosides

monophosphate.
29
Les nucléosides
Le nom donné aux nucléosides ou aux nucléotides en

fonction de la base présente est différent de la base
seule (voir tableau).
30
Structure secondaire de l’ADN
- La double hélice « B » de l’ADN
- Les isoformes de la double hélice B
31
La double hélice « B » de l’ADN
En 1953, Rosalind Franklin a démontré que
l'ADN possède une structure hélicoïdale grâce
à sa radiographie par diffraction de rayons X.
Elle en conclue que les squelettes

désoxyribose-phosphate sont à l'extérieur de
la double hélice.
32
Dans la même année Watson et Crick ont décrit la
structure en double hélice de l’ADN.
Cette structure est appellée hélice Watson/Crick ou
hélice B. Elle possède les caractéristiques
suivantes :
Les deux brins sont antiparallèles et associés en paire
de bases
La double hélice B est « droite »
Il y a deux sillons différents
33
Les deux brins sont antiparallèles et
associés en paire de bases
Dans la double hélice, les
deux brins sont orientés de
manière opposée, ils sont
dits antiparallèles.
34
Les liaisons hydrogène
s’établissent toujours entre
une purine de l’un des
brins et une pyrimidine de
l’autre brin pour former
une molécule d’ADN
double brin (ou ADN
35 bicaténaire).
L’association des deux
brins par des liaisons
hydrogène génère une
contrainte physique qui
impose à l’ensemble
l’adoption d’une structure
en double hélice.
36
La double hélice B est « droite »

L’hélice B est dite « droite » car
le sens du pas de l’hélice est à
droite.
Son diamètre est d’environs 2,4
nm.
La distance séparant deux paires
de bases successives est de 0, 34
nm.
Le « pas » de l’hélice est de 3,4
nm, il couvre une longueur de
37
10 paire de bases.
Les deux brins de la double hélice de
l’ADN ne sont pas symétrique par
rapport à l’axe central.
Sur un plan de coupe, on vois que les
deux brins sont proches d’un coté que
l’autre.
La face ou les deux brins sont les plus
proche est appellée petit sillon (ou
sillon mineur), l’autre est appellée
grand sillon (ou sillon majeur).
38
Cette particularité à une conséquence
importante puisque les bases présentes
dans le petit sillon seront masquées et
ne pourront pas interagir avec les
protéines de liaison à l’ADN, comme
par exemple les protéines de régulation.
Les intéraction avec ces protéines se

feront essentiellement avec les bases
accessibles du côté du grand sillon.
39
Les isoformes de la double hélice B
L’hélice B que nous venons de décrire est la

forme majoritaire trouvée dans les cellules in
vivo.
Deux autres conformations de la double hélice
d’ADN sont aussi décrites: l’hélice A et
l’hélice Z
40
Hélice A
L’hélice A est rencontrée dans des solutions où il y
a peu d’eau (après extraction) ou in vivo lorsque
l’ADN est associé à des complexes protéiques.
41
Hélice A
La forme A est observée notamment dans les hélices
hybrides ADN-ARN.
Cette forme est plus « ressérrée » que la forme B
avec un diamètre plus large (2,6 nm).
42
Hélice A
Elle est plus compacte avec une distance de 0,23 nm
entre deux paires de base successives et un nombre de
paire de base par tours plus important (11 pb/tour).
Comme l’hélice B, le sens du pas de l’hélice A est à
droite.
43
Hélice Z
L’hélice Z peut se trouver aussi in vivo dans
certaines conditions particulières et en très faible
proportion.
44
Hélice Z
L’hélice Z une hélice « gauche » qui apparait lorsqu’il y
a alternance entre bases puriques et pyrimidiques.
Cette hélice est plus étirée (en zigzag) que l’hélice B
avec un diamètre de l’ordre de 1,8 nm et un nombre de
12 paires de bases par tour.
45
46
Module: structure 3D des
macromolécules biologiques
Compaction de l’ADN
1
La longueur d’un ADN présent dans une
cellule procaryote ou dans un noyau
eucaryote est extrêmement importante
comparée à la taille de la cellule elle-même.
Escherichia coli contient 1 mm d’ADN.
Le génome humain mesure prés de 2 m.
=> L’ADN doit donc être compacté.

2
Les modes de compaction sont différents :
L’ADN circulaire est surenroulé ou
superenroulé: c’est le cas de l’ADN
bactérien, des plasmides, de beaucoup
d’ADN viraux, de l’ADN mitochondrial et
chloroplastique, ...etc.
L’ADN linéaire est organisé en chromatine
(organismes eucaryotes).
3
Surenroulement de l’ADN circulaire

La chromatine
4
5
Tous les ADN double brins circulaires peuvent
êtres surenroulés en présence de certaines
enzymes spécifiques appelées
topoisomérases => l’ADN va être torsadé
sur lui même.
Sous cette forme
(superenroulement), la
molécule sera beaucoup
moins encombrante que
sa forme circulaire
relâchée.
6
On peux distinguer les différentes

structures d’un ADN circulaire par
électrophorèse sur gel d’agarose.
A charge constante, la vitesse de migration

de la molécule va dépendre de sa forme.
7
Comparé à sa forme
linéaire:
L’ADN sera ralenti s’il
est sous forme relaché
(plus encombrant)
L’ADN migrera plus vite
s’il est superenroulé
(moins encombrant)
8
Les topoisomérases
Le surenroulement de l’ADN dépend de
certaines enzymes appelées:
topoisomérases.
Ces enyzmes sont nommées ainsi car elles

agissent sur la topologie de l’ADN (sa
structure tridimensionnelle) => elles
régulent l'enroulement des molécules
9
d'ADN.
Les topoisomérases
On distingue deux grands types de
topoisomérases:
Les topoisomérases I
Les topoisomérases II
10
Chez les procaryotes, elles permettent de
relâcher un ADN surenroulé => nécessaire
lors de la réplication pour faciliter
l’ouverture du double brin d’ADN.
* si on ouvre le double brin d’un plasmide

surenroulé, la tension devient trop forte et
bloque la réplication.
11
Fonction analogue chez les eucaryotes: l’ADN
doît être déroulé pour que les fourches de
réplication puisse progrésser.
12
Mécanisme
L’enzyme se fixe sur
l’ADN, elle coupe l'un
des deux brins, l’ADN
peut se dérouler en une
forme B, puis survient
une nouvelle ligature de
l’ADN.
13
Contrairement aux
topoisomérases I, les
topoisomérases II peuvent
couper les deux brins
d’ADN.
Chez les procaryotes par
exemple, elles permettent
de dérouler un plasmide
superenroulé.
14
Les topoisomérases II permettent
également de « désenlacer » les
deux molécules filles après la
réplication de l’ADN.
interviendront dans tous les
mécanismes nécessitant de
« démêler » des enchevêtrements
d’ADN mais aussi pour créer des
15 surenroulements.
La chromatine
- Structure
- Organisation
- De la chromatine au chromosomes
16
Structure de la chromatine
La chromatine est la structure au sein de
laquelle l'ADN se trouve compacté dans le
volume limité du noyau des cellules
eucaryotes.
Structure:
Fibre de 11 nm
Fibre de 30 nm
17
Fibre de 11 nm
Structure de base de la chromatine.
Lorsque’on observe le noyau d’une cellule en
interphase (période du cycle cellulaire pendant
laquelle la cellule ne se divise pas), une partie de
l’ADN apparait sous forme d’une fibre de 11 nm de
diamètre appelée communément « collier de
perles ».
18 Association de deux nucléosomes

Fibre de 11 nm
Cette structure correspond à

une association de
nucléosomes.
19
Fibre de 11 nm
Le nucléosome est
constitué de 8 protéines
appellées histones autour
desquelles est entouré
l’ADN.
20
Fibre de 11 nm
Les histones sont de petites
protéines d’une centaine
d’acides aminés chargées
positivement.
Elles sont chez les humains
au nombre de 5 : histone
H1, H2A, H2B, H3 et H4.
Ces dernières diffèrent par
leur séquence en acides
21
aminés.
Fibre de 11 nm
Dans le nucléosome, on
trouvera 2 molécules de
chacune des histones H2A,
H2B, H3 et H4.
L’histone H1 aide pour la

compaction du deuxième
niveau qui est appelée la
fibre de 30 nm.
22
Fibre de 30 nm
Dans le noyau, certaines régions vont être compactées. La
formation de cette chromatine de 30 nm de diamètre
nécessite la présence d’une autre protéine histone : l’histone
H1.
L’histone H1 va se lier
aux nucléosomes pour
leur permettre de
s’associer entre eux. Le
modèle d’organnisation
communément admis
est celui du solénoide. Association des différents nucléosomes en
23 solénoide.
Fibre de 30 nm
Dans ce modèle, les nucléosomes sont empilés de
manière régulière les uns sur les autres pour former une
structure compacte.
Dans les régions

compactées de cette
manière, on ne trouve
pas de gènes actifs
car leur transcriptions
n’est pas possible.
Association des différents nucléosomes en
24
solénoide.
Organisation de la chromatine
Lorsqu’on observe la chromatine en microscope électronique dans
un noyau en interphase, il apparait des zones de différentes densités.
La majorité du noyau est constitué de chromatine peu compactée
(euchromatine ou chromatine active) alors que la périphérie est
très compactée (hétérochromatine ou chromatine inactive).
25
Au centre, on observe aussi une région de forte densité,
le nucléole .
Aujourd’hui, on sait que l’ADN est très organisé dans le
noyau et l’on parle plutôt de territoires
chromosomiques.
26
Euchromatine
L’euchromatine correspond à
80 à 90 % de l’ADN du noyau
et a une organnisation
complexe.
Très longtemps décrite
comme la région du noyau
contenant la chromatine
« active », on sait aujourd’hui
que cette chromatine est très
hétérogène et
« compartimentée ».
27
Euchromatine
On trouve des territoires très
actifs dans lesquels la chromatine
est peu compactée où les gènes
peuvent être transcrits.
On trouve d’autres térritoires
plus compactés où les gènes ne
peuvent pas s’exprimer.
* Il y a une relation très directe entre

l’organisation de la chromatine et la
possibilité pour un gène de s’exprimer
=> l’expresion de certains gènes peut
dépendre du territoire où ils se
28
trouvent dans le noyau.
Hétérochromatine
L’hétérochromatine correspond à
10 à 20 % de l’ADN nucléaire.
Dans cette région, la chromatine
étant compactée, on ne trouve
pas de gènes fonctionnels mais
plutôt les régions
chromosomiques, telles que les
centromères et les télomères,
nécessaires à la séparation des
chromatides lors de la division
cellulaire.
29
Nucléole
Le nucléole est une région du
noyau qui apparait aussi très
dense. Cette région contient
les gènes permettant la
synthèse en grande quantité
des ARNr et où a lieu la
maturation des ribosomes.
30
De la chromatine au chromosomes
Au cours du cycle cellulaire,

l’ADN génomique va subir un
très fort compactage pour
permettre la séparation des
chromosomes.
31
Les fibres de chromatine (11

nm et 30 nm) vont
progressivement se compacter
pour aboutir à la structure
finale du chromosome.
32
La compaction est telle que le
chromosome devient visible en
microscopie optique. C’est
ainsi que l’on peut réaliser un
caryotype et détecter
d’éventuelles anomalies
chromosomiques telles que la
trisomie ou les translocations.
33
Structure des chromosomes
Dans les cellules eucaryotes, le chromosome

est le stade supérieur et ultime d’organisation
de l’ADN.
Le séquençage complet d’un certain nombre de
génomes a montré que la quantité d’ADN
utilisée pour coder les protéines ou les ARN
varie énormément d’un organisme à un autre.
34
Chez les bactéries, la presque totalité de l’ADN
code des protéines et des ARN.
Chez les mammifères, seule une petite portion
(moins de 10%) code les protéines et divers
ARN, le reste ou ADN intergénique, est
constitué de séquences répétées (souvent des
dinucléotides) appellées microsatellites ou
composé de grands éléments de séquences
35
transposables.
Pour être maintenu comme tels au cours de la

division cellulaire, chaque chromosome chez
les eucaryotes doit posséder :
Un centromère
Des télomères
Plusieurs origines de réplication.
36
Origine de réplication
Les origines de réplication sont les
nombreux sites (3000 par chromosome en
moyenne) ou s’assemblent les divers
composants protéiques, dont les ADN
polymérases, nécessaires au démarrage de la
réplication de l’ADN qui précède la division
cellulaire.
37
Centromère
Le centromère est une région de l’ADN qui va

maintenir liées entre elles les deux chromatides
soeurs.
La position du centromère va définir les deux bras
du chromosome : le bras p (pour petit) et q (le bras
long).
(A) : Chromosome télocentrique

(B) : Chromosome acrocentrique
(C) : Chromosome submétacentrique
(D) : Chromosome métacentrique
38
Centromère
Selon sa position, les chromosomes seront :
Métacentriques (les deux bras de longueur
équivalente)
Submétacentrique (deux longueurs inégales)
Acrocentrique (le bras p est extrêmement petit)
Télocentriques (le centromère est situé à
l’extrémité du chromosome).
39
Centromère
Il est essentiel qu’un seul centromère soit présent

par chromosome. Dans le cas contraire, il en
résulte des cassures, des pertes ou des duplications
de chromosomes dont les conséquences sont
généralement graves.

40
Télomères
Les télomères sont des séquences particulières

localisées aux deux extrémités du chromosome.
Elles sont reconnus par des protéines spécifiques
qui protègent le chromosome des événements de
recombinaison ou de dégradation, typiques des
extrémités ADN libres.
41
42
1
La longueur d’un ADN présent dans une
cellule procaryote ou dans un noyau
eucaryote est extrêmement importante
comparée à la taille de la cellule elle-même.
Escherichia coli contient 1 mm d’ADN.
Le génome humain mesure prés de 2 m.
=> L’ADN doit donc être compacté.

2
Les modes de compaction sont différents :
L’ADN circulaire est surenroulé ou
superenroulé: c’est le cas de l’ADN
bactérien, des plasmides, de beaucoup
d’ADN viraux, de l’ADN mitochondrial et
chloroplastique, ...etc.
L’ADN linéaire est organisé en chromatine
(organismes eucaryotes).
3

La chromatine
4
5
Tous les ADN double brins circulaires peuvent
êtres surenroulés en présence de certaines
enzymes spécifiques appelées
topoisomérases => l’ADN va être torsadé
sur lui même.
Sous cette forme
(superenroulement), la
molécule sera beaucoup
moins encombrante que
sa forme circulaire
relâchée.
6
On peux distinguer les différentes

structures d’un ADN circulaire par
électrophorèse sur gel d’agarose.
A charge constante, la vitesse de migration

de la molécule va dépendre de sa forme.
7
Comparé à sa forme
linéaire:
L’ADN sera ralenti s’il
est sous forme relaché
(plus encombrant)
L’ADN migrera plus vite
s’il est superenroulé
(moins encombrant)
8
Les topoisomérases
Le surenroulement de l’ADN dépend de
certaines enzymes appelées:
topoisomérases.
Ces enyzmes sont nommées ainsi car elles

agissent sur la topologie de l’ADN (sa
structure tridimensionnelle) => elles
régulent l'enroulement des molécules
9
d'ADN.
Les topoisomérases
On distingue deux grands types de
topoisomérases:
10
Chez les procaryotes, elles permettent de
relâcher un ADN surenroulé => nécessaire
lors de la réplication pour faciliter
l’ouverture du double brin d’ADN.
* si on ouvre le double brin d’un plasmide

surenroulé, la tension devient trop forte et
bloque la réplication.
11
Fonction analogue chez les eucaryotes: l’ADN
doît être déroulé pour que les fourches de
réplication puisse progrésser.
12
Mécanisme
L’enzyme se fixe sur
l’ADN, elle coupe l'un
des deux brins, l’ADN
peut se dérouler en une
forme B, puis survient
une nouvelle ligature de
l’ADN.
13
Contrairement aux
topoisomérases I, les
topoisomérases II peuvent
couper les deux brins
d’ADN.
Chez les procaryotes par
exemple, elles permettent
de dérouler un plasmide
superenroulé.
14
Les topoisomérases II permettent
également de « désenlacer » les
deux molécules filles après la
réplication de l’ADN.
interviendront dans tous les
mécanismes nécessitant de
« démêler » des enchevêtrements
d’ADN mais aussi pour créer des
15 surenroulements.
La chromatine
- Structure
- Organisation
- De la chromatine au chromosomes
16
Structure de la chromatine
La chromatine est la structure au sein de
laquelle l'ADN se trouve compacté dans le
volume limité du noyau des cellules
eucaryotes.
Structure:
Fibre de 11 nm
Fibre de 30 nm
17
Fibre de 11 nm
Structure de base de la chromatine.
Lorsque’on observe le noyau d’une cellule en
interphase (période du cycle cellulaire pendant
laquelle la cellule ne se divise pas), une partie de
l’ADN apparait sous forme d’une fibre de 11 nm de
diamètre appelée communément « collier de
perles ».
18 Association de deux nucléosomes

Fibre de 11 nm
Cette structure correspond à

une association de
nucléosomes.
19
Fibre de 11 nm
Le nucléosome est
constitué de 8 protéines
appellées histones autour
desquelles est entouré
l’ADN.
20
Fibre de 11 nm
Les histones sont de petites
protéines d’une centaine
d’acides aminés chargées
positivement.
Elles sont chez les humains
au nombre de 5 : histone
H1, H2A, H2B, H3 et H4.
Ces dernières diffèrent par
leur séquence en acides
21
aminés.
Fibre de 11 nm
Dans le nucléosome, on
trouvera 2 molécules de
chacune des histones H2A,
H2B, H3 et H4.
L’histone H1 aide pour la

compaction du deuxième
niveau qui est appelée la
fibre de 30 nm.
22
Fibre de 30 nm
Dans le noyau, certaines régions vont être compactées. La
formation de cette chromatine de 30 nm de diamètre
nécessite la présence d’une autre protéine histone : l’histone
H1.
L’histone H1 va se lier
aux nucléosomes pour
leur permettre de
s’associer entre eux. Le
modèle d’organnisation
communément admis
est celui du solénoide. Association des différents nucléosomes en
23 solénoide.
Fibre de 30 nm
Dans ce modèle, les nucléosomes sont empilés de
manière régulière les uns sur les autres pour former une
structure compacte.
Dans les régions

compactées de cette
manière, on ne trouve
pas de gènes actifs
car leur transcriptions
n’est pas possible.
Association des différents nucléosomes en
24
solénoide.
Lorsqu’on observe la chromatine en microscope électronique dans
un noyau en interphase, il apparait des zones de différentes densités.
La majorité du noyau est constitué de chromatine peu compactée
(euchromatine ou chromatine active) alors que la périphérie est
très compactée (hétérochromatine ou chromatine inactive).
25
Au centre, on observe aussi une région de forte densité,
le nucléole .
Aujourd’hui, on sait que l’ADN est très organisé dans le
noyau et l’on parle plutôt de territoires
chromosomiques.
26
Euchromatine
L’euchromatine correspond à
80 à 90 % de l’ADN du noyau
et a une organnisation
complexe.
Très longtemps décrite
comme la région du noyau
contenant la chromatine
« active », on sait aujourd’hui
que cette chromatine est très
hétérogène et
« compartimentée ».
27
Euchromatine
On trouve des territoires très
actifs dans lesquels la chromatine
est peu compactée où les gènes
peuvent être transcrits.
On trouve d’autres térritoires
plus compactés où les gènes ne
peuvent pas s’exprimer.
* Il y a une relation très directe entre

l’organisation de la chromatine et la
possibilité pour un gène de s’exprimer
=> l’expresion de certains gènes peut
dépendre du territoire où ils se
28
trouvent dans le noyau.
Hétérochromatine
L’hétérochromatine correspond à
10 à 20 % de l’ADN nucléaire.
Dans cette région, la chromatine
étant compactée, on ne trouve
pas de gènes fonctionnels mais
plutôt les régions
chromosomiques, telles que les
centromères et les télomères,
nécessaires à la séparation des
chromatides lors de la division
cellulaire.
29
Nucléole
Le nucléole est une région du
noyau qui apparait aussi très
dense. Cette région contient
les gènes permettant la
synthèse en grande quantité
des ARNr et où a lieu la
maturation des ribosomes.
30
Au cours du cycle cellulaire,

l’ADN génomique va subir un
très fort compactage pour
permettre la séparation des
chromosomes.
31
Les fibres de chromatine (11

nm et 30 nm) vont
progressivement se compacter
pour aboutir à la structure
finale du chromosome.
32
La compaction est telle que le
chromosome devient visible en
microscopie optique. C’est
ainsi que l’on peut réaliser un
caryotype et détecter
d’éventuelles anomalies
chromosomiques telles que la
trisomie ou les translocations.
33
Dans les cellules eucaryotes, le chromosome

est le stade supérieur et ultime d’organisation
de l’ADN.
Le séquençage complet d’un certain nombre de
génomes a montré que la quantité d’ADN
utilisée pour coder les protéines ou les ARN
varie énormément d’un organisme à un autre.
34
Chez les bactéries, la presque totalité de l’ADN
code des protéines et des ARN.
Chez les mammifères, seule une petite portion
(moins de 10%) code les protéines et divers
ARN, le reste ou ADN intergénique, est
constitué de séquences répétées (souvent des
dinucléotides) appellées microsatellites ou
composé de grands éléments de séquences
35
transposables.
Pour être maintenu comme tels au cours de la

division cellulaire, chaque chromosome chez
les eucaryotes doit posséder :
Un centromère
Des télomères
Plusieurs origines de réplication.
36
Origine de réplication
Les origines de réplication sont les
nombreux sites (3000 par chromosome en
moyenne) ou s’assemblent les divers
composants protéiques, dont les ADN
polymérases, nécessaires au démarrage de la
réplication de l’ADN qui précède la division
cellulaire.
37
Centromère
Le centromère est une région de l’ADN qui va

maintenir liées entre elles les deux chromatides
soeurs.
La position du centromère va définir les deux bras
du chromosome : le bras p (pour petit) et q (le bras
long).

38
Centromère
Selon sa position, les chromosomes seront :
Métacentriques (les deux bras de longueur
équivalente)
Submétacentrique (deux longueurs inégales)
Acrocentrique (le bras p est extrêmement petit)
Télocentriques (le centromère est situé à
l’extrémité du chromosome).
39
Centromère
Il est essentiel qu’un seul centromère soit présent

par chromosome. Dans le cas contraire, il en
résulte des cassures, des pertes ou des duplications
de chromosomes dont les conséquences sont
généralement graves.

40
Télomères
Les télomères sont des séquences particulières

localisées aux deux extrémités du chromosome.
Elles sont reconnus par des protéines spécifiques
qui protègent le chromosome des événements de
recombinaison ou de dégradation, typiques des
extrémités ADN libres.
41
42
Autres structures secondaires de
l’ADN
Autres structures secondaires de l’ADN
ADN cruciforme et ADN en épingle à

cheveux
ADN-H ou ADN triplex
ADN G-quadruplex (G4)
La structure ADN triplex est formée quand une

molécule d'ADN simple brin vient s'apparier dans
le grand sillon d'une double hélice d'ADN.
Ceci est rendu possible par l’appariement de

Hoogsteen qui est un type de paire de base rare,
observé dans les acides nucléiques (ADN, ARN).
Les liaisons de Hoogsteen impliquent une face de
la purine différente de la face Watson-Crick, il
s’agit des positions N7 et du groupement oxo (si
guanine) ou amino (si adénine) en position 6.
Il est donc possible à une purine d'effectuer
simultanément les deux types d'interactions.
Ceci permet de former des structures à trois
brins, dont deux forment une hélice.
Le troisième brin vient se loger dans le grand sillon
de cette hélice et forme des paires Hoogsteen avec le
brin d'ADN contenant des purines.
Cette structure ne peut se former que dans les
régions où le duplexe contient une séquence de
plusieurs purines consécutives.
Les quadruplex de G sont des structures
secondaires à 4 brins d’ADN, formés à partir de
séquences riches en guanines.
Les quadruplex de G contiennent au moins deux
plateaux de guanine empilées (quartets de G).
K+
Chaque quartet de G est constituée de 4 résidus de
guanine fixés les uns aux autres par des liaisons
hydrogène de type Hoogsteen.
K+
Les résidus de G peuvent se situer sur la même
molécule d’ADN (G4 intramoléculaire) ou sur des
molécules d’ADN différentes (G4 intermoléculaire).
Les G-quadruplex avaient déjà été créés
artificiellement au laboratoire, mais ne s’étaient
jamais avérées être naturellement présentes dans les
cellules humaines, et ce jusqu’à 2013, où Shankar
Balasubramanian et ses collaborateurs du
département de chimie de l’université de
Cambridge, l’ont identifié dans des cellules
cancéreuses humaines en utilisant des biomarqueurs
fluorescents.
D'après les auteurs, la formation de segments
quadruples est plus importante dans les cellules
qui se divisent rapidement. Ces quadruplexes
apparaissent dans toutes les régions du
chromosome, y compris dans les télomères.
Strcuture 3D des macromolécules
biologiques

Techniques d’analyse du
polymorphisme de l’ADN
Introduction
Le développement de la biologie moléculaire du
gène et le séquençage de l’ADN, puis le séquençage
des génomes, ont permis de mettre en évidence
l’existence de polymorphismes moléculaires de
l’ADN => une diversité génétique qui ne touche pas
seulement les séquences des gènes mais se répartit
sur l’ensemble du génome, aussi bien dans les
séquences signifiantes (codantes ou non codantes)
que dans les séquences intergéniques.
2
Les marqueurs polymorphes de
l’ADN
Les marqueurs moléculaires d'ADN sont des
séquences codantes ou non, présentant un
polymorphisme selon les individus.
Parmi les marqueurs polymorphes de l’ADN on
peut distinguer :
Les SNP (single nucleotide polymorphism)
Les RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism)
L’ADN satellite
3
SNP (single nucleotide polymorphism)
SNP: single nucleotide polymorphism

Substitution d'un nucléotide par un autre en un
site du génome (génique ou intergénique).
4
SNP (single nucleotide polymorphism)
Les SNP sont :

Stables
Très abondants (1SNP / 100 à 1000 pb
selon les régions)
Répartis non uniformément
5
Localisation des SNP
Les SNP peuvent se retrouver au sein de:
régions codantes de gènes (exon)
régions non-codantes de gènes (intron)
régions intergéniques
6
Localisation des SNP
SNP situé au sein d’une région
codante (exon) :
Formes alléliques synonymes si
le SNP ne modifie pas la séquence
d'acide aminé de la protéine
produite (redondance du code
génétique).
Formes alléliques non-
synonymes dans le cas où les
séquences en acides aminés
produites sont differentes.
7
Détection des SNP
Les SNP peuvent êtres détectés par:
Séquençage direct
Aprés PCR de de la région d’intérêt.
Nécessite de connaître la séquence normale
mais pas nécessairement le SNP.
Autres techniques: RFLP (Restriction

Fragment Lenght Polymorphism), puces à
ADN,...etc. 8
RFLP (Restriction Fragment Lenght
Polymorphism)
RFLP: polymorphisme de longueur de fragments
de restriction.
En général dû à un SNP qui fait apparaître ou
disparaître, en un locus du génome, un site
spécifique d’une enzyme de restriction.
EcoRI
9
RFLP (Restriction Fragment Lenght
Polymorphism)
Les RFLP sont identifiés en utilisant les enzymes
de restriction qui coupent l’ADN uniquement sur
des « sites de restriction » déterminés.
Exemples d’enzymes de rectriction: EcoRI, BamHI,
HindIII, SmaI, PstI...etc.
10
RFLP (Restriction Fragment
Lenght Polymorphism)
La distance entre les sites de clivage diffère entre les
personnes => la longueur des fragments d'ADN
produits différera d’un individu à l’autre.
La technique RFLP peut être utilisée en aval d’une

11 PCR (PCR-RFLP).
PCR-RFLP
Un fragment de gène est
d’abord amplifié par PCR.
Le produit de PCR est alors
exposé à une enzyme de
restriction specifique.
Les amplicons digérés sont
ensuite séparés par
électrophorèse sur gel
d’agarose et visualisés à l’aide
du bromure d’éthidium sous
irradiation UV. 12
ADN Satellite
Répétitions en tandem d’une séquence
déterminée
Le nombre de répétitions varie d’un sujet à l’autre
Tous les 6 kb (plus fréquent en subtélomérique)
Le polymorphisme repose sur la variation du

nombre d'unités de répétition, constituant le
l’ADN satellite
13
Deux types d’ADN satellite
Les microsatellites
Les minisatellites
14
Les microsatellites
Ou STR (Short Tandem Repeats) ou SSR (Simple
Sequence Repeats).
Consistent en une courte séquence d’ADN de 1 à 4
nucléotides répétées en tandem (adjacents et
toujours dans le même sens).
Le nombre de répétition peut aller de quelques
unités à plusieurs dizaines.
Les plus fréquent: dinucléotides (CA)/(GT) qui sont
répartis sur tout le génome.
15
Les microsatellites
Le polymorphisme des microsatellites est révélé par la
PCR.
Une paire d'amorces spécifiques

des bordures droite et gauche d'un
microsatellite est utilisée pour
amplifier le même microsatellite A B
chez différents individus.
⇒Chaque microsatellite est bordé
par des séquences uniques qui lui
sont propres.
16
Les microsatellites
Le polymorphisme des microsatellites est révélé par la
PCR.
Les fragments d'amplification
sont ensuite révélés par
électrophorèse sur gel de
polyacrylamide afin de séparer les A B
fragments d'ADN de taille faible.
Un individu A, possédant plus d'unités

de répétition que l’individu B, a un
produit d'amplification qui migre plus
lentement
17
Les microsatellites
Taux d’hétérozygotie souvent supérieur à 70%.
Exemple d’une électrophorèse

sur gel de polyacrylamide de
microsatellites
18
Les minisatellites
OuVNTR (variable numbers of tandem repeats)
Séquences de 10 à 50 paires de base, répétées en
tandem
Taux d’hétérozygotie supérieur à 90 %
Certains minisatellites sont associés à des
maladies, ex. Diabète et minisatellite en 5’ du
gène de l’insuline.
Explorés le plus souvent par la technique du
19 southern blot ou la PCR
Minisatellite
Exemple de minisatellite
Motif de base : GTATACACACATATACATATATAT (24 nucléotides).
20
biologiques
Chapitre II: l’ARN

Structure et implications biologiques
Acide ribonucléique « ARN »
Les ARN sont une classe de molécules extrêmement
importantes dans la cellule.
Ce sont des composés très abondants, ex: ils
représentent 25 % du poids sec d’Escherichia coli, alors
que l’ADN ne représente que 2 %.
Plusieurs rôles dans la cellule:
Rôle génétique
Rôle enzymatique
ARN guide
2
Rôles biologiques de l’ARN
1. Rôles génétiques
Comme l’ADN, l’ARN joue un rôle bien connu de support
de l’information génétique.
Les ARN messagers sont des copies de l’information
contenue dans l’ADN qui va servir à la fabrication des
protéines.
L’ARN constitut le matériel génétique exclusif de certains
organismes comme les virus:
Rétrovirus (ex. le VIH): pour se répliquer, ils passent par un
intermédiaire constitué d’ADN.
Virus de la grippe, de la poliomyélite, de la dengue, de
l’hépatite C, ...etc. restent exclusivement à l’état d’ARN.
3
2. Rôles enzymatiques
Les ARN messagers constituent l’essentiel des ARN
cellulaires?
.....NON
*La fonction très importante des ARN messagers dans la cellule
est trompeuse car elle donne souvent l’impression que ceux-ci
constituent l’essentiel des ARN cellulaires, alors que ce n’ai pas le
cas.
La majorité des ARN dans la cellule sont des ARN non-

codants.
Les ARN non codants sont les ARN qui ne sont pas traduits en
protéines.
4
2. Rôles enzymatiques
Parmi les ARN non-codants, on trouve :
ARN ribosomiques: constituants majoritaires du
ribosome.
ARN de transfert: participent à la traduction au niveau du
ribosome.
Petits ARN nucléaires (small nuclear ARN snRNA):
constituants de la machinerie d’épissage des ARN
messagers.
5
3. ARN guides
Guide pour des enzymes ciblant d’autres acides
nucléiques (ARN ou ADN).
Les ARN guides sont associés au sein de complexes
ribonucléoprotéiques.
Ils peuvent s’apparier avec un ADN ou un ARN de
séquence complémentaire permettant ensuite à
l’enzyme associée d’exercer son action.
6
3. ARN guides
Les petits ARN nucléolaires (snoRNA) qui interviennent
dans la maturation des ARNr. Ils servent à guider
l’introduction de bases modifiées dans l’ARN ribosomique.
Les micro-ARN: régulateurs traductionnels capables
d’éteindre l’expression d’un gène.
* Leur appariement à une séquence complémentaire de l’ARN
messager du gène cible, conduit à la répression traductionnelle
ou à la dégradation de cet ARNm.
L’ARN de la télomérase qui sert de guide pour la

synthèse de l’ADN télomérique.
7
Synthèse de l’ADN télomérique par la
télomérase
8
Strcture primaire de l’ARN
Structure primaire de l’ARN
L’ARN existe le plus souvent sous forme de

simple-brin => impact important sur sa
structure.
L’absence de brin complémentaire pour l’ARN lui
permet d’adopter des repliements complexes bien
plus diversifiés que la double hélice de l’ADN.
Ces repliements sont à la base de capacités
fonctionnelles variées : régulations, interactions,
propriétés catalytiques.
10
Structure primaire de l’ARN
L’ARN est composé de: pentose (ribose), phosphate et bases
azotés (adénine, cytosine, guanine, uracile)
Thymine Uracile
Désoxyribose
Ribose
La présence du (OH) au niveau du C2’ dans le ribose a

des effets structurales et chimiques sur les propriétés de
11 l’ARN
Effets structurales (plissement du sucre)
Le ribose et le désoxyribose peuvent adopter plusieurs
conformations, les plus favorables sont celles où les C2’ ou C3’ sont
décalés par rapport au plan défini par l’oxygène et les C1’ et C4’.
C2’-endo: le C2’ du sucre est au C3’-endo: le C3’ est au dessus de

dessus de l’oxygène du cycle l’oxygène du cycle.
12
Effets structurales (plissement du sucre)
Dans l’ARN (simple brin), la présence
du 2’-OH sur le ribose influence
l’équilibre entre les 2 conformations
Hélices d’ADN:
Hélice B: plissement de sucre C2'-endo
Hélice A: plissement de sucre C3'-endo
L’ARN forme exclusivement des hélices

A (le 2’-OH empêche la formation de
l’hélice B) => plissement C3’-endo.
13
Effets sur la stabilité chimique
Le 2’-OH rend la molécule d’ARN intrinsèquement plus labile
(instable) que la molécule d’ADN.
En conditions alcalines:
Une base arrache le proton du 2’-OH qui réagit alors avec le phosphate.
Le phosphate se cyclise sur les positions C2’ et C3’ du ribose
Coupure du squelette phosphodiester libérant une extrémité 5’-OH et
une extrémité 2’,3’ phosphate cyclique
Mécanisme spontané qui

peut être accéléré par
certaines ribonucléases.
14
Structure secondaire de
l’ARN
Appariement
L’ARN est monocaténaire MAIS cela ne signifie
pas qu’il ne forme pas d’appariements!
La nature monocaténaire de l’ARN lui permet de
se replier sur lui même en formant des
appariements intramoléculaires.
Les bases de l’ARN peuvent former des
appariements Watson-Crick classiques: G-C et
A-U
16
Appariement
L’ARN tolère un type d’appariement additionnel, la
paire G-U, aussi appelé appariement bancal ou
wobble.
17
Appariement
Les paires A-U et G-C sont superposables, la position des riboses

étant identique. Ces appariements sont dits isostères. La paire
bancale, en revanche, impose une légère distorsion du squelette
18
ribose-phosphate.
Appariement
L’ARN peut former des régions en duplexe
apparié à chaque fois qu’il existe une séquence
répétée inversée .
Structure en tige et boucle (hairpin)

19
Topologie des structures secondaires
Les ARN d’une certaine taille contiennent

plusieurs séquences répétées inversées =>
formation de structures plus complexes, avec
plusieurs tiges et des boucles de topologies
variées.
Quatre types de boucles dans les structures

d’ARN:
20
21
▶Boucles terminales (boucles

apicales):
- Situées à l’extrémité d’une tige.
-Constituées d’un seul segment non-
apparié.
▶ Boucles internes:
- Situées entre deux tiges consécutives.
- Constituée de deux segments non-appariés
22
▶ Hernies (bulge)
- Boucles internes particulières contennant un
seul segment non-apparié sur un des deux
brins.
- Contrairement aux boucles internes, une
hernie ne rompt pas la continuité de l’hélice.
▶ Boucles multiples
- Trois tiges ou plus.
-Constituées de plusieurs segments non-
appariés.
23
Stabilité thermodynamique des structures
secondaires
Les forces stabilisant la structure secondaire d’un ARN sont
de même nature que celles qui stabilisent la double hélice
d’ADN:
Liaisons hydrogène des appariements de
bases A-U, G-C et G-U.
Interactions de van der Waals entre les

plateaux des bases empilées.
Effet «hydrophobe» qui résulte du

masquage des faces hydrophobes des bases au
solvant aqueux.
24
Stabilité thermodynamique des structures
secondaires
Il est possible de mesurer la stabilité d’un duplexe d’ARN en
suivant l’effet hyperchrome par spectrophotométrie UV
L'absorption UV des
bases à 260 nm est
plus importante
lorsque l’ARN est
sous-forme de
simple-brin dénaturé
Tm 25
Structure tertiaire
Appariements non-canoniques
En plus de la structure secondaire, l’ARN peut adopter une

structure tridimensionnelle compacte.
La structure 3D de l’ARN est le résultat d’interactions

additionnelles entre les éléments classiques de la structure
secondaire (hélices, boucles).
Les interactions additionnelles sont dans la plupart des cas

de type non-canonique.
27
Les appariements non canoniques sont des
interactions entre nucléotides, distincts des
d'appariements de type watson-Crick (A-U et G-
C).
Ils impliquent toujours des liaisons hydrogènes
entre les bases, comme dans les paires Watson-
Crick.
Parmi ces appariements non canoniques, on
trouve:
28
Des appariements Hoogsteen

A-U impliquant la face Hoogsteen
d'une adénosine et une uracile.
29
Des paires G-A "en cisaille"
(sheared), impliquant la face
Hoogsteen du A et la face ribose du G.
Cette structure est présente par
exemple dans la structure de l'ARN
ribosomique 5S.
6 7
Paire G-A en cisaille 30

Appariements impliquant des formes

protonées de certaines bases (rare).
Ex: C-C+, où la deuxième cytosine est
protonée sur sa position N3.
Appariement C-C+ entre cytosines.

31
Motifs récurrents
Tétraboucles hyperstables (tetraloop)
Boucles terminales comportant quatre nucléotides.
De structure très stable, renforcées par des interactions
non-canoniques
Trois principales familles:
Tétraboucles de séquence GNRA ou N peut être: A, G, C
ou U et R est une purine (A ou G).
Tétraboucles de séquence UNCG. N peut être : A, G, C ou
U.
Tétraboucles de type CUUG
32
Motifs récurrents N: A, G, C ou U
R: A ou G
Tétraboucles hyperstables
La tétraboucle GNRA est
stabilisée par une paire non-
canonique «G-A en cisaille»
La purine R forme une liaison

hydrogène avec le 2’-OH du
ribose du G
Structure 3D d'une
La base N est empilée sur la tétraboucle GNRA
purine Les liaisons hydrogène additionnelles
formées par le G, le A et la purine R sont
indiquées en pointillés jaunes.
33
Motifs récurrents
Boucle E
Motif identifié pour la première fois dans l'ARN ribosomique 5S.
Boucle interne de séquence conservée
Structurée par des interactions non canoniques: trois appariements et
un triplet de bases
34
Structure de la «boucle E» de l’ARN ribosomique 5S de Haloarcula marismortui.
Motifs récurrents
Boucle E
Structure 3D de la boucle E de de l’ARN ribosomique 5S de

Haloarcula marismortui. 35
Les pseudonoeuds
Un pseudonœud se forme à
partir d'une structure en tige
et boucle.
Appariement des nucléotides
de la boucle avec une région
située à l'extérieur de la tige.
La longueur de la région
appariée dans la boucle ne
peut pas dépasser 10 à 11
nucléotides
36
Les pseudonoeuds
Pseudonoeud dans l’extrémité 3’ de l’ARN du virus de la mosaïque

jaune du navet (Turnip yellow mosaic virus).
Cette structure pourrait protéger le génome viral contre la
dégradation par les ribonucléases de l’hôte.
37
Les pseudonoeuds
Pseudonœud présent dans l'ARN de la

télomérase humaine
38
biologiques
Chapitre II: l’ARN
Ribozymes et ARN de transfert
Les ribozymes
2
Les ribozymes
Ribozyme : un mot-valise composé de deux mots: acide

ribonucléique et enzyme.
Les ribozymes sont des ARN qui possèdent la propriété
de catalyser une réaction chimique spécifique.
Les protéines ne sont donc pas les seules molécules
qui catalysent les réactions chimiques.....
Propriétés catalytiques dues à la capacité de l'ARN de se

replier pour former une structure qui permettent la
fixation de ligands.
3
Les ribozymes
La ribonucléase P (RNAse P)
Le ribosome
4
Enzyme présente dans toutes les cellules,

chez tous les organismes vivants.
Formée de deux composants : un ARN long
d’environ 300 à 500 nucléotides (suivant les
espèces), et une ou plusieurs protéines.
5
La RNAse P
La RNAse P assure la maturation des ARN de transfert.
Les ARNt sont transcrits sous

forme de précurseurs longs (pré-
ARNt). Ils sont ensuite maturés RNAse P
du coté 5’ par la RNAse P qui

reconnaît le repliement de
l’ARNt
ARNt coupé avec la

6 RNAse P
La RNAse P
Suivant les espèces, l'activité RNase P peut être

réalisée par une protéine (il s'agit alors d'une
enzyme) ou par l’ARN (il s'agit alors d'un
ribozyme).
Chez les eucaryotes, l’activité RNase P est produite
soit par l’ARN soit par les protéines.
Chez les bactéries, l’activité RNase P est produite par
l’ARN.
7
La RNAse P des bactéries
• Chez les bactéries, la

RNAse P est composée
d’un ARN qu’on appelle
ARN M1 et d’une seule
protéine associée : la
protéine C5.
• L’ARN M1 est non-codant
et possède une structure
secondaire conservée. Structure secondaire de l’ARN M1 de
8
la ribonucléase P d’Escherichia coli
L’ARN M1 de la RNAse P
d’E. coli est constituée d’une
quinzaine de régions en
hélices (en jaune) et de deux
pseudonoeuds (en vert).
l’ARN M1 est associé à la
protéine C5 (en bleu).
Cinq des sept boucles
terminales sont des
tétraboucles GNRA ou
UNCG. Structure secondaire de l’ARN M1 de
9
L’ARN M1 adopte une structure en « crevasse » sur laquelle
vient se fixer le pré-ARNt
L’ARN M1 interagit avec toute la tige supérieure de la
structure de l’ARNt, depuis la boucle située à l’angle du «L»,
jusqu’au extrémités 5’ et 3’.
RNAse P
10 ARNt Structure 3D de l’ARN M1 de la ribonucléase P.

Travaux de Sidney Altman
et ses collaborateurs:
En absence de la protéine C5,
l’ARN M1 seule est capable de
réaliser la maturation de
l’ARNt.
En absence d’ARN M1, la
protéine C5 n’a aucune
activité catalytique.
Structure secondaire de l’ARN M1 de

11
Travaux de Sidney Altman et
ses collaborateurs:
Dans la RNAse P, c’est l’ARN

qui est l’enzyme et pas la
protéine. La protéine semble
jouer le rôle de stabilisateur
structural.
Structure secondaire de l’ARN M1 de

12
Les ribozymes
Le ribosome
13
Le ribosome
Complexe ribonucléoprotéique (ARN+protéines)
permettant la traduction des ARNm en protéines.
Le ribosome peut être associé à une membrane (au
niveau du réticulum endoplasmique granuleux) ou libre
dans le cytoplasme.
Commun à toutes les cellules procaryotes et eucaryotes.
Composé de deux sous-unités distinctes.
La composition du ribosome varie en fonction des
organismes
14
Le ribosome
Procaryotes:
Ribosome de 70S
Deux sous unités: 50S et
30S
Trois ARN ribosomiques
sont impliqués dans sa
structure: 23S, 16S et 5S
ainsi qu’une 50aine de
protéines.
15
Le ribosome
Eucaryotes:
Ribosome de 80s
Deux sous unités: 60S et 40S
Quatre ARNr: 28S, 18S, 5.8S
et 5S et plus de 80 protéines.
La masse des ribosomes est

constituée d’environ 2/3
d’ARN
16
Le ribosome est un ribozyme
• Traduction des ARNm en Liaison peptidique
protéines:
• Petite sous unité => lecture du
code inscrit sur l'ARNm.
• La grande sous-unité
contient l’ARNr catalytique
23S (procaryotes) ou 28S
(eucaryotes) qui sont
impliqués dans la
formation des liaisons
peptidiques.
17
Les ARN de transfert (ARNt)
18
Rôle de l’ARNt
Responsables du transport des
acides aminés jusqu'aux
ribosomes lors de la traduction
des ARNm.
Chaque ARNt transporte un
acide aminé, de façon spécifique.
Sa séquence comporte une série
de trois nucléotides, nommée
anticodon, qui reconnaît le codon
correspondant à l'acide aminé
qu'il transporte.
19
Rappel...
Chaque ARNt est caractérisé par son anticodon.
Un ARNt ne transporte pas n'importe quel acide
aminé: ça dépend de l'anticodon
ARNt AAA transporte toujours la phénylalanine
ARNt GAU transporte toujours la leucine
L'acide aminé est attaché au bon ARNt par une
aminoacyl-ARNt synthétase
20
Structure secondaire de L’ARNt
21
Brin d'ARN qui, en se repliant sur lui-même, forme une structure
à quatre tiges, appelée "feuille de trèfle ».
Deux tiges importantes sur
l’ARNt
Extrémité 3' (se termine par CCA) :
se lie à
un acide aminé
Anticodon = zone formée de

22
trois nucléotides et qui se
lie à l'ARNm
Extrémité 3'
Les deux autres tiges s'appellent

Bras T Bras D bras T (ou TψC) et bras D
Boucle T (ou DHU), car elles portent
des ribonucléotides modifiés,
autres que A, G, C et U :
La ribothymidine (T) et la
Boucle pseudouridine (ψ) , dans le
variable brasT
Boucle D La dihydrouridine (D) dans
le bras D.
Anticodon
23
La ribothymidine
La ribothymidine ou rT est un ribonucléotide rare qu'on trouve
essentiellement dans le bras T des ARNt, auquel il donne son nom.
Constituée d’un résidu de thymine et de ribose.
On l’appelle aussi 5-méthyle uridine, car la ribothymidine ne
diffère de l'uridine que par l'addition d'un groupement méthyle (-
CH3) en position 5 du cycle pyrimidine.
24 Uridine Ribothymidine
La ribothymidine
La ribothymidine n'est pas incorporée
directement au cours de la transcription par
l'ARN polymérase.
Elle résulte de la modification d’une uridine dans
le précurseur de l’ARNt par une enzyme
spécifique: l'ARNt (uracile 5-) -
méthyltransférase.
La ribothymidine contribue à la stabilisation de la
structure tridimensionnelle des ARNt.
25
La pseudouridine
La pseudouridine (notée ψ) est un ribonucléoside
dérivé de l'uridine.
Présente dans certains ARN non-codants (ex. ARNt,
ARNr).
Résulte d'une modification post-transcriptionnelle de
certains résidus d'uridine par des pseudouridine
synthases.
26 Uridine Pseudouridine
La pseudouridine
Les pseudouridine synthases catalysent
l'isomérisation du cycle uracile.
Le cycle uracile fait une rotation de 180° autour de
l'axe passant par les atomes N3 et C6 du cycle.
La pseudouridine
La rotation du cycle uracile ne modifie pas
l’appariement Watson-Crick, mais modifie la nature de
la liaison glycosidique entre le ribose et la base:
Liaison C-C pour la pseudouridine
Liaison C-N pour les bases naturelles
La pseudouridine
Les résidus de pseudouridine possèdent un 2ème groupe
NH
Le 2ème NH est capable de former une liaison H
supplémentaire => capacité utilisée dans certains ARN
pour stabiliser leur structure.
La dihydrouridine
La dihydrouridine (notée D, DHU ou UH2) est constituée de
dihydrouracile et ribose.
La DHU résulte de l’addition de 02 atomes d’hydrogène à
l’uridine.
Sa conformation déstabilise la structure de l'ARNt et augmente sa
flexibilité, contrairement à la pseudouridine.
5
6
30
Structure tertiaire L’ARNt
31
Les quatre tiges de l’ARNt se
replient pour former une
structure en forme de "L" :
empilement du bras T sur le
bras accepteur et du bras
anticodon sur le bras D.
Dans la conformation « L »,
les bases sont orientées de
façon à optimiser les
interactions hydrophobes.
32
La structure en « L » est
stabilisée par des interactions
entre la boucle T et D faisant
intervenir les nucléotides
modifiés.
La Structure « L » est
maintenue par des liaisons H.
Plusieurs liaisons H
impliquent des appariements
non canoniques.
33
34
Chapitre III: Les protéines
Structure primaire et secondaire
Les protéines sont des molécules
biologiques qui assurent des fonctions très
diverses au sein de la cellule ou de
l'organisme.
◦ Rôle structural (ex: l'actine qui participe à
l'architecture de la cellule, la kératine qui
constitue les cheveux,..etc.)
◦ Rôle enzymatique (ex: ADN polymérase,
ligase,..etc.)
◦ Rôle hormonal (ex. insuline)
2
Les protéines présentent différents
niveaux de structure au sein de
l’organisme.
Ces niveaux varient suivant:

◦ Le type de la protéine (séquence en acides
aminés de la protéine)
◦ Le niveau de maturation de la protéine
◦ Le milieu dans lequel se trouve la protéine.
3
On distingue 04 niveaux
de structure:
Structure primaire:
séquence en acides
aminés de la protéine.
Structure secondaire:
premier niveau de
compaction des protéines
; deux structures sont
observées : hélices α et
feuillets β.
4
Structure tertiaire:
compaction des
structures secondaires
entre elles.
Structure quaternaire:
assemblage de
plusieurs sous unités
protéiques (présentant
chacune une structure
tertiaire) entre elles
(ex: l’hémoglobine)
5
Chapitre III: Les protéines
Structure tertiaire et quaternaire
1
2

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* Il y a une relation très directe entre

Au cours du cycle cellulaire,

Les fibres de chromatine (11

Dans les cellules eucaryotes, le chromosome

Pour être maintenu comme tels au cours de la

Le centromère est une région de l’ADN qui va

(A) : Chromosome télocentrique

Il est essentiel qu’un seul centromère soit présent

(A) : Chromosome télocentrique

Les télomères sont des séquences particulières

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