UNIVERSITE DE ROUEN – FACULTE DES SCIENCES ET TECHNIQUES

L2 BGE
UE 1 Biochimie Générale
Mardi 8 janvier 2018 - Durée 3 heures
Seules les calculatrices fournies par l’UFR en début d’examen sont autorisées

Question 1 :
On cherche à déterminer les caractéristiques d’une enzyme.

1-Sa masse moléculaire relative (Mr), déterminée par chromatographie d’exclusion

stérique, est de 90 000. Par électrophorèse en milieu dénaturant (SDS-PAGE), on obtient
2 bandes correspondant à des molécules de 30 000 Da et de 15 000 Da. Que vous
indiquent ces données sur la structure de cette enzyme ? Justifier votre réponse.

2-On souhaite déterminer si cette enzyme est michaélienne ou allostérique.

a) Quelle est la représentation graphique simple qui vous permet de distinguer ces 2
types d’enzymes ?
b) Représenter sur un même graphique les deux courbes théoriques et les décrire en
une phrase.

3-L’enzyme étudiée est en fait michaélienne :

Utiliser les valeurs du tableau suivant pour déterminer graphiquement Km et Vmax.
Expliquer votre raisonnement.

[S] (10-3 M) v0 (µmol.min-1.mL-1)

3,3 4,0
5,0 5,0
6,6 5,7
10,0 6,6
20,0 8,0

Corrigé
1. L’enzyme est un complexe protéique composé de 2 sous unités, une de 30 000 Da et une
de 15 000 D. La chromatographie d’exclusion stérique est réalisée dans des conditions
natives alors que l’électrophorèse en milieu dénaturant (SDS-PAGE) est réalisée après
dénaturation et donc la séparation des sous-unités
2. a) Il faut représenter la courbe de saturation pour chaque réaction enzymatique : V0 = f
([S]). Voir cours pour allure des courbes. Si la courbe V 0 = f ([S]) a une allure d’hyperbole,
elle peut être associée à l’équation de Michaelis Menten. Si elle a une allure sigmoïdale,
elle traduit le comportement d’une enzyme allostérique.
3. Pour déterminer les valeurs de Km et de Vmax d’une enzyme michaélienne, on peut
utiliser la représentation graphique dite des doubles inverses : 1/v0 = f(1/[S]).
Cette représentation permet d’obtenir : -1/Km = - 0,2 et 1/Vmax = 0,1
donc approximativement Km = 5 mM et Vmax = 10 µmole.min-1.mL-1

Question 2 :
Un oligosaccharide, soumis à une méthylation totale suivie d’une hydrolyse, libère
uniquement du 2,3,4,6-tétra –O-méthyl-D-glucopyranose.

1 – Représenter ce dérivé méthylé selon la projection d’Haworth.

2 – Représenter l’oligosaccharide initial. Expliquer le raisonnement qui vous a permis
d’arriver à cette conclusion. Quelle information vous manque pour donner une structure
plus précise ?

3 – Cet oligosaccharide est-il réducteur ? Justifier votre réponse.

Corrigé
1. voir cours
2. Le 2,3,4,6-tétra –O-méthyl-D-glucopyranose dérive de résidus glucose terminaux. Il est
donc constitué de deux Glc liés via leur carbone anomérique. L’information manquante est
l’anomérie des résidus Glc.

3. Non car les carbones anomériques sont liés, la molécule ne possède donc pas
d’extrémité réductrice.

Question 3 :
On étudie l’alcool déshydrogénase de levure en présence de NADH et d’acétaldéhyde en
concentrations saturantes. La réaction est initiée par l’ajout de 0,2 mg d’enzyme à t 0 dans
un volume réactionnel de 3 mL.

1 – Ecrire la réaction catalysée par l’alcool déshydrogénase.

2 - Dans quelle voie métabolique se situe cette réaction enzymatique ?

3 - L’absorbance initiale, mesurée à  = 340 nm, est de 0,1. Calculer la concentration

initiale de NADH.
4 – Au bout de 2 min de réaction, l’absorbance mesurée est de 0,04. On sait qu’au moment
de la mesure, la réaction est toujours dans les conditions de la vitesse initiale qui est égale
à Vmax. Calculer Vmax en µmol de NADH.mL-1.min-1.

5 – Calculer l’activité spécifique de l’enzyme en U (unité d’activité enzymatique) par mg

de protéines.

Données : Trajet optique du spectrophotomètre = 1cm. Coefficient d’absorption molaire du

NADH à 340 nm = 6 220 M−1·cm−1. Les autres réactifs et produits n’absorbent pas à 340 nm.
Acétaldéhyde :
H

C
CH3 O

Corrigé
1. acétaldéhyde + NADH  éthanol + NAD+
2. Fermentation alcoolique
3. Absorbance = 0,1 = 6 220 x 1 x C donc C initiale = 1,6.10–5 M
4. Consommation en 2 min de 1,6.10 –5 – 0,64.10–5 mole = 0,96.10–5 mole soit 0,48.10–5
mole.min-1 = 4,8 µmole.min-1 Activité = 4,8 UI
5. Activité spécifique = 4,8/0,2 = 24 UI.mg-1

Question 4 :
Répondre brièvement aux questions suivantes :

1- Ecrire la structure de l’acide glutamique à pH 7,0 (en tenant compte de son état
d’ionisation). Justifier cet état d’ionisation (pKCOOH = 2,19 ; pKNH2 = 9,67 et pKR= 4,25).

2- Qu’est-ce que le profil d’hydropathie d’une protéine ? Quelles informations peut-on en

tirer ?
3- Un glycérophospholipide inconnu traité par la phosphatase A1 libère du linoléate, par
la phospholipase A2 du palmitate et par la phospholipase D de la sérine (Ser).
Représenter ce glycérophospholipide.

4- Qu’appelle-t-on « acides gras essentiels » ? Citer 1 exemple (nom et nomenclature).

5- A quelles longueurs d’onde peut-on détecter les protéines ? Expliquer pourquoi.

6- Qu’est-ce qu’une modification post-traductionnelle d’une protéine ? Citer deux

exemples.
7- Quels sont les lipides qui permettent la formation de membranes biologiques ? Quels
sont les autres composés biologiques capables de s’insérer dans une membrane
biologique ?

8- Décrire les niveaux d’organisation structurale des protéines.

9- Représenter la structure développée de l’ATP. Quelles liaisons sont impliquées dans les
échanges énergétiques dans une cellule ?

10- Vous voulez préparer 50 mL de solution d’ovalbumine à une concentration de 15 mM.

La masse molaire de cette protéine est de 4300 g.mol1. Comment procédez-vous ?

11- Définir la température de fusion (Tm) d’une molécule d’ADN. Que reflète-t-elle ?

12- Le couplage énergétique permet l’utilisation de molécules d’ATP dans une voie de
biosynthèse : en expliquer le principe.

Corrigé
1. voir cours
2. Le profil d’hydropathie est la répartition des acides aminés hydrophobes le long de la
séquence protéique. Ceci permet de visualiser des domaines hydrophobes permettant
notamment prédire la présence de segments transmembranaires.
3. voir cours
4. Un acide gras qui possède une double liaison au-delà du C9. Exemple : acide linoléique :
C18:2 9, 12
5. à  = 275-280 nm car à cette  absorbent spécifiquement les Tyr et Trp
6. Une modification post-traductionnelle est une modification de la protéine soit par
clivage de celle-ci, soit par addition de motifs non glucidiques. Exemple : glycosylation et
phosphorylation.
7. Les glycérophospholipides et sphingolipides. Les autres composés membranaires
(cholestérol, protéines) peuvent uniquement s’insérer dans une membrane existante.
8. Primaire : séquence protéique, secondaire : motifs courts répondant à des critères
structuraux communs (hélice  et feuillets ), tertiaire : repliement 3D et quaternaire :
association de sous-unités.
9. Voir cours. Les liaisons riches en énergie sont principalement les liaisons
phosphoanhydrides entre ATP et ADP et entre ADP et AMP.
10. Il faut peser puis dissoudre 3,22 g d’ovalbumine dans 50 mL d’eaU
11. La température de fusion (Tm) d’une molécule d’ADN est la température de
dénaturation du double brin d’ADN. Elle indique les rapports A/T et C/G dans l’ADN.
12. L’énergie chimique de l’ATP est utilisée pour activer par phosphorylation le substrat.

Question 5:
Glycolyse : caractéristiques et réactions. Quel est le devenir du pyruvate en aérobiose et
en anaérobiose ?

Corrigé
Voir cours