Académique Documents
Professionnel Documents
Culture Documents
FSDM
DÉPARTEMENT DE BIOLOGIE
COURS DE BIOPHYSIQUE
SVI SEMESTRE 3, 2014-2015
Pr . Adnane. REMMAL
Pr. Bouchra EL OMARI
1
Sommaire
biologiques…………………………………………………………..…………….….33
biologique………………………………………………………………….………….44
2
Les solutions bio-électrolytiques
1-Solution :
Une solution est un mélange de deux matières ou plus, elle est constituée de :
- Solvant : la matière qui existe en plus grande quantité.
- Soluté : la matière (les matières) qui existe en faible quantité.
Concentration molale (molalité) : nombre de mole de soluté dissoute dans un kilogramme de solvant
(mol.kg-1).
2-Solution aqueuse :
Une solution dans laquelle l’eau est le solvant.
Les molécules d’eau entourent les molécules du soluté.
3-Solution électrolytique :
Ce sont des solutions conductrices du courant électrique.
L’étude de ces solutions a montré la présence des ions libres
et indépendants.
En appliquant un champ électrique entre deux électrodes d’une cellule contenant une
solution électrolytique, les cations (ions à charge positive) se déplacent vers la
cathode (électrode à charge négative) et les anions (ions à charge négative ) se
déplacent vers l’anode (électrode à charge positive).
3
Les solutions bio-électrolytiques:
Électrolytes forts : des matières qui se dissocient complètement dans l’eau donnant des
solutions de bonne conductivité électrique (comme les bases et les acides forts).
Électrolytes faibles : des matières qui se dissocient partiellement dans l’eau donnant des
solutions de faible conductivité électrique (comme les bases et les acides faibles).
Mobilité ionique:
4
Conductivité:
Viscosité
La viscosité permet de faire la distinction entre un fluide parfait et un
fluide réel.
Dans le cas des fluides parfaits, on considère que l'écoulement se déroule sans
perte d'énergie.
Dans un fluide réel, il existe des forces dites de viscosité. Elles sont dues à des
frottements qui existent entre les couches de vitesses différentes sur les parois.
La viscisité est une caractéristique de la matière, quel qu’en soit l’état physique :
gazeux, liquide ou à la limite solide.
Elle intervient fréquemment dans les équations de la mécanique des fluides.
Elle traduit, en bref, la résistance d’un fluide à l’écoulement car elle ralentit le
mouvement du liquide au voisinage des parois.
5
Définition de la viscosité
• L'eau, l'huile, le miel coulent différemment :
l'eau coule vite, mais avec des tourbillons ;
le miel coule lentement, mais de façon bien régulière.
Viscosité
6
Effet de la température sur la viscosité :
La viscosité du sang :
La viscosité du sang varie en fonction de la concentration en
globules rouges (hématocrite).
En absence de cellules sanguines, le sérum (obtenu après
coagulation) ou le plasma (obtenu par centrifugation) ont une
viscosité proche de celle de l'eau à 20°C :
7
La viscosité du sang:
Pour le sang total, il existe une relation entre la viscosité et l'hématocrite:
La viscosité du sang:
8
La viscosité du sang:
Osmolarité:
9
SOLUBILITÉ DES ÉLECTROLYTES
Grâce à son dipôle, très fort, l’eau dissout « casse » les électrolytes,
selon le schéma suivant:
H2O H2O
0.001 9.40
0.010 4.40
0.100 2.00
0.150 1.90
1.000 0.94
10
SOLUBILITÈ DES CORPS APOLAIRES
Les corps apolaires sont hydrophobes, donc insolubles dans l’eau.
11
Propriétés physiques de l’eau:
•Diffusion et osmose: c’est la pression supplémentaire nécessaire exercée sur une solution,
pour empêcher le passage du solvant à travers la membrane (semi-perméable).
Diffusion et osmose assurent le potentiel hydrique de la cellule (potentiel osmotique + pression
de turgescence).
•L’évaporation: c’est le passage des molécules d’eau liquide dans l’air, selon un processus
physique normal.
Possède une forte chaleur d’ébullition: les organismes vivants ne courent pas le risque d’être
“évaporés”, donc de perdre leur masse d’eau (ébullition excessive).
Possède une chaleur spécifique élevée: c’est la quantité de chaleur nécessaire pour augmenter
d’un degré 1g d’eau. Les êtres vivants gagnent et perdent leur chaleur corporelle plus lentement: homéothermie des
réactions biologiques intra-cellulaires.
Possède un point de congélation élevé et une densité plus faible à l’état solide
qu’à l’état liquide:
De -4º à 0º C, l’eau se dilate à nouveau, devenant moins dense à mesure que ses
molécules commencent à former le réseau cristallin de la glace.
La glace est moins dense que l’eau parce que ses molécules sont moins tassées; un
cristal de glace est, plus gros que le volume d’eau qu’il remplace.
12
Solvabilité de l’EAU:
La molécule d’eau étant un dipôle permanent, l’association de ses
dipôles avec d’autres entités électriques entraîne le phénomène
d’hydratation, qui conduit à la formation de solution. 3 types de
forces sont à considérer:
forces entre les molécules d’eau elles-mêmes: eau-eau
forces entre les molécules d’eau et le soluté: eau-soluté
forces entre les molécules de soluté elles-mêmes: soluté-soluté
13
CHAP II
ETUDE DES INTERFACES
SOLIDES-LIQUIDES
L’INTERFACE SOLIDE-LIQUIDE
L’interface solide – liquide est intimement liée à ce que l’on appelle le pouvoir
mouillant. Si l’on examine comment se comporte une goutte de liquide déposée
sur une surface parfaitement plane et propre on peut observer au moins trois cas
de figures:
1- La goutte de liquide peut s’étendre sur la surface du solide jusqu’à former une
monocouche. C’est ce qui arrive lorsqu’on dépose une goutte d’eau sur un verre très propre. Le
pouvoir mouillant est maximum.
2- la goutte de mercure qui a l’apparence d’une sphère presque parfaite lorsqu’elle est
déposée sur une surface. Le même phénomène s’observe après la pluie : les gouttes d’eau
perlent sur le toit d’une voiture fraîchement cirée. Le liquide, dans ces cas est non mouillant.
14
L’INTERFACE SOLIDE-LIQUIDE
3- La goutte d’eau sur une surface quelconque peut prendre la forme d’un ménisque plan
convexe. Définissons l’angle de contact du liquide avec la surface plane par sa valeur θe.
Si on considère une molécule superficielle B, dans ce cas la résultante des forces n’est pas nulle ΣZm ≠ 0 um
et perpendiculaire à la surface. Il en est de même pour toutes les molécules superficielles qui forment ainsi
une sorte de pellicule tendue qui comprime l’interieur du liquide.
15
TENSION SUPERFICIELLE
Tension superficielle
16
TENSION SUPERFICIELLE
TENSION SUPERFICIELLE
17
APPLICATION BIOLOGIQUE: LA
RESPIRATION CHEZ LES ETRES VIVANTS
APPLICATION BIOLOGIQUE: LA
RESPIRATION CHEZ LES ETRES VIVANTS
18
Les alvéoles sont constituées de différents types cellulaires:
Les pneumocytes I : échanges gazeux
Les pneumocytes II : sécrétion de surfactant
Les macrophages : défense immunitaire
A l’intérieur de chaque alvéole,Les pneumocytes de type II sécrètent un liquide alvéolaire: le surfactant qui humidifie
la surface des cellule en contact avec l’air. Ce liquide rend l’expansion des alvéoles possible sans difficulté et
empêchant les alvéoles de s’affaisser
19
ANGLE DE CONTACT ET CAPILLARITÉ
Dans un tube de verre étroit (tube à essai),
l'interface air-liquide est bombée vers le
bas, concave : la surface forme un
ménisque concave ; de plus, l'eau s’élève
le long des parois.
Ascension capillaire
20
Ascension capillaire
Cette fois, les forces de cohésion sont supérieures aux
forces d’adhésion, le liquide ne mouille pas les parois du
tube.
le niveau du liquide s’abaisse dans le tube au dessous
du niveau de la surface libre du récipient. le ménisque
est convexe et forme l’angle θ> 90° avec la paroi du
tube.
les forces de tension superficielle tirent le liquide vers le
bas.
la résultante F de ces tensions équilibre maintenant le
poids p du liquide manquant.
ASCENSION CAPILLAIRE
Quelques valeur sde l’angle de contact
21
APPLICATION BIOLOGIQUE: Ascension de l’eau dans
les vaisseaux du xylème de la plante par cappilarité
22
Le diamètre du tube influe considérablement
sur la hauteur maximale atteinte par l’eau.
•La seule ascension capillaire ne permettrait de faire monter la sève que d’un
seul mètre environ.
Résultat: La capillarité n’est donc pas le seul système permettant de faire monter
la sève.
23
Ascension d’eau chez les plantes
24
Tension superficielle
(interface liquide-gaz)
25
Tension superficielle
(interface liquide-gaz)
Tension superficielle
(interface liquide-gaz)
Ceci explique par ailleurs que tout liquide tend spontanément à diminuer sa surface.
Ainsi se forment les gouttes et les bulles. La forme sphérique présente le plus faible
rapport surface/volume.
26
Tension superficielle
(interface liquide-gaz)
Tension superficielle
et
agents tensioactifs
Le rôle des agents tensioactifs est de diminuer la tension
superficielle:
27
Dissolution d’un gaz
Relation pression-volume
Il existe une relation entre la pression et le volume d'un gaz. À une température constante et pour
un même nombre de molécules, il a été observé que la pression d'un gaz augmente lorsque son
volume diminue, et vice versa. Cette relation est nommée loi de Boyle-Mariotte.
28
Application biologique: Respiration
Les mouvements respiratoires permettent de faire varier le volume dans les poumons. Plus le volume y est
grand, plus la pression dans les poumons sera petite. Plus le volume y sera petit, plus la pression dans les
poumons sera grande.
29
Loi de Fick
La vitesse de transfert d’un gaz à travers une couche d’un tissu est
proportionnelle à la surface et à la différence de concentration du gaz de
part et d’autre du tissu et inversement proportionnel à l’épaisseur.
Exemple :
Les poumons ont une très grande surface de très faible épaisseur environ 5μm
30
Loi de Fick: application biologique: la respiration
Loi de Poiseuille
En 1840, le physicien français Jean Louis Marie Poiseuille a appliqué les principes
de de la mécanique afin de décrire l’écoulement du sang. Il a démontré que la
résistance hydraulique peut être calculée par l’équation:
31
Application biologique: résistance au f lux du sang
32
Application biologique: résistance au flux du sang
33
Chap IV.
Forces impliquées dans les
interactions des molécules
biologiques
Liaison intermoléculaires
• Sans ces forces, les molécules ne resteraient pas fixées les unes aux autres
34
Forces intermoléculaires
Forces répulsives
Forces intermoléculaires
• Forces attractives:
Forces
de van
der
walls
35
Forces intermoléculaires
Affinité
• L'affinité est la force d’interaction non covalente entre des
biomolécules, protéines ou acides nucléiques, et un ligand.
Elle se mesure quantitativement par une constante
d’équilibre association/dissociation, appelée parfois
constante d'affinité.
• Cette affinité dépend de la nature, la géométrie et le
nombre des interactions physiques entre le ligand et sa
cible (interactions électrostatiques, liaisons hydrogènes,
etc…).
36
Avidité
• L’affinité est la force d’une seule interaction
non covalente.
• l'avidité est l'intensité de l'ensemble des
forces des interactions non covalentes entre
une biomolécule et les ligands qui se fixent à
sa surface sur plusieurs sites .
Réaction antigène-anticorps
37
Anticorps
Isotypes = définissent les classes et sous classes :
• - IgG (1, II, III, IV)
• - Ig A (I, II)
• - Ig M, Ig D, Ig E
• - Ig kappa, Ig lamda
38
Nature des liaisons
• - faible énergie
• - dépendent de la complémentarité entre le paratope et l'épitope
• - non covalentes
• • forces de van der Walls :
• - les plus faibles
• - dues au mouvement des électron dans la molécule : formation de dipôles SS
• • forces électrostatiques = liaisons ioniques :
• - entre 2 groupements ioniques
• - 2 à 5 kcal/mol
• • liaison hydrogène :
• - entre atomes électropositifs et électronégatifs
• - faibles
• • liaisons hydrophobes :
• - entre groupements polaires ou hydrophobes
• - faibles
quand on mesure l'affinité d'un anticorps pour son antigène, on mesure la somme
des forces attractives et répulsives.
39
Interaction ligand-Récepteur
Interaction ligand-Récepteur
• Parmi les différents types de ligands, on trouve
les substrats enzymatiques, les effecteurs
enzymatiques (inhibiteurs ou activateurs) ou
encore des ligands des récepteurs comme les
neurotransmetteurs.
40
Les caractéristiques de l'interaction récepteur-ligand
41
Interaction enzyme-substrat
• Un enzyme est une protéine qui abaisse l’énergie
d’activation d’un substrat sans être lui-même affecté.
• Un site actif est le site de l’enzyme qui va interagir avec le
substrat.
• Il est difficile de mesurer la quantité d’enzyme en unités de
masse ou de concentration molaire; l’activité enzymatique
est définie en terme de vitesse de réaction.
• L’activité spécifique d’une enzyme est l’activité catalytique
par unité de masse de protéine (I.U./mg d’enzyme solide)
42
Action d’un enzyme
43
Classification des enzymes
Selon les réactions catalysées, les enzymes peuvent être classées dans six
grandes catégories:
• 1. Oxydoréductases- qui catalysent des transferts d'électrons et de
protons d’un donneur à un accepteur
• 2. Transférases- qui catalysent les transferts de groupements
• 3. Hydrolases- qui catalysent des réactions d'hydrolyse (coupure des
liens C-C, C-O, C-N et autres par de l’eau)
• 4. Lyases- qui catalysent l'addition de groupes à des liens doubles ou
l'inverse
• 5. Isomérases- qui catalysent le transfert de groupes dans une même
molécule pour produire des formes isomères (ex. conversion d'un acide
aminé L en acide aminé D)
• 6. Ligases- qui forment des liens C-C, C-S, C-O et C-N lors de réactions
de condensation couplées à l'utilisation d'ATP
44
Chapitre V.
Interaction des ondes et des
particules avec la matière biologique
45
Rappels du spectre électromagnétique
46
Rayonnements UV
Les ultraviolets : rayonnements qui restent assez énergétiques, ils sont nocifs pour la peau.
Heureusement pour nous, une grande partie des ultraviolets est stoppée par l'ozone
atmosphérique qui sert de protecteur des cellules.
Leurs longueurs d’onde s’échelonnent d’un cent millième (10 -8m) à quatre dixièmes de
millième (4. 10-7 m) de millimètre.
Visible
Le visible correspond à la partie très étroite du spectre électromagnétique perceptible par
notre œil. C’est dans le domaine visible que le rayonnement solaire atteint son maximum
(0,5 μm) et c'est également dans cette portion du spectre que l'on peut distinguer
l'ensemble des couleurs de l'arc en ciel, du bleu au rouge.
Il s’étend de quatre dixièmes de millième (4.10 -7 m) - lumière bleue - à huit dixièmes de
millième (8.10-7 m) de millimètre - lumière rouge.
47
Infrarouge
rayonnement émis par tous les corps dont la température est supérieure au zéro absolu (-
273°C).
En télédétection, on utilise certaines bandes spectrales de l'infrarouge pour mesurer la
température des surfaces terrestres et océaniques, ainsi que celle des nuages.
La gamme des infrarouges couvre les longueurs d’onde allant de huit dixièmes de millième
de millimètre (8.10-7 m) à un millimètre (10 -3 m).
Propriétés Spectroscopiques
Toute les biomolécules possèdent la capacité
d’absorber et d’émettre de la lumière. Cette
capacité constitue une fonction d’état de la
matière. Puisque les spectres sont causés par
des transitions entre niveaux énergétiques, la
spectroscopie permet de déterminer les
niveaux d’énergie des systèmes. Ceci nous
révèle des informations sur la structure
nucléaire, atomique et moléculaire.
48
L’Absorption:
Spectre de la
chlorophylle b.
49
Obtention d’un spectre d’absorption
caractéristique d’une biomolécule
50
Etude de la fluorescence naturelle ou à
l’aide de fluorophores des molécules
biologiques.
• Le succès de la Fluorescence est lié à sa grande sensibilité de détection
• Utilisation extensive dans de nombreux domaines:
• - Physique
• - Chimie
• - Biochimie
• - Biologie
• - Médecine
• - Industrie pharmaceutique
• - Environnement
Fluorescence
• Intérêt de la fluorescence en Biologie:
• 1- Localisation subcellulaire de lipides et de protéines
• 2- Etude dynamique du trafic intracellulaire
• 3- Etude des interactions moléculaires
• 4- Etude de la viscosité membranaire
• 5- Etude du repliement d’une protéine (dénaturation /
renaturation)
• 6- Etude du Séquençage de l’ADN
• 7-Analyse génétique par hybridation in situ (FISH)
51
La Fluorescence Moléculaire
Le principe de la fluorescence
52
Obtention d’un spectre d’émission
caractéristique d’une biomolécule.
• Le spectre d’émission d’une molécule est
l’intensité d’émission de la radiation à
différentes longueurs d’onde quand elle
retourne à des niveaux d’énergie inférieurs. Il
est en général centré sur plusieurs pics, il est
caractéristique de l’espèce et peut être utilisé
pour son identification.
53
Interactions des ultrasons et de la
matière biologique
• La pénétration des ultrasons dans les tissus
dépend de la fréquence des ultrasons et de la
perméabilité ou l’impédance acoustique des
tissus.
• La fréquence et la profondeur de la
pénétration des ultrasons sont inversement
proportionnelles.
• Effet thermique
Les ultrasons provoquent une augmentation de la température de la peau et du tissu sous-jacent . Elle s'accompagne
évidemment d'une vasodilatation c'est à-dire d'une augmentation du calibre des vaisseaux sanguins.
Simultanément à cette augmentation de la température, se produit une modification de la perméabilité des
membranes.
• Effet antalgique
La conductibilité nerveuse peut subir un ralentissement voire une interruption momentanée. Ceci s'expliquerait par
une dépolarisation de la fibre nerveuse afférente due à l'effet thermique. Par contre l'effet des ultrasons sur le
système nerveux central est assez néfaste. Il apparait que le système nerveux central est très sensible aux
ultrasons, On peut observer des lésions allant jusqu'à destruction complète.
• Effet destructeur
L'application des ultrasons, non plus sur un tissu humain, mais in vitro, fait apparaître, à condition d'augmenter
considérablement la puissance par cm2, un effet destructeur important, avec libération de bulles gazeuses dans le
tissu : c'est le phénomène de cavitation.
54