Biophysique

Alberto Verga,∗
Institut de Recherche sur les Phénomènes Hors Équilibre, 49, rue F. Joliot-Curie, BP 146, 13384 Marseille,
France†

(Date : 26 septembre, 2002)

Cours de biophysique, deuxième année du DEUG des sciences.

Table de Matières 1. Bain thermique et mouvement brownien 21

B. Dynamique moléculaire par simulation numérique 22
I. Introduction et généralités 2
A. Unités physiques fondamentales 2 VI. Les biomolécules comme polymères 22
B. Constantes et grandeurs caractéristiques 3 A. Le polymère idéal 22
1. Taille d’une chaı̂ne gaussienne 23
II. Éléments de Thermodynamique 3 2. Élacticité du polymère idéal 24
A. Les principes thermodynamiques 3 B. Les effets du volume exclu 24
1. La croissance de l’entropie 3 1. Cône de valence et longueur de persistance 25
2. La notion d’état thermodynamique 4
3. La conservation de l’énergie 4 A. TD1: Interactions intermoléculaires 25
B. La transformation isotherme 5 1. Questions 25
C. La transformation adiabatique 5 a. Thermodynamique 25
D. L’énergie et l’enthalpie 6 b. Forces 26
E. L’énergie libre, Helmholtz et Gibbs 6 2. Forces et potentiels d’interaction 27
F. La thermodynamique des solutions 7 a. Exercice 1: 27
1. Le potentiel chimique 7 3. Interactions coulombiennes 27
2. L’enthalpie libre d’une solution 7 a. Exercice 2: 27
G. Physique statistique et distribution de Boltzmann 8 b. Exercice 3: 27
1. Le nombre d’états et l’entropie 8 4. Dipôle électrique 27
2. La distribution des probabilités et la fonction de a. Exercice 4: 27
partition 9 b. Exercice 5: 28
5. Dipôle induit, notion de polarisabilité 28
III. Forces intermoléculaires 9 a. Exercice 6: 28
A. Introduction 9
1. Potentiel chimique standard 10 B. TD2: Dipôles et Forces de van der Waals 28
2. Forces répulsives et attractives 11 1. Questions 28
3. Forces de valence 11 a. Forces d’interaction, suite... 28
B. Forces électrostatiques 12 2. Interaction entre deux dipôles permanents 29
1. Forces de Coulomb 13 a. Exercice 1: 29
2. Interaction Charge-Dipôle 13 3. Facteur de Boltzmann 29
3. Charge-dipôle mobile 13 a. Exercice 2: 29
4. Dipôles mobiles 13 4. Terme de Keesom 29
5. Effets de Polarisation 14 5. Terme de Debye 29
6. Ion-molécule non-polaire 14 a. Exercice 3: 29
7. Dipôle induit-dipôle 14 6. Terme de London 30
8. Forces de Dispersion 14 7. Forces de van der Waals 30
C. Hydratation et effet hydrophobe 14
C. TD3: Flexibilité de Macromolécules 30
1. Lien hydrogène 14
1. Questions 30
2. Interactions hydrophiles et hydrophobes 15
a. Stabilité de l’ADN 30
3. Énergie de Born et Solubilité des ions 15
b. Polymère idéal, chaı̂ne de Gauss 30
4. Hydratation des ions 15
2. Géométrie d’une macromolécule 30
5. Effets entropiques 15
a. Exercice 1: 31
IV. Macromolécules 16 3. La chaı̂ne aléatoire 31
A. Structure hiérarchique et conformation 16 a. Exercice 2: 31
B. Forces d’interactions faibles 17 4. Flexion des macromolécules 31
C. Macromolécules en solution 18 a. Exercice 3: 31
b. Exercice 4: 31
V. Physique des macromolécules 19 c. Exercice 5: 32
A. États d’énergie minimale 19 Formules utiles 32

D. TD4: Conformation de Macromolécules 32

1. Questions 32
2. Probabilités et fonction de partition 32
∗ Electronicaddress: Alberto.Verga@irphe.univ-mrs.fr a. Exercice 1: 33
† UMR 6594, CNRS, Université de Provence 3. Modèles de changement de structure de biopolymères 33
 2

a. Transconformation en un seul pas 33 Bibliographie 48

b. Exercice 2: 33
c. Transconformation aléatoire 33 Index 48
d. Exercice 3: 33
e. Transconformation séquentielle 33
f. Exercice 4: 34
g. Transconformation collective 34 I. INTRODUCTION ET GÉNÉRALITÉS
h. Exercice 5: 34
Formules Utiles 34 A. Unités physiques fondamentales
E. TD5: Association et polymérisation des
biomolécules 34 Les grandeurs physiques se caractérisent par leur di-
1. Questions 34 mension. En mécanique les dimensions de base sont la
2. Association ligand-macromolécule 34 longueur L, le temps T et la masse M . Ces dimensions
a. Exercice 1: 35 de base permettent de décrire complètement les mouve-
3. Fixation coopérative 35
a. Exercice 2: 35 ments des corps et leur forces d’interaction. Par exemple
b. Exercice 3: 35 la vitesse d’une particule (point matériel) en mouvement
4. Polymérisation de macromolécules 35 a la dimension dérivée de
a. Exercice 4: 35
5. Cinétique des phénomènes coopératifs 35 L
a. Modèle de Monod, Wyman et Changeux 36 [vitesse] = ,
b. Exercice 5: 36
T
6. Autocatalyse 36
a. Exercice 6: 37
la force a les dimensions
b. Exercice 7: 37
ML
[force] = ,
F. TD 6: Membranes et Transport 37 T2
1. Questions 37
2. Membranes biologiques 38 et l’énergie
a. Exercice 1: 38
3. Tension superficielle 38 M L2
a. Exercice 2: 38 [énergie] = .
b. Pression de vapeur et nucléation 39 T2
c. Exercice 3: 39
d. Exercice 4: 39 On note entre crochets [· · · ] les dimensions d’une
4. Diffusion et transport passif 40 grandeur physique: si R est le rayon d’une sphère [R]
a. Équilibre dans un champ extérieur 40 est la dimension du rayon, c’est-à-dire une longueur,
b. Exercice 5: 40
c. Exercice 6: 41
[R] = L. Dans le système international d’unités et
d. Transport de solvant 41 mesures, l’unité de longueur est le mètre “m”, l’unité de
e. Exercice 7: 41 temps la seconde “s”, et l’unité de masse le kilogramme
f. Diffusion et perméabilité 42 “kg”. De l’équation de dimension de la force, on voit
g. Relaxation vers l’équilibre 42 qu’elle résulte du produit d’une masse M multipliée par
h. Exercice 8: 42
5. Transport d’ions et potentiel de membrane 43
une accélération L/T 2 , il s’agit en fait de la loi trouvée
a. Exercice 9: 43 par Newton au XVII siècle qui est le fondement de toute
b. Exercice 10: 43 la mécanique.
c. Équilibre en présence d’un polyélectrolyte 43 Outre les phénomènes mécaniques on considère les
d. Exercice 11: 43
phénomènes thermiques et électriques. En thermody-
e. Exercice 12: 43
f. Exercice 13: 44 namique on introduit l’unité de température T , le kelvin
g. Pompes ioniques et transport actif 44 “K”, et celle de quantité de matière, la mole “mol”. En
h. Exercice 14: 44 électromagnétisme on introduit l’ampère “A”, qui sert à
i. Exercice 15: 45 mesurer le courant électrique. Dans le tableau I on trouve
6. Transport facilité 45
a. Modèle simplifié de transport facilité 45
la définition des unités de quelques grandeurs importants.
b. Exercice 16: 45
c. Mécanismes de régulation des enzymes 46
d. Inhibition compétitive 46 TABLEAU I Grandeurs physiques et leurs unités.
e. Exercice 17: 46
f. Inhibition non-compétitive 46 Grandeur Unité Symbole Définition
g. Exercice 18: 46 Énergie joule J kg m2 s−2
h. Formules du flux de transport facilité 46
Force newton N kg m s−2
i. Exercice 19: 47
j. Exercice 20: 47 Pression pascal Pa N m−2
Bibliographie 47 Charge coulomb C As
G. Rappel des mathématiques 47 Potentiel volt V J C−1

H. Cours et ressources sur le web 47


B. Constantes et grandeurs caractéristiques
Le nombre de molécules dans une mole de substance
est le nombre d’Avogadro
NA = 6.022 1023 mol−1 .
Il existe un lien entre les phénomènes mécaniques et ther-
miques, découvert au XIXe siècle par Boltzmann. La
constante qui porte son nom est
kB = 1.381 10−23 J K−1 ,
on peut observer que ses unités permettent de trans-
former une température en une énergie, par exemple
l’énergie associée à une température de 298 K d’une
mole de substance est: 298 K NA kB = 2.48 kJ. Le
produit NA kB = R est la constante de gaz parfaits
R = 8.314 J K−1 mol−1 .
La charge e d’un proton est de 1.602 10−19 C. La con-
stante de Faraday est la charge d’une mole d’ions
F = NA e = 9.649 104 C mol−1 .
De la définition du potentiel électrique (voir tableau ??),
on déduit qu’il s’exprime comme le rapport d’une énergie
par une charge. Si on suppose que l’énergie thermique
caractéristique d’une mole de substance à température
T est RT et la charge est la constante de Faraday F ,
le potentiel typique est V = RT /F ; pour T = 298 K
on a RT /F = 25.69 mV. Ce potentiel est du bon ordre
de grandeur pour mesurer par exemple les potentiels de
membrane d’une cellule nerveuse.
La taille caractéristique des petites molécules (comme
l’eau par exemple) est de a = 0.1 nm. Deux charges ±e
séparées d’une distance a ont un moment dipolaire u de
l’ordre de u = (1.602 10−19 )(10−10 ) C m= 4.8 D; où on
note souvent 1 D = 3.336 10−30 C m, le Debye, unité de
moment dipolaire.
On utilise le 1/12-ème de la masse du carbone 12 C
comme unité atomique de masse: 1.661 10−27 kg. Par
comparaison la masse de la terre est de 5.976 1024 kg.
L’énergie thermique par molécule kB T à T = 298 K est
souvent utilisée comme unité de mesure des énergies des
interactions moléculaires. Par exemple, une liaison hy-
drogène a typiquement une énergie de 30 kJ mol−1 , c’est
à dire de l’ordre de 12 kB T par molécule.
À partir d l’énergie thermique et de la masse d’une
molécule on peut déduire une pvitesse caractéristique du
mouvement thermique vth = kB T /m; elle est d’environ
vth ≈ 1500 m s−1 pour le proton et 300 m s−1 pour une
molécule d’oxygène O2 .
II. ÉLÉMENTS DE THERMODYNAMIQUE
En mécanique un système est composé de “particules”,
et son état est déterminé par la donnée de l’ensemble
de positions et vitesses à un instant initial. Pour com-
prendre les phénomènes mécaniques, connaı̂tre la nature
3
même de particules n’est pas important, ce qui compte ce
sont les propriétés du mouvement de ces particules. Par
exemple le système solaire est un système mécanique, et
le soleil et les planètes peuvent être considérés comme
des particules en ce qui concerne leurs mouvements or-
bitaux. L’évolution du système est régi par la loi de New-
ton, qui relie l’accélération aux forces d’interaction entre
les particules du système, ou aux forces crées par des
corps extérieurs. La mécanique permet en principe de
prédire complètement le comportement d’un système si
son état est connu à un instant donné. On peut penser
que pour décrire un système, même composé d’un nombre
considérable des particules, comme un gaz enfermé dans
un volume avec un nombre de l’ordre de NA de molécules
(les particules du système mécanique), en calculant cha-
cune des trajectoires des molécules du gaz. En fait les
systèmes composés d’un très grand nombre de molécules,
les systèmes macroscopiques, possèdent des propriétés
spécifiques comme la température T , la pression P ou le
potentiel chimique µ, qui n’ont pas de sens pour les pe-
tits systèmes mécaniques, mais qui permettent d’établir
leur état sans ambiguı̈té. Les systèmes macroscopiques
sont l’objet de la thermodynamique. Plus précisément la
thermodynamique n’étudie que les systèmes à l’équilibre,
c’est à dire des systèmes dont les propriétés physiques
sont, en général, homogènes et n’évoluent pas avec le
temps.
Un exemple du changement qualitatif du passage du
“microscopique” au “macroscopique”, est celui du jet
d’une pièce de monnaie. Si l’on se pose la ques-
tion de prédire le résultat, pile ou face, d’un seul jet
(système microscopique) il faut résoudre complètement
le problème mécanique du mouvement de la pièce à par-
tir de la connaissance de son état initial. Ce problème
est d’une extraordinaire difficulté: il faut tenir compte
de l’air, des rebonds sur le sol, etc. Par contre, si l’on
répète l’expérience une grande quantité de fois (ensem-
ble macroscopique), on s’aperçoit que la fréquence de pile
s’approche de celle de face. À la limite où le nombre de
jets tend vers l’infini il suffit pour décrire le phénomène
de donner la probabilité de pile ou face: le résultat du
jet est donc pile avec une probabilité de 1/2. On a rem-
placé l’infinité des valeurs de la trajectoire (description
microscopique) de la pièce au cours du temps par la seule
donnée de la probabilité (description macroscopique).
A. Les principes thermodynamiques
1. La croissance de l’entropie
La notion centrale de la thermodynamique est celle
d’entropie S. À l’origine du concept d’entropie se trouve
l’observation de l’irréversibilité de certains phénomènes
incluant le travail mécanique et les transferts de chaleur.
Sadi Carnot (1796-1832) montra qu’un moteur ther-
mique ne peut fonctionner que lorsque la chaleur passe
d’une source chaude vers une source froide. Il énonça

A l’équation d’état: f (T, P, V ) = 0. Un exemple bien connu
T=const
B 1843):
Pression
Q=0
D le nombre de molécules du système). Puisque le système
Q=0
T=const
C l’on tient compte des interactions entre les particules du
Volume
FIG. 1 Diagramme pression-volume du cycle de Carnot. AB
et CD sont des isothermes chaude et froide respectivement; BC
et DA des adiabatiques. Pendant l’expansion AB le système
absorbe une quantité Q1 de chaleur. Il en fournit une quantité
−Q2 sur CD. Le travail total est Q1 − Q2 , et le rendement de
la machine (Q1 − Q2 )/Q1 < 1.
le principe selon lequel il est impossible de transformer
périodiquement (suivant un cycle) de la chaleur en tra-
vail (“Réflexions sur la puissance motrice du feu” 1824).
Il imagina une machine thermique parfaite, fonctionnant
entre deux sources de chaleur, et dont le système (un gaz
parfait) subit des transformations réversibles (voir la fig-
ure 1). Une transformation est réversible quand chaque
état intermédiaire est aussi un état d’équilibre. Cette
notion, introduite par Clapeyron (1843) dans son tra-
vail sur le cycle de Carnot, implique qu’un cycle peut
être parcouru dans les deux sens: si il n’y a donc qu’une
source de chaleur à une unique température, le travail
réalisé par cycle sera nul. Le principe énoncé par Carnot,
dont plusieurs formulations équivalentes sont possibles,
fut formalisé par Clausius (1865) avec l’introduction de
l’entropie
Z 1). Quelque soit le chemin qui mène le système de 0 à 1,
dQ(T )
S= , (1)
C T
où Q est la chaleur absorbée par le système en suivant
le chemin C qui représente une transformation réversible.
Cette fonction ne dépend que des états initial et final,
et non du chemin suivi par le système. Le principe
de Carnot signifie, en termes de l’entropie, que celle-
ci, lors d’une transformation quelconque, doit toujours
augmenter: l’entropie d’un système isolé est à l’équilibre
maximale (principe parfois appelé deuxième loi de la
thermodynamique).
2. La notion d’état thermodynamique
L’état thermodynamique d’un système, liquide ou
gazeux, chimiquement homogène est déterminé par deux
4
des variables T , P et le volume V . La relation f
qui établit le lien entre ces trois “variables d’état” est
d’équation d’état est celle des gaz parfaits (Clapeyron
P V = nRT , (2)
où n = N/NA est le nombre de moles de gaz (N est
est à l’équilibre et chimiquement homogène, le nombre de
particules N est considéré comme étant une constante. Si
gaz (gaz réel) on a l’équation d’état de van der Waals
(1880):
(P + a/V 2 )(V − b) = nRT , (3)
où a et b, qui sont des constantes caractéristiques de
chaque substance, tiennent compte des effets d’attraction
et de répulsion entre les molécules, respectivement.
L’équation (3) se réduit à l’équation d’état des gaz par-
faits pour a = b = 0.
Quand on dit que la variation de l’entropie est
indépendante du chemin suivi par le système, cela sig-
nifie que cette variation ne dépend que des valeurs de
variables d’état à l’état initial et à l’état final exclusive-
ment. On peut donc considérer l’entropie comme une
fonction d’état. Une autre fonction d’état importante
est l’énergie du système, grandeur qui mesure à la fois
l’“agitation” thermique et les interactions entre les par-
ticules du système. L’entropie et l’énergie son des pro-
priétés additives: si le système est séparé en deux sous-
systèmes 1 et 2, on aura E = E1 + E2 et S = S1 + S2 .
3. La conservation de l’énergie
Les lois fondamentales de la thermodynamique, con-
cernent principalement le comportement des systèmes
macroscopiques lors des passages d’un état d’équilibre
(état initial 0) vers un autre état d’équilibre (état final
la variation de l’énergie E du système résulte du travail
−T de forces extérieures et des échanges de chaleur Q
avec l’extérieur:
∆E = ∆Q − P ∆V , (4)
où ∆ · · · indique la variation de la grandeur entre son état
final et son état initial (∆E = E1 − E0 , etc.). On a sup-
posé en (4) que le travail est dû aux forces de pression (en
équilibre avec la pression extérieure) T = P ∆V . Cette
équation exprime la loi de la conservation de l’énergie
et constitue une relation fondamentale de la thermody-
namique (appelé parfois le premier principe de la thermo-
dynamique). En utilisant l’équation qui relie la variation
d’entropie à la variation de chaleur dS = dQ/T (en suiv-
ant un chemin réversible), le principe de conservation de
l’énergie s’écrit:
dE = T dS − P dV . (5)
 5

Cette forme différentielle permet de définir la

température comme étant la variation de l’énergie
par rapport à la variation de l’entropie à volume con- 1
stant, et la pression comme étant la variation de l’énergie
par unité de volume (à entropie constante, c’est-à-dire
lors d’une transformation adiabatique, voir §II.C):
    V1
∂E ∂E
T = ,P = − . (6)
∂S V ∂V S

Une simple interprétation de l’équation de définition 0

de la température résulte de la considération de deux
sous-systèmes, d’un système à l’équilibre. L’entropie S =
S1 +S2 est maximale, ce qui implique que sa variation par
rapport à l’énergie du sous-système 1, disons, est nulle:
V0
dS dS1 dS2 dE2
= + ,
dE1 dE1 dE2 dE1
mais E2 = E − E1 , donc dE2 /dE1 = −1, on obtient: ∆Q
dS dS1 dS2
= − = 0, FIG. 2 Expansion isotherme d’un gaz parfait. Le piston passe
dE1 dE1 dE2 de la position 0 à la position 1. L’augmentation du volume de
V0 à V1 , est accompagnée d’un transfert de chaleur ∆Q.
en conséquence dS1 /dE1 = dS2 /dE2 , ou d’une façon
équivalente
dE ∆E = 0. Ceci signifie que le travail que le système
= const. réalise lors de son expansion doit être accompagné d’un
dS
échange de chaleur avec l’extérieur. Cet échange fait que
la constante étant justement la température du système. le processus d’expansion soit irréversible: l’entropie du
On remarque que ce résultat se sert du principe de max- système croı̂t. La variation d’entropie est, en utilisant
imisation de l’entropie, ainsi que de l’additivité des fonc- l’équation (5) avec dE = 0,
tions d’état (on les appelle “extensives”).
V1
∆S = nR ln , (7)
V0
B. La transformation isotherme
comme V1 > V0 , et l’on vérifie que la variation d’entropie
est positive.
Soit par exemple l’expansion, ou la compres-
sion, isotherme d’un gaz (changement de volume à
température constante, voir la figure 2). Le travail T C. La transformation adiabatique
exercé par les forces de pression du gaz est
Z V1 Z V1 L’énergie d’un gaz parfait n’est fonction que de la
V1
T = P (V )dV = nRT dV /V = nRT ln , température,
V0 V0 V0
E = Cv T = ncv T
où on a utilisé (2) avec T =const pour trouver la fonction
P = P (V ). Le travail T est celui effectué par le système le coefficient de proportionnalité Cv est la chaleur
durant la transformation (ici le changement isotherme de spécifique, ou par mole de substance cv (voir le para-
volume). Le travail effectué par les forces externes (celles graphe §II.D pour une définition plus générale). Lors
qui dans l’exemple, son responsables du changement de d’une transformation adiabatique d’une mole de gaz par-
volume, comme le déplacement d’un piston) est le même fait, sans échange de chaleur dQ = 0, on obtient de (5):
que celui effectué par le système mais de signe opposé
−T . nRT dT nR dV
Cv dT + dV = 0 , + = 0,
Les particules qui forment un gaz parfait, par V T Cv V
définition de gaz parfait, n’interagissent pas: leur énergie où l’on a utilisé l’équation d’état des gaz parfaits. On
d’interaction est nulle. La température d’un gaz est reliée déduit que T V R/cv = const., ou
à l’énergie cinétique moyenne: au mouvement désordonné
des particules. Pour l’expansion isotherme d’un gaz par- R
fait aucune variation de l’énergie du gaz est possible: P V γ = P0 V0γ = const. , γ = + 1, (8)
cv

où P0 et V0 sont la pression et le volume initiales. Cette
équation montre que lors d’une expansion ou d’une com-
pression adiabatiques la pression en fonction du volume
suit une hyperbole de la forme P ∼ V −γ .
Le cycle de Carnot (figure 1) est, dans un diagramme
(P, V ) formé de morceaux d’hyperboles P ∼ V −1 pour
les transformations isothermes et P ∼ V −γ pour les adi-
abatiques. La variation d’énergie E est par définition de
cycle, nulle (∆E = EA − EA = 0, l’état initial coı̈ncide
avec l’état final). Le travail est donc directement lié à
la différence de chaleur Q1 absorbé lors de l’expansion
isotherme (chemin AB, à la température T1 ) et Q2 libérée
lors de la compression isotherme (chemin CD, à T2 ). Le
travail effectué par le système est donc T = Q1 − Q2 , et
le rendement de la machine
Q1 − Q2
rendement = < 1, (9)
Q1
est le rapport du travail (utile) au chaleur absorbée à la
source à haute température (T1 > T2 ). Le fait que le
rendement soit plus petit que 1, signifie que l’entropie du
système plus les sources, augmente; cela signifie aussi,
que une machine thermique dont le résultat serait ex-
clusivement d’effectuer un travail sans absorption de
chaleur, est impossible.
D. L’énergie et l’enthalpie
On considère en parallèle des processus à volume con-
stant et à pression constante. Pour un processus qui se
déroule à volume constant on a dQ = dE (le travail P dV
est nul) la variation de chaleur (échanges avec l’extérieur)
est égale à la variation d’énergie du système. Pour un
processus qui se déroule à pression constante, la variation
de chaleur peut s’écrire sous la forme d’une différentielle
dQ = d(E + V P ) ≡ dH, où
H = E + PV ,
est l’enthalpie. La variation d’énergie par unité de
température à volume constant est la chaleur spécifique;
d’une façon analogue la variation d’enthalpie par unité
de température est la chaleur spécifique à pression con-
stante:
   
∂E ∂H
Cv = , Cp = . (10)
∂T V ∂T P
L’énergie E(V, S) est la fonction d’état qui décrit les
systèmes en fonction du volume et de l’entropie, elle est
appropriée pour étudier les processus adiabatiques (dS =
0). De même, l’enthalpie est une fonction d’état, dont la
variation dH = dE + V dP + P dV = (T dS − P dV ) +
V dP + P dV ,
dH(S, P ) = T dS + V dP , (11)

∂H
 
∂H
 nom de potentiel thermodynamique. Par exemple, de
T = ,V = − . (12)
∂S P ∂P S
montre qu’elle dépend de variables S et P (on a utilisé
la conservation de l’énergie).
6
E. L’énergie libre, Helmholtz et Gibbs
Le travail effectué sur un système lors d’une trans-
formation isotherme réversible s’écrit, en utilisant (5),
−P dV = d(E − T S). Il est donc la différentielle de la
grandeur:
F (T, V ) = E − T S , (13)
l’énergie libre, il s’agit d’une fonction d’état qui ne
dépend que de la température et du volume du système.
Elle fut introduite par Helmholtz en 1882 pour décrire
l’“affinité chimique”: le dégagement de chaleur pour
des réactions au contact d’un bain thermique. Cette
fonction possède une propriété fondamentale, propriété
qui permet d’établir un critère pour déterminer l’état
d’équilibre. En effet, le travail fourni au système lors
d’une transformation arbitraire à température constante
(au contact d’une seule source de chaleur) est toujours
supérieur au travail qu’on lui fournirait lors d’une trans-
formation réversible (ayant les même états extrêmes),
on doit donc avoir T ≥ ∆F , où ∆F correspond à la
variation d’énergie libre (elle ne dépend que des états
extrêmes). Si en outre, la transformation se produit à
volume constant, T = 0. En conséquence l’énergie libre
diminue, et elle doit être minimale pour un système à
l’équilibre (maintenu à température et volume constant –
les deux variables d’état dont F dépend). L’énergie libre
est, pour les systèmes thermodynamiques, l’équivalent de
l’énergie potentielle des systèmes mécaniques, toutes les
deux prenant un minimum à l’état d’équilibre.
Concernant les transformations à pression constante,
le rôle équivalent à l’énergie libre de Helmholtz est joué
par la fonction d’état découverte par Gibbs (1839-1903)
G(T, P ) = H − T S , (14)
le potentiel thermodynamique, où l’énergie E de
l’équation (13) a été remplacée par l’enthalpie H. De
manière analogue à F , le potentiel thermodynamique,
ou enthalpie libre diminue dans toute transformation
subit par un système, à température et pression con-
stantes. Le potentiel thermodynamique est donc la fonc-
tion d’état la plus appropriée pour caractériser les trans-
formations chimiques, pour lesquelles on fixe souvent une
température et une pression de référence. La variation de
la fonction de Gibbs est
dG(T, P ) = −SdT + V dP . (15)
G(T, P ) est une fonction d’état qui décrit les systèmes en
fonction de leur température et pression.
La connaissance de l’énergie libre, de Helmholtz
F (T, V ) ou de Gibbs G(T, P ), permet de déduire les
autres fonctions et variables thermodynamiques, d’où le
l’équation (15) on calcule le volume ou l’entropie:
   
∂G ∂G
V = , S=− . (16)
∂P T ∂T P

Il est aussi aisé de calculer la variation d’enthalpie à par-
tir de la fonction G(T, P ):
 
∂G
H = G + TS = G − T
∂T P
cette dernière relation peut aussi s’écrire comme
 
∂ G
H = −T 2 , (17)
∂T T P
relation connue comme équation de van’t Hoff.
F. La thermodynamique des solutions
L’état thermodynamique d’une solution est déterminé
par des variables intensives comme la température T et
la pression P , extensives comme le volume V , et par le
nombre de molécules de chaque substance de la solution.
Si celle-ci comporte K + 1 espèces ayant N0 , N1 , . . . , NK
molécules on a
K
X du soluté. Dans ce cas le potentiel chimique de l’espèce
N= Nk
k=0
le nombre total de molécules. On peut introduire le
nombre de moles de la substance k comme le rapport
nk = Nk /NA . Dans le cas où par exemple l’espèce “0”
soit prédominante, N0 ≈ N  N1 , . . . , Nk , on appelle
l’espèce “0” le solvant, et les autres les solutés.
La fraction molaire est Xk = nk /n, où n est le nombre
total de moles n = n0 + n1 + · · · + nK . La concentration
du soluté k est le rapport du nombre de molécules au
volume de la solution, Ck = Nk /V .
1. Le potentiel chimique
La variation d’une grandeur X extensive par rapport à
la variation du nombre de moles d’une substance donnée
est une grandeur intensive (non additive) x = ∂X/∂nk ,
où la dérivée se fait à valeurs fixes de autres vari-
ables thermodynamiques; x est la valeur spécifique de
la grandeur X. Le volume spécifique, grandeur qui a les
dimensions du volume, de l’espèce k est par définition
vk = ∂V /∂nk . En effet, les grandeurs spécifiques, cal-
culés comme le rapport de deux variables extensives, ne
P
sont pas de variables extensives; par exemple k vk 6= V ,
la somme de volumes spécifiques de toutes les espèces
présentes dans une solution, n’est pas le volume total de
la solution.
Une grandeur spécifique a une importance particulière,
le potentiel chimique µ. Celui-ci peut être défini comme
étant la variation de l’énergie libre de Gibbs par rapport
au nombre de moles de soluté k,
 
∂G
µk = (18)
∂nk T,P,ni6=k
7
à T , P et nombre de moles des autres espèces con-
stants. Ainsi comme la température est liée aux échanges
d’énergie, le potentiel chimique est liée aux échanges de
particules. Cette analogie résulte évidente de la com-
paraison de l’équation (6) et de l’équation (18).
Ainsi comme deux systèmes échangent de l’énergie
jusqu’à ce que leurs températures deviennent égales, et
c’est précisément cette égalité des températures qui car-
actérise l’état d’équilibre, deux systèmes qui échangent
des molécules sont à l’équilibre dès que leurs potentiels
chimiques s’égalisent:
µi = µk , ∀i, k , (19)
ce qui implique
K
X
nk dµk = 0 .
k=0
Un expression simple du potentiel chimique s’obtienne
dans le cas des solutions faibles (diluées ou idéales), celles
dont on peut négliger les interactions entre les molécules
k ne dépend que de la fraction molaire Xk (à T, P fixés)
sous la forme,
µk = µ0k + RT ln Xk , (20)
où µ0k est le potentiel chimique de l’état chimique
standard (voir plus bas § III.A.1 pour un calcul ex-
plicite). Le potentiel chimique standard représente
l’énergie nécessaire pour ajouter une molécule de la sub-
stance k à la substance pure (Xk = 1 pour une substance
pure). On peut interpréter le terme en ln Xk de (20)
comme étant d’origine entropique: il est proportionnel au
changement d’entropie dû au mélange de Nk molécules de
soluté k dans une solution de N molécules (voir § II.F.2).
2. L’enthalpie libre d’une solution
Quand dans un système se produit un changement
de composition, comme par exemple lors d’une réaction
chimique, ou par l’échange avec l’extérieur à travers une
membrane, ce changement du nombre de moles des so-
lutés ou du solvant, s’accompagne d’une variation de
l’enthalpie libre, proportionnelle à la variation du nombre
molaire:
K
X
dG = −SdT + V dP + µk dnk , (21)
k=0
cette équation représente la généralisation de l’équation
(15) au cas où il se produit une variation du nombre de
molécules du système. Si la transformation s’effectue à T ,
PK
et P constantes on a simplement dG = k=0 µk dnk . On
doit donc considérer l’enthalpie libre comme une fonction
de la température, de la pression, et du nombre de moles

de chaque espèce présente dans la solution (solvant et
solutés):
K
X qu’elle établit un lien entre entropie et désordre. Un
G(T, P, {nk }) = µk nk (22)
k=0
(à T et P constants). Cette relation permet de calculer
facilement la variation d’entropie associée au mélange.
Dans le cas d’une solution faible, pour laquelle le poten-
tiel chimique du soluté k est µk ∝ ln Xk , la variation
d’enthalpie libre lors du mélange de K solutés à une sub-
stance pure 0 s’écrit simplement,
K
X l’expansion d’un gaz est spontanée: plus grand le volume
∆G = RT nk ln Xk ,
k=0
mais comme ∆G = ∆H −T ∆S et la variation d’enthalpie
est nulle (T et P constants), cette équation donne directe-
ment la variation d’entropie de mélange:
K
X propriétés du système, dans certains cas très simplifiés,
∆S = −R nk ln Xk . (23)
k=0
G. Physique statistique et distribution de Boltzmann
1. Le nombre d’états et l’entropie
Boltzmann prouva en 1877 qu’il existe un lien entre
la dynamique microscopique, celle qui décrit le mouve-
ment des particules, et la thermodynamique. Ce lien
établit une correspondance entre le nombre d’états micro-
scopiques Ω d’un système, à l’entropie thermodynamique
S:
S = kB ln Ω , (24)
la constante de proportionnalité kB (constante de Boltz-
mann) a justement les dimensions de l’entropie, d’énergie
par température. On remarque en (24), que la rela-
tion entre l’entropie et le nombre d’états dans lequel un
système peut se trouver, comporte un logarithme. Ceci,
associé à l’additivité de l’entropie, implique
S = S1 + S2 = kB (ln Ω1 + ln Ω2 ) = kB ln Ω1 Ω2 ,
ce qui est cohérent avec la définition de Ω: si le nom-
bre d’états du sous-système 1 est Ω1 et celui du sous-
système 2 est Ω2 le nombre total d’états du système 1 + 2
est le produit Ω1 Ω2 . Cette règle de composition de Ω
est analogue à celle des probabilités, ce qui justifie que
parfois on appelle Ω la “probabilité thermodynamique”.
En fait, Omega représente le nombre de sous-états mi-
croscopiques qui correspondent au même état macro-
scopique du système, et est donc proportionnel (à une
constante de normalisation près) à la probabilité de cet
état. En conséquence, la notion fondamentale qui permet
d’établir le lien entre les propriétés microscopiques d’un
8
système et son état thermodynamique, est la notion de
probabilité.
Une conséquence importante de l’équation (24) est
système ordonné, comme un cristal, où chaque molécule
occupe une position précise, possède un nombre d’états
bien plus restreint que celui du même matériau à l’état
gazeux, dans lequel les molécules sont libres d’occuper
n’importe quelle place dans un volume donné, et que
par là même doit être considéré comme étant un état
désordonné. L’entropie du cristal sera en conséquence
beaucoup plus petite que celle du gaz. Un raison-
nement similaire nous permet de comprendre pourquoi
accessible à une molécule, plus grand le nombre d’états
(configurations spatiales) du système, le passage d’un pe-
tit volume vers un plus grand est donc compatible avec
la croissance de l’entropie. On dit que les états de plus
grande entropie sont des états plus probables.
Bien que le calcul du nombre d’états d’un système soit
en général très compliqué, puisqu’il dépend du détail des
comme pour l’expansion d’un gaz parfait on peut le cal-
culer facilement. Si V0 est le volume initial et σ est le
rayon d’une molécule, le nombre de configurations (de
sites où l’on peut placer la molécule) est évidemment
donné par N0 = V0 /Vσ , où Vσ = 4πσ 3 /3 est le volume
occupé par la molécule. Le nombre de configuration à
l’état final est N1 = V1 /Vσ . Si le système comporte une
mole, le nombre de molécules est le nombre d’Avogadro,
le nombre d’états de NA molécules est Ω0 = N0NA à l’état
0 et Ω1 = N1NA à l’état 1. La variation d’entropie d’une
mole de gaz est donc, en utilisant la définition (24):
N1NA V1
∆S = kB ln Ω1 − kB ln Ω0 = kB ln NA
= R ln ,
N0 V0
résultat semblable à celui obtenu par un raisonnement
thermodynamique [voir l’équation (7)].
D’une façon semblable on peut calculer la variation
d’entropie lors du mélange de k = 0, . . . , K substances
dans une solution idéale. Le nombre d’états est le même
que celui d’arrangements de N molécules en groupes de
N0 , N1 , . . . , NK molécules:
N!
∆S = kB ln
N0 !N1 ! . . . NK !
(le nombre d’arrangements des N molécules d’une sub-
stance pure est 1 – un seul groupe). Un calcul simple, en
utilisant l’approximation ln x! ∝ x ln x − x pour x  1,
permet d’obtenir l’expression,
K K
X Nk X
∆S = −kB Nk ln = −R nk ln Xk , (25)
N
k=0 k=0
avec nk le nombre de moles de l’espèce k et Xk sa fraction
molaire; cette équation coı̈ncide avec la relation thermo-
dynamique (23).

2. La distribution des probabilités et la fonction de partition
L’état microscopique d’un système composé de N
molécules, dont chacune peut se trouver dans un niveau
d’énergie donné, n , est bien déterminé si l’on spécifie le
nombre de particules qui occupent chaque état d’énergie.
La fraction de particules ayant une énergie n est
Nn gn − knT
= e B , (26)
N Z
où le poids statistique ou dégénérescence gn , c’est le nom-
bre d’états différents ayant le même niveau d’énergie n ,
et Z, la fonction
P de partition, c’est une constante de nor-
malisation ( n Nn = N ),
 
X n
Z= gn exp − , (27)
n
kB T
elle ne dépend que des variables thermodynamiques.
L’équation (26) fut proposée par L. Boltzmann en 1868,
elle décrit la distribution des molécules d’un système
selon leurs énergies. Cette distribution est un cas par-
ticulier de la distribution de Gibbs, qui donne pour un
système macroscopique la probabilité pour qu’un de ses
sous-systèmes (dans le cas de Boltzmann le sous-système
est une molécule) se trouve dans l’état d’énergie E:
 
1 E
Prob(E) = exp − . (28)
Z kB T
ici l’énergie doit être considérée comme étant une fonc-
tion de l’état (microscopique) du système, les vitesses et
les positions des molécules dans le cas d’un système clas-
sique, les états des atomes dans le cas quantique, etc.;
comme pour (26), Z assure la normalisation de la prob-
abilité. La fonction de partition joue un rôle important
puisqu’on peut la relier à l’énergie libre du système par
la formule:
F (T, V ) = −kB T ln Z . (29)
Ce lien entre la fonction de partition et l’énergie li-
bre permet en principe, une fois calculé Z, d’obtenir
les différentes grandeurs thermodynamiques qui car-
actérisent l’état macroscopique du système.
Pour un gaz parfait l’énergie de chaque molécule se
réduit à l’énergie cinétique  = mv 2 /2, où m est la
masse et v la vitesse de la molécule. Les variables d’état
sont les vitesses et les positions des molécules du gaz.
La distribution de Boltzmann est donc proportionnelle
à exp(−mv 2 /2kB T ), elle ne dépend que des vitesses et
non des positions de molécules. En conséquence, le nom-
bre de molécules N par unité de volume V est constant
(la densité du gaz parfait à l’équilibre est uniforme). Le
nombre de molécules dNv ayant des vitesses entre v et
v + dv (dans chaque direction de l’espace) est:
mv 2
 
N part de forces faibles qui interviennent dans la confor-
dNv = dv exp − ,
Z 2kB T
9
où dv est l’élément de “volume” dans l’espace des vitesse;
un calcul complet permet de trouver la fonction de par-
tition en fonction des variables thermodynamiques,
 3/2
2πkB T
Z(V, T ) = V . (30)
m
En combinant ces deux formules on obtient que la dis-
tribution de vitesses f (v) = dNv /dv d’un gaz parfait est
donnée par
3/2
mv 2
  
N m
f (v) = exp − , (31)
V 2πkB T 2kB T
cette formule fut proposée pour la première fois par
Maxwell (1859).
Un autre exemple de distribution de Boltzmann est
celui de la densité d’un gaz parfait dans le champ de la
pesanteur. Le nombre de particules par unité de volume
(la densité) n = N/V est selon l’équation (26) une fonc-
tion de l’énergie des particules. Si cette énergie dépend
de la position des particules, comme c’est le cas de la
pesanteur, la densité devient aussi une fonction de la po-
sition. Une particule de masse m qui se trouve à une
hauteur z possède, dans le champ de la pesanteur g une
énergie potentielle mgz, on obtient donc,
n(z) = n0 e−mgz/kB T , (32)
où n0 est la densité de référence à z = 0. Cette équation
prédit une décroissance exponentielle de la densité en
fonction de la hauteur. On a implicitement supposé
que la température est la même à toute hauteur, “at-
mosphère” isotherme, ce qui permet de simplifier les ter-
mes d’énergie cinétique (elles sont identiques pour n(z) et
n0 ). Le même résultat aurait pu être obtenu en utilisant
la condition d’équilibre pour les potentiels chimiques à la
hauteur 0 et z, µ0 = µz pour une mole de gaz parfait
µ00 + RT ln P0 /P 0 = µ0z + RT ln P (z)/P 0 ,
où on a utilisé une expression similaire à (20) pour le
potentiel chimique d’un gaz parfait (en pratique on rem-
place la fraction molaire par la pression P par rapport à
une pression de référence P 0 ), on déduit
0 0
n(z) = n0 e−(µz −µ0 )/RT ,
puisque P (z)/P0 = n(z)/n0 pour un gaz parfait. En
utilisant pour le potentiel chimique standard de NA
molécules soumises à la seule action de la gravité
(l’interaction des molécules d’un gaz parfait est con-
sidérée nulle) µ0z − µ00 = NA mgz, on aboutit à la formule
(32).
III. FORCES INTERMOLÉCULAIRES
A. Introduction
Les forces électrostatiques sont à l’origine de la plu-
mation de macromolécules. Ces forces sont décrites par

U(r) F12
2
F21 r U (r) = −
1 où C est une constante positive qui dépend de la nature
FIG. 3 Interaction de deux particules 1 et 2; F12 = −F21 est la
force qui exerce la particule 1 sur la particule 2; U (r) est l’énergie
d’interaction, qui dépend de la distance r entre les particules
l’énergie d’interaction U entre les molécules. La forme
de l’interaction U dépend de la nature des particules qui
interagissent. Entre deux masses (la terre et le soleil)
l’interaction est gravitationnelle (force de la pesanteur,
par exemple); entre deux charges, ou distribution de
charges, l’interaction est électrostatique (comme la force
de Coulomb entre deux charges isolées). À partir de la
connaissance de l’énergie d’interaction on peut calculer
la force entre les particules qui interagissent. Le gradient
de l’énergie d’interaction est la force: F = −∇U . Dans
la figure 3 on a représenté deux molécules qui interagis-
sent avec une énergie U (r), et sur lesquelles s’exercent
les forces F12 sur la particule 2, et F21 sur la particule 1.
Ces forces sont égales et de signe opposé.
En général U est une fonction de la distance r en-
tre les molécules et de leurs orientations respectives.
Dans une solution les molécules ont un mouvement
d’origine thermique, de rotation rapide, sur lequel on
moyenne l’interaction: U (r) = hU (r, Ω)i, où Ω représente
l’ensemble de variables angulaires (qui décrivent la
géométrie de l’interaction) et h· · · i est la moyenne sur
les angles Ω. La moyenne sur la rotation thermique des
molécules se fait en utilisant la distribution de Boltz-
mann:
R −U (r,Ω)/k T
−U (r)/kB T e B
dΩ
e = R , (33)
dΩ
cette formule permet de trouver U = U (r, T ), l’énergie
d’interaction moyenne entre deux molécules se trouvant
à une distance r à la température T .
Un exemple de force d’interaction est celui de la force
gravitationnelle entre deux masses m1 et m2 :
dU m1 m2
F (r) = − = −G 2 ,
dr r puisque U (σ) est précisément l’énergie d’une liaison; de
avec G = 6.67 10−11 N m2 kg−2 la constante de la grav-
itation universelle. Cette force dérive d’un potentiel
U = U (r) et ne dépend que de la distance r entre les
masses; U (r) = −Gm1 m2 /r est l’énergie d’interaction
gravitationnelle. À l’échelle atomique les forces gravita-
tionnelles sont négligeables par rapport aux interaction
d’origine électrostatique.
10
Plus généralement on peut considérer la famille de
forces d’interaction entre deux particules, dépendant de
leur distance, et dérivant d’un potentiel du type:
C
rn
, (35)
de l’interaction, et n ≥ 1 est un nombre (généralement
un entier) qui caractérise la portée de l’interaction; plus
n est grand plus localisée l’interaction. La plupart de
forces d’interaction entre les molécules, en particulier
celles d’origine électrostatique, ont précisément la forme
de l’équation (35).
1. Potentiel chimique standard
À partir de la connaissance de l’énergie d’interaction
d’une molécule avec ses voisines on peut déduire la forme
du potentiel chimique standard. En effet, une particule
se trouvant dans un milieu, gaz ou liquide, interagit avec
toutes les autres particules: l’extraire ou l’introduire dans
le milieu nécessite d’une certaine énergie. On dit que la
particule possède une énergie propre ou de cohésion au
milieu. Cette auto-énergie représente le travail nécessaire
à l’introduction de la particule dans son milieu, elle est
donc le potentiel chimique standard µ0 .
Dans le cas d’un gaz, pour calculer µ0 on peut addi-
tionner l’interaction avec toutes les autres particules sur
tout l’espace,
Z ∞
0
µgaz = 4πr2 dr ρ(r)U (r)
σ
4πρ C 4π
= − = ρσ 3 U (σ) , (36)
n − 3 σ n−3 n−3
la densité ρ du gaz a été considérée constante, et où σ est
le diamètre des molécules, ce qui représente la distance
minimale entre deux molécules.
Dans le cas d’un liquide il faut aussi tenir compte du
fait que pour introduire une nouvelle particule il faut
auparavant créer une cavité, c’est-à-dire il faut d’abord
rompre un certain nombre de liaisons préexistantes pour
ensuite en créer d’autres avec la nouvelle particule. Si
l’on considère que la création de la cavité nécessite de
la rupture de 6 liaisons (c’est le nombre typique pour
un liquide comme l’eau), cela coûte une énergie 6U (σ),
(34)
même la formation de 12 nouveaux liens entre la molécule
insérée dans son milieux (on peut disposer environ 12
sphères autour d’une autre sphère, toutes de la même
taille), est accompagné d’une variation de l’énergie du
système de −12U (σ), on a donc approximativement
µ0liq. = −6U (σ) . (37)
 11

2. Forces répulsives et attractives simples (de l’hydrogène au xénon);  est de l’ordre de

 ∼ 1kJ mol−1 , ou en unités de l’énergie thermique
Les forces d’interaction moléculaires sont conservatives kB T par molécule  ≈ 0.15-0.9 kB T par molécule (e. g.
et peuvent êtres décrites par une énergie potentielle U .  = 1.19 kJ mol−1 ≈ 0.48 kB T pour l’interaction argon-
Cette énergie dépend généralement de la distance en- argon).1 Dans la figure 5 on a représenté les tailles de
tre les molécules r, si elle décroı̂t avec la distance la van der Waals de quelques atomes.
force est positive et donc les molécules auront tendance à
s’éloigner (interaction répulsive); si au contraire l’énergie
potentielle croı̂t avec la distance entre les molécules, la
force est négative, et les particules s’attirent (interac-
tion attractive). Un potentiel typique des interactions
0.12 0.15 0.155 0.17
répulsives est

U (r) = U0 (σ/r)m , (38)

où σ et U0 sont respectivement un rayon et une énergie

typiques d’interaction, le paramètre m mesure la raideur
de l’interaction, il prend généralement la valeur m = 12.
Si m → ∞ la molécule est assimilée à une sphère rigide
H O N C
de rayon σ/2.
FIG. 5 Rayons de van der Waals en nm de H, N, O et C.
0.5

0.4

0.3

∼ r−12
0.2
U(r)/U0

0.1

σ r
0
0 3. Forces de valence

−0.1 ∼ −r−6
La structure primaire de biomolécules est déterminée
−0.2 par les forces de valence qui assurent les liaisons en-
tre les résidus ou bases. Les interactions de valence
0.8 1 1.2 1.4 1.6 1.8 2 sont très énergétiques: Uv = 200 − −800 kJ mol−1 , ce
r/σ qui donne aux biomolécules une structure primaire en
chaı̂ne, dont la distance r entre deux monomères suc-
FIG. 4 Potentiel de Lennard-Jones. A courte distance
cessifs est pratiquement constante r ≈ r0 ; une valeur
l’interaction est répulsive et décroı̂t en r−12 ; à grande distance
l’interaction est attractive et croı̂t en −r−6 . Pour r = σ l’énergie typique de la distance entre deux atome dans une liai-
d’interaction s’annule; à r0 la force s’annule (r0 /2 est le rayon son covalente est r0 ≈ 0.1–0.2 nm. Dans le tableau II on
de van der Waals). montre quelques énergies caractéristique de liaisons co-
valentes ainsi que l’indice d’électronégativité des atomes
Les forces d’attraction entre molécules ont une expres- importants pour les biomolécules. Le nuage électronique
sion générale du type de l’exemple (35) n’est symétrique que lors de la liaison de deux atomes
identiques. Lorsque deux atomes d’espèces différentes
U (r) = −U0 (σ/r)n , (39) partagent un électron dans une liaison covalente, le nu-
age électronique est généralement asymétrique. L’indice
où le paramètre n peut selon les cas prendre différentes d’électronégativité permet de décrire cette asymétrie,
valeurs; pour les interactions de van der Waals (entre en donnant une mesure de l’affinité des atomes pour
molécules apolaires) n = 6. En combinant (38) et (39) les électrons: plus grand l’indice plus grande l’affinité
on obtient le potentiel de Lennard-Jones qui décrit cor- et donc plus proche l’électron partagé de l’atome plus
rectement les gaz et liquides non-polaires (figure 4), électronégatif.

U (r) = 4 (σ/r)12 − (σ/r)6 ,

 
(40)

où d’habitude on écrit U0 = 4; les rayons σ ont typique- 1 Pour passer des unités d’énergie thermique aux unités d’énergie
ment des valeurs entre 0.12 et 0.22 nm pour les éléments mécanique on utilise que 1 kB T /molécule = 2.48 kJ mol−1
 12

forment les macromolécules.

TABLEAU II Énergie de valence et indice d’électronégativité. Trois atomes (ou monomères, en général) successifs for-
Liaison kJ mol−1 Atome Indice ment un angle d’équilibre θ0 , qui détermine le cône de
valence. L’énergie d’interaction est souvent représentée
C=O 716 O 3.44
par un simple potentiel harmonique:
C=N 619 N 3.04
O–H 463 C 2.55 U = U0 (θ − θ0 )2 ,
C–H 413 H 2.20
C–C 348 P 2.19 qu’on montre dans la figure 6a.
D’une façon similaire l’angle de torsion entre deux
bases est déterminé par l’angle de rotation autour d’une
La liaison de valence entre les résidus d’une double ou d’une simple liaison (C–C ou C=C). L’énergie
biomolécule est souvent décrite par une simple interac- d’interaction doit en conséquence avoir plusieurs minima.
tion élastique: U (r) = (k/2)(r − r0 )2 avec kr02 ≈ Uv . La forme la plus simple est une fonction sinusoı̈dale:

10 U = U0 cos(nφ) ,
9
où le paramètre n détermine le nombre de minima. Dans
8 la figure 6b on à dessiné le potentiel en cos(3φ + π), qui
possède trois minima à φ = 2kπ/3 avec k = 0, 1, 2.
7
Potentiel de valence

6
B. Forces électrostatiques
5

4 Les forces électrostatiques sont celles qui dépendent

3
de la distribution de charge électrique des molécules.
Le cas le plus simple est celui de l’interaction des
2 molécules ionisées, qui possèdent donc une charge
1 électrique nette (forces de Coulomb). La distribution
de charge des molécules formées d’atomes de différentes
0
espèces, en particulier celles qui font intervenir des
0 0.5 1 1.5 2 atomes à électronégativité différente, est généralement
θ (a)
asymétrique: selon la direction on a un excès de charge
1
négative ou de charge positive. Ces molécules, que l’on
0.8 appelle polaires, interagissent au travers de leurs mo-
0.6
ments dipolaires. Cependant, même les molécules non-
polaires, dont la distribution de charge est isotrope,
0.4
développent un moment dipolaire induit, qui est à la
Potentiel de torsion

0.2 base des interactions de van der Waals. Les forces de

0
van der Waals jouent un rôle fondamental dans la struc-
ture spatiale de macromolécules, elles contrôlent, par
−0.2 exemple, le repliement des protéines et sont respons-
−0.4 ables de leur structure tertiaire. Alors que les interac-
tions de van der Waals sont faibles, leur énergie car-
−0.6
actéristique est de l’ordre de l’énergie thermique, d’autres
−0.8 forces d’origine électrostatique peuvent avoir des énergies
−1 beaucoup plus importantes. C’est notamment le cas de la
0 1 2 3 4 5 6
liaison hydrogène, dont les énergies caractéristiques sont
φ (b) intermédiaires entre les énergie de valence est celles de
van der Waals. La liaison hydrogène est responsable de
FIG. 6 Énergie potentielle de la liaison de valence. (a) L’angle θ l’association de molécules dans l’eau liquide. Elle fixe
entre trois atomes successifs est préférentiellement de θ = π/3; aussi la structure secondaire des protéines et des acides
cet angle représente le cône de valence. (b) Potentiel de torsion aminés: structures en hélice ou en feuillets, interactions
pour une liaison simple; les minima se trouvent à φ = 2kπ/3 entre le bases de la double chaı̂ne de l’ADN. Enfin, le car-
avec k = 0, 1, 2. actère polaire de la molécule d’eau ainsi que sa capacité
à établir de liaisons hydrogène contrôlent les processus
Les interactions de valence sont directionnelles: elles de solvatation et d’hydratation des macromolécules, ces
privilégient certaines orientations entre les atomes qui propriétés sont donc à l’origine des effets hydrophobes et
forment les molécules, ou entre les résidus ou bases qui hydrophiles.
 13

1. Forces de Coulomb
(a)
La force entre deux molécules chargées (ions) est la
force de Coulomb. L’énergie d’interaction de Coulomb
est:
1 z1 z2 e2
U (r) = (41)
4π0 r
où z1,2 sont les valences des ions 1 et 2, r est la dis-
tance entre les deux ions, et  est la constante diélectrique
u=0
du milieux. La formule (41) montre que l’interaction (b)
entre deux charges est proportionnelle au produit des
charges, et elles est inversement proportionnelle à la dis- - +
tance entre les charges. Si les deux charges sont du même
signe la force est répulsive, et si elles sont de signes op-
-q +q
posés la forces est attractive. La constante diélectrique 
tient compte des propriétés électriques du milieux dans
lequel se trouvent les deux charges, dans le vide  = 1 l
et dans l’eau  = 78. La grande valeur de la constante
diélectrique de l’eau joue un rôle important dans les pro-
cessus de solvatation d’ions: c’est elle qui va déterminer
u=ql
la valeur de la variation d’enthalpie.
FIG. 7 Schéma d’une molécule non-polaire, moment dipolaire
nul (u = 0) (a), et d’une molécule polaire (b): dipôle composé
2. Interaction Charge-Dipôle de deux charges q de signe opposé séparées d’une distance l,
moment dipolaire u = ql (vecteur qui va de la charge négative
Les molécules dont la distribution de charge électrique vers la charge positive).
n’est pas isotrope (la même sur toutes les directions)
possèdent un moment dipolaire. Celui-ci tient compte du
fait que les charges négatives et positives sont séparées
d’une certaine distance l; cette distance est une mesure
de la déformation de la distribution de charge. Le mo-
q u +
q
ment dipolaire est simplement le produit de la séparation
de charges par la valeur de la charge u = ql, comme on r _
le montre dans la figure 7.
L’énergie d’interaction d’une charge ze (une molécule FIG. 8 Interaction d’un dipôle de moment u et d’ion de charge
ionique, cation z > 0, ou anion z < 0) avec une molécule q, séparés d’une distance r; le dipôle est incliné d’un angle θ par
polaire de moment dipolaire u est (voir figure 8): rapport à la direction qui va de la charge au dipôle.
zeu cos θ
U (r, θ) = − . (42)
4π0 r2
TABLEAU III Moments dipolaires (en Debye) et constante
Si l’on suppose que la charge est positive q > 0, selon
diélectrique des liquides.
l’orientation du dipôle, la force sera attractive pour
cos θ > 0, ou répulsive pour cos θ < 0. Liquide Molécule uD 
eau H2 O 1.85 78.5
méthane CH4 0 1.7
3. Charge-dipôle mobile
méthanol CH3 OH 1.7 33.6
L’énergie d’interaction d’une charge avec un dipôle
dépend de la distance et de l’orientation du dipôle (an-
gle θ). En général la molécule polaire suit un mouve-
ment désordonné, et son orientation change rapidement. 4. Dipôles mobiles
Il est donc nécessaire de faire une moyenne de l’énergie
d’interaction sur les différentes orientations du dipôle: L’énergie moyenne d’interaction de deux dipôles de
q 2 u2 1 moments u1 et u2 est:
U (r) = − . (43)
6(4π0 ) kB T r4
2

U (r) est donc attractive est dépend de la température. u21 u22 1 3 u21 u22
U (r) = , r ' (44)
La portée de cette interaction est r2 ≈ qu/4π0 KB T . 3(4π0 )2 kB T r6 4π0 
 14

5. Effets de Polarisation répulsifs, exemple de sphères rigides. Le problème de

La présence d’un champ électrique induit dans la
matière un moment dipolaire une séparation des charges
positives et négatives:
uind. = αE , (45)
le moment u induit est donc proportionnel au champ
électrique E appliqué; la constante de proportionnalité
est la polarisabilité α (voir quelques valeurs typiques dans
le tableau IV).
l’empilement et du volume exclu.
Moment dipolaire instantané d’un atome: u = a0 e, a0
le rayon de Bohr. Conséquence: Polarisation d’un atome
neutre voisin.
L’interaction entre deux dipôles induits est
U (r) = −u2 /(4π0 )2 r6 ≈ −α02 ~ω/(4π0 )2 r6
L’intensité des forces de dispersion est: α0 /4π0 ≈
1.5 10−30 m3 , I = ~ω ≈ 2 10−18 J, r0 ≈ 0.3 nm, on ob-
tient

U (r0 ) ' 1kB T

TABLEAU IV Polarisabilité des molécules non-polaires et po-
laires (en unités de 4π0 10−30 m3 ). pour petites molécules non-polaires.
À des distances très courtes les nuages électroniques de
Non-polaire α0 Polaire α deux molécules se superposent donnant une forte force
O2 1.6 H2 O 1.46 répulsive. En deçà d’une certaine distance les molécules
CH4 2.6 CH3 OH 3.20 se comportent pratiquement comme des sphères rigides.
Énergie d’interaction: U (r) ≈ +(σ/r)12
Si le déplacement des charges est l = R sin θ, avec R la En combinant le potentiel de forces de van der Waals
distance entre e et −e, la polarisabilité est α0 = 4π0 R3 . et celui de forces répulsives, on a le potentiel de Lennard-
Le moment dipolaire induit sur une molécule polaire, Jones:
dont le moment dipolaire moyen est nul (moyenne sur les U (r) = 4U0 [(σ/r)12 − (σ/r)6 ]
angles), est
qui résume les forces d’interaction des paires de molécules
u2 (non chargées).
uind. = hu cos θ euE cos θ/kB T i ≈ E, (uE  kB T ) ,
3kB T
(46)
où u cos θ est le moment dipolaire selon la direction C. Hydratation et effet hydrophobe
du champ E. La polarisabilité d’orientation est α =
u2 /3kB T . 1. Lien hydrogène

La liaison hydrogène est à l’origine une forte inter-

6. Ion-molécule non-polaire action dipôle-dipôle, très directionnelle, qui est pos-
sible grâce aux propriétés particulières de l’atome
L’énergie d’interaction d’un ion ze avec une molécule d’hydrogène, sa petite taille et sa polarisation posi-
non-polaire résulte de la polarisation de celle-ci par le tive. Elle consiste essentiellement dans l’interaction
champ électrique crée par l’ion: entre deux molécules dont l’une comporte un atome
d’hydrogène (donneur de proton) et l’autre comporte un
(ze)2 α
U (r) = − (47) atome électronégatif (accepteur de proton). Par exem-
2(4π0 )2 r4 ple dans l’interaction des deux molécules d’eau le groupe
OH d’une molécule est le donneur et le O d’une autre
molécule est l’accepteur.
7. Dipôle induit-dipôle
L’interaction “hydrogène” est donc d’origine
électrostatique: elle dépend de la distance et de
l’orientation des molécules. C’est cette liaison qui donne
u2 α à l’eau ses propriétés particulières, comme la capacité
U (r) = − , (48) des molécules H2 O à s’associer en grandes structures.
(4π0 )2 r6
Elle joue en outre, un rôle stabilisateur de la structure
où l’on retrouve la relation U (r) ∼ −1/r6 de l’énergie secondaire des macromolécules biologiques, et dans le
d’interaction moyenne entre deux dipôles. contexte de l’interaction d’un soluté avec l’eau, elle est
à l’origine de l’effet hydrophobe.
L’énergie caractéristique de l’interaction hydrogène est
8. Forces de Dispersion de 10–40 kJ mol−1 , ce qui la situe entre les liaisons
faibles de van der Waals (dont l’ordre de grandeur est
Forces de van der Waals. Équation d’état; notion des des quelques kJ mol−1 ), et les liaisons de valence (dont
effet non-parfaits: le développement du viriel. Potentiels l’énergie typique est de quelques centaines de kJ mol−1 ).
 15

2. Interactions hydrophiles et hydrophobes

FIG. 10 Surface accessible au solvant de la protéine G. En haut à

droite (et par transparence) la protéine G coloriée par hydropho-
bicité; les segments rouges sont hydrophiles et les segments bleus
hydrophobes. En bas et à droite, structure secondaire.

Potentiel chimique standard:

Z ze
FIG. 9 Dimère de H2 O: deux molécules d’eau liées par un pont i qdq (ze)2
hydrogène. La distance O–H est plus petite que la somme de µ = =
0 4π0 a 8π0 a
leurs rayons de van der Waals. Le panneau supérieur montre la
distribution de charge autour des deux molécules. Le panneau énergie libre associée à un ion dans un milieu de constante
inférieur les atomes et leurs sphères de van der Waals. diélectrique .
Énergie libre de transfert d’un milieu de basse vers
La forte différence d’électronégativité entre le oxygène haute constante diélectrique 1 → 2 ,
et l’hydrogène (voir le tableau II) fait que la molécule
(ze)2 NA 1
 
d’eau soit d’une part très polaire (ceci résulte aussi bien 1
∆G = NA ∆µi = − −
évidement de la géométrie de la molécule H2 O), et d’autre 8π0 a 1 2
part favorise largement la formation de ponts hydrogène
entre les molécules: H2 OH+ –OH− (comme dans la fig-
ure 9). En moyenne dans l’eau liquide chaque molécule 4. Hydratation des ions
est associée par des liaisons hydrogène à quatre autres
molécules voisines formant une structure tétraédrique. Dissociation d’un ion (sel). Concentration (fraction
La modification des liaisons hydrogène ainsi que de la molaire): ∆µi ∝ ln Xi
géométrie et structure de voisinage dans l’agencement des
molécules d’eau lors de l’introduction d’autres molécules Xi ≈ exp(−∆µi /kB T )
entraı̂ne non seulement une variation d’énergie (rupture
ou création de liaisons hydrogène) mais aussi une impor- où ∆µi = e2 /4π0 (a− + a+ ), a± rayons des ions.
tante variation d’entropie (variation du nombre de config- Les ions dans l’eau sont entourés de molécules d’eau:
urations spatiales accessibles). Cette variation d’entropie nombre d’hydratation (entre 4 et 6). La couche de
est à l’origine de l’effet hydrophobe. dipôles des molécules du solvant polaire qui entourent
l’ion, s’appelle couche de solvatation (figure 11).

3. Énergie de Born et Solubilité des ions

5. Effets entropiques
Travail pour accroı̂tre la charge en dq:
Les énergies d’interaction intermoléculaires,
dT = qdq/4π0 a électrostatiques ou de dispersion, représentent l’énergie

solvent
polaire
+ Les macromolécules résultent de l’assemblage d’une
couche de
solvatation
FIG. 11 Schéma de l’agencement des molécules polaires d’un
solvant (comme l’eau) aux alentours d’un ion (ici un cation). La
couche de solvatation ne comporte en général qu’une rangée de
dipôles.
disponible, susceptible d’être transformé en travail,
elles sont donc, du point de vue thermodynamique, des
énergies libres (par molécule F/NA ). Elles comportent
une contribution à l’énergie interne E du système, et
une contribution d’origine entropique:
F = E − T S = E + T (∂F/∂T ) .
L’existence de cette composante entropique dans
l’énergie d’interaction se manifeste par la dépendance en
la température, comme dans les cas de l’interaction entre
dipôles mobiles ou entre molécules polarisables (la po-
larisabilité d’une molécule polaire est une fonction de la
température). Cette dépendance en la température est
de la forme: U ∼ F ∝ 1/kB T , ce qui implique:
T (∂F/∂T ) = −F ⇒ F = E/2
On trouve donc que l’interaction est associée à une perte
d’entropie. L’origine physique de cette diminution en-
tropique réside dans l’incrément d’ordre qui accompa-
gne l’interaction. En effet, la fonction inverse de la
température apparaı̂t lors de la moyenne sur les ori-
entations des molécules: les molécules isolées peuvent
tourner librement; par contre, en présence d’une autre
molécule une certaine préférence d’orientation apparaı̂t,
comme dans le cas de la solvatation. Cet alignement
préférentiel est naturellement accompagné d’une d’une
perte d’entropie.
Cependant la perte d’entropie ne représente ici que la
moitié de l’énergie totale, il reste donc encore de l’énergie
libre. Ce bilan favorable n’est pas général, il est pro-
pre aux interactions entre dipôles mobiles. En effet,
dans le cas par exemple des interactions hydrophobes,
ou dans celui de la solvatation des grandes molécules,
le réarrangement des molécules d’eau est tellement im-
portant que les interactions d’attraction, ou la formation
16
des nouveaux ponts hydrogène, ne suffisent pas à com-
penser la perte entropique, de sorte que le bilan s’inverse,
pour donner une variation nette positive d’énergie libre.
IV. MACROMOLÉCULES
grande quantité de molécules. Les lipides, les protéines
et autres macromolécules sont formées par une séquence
des constituants élémentaires, généralement appelés
monomères, comme les acides aminés ou nucléiques,
sucres, ou chaı̂nes hydrocarbonées. Un exemple de
macromolécule est le polyéthylène, qui résulte de la
polymérisation de l’éthylène. Les macromolécules
d’intérêt en biologie sont souvent bien plus complexes,
et se distinguent d’autres molécules parce qu’elles ont en
outre une fonction biologique. Un exemple de molécule
“grande” et de structure “complexe” ayant une fonction
biologique est la molécule d’hémoglobine (figure 12).
A. Structure hiérarchique et conformation
L’activité biologique d’une macromolécule, ainsi que
ses propriétés purement chimiques, ne dépendent pas
seulement de leur composition, mais leur forme est
également essentielle. Les propriétés des macromolécules
dépendent donc, de la façon dont ses unités de base se dis-
tribuent dans l’espace. La géométrie d’une molécule peut
changer comme résultat d’une variation des paramètres
extérieurs (concentrations, température, interaction avec
d’autres molécules). On distingue la configuration d’une
molécule de sa conformation:
La configuration d’une molécule est donnée par
l’ensemble de positions des groupes d’atomes par
rapport à une liaison rigide. Pour passer d’une con-
figuration à une autre (tout en conservant la même
formule chimique, la stœchiométrie de la molécule)
il est nécessaire de rompre une liaison covalente
rigide.
La conformation d’une molécule est donnée par
l’ensemble de positions des groupes d’atomes par
rapport à une liaison libre. Le changement de con-
formation peut se faire sans rupture de liaison chim-
ique.
Évidemment les macromolécules peuvent avoir
différentes configurations et diverses conformations
tout en ayant toujours la même composition. En ce qui
concerne les macromolécules biologiques on s’intéresse
d’avantage à la conformation et aux mécanismes de
changement de conformation.
La complexité de macromolécules est illustrée par
l’hiérarchie de structures présentes à des échelles
différentes, ce qui leur confère divers niveaux
d’organisation. On a dit que les macromolécules
sont formés par un grand nombre de monomères.

FIG. 12 Molécule d’hémoglobine. On visualise la structure primaire en branches avec le groupe hème en détail, et la structure
secondaire en ruban; les hélices se replient en une structure tertiaire (gauche). L’association des quatre polypeptides constitue sa
structure quaternaire (droite).
Cette succession de monomères constitue la structure
primaire de la macromolécule. La forme générale
dont les monomères s’arrangent, comme les hélice de
l’ADN ou des protéines (comme par exemple dans
l’hémoglobine de la figure 12), donne lieu à la structure
secondaire. Souvent cette structure secondaire (en hélice
ou en feuillet, par exemple) se replie elle même en une
structure tertiaire. Au-dessus de la structure tertiaire
on trouve une association de plusieurs polymères, ou
sous-unités, comme dans le cas de l’hémoglobine qui
résulte de l’association de quatre polypeptides, qu’on
appelle structure quaternaire. Cette association permet
à la molécule de remplir sa fonction biologique, dans le
cas de l’hémoglobine le transport de O2 . On a donc une
succession de structures d’une macromolécule biologique:
Primaire, suite linéaire de monomères. La structure
primaire est directement liée à la composition de la
molécule, par exemple la séquence d’acides aminés
d’une protéine. Cette structure dépend des liaisons
covalentes, et donc des interactions fortes. Il s’agit
d’une structure présente à courte échelle, de l’ordre
de la taille des sucres, acides aminés ou d’autres
constituants de base des molécules biologiques.
Secondaire, enroulement de la chaı̂ne de monomères.
Les monomères ne peuvent pas se disposer arbi-
trairement les uns par rapport aux autres, ils sont
contraints à se suivre sans introduire de fortes inter-
actions avec les monomères voisins. Ceci restreint
les valeurs qui peuvent prendre les angles relatifs
entre monomères, ce qui donne lieu à l’apparition
de structures hélicoı̈dales, en feuillet ou autres. Il
s’agit donc d’une structure présente à l’échelle de
la distance entre monomères, en ne dépend pas des
liaisons covalentes mais des interactions plus faibles
17
(liaisons hydrogène et d’origine électrostatique) en-
tre monomères.
Tertiaire, repliement de la structure secondaire. Cette
structure concerne la forme globale de la macro-
molécule, sa topologie. Souvent la structure sec-
ondaire en hélice se replie pour donner à la molécule
une forme globulaire. C’est justement cette forme
globulaire qui stabilise la structure secondaire de
la molécule. La structure tertiaire fait intervenir
des interactions entre groupes très séparés (struc-
ture primaire ou secondaire) mais proches dans
l’espace. Ce sont encore des forces faibles, par rap-
port aux forces de valence, qui sont responsables
des repliements tertiaires.
Quaternaire, association de macromolécules en une
unité fonctionnelle. Cette structure, qui n’est pas
toujours présente, est assurée par des forces faibles
entre macromolécules. Par exemple on peut com-
parer la myoglobine (figure 13) à l’hémoglobine (fig-
ure 12). La myoglobine, comme l’hémoglobine,
forme une poche qui permet de piéger un atome
d’oxygène, mais elle ne possède pas de structure
quaternaire: elle est formée par une unique chaı̂ne
polypeptidique.
B. Forces d’interactions faibles
La conformation des macromolécules biologiques
dépend donc des liaisons faibles, dont l’énergie
d’interaction est plus petite que celle de valence.
Ces liaisons à plus longue portée, ont une origine
électrostatique et statistique (voir le tableau ??). Leur
intensité U0 est parfois seulement de l’ordre de l’énergie
 18

TABLEAU V Énergie des interactions multipolaires: type

d’interaction (ions, dipôles, dipôles mobiles), variation avec la
distance entre les molécules r, et énergie par mole et par rapport
à l’énergie thermique (en unités de kB T ).

Type Portée Énergie

[kJ mol−1 ] [kB T ]
Ion-Ion ±1/r 250 300
Ion-dipôle ±1/r2 15 100
Dipôle-dipôle ±1/r3 2 1
Ion-dipôle mobile ±1/r4 2 1
Dipôles mobiles −1/r6 0.3 <1
Van der Waals −1/r6 2 ≈1
Répulsion 1/r9 à 1/r16 Très intense

FIG. 13 Molécule de myoglobine. À la différence de La contribution généralement la plus importante aux

l’hémoglobine, la myoglobine ne possède pas de structure qua- forces de van der Waals provient du terme de London
ternaire. Au centre de la molécule on voit les atomes de fer et (forces de dispersion).
d’oxygène au sein du groupe hème.

C. Macromolécules en solution
thermique U0 ≈ kB T , où T est la température et kB est
la constante de Boltzmann (kB = 1.38 10−23 J/K),
La conformation d’une macromolécule est bien
Les molécules chargées (les ions), ainsi que les dipôles, évidemment déterminée par les forces intramoléculaires,
interagissent par les forces de Coulomb. L’énergie poten- mais elle dépend aussi de l’environnement dans lequel
tielle d’interaction de deux ions varie en ∼ 1/r, où r est elle se trouve. Naturellement, les macromolécules bi-
la distance à l’ion. Celle d’un ion avec un dipôle varie ologiques se trouvent souvent en solution aqueuse, et leur
comme 1/r2 . Le signe de l’interaction peut être positif interaction avec l’eau peut introduire de changements im-
ou négatif selon les charges des ions et de l’orientation du portants de conformation. Les parties chargées, polaires
dipôle. Les liaisons physiques entre particules chargées et non-polaires, interagissent chacune différemment avec
ont une intensité bien supérieure à l’énergie thermique, l’eau et déterminent le caractère hydrophile, hydrophobe
et possèdent une très longue portée. ou amphiphiles de la macromolécule. Un exemple im-
L’interaction entre dipôles dépend en général de
leur orientation respective s’il sont fixes. L’énergie
d’interaction est de longue portée, en ±1/r3 . Si au con-
traire, ils sont mobiles, leur mouvement thermique étant
très rapide, leur interaction moyenne (pondérée statis-
tiquement par un facteur de Boltzmann) est à plus courte
portée et attractive (énergie de Keesom en −1/r6 ) et
d’intensité plus faible.
La présence de molécules environnantes altère la dis-
tribution de charges des molécules non-polaires, et par
un mécanisme de polarisation le champ électrique de
ces molécules va induire un moment dipolaire. Le mo-
ment dipolaire induit interagit avec des ions, la portée de
cette interaction varie en −1/r4 . L’interaction et d’autres FIG. 14 Lipide amphiphile de la famille des phosphoglycérides.
dipôles (interaction de Debye, en −1/r6 , d’une molécule La tête polaire est hydrophile, la queue formée par une chaı̂ne
non-polaire avec un dipôle en rotation thermique). hydrocarbonée, non-polaire est hydrophobe.
D’autres forces attractives existent, même dans le cas
des molécules non-polaires, où il n’y a pas de contri- portant de molécule amphiphile, qui participe à la con-
bution d’origine électrostatique à l’énergie. Ces forces, struction des membranes, est donné par les phospho-
appelées forces de dispersion ont une origine quan- glycérides (figure 14). Ces molécules de la famille de
tique, et dépendent des corrélations de fluctuations de lipides possèdent une tête polaire, comportant notam-
charges (interactions de London, en −1/r6 ). L’ensemble ment un groupe d’acide phosphorique associé au glycérol,
d’interactions dont l’énergie varie comme −1/r6 sont re- et de deux chaı̂nes hydrocarbonées (souvent saturées),
groupées sous le nom des interactions de van der Waals. non-polaires hydrophobes. Les protéines (formées par

des acides aminés non-polaires, et d’acides nucléiques po-
laires) sont souvent amphiphiles, et leur interaction avec
l’eau est à l’origine de leur repliement et de la forme glob-
ulaire qu’elles adoptent dans l’eau.
La nature du solvant où se trouvent les macromolécules
est aussi essentielle vis-à-vis des interactions inter-
moléculaires, et déterminent la façon dont les molécules
s’associent pour former des structures plus complexes.
Les lipides forment en solution aqueuse des micelles,
vésicules ou double couches (bicouches) selon leur forme
(en particulier la longueur des chaı̂nes carbonées) et leur
concentration (voir figure 15, voir aussi le site web Sam-
son Group2 )
micelles, les lipides s’associent pour former une sphère
ou un cylindre, la partie apolaire au centre où l’eau
n’a pas accès;
vésicules, les lipides se groupent en une bicouche qui
se renferme pour isoler un compartiment aqueux
intérieur; comme pour les micelles la forme est
sphérique ou tubulaire;
bicouches, à plus forte concentration les lipides
s’organisent en deux couches avec la partie apo-
laire au centre et les têtes polaires orientées selon
des directions opposées vers l’extérieur (en contact
avec l’eau.voir le site du
Dans cette organisation interviennent des forces inter-
moléculaires entre d’une part, les chaı̂nes hydrophobes
qui s’attirent par des forces de van der Waals (en essayant
d’éviter l’eau), et d’autre part, les têtes hydrophiles qui
se repoussent (en essayant de s’entourer de molécules
d’eau). L’organisation des lipides en vésicules est une
forme élémentaire de membrane. C’est à partir de cette
structure de base, par l’association d’autres molécules,
en particulier par l’insertion de protéines, que les mem-
branes ayant une fonction biologique sont formées.
La présence de membranes permet l’apparition (à
l’équilibre) de concentrations et compositions différentes
des milieux qu’elle sépare. Les bicouches empêchent, par
exemple, pratiquement tout passage (diffusion) d’ions in-
organiques, elles empêchent aussi le libre passage des
macromolécules. Les différences de concentration (de so-
lutés et de macromolécules) de part et d’autre des mem-
branes est à l’origine de divers effets physiques comme
la pression osmotique ou l’apparition d’une différence de
potentiel (équilibre de Donnan).
V. PHYSIQUE DES MACROMOLÉCULES
La forme des macromolécules biologiques, la nature des
interactions intra et inter moléculaires, le repliement et
2 http://indigo1.biop.ox.ac.uk/
19
l’influence de l’environnement dans lequel se trouvent ces
macromolécules, les mécanismes d’organisation en mi-
celles ou membranes, ou le comportement des solutions
de macromolécules soulèvent un certain nombre de ques-
tions du domaine de la physique, et qui peuvent être
étudiées par une approche physique:
• Les liaisons intermoléculaires: calcul des in-
teractions moléculaires à partir des lois de
l’électrostatique en tenant compte des mouvements
thermiques. Nature de la polarisation induite. Na-
ture de la liaison hydrogène.
• Conformation et transconformation de macro-
molécules: modèles statistiques et de dynamique
moléculaire.
• Macromolécules en solution: propriétés physiques
de l’eau. Interactions amphiphiles et formation
de micelles. Propriétés thermodynamiques des
solutions. Électrolytes et équilibre de Donnan.
Colloı̈des.
A. États d’énergie minimale
Les systèmes physiques (isolés) à l’équilibre thermo-
dynamique se trouvent dans un état d’énergie mini-
male. Par exemple, lors de tout processus irréversible
à température T = const et volume V = const constants,
l’énergie libre F du système diminue; d’une façon ana-
logue le potentiel thermodynamique (potentiel de Gibbs
G, aussi appelé enthalpie libre) décroı̂t lors d’une trans-
formation à pression P = const et température T = const
constants (comme dans le cas d’une réaction chimique).
Ce principe de minimisation de l’énergie (libre) peut
aussi être relié au deuxième principe de la thermo-
dynamique: lors de toute transformation irréversible
vers l’état d’équilibre l’entropie S augmente. En effet,
l’énergie libre est F = E − T S, où E est l’énergie in-
terne. Lors d’un changement spontané de conformation
la variation d’énergie interne est nulle ∆E = 0 (il n’y a
pas d’échange de chaleur avec le milieu, ou de variation de
volume dû aux forces extérieures puisqu’on considère la
macromolécule comme un système isolé). On trouve donc
que la variation d’énergie libre est ∆F = −T ∆S. Comme
la transformation se produit vers un état d’équilibre ∆S
est positif (l’entropie croı̂t), ce qui implique que l’énergie
libre du système diminue.
On peut considérer qu’une macromolécule est un
système physique constitué d’un grand nombre de par-
ticules en interaction, et donc appliquer aux macro-
molécules les lois de la thermodynamique et de la
physique statistique.
Parmi les innombrables configurations d’une macro-
molécule, seulement celle que minimise son énergie sera
réalisée. D’un point de vue microscopique, on peut
vérifier que ce sont précisément les états de moindre
énergie qui sont les plus probables. En effet, si un système
 20

FIG. 15 Simulation numérique moléculaire de la formation d’une micelle (à gauche) et d’une bicouche (à droite) lipidiques dans
l’eau. On constate que les parties polaires hydrophiles des phospholipides sont en contact avec l’eau, tandis que les queues carbonées
hydrophobes évitent l’eau.

peut se trouver dans E1 , E2 , · · · , En , · · · états différents, de la macromolécule. Ce changement peut être favor-
la probabilité de l’état avec une énergie E = En est: able ou défavorable selon qu’il augmente ou diminue re-
spectivement la probabilité de la conformation. En re-
1 fusant les cas défavorables et en répétant la procédure
Prob(En ) = exp(−En /kB T ) , (49)
Z on approche statistiquement l’état de conformation de la
macromolécule le plus probable.
où la constante Z, la fonction de partition (qui dépend En général toute transformation de conformation com-
de la température T et du volume V du système), assure porte deux aspects différents. Un aspect “énergétique”,
la normalisation de la probabilité: le changement de forme implique une variation de
X l’énergie d’interaction entre les molécules qui constituent
Z(T, V ) = exp(−En /kB T ) . (50) la macromolécule, et un aspect “entropique” qui reflète
n le degré d’ordre ou d’organisation de la macromolécule.
Dans le figure 16 on illustre la surface d’énergie d’une
La probabilité pour que le système se trouve dans un macromolécule en fonction des paramètres de conforma-
état d’énergie En est donc proportionnelle à une fonc- tion. Chaque conformation possible correspond dans ce
tion exponentielle qui décroı̂t avec En , elle est maximale diagramme à un minimum local. Les paramètres qui
pour En minimale. Cette observation est à la base de définissent l’état de la macromolécule sont par exemple
la méthode de Monte Carlo3 du calcul des conformations l’ensemble des positions de leurs atomes. L’état naturel
des macromolécules. de la macromolécule, celui dont la probabilité est maxi-
L’énergie totale d’une macromolécule dépend des po- male, correspond au minimum absolu E0 , d’autres états
sitions relatives des molécules qui forment la macro- ayant une énergie plus grande, comme En , peuvent cor-
molécule. Supposons que la macromolécule est con- respondre à des conformations dénaturées de la macro-
stituée par N molécules ou atomes. On obtient une molécule (par exemple des formes où la structure tertiaire
conformation donnée, disons la conformation n−ième, a disparu). Pour passer de l’état naturel à l’état dénaturé
en spécifiant les positions de N molécules. A partir de il faut fournir un travail, ou augmenter la température du
ces positions on calcule les énergies d’interaction entre bain. Du point de vue énergétique l’état naturel est donc
toutes les molécules (ou atomes), et on déduit la valeur plus favorable. D’autre part, les états pour lesquels la
de l’énergie En correspondant à la n−ième conformation. macromolécule est dénaturée sont plus nombreux, l’état
De cette façon on peut associer à chaque conformation dénaturé étant un état sans organisation particulière.
une énergie, et par (49) connaı̂tre la probabilité de cette En conséquence, du point de vue entropique c’est l’état
conformation. Un changement de position par exem- dénaturé qui est le plus favorable.
ple d’une molécule, entraı̂ne une variation de l’énergie Pour une température donnée on peut calculer la prob-
abilité pour une molécule de se trouver à l’état naturel
ou dénaturé à l’aide de la formule (49). L’état 0 a une
probabilité proportionnelle à N0 exp(−E0 /kB T ), et l’état
3 http://www.studyweb.com/links/4010.html n, Nn exp(−En /kB T ), où N0 est le nombre d’états ayant
 21

nn~ exp(-En /kBT)

gie 1.5
r
éne
'
ce d
s u rfa

1
Energie

U(x)
En 0.5

n0 ~ exp(-E0 /k BT) 0

E0 B ∆U A
−0.5
Paramètres d'état

FIG. 16 Surface d’énergie en fonction des paramètres de con- −1 −0.5 0 0.5 1 1.5
formation. Le nombre de molécules dans un état d’énergie En x
est proportionnel à exp(−En /kB T ). L’état le plus probable est
celui d’énergie minimale E0 . L’état de haute énergie représente FIG. 17 Particule dans un potentiel U (x) ayant deux minima
la macromolécule dénaturé. L’état de basse énergie la macro- A et B. Pour passer du minimum A au B il faut remonter la
molécule dans son état naturel. barrière de potentiel ∆U .

l’énergie E0 , et Nn le nombre d’états (conformations) entropique ∆S l’emporte sur l’effet énergétique ∆H:
ayant l’énergie En . Soit par exemple une solution ayant la configuration dénaturée (désordonnée) est favorisée.
un grand nombre de macromolécules, le rapport du nom- Dans le cas contraire où nn < n0 , ce sont les effets
bre de molécules dénaturées nn et normales n0 est donc: énergétiques, dus aux interactions intramoléculaires, qui
prédominent, ce qui favorise l’état ordonné.
 
nn Nn E n − E0
= exp − . (51)
n0 N0 kB T 1. Bain thermique et mouvement brownien

On peut récrire (51) comme suit, Les très grosses macromolécules, ou les agrégats des
nn

En − E0 − kB T ln(Nn /N0 )
 molécules en solution, forment un colloı̈de. Elles subis-
= exp − sent les collisions des petites molécules du solvant, dont
n0 kB T l’énergie cinétique moyenne est proportionnelle à la
 
∆E − T ∆S température. Ces collisions provoquent un mouvement
= exp − ,
RT désordonné, dit aléatoire, observable au microscope (voir
l’applet4 sur le site web de l’université de Virginia.) Ce
où on est passé des grandeurs par molécule à des mouvement fut observé pour la première fois en 1827
grandeurs par mole en utilisant la constante de gaz par Robert Brown sur des grains de pollen en suspension
parfaits R = kB NA (NA = 6.022 1023 est le nombre dans l’eau, et expliqué au début du XXème siècle par A.
d’Avogadro), on a aussi utilisé que ∆S = R ln(Nn /N0 ), Einstein.
puisque Nn,0 représentent le nombre de configurations Soit une particule colloı̈dale soumise d’une part à
ayant une énergie donnée En,0 . En général Nn >> 1 une force dont le potentiel U (x) est de la forme de la
puisque n correspond à un état dénaturé de la molécule, figure 17, et d’autre part collisions des particules du
et donc désordonné. On reconnaı̂t dans l’exposant la solvant. Le bain thermique se trouve à une température
différence d’enthalpie libre ∆G = ∆H −T ∆S entre l’état T . L’équation de mouvement de cette particule est
naturel et dénature des macromolécules (on peut ici iden-
tifier ∆E à la variation d’enthalpie ∆H), dU
mẍ + γ ẋ = − + F (t) , (53)
  dx
nn
∆G = −RT ln . (52) où m est la masse de la particule, γ un coefficient de
n0
Si le nombre de macromolécules dénaturées est plus
grand que celui de macromolécules à l’état naturel nn >
n0 [voir (51)], on a par (52) que ∆G < 0, et l’effet 4 http://www.phys.virginia.edu/classes/109N/home.html

friction (γ = 6πηR pour une sphère de rayon R dans un
liquide de viscosité η), et F (t) est la force aléatoire due
aux collisions avec les particules du milieu. En moyenne
hF i = 0 les collisions résultent en une force nette nulle sur
la particule colloı̈dale; l’écart quadratique type est par
contre non nul hF 2 /γ 2 i = γD/m, où D est le coefficient
de diffusion. Une des conséquence de (53) est que à des
temps longs (plus grands que m/γ) la particule atteint
un état d’équilibre caractérisé par une distribution de
probabilité
 
U (x)
Prob(x) = N exp − , (54)
kB T
où N est une constante de normalisation, et où on a
utilisé la relation d’Einstein,
γD = kB T (55)
qui relie le coefficient de diffusion à la température de
la solution. L’équation (54) implique que la particule
cherche un état d’énergie d’interaction minimale.
On peut donc utiliser la dynamique de Langevin de
l’équation (53) (où l’on néglige parfois le terme d’inertie
mẍ), pour calculer les conformations d’une macro-
molécule.
B. Dynamique moléculaire par simulation numérique
Une autre approche est possible pour le calcul de
la forme des macromolécules. Elle est basée sur le
fait qu’à partir de la connaissance des interactions
intramoléculaires (de valence, de van der Waals, de
répulsion et de dispersion, des liaison hydrogène, etc.), et
de la connaissance de l’état initial d’énergie totale (po-
tentielle et cinétique) donnée, les lois de la dynamique
permettent de calculer l’évolution du système. Cette dy-
namique conduit naturellement la macromolécule d’un
quelconque état initial vers un état d’équilibre, compati-
ble avec l’énergie total initiale.
L’énergie potentielle d’une macromolécule formée par
N atomes (ou molécules), est en général de la forme,
N X
X N
U= U (xi − xj ) ,
i j
et dépend de l’ensemble de positions xi avec i =
1, 2, · · · , N occupées par les N atomes. Comme les
énergies d’interaction sont fonction de la distance xi − xj
entre les particules, l’énergie d’interaction totale résulte
de la somme sur toutes les interactions entre les N
atomes. L’énergie cinétique est
N
K=
X
mi vi2 /2
i
ou mi est la masse de l’atome i et vi sa vitesse. La
dynamique se calcule à partir des équations de Newton
22
pour chaque atome i,
N
X ∂U (xi − xj )
mi ẍi = − (56)
j
∂x
où le membre de droite est la force exercée sur la partic-
ule i par toutes les autres particules. Cette dynamique
conduit naturellement la macromolécule d’un quelconque
état initial vers un état d’équilibre, compatible avec
l’énergie total initiale. Pour connaı̂tre la conformation
d’une macromolécule on doit donc intégrer les équations
(56), jusqu’à ce que un état d’équilibre soit atteint.
A la différence des méthodes statistiques comme la
méthode de Monte Carlo où la température est fixée mais
l’énergie peut fluctuer, en dynamique moléculaire (56) la
température est reliée à l’énergie cinétique moyenne, tan-
dis que l’énergie est fixée. L’état initial est déterminé par
l’ensemble de positions des atomes, ce qui fixe l’énergie
potentielle, et par une distribution des vitesses telle
que l’énergie cinétique moyenne soit compatible avec la
température du système.
Cette méthode peut s’appliquer aussi bien au calcul de
la conformation de macromolécules, qu’aux systèmes en
principe plus simples comme les gaz ou les liquides, ou
aux systèmes plus complexes comme ceux qui comportent
des interaction entre les macromolécules et le solvant (par
exemple la formation de bicouches, ou la structure de
protéines de membranes).
VI. LES BIOMOLÉCULES COMME POLYMÈRES
Le plus simple des polymères est l’homopolymère (fig-
ure 18), dont les monomères de la chaı̂ne sont iden-
tiques. Bien que les biomolécules aient une structure
chimique plus complexe, l’ADN (ou l’ARN) est con-
stitué des quatre acides nucléiques, les protéines des
vingt acides aminés, les homopolymères partagent d’une
part un certain nombre de propriétés communes avec
les molécules biologiques, et d’autre part, constituent
un excellent point de départ pour l’étude des propriétés
physiques des macromolécules.
A. Le polymère idéal
En général la conformation d’un polymère dépend des
propriétés du solvant dans lequel il se trouve, et des in-
teractions entre les monomères. Si l’on néglige les in-
teractions faibles (entre les monomères et le solvant),
et on ne garde que les interactions de valence qui as-
surent la continuité de la chaı̂ne, on se retrouve dans
une position analogue à celle du gaz parfait, on dit que
le polymère est idéal ou gaussien. Les propriétés d’un
polymère idéal résultent de sa connectivité, il faut donc
repérer les monomères dans l’espace comme on montre
dans la figure 19. La chaı̂ne polymère, composée de N
monomères, est représentée par des points successifs ri ,

FIG. 18 Polymère composé de N = 100 monomères
(représentés par des sphères reliées par des tubes). La position
de chaque monomère dans l’espace suit une marche aléatoire.
avec i = 0, 1, . . . , N . Les distances entre deux monomères
successifs sont données par les N vecteurs Ii = ri − ri−1
(i = 1, . . . , N ). Une grandeur géométrique importante
pour caractériser la taille du polymère est la distance
bout à bout:
N
X
R= Ii , (57)
i=1
La conformation d’un polymère dont les monomères
sont libres de prendre n’importe quelle orientation peut
être représentée par une “marche aléatoire” (voir la figure
18). Une façon de construire une marche aléatoire est
de fixer un point origine (x(0), y(0), z(0)) = (0, 0, 0), de
choisir une direction quelconque dans l’espace (φ, θ) et de
faire un pas de longueur a dans cette direction; on obtient
ainsi un nouveau point (x(1), y(1), z(1)) à partir duquel
on répète les opérations. On aboutit donc à l’algorithme
23
FIG. 19 Les monomères d’un polymère sont repérés à l’aide des
ses coordonnées ri = (xi , yi , zi ) dans l’espace. L’ensemble de
coordonnées détermine la configuration du polymère.
suivant:
x(i) = x(i − 1) + a cos φ sin θ ,
y(i) = y(i − 1) + a sin φ sin θ ,
z(i) = z(i − 1) + a cos θ ,
avec i = 1, . . . , N , la suite de points (x(i), y(i), z(i))
donne la position dans l’espace de chaque monomère.
Les angles sont ici des variables aléatoires distribuées
uniformément φ ∈ [0, 2π] et θ ∈ [0, π] (voir l’appendice
mathématique § G), que l’on choisi à chaque pas.
1. Taille d’une chaı̂ne gaussienne
Une propriété importante d’une chaı̂ne polymère est
sa taille. Un polymère complètement déployé dans un
bon solvant, comme un long brin d’ADN dénaturé, peut
être assimilé à un polymère idéal: les monomères peu-
vent prendre n’importe quelle direction dans l’espace
indépendamment les uns par rapport aux autres. Ceci
est une première bonne approximation pour étudier la
géométrie d’un polymère libre. La taille caractéristique
de la chaı̂ne est définie à partir de la variancepde la dis-
tance bout à bout R, par la formule R0 = hR2 i, où
la moyenne porte sur les orientations des monomères.
 24

Il est facile de démontrer que si θ(s) est l’angle entre 2. Élacticité du polymère idéal
deux monomères séparés d’un nombre s de monomères,
on aura À partir de l’énergie libre on peut étudier les propriétés
élastique de la chaı̂ne polymère. Si l’on applique une
hcos θ(s)i = 0 , (58) force extérieur aux extrémités du polymère, la chaı̂ne
s’équilibre par le développement d’une tension f ,
ce qui implique,
√ ∂F
R0 = a N (59) f= ,
∂R
la taille moyenne d’une chaı̂ne libre ou gaussienne, ou autrement dit f dR est le travail dF réalisé par le
est proportionnelle à la racine carrée du nombre de système pour changer sa longueur en dR:
monomères N . Cette loi est très différente de celle qui
décrirait un polymère étiré, puisque dans un tel cas on 3kB T R
f (N, R) = , (62)
aurait plutôt R0 ∝ aN , une taille proportionnelle à N . a2 N
0.9 où l’on a souligné la dépendance de la force sur le nombre
de monomères. La loi (62) rappelle celle de l’étirement
0.8 d’un ressort de constante k (loi de Hooke), dont la force
est aussi proportionnelle à l’étirement. On peut en
0.7
conséquence identifier le coefficient de l’équation (62) à
0.6 la constante d’élasticité

0.5 3kB T
k= .
f(R)

a2 N
0.4
On s’aperçoit que k est inversement proportionnelle à N ,
0.3 ce qui signifie que plu grand est le nombre de monomères
plus petite la constante d’élasticité: il suffit d’une faible
0.2
force pour produire une forte élongation de la chaı̂ne, le
0.1 polymère est donc fortement élastique. Ce simple fait ex-
R0 plique l’extraordinaire élasticité des matériaux à base de
0
0 0.5 1 1.5 2 2.5 3
longues molécules de polymères. Évidemment, cette loi
R n’est plus valable si R(f ) devient de l’ordre de la longueur
aN , d’une chaı̂ne fortement étirée, à ce moment là il y
FIG. 20 Distribution de probabilité de la taille d’une chaı̂ne
aura une saturation de la relation force-élongation.
gaussienne 4πR2 f (R). La taille caractéristique R0 = aN 1/2
correspond à l’écart type.

B. Les effets du volume exclu

La raison pour laquelle on utilise l’adjectif “gaussien”
pour décrire la chaı̂ne de monomères libres est que la
Le modèle de chaı̂ne gaussienne ne tient pas compte des
distribution de probabilités de la taille R (figure 20) est
interactions répulsives de monomères quand il se trou-
un fonction de Gauss:
vent très proches (à des distances de l’ordre de leurs

3
3/2 
3R2
 rayons de van der Waals). Pour tenir compte de la
fN (R) = exp − . (60) taille de monomères on introduit un coefficient B (ap-
2πa2 N 2a2 N pelé coefficient du viriel) qui est de l’ordre du volume des
La taille caractéristique se déduit de l’écart type de la dis- monomères B ∼ a3 , dans le développement de l’énergie
tribution, en considérant qu’il faut moyenner sur toutes libre en puissances de la densité n = N/R3 (la densité,
les directions (4πR2 f (R), est la distribution de proba- nombre de monomères par unité de volume, est faible
bilités Rdes distances à l’origine – le premier monomère): dans une solution avec un bon solvant):
R02 = R2 (4πR2 f (R))dR. La fonction de partition de
la chaı̂ne gaussienne est proportionnelle à Z ∝ f (R) (à F 3R2 BN 2
= 2 + , (63)
un facteur de normalisation près). L’énergie libre est kB T 2a N R3
F (T, R) = −kB T ln Z (voir l’équation (29), ici la vari-
able extensive V a été remplacée par R0 ), (voir la figure 21). Le premier terme de (63) correspond
à la chaı̂ne gaussienne (61), tandis que le deuxième, qui
3kB T R2 inclut le coefficient du viriel B, exprime les effets sur
F (T, R) = F0 (T ) + , (61) l’énergie libre du volume exclu (deux monomères ne peu-
2a2 N
vent s’approcher en deçà d’une certaine distance —de
où F0 est une constante (indépendante de la taille R). l’ordre de la taille des molécules qui forment le polymère).

0.25
0.2
F(R)/NkBT
0.15
0.1
0.05
R0/a
0 comme une ligne continue. Dans la limite θ0  1, la
0 50 100 150 200 250 300 350
R/a
FIG. 21 Énergie libre de Flory F (R) pour un polymère dans un
bon solvant. La taille caractéristique du polymère est celle qui
correspond au minimum de F , R0 /a = (B/a3 )1/5 N 3/5 . Ici F
est en unités de N kB T , avec N = 1000, et le coefficient du
viriel B = a3 .
À l’équilibre thermodynamique l’énergie libre est min-
imale (dF/dR|R=R0 = 0), ce qui fixe la taille car-
actéristique du polymère:
R0 /a = (B/a3 )1/5 N 3/5 ,
cette relation R0 ∼ N 3/5 , diffère considérablement de la
chaı̂ne gaussienne: l’effet du volume exclu se manifeste
par un changement dans la loi de puissance qui suit la
taille en fonction du nombre de monomères. Le coefficient
numérique de (64) dépend évidement de l’intensité des
interactions répulsives, dont B est une mesure.
1. Cône de valence et longueur de persistance
Jusqu’à maintenant on n’a considéré que des polymères
dont les angles entre le monomères étaient aléatoires, et
pouvaient prendre toutes les orientations avec la même
probabilité. Or les liaisons de valence qui assurent la
cohésion des monomères possèdent de directions bien
précises pour lesquelles les interactions stériques se min-
imisent (voir la figure 6).
Dans la chaı̂ne gaussienne on néglige les corrélations
d’orientation entre monomères. Si deux monomères sont
séparés par une distance s sur la chaı̂ne (en suivant la
séquence de la structure primaire) et θ(s) est l’angle entre
ces deux monomères, on a hcos θ(s)i = 0. Cependant, on
peut considérer que deux monomères ont d’orientations
corrélées s’ils sont suffisamment proches, mais ils sont
pratiquement indépendants si leur séparation est suff-
isamment grande. La longueur caractéristique sur laque-
lle deux monomères sont corrélés est la longueur de per-
sistance Lp . Elle est définie par la relation:
hcos θ(s)i = e−s/Lp ,
25
ici s parcours toutes les valeurs de 0 à L = aN , la
longueur de la chaı̂ne. La valeur de Lp est reliée à l’angle
de valence. En effet, dans le cas d’une chaı̂ne polymère
dont les monomères successifs possèdent un angle de va-
lence fixe θ0 , mais un angle de torsion φ libre (chaque
monomère peut tourner librement dans le cône de va-
lence du monomère voisin), la longueur de persistance
est donnée par
Lp = a/| ln(cos θ0 )| .
Si θ0  1 alors Lp ≈ 2a/θ02  a; en conséquence, quand
l’angle de valence est petit, chaque monomère fait une
faible contribution à la flexibilité de la chaı̂ne. Elle ap-
paraı̂tra comme une ligne régulière et pourra être traitée
400
taille caractéristique du polymère est
R02 = 2L2p (L/Lp − 1 + e−L/Lp ) (66)
avec L la longueur de la chaı̂ne L = aN (voir la figure 23).
Deux cas limites sont intéressantes: pour L/Lp  1 la
chaı̂ne est pratiquement rigide R0 ≈ L, et pour L/Lp  1
on trouve R0 ≈ (2Lp L)1/2 , la chaı̂ne a le même com-
portement par rapport à sa longueur L, que la chaı̂ne
gaussienne.
La longueur de persistance dépend de la structure de
la biomolécule. Pour l’ADN une valeur caractéristique
(64) est Lp ≈ 50 nm ou 150 paires de bases; pour un simple
polymère synthétique on a Lp ≈ 1 * 1.4 nm (ce qui
correspond à 4 ou 5 monomères).
APPENDIX A: TD1: Interactions intermoléculaires
Le but de cette série d’exercices est d’introduire
l’origine des forces intermoléculaires à partir des
principes physiques de l’interaction électrostatique.
1. Questions
a. Thermodynamique
1. Donner les dimensions de l’enthalpie, de la fonction
de Gibbs, du potentiel chimique, de la force entre
deux charges, du moment dipolaire de l’eau.
2. Donner les grandeurs caractéristiques pour: taille
d’une protéine, longueur d’une molécule d’ADN
étirée, largeur d’une membrane biologique; charge
d’une molécule d’eau, moment dipolaire de petites
molécules.
3. Quelle est l’énergie thermique des molécules d’un
gaz d’hydrogène à 15C? Peut-on en déduire une
vitesse caractéristique?
4. Le potentiel de membrane a une valeur car-
(65) actéristique de kB T /e. Peut-on associer une
 26

(a) (b)

FIG. 22 Polymères simples formés d’une suite de monomères identiques: (a) polyéthylène CH3 -(CH2 )n -CH3 , et (b) leucine (Leu)n .
La surface autour représente le potentiel électrostatique de la molécule. Il s’agit de deux composées hydrophobes. La succession de
monomères se fait à des angles de valence qui réduisent les interactions stériques.

3 énergie à ce potentiel électrostatique? Comparer

cette énergie à l’énergie thermique d’un ion en so-
2.5
lution aqueuse.

5. Dessiner le cycle de Carnot dans un diagramme

2 (T, S) température–entropie. Montrer que l’aire du
cycle est le travail réalisé par le système (le cycle
R20/L2p

1.5
est parcouru dans le sens qui va de la source chaude
vers la source froide).

1 6. L’énergie libre de Gibbs est G = H − T S, montrer

que dG = −SdT + V dP .
0.5

b. Forces
0
0 0.5 1 1.5 2 2.5
L/Lp
1. Calculer l’énergie d’interaction coulombienne de
deux ions Cl− et Na+ en contact, sachant que le
FIG. 23 Effet de la longueur de persistance Lp sur la taille R0
d’un polymère. Pour L  Lp le polymère se comporte comme
rayon ionique est r = 0.276nm. Comparer cette
une chaı̂ne gaussienne (droite hachurée). énergie à l’énergie thermique.

2. Calculer l’énergie d’interaction d’un ion Na+ et une

molécule d’eau de moment dipolaire u = 1.85D.

Donner la valeur du maximum, et la comparer à
l’énergie thermique.
3. Montrer que la présence d’un ion au sein de l’eau
n’affecte que les molécules de la première couche
autour de l’ion. (Utiliser la portée de forces
d’interaction d’un ion avec les molécules polaires.)
2. Forces et potentiels d’interaction
Lorsque l’on parle d’interaction entre deux molécules,
on peut raisonner en terme de la force d’interaction
F (r) ou de son potentiel U (r) qui dépendent de la dis-
tance r entre ces molécules. Le potentiel U (r) (ou, plus
rigoureusement, l’énergie potentielle d’interaction) est le
travail qu’il faut fournir au système pour amener les deux
molécules à la distance r en partant de l’infini. La force
et le potentiel d’interaction sont reliés par la relation
dU (r)
F (r) = −
dr
La force est attractive si F < 0 et répulsive si F > 0.
Dans le cas général, la force est une grandeur vectorielle,
qui est ici dirigée dans la direction qui relie le centre des
deux molécules.
a. Exercice 1:
On utilise souvent le potentiel de Lennard–Jones pour
décrire l’interaction des molécules non polaires. Celui-ci
s’écrit
UL–J (r) = 4 (σ/r)12 − (σ/r)6
 
Représenter UL–J en fonction de r. Pour quelle valeur de r,
ce potentiel est-il minimum? Dans quels intervalles de r la
force associée est-elle attractive, répulsive, nulle? Quelles
sont les dimensions physiques des constantes  et σ?
3. Interactions coulombiennes
Le potentiel d’interaction coulombienne entre deux
molécules chargées (ions), de charges z1 e et z2 e, s’écrit
(dans le vide)
z1 z2 e2
U (r) =
4πε0 r
avec ε0 la permittivité du vide. La valeur de cette
constante dépend du système d’unités utilisé, dans le
Système international elle se mesure en N m2 C−2 ou
V m C−1 , on a 1/4πε0 = 10−7 c2 V m C−1 , avec c =
2.998 108 (la valuer numérique de la vitesse de la lumière
en m s−1 ).
27
a. Exercice 2:
Donner l’expression vectorielle de la force coulombienne.
Discuter de la nature attractive de cette force en fonction
de r, z1 et z2 . Quelle est la dimension physique de la per-
mittivité du vide?
Le champ électrique E(r) est un champ vectoriel
dépendant de la position r. Il est tel qu’une particule
chargée, de charge ze, à la position r est soumise à la force
F(r) = zeE(r). Une charge positive est donc soumise à
une force dans la direction du champ électrique et une
charge négative dans la direction opposée.
b. Exercice 3:
Donner l’expression du champ électrique E0 (r) crée par
une molécule de charge z0 e à la position r0 .
4. Dipôle électrique
Un dipôle électrique est formé d’un ensemble de
charges de somme nulle. On peut montrer que le champ
d’un dipôle est équivalent à celui de deux charges q et −q
séparées d’une distance a. Le champ électrique loin du
dipôle dépend uniquement de son moment dipolaire u tel
que
u = q(r+ − r− )
avec r+ et r− les positions des charges q et −q respec-
tivement.
a. Exercice 4:
Donner l’expression du potentiel d’interaction entre un
dipôle de moment u et un ion de charge ze lorsque l’ion est
situé le long de l’axe reliant les charges q et −q du dipôle.
Comparer ce potentiel à celui existant entre deux ions. (On
donne, pour x  1, (1 − x)−1 ≈ 1 + x).
Dans le système international, l’unité du moment dipo-
laire est le C m. Dans le contexte chimique, les mo-
ments dipolaires sont, en général, exprimés en Debye D
(1D = 3.336 10−30 C m). À titre d’exemple, le moment de
la molécule d’eau est u = 1.85 D, pour HCl : u = 1.08 D
et pour CH3 Cl : u = 1.87 D.
Une molécule de moment dipolaire permanent non
nul possède, en général, un ou plusieurs atomes
électronégatifs tel que O, N, F ou Cl qui déforment le
nuage électronique de telle sorte que les barycentres des
charges positives et négatives soient différents. On dit
d’une telle molécule qu’elle est polaire.

b. Exercice 5:
Le potentiel d’interaction entre un ion, de charge ze et
un dipôle de moment u prend la forme générale
zeu cos θ
U (r, θ) =
4πε0 r2
où θ est l’angle entre le vecteur r et le moment dipolaire u.
Comparer ce potentiel à celui entre deux ions. Discuter de
la nature attractive de la force en fonction de r et z pour
θ = 0, π/2, et π.
5. Dipôle induit, notion de polarisabilité
Peu de molécules possèdent un moment dipolaire
permanent. En revanche, sous l’action d’un champ
électrique E, une molécule peut présenter un moment
dipolaire induit uind. tel que
uind. = αE
Le coefficient de proportionnalité α est appelé la polaris-
abilité de la molécule.
La polarisabilité d’une molécule est liée à la modi-
fication de la distribution des charges électriques sous
l’action d’un champ électrique. On peut la décomposer
en trois composantes : la polarisation d’orientation qui
met en jeu la réorganisation moléculaire, la polarisation
de librations qui met en jeu l’orientation des liaisons co-
valentes et la polarisation électronique qui met en jeu la
modification du nuage électronique.
a. Exercice 6:
On peut se faire une idée du phénomène de polarisation
en considérant le modèle suivant. Prenons deux charges
q et −q reliées par un ressort de raideur k. Au repos et
en l’absence de forces extérieures, la force de rappel du
ressort fait coı̈ncider les deux charges. Que se passe-t-il sous
l’action d’un champ électrique? Donner la valeur de la po-
larisabilité en fonction de q et k. (On négligera l’interaction
entre les charges q et −q.)
APPENDIX B: TD2: Dipôles et Forces de van der Waals
On étudie les interactions entre dipôles et dipôles mo-
biles. On introduit aussi les forces de van der Waals
entre molécules non polaires. Les forces de van der
Waals regroupent les forces d’interaction entre molécules
polaires ou polarisables dont le potentiel varie comme
−1/r6 . Dans ce TD, nous allons détailler les mécanismes
physiques des termes de Keesom, Debye et London qui
composent les forces de van der Waals.
28
1. Questions
a. Forces d’interaction, suite...
1. Un ion dans un milieu possède une énergie libre
égale au travail nécessaire à le former: le potentiel
chimique standard de l’ion est µi = (ze)2 /8π0 a,
où ze est la charge de l’ion, a son rayon, et  la con-
stante diélectrique du milieu. Calculer la variation
de l’énergie libre associée au transfert d’une mole
d’ions monovalents (anions et cations) de la phase
gazeuse ( = 1), à la phase aqueuse ( = 78).
2. La molécule de méthane est non-polaire. Un mo-
ment dipolaire est induit par la présence d’un ion
de sodium, placé à 0.4 nm du centre de la molécule
CH4 . Calculer la déformation de la molécule de
méthane en sachant que sa polarisabilité est de
α0 /(4π0 ) = 2.6 10−30 m3 . Le rayon du CH4 est
de 0.2 nm; comparer ce rayon à la taille de la
déformation.
3. La plus courte distance (instantanée) entre le pro-
ton et l’électron d’un atome d’hydrogène est le
rayon de Bohr:
a0 = e2 /2(4π0 )~ω = 0.053 nm ,
calculer le moment dipolaire instantané de H.
L’énergie ~ω = I est ici, l’énergie d’ionisation
de l’atome. C’est ce moment dipolaire instantané
(quantique) qui est à l’origine des forces de disper-
sion.
4. Donner l’énergie caractéristique des liaisons hy-
drogène en kJ mol−1 . Donner la distance car-
actéristique entre le donneur et l’accepteur (par ex-
emple N et O), d’un pont hydrogène.
5. Les propriétés de l’eau liquide sont en grande par-
tie déterminées par les liaisons hydrogène: ces
liaisons donnent à l’eau une structure relative-
ment ordonnée, presque comme dans un cristal.
Le transfert d’un hydrocarbure dans l’eau est ac-
compagné d’une variation d’enthalpie de ∆H =
−4.3 kJ mol−1 , mais la variation d’énergie libre est
de ∆G = 28.7 kJ mol−1 . Expliquer la différence.
6. L’énergie de surface de l’interface hydrocarbure-
eau est d’environ 40–50 mJ m−2 . Comparer cette
énergie à l’énergie par unité de surface du transfert
de l’hydrocarbure à l’eau. Supposez que la molécule
a une forme cylindrique de surface 1.0 nm2 . Peut-
on conclure qu’il existe un lien entre ces deux
grandeurs? Expliquez.

2. Interaction entre deux dipôles permanents
molécule 1 molécule 2
y a. Exercice 2:
θ1 θ2
r x
u1 u2
Le potentiel d’interaction de deux dipôles coplanaires
dépend de leur distance r mais également des angles θ1 et
θ2 que font ces dipôles avec l’axe les reliant (voir Figure).
Le potentiel prend la forme
u1 u2
U (r, θ1 , θ2 ) = − [2 cos θ1 cos θ2 − sin θ1 sin θ2 ] ,
4π0 r3
avec u1 et u2 , les moments dipolaires des molécules 1 et
2.
a. Exercice 1:
Discuter de la valeur du potentiel d’interaction lorsque
la distance r entre les deux molécules polaires est fixée et
lorsque les angles θ1 et θ2 prennent les valeurs , 0, π/2, π,
et 3π/2, (0, 90, 180, et 270 degrés). Quelles configurations
correspondent à une énergie minimale? Que peut-on en
déduire? (On posera U0 = u1 u2 /4πε0 r3 > 0)
3. Facteur de Boltzmann
Dans le cas macroscopique, un système à l’équilibre se
trouve toujours dans un état qui minimise son énergie.
Par exemple, une bille qui roule librement atteindra une
position d’équilibre qui correspond à un minimum de son
énergie potentielle de gravité (Ep = mgz) et donc à un
minimum d’altitude.
Dans le cas microscopique cependant, la situation est
différente. L’agitation thermique empêche d’atteindre
une position fixe (les molécules d’un liquide sont en con-
stant mouvement). En reprenant le cas de deux dipôles,
on imagine que les molécules de solvant environnant les
dipôles, par leurs chocs répétés, font tourner les dipôles
librement. Dans ce cas, on utilise une représentation
statistique de l’état des deux dipôles. La physique statis-
tique nous indique que la probabilité p de trouver les
dipôles dans un état décrit par θ1 et θ2 est donnée par
 
1 U (θ1 , θ2 )
p(θ1 , θ2 ) = exp − , avec Ex et Ey les composantes suivant x et y du
Z kB T
avec Z une constante de normalisation et kB =
1.38 10−23 J K−1 la constante de Boltzmann. Cette
29
représentation statistique est pertinente lorsque l’énergie
d’interaction U est du même ordre de grandeur que
l’énergie thermique kB T .
Sachant que la somme des probabilités sur tous les angles
possibles est égale à 1, c’est-à-dire
X
p(θ1 , θ2 ) = 1 ,
θ1 ,θ2
(ce qui permet de calculer Z) et en ne considérant que les
angles 0, π/2, π, et 3π/2 comme dans l’exercice 1, donner
la probabilité de chaque configuration d’angles. En déduire
la moyenne de l’énergie d’interaction. Trouver la valeur
approchée de l’énergie moyenne quand U0  kB T . (On
posera x = U0 /kB T avec U0 défini dans l’exercice 1, et on
supposera x  1)
4. Terme de Keesom
Dans les forces de van der Waals, le terme de Keesom
résulte de l’interaction de deux molécules polaires en libre
rotation. Le potentiel d’interaction se calcule de manière
analogue à l’exercice 3, en considérant que tous les an-
gles des dipôles sont permis et que le mouvement se fait
dans les trois dimensions. On trouve alors une énergie
moyenne
2 u21 u22
U (r) = − .
3 (4πε0 r3 )2 kT
On constate que ce terme décroı̂t en 1/r6 .
5. Terme de Debye
Lorsque une molécule polarisable est soumise au champ
électrique E d’une molécule polaire, elle présente un mo-
ment dipolaire induit uind. = αE. Le terme de Debye
résulte de l’interaction entre le dipôle induit et le dipôle
permanent.
a. Exercice 3:
On donne l’expression du champ électrique du dipôle de
la molécule 1 au niveau de la molécule 2
u1 cos θ1 u1 sin θ1
Ex = 2 , Ey = − ,
4π0 r3 4π0 r3
champ (voir la figure précédente). En déduire l’énergie
d’interaction d’un dipôle fixe et d’un dipôle induit en fonc-
tion de θ1 et α.

Lorsque l’on moyenne l’expression obtenue dans
l’exercice 3 sur tous les angles θ1 possibles, on obtient
l’expression du terme de Debye des forces de van der
Waals.
u21 α
U (r) = −
(4π0 r3 )2
On constate que ce terme varie également en 1/r6 .
6. Terme de London
Le terme de London des forces de van der Waals a
une origine quantique. Il exprime l’interaction entre
deux molécules apolaires mais polarisables. On peut s’en
faire une idée en considérant qu’une molécule apolaire
possède un moment dipolaire moyen nul mais que, du
fait des fluctuations quantiques du nuage électronique,
elle possède un moment dipolaire instantané non nul.
Si la molécule 1 possède un moment dipolaire instan-
tané et que la molécule 2 est polarisable, on retrouve
un cas similaire à l’interaction molécule polaire/molécule
polarisable. L’expression du terme de London est
3 α1 α2 I1 I2
U (r) = − , Hooke de l’élasticité (Rappel: la tension f d’un
3 2
2 (4πε0 r ) I1 + I2
avec α1 et α2 les polarisabilités des molécules 1 et 2 et
I1 , I2 l’énergie d’ionisation des molécules.
7. Forces de van der Waals
Les forces de van der Waals se composent de la somme
des termes de Keesom, Debye et London. En général
et contrairement à l’intuition, le terme de London est
prépondérant. Le tableau suivant donne une mesure
de l’importance de chacun des termes pour quelques
molécules courantes. On voit que l’eau est un liquide
extraordinaire.
APPENDIX C: TD3: Flexibilité de Macromolécules
On étudie les caractéristiques géométriques des macro-
molécules. On introduit le modèle aléatoire de Gauss
pour une chaı̂ne souple, et un autre modèle pour car-
actériser la flexion des chaı̂nes semi-rigides.
1. Questions
a. Stabilité de l’ADN
1. Expliquez la stabilité de la double hélice de l’ADN
en utilisant des arguments sur les interactions
faibles (rôle des liaisons hydrogène, rôle des charges
négatives des groupes phosphates).
30
2. Si l’on augmente la température l’ADN passe de
son état natif vers un état dénaturé, dans lequel
les doubles brins des hélices sont rompus. Mon-
trez, à l’aide d’un dessin, le comportement de la
taille d’un segment de la molécule en fonction de la
température.
3. Le processus de renaturation de l’ADN est un pro-
cessus cinétique d’ordre deux, dont la constante de
vitesse est k2 . La vitesse de diminution de c est
proportionnelle au carré de la concentration c des
brins simples. Calculez c = c(t) en sachant que
c(0) = c0 et faites un graphe de c(t)/c0 . (Aide:
dx/x2 = −1/x).
R
b. Polymère idéal, chaı̂ne de Gauss
1. L’énergie libre d’un polymère de Gauss est
3R2
F (R)/kB T = .
2a2 N
Discutez la relation force-extension f (R) =
dF/dR = −fex (fex est la force extérieure qui main-
tient la chaı̂ne étirée) en la comparant à la loi de
ressort soumis à une force fex est proportionnelle
à son extension x f = −fex = kx, où k est la con-
stante du ressort, loi de Hooke).
2. La longueur caractéristique d’une chaı̂ne de Gauss
est proportionnelle à la racine du nombre de
monomères R0 ∼ N 1/2 . Cette loi néglige les ef-
fets de volume exclu, une chaı̂ne de Gauss peut
se recouper elle même, ce qui est impossible. Si
l’on tient compte des interactions de répulsion des
monomères quand ils sont très proches, l’énergie
libre dévient:
3R2 BN 2
F (R)/kB T = +
2a2 N R3
où B est le coefficient qui décrit la répulsion en-
tre monomères. Démontrez qu’à l’état d’équilibre
(minimum de l’énergie libre), la longueur de la
chaı̂ne est proportionnelle à
R ∼ N 3/5 .
Discutez le résultat (vous pouvez supposer que
B/a3 ≈ 1).
2. Géométrie d’une macromolécule
On considère une macromolécule comme étant une
suite de N segments (atomes de carbone dans
un polymère, acides aminés d’une protéine, ou les
nucléotides des acides nucléiques). Ces segments,
numérotés par i = 1, . . . , N , comme dans la figure sont
 31

repérés par une suite de vecteurs Ii , de telle sorte que la Une amélioration possible du modèle de Gauss est de
distance entre les deux extrémités de la macromolécule donner une probabilité nulle aux intersections, pour ne
est garder que les conformations pour lesquelles la macro-
molécule se “auto-évite”.
N
X
R= Ii . (C1)
i=1 4. Flexion des macromolécules
On suppose que longueur a de tous les segments est iden-
tique (on a par définition a2 = Ii · Ii ). Pour beaucoup de macromolécules les angles θ et φ
ne peuvent pas prendre toutes les orientations mais sont
confinés à des intervalles plus ou moins étroits selon la
a. Exercice 1: nature de liaisons de valence. L’angle θ décrit le cône
de valence autour de l’axe du segment, et on peut le
Si l’on suppose pour simplifier, que la molécule est con- considérer comme étant fixe. L’angle φ donne la rotation
tenue dans un plan, montrer que le carré de la distance R2 du segment par rapport au précédent dans ce cône de
peut s’écrire comme valence, et peut par conséquent prendre n’importe quelle
valeur dans l’intervalle [0, 2π].
X X
|R|2 = N a2 + 2a2 Ii · Ij = N a2 + 2a2 cos(φi − φj ) ,
i<j i<j
a. Exercice 3:
(C2)
où φi est l’angle polaire du segment i.
Dans le cas général d’une molécule dans l’espace à On considère une macromolécule dont l’angle de valence
trois dimensions on introduit les coordonnées sphériques θ est le même pour tous les monomères. Si on appelle
I = (a, θ, φ), où la pair d’angles (θ, φ) décrit toutes les x = cos θ, montrer que la projection R de R sur la direction
orientations du vecteur I dans l’espace. Dans ce cas, la de la droite qui joigne le premier avec le dernier segment est:
distance bout à bout de la chaı̂ne s’écrit:
X 1 − xN
|R|2 = N a2 +2a2

cos θi cos θj +cos(φi −φj ) sin θi sin θj , R=a . (C5)
1−x
i<j
(C3) (On choisit θ0 = 0 dans cette même direction.) R
le cas plan se retrouve en posant θ = π/2. représente la moyenne statistique de la longueur bout à bout
du polymère.
On s’intéresse à la limite où θ est petit et le nombre
3. La chaı̂ne aléatoire de segments N est grand (limite continue). La longueur
totale de la macromolécule L = N a reste finie, c’est-à-
Le modèle le plus simple de la conformation d’une dire que dans cette limite on doit avoir a ≈ L/N → 0.
macromolécule est de considérer que chaque segment La longueur de persistance Lp définie par:
dans la chaı̂ne possède une orientation aléatoire. Ce
modèle décrit, comme une première approximation, l’état 2a
Lp = lim
initial d’une protéine avant son repliement, ou l’état N →∞ θ2
dénaturé des brins d’ADN.
est finie√ pourvu que θ2 ≈ 2a/Lp ≈ 2L/N Lp , et donc
θ ∼ 1/ N . Dans cette approximation on suppose une
a. Exercice 2: courbure continue et constante de la macromolécule.
p
Montrer que la taille typique, définie par R0 ≡ h|R|2 i,
d’une chaı̂ne polymère dont les orientations de différents b. Exercice 4:
monomères sont indépendantes et aléatoires est:
Montrer que l’on peut remplacer xN ≈ (1 − θ2 /2)N par
R0 = aN 1/2 , (C4) exp(−N θ2 /2). Montrer ensuite que dans cette approxima-
tion, la longueur moyenne de la chaı̂ne est donnée par
où les crochets h· · · i représentent une moyenne sur toutes
hRi = Lp 1 − e−L/Lp .


les orientations possibles. (C6)
Le modèle aléatoire ou de Gauss décrit donc les
chaı̂nes souples où chaque monomère peut tourner libre- Étudier les limites L  Lp et L  Lp .
ment. Une limitation évidente de ce modèle est qu’il On peut vérifier que le résultat de l’exercise C.4.b peut
n’empêche pas les intersections: la chaı̂ne polymère peut, être facilement obtenu si l’on introduit la longueur de
en principe, se couper elle même. Cette limitation vient persistence comme étant la longueur de décorrélation des
du fait d’avoir négligé les interactions entre monomères. angles. Soit s = |k − i|a la distance le long de la chaine
 32

entre deux monomères i et k, et θ(s) l’angle entre ces ADN - double hélice
deux monomères, on définit la longueur de persistence
comme

hcos θ(s)i = e−s/Lp .

Ce qui signifie que hcos θ(s0 ) cos θ(s1 )i =

hcos θ(s0 )ihcos θ(s1 )i. La longueur du polymère est
RL
R = (1/a) 0 dsI(s); ce qui conduit pour la longueur
bout à bout de la chaı̂ne à la formule:
Z L
dse−s/Lp = Lp 1 − e−L/Lp .


hRi =
0

Résultat identique à celui de l’exercise C.4.b. De ADN - brins déroulés

la même façon on peut calculer la variance R02 =
RL RL 0
0
ds 0 ds hI(s)I(s0 )i.
FIG. 24 Schéma montrant la transconformation de l’ADN. Le
processus de rupture et séparation de deux brins de la double
hélice est indispensable aux fonctions de transcription de l’ADN.
c. Exercice 5:

Montrer que la moyenne du carré de la longueur R est 1. Questions

 
2 2 Lp −L/Lp


R0 = h|R| i = 2LLp 1 − 1−e . (C7) 1. La taille d’un nucléotide (base de l’ADN) est
L d’environ 0.35 nm. Considérez deux brins d’ADN
de 200 et 2000 bases. Calculez leur longueur en
Étudier les limites L  Lp et L  Lp . supposant que la chaı̂ne est gaussienne.

2. Supposez maintenant que la chaı̂ne est caractérisée

Formules utiles par une longueur de persistance Lp de 150 bases.
Calculez à nouveau les longueurs et comparez-les
L’exponentielle comme limite d’un produit: aux précédentes. Que remarquez vous?

lim (1 − x/N )N = e−x . 3. Faı̂tes une estimation des effets de volume exclu
N →∞
sur la longueur de l’ADN (N = 200, 2000). Posez
Série géométrique: B = (1.3a)3 .

N −1 4. Comment feriez vous pour tenir compte à la fois

X 1 − xN des effets de rigidité (longueur de persistance non
xn = .
n=0
1−x nulle) et des répulsions (volume exclu) sur la
longueur d’une chaı̂ne polymère en bon solvant?
Intégrale de l’exponentielle: Supposez que le nombre de monomères est très
grand. (Aide: comparez d’abord les formules pour
Z L
la chaı̂ne gaussienne et pour la chaı̂ne avec L/Lp 
dx(1 − e−x/a ) = a(L/a − 1 + e−L/a ) ,
0 1, afin d’établir un lien entre a – la taille d’un
monomère – et Lp – la longueur de persistance.)
Appliquez votre formule aux cas de la question 1
Z L Z x
(vérifiez auparavant sa validité).
dx dye−(x−y)/a = a2 (L/a − 1 + e−L/a ) .
0 0

2. Probabilités et fonction de partition

APPENDIX D: TD4: Conformation de Macromolécules
On utilise les méthodes de la physique statistique pour
étudier, sur des modèles simples, les changements de con-
formation de biomolécules. On s’intéresse à la formation
de la structure secondaire d’une biomolécule, on con-
sidère spécifiquement la transformation chaı̂ne-hélice des
acides nucléiques.
On considère un biopolymère dont chaque élément
monomère ne peut exister que sous deux états différents:
dans l’état d ou “dénaturé”, le monomère se trouve dans
une chaı̂ne linéaire, et dans l’état h ou “hélice”, le même
élément fait partie d’une structure en hélice. Si tous les
N monomères qui forment la macromolécule sont dans
l’état h, la macromolécule se trouve dans son état de
 33

référence H = hhhhh · · · (N segments); dans le cas où 3. Modèles de changement de structure de biopolymères
tous les monomères sont dans l’état d, la macromolécule
D = ddddd · · · est dénaturée. a. Transconformation en un seul pas
Le passage d’un état à l’autre D ↔ H se caractérise
par la constante d’équilibre chimique K = [H]/[D], elle Un forme possible de passage de l’état chaı̂ne à l’état
représente la probabilité de trouver une macromolécule hélice (ou vice versa) est que celui-ci se déroule spon-
dans l’état H par rapport à la probabilité de la trouver tanément sur tous les éléments de la macromolécule.
dans l’état D:
∆G0
 
K = exp − , (D1) b. Exercice 2:
RT
Considérez une macromolécule formée par N monomères,
où ∆G0 est la variation d’enthalpie libre du passage de
qui passe de l’état D = ddd · · · d (N termes), à l’état H =
D → H. On désigne par s la probabilité de passage d’un
hhh · · · h en un seul pas. Calculez K en fonction de s.
monomère de l’état d à l’état h; s = [h]/[d] peut aussi
Calculez la fraction de molécules θ dans l’état H.
être interprétée comme étant la constante d’équilibre du
passage entre deux états de la macromolécule qui ne
diffèrent que par l’état d’un seul monomère (que l’on
désigne comme un microétat): c. Transconformation aléatoire

∆G0dh
 
On peut imaginer qu’à un moment donné
s = exp − , (D2) n’importe quel monomère peut basculer vers l’état
RT
h, indépendamment des autres, et tous avec la même
où ∆G0dh est la variation d’enthalpie libre de la transition probabilité s. A chaque pas n la fraction de h s’accroı̂t,
d → h. de telle sorte que au pas n on trouve n monomères dans
La transformation de la chaı̂ne en hélice s’effectue l’état h.
généralement en plusieurs étapes, chacune ayant un nom-
bre croissant de monomères h. Le poids statistique ωn
d’un microétat d’équilibre ayant n monomères h est: d. Exercice 3:

n∆G0dh
 
ωn = exp − = sn , (D3) On considère le modèle aléatoire de la transition chaı̂ne-
RT hélice d’une biomolécule de N résidus. Calculez le nombre
d’états différents ayant n monomères h sur les N de la
parce que la somme d’enthalpies libres correspond au macromolécule. Calculez le poids statistique du pas n et la
produit des constantes d’équilibre. Le nombre de mi- fonction de partition. Montrez que la fraction de molécules
croétats avec n segments h et de même énergie, est la en hélice est
“dégénérescence” gn de ce microétat. Le produit gn ωn
donne donc la probabilité pn de l’état à une constante s
θ=
de normalisation près: pn = gn ωn /Z. La constante de 1+s
normalisation Z est la fonction de partition,
N N
n∆G0
X   X
Z= gn exp − =1+ gn sn , (D4)
n=0
RT n=1 e. Transconformation séquentielle

elle est une mesure de la répartition de l’énergie sur Le modèle aléatoire prédit un taux de conversion
les différents états du système. Sa connaissance permet chaı̂ne hélice qui est très loin des valeurs observées.
également de calculer les propriétés thermodynamiques Sa faiblesse réside dans le fait que les transitions ne
du système. s’effectuent pas au hasard, mais plutôt suivant une
séquence. En effet, une fois qu’un monomère se trans-
forme, le changement de son voisin est largement fa-
a. Exercice 1: cilité. Une fois que le premier monomère bascule (étape
de nucléation), il est suivi des autres monomères voisins
Montrer que la fraction θ de monomères dans l’état (étapes de propagation). L’étape de nucléation deman-
d’hélice h, peut s’écrire comme dant d’avantage d’énergie que les étapes de propagation,
on introduit un paramètre de nucléation σ  1, tel que
s ∂Z
Nθ = (D5) σs est la constante de micro-équilibre associée à cette
Z ∂s première transformation. Les pas suivants ont tous la
même constante s.

f. Exercice 4:
Comme dans l’Exercice (D.3.b) on considère une
biomolécule formée par N segments. La transformation
chaı̂ne-hélice se fait en séquence. Calculez la fonction de
partition Z et la fraction en hélice θ.
g. Transconformation collective
Un défaut du modèle précédant c’est qu’il ignore la
dégénérescence des états (les facteurs gn ). En effet la
séquence des h · · · h peut en fait se trouver à n’importe
quel emplacement dans la série de d · · · d, donnant un cer-
tain nombre g de configurations équivalentes. Ce modèle
s’appelle en “fermeture éclair”.
h. Exercice 5:
Calculez comme dans le modèle précédant, Exercice
(D.3.f) la fonction de partition Z et la fraction θ de
monomères qui se trouvent dans l’état h, mais cette fois
en tenant compte que la série des h · · · h peut se trouver
n’importe où dans la séquence des résidus dans l’état d.
Formules Utiles
N N
X X sN +1 − 1
S0 = sn = 1 + sn =
n=0 n=1
s−1
N “chaı̂ne” chaque résidu ne peut prendre que 3 ori-
dS0 X s − (1 + N ) sN +1 + N sN +2
S1 = s = nsn = 2 entations possibles (toutes ayant la même énergie).
ds (s − 1)
n=0
APPENDIX E: TD5: Association et polymérisation des
biomolécules
Étude des états d’équilibre et de la cinétique
des changements de conformation lors des proces-
sus d’interaction et d’association entre molécules.
Polymérisation.
1. Questions
1. La structure d’une macromolécule, sa géométrie,
est déterminée d’abord par les forces qui agis-
sent entre ses atomes, les forces de valence, et en-
suite par le forces d’interaction entre les différentes
molécules (monomères, résidus) qui la constituent.
Un modèle simple de forces de valence est celui
de forces “élastiques”, du type d’interaction entre
34
deux masses reliées par un ressort. La force de va-
lence entre deux atomes de carbone est représentée
par
F = −K(r − r0 ) , (E1)
avec K = 133 103 kJ mol−1 nm−2 , r0 = 0.17 nm.
Calculer et dessiner l’énergie potentielle. Le point
où la force s’annule, est-il un point d’équilibre sta-
ble? L’expression (E1) du potentiel, est-elle val-
able pour tout r, ou est-elle une approximation val-
able pour des distances d’interaction proches de r0 ?
Justifier.
2. Un modèle plus complet de l’interaction de valence
entre deux atomes est celui du potentiel de Morse
U (r) = U0 (1 − e−k(r−r0 ) )2 − U0 . (E2)
Faire le graphe du potentiel de Morse. Montrer
que K = 2U0 k 2 . Calculer 1/k, en sachant que
U0 = 342 kJ/mol. Donner une interprétation des
constantes U0 , r0 , et k.
3. L’entropie d’un système peut se définir à partir
du nombre de configurations microscopiques W
différentes que peut prendre un système, compati-
bles avec son état macroscopique:
S = kB ln W . (E3)
Soit par exemple un système ayant N partic-
ules, chacune pouvant prendre n configurations
différentes. Le nombre d’états possibles est W =
nN , et l’entropie est simplement S = kB N ln n.
On considère un polypeptide hélicoı̈dal formé de
100 résidus. Un changement de conformation vers
un état en chaı̂ne aléatoire se produit. Dans l’état
Calculer la variation d’entropie (par mole) associée
à la transformation
K
helice  chaı̂ne , (E4)
(on suppose que tous les états ont la même
probabilité). Calculer la valeur de la varia-
tion d’enthalpie par résidu nécessaire pour que
le constante d’équilibre de la “réaction” (E4)
soit K = 1. Vérifier qu’elle est de l’ordre de
l’énergie d’interaction de la liaison hydrogène (2–
10 kJ mol −1 ).
2. Association ligand-macromolécule
Le processus de fixation d’un “ligand” sur une macro-
molécule intervient dans de nombreux processus bi-
ologiques et est à la base du mécanisme des enzymes.
Un exemple est l’association d’une molécule d’oxygène
et de la myoglobine.

Le cas le plus simple d’association est celui où la macro-
molécule réceptrice ne possède qu’un site de fixation:
M+L  ML.
Le processus à l’équilibre est caractérisé par une con-
stante d’association K = [M L]/[M ][L].
a. Exercice 1:
Une macromolécule possède n sites équivalents de
réception d’un ligand. L’occupation de sites se fait de façon
indépendante. La concentration du ligand est [L], et la con-
stante d’équilibre K. Montrez que la fraction de molécules
liées θ (0 < θ < 1) est donnée par la formule
K[L]
θ= , (E5)
1 + K[L]
où [L] est la concentration du ligand.
Faire les graphes de θ/[L] en fonction de θ (graphe de
Scatchard) et de ln(θ/(1 − θ)) en fonction de ln[L] (graphe
de Hill).
3. Fixation coopérative
Souvent, dans le cas où la molécule réceptrice
possède plusieurs sites de fixation, l’association d’une
molécule sur un site ne se fait pas indépendamment des
autres sites. En effet, généralement la fixation d’une
molécule (par exemple un O2 sur un de quatre sites de
l’hémoglobine) s’accompagne d’un changement de con-
formation qui modifie les conditions de réception de la
molécule suivante.
a. Exercice 2:
On considère le processus d’association des molécules
d’un ligand de concentration [L] sur une macromolécule
possédant n sites de fixation.
On suppose que seulement deux états de fixation sont pos-
sibles: soit aucun site est occupé, soit tous les sites sont
occupés. La constante d’équilibre d’occupation d’un site
est K.
Montrer que le graphe de Hill est de la forme:
θ Dans la figure 25 on montre la fonction θ = θ(c). On
ln = n ln K + n ln[L] . (E6)
1−θ
Le processus de fixation est coopératif quand la con-
stante d’équilibre est elle même fonction de la fraction de
sites occupés. Par exemple dans le cas de la fixation de
O2 sur l’hémoglobine on devrait avoir n = 4. Cependant,
les mesures expérimentales donnent une courbe (E6) avec
n = 2.8.
35
b. Exercice 3:
On suppose que l’enthalpie libre d’association ∆G dépend
de la fraction de molécules liées θ
∆G = ∆G0 + gθ , (E7)
où ∆G0 c’est la variation d’enthalpie libre du processus non-
coopératif, et g c’est une constante ayant les dimensions
d’une énergie par mole.
Montrer que la courbe de Scatchard possède un maximum
pour θ = 1 + RT /g quand g < 0. Comparer avec la courbe
de Scatchard d’un processus non-coopératif.
4. Polymérisation de macromolécules
Le processus de formation d’une macromolécule tubu-
laire ou filamenteuse par l’association des monomères aux
bouts d’une protéine P peut être décrit par une chaı̂ne de
réactions de polymérisation. A chaque étape un nouveau
monomère M vient s’ajouter. Si la concentration d’un
i-mère PMi est ci , le nombre total de protéines par unité
de volume cT (dans tous les états de polymérisation) est
N
X
cT = ci , (E8)
i=0
où N est le nombre maximum de monomères dans le
polymère. Le degré moyen de polymérisation est défini
par
PN
i ci
N θ = hii = Pi=0
N
, (E9)
i=0 ci
a. Exercice 4:
Soit K la constante d’association d’un monomère
P+M→PM, c0 la concentration de P, et c la concentration
de M. On a donc c1 =[MP]= Kcc0 , c2 =[PM2 ]= (Kc)2 c0 .
Montrer que si le processus de polymérisation se fait par ad-
dition successive de monomères, toujours avec la même con-
stante d’équilibre K, la fraction de protéines polymérisées
est
Kc(1 − (1 + N )(Kc)N + N (Kc)1+N )
Nθ = . (E10)
(1 − Kc)(1 − (Kc)1+N )
voit que pour Kc de l’ordre de 1 la fraction de polymères
augmente brusquement. La concentration c ≈ 1/K est
la concentration critique de polymérisation.
5. Cinétique des phénomènes coopératifs
Quand la fixation d’une molécule “ligand” sur
une enzyme ou macromolécule ayant plusieurs
 36

Nθ (E12) sont

8 dM0
= −ν+ M0 + ν− R0 (E13)
dt
6 dR0
= ν+ M0 − ν− R0 + k− R1 − 2k+ R0 s (E14)
dt
4 dR1
= −k− R1 + 2k+ R0 s + 2k− R2 − k+ R1 s(E15)
dt
2 dR2
= −2k− R2 + k+ R1 s (E16)
dt
ds
0.5 1 1.5 2 2.5 3 = −2k+ R0 s + k− R1 + 2k− R2 − k+ R1 s(E17)
c dt

FIG. 25 Degré de polymérisation en fonction de la concentration

b. Exercice 5:
de monomères. Pour de valeurs de la concentration telles que
Kc ≈ 1, la concentration de polymères augmente jusqu’à la
saturation θ = N (ici N = 10). Montrer que

dM0 dR0 dR1 dR2

+ + + = 0.
sites, s’accompagne d’une modification de l’activité dt dt dt dt
d’association d’autres ligands, on parle d’effet al- Soit M la quantité totale de molécules M (par unité de
lostérique: un changement de conformation se produit volume), la fraction de sites occupés θ (nombre de sites
au moment de la fixation d’un ligand, changement qui occupés sur le nombre total de sites) est
affecte les autre sites de fixation.
R1 + 2R2
θ=
2M
a. Modèle de Monod, Wyman et Changeux
Calculer θ en supposant que toutes les concentrations sont
On considère le cas d’une protéine M ayant 2 sites de à l’équilibre.
fixation, un dimère. Le processus d’association se déroule Si l’on dénote K = k+ /k− la constante d’association, et
suivant deux étapes. Dans la première, la protéine libre L = ν+ /ν− la constante allostérique, montrer que θ peut
change de conformation, pour passer de la forme “raide” s’écrire
M0 à la forme active R0 (on dénote par l’indice le nombre
de sites liées) 1 + Ks
θ = KLs .
1 + L(1 + Ks)2
ν+
Discuter les cas L  1, L  1 et K  1 (avec LK 2 de
M0  R0 , (E11)
l’ordre de un).
ν−

avec ν+ et ν− les constantes de vitesse du changement de

6. Autocatalyse
conformation; M0 et R0 sont les concentrations en nom-
bre de molécules par unité de volume. Dans la deuxième
L’autocatalyse est le processus par lequel la produc-
étape les sites sont fixés selon les réactions:
tion d’un composant chimique X dépend de sa propre
présence:
2k+ s k+ s
R0  R 1  R 2 , (E12) k+
k− 2k− A + X  2X , (E18)
k−
où s est la concentration de ligand, et R1,2 sont les
concentrations de formes actives de la protéine (ou de
avec les constantes k+ et k− . La cinétique de cette
l’enzyme)(R1 contient un ligand et R2 en contient deux);
réaction est
k+ et k− sont les constantes de vitesse de l’association
d’un ligand. Les poids statistiques (les facteurs deux de- dx
vant les constantes de vitesse) tiennent compte du fait = k+ ax − k− x2 , (E19)
dt
que le dimère possède deux sites de fixation.
Les équations de la cinétique de réactions (E11) et avec a et x les concentrations de A et X, respectivement.
 37

a. Exercice 6: 6. Donnez un exemple de polymère hydrophobe. A

On suppose que la concentration a est maintenue con-
stante au cours du temps. Décrire l’évolution de la con-
centration x(t) et montrer qu’elle approche l’état saturé
xS = k+ a/k− .
Aide Solution de l’équation différentielle
dx a mann pourquoi deux molécules polaires s’attirent.
= ax − bx2 , x(t) = , (E20)
dt b + Ae−at
avec A = const. qui dépend de la condition initiale.
On considère la réaction autocatalytique
k+ k
A + X  2X , B + X → C,
k−
avec les concentrations a et b (de A et B) fixes.
b. Exercice 7:
Écrire l’équation de la cinétique de x. Noter que le co-
efficient du terme linéaire en x peut être positif ou négatif.
Discuter les possibles états d’équilibre (où dx/dt = 0).
APPENDIX F: TD 6: Membranes et Transport
1. Questions
1. Classer les énergies d’interaction suivantes selon
leur intensité; donner, pour chaque cas, l’ordre de
grandeur en unités de l’énergie thermique: valence,
van der Waals, charge-dipôle, liaison hydrogène.
2. Expliquer le rôle de chaque terme et des paramètres
du potentiel de Lennard-Jones. Dans quels cas
peut-il être appliqué?
3. Donner un exemple de molécule polaire et un de
molécule apolaire. Discutez.
4. Quels sont les interactions qui déterminent la struc-
ture secondaire des protéines?
5. Dans le dessin suivant on représente une séquence
d’acides aminés numérotés de 1 à 13:
3 4
1 2
8 7 6 avec σ = 1/N02 .
12 9
13
11 10
Construire le diagramme de contacts. Quelle struc-
ture secondaire identifiez vous?
votre avis, il y a-t-il une relation entre hydropho-
bicité et entropie, ou entre hydrophobicité et sur-
face de contact avec le solvant? Expliquez votre
réponse.
7. Expliquez à l’aide d’un raisonnement en termes
d’énergies d’interaction et distribution de Boltz-
8. Dans une solution colloı̈dale l’interaction entre par-
ticules est de la forme
  
r0 4  r 6 
0
U (r) = U0 3 −2 (F1)
r r
(E21) avec U0 et r0 des constantes positives.
p
(a) Calculer la fonction U (r) en r = 2/3 r0 et
r = r0 . Calculer la dérivée de U (r) et montrer
que la fonction U (r) possède un maximum;
trouver le point r du maximum.
(b) Faire le graphe de la fonction U (r) et mon-
trer les régions d’attraction et de répulsion.
Donner la signification physique des deux
paramètres U0 et r0 .
(c) On pose U0 = 3.6 kJ mol−1 , et E = 3RT /2
l’énergie thermique. Pour quelle température
T0 les deux énergies sont du même ordre?
Quel sera le comportement des particules de
la solution colloı̈dale pour T  T0 et pour
T  T0 ? (R = 8.3 J K−1 mol−1 la constante
des gaz.)
9. On considère une très longue macromolécule,
formée de N résidus. Cette macromolécule, qui
se trouve initialement dans une conformation en
chaı̂ne D, subi un changement de conformation
vers un état en hélice H par la formation des li-
aisons hydrogène, dont la variation d’enthalpie est
de ∆H = −7 kJ mol−1 (par mole de lien formé).
On suppose que la transconformation se fait par pas
successifs indépendants. À chaque pas N0 résidus
(N0  N ) passent de l’état chaı̂ne d à l’état hélice h
simultanément. La constante d’équilibre s associée
au passage d → h d’un monomère est donné par
 
∆G
s = s(T ) = exp − , (F2)
RT
avec ∆G la variation d’enthalpie libre (forma-
tion du lien) et T la température. Chaque pas
5 nécessite en outre d’une étape d’amorçage (étape
de nucléation) dont la constante d’équilibre est σs,
(a) Les étapes de nucléation et de propagation sur
les N0 monomères se font en un seul pas. Cal-
. culer la constante d’équilibre d’un pas: pas-
sage de la conformation ddd · · · d (N0 résidus),
à la conformation hhh · · · h (N0 résidus).
 38

(b) Montrer par un argument simple que la frac- Les bicouches ne sont pas les seules formes
tion de résidus à l’état “hélice” θ = θ(T ) d’organisation des lipides amphiphiles. La structure
(0 ≤ θ ≤ 1), s’écrit qu’ils adoptent en solution aqueuse sont très diverses, on
peut notamment distinguer les formes sphériques (comme
σsN0 les micelles), cylindriques (liposomes), ou en vésicules
θ= . (F3)
1 + σsN0 (bicouches). L’organisation sous une forme particulière
dépend entre autres facteurs, de la géométrie même des
d ∆G


(c) En utilisant (F2) et la formule dT T = molécules.
− ∆H
T 2 , montrer la formule de van t’Hoff

d ln s ∆H a. Exercice 1:
= . (F4)
dT RT 2
Le nombre de molécules dans une structure donnée est
(d) Les mesures expérimentales montrent que la de l’ordre du volume de la structure par rapport au volume
largeur δ en température de la transition est d’une molécule de lipide, v;
donnée par l
 
dθ
δ= = −0.18 K−1 , (F5)
dT θ=1/2

où δ est calculée pour la valeur θ = 1/2. En

prenant le logarithme de (F3), montrer que la
largeur δ satisfait:
   
dθ d ln θ ∆H
δ=
dT θ=1/2
= θ
dT θ=1/2
= N0
4RT 2
. (F6)
(On rappelle que pour une fonction y(x) on a
(1/y)(dy/dx) = d ln y/dx.)
(e) Calculer N0 et σ à partir des valeurs
expérimentales de δ et ∆H (on suppose T =
300 K).
2. Membranes biologiques
Les membranes biologiques sont essentiellement con-
stituées par des lipides amphiphiles (ils possèdent une
tête polaire, hydrophile, et une longue chaı̂ne hydrocar-
bonée, non polaire, hydrophobe). Ceux-ci s’organisent
en bicouches séparant les milieux aqueux intérieur et
extérieur. La structure en bicouche permet de minimiser
les interactions hydrophobes des parties non polaires des
lipides. Des nombreuses protéines viennent s’insérer dans
la bicouche, pour assurer en particulier les transports des
substances à travers la membrane. Dans les conditions
normales de température et pression, ces bicouches li-
pidiques possèdent une grande fluidité, les molécules sont
mobiles et peuvent diffuser latéralement: on peut dire
qu’il s’agit d’un “liquide” à deux dimensions, confiné à
l’interface de deux milieux.
Les mécanismes d’insertion de protéines, ou d’autres
lipides, les processus de fusion ou de division des mem-
branes, sont contrôlés par l’organisation et les propriétés
physiques des bicouches lipidiques: forme de molécules
(principalement les phospholipides), forces d’interaction
avec le solvent (interactions hydrophile ou hydrophobe),
élasticité et propriétés mécaniques.
v a
ou d’une façon équivalente du rapport de l’aire de la struc-
ture à l’aire d’une molécule, a. Si on dénote par l la longueur
du lipide, et par l0 sa longueur dépliée, on doit satisfaire
l < l0 . Calculer le nombre N de molécules et le rapport
l/l0 pour une sphère, un cylindre, et une bicouche plane et
montrer que v/al0 = 1/3, 1/2 et 1, respectivement. Appli-
cation numérique: pour le dodecyl-sulfate, en sachant que
la surface d’une molécule est a ≈ 0.64 nm2 , l ≈ 1.7 nm et
v ≈ 0.35 nm3 , vérifiez que le critère de structure en micelle
est satisfait, et calculez le nombre de molécules.
3. Tension superficielle
On considère un système composé de deux phases
séparées par une interface d’aire a. Le travail dw
nécessaire pour changer la surface a d’une quantité da est
proportionnel à da, le facteur de proportionnalité σ est
la tension superficielle: dw = σda. Si le processus se fait
à température et volume constants la variation d’énergie
libre est simplement dF = σda, donc le minimum de F
correspond à une diminution de l’aire. En conséquence,
sous l’effet de la tension superficielle, la surface d’une in-
terface tend vers un minimum (pour un volume donné)
à l’équilibre thermodynamique.
a. Exercice 2:
En égalant le travail des forces de pression à celui de la
tension superficielle, montrer que la différence de pression
entre l’intérieur p1 et l’extérieur p0 d’une goutte de rayon r
 39

depuis un état de référence de pression p0 à r = ∞ (pres-

sion de l’interface plane), on obtient (en utilisant les in-
dices l et v pour plus de clarté),

p0 Phase 0 ln
pv
p0
=
2vl σ
RT r
, ou pv = p0 e2vl σ/RT r , (F10)

Phase 1 σ qui est parfois appelée équation de Kelvin. Elle montre

que la pression de vapeur à l’équilibre de la goutte de liq-
uide est plus grande que celle d’une interface plane: plus
petite la goutte plus marquée cette différence. L’équilibre
de Kelvin est donc métastable: si la goutte croı̂t sa
r pression de vapeur diminue, et donc elle peut croı̂tre
d’avantage; si au contraire elle diminue, sa pression

p1 de vapeur augmente est donc elle se réduit d’avantage.

En conséquence il existe, pour une pression de vapeur
donnée, une taille critique de goutte à partir de laque-
lle un processus de nucléation sera déclenché, les gouttes
commenceront à croı̂tre jusqu’à occuper tout le volume
disponible.
Pour pouvoir déterminer la nature thermodynamique
du processus de nucléation on peut étudier l’énergie libre
FIG. 26 Bulle sphérique de rayon r d’une phase 1 dans une autre ∆F nécessaire à la création d’une goutte sphérique de
phase 0. L’interface est caractérisée par une tension superficielle rayon r, contenant nl = 4πr3 /3vl moles de liquide:
σ.
4πr3 pv
∆F = − RT ln 0 + 4πr2 σ (F11)
est (voir la figure 26) 3vl p

p1 − p0 = 2σ/r , (F7)
c. Exercice 3:
on suppose que le volume total du système est constant,
ce qui implique dV1 = −dV0 . Même question pour une Déterminer le maximum de ∆F (r), et montrer qu’il cor-
bulle (cavité sphérique) au sein d’un liquide et pour une respond à la relation de Kelvin. Calculer le rayon critique du
bulle dans l’air. Application numérique: tension superficielle germe de nucléation (le rayon pour lequel l’énergie libre est
de l’interface eau–air σ =72.75 mN/m, rayons de la cavité maximale), pour le rapport pv /p0 = 4.2, σ = 70 mN/m et
r =1 et 10−2 µm, calculez la différence de pressions. T = 273 K. (Le volume molaire de l’eau est 18 10−6 m3 .)
La formule (F7) est la loi de Laplace de la tension Un processus de nucléation spontanée se produit quand
superficielle, elle relie le saut de pression à la courbure on augmente lentement la concentration de lipides (à
de l’interface. chaı̂ne unique relativement courte, comme pour les
détergents), au-dessus d’une concentration critique on
observe la formation de micelles: agrégat sphérique des
b. Pression de vapeur et nucléation
molécules, avec les têtes hydrophiles tapissant la surface,
et les chaı̂nes hydrophobes à l’intérieur. L’enthalpie de
L’équation de Laplace avec la condition d’égalité µ1 =
formation des micelles est positive (de l’ordre de 1 à 2 kJ
µ0 des potentiels chimiques des phases 1 et 0, décrit un
par mole de surfactant). On observe simultanément une
état d’équilibre. Une perturbation de cet équilibre satis-
augmentation de l’entropie (de l’ordre de 80 JK−1 ), ceci
fait:
  malgré la condensation des molécule dans une structure
2σ plus ordonnée. Ce phénomène montre que le solvent joue
dp1 − dp0 = d , dµ1 = dµ0 . (F8)
r un rôle important dans la formation des micelles, et est
une caractéristique des interactions hydrophobes.
Si le processus se fait à température constante, en util-
isant la relation de Gibbs-Duhem, on démontre que
v1 dp1 = v0 dp0 (v1 , v0 sont des volumes molaires), d’où d. Exercice 4:
l’on déduit:
 
2σ v0 − v1 v0 − v1 Formation d’un pore circulaire de rayon r sur une mem-
d = dp0 = dp1 . (F9) brane (voir la figure 27). Avant la fusion de deux vésicules
r v1 v0
il est nécessaire qu’un pore apparaisse sur la surface mem-
Si la phase 1 représente un liquide “l” et la phase 0 sa branaire. La formation du pore est accompagnée d’une part,
vapeur “v”, on a v1  v0 ≈ RT /p0 et, après intégration par une diminution de la surface a, et donc de l’énergie

Phase aqueuse
Bicouche
Pore
r
Phase aqueuse
FIG. 27 Formation d’un pore de taille l sur une bicouche li-
pidique.
de surface dw = −σda, elle est d’autre part associée à
la création d’un bord. Si on suppose que la formation du
bord nécessite d’une énergie proportionnelle au périmètre:
dw = f dl est le travail nécessaire pour augmenter le
périmètre l d’une quantité dl, montrer qu’il existe une rayon
critique à partir duquel le rayon du pore a tendance à croı̂tre.
Calculer l’énergie nécessaire à la création du pore.
4. Diffusion et transport passif
• Concentration: c = moles de soluté/volume de so-
lution;
• Fraction molaire: X = moles de soluté/moles de
solution;
• Flux: J = moles/(temps et surface), nombre de
particules qui traversent par unité de temps l’unité
de surface;
• Loi de Fick: le flux de masse est proportionnel au
gradient de concentration, J = −D dc/dx, avec
D = bRT le coefficient de diffusion en unités de
longueur2 /temps, et b la “mobilité” (par mole) des
particules qui diffusent;
• Loi de Darcy: le flux de masse au travers d’un mi-
lieux poreux, ou d’une membrane, est proportion-
nel au gradient de pression, J = −κ dp/dx (κ c’est
la perméabilité hydraulique);
• Pression osmotique: π = RT cS (loi de van’t Hoff),
avec cS la concentration de soluté;
• Flux osmotique: J = −κ d(p − π)/dx; à l’équilibre
hydraulique p = const. on a J = κ dπ/dx;
• Potentiel chimique d’une solution aqueuse: µA i =
µA0
i + RT ln X A
i + π A
vi , pour le soluté i dans le
compartiment A, et avec vi le volume partiel de i.
40
• Flux d’advection d’un électrolyte: J =
−bzF c dψ/dx, avec zF la charge d’une mole
de l’ion dont la concentration est c (F constante
de Faraday);
• Potentiel électrochimique: µ = µ0 + RT ln c/c0 +
zF ψ (c0 c’est une concentration de référence pour
laquelle µ = µ0 )
• Équilibre. Équilibre électro-diffusif de l’espèce i
Ji = 0, où Ji est le flux totalPde i (diffusion plus
advection); électro-neutralité zi F ci = 0;
P
• Quasi-équilibre: Ji = 0; dans le cas du transport
actif les flux J = J D + J P comportent une con-
tribution passive J D (diffusion)
P P et une active J P
(pompes ioniques); si PJi = 0 la pompe ionique
est “électroneutre”, si JiP 6= 0 la pompe ionique
est “électrogène”.
• Flux de pompe ionique: JiP = ±νi αAT P , le flux
d’une pompe dont l’énergie provient de l’hydrolyse
de l’ATP est proportionnel au flux de pompe α:
nombre de moles de molécules d’ATP actives par
unité de temps et de surface; ici le flux sortant est
positif et le flux entrant est négatif, νi est le nombre
de moles de molécules transportées de l’espèce i
(coefficient stœchiométrique).
a. Équilibre dans un champ extérieur
En présence d’un champ de force extérieur (comme la
pesanteur) le potentiel chimique total est la somme du
potentiel chimique de la substance plus l’énergie poten-
tielle du champ extérieur. Par exemple pour une sub-
stance pure en équilibre avec la gravité on a
dµ + M g dz = 0 . (F12)
Ici µ est le potentiel chimique, M est la masse molaire
de la substance, g l’accélération de la gravité et z la co-
ordonnée verticale. La variation du potentiel chimique
total µ + M gz s’annule à l’équilibre. Comme pour une
substance pure on a dµ = vdP (v est le volume molaire,
et P la pression), on obtient:
P = −ρgz + const. , (F13)
où ρ = M/v est la densité, supposée ici une constante.
La constante additive est la pression à z = 0 (la pression
de l’atmosphère, par exemple).
b. Exercice 5:
On considère une solution diluée dans le champ de la pe-
santeur. Comme la pression est une fonction de la hauteur,
la concentration du soluté sera aussi une fonction de la hau-
teur c = c(z). Déterminer la distribution de concentration
 41

FIG. 29 Flux à travers une membrane hémiperméable, effet de

FIG. 28 Équilibre de sédimentation. Initialement (t = 0) la con- la pression osmotique. A t = 0 les deux niveaux coı̈ncident, à
centration des macromolécules en solution est homogène. Sous des temps grands, t → ∞, on atteint un état d’équilibre où une
l’action de la force centrifuge une distribution d’équilibre s’établit différence de hauteur s’établit, due à la pression osmotique.
(t → ∞).

du soluté dans les champ de la pesanteur g. Montrer que

le rapport des concentrations du soluté entre z et z = 0 est
donné par:

M gz
v
− 1− M ρ
c(z) = c(0)e RT , (F14)

où v est le volume partiel molaire du soluté, et M sa masse

molaire, ρ est la densité du solvant.
On constate que la distribution de soluté (F14) dépend
de sa masse M . Mettre donc une solution dans un champ
de forces peut permettre de mesurer la masse du soluté.
Une méthode pratique de séparation de macromolécules
en fonction de leur masse est la sédimentation dans une
centrifugeuse.
FIG. 30 Différence de potentiel ∆ψ et de concentration ∆c
entre deux compartiments séparés par une membrane sélective
aux électrolytes.
c. Exercice 6:

Des macromolécules en solution se trouvent dans un e. Exercice 7:

récipient qu’on fait tourner à une vitesse angulaire ω (voir
la figure 28). On suppose que la vitesse de rotation n’est
Sur la figure 29 on a deux compartiments séparés par
pas assez grande pour produire une nette sédimentation. Il
une membrane hémiperméable. Le compartiment A con-
s’établit donc un équilibre entre le mouvement de diffusion
tient une solution avec une concentration c de soluté; le
des macromolécules et le gradient de pression. Calculer la
compartiment B contient un solvant (de l’eau).
distribution de concentration des macromolécules.

• Déterminer les flux au travers de la membrane dus

d. Transport de solvant
aux gradients de pression et de concentration.

Un système peut être mis hors équilibre par la présence
d’une membrane perméable au solvant mais imperméable
au soluté (membrane hémiperméable). Les différences
de concentration de deux côtés de la membrane vont fa-
voriser le flux du solvant à travers la membrane.
• Établir les conditions d’équilibre en présence de la
gravité et d’une pression extérieure constante (la
pression atmosphérique). Déduire une expression
pour la pression osmotique π. Faire une estimation
numérique de π.

f. Diffusion et perméabilité
On considère deux milieux aqueux séparés par une
membrane, comme par exemple le milieu extracellulaire
B et le cytoplasme A séparés par la membrane M de la
cellule.
Le saut de concentration (ou plus généralement
d’activité) d’un soluté i entre la phase membranaire M
et les phases aqueuses A et B, est caractérisé par un co-
efficient de partage ki = cM i /ci . En supposant que le flux
à travers la membrane d’un soluté i est constant on a
dc ki D A
Ji = −D = (ci − cB
i ) (F15)
dx h
La grandeur Pi = ki D/h, où D est le coefficient de diffu-
sion et h est l’épaisseur de la membrane correspond à la
perméabilité vis à vis du soluté i, elle a la dimension d’une
vitesse. Pour une membrane lipidique elle est d’environ
10−6 pour l’eau et de 10−14 pour l’ion K+ (en m s−1 ).
Plus généralement, à l’équilibre thermodynamique,
en l’absence de flux ou de potentiels électrostatiques,
le passage d’un ion au travers d’une interface, comme
l’interface milieu aqueux-membrane, nécessite d’une cer-
taine énergie. Soit ∆G0i = µ0M i − µ0Ai l’énergie de Gibbs
standard du transfert d’un soluté i de la phase A (solu-
tion aqueuse) vers la phase M (membrane). Le coeffi-
cient de partage ki est défini par ki = exp(−∆G0i /RT ).
Pour un soluté chargé, un ion, il faut aussi tenir compte
du potentiel électrique. En effet, le rapport des activités
d’un ion de charge zi entre les deux phases est en général
donné par
aM A
i /ai = ki exp(−zi F ∆ψ/RT ) , (F16)
où ∆ψ est le potentiel interfacial; on constate qu’en
absence de différence de potentiel entre les phases, le
rapport d’activité est déterminé par le coefficient de
partage. Dans le cas des solutions idéales (diluées)
l’activité se réduit à la concentration aM A M A
i /ai = ci /ci ,
et la différence de potentiel, selon (F16), devient:
RT cM
∆ψ = ψ M − ψ A = − ln i A . (F17)
zF ki ci
Pour le passage entre deux milieux aqueux A et B
au travers d’une membrane, l’application de la formule
(F18) aux deux interfaces AM et BM , donne:
RT cB
∆ψ = ψ B − ψ A = − ln iA , (F18)
zF ci
le potentiel de membrane de Nernst.
g. Relaxation vers l’équilibre
Si la concentration d’un soluté est différente de chaque
côté d’une membrane (perméable à ce soluté), un flux
s’établit jusqu’à ce que la concentration devienne uni-
forme. Le flux J est donné par le nombre n de moles de
42
soluté qui traversent la membrane par unité de temps dt
et par unité d’aire A:
dn
= JA , (F19)
dt
(où l’on suppose que le flux est constant a travers l’aire
A). Le nombre de moles croı̂t si le flux est positif.
On considère un milieux intérieur initialement sans so-
luté: S1 (0) = 0 à temps t = 0 (S1 est la concentration
intérieur du soluté S), et un milieux extérieur assez grand
pour que la concentration de soluté puisse être supposée
constante S0 . Si le flux à travers la membrane est con-
stant on a, à un temps t quelconque, par la loi de Fick:
dS1
J = −D = P (S1 (t) − S0 ) ,
dx
où P est la perméabilité; comme S1 (t) < S0 le flux est
négatif (du moins à temps courts), ce qui signifie qu’il est
dirigé vers le milieux intérieur.
h. Exercice 8:
Montrer que la concentration de soluté dans le milieu
intérieur S1 (t) croı̂t au cours du temps (initialement elle est
nulle) selon la loi
S1 (t) = S0 (1 − e−νt ), ν = AP/V , (F20)
où ν = 1/τ est la constante de temps, et V le volume
total du milieu intérieur. On utilise la relation dn = −VdS1
(expliquer).
L’équation (F20) décrit la relaxation vers l’équilibre
de la concentration de soluté. Cette relaxation est car-
actérisée par le temps τ d’établissement de l’équilibre.
Un mécanisme semblable se présente lorsqu’on a une
réaction chimique A↔B. La concentration B de B évolue
dans le temps selon l’équation
dB
= k1 A − k−1 B , (F21)
dt
où A est la concentration du produit A, et k1,−1 sont ap-
pelées les constantes de vitesse de la réaction (il s’agit ici
des inverses de temps caractéristiques de relaxation). À
l’équilibre la dérivée temporelle devient nulle, et on ob-
tient simplement, que le rapport de concentrations B/A
est détermine par une constante d’équilibre KA = B/A =
k1 /k−1 . Dans le cas un peu plus compliqué d’une réaction
A+B↔C on a pour le produit C = [AB]
dC
= k1 AB − k−1 C . (F22)
dt
La concentration de C croı̂t donc avec le produit des con-
centrations de réactifs AB (constante de vitesse k1 ) et
diminue par recombinaison (constante de vitesse k−1 ),
proportionnellement à sa propre concentration C. À
l’équilibre, en posant la dérivée égale à zéro, on obtient
AB/C = k−1 /k1 = K (K est la constante de dissocia-
tion).
 43

5. Transport d’ions et potentiel de membrane c. Équilibre en présence d’un polyélectrolyte

Si la membrane qui sépare deux électrolytes, comme La membrane cellulaire est bien plus perméable aux
dans la figure 30, laisse passer certains solutés ioniques ions (transport actif) qu’aux macromolécules. Si dans
mais est imperméable à d’autres, une différence de po- le cytoplasme se trouvent des macromolécules chargées
tentiel s’établit entre les deux côtés de la membrane. (polyélectrolytes) des flux de concentration des ions vont
apparaı̂tre. L’état stationnaire qui s’établit est car-
actérisé par un potentiel de membrane et une pression
a. Exercice 9: osmotique. Cet état est l’équilibre de Donnan.
Soit une membrane séparant deux solutions d’un sel
Déduire le potentiel de Nernst à partir de l’équilibre des complètement dissocié, dans le compartiment intérieur
flux électrique et de masse. Faire une estimation numérique se trouve un polyélectrolyte chargé négativement de con-
du potentiel de membrane. centration cP , voir la figure 31. En négligeant les effets
On étudie le potentiel de membrane dû à la différence non idéaux des solutions, l’égalité des potentiels chim-
de concentration d’ions entre le milieu intérieur et le mi- iques d’ions positifs s’écrit:
lieux extérieur. RT cB v+
A
∆ψ+ = ψ+ B
− ψ+ = ln + + π (F23)
F cA
+ F
b. Exercice 10: on a une équation similaire pour les potentiels chimiques
d’ions négatifs; ici v+ est le volume molaire (d’équilibre)
Une membrane possède une perméabilité 50 fois d’ions plus, et π la pression osmotique. En additionnant
supérieure au chlore (−) qu’au sodium (+) (les mobilités les contributions d’ions positifs et négatifs on obtient:
satisfont b− = 50b+ ). Calculer la différence de poten- vπ
tiel si la concentration de sel (complètement dissocié) dans cB B A A
+ c− = c+ c− exp (F24)
le compartiment intérieur est c0 et celle du compartiment RT
extérieur est c1 . (Considérez les flux diffusif et électrique ou v = v− + v+ est le volume d’une mole de sel (à
pour chaque ion et écrivez l’équation de bilan J− = J+ .) l’équilibre). Le facteur exponentiel est souvent de l’ordre
Application numérique: c0 = 150 et c1 = 10 (en mol/m3 ), de l’unité, dans ce cas on a simplement
calculer les potentiels du sodium et du chlore et les comparer
à celui de l’équilibre. Quelle conclusion en tirez vous? cB B A A
+ c− = c+ c− . (F25)
Si à cette condition on ajoute la condition de neutralité
dans chaque compartiment:

+
cB B
+ = c− , cA A
+ = c− + cP (F26)
- + -
on aboutit à l’équation d’équilibre de Donnan,
Na Cl +
- 2
- - cB A A
− = c− (c− + cP ) . (F27)
+
+ - -
+
+ -
+
d. Exercice 11:
P- ( )

+
-
+ -
On considère une membrane qui sépare deux solutions de
- NaCl complètement dissocié. Du côté intérieur A il y a aussi
+

-
un polyélectrolyte chargé négativement, et dont la concen-
+ tration est bien plus grande que celle des ions extracellulaires
+
+
(compartiment B, que nous supposons assez grand pour que
- Na Cl
- la concentration du sel y reste invariable). Faire une estima-
tion numérique des concentrations, à l’état stationnaire, de
Na+ et Cl − , pour cB− = 10
−2
mol et cP = 1 mol. Déduire la
valeur du potentiel électrique du Cl − (on néglige la pression
FIG. 31 Schéma d’une membrane qui sépare deux électrolytes, osmotique).
le milieu intérieur comporte outre le sel dilué une macromolécule
chargée (un polyélectrolyte). Des flux de concentration vont ap-
paraı̂tre jusqu’à l’établissement d’un état stationnaire. L’état e. Exercice 12:
final, l’équilibre de Donnan, est caractérisé par la neutralité
électrique de deux côtés de la membrane, par une pression os- On s’intéresse au transport à travers une membrane en
motique, et enfin par une différence de potentiel électrique.
présence de polyélectrolytes: équilibre de Donnan. La mem-
brane dialysante sépare deux milieux, l’un contient une
 44

protéine, que l’on suppose pour le moment non dissociée, Le flux d’ions à travers la membrane résulte de la
de concentration cP , l’autre de l’eau pure. Quelle est la diffusion, due à la différence de concentrations c entre
pression osmotique? l’extérieur et l’intérieur de la cellule, et du potentiel
électrique ψ, dû à la différence de charge:

f. Exercice 13: dc zF c dψ
J = −D − D . (F28)
dx RT dx
On considère maintenant le cas d’une protéine dis-
Si on suppose que le potentiel varie linéairement dans la
sociée en un polyélectrolyte de charge −ze et de con-
membrane, on obtient:
centration cP , plus des cations de concentration c+ . Le
deuxième compartiment est toujours rempli d’eau pure. On zF ∆ψ


zF ∆ψ cB − cA exp RT
néglige la diffusion du cation parce que, même si la mem- J =P . (F29)
1 − exp zFRT
∆ψ


brane est perméable au cation, cette diffusion créerait une RT
différence de charge entre les deux compartiments, et la
faible différence de potentiel suffirait à annuler les flux Le flux net d’ions est nul à l’état stationnaire, ce qui
transmembranaires. En utilisant la condition de neutralité implique un potentiel de membrane
électrique, calculer la pression osmotique. P B B
RT P c
∆ψ = ln Pi iA iA , (F30)
F i Pi ci
g. Pompes ioniques et transport actif
équation de Goldman.
La diffusion passive ne peut rendre compte du poten-
tiel de membrane et des concentrations d’ions observés
dans les cellules. La faible perméabilité des bicouches li- h. Exercice 14:
pidiques vis à vis des ions est compensée par les pompes
ioniques qui contrôlent (transport actif) les flux d’ions et Une pompe électrogène fait sortir n ions sodium Na+
permettent l’établissement d’un état hors équilibre avec pour chaque ion potassium K+ entrant dans la cellule.
un potentiel électrique (voir la figure 32).
1. Écrire les flux diffusifs J D des ions, dus aux gradients
de concentration et de potentiel. Justifiez.
Milieu intérieur
2. En utilisant le fait que les flux actifs de pompe J P
P P
satisfont JNa = −n JK , montrer que la condition
Protéines (ATPase) d’équilibre (flux total, diffusif et de pompe, nul) im-
D D
plique que les flux diffusifs satisfont n JK + JNa = 0.

3. Remplacer dans la condition d’équilibre l’expression

Membrane des flux diffusifs, et montrer que le potentiel de mem-
brane est
RT nbK ceK + bNa ceNa
ψi − ψe = ln , (F31)
F nbK ciK + bNa ciNa

avec les milieux i intérieur et e extérieur, b les mo-

Lipides bilités, et c les concentrations (pour chaque ion); F
pompe ionique ∆ψ est la constante de Faraday (F = 9.65 104 C mol− 1).
(Note: vous pouvez ramener la condition d’équilibre
à la forme −dψ = (RT /F )du/u, avec u = nbK cK +
bNa cNa , ce qui s’intègre facilement entre l’intérieur et
Milieu extérieur l’extérieur.)

4. Montrer que (F31) peut être approchée par

FIG. 32 Les pompes ioniques contrôlent les transferts d’ions  e
PNa ceNa

à travers la membrane. Les bicouches lipidiques sont très peu i e RT cK
ψ −ψ ≈ ln i + , (F32)
perméables aux ions, c’est la présence de protéines spécialisées F cK nPK ciK
qui permet le passage d’ions (K+ , Na+ , Cl− , protons). Les
pompes électrogènes, c’est-à-dire celles qui entretiennent une si le rapport des perméabilités PNa /nPK  1 (P =
différence de charge, sont à l’origine du potentiel de membrane RT b/h, h l’épaisseur de la membrane) et des concen-
∆ψ. trations ciNa /ciK  1.

5. Calculer le potentiel de membrane pour les rap-
ports des perméabilités et des concentrations suivants:
PNa /nPK = 1/30, ceK /ciK = 0.1, ceNa /ciK = 1. et
ciNa /ciK = 0.1. Comparer le résultat au potentiel de
Nernst du potassium.
6. Que se passe-t-il si brusquement le rapport des
perméabilités devient PNa /nPK = 30, avec les rap-
ports des concentrations demeurant inchangés? Com-
parer le résultat au potentiel de Nernst du sodium.
Discuter.
i. Exercice 15:
Calculer le potentiel de membrane d’une pompe
électrogène de transport de 3 ions Na+ vers le milieu
extérieur et 2 ions K + vers le cytoplasme.
Faire une estimation numérique du rapport des
perméabilités PK /PNa en sachant que le potentiel de mem-
brane est de −0.05 V et en prenant les concentrations:
[Na] B =500 mmol, [Na] A =50 mmol, et [K] B =50 mmol,
[K] A =500 mmol.
6. Transport facilité
Parfois la vitesse de réaction A→B est extrêmement
faible, et donc la production de B est pratiquement im-
possible. Cette impossibilité est liée à l’existence d’une
barrière d’énergie, l’énergie d’activation. Un mécanisme
pour surmonter la barrière d’énergie est le mécanisme de
réaction en présence d’un enzyme. D’une façon similaire
le passage d’un soluté à travers une membrane est impos-
sible par diffusion (transport passif), si la perméabilité
de la membrane à ce soluté est pratiquement nulle.
Toutefois, le transport devient possible si une molécule
spécialisée facilite le transfert à travers la membrane. Ces
molécules, des protéines membranaires, reconnaissent les
solutés et par un changement de conformation accélèrent
leur transfert entre l’extérieur et l’intérieur de la cellule
(transport facilité).
Le transport passif de diffusion satisfait une relation
linéaire entre le flux et la concentration de soluté: J =
J+ − J− = P S1 − P S0 (où on désigne par J+ le flux sor-
tant et J− le flux entrant, et S1 = cint est la concentra-
tion intérieure et S0 = cext la concentration extérieure).
Le flux dû au transport facilité présente un phénomène
de saturation, pour des grandes valeurs de la concentra-
tion il devient pratiquement constant. La loi de variation
du flux avec la concentration est semblable à la loi de
Michaelis de vitesse d’une réaction enzymatique:
J∞ S
J(S) = , (F33)
S + Km
où J∞ et Km sont deux constantes; J∞ représente le flux
de saturation (pour S → ∞, J∞ est l’asymptote de la
courbe J = J(S)), et Km , la constante de transport de
45
Michaelis, est telle que J∞ /Km donne la perméabilité
effective (pour S → 0, J∞ /Km est la pente de la courbe
J = J(S)). Quand Km = S le flux vaux la moitié du flux
maximal J = J∞ /2.
La formule (F33) décrit, en termes de réaction en-
zymatique, la formation du “complexe” ST soluté-
transporteur à partir du soluté S et du transporteur T.
Une fois le complexe formé, un changement de conforma-
tion du transporteur permet de traverser la membrane,
pour enfin donner un produit, le soluté dans le milieux
extérieur. L’ensemble du processus est représenté dans
la figure 33.
FIG. 33 Représentation schématique du transport d’un soluté
S à l’aide d’un transporteur T. Le soluté intérieur (milieu 1) est
à l’équilibre avec le transporteur, qui forme un complexe ST.
Celui-ci se “dissocie,” avec une vitesse k, en la forme extérieur
du transporteur et le soluté sortant vers l’extérieur (milieu 0).
a. Modèle simplifié de transport facilité
On considère un cas simplifié de transport facilité où le
soluté intérieur S et le transporteur T créent un complexe
ST caractérisé par une constante Km = [S][T ]/[ST ]; le
complexe ST passe instantanément de son état de fix-
ation intérieur à son état de fixation extérieur, pour
transférer le soluté vers l’extérieur avec une constante
de vitesse k (comme dans la figure 33). Le processus
peut être représenté comme une réaction enzymatique:
S1 +T↔ST→T+S0 , où S1 est le soluté à l’intérieur et S0
à l’extérieur.
b. Exercice 16:
Montrer que si les hypothèses:
• le transport S1 +T↔ST est à l’équilibre (constante
Km );
• le passage vers l’extérieur ST→T+S0 est irréversible
(constante de vitesse k, constante de vitesse de ‘re-
tour’ nulle),
le flux satisfait l’équation de Michaelis. Donner l’expression
de J∞ et Km en fonction des constantes de vitesse k1 , k−1
et k et de la concentration totale Tt de transporteur.
 46

c. Mécanismes de régulation des enzymes g. Exercice 18:

L’activité d’une enzyme est contrôlée par les “inhibi-
teurs”, des molécules qui, en se fixant sur l’enzyme, mod-
ifient leur capacité à réagir avec le substrat. Cette inhibi-
tion peut être compétitive, quand l’inhibiteur empêche la
fixation du substrat, ou non compétitive, quand il modifie
la vitesse de réaction de l’enzyme.
d. Inhibition compétitive
Une enzyme E réagit avec un substrat S pour donner
un produit P par une réaction du type:
k+ k de vitesse de translocation du site de fixation du trans-
E + S  ES → E + P , (F34)
k−
où k± et k sont les vitesses de réaction; l’inhibiteur I peut
remplacer le substrat et se fixer sur l’enzyme
Comme dans l’Exercice F.6.e précédent, calculer la vitesse
de réaction
Vmax [S]
V = , (F38)
Km (1 + [I]/KI ) + (1 + [I]/KI0 )[S]
et faire le diagramme de deux inverses. Discuter les cas
KI = KI0 et KI 6= KI0 .
h. Formules du flux de transport facilité
Dans le cas général on doit tenir compte de constantes
porteur dans son état libre ou complexé, ainsi que de
la différence qui peut exister entre les constantes de
Michaelis de dissociation du complexe sur les faces in-
ternes et externes de la membrane. La notation est ex-
pliquée sur la figure 34.

ν+
E + I  EI , (F35)
ν−
avec ν± les vitesses de la réaction, mais en ne donnant
pas un produit P.

e. Exercice 17:

On suppose que le complexe ES est à l’équilibre, avec

une constante de dissociation Km ; de même la réaction
d’inhibition est à l’équilibre avec une constante de dis-
sociation KI . Calculer la vitesse de la réaction (F34) FIG. 34 Représentation schématique du transport facilité d’un
V = d[P]/dt = k[ES], en tenant compte de (F35) et soluté S à l’aide d’un transporteur membranaire T entre les mi-
montrer qu’elle dépend de la concentration du substrat [S] lieux intérieur (1) et extérieur (0), responsable de la formation
comme: du complexe ST. Les constantes de vitesse k1 , k2 sont associées
Vmax [S] à la translocation du site de fixation du transporteur dans l’état
V = , (F36) libre, et k3 , k4 dans l’état complexé. La formation du complexe
Km (1 + [I]/KI ) + [S] est décrite par les constantes de dissociation K1 (intérieur) et
avec Vmax = [E]T k, où [E]T est la concentration totale K0 (extérieur). S1 , S0 et Tt sont les concentrations du soluté
d’enzyme. Faire un diagramme, dit de Lineweaver-Burk, intérieur, extérieur et du transporteur, respectivement.
de l’inverse de la vitesse 1/V en fonction de l’inverse de la
concentration de substrat 1/S, et le comparer au diagramme Les flux sortant J+ = J+ (S1 ) et entrant J− = J− (S0 )
de la réaction enzymatique normale (formule de Michaelis). sont donnés par les formules
J 1 S1 J 0 S0
J+ = , J− = , (F39)
f. Inhibition non-compétitive S1 + Km1 S0 + Km0
avec
Quand l’inhibiteur n’est pas très proche du substrat V Tt k3 (k2 K0 + k4 S0 )
spécifique d’une enzyme, il permet la fixation du substrat J1 = ,
sous la forme d’un complexe ESI: A (k2 + k3 )K0 + (k3 + k4 )S0

KI KI0 V Tt k4 (k1 K1 + k3 S1 )
E + I ↔ EI , ES + I ↔ ESI , (F37) J0 = ,
A (k1 + k4 )K0 + (k3 + k4 )S1

où KI et KI0 sont les constantes d’équilibre de dissocia- (k1 + k2 )K0 K1 + (k1 + k4 )K1 S0
Km1 = ,
tion. (k2 + k3 )K0 + (k3 + k4 )S0
 47

(k1 + k2 )K0 K1 + (k2 + k3 )K0 S1 • Combinatoire. Le nombre des permutations de

Km0 =
(k1 + k4 )K1 + (k3 + k4 )S1 n objets est n! = n(n − 1) . . . 1. Le nombre
d’arrangements de N objets en k groupes de n1
Ces équations décrivent le phénomène de saturation objets dans le groupe 1, n2 dans le groupe 2,. . . et
du flux semblable au mécanisme de Michaelis pour nk dans le groupe k est N !/n1 !n2 ! . . . nk ; en par-
les réactions catalysées par enzymes. Les constantes ticulier le nombre d’arrangements de N objets en
caractéristiques qui apparaissent dans l’expression du groupes de n est CNn
= N !/n!(N − n)!.
flux sortant J+ ou entrant J− ne dépendent que des
grandeurs du compartiment d’arrivée (l’extérieur pour • Développement du binôme: (a + b)N =
PN n n N −n
J+ et l’intérieur pour J− ). n=0 CN a b .
• Différentielle d’une fonction de deux variables
f (x, y):
i. Exercice 19:
∂f ∂f
Étudier les flux sortant et entrant d’un soluté transporté df (x, y) = fx dx + fy dy, fx = , fy =
∂x ∂y
par une molécule ayant toutes les constantes de vitesse
égales k = k1 = k2 = k3 = k4 ainsi que les constantes • RFonctions trigonométriques:
R
dx cos x = sin x;
de dissociation K = K1 = K0 . dx sin x = − cos x. Somme d’angles: cos(x + y) =
cos x cos y − sin x sin y, sin(x + y) = sin x cos y +
cos x sin y.
j. Exercice 20:
• Coordonnées polaires. Le point P de coordonnées
Transport facilité d’ATP et d’ADP. L’exportation de polaires (r, φ) a comme coordonnées cartésiennes
l’ATP vers le cytosol et l’importation de l’ADP depuis la (x, y)
matrice mitochondriale se fait par un mécanisme d’échange
x = r cos φ ,
qui suppose k1 = k2 = 0. Déterminer les conditions
dans lesquelles un tel transport est possible. On suppose y = r sin φ .
k = k3 = k4 et K = K1 = K0 .
• Coordonnées sphériques. Un point P dans l’espace
peut se repérer par sa distance r à l’origine, son
Bibliographie orientation φ dans le plan horizontal, et son incli-
naison θ par rapport à la verticale. Les coordonnées
• E. Shechter “Biochimie et biophysique des mem- cartésiennes du point P s’expriment en fonction de
branes” (Dunod, Paris) 2000. ses coordonnées sphériques (r, φ, θ) selon les for-
mules:
• A. G. Volkov, D. W. Deamer, D. L. Tanelian &
x = r cos φ sin θ ,
V. S. Markin “Liquid Interfaces in Chemistry and
Biology” (Wiley, New York) 1998. y = r sin φ sin θ ,
z = r cos θ ,
• M. Thellier & C. Ripoll “Bases Thermodynamiques
de la Biologie Cellulaire” (Masson, Paris) 1992. où les angles appartiennent aux intervalles φ ∈
[0, 2π] et θ ∈ [0, π].
• T. F. Weiss “Cellular Biophysics, Transport” (MIT
Press, Massachusetts) 1996.
APPENDIX H: Cours et ressources sur le web

APPENDIX G: Rappel des mathématiques 1. “The BioBook”. Cours de biologie.

2. Cours Cambridge. Cours de cristallographie ap-
Voici quelques formules utiles. On note x une variable pliquée à l’étude de la structure des protéines.
réelle.
3. “Tutorial” biologie de la cellule, structure des
• Dérivée d’une puissance n: xn → nxn−1 . protéines.

• Intégrale d’uneR puissance: dxxn = xn+1 /(n + 1) 4. Biologie de la cellule.

R
pour n 6= −1; dxx−1 = ln(x).
5. “MIT hypertextbook”.
PN
• Somme des puissances: n=0 xn = (1−xN +1 )/(1− 6. PDB myosine. Base de données de la structure 3D
x) pour x < 1. des protéines. Outils de visualisation en ligne.
 7. Cours de biologie de Kimball. Bibliographie

8. Dynamique moléculaire. Calcul du canal ionique
de transport du potassium.
9. STING. Calcul du diagramme de Ramachandran à
partir des données du Protein Data Bank.
(1) http://gened.emc.maricopa.edu/bio/bio181/BIOBK/BioBookTOC.html
(2) http://perch.cimr.cam.ac.uk/Course/other.html
(3) http://bmbiris.bmb.uga.edu/wampler/tutorial/prot0.html
(4) http://www.cytochemistry.net/Cell-biology/membrane intro.htm
(5) http://esg-www.mit.edu:8001/esgbio/7001main.html
(6) http://www.rcsb.org/pdb/molecules/pdb18 1.html
(7) http://www.ultranet.com/ jkimball/BiologyPages/W/Welcome.html
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[6] Kensal E. van Holde, W. Curtis Johnson, and P. Sing Ho.
Principles of Physical Biochemistry. Prentice Hall, New
Jersey, 1998.

Index

Boltzmann, 8, 9 gaz parfait

distribution, 9 distribution des vitesses, 9
équation d’état, 4
Carnot, 3 expansion adiabatique, 5
cycle, 4, 6 expansion isotherme, 5
chaleur spécifique, 5 fonction de partition, 9
Clapeyron, 4 Gibbs, 6
Clausius, 4 distribution, 9
constantes
Boltzmann, 3 Helmholtz, 6
charge électrique, 3
Faraday, 3 interaction, 10
nombre d’Avogadro, 3 interactions
R des gaz parfaits, 3 charge-dipôle, 13
charge-dipôle mobile, 13
dimensions physiques, 2 Coulomb, 13
dipôles induits, 14
effet dipôles mobiles, 13
hydrophobe, 15 Lennard-Jones, 11
énergie, 4
énergie liaison
d’interaction, 10 hydrogène, 14
loi de conservation, 4 longueur de persistance, 25
énergie libre
Maxwell, 9
Gibbs, 6
moment dipolaire, 13
solutions, 7
induit, 14
Helmholtz, 6
enthalpie, 6 Newton, 3
enthalpie libre, see énergie libre nombre d’états, 8
entropie, 3
formule de Boltzmann, 8 polarisation, 14
loi d’augmentation, 4 constante de polarisabilité, 14
mélange, 8 potentiel chimique, 7
ordre et désordre, 8 standard, 7, 10
pression, 5
fonction d’état, 4
fonction de partition, 9 solutions, 7

48
 49

concentration, 7 unités, 2
diluées, 7 Debye, 3
état d’équilibre, 7 masse atomique, 3
fraction molaire, 7
nombre de moles, 7
potentiel chimique, 7 van der Waals
équation d’état, 4
température, 5 van’t Hoff, 7