Analyse Chromosomique

sur Puce à ADN

 1. Caryotype

 Anomalies chr de nombre

 Anomalies chr de la structure (délétion,
duplication, anneau, isochromosome,
translocation, inversion)

+ Analyse globale de l’ensemble du génome

- Résolution postnatale (5 Mb), prénatale (10 Mb)
 2. Hybridation in situ fluorescente (FISH)

Duplication 15q11q13
Microdélétion 22q11.2
Tel 18p et Tel 18q

Translocation réciproque équilibrée t(7p;18q) t(1q;18p)

 Microremaniements chromosomiques
(délétion, duplication <5 Mb)
 Translocation, inversion
+ Résolution : 100-250 kb
- Analyse ciblée
 3. Biologie moléculaire

 Mutations
• par substitution
• par délétion/insertion d’une ou plusieurs pb
• par expansion

+ Résolution : analyse des gènes

- Analyse ciblée
4. Analyse Chromosomique sur Puce à ADN (ACPA)
analyse pangénomique + résolution des techniques ciblées

Détection de microremaniements chromosomiques

déséquilibrés non visibles sur le caryotype

50 kb
A. Ferrarini
 CGH array
Comparative Genomic Hybridization array / Hybridation Génomique Comparative sur microréseau

 Hybridation
compétitive
 2 cibles : échantillons d’ADN
d’un patient et d’ADN d’un
témoin normal de même sexe
marqués avec des
fluorochromes différents
 une sonde : fragment d’ADN
connu fixé sur le microréseau

 Capture de l’intensité
de fluorescence par un
scanner laser
 Calcul du ratio
d’intensité de
fluorescence
Rouge/Vert par un
logiciel
 Représentation
graphique du ratio :
perte ou gain de
matériel
chromosomique
 Résultats

 Variation du nombre de copies (Copy Number Variation/variant = CNV)

- normal : 2 copies
- délétion : 1 copie (délétion hétérozygote) ou 0 copie (délétion
homozygote)
- amplification : 3 copies (duplication), 4 copies (triplication),…

Signification
Bénin/polymorphique incertaine Pathogène
 Interprétation d’une ACPA

 Database of Genomic Variant de

Toronto (DGV): CNV polymorphique
(CNP)

 Si CNV non connu dans DGV:

 Validation du CNV chez le patient
• FISH
• PCR quantitative

 Faire la preuve de son implication

phénotypique :
• Etude parentale (FISH/qPCR)
• Critères de pathogénicité (Lee et al.,
2007) : caractère de novo, grande
taille, région riche en gènes, délétion
 Limites de l’ACPA
 Difficultés d’interprétation
1. Détection de CNV de signification incertaine
2. Détection de CNV sans rapport avec l’indication:
 gène de prédisposition au cancer (exemple: délétion BRCA1, p53,…)
 remaniements chromosomiques acquis dans le cadre d’hémopathies malignes
(cytogénétique acquise!)
 maladies à révélation tardive (maladie de Charcot-Marie-Tooth,…)
 maladies autosomiques récessives

Lee C, Iafrate J, 2007

Information claire et recueil d’un consentement spécifique +++

  Limites techniques

Ne détecte pas :

 les remaniements de structure équilibrés

 les triploïdies

 les mosaïques faibles (<20%)

 Indications de l’ACPA
 Postnatal :
En remplacement du caryotype:
•Retard psychomoteur syndromique
•Déficience intellectuelle modérée à sévère isolée
•Déficience intellectuelle syndromique
•Autisme déficitaire modéré à sévère
•Épilepsie syndromique
•Syndrome malformatif (≥ 2 malformations congénitales)

Après un caryotype:
•Préciser une anomalie chromosomique vue sur le caryotype
•Remaniement chromosomique apparemment équilibré de novo et phénotype anormal

Pas d’indication en postnatal :

•Autisme déficitaire léger
=>Séquençage panel exome
•Autisme de haut niveau (sans déficience intellectuelle) (Dr B. Gérard/ Dr A. Piton au
•Déficience intellectuelle légère isolée laboratoire de Diagnostic
•Retard de langage isolé Génétique)
•Épilepsie isolée

•Hypotonie isolée
 Prénatal (après la réalisation d’un caryotype):
•≥ 2 malformations congénitales
•Retard de croissance intra-utérin isolé
•Clarté nucale ≥ 3,5 mm
•Préciser une anomalie chromosomique vue sur le caryotype
•Remaniement chromosomique apparemment équilibré de novo et phénotype anormal
Quelle technique détecte quelle
anomalie chr ?

Quelle analyse prescrire?

 Caryotype FISH ACPA

Anomalies chr équilibrées

  

t(7p;18q)

46,XY,t(11q;22q)

 Suspicion de translocation, insertion, inversion

(ex. bilan de FCS, infertilité)
 Caryotype FISH ACPA

Aneuploïdies
  

21

13

47,XY,+21 T21
T18

 Suspicion de trisomie, Σ Turner, Σ Klinefelter

 Caryotype FISH ACPA

Anomalies chr déséquilibrées

de grande taille
  

Délétion 5pter
 Caryotype FISH ACPA

Microremaniements chr
déséquilibrés (<5 Mb)
  

FISH ACPA

Syndromes microdélétionnels bien X X

connus
Σ Wolf-Hirschhorn, Cri-du-Chat, Williams,
Di-George, Prader-Willi/Angelman,
Smith-Magenis

Absence d’orientation clinique X

 Caryotype FISH ACPA Biologie
Moléculaire

Mutations
(ex. mucoviscidose,
   
X-fragile,…)
DUP DUP
hétérodisomie isodisomie

Normal
En pratique
 Consultation (centre hospitalier)
Recueil consentement, information ++++

Prélèvement du patient sur EDTA (vacutainer violet)

Consentement + fiche clinique + ordonnance

Envoi au laboratoire de diagnostic génétique

Acheminement automatique au laboratoire de cytogénétique

ACPA

Résultat normal CNV à contrôler

Prélèvement des parents pour

étude parentale

Résultat pathogène/incertain/ CNV bénin

sans lien avec l’indication résultat à considérer
Consultation conjointe avec un comme normal
généticien possible