Dr.

Fatma ABDELHEDI
MD, PhD
Service de Génétique Médicale, CHU Hédi Chaker, Sfax
Laboratoire de Génétique Moléculaire Humaine, Faculté de Médecine de Sfax

PCEM2
30/09/2022
§ INTRODUCTION-DÉFINITION

§ VARIANTS GÉNIQUES

§ VARIANTS CHROMOSOMIQUES
Génome humain
Génome: (1920 Hans Winkler, Hamburg) ensemble des déterminants héréditaires (gènes) propres à une
espèce donnée.
Génome: ensemble de l'information héréditaire d'un organisme. Cette information est présente en totalité
dans chacune des cellules de l'organisme. Lorsqu'une cellule se divise l'information est copiée et transmise
aux deux cellules filles.

Génome: contient les instructions nécessaires au développement, au fonctionnement, au maintien de

l'intégrité et à la reproduction des cellules et de l'organisme.

1944: l'ADN est le support de l'hérédité

1953: les propriétés de la molécule d'ADN

expliquent la dualité de son rôle:

- instructions fonctionnelles pour l'organisme:

séquence des nucléotides

- reproduction (formation du semblable):

appariement des nucléotides
Projet génome
humain: 1990-2003
- Nb gène était
estimé à 100.000
- Idée sur l’ADN
non codant
 Microlésions Macrolésions
SNV-SNP Anomalies de NOMBRE ou
MUTATIONS de STRUCTURE
Polymorphysme

Variations touchant l’ADN Variations touchant l’ADN non

codant (gènes-1% génome) codant

Avec effet phénotypique Sans effet phénotypique

Maladies monogéniques….. Polymrophysme- diversité….
 VARIANTS
Microlésions
VARIANTS

= Macrolésions
VARIANTS
VARIANTS
§ Le terme « mutation » désigne n’importe quel changement intervenu dans
la séquence de l’ADN, sans préjuger de sa pathogénicité à l’échelle du
gène (MICROLÉSIONS) ou du chromosome (MACROLÉSIONS).

§ Moteur de l’évolution

§ Source de diversité entre individus

§ Maladies monogéniques (SNV délétères)

§ Prédisposition génétiques multifactorielles (SNP)

§ La conséquence de toute mutation dépend de son effet fonctionnel

 Les mutations

Gène Chromosome
Microlésions Macrolésions
Substitutions (SNV-SNP) Anomalies de
insertions nombre ou de
délétions structure (SV)
VARIANTS
 STRUCTURE GÉNOME HUMAIN
VARIATIONS: SNV VS SNP
§ SNV (Single Nucleotide Variant)

→ Toute altération nucléotidique sans implication de fréquence populationnelle

→ Peut avoir un effet délétère ou non (maladies monogéniques/mutations)

§ SNP (Single Nucleotide Polymorphism)

→ Implique qu’un variant est partagé dans la population ( fréquence > 1%)

→ Différences dans notre susceptibilité à la maladie

Base de données HGMD
275716 mutations répertoriées jusqu’à octobre 2020
Base de données HGMD
275716 mutations répertoriées jusqu’à octobre 2020
§ C’est le remplacement d’un nucléotide par un autre nucléotide

§ 70% des mutations

§ Les transitions: remplacement d’une des purines (Adénine ou Guanine) ou d’une

des deux pyrimidines (Cytosine ou Thymine) par l’autre (A →G ou C →T).

§ Les transversions: changement d’une des pyrimidines en l’une des purines, ou le

contraire, d’une des purines en l’une des pyrimidines.

§ plusieurs mécanismes : erreurs de réplication ayant échappé au système de

réparation, erreurs du système de réparation.

§ Mutation synonyme ou
isosémantique
§ le codon muté code pour
le même acide aminé
§ Silencieuse sans
Phénotype
§ Phénotype
§ Effet délétère sur des
séquences régulatrices
ou épissage de l’ARNm
Effet délétère
Phénotype +
Effet délétère
Phénotype +
Effet délétère
Phénotype +
§ SNP (Single Nucleotide Polymorphism)

→ implique qu’un variant est partagé dans la population ( Fréquence > 1%)

→ différences dans notre susceptibilité à la maladie

§ SNV (Single Nucleotide Variant)

→ toute altération nucléotidique sans implication de fréquence populationnelle

→ peut avoir un effet délétère ou non (maladies monogéniques/mutations)

Glissement
Quelles sont les conséquences de ces
mutations sur l’expression du gène?
Sur l’ARNm
Sur la protéine
Effet délétère ou non ?
Phénotype?
§ Les conséquences fonctionnelles des mutations dépendent de leur type et
localisation

§ Sont de deux types:

§ La perte de fonction : Abolition ou absence de la production de la

protéine

§ Cause majoritaire des pathologies RÉCESSIVES

§ Parfois effet dominant si haploinsuffisance (dosage génique)

§ Le gain de fonction : Acquisition d’une nouvelle fonction délétère pour

la cellule

§ Cause majoritaire des pathologies DOMINANTES

 § Sur l’ARNm

§ Sur la protéine
§ Plusieurs arguments

§ Type

§ Localisation

§ Bases de données (ucsc-ensembl)

§ logiciels de prédiction
 Anomalies  chromosomiques  
constitutionnelles  

Anomalies  de  nombre Anomalies  de  structure:  SV  

• Non  disjonction   méiotique   • Cassures  chromosomiques  
• Méiose  féminine   double  brin.  
• Homogènes  ou  en   • Généralement  homogènes
mosaïque • Exceptionnellement   en  
• Déséquilibrés   mosaïque  
• Équilibrées ou  déséquilibrées
NB:   SV : Structural variant
Anomalie  homogène:  toutes  les  cellules  portent  l’anomalie  
Anomalie  en  mosaïque:  n’est  pas  retrouvée  dans  toutes  les  cellules(  retrouvée  uniquement    dans  quelques  
cellules  ou  tissus)  
 Anomalies  chromosomiques  de  nombre
q Anomalies qui affectent le nombre des chromosome et non leur
structure.
q Aneuploïdies: Les plus fréquentes, perte ou gain de quelques
chromosomes,viables±
q 46,XY/XX ± N chromosomes (Exp:T21/ Monosomie X)
q Les anomalies de nombre les plus fréq à la naissance sont les
dysgonosomies (47,XXX….) et les trisomies autosomiques (T21+++)
q Polyploïdies: désignent un nombre anormal de lots haploïdes, non
viables, Fausses couches
q (23,X/Y)× N (Exp: Triploïdie:3n=69 )
 Anomalies  de  nombre
Les  polyploïdies  
qC’est l’accident de fécondation le plus fréquent dans l’espèce humaine

(1 à 3% des ovules fécondés).

qResponsables de la majorité des avortements spontanés du premier

trimestre de la grossesse.

qCertaines grossesses polyploïdes et en particulier chez l’homme les

triploïdies et les tétraploïdies poursuivent leur évolution.

 Les  polyploïdies
Les  triploïdies
q Triploïdie : La cellule triploïde contient trois lots haploïdes de chromosome
(3N=23x3=69 chromosomes).
q Elle résulte de la fusion d’un gamète diploïde avec un gamète normal.
q Deux types de triploïdie:
q Par diandrie, le lot de chromosome surnuméraire est d’origine paternelle
q Par digynie, le lot de chromosome surnuméraire est d’origine maternelle
q phénotypes sévères en prénatal
(ventriculomégalie, RCIU sévère).
Triploidie:69,XXY
 Les  polyploïdies
Les  tétraploidies

q La tétraploïdie: La cellule tétraploïde contient quatre lots haploïdes de

chromosome (4N=23x4=92 chromosomes).
q Reste extrêmement rare à la naissance.
q Donne un syndrome très malformatif non viable à long terme.
q Retard de croissance sévère, une microcéphalie, une dysmorphie faciale et des
malformations congénitales.
q Endomitose: duplication de l’ADN non suivie
de division cellulaire
 Anomalies  de  nombre
Les  aneuploïdies  
q Incluent les trisomies et les monosomies

q Un trisomie correspond à la présence d’un chromosome supplémentaire( N=47)

q Tous les chromosomes peuvent être impliqués mais seulement trois trisomies
autosomiques à l’état homogène sont viables: T21, T13,T18 ++++

q les trisomies des autres autosomes peuvent exister uniquement en mosaïque

q Les gonosomes peuvent être concernés :

q Trisomie X, Le syndrome de Klinefelter

q Monosomie: perte d’un chromosome (N=45)

q La seule monosomie viable et la monosomie X

Trisomie  21  libre  et  homogène

47,XX+21
Trisomie  13  libre  et  homogène
Monosomie  X  (Caryotype  en  bandes  G)

45,X
Syndrome  de  Klinefelter  (Caryotype  en  bandes  G)

47,XXY
Mécanisme  de  formation  des  aneuploïdies  
Homogènes  
Non  disjonction  méiotique  
Prézygotique    
Anomalies  homogènes  
 Aneuploïdies  Homogènes
Origine  parentale  de  la  non  disjonction  méiotique  

v
Collège National des Enseignants et
Praticiens de Génétique Médicale
http://campus.cerimes.fr/genetique

v
 Anomalies  de  nombre
Les  aneuploïdies:  Trisomie  21    
Facteurs favorisants les aneuploïdies

Ø L'âge maternel avancé +++

est le principal facteur
favorisant les non-disjonctions
méiotiques.
Ø Facteurs environnementaux:
exposition au Bisphénol
(exposition de plusieurs
générations)
Antonarakis et al. Nat Rev Dis Primers. 2020
Mécanisme  de  formation  des  aneuploïdies  en  
mosaïque  
 Anomalies  chromosomiques  de  
nombre

Aneuploïdies Polyploïdies
(2N  ± N  chromosomes)   (XN  chromosomes)  

• Trisomie  21
• Triploïdie  
• Trisomie  18
• Tétraploïdie
• Trisomie  13
• Klinefelter,  triple  X..  
• Monosomie  X
 Anomalies  chromosomiques  
constitutionnelles  

Anomalies  de  nombre Anomalies  de  structure:  SV  

• Non  disjonction   méiotique   • Cassures  chromosomiques  
• Méiose  féminine   double  brin.  
• Homogènes  ou  en   • Généralement  homogènes
mosaïque • Exceptionnellement   en  
• Déséquilibrés   mosaïque  
• Équilibrées ou  déséquilibrées
NB:   SV : Structural variant
Anomalie  homogène:  toutes  les  cellules  portent  l’anomalie  
Anomalie  en  mosaïque:  n’est  pas  retrouvée  dans  toutes  les  cellules(  retrouvée  uniquement    dans  quelques  
cellules  ou  tissus)  
§ Réarrangement génomique dont la taille est supérieure à 1kb, incluant les
anomalies de structure équilibrées (BSV) ou déséquilibrées (CNV).

§ Sont le résultat de cassure(s)chromosomique(s) suivis par un ou plusieurs

recollements anormaux.

§ Rôle majeur de l’évolution phylogénique et de la diversité.

§ peuvent avoir des conséquences phénotypiques (pathologie humaine).

§ Peuvent être classés selon plusieurs critères.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbvar/content/overview/
 Anomalies  de  Structure  (SV)

Equilibrées:BSV Déséquilibrées : CNV

(Balanced structural variant ) ( Copy number Variation )

• Inversions • Délétions  
• Translocations  équilibrées • Duplications
•Chromosomes  en  anneau  
 CNV-­Définition  
§ CNVs (Copy Number Variations= Variation de nombre de copies )

§ Sont des séquences dont la taille est supérieure à 1kb

§ Dont le nombre varie par rapport à la diploïdie

§ Il peut s’agir de délétions, de duplications, triplications …

§ ils sont présent dans environ 12-15% du génome humain

§ Perte ou gain au niveau du génome

§ peuvent survenir au cours de la méiose ou la mitose (post zygotique)

Hastings  et  al.,  PLoS Genetics,  2015
 CNV-­Définition  

§ CNVs (Copy Number Variations)

§ sont des séquences dont la taille est supérieure à 1kb

§ Dont le nombre varie par rapport à la diploïdie

§ Il peut s’agir de délétions ou de duplications

§ Ils sont présent dans environ 12-15% du génome humain

§ Perte ou gain au niveau du génome

§ Peuvent survenir au cours de la méiose ou la mitose (post zygotique)

Hastings  et  al.,  PLoS Genetics,  2015
 Anomalies  de  Structure  (SV)

Simples Complexes

• Anomalies  faisant  intervenir   • Anomalies  faisant  intervenir  

un  ou  au  plus  deux  points  de   plus  que  trois  points  de  
cassures. cassures.  
• Les  plus  fréquentes  en   • Ne  sont  pas  fréquentes  en  
constitutionnel.     constitutionnel  mais  plutôt  
en  pathologie  tumorale.
Gatinois et  al.,  2015
 Anomalies  de  Structure  simples  

Impliquant un seul Impliquant deux

chromosome chromosomes
• Les  délétions   • Les  transloc réciproques  
• Les  duplications   • Les  transloc robertsoniennes
• Les  inversions • Les  insertions    
• Le  chromosome  en  anneau
• Les  isochromosomes
 Anomalies  de  Structure  complexes

§ Caractérisés par une très grande complexité

§ Plusieurs classifications , mais aussi plusieurs définitions

§ Basée sur le mode de transmission (héritée ou de novo) (en 1982, Kleczkowska

et al)

§ En fonction du nombre de points de cassure (en1987, Kousseff et al)

§ Classification structurale proposée par Kausch et al. en 1988.
§ Dernière Classification proposée par Madan et al en 2013, basée sur le nombre
de points de cassures par rapport au nombre de chromosomes impliqués (4
types).
Réarrangements  chromosomiques  simples  (RCS)
impliquant  un  seul  chromosome

Anomalies de structure déséquilibrées

Délétion  5p  terminale  (syndrome  du  cri  du  chat)

46,XX,del(5)(p15)
 Réarrangements  chromosomiques  simples  (RCS)
impliquant  un  seul  chromosome

Anomalies de
structure simples
Généralement
équilibrées
inversion  paracentrique :   Inversion  péricentrique:
deux  points  de  cassure  sur  le   deux  points  de  cassure  de  part  et  
même  bras  et  conservation   d’autre  du  centromère:  changement  
de  l’indice  centromérique de l’indice  centromérique
Ségrégation  des  inversions  péricentriques:  Méiose
Ségrégation  des  inversions  paracentriques:  Méiose
Réarrangements  chromosomiques  simples  (RCS)
impliquant  deux  chromosome

Anomalies de structure simples généralement équilibrées

Réarrangements  chromosomiques  simples  (RCS)
impliquant  deux  chromosome

-­ Entre  deux  chromosomes

acrocentriques  non  homologues  le  plus  
souvent
-­ Points  de  cassure  dans  la  région  
péricentromérique et  fusion  des  bras  
longs  (dicentriques 95%  cas)
-­ Perte  des  bras  courts
-­ Perte  apparente  d’un  centromère
-­ Caryotype  à  45  chromosome
46,XY,t(5;;7)
46,XY,t(1;;21)
45,XX,t(14;;22)
45,XX,t(14;;21)
Ségrégation  des    translocations  réciproques    
Ségrégation  des    translocations  réciproques    
Ségrégation  des    translocations  robertsoniennes
Cassures double brin
- Pathologiques
- Physiologiques
 Causes  des  cassures  double  brin  (CDB)

§ CDB Pathologiques:
§ ≈ 10 CDB / j / cell
§ Radiations ionisantes
§ Radicaux libres d’oxygène Nécessité d’un
mécanisme de
§ Erreurs de processus enzymatiques normaux réparation de ces CDB
§ Stress réplicatif ou mécanique
§ CDB Physiologiques
§ Recombinaison méiotiques
§ somatiques des gènes d’IG (recombinaison V(D)J)
Mécanismes  de  réparation  des  CDB

Réparation incorrecte
Réarrangements chromosomiques
 Mécanismes  de  réparation  des  CDB
Réparation  par  recombinaison  homologue

q La  réparation  des  DSB  par  RH  peut  se  faire  par  trois  voies  différentes
q la  conversion  génique,  c’est   à  dire  le  transfert  non  réciproque  d’une  
information  de  séquence
q Le  SSA (Single  Strand  Annealing)  
q le  BIR (Break  Induced  Replication)  
q Ttt du  site  de  cassure  par  l’activité   exonucléasique (extrémités  3’  sortantes)
q Prise  en  charge  :  en  fonction  de  l’origine  de  la  cassure  et  de  sa  localisation.  
 Réparation  par  
recombinaison  
homologue

A. Conversion génique ou
crossing over
B. Le SSA (Single Strand
Annealing) lorsque la
cassure se fait entre deux
séquences répétées.
C. Le BIR( Break Induced
Replication) se fait
lorsqu’une seule extrémité
est disponible.
 Mécanismes  de  réparation  des  CDB
Réparation  par  fusion  des  extrémités  
q NHEJ : Non Homologous End Joining

qMécanisme de réparation en phase G1

q Pa recombinaison illégitime

q Absence de matrice homologue

q Recrutement de plusieurs protéines

au site de cassure : Ku70/80 ,…..

 NHEJ  défaillant  
Anomalies  non  récurrentes,  tel  que  les  translocations  
 NHEJ  défaillant,  Organisation  3D  du  génome  
Anomalies  non  récurrentes,  tel  que  les  translocations  
Choix  du  mécanisme  de  Réparation
Selon  les  étapes  du  cycle  cellulaire  
Réparation  par  recombinaison  homologue  (RH)  mais  
non  allélique  NAHR
Anomalies  récurrentes  
q Présence de low-­copy repeats

(LCR) ou duplicons

q 1 Kb-­400Kb;; 97% d’identité

q Gènes, cluster de gènes,

pseudo-­gènes, séquences rétro-­

virales
q Près de centromères et des
télomères
Les  recombinaisons  homologues  
non  alléliques  (NAHR)
Les  recombinaisons  homologues  
non  alléliques  (NAHR)  
Anomalies  récurrentes  

M  Sasaki et  al.,  Nat  Rev Mol  Cell Biol,  2010-­11:182

 Les  recombinaisons  homologues  
non  alléliques  (NAHR)  
Anomalies  récurrentes  :  syndromes  microdélétionnels
22qter
15qter DS: 22q11.23
AS: 15q11
Applications  
 QCM  1

Parmi les propositions suivantes choisir la (les) réponse(s)

exacte(s) :
Les  anomalies   chromosomiques  constitutionnelles   de  nombre  :
A-­ Peuvent  être  homogènes  ou  en  mosaïque
B-­ Peuvent  être  équilibrées
C-­ Résultent  le  plus  souvent  d'une  anomalie  de  la  ségrégation  
méiotique  
D-­ Sont  favorisées  par  l'âge  paternel  avancé
E-­Englobent  les  aneuploïdies   et  les  polyploïdies
 QCM  2
Parmi  les  propositions  suivantes  une  seule  est  fausse  
L'inversion  chromosomique   :
A-­ Est  une  anomalie  chromosomique   numérique
B-­ Résulte  de  cassure  et  recollement  anormal  sur  un  même  
chromosome  
C-­ Peut  être  péricentrique   ou  paracentrique
D-­ Induit  la  formation  d'une  boucle  d'inversion  lors  de  
l'appariement  méiotique  du  chromosome  inversé  avec  son  
homologue   normal
E-­ est  généralement   équilibrée
 QCM  3
Parmi  les  propositions  suivantes  une  seule  est  fausse,  laquelle :

Les    translocations    chromosomiques  :

A-­ sont  des  anomalies   chromosomiques  de  structure  
B-­ Résultent  de  cassure  et  recollement  anormal  sur  un  même  
chromosome  
C-­ Peuvent  être  réciproques  ou  robertsoniennes
D-­ Peuvent    induire  des  déséquilibres   chromosomiques   au  cours  
de  la  recombinaison   méiotique    
E-­ Peuvent  être  découvertes  dans  le  cadre  d’un  échec  de  
procréation
 QCM  4
Parmi les propositions suivantes choisir la (les) réponse(s)
exacte(s) :
Parmi les anomalies chromosomiques de structure, quelles
sont celles qui correspondent à un déséquilibre du génome :
A-­ Les  inversions  
B-­ Les  duplications
C-­ Les  isochromosomes  
D-­ Les  délétions  
E-­ Les  chromosomes  en  anneau  
 QCM  6

-­Parmi  les  propositions  suivantes  choisir  la  (les)  réponse(s)  

exacte(s) :
La  délétion  chromosomique   :
A-­ Résulte  toujours  d’une  cassure  chromosomique  avec  perte  
du  segment  distal  
B-­ Survient  le  plus  souvent  de  novo  
C-­ Peut  résulter  de  la  malségrégation   d’un  remaniement  
parental  équilibré  
D-­ Nécessite  généralement   une  étude  en  cytogénétique  
moléculaire
 QCM  7

Parmi  les  propositions  suivantes  choisir  la  (les)  réponse(s)  

exacte(s) :
La  translocation  chromosomique   :
A-­ Résulte  de  cassures  et  recollements  anormaux  sur  un  
même  chromosome  
B-­ Peut  être  réciproque  ou  robertsonienne
C-­ Induit  la  formation  d'un  trivalent  ou  d'un  tétravalent  lors  de  
l'appariement  méiotique  
D-­ Les  différents  modes  de  ségrégation   méiotique  induisent  
toujours  la  formation  de  gamètes  déséquilibrés
 QCM  8

Indiquez les réponses exactes concernant les translocations

A.Une translocation chromosomique équilibrée chez un

membre du couple peut conduire à une anomalie
déséquilibrée chez la descendance.
B. Une translocation robertsonienne correspond à la fusion de
deux chromosomes métacentriques
C.Tous les chromosomes peuvent être impliqués dans la
survenue d’une translocation
D.La mise en évidence d’une translocation équilibrée chez un
membre d’un couple peut expliquer l’infertilité de ce couple
E.Aucune de ces propositions n’est exacte
 QCM  9

Indiquez les réponses exactes

A.Une délétion chromosomique correspond à une monosomie

partielle
B.Une délétion interstitielle correspond à la perte d’un fragment
chromosomique intermédiaire
C.Une duplication chromosomique est une anomalie
chromosomique équilibrée qui peut être sans conséquences
phénotypique
D.Un anneau chromosomique résulte de la survenue de deux
cassures sur le même bras chromosomique
E.Un anneau chromosomique est très instable