Chapitre 3 : Energétique et mécanisme d’action du transport bactérien

3-1 Introduction : Les bactéries se multiplient à partir d’aliments, nutriments que l’on met à
leur disposition dans les milieux de culture. Les bactéries savent utiliser beaucoup de nutriments
(ex : sucre, alcool, acide aminé, hydrocarbure, matière minérale). [12]
On classe alors les besoins nutritif en 3 catégories :
-Besoins constitutifs élémentaire : H2O, source de carbone, azote et sels minéraux.
-Besoins énergétique : Lumière, réaction chimique
-Besoins constitutifs spécifique : Facteurs de croissance.
a-Besoins constitutifs élémentaire : Une bactérie est constituée de 95%de C, H, O,N, S, P, K,
Mg, Fe.[12.11] L’ensemble constitue les macroéléments que l’on subdivise en 2, en fonction
de la quantité nécessaire pour le micro-organisme : Eléments majeurs (g/l), pour la synthèse de
glucide, lipide (CHONSP) et éléments mineurs (mg/l) pour l’équilibre physico-chimique des
cellules sous forme de cation, joue un rôle dans la catalyse enzymatique (KCaMgFe).Elles ont
aussi besoin d’autres éléments en très faible quantité, les microéléments, qui jouent un rôle dans
la catalyse enzymatique.[12]
3-1-1 Recherche de nourriture et absorption des nutriments dans la cellule bactérienne ;
Les bactéries doivent être capables de détecter et localiser les nutriments souvent en fable
quantité dans leur environnement. Elles doivent se diriger vers eux (par tactisme), et doivent
transporter ces nutriments dans le cytoplasme bactérien.[12]
-Mobilité et tactisme : Les bactéries se déplacent vers les endroits les plus favorables et
s’éloignent dans des milieux hostiles [13.12]. Pendant leur mouvement, elles vont mesurer des
paramètres environnementaux comme la concentration, ainsi elles se dirigent vers les endroits
concentrés en sucre par exemple par chimiotactisme [13]. D’autres mesurent la concentration
en O2 : aerotactisme, ou encore mesurent la quantité de lumière, c’est le phototactisme [13].
Les bactéries mobiles sont dot »es de tactisme et se déplacent en mesurant en permanence
différents paramètres, jusqu’à trouver un milieu favorable à leurs développement [13.12.11].Au
niveau cellulaire, à la surface des bactéries, il existe des protéines réceptrices, ce sont les
protéines du chimiotactisme. La plus fréquente est la MCP (Methyyle accepting Chemotaxis
Protein).[13.]
3-1-2 Transport des nutriments dans la bactérie : L’absorption des nutriments doit être
selective.Les nutriments doivent traverser la paroi, la membrane cytoplasmique [14.13]. La
paroi bactérienne, composée de peptidoglycane, se laisse traverser facilement par les nutriments
via des ponts (chez les Gram+, pas de problème, chez les Gram-, la couche de LPS permet le
transfert par des porines) [14.13.12].En revanche, la membrane plasmique est une barrière
selective.Du fait de la grande variété des nutriments, les bactéries font appel à différents moyen
de transport. Cette diversité de transport conféré aux bactéries un avantage si l’environnement
change. [14]
3-1-3-Translocation de groupe : Les aliments sont directement assimilés par les bactéries
quand ils sont sous forme simple, par contre ils sont souvent transformés avant absorption
quand ils sont sous forme complexe [14.12]. Des enzymes extracellulaires interviennent pour
faciliter l’absorption, on parle de transport par translocation de groupe ; de nombreux sucres
complexes sont transformés avant absorption, le système de translocation impliqué est le
système phosphotransférase, cet enzyme phosphoryle le sucre pour faciliter son transport. [15]
Exemple :
Glucose+ phosphoenolpyruvate Glucose 6 phosphate+ Pyruvate
R-CH2OH+ ˉOOC-C (CH2)-O-PO3ˉ² R-CH2-O-PO3ˉ² + CH3-CO-COOH

3-2 Transporteurs ABC: Les transporteurs ABC (pour ATP-Binding Cassette) sont présents
dans les trois domaines d’organismes vivants (eubactéries, archéobactéries et eucaryotes et
constituent vraisemblablement la superfamille de protéines la plus vaste. L’analyse du génome
d’Escherichia coli a révélé que les transporteurs ABC constituent la superfamille de protéines
paralogues la plus importante en membres[15.14] .Le séquençage progressif de nouveaux
génomes a permis d’élargir cette observation à d’autres bactéries. Les transporteurs ABC
appartiennent à la famille des nucleotide triphosphate hydrolases (NTPases) à P-loop
(phosphate binding loop, Ils catalysent l’hydrolyse du phosphate γ de l’ATP, avec intervention
dans le site actif d’une molécule d’eau et d’un cofacteur métallique divalent [15.14]. Le
domaine responsable de cette activité catalytique (appelé Nucleotide Binding Domain ou NBD)
est la marque distinctive des protéines ABC, d’où le nom de la superfamille (ABC pour ATP-
Binding Cassette). Il s’agit d’un domaine hautement conservé, constitué typiquement de 200
acides aminés contenant, outre les motifs Walker A et Walker B communs à d’autres ATPases
à P-loop), un motif caractéristique appelé « signature ABC » (séquence consensus LSGGQ).
[16]

Les protéines ABC sont des transporteurs primaires : l’énergie dégagée par la liaison et
l’hydrolyse d’ATP est couplée au transport unidirectionnel de substrats à travers la membrane.
Les transporteurs ABC sont composés typiquement de quatre modules, deux cytoplasmiques et
deux transmembranaires, présents dans des chaînes polypeptidiques individuelles ou fusionnés
au sein de deux voire d’un seul polypeptide multifonctionnel [16.15]. Les domaines
cytoplasmiques correspondent aux NBDs décrits plus haut, responsables de la liaison et de
l’hydrolyse de l’ATP. Les domaines transmembranaires (TMD) constituent le site de liaison et
translocation du substrat. [17]

A partir du noyau minimal de quatre domaines, une grande diversité d’architecture et de

topologie est retrouvée parmi les transporteurs ABC [17]. Deux sous-familles principales sont
distinguées en fonction de la direction du transport : importateurs et exportateurs (l’origine du
système de référence étant le cytoplasme) [17.16]. Les importateurs sont presque exclusivement
présents chez les procaryotes, où ils permettent l’entrée dans la cellule de petites molécules
(ions organiques et inorganiques, oligosaccharides, molécules osmo protectrices, acides aminés
ou oligopeptides) et sont dépendants d’un domaine additionnel (Substrate Binding Protein ou
SBP) qui lie le substrat à l’extérieur de la cellule et l’achemine vers les domaines
transmembranaires. [18]

Les exportateurs sont présents dans tous les organismes (procaryotes et eucaryotes) et catalysent
la translocation à travers la membrane de substrats très différents, tels que lipides,
polysaccharides, antibiotiques, toxines, peptides ou protéines [18]. Certains exportateurs des
bactéries à Gram négatif nécessitent des composants additionnels pour leur fonctionnement,
notamment une protéine dans la membrane externe ainsi qu’une protéine de fusion
membranaire [19]
3-2-1 Couplage entre cycle hydrolytique et cycle de transport
Nombreux détails dans le mécanisme des transporteurs ABC restent controversés à l’heure
actuelle [19]. Concernant le couplage entre hydrolyse d’ATP et translocation de substrat, par
exemple, y a-t-il hydrolyse dans chacun des deux sites de liaison d’ATP lors du cycle de
transport ? La stœchiométrie : quel est le nombre de molécules d’ATP hydrolysés par molécule
de substrat transporté ? Des données biochimiques très contradictoires existent à ce sujet, qui
rapportent des stœchiométries allant de 1 jusqu’à 50 molécules d’ATP hydrolysées par
molécule de substrat transporté. En présence de substrat, des études détaillées réalisées sur la
glycoprotéine-P et sur le transporteur osmorégulé OpuA arrivent quand même de manière
répétée à un rapport de 2 molécules d’ATP hydrolysées par molécule de substrat transporté.[19]

Fig.16 Modèle ATP-switch proposé pour expliquer le cycle de transport/hydrolyse d’un

Transporteur ABC [20]
Quatre étapes ou changements conformationnels sont couplés à (i) la liaison de ligand, (ii) la
liaison d’ATP, (iii) l’hydrolyse d’ATP et (iv) le relargage d’ADP/Pi. La conformation apo du
transporteur correspond à un état de forte affinité pour le ligand et sa liaison entraîne une
augmentation d’affinité des domaines nucléotidiques pour l’ATP [20]. La liaison du nucléotide
induit la fermeture des domaines nucléotidiques, avec réarrangement des domaines
transmembranaires qui basculent dans une conformation de fiable affinité pour le ligand,
ouverte vers l’extérieur. La dimérisation des domaines nucléotidiques entraîne également
l’hydrolyse du nucléotide, et le relargage de Pi et ADP rétablit la conformation apo initiale. La
conformation fermée des domaines nucléotidiques n’est notamment pas stable en présence
d’ADP/Pi et l’affinité du transporteur pour les produits d’hydrolyse est faible. Ce modèle peut
être adapté pour tenir compte des variations entre différents transporteurs. Par exemple, des
trois dernières étapes pourrait être couplée à la translocation de substrat, en fonction du
transporteur et du substrat. L’hydrolyse d’ATP pourrait se faire dans un seul site nucléotidique,
l’autre pouvant garder un nucléotide lié au cours du cycle. [20]
3-3 Sécrétion des protéines
Dans de nombreux cas de bactéries pathogènes à Gram -, des protéines nécessaires à la
virulence sont exportées dans l’environnement. Pour pouvoir traverser la paroi bactérienne, ces
protéines doivent franchir les deux obstacles que sont la membrane interne et externe, toutes
deux hydrophobes et donc imperméables aux composés hydrophiles. Pour ce faire, elles ont
besoin de systèmes de sécrétion. Quatre systèmes de sécrétion de protéines sont actuellement
connus chez les bactéries : les types I à IV. [21]
-Les types I sont responsables de la sécrétion d’enzymes extracellulaires par les bactéries à
Gram- ; comme la sécrétion d’hémolysine α chez E.coli, de l’ade-nylate cyclase chez Bordetella
pertussis, de protéases chez Pseudomonas aeruginosa [21.20]. La sécrétion par des systèmes
de type II met en jeu un système particulier, dit système sec, comprenant différentes protéines
dont une ATPase, une peptidase. Les protéines exportées par ces systèmes possèdent une
séquence d’acides aminés hydrophobes dite ‟séquence signal”, qui est nécessaire à leur
exportation mais sera éliminée par la peptidase dans l’espace priplasmique [21].Ces systèmes
sont responsables de la sécrétion d’enzymes pectiques et de cellulases par Erwinia, d’élastase,
de phospholipase C et d’exotoxine A par Pseudomonas aeruginosa, de pullanase par Klebsiella
oxytoca. [22]
-Les deux types suivants sont utilisés lors de la sécrétion de protéines au cours d’un contact
avec les cellules. Le type III est certainement le mécanisme de sécrétion le plus étudié .Il met
en jeu une vingtaine de protéines, dont beaucoup sont des homologues des composants de la
biosynthèse des flagelles [22]. Ce système permet la sécrétion de protéines responsables de
l’adhérence de la bactérie à la surface cellulaire (E.coli entéropathgnes), de l’entrée de la
bactérie dans les cellules non phagocytaires (Salmonella typhimurum, Shigella ssp. Yersinia
ssp.) ou au contraire de la résistance à la phagocytose par les macrophages, d’induction de
l’apoptose de ceux-ci. L’activité des systèmes de sécrétion de type III est réglée à la fois au
niveau transcriptionnel et post-traductionnel. [23]
-Le dernier système connu est la voie de sécrétion de type IV. Ce système permet la sécrétion
de complexes nucléoprotéiques ou protéiques à travers la membrane des bactéries [23.21] .Les
plus connus jouent un rôle majeur dans l’échange de plasmides au cours de la conjugaison
bactérienne par exemple le système tra chez E. coli. Plus récemment, il a été démontré que ces
systèmes de type IV jouent un rôle important dans la virulence de certaines bactéries. Il est
cependant possible que d’autres systèmes de sécrétion existent chez les bactéries, comme les
systèmes dits « auto transporteurs » de Neisseria gonorrhoeæ ou d’Helicobacter pylori. [23]

Fig.17 La sécrétion de système de type IV par Pseudomonas aeruginosa [23]