21/02/2023 20:05 Aide à l'utilisation de python - Analyses de données et Dataviz - Explorer et visualiser les données d'une dataframe

Visualisations pandas
Explorer et visualiser les données d'une dataframe
python

Utilisation des modules pandas et seaborn en langage

python

L'essentiel de cette page

Explorer les données est une étape préliminair essentielle à toute analyse de données. Les
fonctionnalités plotting du module pandas permettent rapidement d'obtenir un maximum de
graphiques pour s'approprier un jeu de données.

Etape préliminaire : ouvrir un jeu de données pour comprendre les

exemples ci-dessous
import easygui # cf. aide, comment ouvrir une dataframe
import pandas as pd
mydata = pd.read_excel(easygui.fileopenbox()) # On peut remplacer
easygui.fileopenbox() par le nom du fichier.
# Dans les exemples ci-dessous, nous allons ouvrir le tableau suivant :
analyses sanguines.
import matplotlib.pyplot as plt

1- Visualiser l'ensemble des données d'une data.frame sous

forme de heatmap

https://sites.google.com/view/aide-python/graphiques/explorer-et-visualiser-les-données-dune-dataframe?authuser=0#h.p_nFiTgxd-QzdT 1/12
21/02/2023 20:05 Aide à l'utilisation de python - Analyses de données et Dataviz - Explorer et visualiser les données d'une dataframe

# Etape 1 - Centrer les données contenues dans une dataframe mydata

temp = mydata.sub(mydata.mean()) # soustraire la moyenne
# Etape 2 - Réduire les données
temp = temp.div(temp.std()) # diviser par l'écart-type
# Etape 3 - (optionnel) Trier éventuellement les données en fonction
d'une colonne
temp = temp.sort_values(by = 'VGM')
# Etape 4 - (optionnel) Transposer les données pour basculer x et y
temp = temp.T
print(temp)
# Etape 5 - Tracer la heatmap()
import seaborn as sns; sns.set()
sns.heatmap(temp,cmap="viridis")
plt.show()

heatmap de toutes les données d'un tableau

couleur éditée via les palettes cmap
#https://matplotlib.org/examples/color/colormaps_reference.html pour la couleur

2- Afficher une matrice de graphiques pour mettre en relation

toutes les variables

https://sites.google.com/view/aide-python/graphiques/explorer-et-visualiser-les-données-dune-dataframe?authuser=0#h.p_nFiTgxd-QzdT 2/12
21/02/2023 20:05 Aide à l'utilisation de python - Analyses de données et Dataviz - Explorer et visualiser les données d'une dataframe

Visualiser l'ensemble des scatter-plot possibles d'un jeu de données avec la fonction
scatter_matrix :

from pandas.plotting import scatter_matrix

scatter_matrix(mydata.iloc[:,1:7], alpha = 1, figsize = (6, 6), diagonal
= 'kde',color="red")
plt.show() # On voit que les variables discrètes sont éliminées

Voir comment sélectionner les colonnes à croiser dans les scatter_matrix() dans la
rubrique régressions linéaires

3- Utiliser la fonction plot du module pandas.plotting pour réaliser

de nombreux graphiques d'exploration d'une dataframe
https://sites.google.com/view/aide-python/graphiques/explorer-et-visualiser-les-données-dune-dataframe?authuser=0#h.p_nFiTgxd-QzdT 3/12
21/02/2023 20:05 Aide à l'utilisation de python - Analyses de données et Dataviz - Explorer et visualiser les données d'une dataframe

On part du principe que pandas est importé ainsi qu'une dataframe ouverte :
mydata

Une courbe pour chaque variable

# On part du principe que pandas est importé ainsi qu'une dataframe

ouverte : mydata
mydata.plot()
plt.show()

https://sites.google.com/view/aide-python/graphiques/explorer-et-visualiser-les-données-dune-dataframe?authuser=0#h.p_nFiTgxd-QzdT 4/12
21/02/2023 20:05 Aide à l'utilisation de python - Analyses de données et Dataviz - Explorer et visualiser les données d'une dataframe

Une aire pour chaque variable

mydata.plot(kind="area") ; plt.show()

Un histogramme pour chaque variable

https://sites.google.com/view/aide-python/graphiques/explorer-et-visualiser-les-données-dune-dataframe?authuser=0#h.p_nFiTgxd-QzdT 5/12
21/02/2023 20:05 Aide à l'utilisation de python - Analyses de données et Dataviz - Explorer et visualiser les données d'une dataframe

Superposition des histogrammes

mydata.plot(kind='hist',alpha=0.5,bins=20) ; plt.show()

https://sites.google.com/view/aide-python/graphiques/explorer-et-visualiser-les-données-dune-dataframe?authuser=0#h.p_nFiTgxd-QzdT 6/12
21/02/2023 20:05 Aide à l'utilisation de python - Analyses de données et Dataviz - Explorer et visualiser les données d'une dataframe

Un histogramme séparément

mydata.hist(bins=20,color="red") ; plt.show()

https://sites.google.com/view/aide-python/graphiques/explorer-et-visualiser-les-données-dune-dataframe?authuser=0#h.p_nFiTgxd-QzdT 7/12
21/02/2023 20:05 Aide à l'utilisation de python - Analyses de données et Dataviz - Explorer et visualiser les données d'une dataframe

Une boîte à moustaches pour chaque variable

Faire un tel affichage est simple mais pause un problème d'échelle car chaque variable aura la
même échelle y que l'autre.

Remarque : on peut mettre plusieurs variables et proposer plusieurs catégories mais cela
sera vite limitée à cause des problèmes d'échelle.

mydata.plot(kind='box',subplots=True, layout=(2,3)) ; plt.show() #

Exemple 1

https://sites.google.com/view/aide-python/graphiques/explorer-et-visualiser-les-données-dune-dataframe?authuser=0#h.p_nFiTgxd-QzdT 8/12
21/02/2023 20:05 Aide à l'utilisation de python - Analyses de données et Dataviz - Explorer et visualiser les données d'une dataframe

mydata.boxplot(column=["Hématies"], by=["Santé"]) # Exemple 2 - Afficher

une variable en fonction d'une variable de catégories.

https://sites.google.com/view/aide-python/graphiques/explorer-et-visualiser-les-données-dune-dataframe?authuser=0#h.p_nFiTgxd-QzdT 9/12
21/02/2023 20:05 Aide à l'utilisation de python - Analyses de données et Dataviz - Explorer et visualiser les données d'une dataframe

Des diagrammes en bâtons ou diagrammes en barres

mydata.plot(kind="bar")

https://sites.google.com/view/aide-python/graphiques/explorer-et-visualiser-les-données-dune-dataframe?authuser=0#h.p_nFiTgxd-QzdT 10/12
21/02/2023 20:05 Aide à l'utilisation de python - Analyses de données et Dataviz - Explorer et visualiser les données d'une dataframe

Un plot pour les 2 variables de son choix

mydata.plot(kind="scatter", x="VGM" , y="Hématies",

c='Santé',s=100,cmap="viridis")
plt.show()

Dans cet exemple, on donne une variable (numérique) de catégories pour définir la coloration.

Attention : cette variable ne peut être discrète, sinon, il faudra songer à en créer une
avec apply() (suivre le lien).

https://sites.google.com/view/aide-python/graphiques/explorer-et-visualiser-les-données-dune-dataframe?authuser=0#h.p_nFiTgxd-QzdT 11/12
21/02/2023 20:05 Aide à l'utilisation de python - Analyses de données et Dataviz - Explorer et visualiser les données d'une dataframe

Graphique kde plot, lignes de densité, kernel density

mydata.iloc[3:,1:7].plot.kde(subplots=True,figsize=(12,9)) ; plt.show()

Remarque : cette commande sature si le tableaux présente trop de variables.

Pour nettoyer les données manquantes NA avant affichage

La paramètre bw_method=0.1 permet de changer la fenêtre de lissage.

Cela permet de comparer plusieurs variable : le problème est que si c'est variable n'ont pas la même
échelle/amplitude, on ne peut pas voir bien la courbe.

Ex : hématies est écrasé par l'échelle de plaquettes

Aller voir la page : comment gérer les dataframes de pandas

Aide à l'utilisation du langage python - site réalisé par Antoine Massé - ingénieur en biotechnologies -
enseignant PrAg à l'IUT de Bordeaux - Université de Bordeaux - Site de Périgueux - département
Génie Biologique

Commentaire - Problème à signaler - ou dire Merci - Cliquer-ici

https://sites.google.com/view/aide-python/graphiques/explorer-et-visualiser-les-données-dune-dataframe?authuser=0#h.p_nFiTgxd-QzdT 12/12