La microbiologie est la science qui tudie les microorganismes (ou microorganismes).

Les micro-organismes constituent un groupe trs diversifi, ils existent l'tat de cellule isole ou en groupe. Ils sont de petite taille. Comment distinguer les cellules microbiennes des plantes ou des animaux ? Les cellules animales et vgtales sont incapables de vivre l'tat isol dans la nature ; elles sont toujours l'tat multicellulaire. Les virus ne sont pas des micro-organismes car ils ne sont pas autonomes, ils ne peuvent pas se reproduire sans dtourner la machinerie cellulaire d'un autre individu. Portail Microbiologie

Historique

Ds l'Antiquit, on postulait l'existence d'agents infectieux transmissibles invisibles l'il nu. 1546 : Jrme Fracastor impute la transmission des maladies des germes vivants, qu'il appelait " seminaria ". 1677 : Dcouverte des bactries par le microscopiste hollandais Antoine van Leeuwenhoek. 1828 : Christian Gottfried Ehrenberg utilise pour la premire fois le terme bactrie. 1840 : Le pathologiste allemand Jacob Henle propose une " thorie des germes " pour les maladies. 1857-1876 : Louis Pasteur met en vidence les rles des micro-organismes dans la fermentation lactique et alcoolique. Il dveloppe les techniques de pasteurisation et de strilisation lui permettant la mise en place de cultures pures de micro-organismes. La possibilit de culture a permis de dmontrer que la gnration spontane tait une aberration. 1877-1895 : Louis Pasteur dmontre que des maladies sont la consquence de la prsence de ces micro-organismes. Premires recherches systmatiques sur l'origine de certaines maladies, ainsi que la vaccination (connue depuis Edward Jenner pour la variole - maladie virale). 1873-1882 : Robert Koch met en vidence le bacille responsable de la tuberculose (Mycobacterium tuberculosis). Koch a tabli les rgles (toujours

utilises) qui permettent de dmontrer rigoureusement qu'une bactrie donne est l'origine d'une infection. 1884 : Hans Christian Gram dveloppe une technique de coloration qui est la plus utilise dans l'tude et la classification des bactries en deux grands groupes : les bactries Gram positif et celles Gram ngatif. 1912 : Paul Ehrlich dcouvre le premier traitement efficace (driv d'arsenic) contre la syphilis. C'est la premire fois qu'on traite avec un agent chimiothrapeutique une maladie bactrienne. 1917 : Dcouverte des bactriophages par Frederick Twort et Felix d'Herelle. 1928 : Frederick Griffith dcouvre la transformation bactrienne et tablit les fondements de la gntique molculaire. 1929 : Alexander Fleming dcouvre les proprits antibactriennes de la pnicilline produite par Penicillum. L'humanit entre dans l're des antibiotiques. 1944 : Albert Schatz et Selman Waksman dcouvrent un autre antibiotique: la streptomycine qui sera bientt utilise contre la tuberculose. 1960 : Franois Jacob, David Perrin, Carmen Sanchez et Jacques Monod proposent le concept d'opron pour le contrle de l'expression des gnes bactriens. 1977 : Carl Woese tudie l'ARN ribosomal pour dcouvrir une troisime forme de vie, les Archae, distincte gntiquement des bactries et des eucaryotes. 1986 : En utilisant une enzyme de la bactrie Thermus aquaticus, Kary Mullis invente la technologie de PCR (Polymerase Chain Reaction). La technique de PCR est devenue l'outil de base de la biologie molculaire. 1995 : Squenage complet du premier gnome bactrien (Haemophilus influenzae) par Craig Venter et ses collgues du TIGR. La microbiologie entre dans l're de la gnomique.

Classification
L'analyse de la structure interne a permis de dterminer deux groupes de microorganismes : les procaryotes (ou bactries, munis d'un proto-noyau) et les eucaryotes (munis d'un vrai noyau)

procaryotes (groupe polyphyltique comprenant en fait des taxons de rangs distincts) o archaea, archobactries o eubactries eucaryotes (groupe monophyltique ou taxons simples) o algues o champignons o protozoaires

Les deux groupes se sont diffrencis trs tt du point de vue phylogntique.

Caractristiques
Les procaryotes (ou bactries)

Dpourvus de noyau complet, ils appartiennent au moins deux taxons distincts :

Les archobactries ou arches sont un groupe particulier, car il ne comprend essentiellement que des espces anarobies (n'ayant pas besoin d'oxygne, voire souvent ne tolrant pas l'oxygne), vivant dans des environnements extrmes : on parle d'organisme extrmophile. Les environnements extrmes sont la limite des conditions tolres par les cellules biologiques (milieu salin trs acide ou trs alcalin, milieu temprature proche de l'bullition). Les archobactries ne sont pas que des extrmophiles, ce sont aussi des organismes plus communs qui vivent dans des conditions de vie classique comme les marais ou les rumens des ruminants. Il ne faut pas associer systmatiquement archobactries des organismes extrmes mme si on retrouve parmi eux la plupart des extrmophiles. On retrouve les eubactries dans notre quotidien, sol, nourriture... Ce sont les bactries les plus connues. Cependant certaines eubactries sont aussi extrmophiles.

Ces micro-organismes ont des mcanismes pour rsister ces conditions. Autres rgnes La systmatique moderne phylogntique amne reclasser parmi les procaryotes des espces autrefois classes dans le rgne animal, vgtal, ou mme fongique (normalement des espces toutes eucaryotes selon la classification moderne du vivant). De plus, les espces eucaryotes multicellulaires (vgtales comme animales) ne peuvent vivre sans la prsence de certaines bactries dans le milieu intercellulaire ou dans des organes cavitaires: elles participent la synthse (notamment chez les plantes fourragres qui utilisent des bactries de la famille Rhizobium pour la synthse et lassimilation de lazote) ou la dgradation (par exemple pour la digestion) de certains composs organiques et la lutte active contre dautres espces bactriennes ou virales (pathognes cause de leur dveloppement anarchique non symbiotique). De mme la microbiologie sintresse de plus en plus aux " espces " pseudocellulaires (organites) prsentes dans le noyau ou le cytoplasme de tous les eucaryotes et un grand nombre de procaryotes, o ils " vivent " en symbiose parasitaire endogne (endocytose), et permet de penser que leur origine est celle des archobactries ou d'espces encore plus anciennes. Ce mode de colonisation des tres cellulaires eucaryotes ou procaryotes est proche de celle utilise dans un autre domaine du vivant, les virus, toujours classs dans aucun rgne, aujourdhui tudis activement par la virologie moderne, surtout pour les besoins de la mdecine (traitements antiviraux, ou thrapie gnique), mais aussi en botanique et zoologie pour les besoins agricoles (organismes gntiquement modifis). Dans certains cas, des bactries sont utilises comme vecteurs de culture et de transport de ces virus (souvent aussi gntiquement modifis) chargs doprer les modifications gntiques cellulaires.

Ltude fondamentale des procaryotes est essentielle donc pour comprendre lvolution de toutes les autres espces des cinq rgnes classiques et sappuie aussi maintenant sur la recherche plus rcente en virologie et biologie molculaire.

Les eucaryotes
Les eucaryotes ont un systme membranaire interne enfermant des organites (noyau, plaste, mitochondrie...) ; ils prsentent un cytosquelette interne (actine, tubuline) absent chez les procaryotes, qui leur confre une taille souvent plus importante que les procaryotes. On estime que chaque groupe d'eucaryotes a eu un anctre parmi les procaryotes (archobactries ou eubactries), et que les mitochondries (et peut-tre aussi d'autres organites comme les chloroplastes) prsents dans le noyau des eucaryotes actuels ont aussi eu au moins un anctre procaryote distinct qui aurait colonis cette ancienne bactrie pour vivre en symbiose parasitaire (endosymbiose) avec elle et former tous les eucaryotes qui ne peuvent plus vivre sans elles. En effet, on retrouve dans les mitochondries un cytosquelette interne spcifique, une structure membranaire externe complexe, un matriel gntique interne spcifique log dans une zone plasmique appele proto-noyau (dpourvu de membrane mais tout de mme structure), mme si les mitochondries ne peuvent se multiplier seules sans le concours de la cellule hte (les mitochondries auraient perdu leurs facults de reproduction qui ne leur taient plus ncessaires, puisque la cellule hte leur fournit pratiquement tout le matriel ncessaire leur croissance et leur division). Algue Contrairement aux champignons et aux protozoaires, les algues ont des pigments chlorophylliens leur permettant de raliser la photosynthse. Les algues sont prsentes dans le sol, les plantes, l'eau douce et l'eau de mer. Elles sont autotrophes. Champignon Les champignons sont prsents dans le sol, plantes, dbris vgtaux, lichen, parasites de l'homme, des animaux et des plantes. Remarque : une levure, eucaryote unicellulaire, est un champignon. Il existe de nombreuses espces de levures comme Saccharomyces cerevisiae (levure de boulangerie), la famille des Candida (responsables des candidoses), Rhodotorula (parfois retrouve dans la choucroute qu'elle colore en rouge), Schizosaccharomyces, etc. Les champignons sont "absorbotrophes" : ils se nourrissent par absorption. Ils scrtent des enzymes qui digrent des polymres dans le milieu extrieur, ce mcanisme chimique transforme par exemple les glucides en monomres (petites molcules) qui sont ainsi absorbs.

Protozoaire Les protozoaires sont des tres unicellulaires dpourvus de paroi cellulaire (contrairement aux algues). On en trouve dans le sol, l'eau douce, l'eau de mer, mais galement comme parasites de l'homme et des animaux. Les protozoaires se nourrissent par pinocytose et endocytose car ils n'ont pas de paroi cellulaire. Autres rgnes Bien que non classs parmi les microbes, les rgnes vgtaux (avec affinit avec les algues) et animaux (avec affinit avec les protozoaires) sont aussi classs parmi des eucaryotes. Ils ne sont pas classs comme micro-organismes car ils ne vivent pas ni ne se reproduisent ltat unicellulaire.

La taille des micro-organismes

Comme signal au dbut, les micro-organismes sont de trs petite taille (d'o leur nom) :

procaryotes (bactries) : de l'ordre de 0,5 3 m (pour la largeur), pas de limite en longueur ; le pouvoir sparateur de l'il humain est de 100 m (106 m soit 0.1 mm), ces micro-organismes sont donc tous invisibles l'il nu. eucaryotes : trs variable de 2 200 m (pour la largeur), pas de limite en longueur ; certains eucaryotes sont visibles l'il nu (notamment les algues), d'autres ne sont visibles que sous forme d'agrgats (cas des champignons, dont les parois plasmiques mettent des filaments sur une grande longueur relativement leur taille). Tous les eucaryotes ne s'agrgent pas ainsi (notamment les protozoaires, invisibles l'il nu).

Le rapport surface sur volume est directement influenc par la taille : si l'on considre une forme simple telle que la sphre, la surface est proportionnelle au carr de la taille (4r2 si r est le rayon de la sphre), alors que le volume est proportionnel au cube de la taille (4/3r3), le rapport surface/volume est donc inversement proportionnel r (3/r). Ceci conditionne la vitesse laquelle le micro-organisme se nourrit : la nourriture passe travers la membrane plasmique, donc la vitesse d'absorption est proportionnelle la surface, mais la quantit nourrir est proportionnelle au volume. La vitesse laquelle entrent et sortent les nutriments et les dchets est donc inversement proportionnelle la taille. Donc plus la bactrie est petite, plus elle va pouvoir se nourrir grande vitesse. Elle compense sa petite taille par une multiplication trs grande vitesse (taux de croissance trs rapide).

La culture des micro-organismes

Richesse du milieu
Les micro-organismes ont besoin :

D'une source d'nergie. o Pour les chimiotrophes, elle provient de la dgradation de composs chimiques (par exemple du glucose) o Pour les phototrophes, de la lumire. D'une source de carbone o Pour les autotrophes, il suffit de CO2 atmosphrique (carbone minral). o Pour les htrotrophes, elle provient de molcules organiques (CH4, oses...) De macrolments (Ainsi appels en raison de leur concentration dans le milieu de culture) C, H, O, N, S, Na, Mg, P, K

Les lments carbone, azote, phosphore doivent tre prsents aux proportions 100/10/1 pour un milieu correct.

De microlments Cu, Co, Zn, Cl, Fe...

D'une source d'azote D'origine minrale (sel d'ammonium)

De facteurs de croissance Vitamines, acides amins

De dioxygne ou oxygne molculaire Pour les arobies strictes ou d'absence de dioxygne (ou oxygne molculaire) anarobies stricts; pour ces micro-organismes, le peroxyde d'oxygne (H2O2) form par la raction entre l'O2 et l'H2O les empoisonnent, car ils ne possdent pas une catalase dgradant H2O2 l'inverse des individus arobies.

Il existe galement des micro-organismes arobies facultatifs capables de se multiplier en prsence ou en l'absence d'oxygne grce leur capacit utiliser la fermentation et des bactries microarophiles qui ne se dveloppent qu' une certaine pression en dioxygne.

De facteurs physico-chimiques: o Pour le facteur temprature, on distingue trois catgories de microorganismes selon leur optimum de croissance. Les psychrophiles ont leur optimum 15 C, les msophiles 37 C, les thermophiles 65 C. Il faut descendre au-del de -18 C pour arrter toute croissance

microbienne. 3 C il y a peu de risques li aux bactries pathognes (msophiles, donc virulentes la temprature du corps) ou toxinognes, seules quelques bactries vivant ces tempratures peuvent tre dangereuses (listria). Pour le facteur pH, on considre que les bactries prfrent la neutralit except pour les bactries lactiques. Pour les levures et moisissures, le pH optimum est plus acide. (pH=5)

Diversit du milieu de culture

On distingue deux sortes de milieux de culture :

Synthtiques : milieux dont on peut donner la composition chimique complte. Les milieux synthtiques sont utiliss en recherche fondamentale. Empiriques : milieux dont on ne connat que partiellement la composition.

et parmi ces 2 types de milieux, il existe des milieux slectifs (qui vont permettre de slectionner le type de micro-organismes qui pourront s'y multiplier). On peut ainsi choisir de ne laisser se dvelopper qu'un genre de bactrie donn (ex: milieu mFC pour les coliformes fcaux ou glose au sang pour certains pathognes) ou au contraire de favoriser le dveloppement des levures-moisissures en ajoutant un antibiotique au milieu. La temprature laquelle on incubera les milieux inoculs constitue galement un facteur de slection comme mentionn plus haut. Les milieux de culture peuvent contenir des extraits de levure (cellules de levure dshydrates et lyses) qui fournissent une source d'acides amins, de vitamines et d'azote, des extraits de malt apportant une source de carbone, des peptones (protines animales, de poisson, de casine de lait) source d'azote organique qui intresse les individus htrotrophes. Ces milieux sont soit liquides, soit solides. Pour solidifier le milieu on utilise frquemment la glose ou agar-agar, un polymre de sucre tir d'une algue rouge prsentant la proprit de former avec l'eau un gel solide si la temprature est infrieure 60C.

La strilisation
La strilisation est l'opration qui consiste liminer les micro-organismes d'un objet et ce, de manire durable. En microbiologie, le but de la strilisation est d'une part matriser les micro-organismes introduits dans le milieu d'tude, et d'autre part viter la contamination du milieu extrieur et des personnes (voir aussi l'article sur l'hygine). Il existe trois faons pour striliser un milieu de culture. Une destruction par la chaleur, par une mthode de filtration ou par l'emploi de radiation et d'agent chimique (gaz)

La chaleur

On distingue les procds chaleur " sche " ou " humide ".

Figure 1 : Zone de strilit d'un bec Bunsen.

Chaleur sche : o Bec Bunsen : tout l'air qui se trouve dans un globe virtuel de 15 cm de rayon de la flamme d'un bec Bunsen, est pass une fois dans la flamme. Ceci cre une enceinte fictive strile. Les microbiologistes travaillent avec une flamme oxydante qui crpite. o Four Pasteur ou four Poupinel : C'est un four classique utilis 180C pendant 90 minutes au minimum. Chaleur humide : o Autoclave : cette technique consiste faire bouillir de l'eau dans une enceinte close pour augmenter la pression et donc dpasser les 100C d'bullition (principe de l'autocuiseur). Ceci est ralis 121C pendant 15 minutes au minimum.

Cas particuliers : la pasteurisation et tyndallisation Cette technique ne dtruit qu'une partie de la flore bactrienne. Ce n'est, en aucun cas, une technique de strilisation. La tyndallisation est une srie de chauffages brefs des tempratures de 70C intervalles rguliers (3 chauffages d'une heure, 24 h entre 2 chauffages), ceci afin de laisser aux formes rsistantes la possibilit de germer pour les tuer au chauffage suivant. Par exemple, la destruction des germes pathognes du lait se fait par un cycle de 63C pendant 30 minutes suivie de 73C pendant 15 minutes. L'bullition n'est pas une mthode de strilisation. Les formes sporules des bactries rsistent jusqu' 8h30 100C.

La filtration
La filtration est une technique qui consiste faire passer un liquide travers un filtre dont les pores ont un diamtre de 0,2 m ; les micro-organismes sont trop gros pour passer et sont donc retenus par le filtre. Pour forcer ce liquide traverser le filtre on utilise deux solutions:

mise en pression du liquide par l'intermdiaire d'un piston. aspiration du liquide en crant par exemple une enceinte dpressurise de l'autre ct du filtre.

Cette technique est intressante lors d'utilisation de produits thermolabiles (c'est-dire qui ne rsistent pas la chaleur) comme certains acides amins aromatiques, vitamines, hormones de croissance, acides nucliques et une bonne partie des antibiotiques. Cependant les filtres de 0.2 m colmatent vite. On peut contourner ce problme en augmentant la surface du filtre ou en utilisant un procd de filtration tangentielle. Dans certains cas le filtre ayant servi stopper les micro-organismes peut tre dpos sur un milieu de culture solide afin de permettre la multiplication des germes, ceci dans le but de procder leur dnombrement et leur identification.

Radiation et agent chimique

Ces techniques sont utilises par les industries dont l'alimentaire. Elles sont trs pntrantes car les radiations et certains gaz traversent le plastique et tuent les microorganismes. Les rayons ultraviolets ne sont cependant pas une bonne technique de strilisation car ils sont non pntrants, donc ils ne passent pas au travers de matriaux comme le plastique et le verre. De plus certains micro-organismes sont capables de rparer les dommages infligs par les ultraviolets si le produit est clair aprs application de rayons ultraviolets; c'est le phnomne dit "de photo-rparation". On peut dans certains cas utiliser le rayonnement gamma, beaucoup plus pntrant et puissant que les ultraviolets.

Notion de culture pure

Technique des stries
Elle est base sur la notion d'UFC (Unit Formant une Colonie). Chaque unit cellulaire (une cellule, un groupe de cellules ou un morceau d'hyphe) va donner une colonie. Sur un milieu de culture, il y a formation d'un monticule de bactries ou de levures avec une forme particulire (la colonie). La forme de ce monticule est dtermine par l'organisation de la colonie, qui elle-mme est dtermine gntiquement. Les champignons vont, eux, dvelopper un thalle c'est--dire ce que l'on peut par exemple observer sur les confitures ayant "moisi". L'UFC est utilise aussi pour le dnombrement bactrien en utilisant des cultures sur bote partir de tubes prpars par dilutions en cascades de la suspension bactrienne mre. L'observation macroscopique de l'aspect des colonies permet de diffrencier les colonies de bactries contaminantes de celles qu'on cherche isoler.

Technique de suspension dilution

Cette technique sert valuer le nombre de microorganismes qui se trouvent dans un milieu liquide (eau de puits, boissons, eau de piscine...) ou dans un milieu solide (sol, aliments...). Elle peut aussi servir isoler une souche pure partir d'un mlange. Il s'agit simplement d'une suite de dilutions suivie d'un prlvement d'un aliquot qui sera

tal sur un milieu de culture qui pourra tre slectif ou non. Il suffira ensuite de compter le nombre de colonies, et connaissant le volume de l'aliquot (en gnral 1 mL sur une bote), on en dduira la quantit approximative de bactries dans le milieu (on considre qu'1 UFC correspond 1 bactrie).

Identification des bactries

L'identification des bactries se fait suivant une cl dichotomique qui va des caractres les plus vastes aux plus pointus pour aboutir une espce bactrienne donne.

Critres morphologiques
Ltude de la morphologie bactrienne est le premier acte effectu par un laboratoire de diagnostic pour identifier une bactrie. L'observation de la morphologie bactrienne permet une orientation prliminaire du diagnostic. Macroscopique A l'il nu, on peut distinguer les caractristiques d'une colonie:

La forme du relief La taille La couleur L'aspect (collant, filamenteux...) L'odeur La transparence L'allure des contours

Microscopique
Coloration de Gram

Les bactries tant en gnral quasiment transparentes, on commence par prparer un talement sur lame de microscope auquel on applique une coloration de Gram. Les bactries Gram positif apparatront mauves alors que celles Gram ngatif apparatront roses. Il existe d'autres colorations, comme par exemple celle au vert de malachite permettant de mettre en vidence les formes sporules. La coloration de Gram permet de dterminer le type de paroi cellulaire.
Forme

La forme est extrmement diverse au sein du monde bactrien. Si on excepte les bactries dpourvues de paroi (Mycoplasmes), qui peuvent tre trs polymorphes, la diversit est relativement restreinte pour les bactries dintrt mdical et vtrinaire. Parmi celles-ci, on distingue principalement des formes sphriques (cocci), cylindriques (bacille), spirales (spirille), enroules (spirochte) appendice bourgeonnante ou filamenteuse.

Mode de groupement

Elles peuvent se regrouper en chanes (Streptococcus, Enterococcus, Lactococcus...), en amas asymtriques ou grappes (Staphylococcus), en amas cubiques rguliers (sarcines), en palissades ou en paquets dpingles (Corynebacterium)... Le mode de groupement, condition de lapprcier sur une culture jeune effectue en milieu liquide et de tenir compte de laspect prdominant, est galement un lment important pour orienter l'identification.
Taille

Les plus petites bactries ont une taille de 0,1 0,2 micromtre (Chlamydia) alors que certaines ont un diamtre suprieur 10 micromtres. La plus grande bactrie connue (Thiomargarita namibiensis) peut atteindre un diamtre de 750 micromtres.
Prsence de spore

Toutes les bactries n'ont pas la possibilit de sporuler. Il faut noter que la totalit des bacilles Gram + sporulent en situation de stress. Pour mettre en vidence les spores au microscope optique, il suffit de les colorer au vert de malachite. Mais on peut les deviner la coloration de Gram (absence de coloration).
Mobilit

Les bactries peuvent tre quipes d'un ou plusieurs flagelle(s) leur permettant de se dplacer. Pour dfinir le mode de dplacement des bactries, on parle de chimiotactisme. La bactrie voluant dans un milieu se dplace selon des gradients de concentration pour se rapprocher de sa "nourriture"
Capsule

La capsule est forme de polymres (polysaccharides ou protides) disposs en couches la priphrie de la bactrie. Celle-ci permet la bactrie d'adhrer aux surfaces (coloniser les surfaces) et d'chapper au systme immunitaire car les antignes de surface sont recouverts par la capsule qui les rend indtectables (pouvoir pathogne).

Critres biochimiques
On identifie aussi une bactrie en observant si elle utilise tel ou tel substrat. On la met donc en contact dans un milieu de culture avec un glucide, ou un peptide, ou d'autres substrats plus complexes. On peut rvler l'utilisation de ce substrat par virage (changement de couleur) d'un indicateur de pH car un glucide utilis donne un produit acide, un peptide donne un produit basique, etc. Chaque famille de bactries a des caractres propres, on peut donc les rassembler facilement avec des caractristiques de base comme l'utilisation du glucose avec ou sans oxygne, la rduction des nitrates, etc. Ensuite, on dispose de galeries d'identifications biochimiques qui sont

parfois vendues par des socits spcialises. Ces tests sont assez longs, de un deux jours.

Critres gntiques
On peut citer des techniques de gnie gntique comme: - la PCR (Polymrase Chaine Reaction) pour cibler un gne prsent uniquement chez une famille ou un genre bactrien par rhybridation spcifique de courtes squences d'ADN (oligonuclotides amorces) synthtiques prcises. - les puces ADN qui utilisent le mme principe mais ayant une prcision allant jusqu' la souche mme.

Systmatique bactrienne
La systmatique permet d'identifier une souche bactrienne inconnue grce diffrents examens et l'utilisation de milieux de culture spcifiques. La coloration de Gram et les tests de la catalase et de l'oxydase permettent de dterminer la famille. Des milieux de cultures spcifiques permettent d'arriver au genre et l'espce. Des examens supplmentaires tels que le srogroupage peuvent tre utiliss dans certains cas. Coques Gram positif et catalase positive

Famille des Micrococcaceae o Genre Micrococcus o Genre Staphylococcus

Coque Gram positif et catalase ngative

Famille des Streptococcaceae o Streptocoques des groupes A, B, C, D (Enterococcus), F & G

Coque Gram ngatif

Famille de Neisseriaceae o Genre Neisseria

Bacille Gram positif

Genre Bacillus

Bacille Gram ngatif

Genre Pseudomonas

Oxydase ngative

Classement des entrobactries :

Famille des Salmonelleae Famille des Escherichieae o Srogroupage des Escherichiae Coli o Genre Shigella Famille des Klebsielleae o Genre Klebsiella o Genre Enterobacter o Genre Serratia Famille des Proteae o Genre Proteus o Genre Morganella o Genre Providencia Famille des Yersinieae

Oxydase positive

Pseudomonas Vibrio Aeromonas

Les agents antibactriens

Les agents physiques
Ont peut citer les agents suivants :

La chaleur : partir de 65C, les protines sont dnatures, cependant certains micro-organismes sont capables de supporter des tempratures plus leves. Le pH : qu'il soit trop acide ou trop basique. Les hautes pressions : partir de 6 000 bars. Ainsi, c'est avec un traitement par la pression que l'on strilise les jus de fruits produits en industrie. L'Aw : moins il y a d'eau libre dans un milieu, moins les bactries pourront se dvelopper (Staphylococcus aureus se dveloppe partir d'une Aw de 0,83 ) Les UV : pour une longueur d'onde voisine de 260 nm, ils dtruisent tous les micro-organismes. Peu efficaces travers les plastiques, ils sont utiliss pour striliser l'air. Les rayons gamma : comme les UV, ils sont trs efficaces. Ils peuvent traverser tous les plastiques et servent donc la striliser les instruments comme les fls chirurgicaux par exemple. Leur utilisation a t tente pour les produits alimentaires, sans succs auprs du public.

Les agents chimiques

suivre

Les antibiotiques

Les antibiotiques sont des substances chimiques qui ont une action spcifique avec le pouvoir de limiter la prolifration de bactries spcifiques. Elles sont dpourvues de toxicit pour les autres cellules (champignons et autres eucaryotes). Ces molcules peuvent avoir une action drastique, c'est--dire bactricide; leur efficacit peut tre galement limite empcher le dveloppement des bactries (on parle alors d'action bactriostatique). Voir l'article dtaill Antibiotique.

Les rsistances aux antibiotiques

Voir l'article Antibiotique > Les rsistances aux antibiotiques.

La croissance bactrienne
C'est le pouvoir ou la capacit des bactries augmenter leur nombre ; il est en fonction du type de bactries (thermophyles / msophyles / pscychrophyles / pscychrotrophes / etc.) Quand des bactries sont incubes dans un milieu liquide adquat, elles continuent gnralement se multiplier de faon exponentielle jusqu' ce qu'un facteur ncessaire leur croissance approche de l'puisement et devienne limitant ou que des produits mtabolites inhibiteurs (acides organiques, alcools, ammoniaque, etc.) s'accumulent exagrment. Cette culture, pratique sans addition de nutriment ni limination de dchets en cours de croissance, s'appelle une culture en milieu discontinu ou en batch qui constitue un systme clos. Une culture de ce type se comporte comme un organisme muticellulaire avec une limitation de croissance gntiquement dtermine. On peut reprsenter graphiquement la croissance d'une culture de ce type en portant le logarithme du nombre de cellules viables en fonction du temps. La courbe obtenue pourra tre divise en quatre phases : 1- phase de latence = x, 2- phase de croissance logarithmique de x X, 3- phase stationnaire = X et 4- phase de dcroissance exponentielle de X 0.

Diauxie

Figure 4 : Courbe de croissance dans un milieu contenant deux glucides (par exemple : I : utilisation du glucose et II : utilisation du lactose). En prsence de deux sources de carbone, les bactries exhibent une courbe de croissance biphasique. L'analyse de ce comportement permis Jacques Monod de dfinir la notion d'opron.

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