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“Documentation et extension
d'une librairie de traitement
d'images médicales 3D et 4D”
1
Présentation du PFE:
“Documentation et extension d'une librairie de
traitement d'images médicales 3D et 4D”
Mon projet:
Mise en place d’une Politique de Qualité :
- Analyse et documentation de l’existant
- Amélioration de l’existant
tout en applicant cette Politique de Qualité
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Introduction
•
Lieu: Service de Radiothérapie du
Centre Léon Bérard
•
Durée: 4 mois (mai - sept 2006)
•
Encadrants:
–
INSA: Vasile Marian SCUTURICI
–
CLB: David SARRUT et Simon RIT
4
Présentation de l’entreprise(1)
1. Le Centre Léon Bérard
Spécialisé dans la cancérologie
Centre régional
Privé, d'intérêt public
3 missions:
•
les soins,
•
la recherche,
•
et l'enseignement.
5
Présentation de l’entreprise (2)
2. Le Service de Radiothérapie
Qu’est-ce que la Radiothérapie?
Équipe pluridisciplinaire de recherche:
•
Physiciens
•
Médecins
•
Informaticiens
Mission
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Objectifs généraux du stage
1. Analyse de l'existant
3. Amélioration de l’existant
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La Gestion du Projet
Phases:
1. Étude de l'existant:
Architecture technique
Outils de visualisation des images
La librairie de traitement d'images ILR
Le partage des fichiers source
La documentation
2. Analyse de besoins
Le partage des fichiers source
La documentation
La librairie ILR
3. Choix de solutions
Pour le partage des fichiers source
Pour la documentation
Pour l'évolution de la librairie ILR
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Étude de l'existant (1/5)
Architecture technique
•
8 postes
•
Architecture X86
•
Système d’exploitation Suse
•
Logiciels libres
•
Système de fichiers NFS
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Étude de l'existant (2/5)
L'outil de visualisation des images: ViewVox
2 classes principales:
- GridBase, purement virtuelle
- Grid<PixelType> hérite de GridBase
Dimension établie selon le constructeur:
Grid(const int x, const int y, const bool allocate);
Grid(const int x, const int y, const int z, const bool allocate);
template<typename GridType>
void gridMax(const GridType & input1, const double & val, GridType & output);
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Étude de l'existant (4/5)
Le partage des fichiers source
CVS installé sur la machine de Simon
(CVS: Concurrent Versions System)
Non accessible depuis l’extérieur
Seulement utilisé par Simon et David
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Étude de l'existant (5/5)
La documentation
Presque inexistente au début du stage
http://www.creatis.insa-lyon.fr/~dsarrut/ilr/
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Analyse de besoins
1. Le partage des fichiers
Accès sécurisé
Accessible depuis l’extérieur
Outil utilisé par tous
2. La documentation
Disponible en ligne
Syntaxe facile
Partie “privée” et “publique”
3. La librairie ILR
Généricité
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Choix de solutions (1/8)
Le partage des fichiers: CVS
Existant: celui installé sur la machine de Simon
Nouveau: celui de CREATIS
Accessible depuis l’extérieur du CLB
Accès sécurisé grâce à une clé cryptée
Manuel d’utilisation intégré dans la documentation
Faisant partie des outils de développement courants
pour tous les développeurs du Service de Radiothérapie
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Choix de solutions (2/8)
La documentation: le Wiki
http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio
Avantages
Sécurité
Contenu
MAJ continue
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Choix de solutions (3/8)
L'évolution d'ILR: CLITK
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Choix de solutions (4/8)
L'évolution d'ILR: CLITK
Quelques aspects importants d’ITK:
Image<PixelType, Dimension>
Filtres
typedef itk::ImageFileReader< ImageType > ReaderType;
ReaderType::Pointer reader = ReaderType::New();
const char * filename = argv[1];
reader->SetFileName( filename );
reader->Update();
ImageType::Pointer image = reader->GetOutput();
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Choix de solutions (5/8)
L'évolution d'ILR: CLITK
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Choix de solutions (6/8)
L'évolution d'ILR: CLITK
Côté utilisateur: Images génériques (pixel type et
dimension inconnus)
À l’intérieur: Images non-géneriques et librairies d’ITK
Mêmes outils que dans ILR mais plus de fonctionnalités
Structure assez standardisée (développement rapide et
facile à reprendre pour le reste des développeurs)
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Choix de solutions (7/8)
L'évolution d'ILR: CLITK
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Choix de solutions (8/8)
L'évolution d'ILR: CLITK
Moi
•
Algorithmes non génériques de CLITK
•
Class pour gérer les images génériques
•
Reader et Writer pour lire/écrire des images génériques
•
Filtres génériques (en particulier,
cliktImageResample et clitkImageArithm)
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La Gestion Qualité (I)
4 axes:
1. Le Code:
Standard de code (intégré dans la doc)
Partage des fichiers: CVS
Plan de tests
2. La Documentation:
Pour le code : faite par le développeur
Sur le Wiki : même structure ILR et CLITK
Pour les comptes rendus
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La Gestion Qualité (II)
3. La Sécurité
Code (CVS)
Wiki (gestion des permissions faite par l’admin)
4. La Gestion du Temps
Respect des délais
Planning Prévisionnel VS Planning Réel
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La Gestion du Temps
Le planning prévisionnel VS le plannig réel:
MAI
Nb de jours
Tâche(s)
Semaine 1
3
Installation ILR, renseignement ILR
Semaine 2
4
Installation ILR, renseignement ILR
Semaine 3
5
Renseignment Wiki. Doc partie IRL
Semaine 4
4
Doc partie IRL
Semaine 5
3
Doc partie IRL
JUIN
Nb de jours
Tâche(s)
Semaine 1
2
Renseignement ITK
Semaine 2
4
Renseignement ITK
Semaine 3
5
CLITK, premiers algorithms. Doc partie CLITK
Semaine 4
5
CLITK, premiers algorithms. Doc partie CLITK
Semaine 5
4
CLITK, premiers algorithms. Doc partie CLITK
JUILLET
Nb de jours
Tâche(s)
Semaine 1
5
CLITK, algorithms génériques. Doc partie CLITK
Semaine 2
4
CLITK, algorithms génériques. Doc partie CLITK
Semaine 3
5
CLITK, algorithms génériques. Doc partie CLITK
Semaine 4
5
CLITK, algorithms génériques. Doc partie CLITK
Semaine 5
1
CLITK, algorithms génériques. Doc partie CLITK
AOÛT
Nb de jours
Tâche(s)
Semaine 1
5
CLITK, générateur de code. Doc partie CLITK
Semaine 2
5
CLITK, générateur de code. Doc partie CLITK
Semaine 3
4
CLITK, générateur de code. Doc partie CLITK
Semaine 4
5
Doc soutenance PFE
Semaine 5
4
Doc soutenance PFE
SEPTEMBRE
Nb de jours
Tâche(s)
Semaine 1
1
Révision de la présentation.
Semaine 2
2
Révision de la présentation. Soutenance
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Conclusions
1. Intérêt du projet
Côté CLB (Wiki, ILR, CLITK..)
Mon côté (1er stage, CNRS..)
2. Axes d’amélioration
Générateur de code
Gestion du Temps
3. Remerciements
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Questions …
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