Application de la spectrométrie de masse au laboratoire de microbiologie

D. Martiny (Bruxelles)

La Matrix-Assisted Lazer Desorption Ionization Time-of-Flight Mass spectrometry, plus

communément appelée Maldi-Tof MS, constitue une réelle innovation en microbiologie
clinique. L’abondante littérature qui lui est consacrée suggère qu’elle aura d’ici peu
remplacé bon nombre de méthodes d’identification traditionnellement utilisées en routine.
En effet, depuis sa commercialisation, au début des années 2000, sa supériorité en
termes de temps et de coût a été mise en lumière. Il en va de même de sa facilité
d’utilisation et de ses performances analytiques. En quelques minutes, et à moindre frais,
une fraction de colonie suffit à fournir une identification fiable de la bactérie sur la base
de son profil protéique.
L’implémentation d’une telle technologie dans un laboratoire de microbiologie de routine
nécessite un processus de validation strict, une formation adéquate des équipes et une
réorganisation importante du flux de travail. Ces différents points seront discutés durant
la présentation. L’impact clinique lié à la mise en routine de cette technologie sera
également abordé.
Au terme d’un an d’utilisation au Laboratoire de la Porte de Hal, qui dessert deux hôpitaux
publics universitaires bruxellois, différentes forces et faiblesses du Maldi-Tof ont été
détectées dans le contexte de son utilisation en routine
Bien que la technique soit aisée, rapide et fiable, elle présente néanmoins les défauts de
ses qualités : un risque important de contamination apparaît en raison de la faible quantité
de matériel nécessaire à la réalisation d’une identification. Ceci implique qu’une vigilance
accrue des technologues est nécessaire lors de la réalisation des antibiogrammes,
généralement ultérieure à l’identification.
La technologie Maldi-Tof assure aujourd’hui l’identification de près de 90% des bactéries
isolées en routine dans notre laboratoire. Son utilisation quotidienne permet une
constante évolution de l’algorithme décisionnel, générant ainsi une diminution du temps de
réponse des identifications bactériennes et une amélioration notable de la prise en charge
diagnostique et thérapeutique du patient.
Dans notre pratique courante, un nombre important de tests semblent à présent
obsolètes. Leur abandon a permis la réalisation d’économies non négligeables, justifiant
amplement l’investissement économique engagé.
La constitution de bases de données personnalisées et la correction progressive des
bases de données commerciales permettront aussi une amélioration des performances
analytiques du Maldi-Tof dans le futur.
Enfin, l’identification de bactéries par spectrométrie de masse directement à partir
d’hémocultures positives est également une perspective novatrice et enthousiasmante qui,
moyennant l’amélioration de quelques aspects pratiques, devrait se concrétiser d’ici peu
dans notre laboratoire et ailleurs.