Spécifiquement, l’un des principaux inconvénients des engrais chimiques est que certains exposent à

une teneur élevée en acide comme l’acide sulfurique et l’acide chlorhydrique. Ces dernières entraînant
la destruction de la bactérie fixatrice d’azote, qui aide à fournir l’azote à une plante en croissance. Ainsi,
la première conséquence de l’utilisation des engrais chimiques dans le jardin est l’appauvrissement du
sol.

Ils sont aussi responsables d'une pollution massive des sols, mais sont surtout la cause majeure de
pollution des eaux souterraines, principaux réservoirs d'eau potable. Aujourd'hui, 66 % de la pollution
de l’eau aux nitrates est imputée à l'activité agricole. L'épandage des cultures fournit des doses massives
d'engrais azotés. Les nitrates étant très solubles dans l'eau, lorsqu'ils ne sont pas consommés par les
plantes, s'infiltrent aisément dans le sol et atteignent progressivement les eaux souterraines.