PARIS 13 2018-2019 ANNALES CLASSEES * [Notion non traitée dans ce chapitre et corrigée sur la base du cours de l'année précédente] = {tem modifié pour correspondre au programme du concours de cette année QUESTIONS A COMPLEMENTS SIMPLES ET MULTIPLES L 2018 QUESTION N° 35 Concernant la PCR (Polyinerase Chain Reaction), indiquer la (les) proposition(s) exacte(s). A. Le pourcentage en GC de la séquence des amorces utilisées en PCR est généralement compris entre 40% et 60% B. L'étape de dénaturation précéde I'étape d'hybridation lors de chaque cycle de PCR C. Le nombre initial de copies de la région amplifiée par PCR est multiplié par un facteur 22° aprés 25 cycles de PCR D. Le produit issu de la PCR appelé amplicon correspond a de I'ADN double-brin E. Aucune des propositions précédentes n'est exacte QUESTION N° 36 Concernant le séquencage par la méthode de Sanger et le pyroséquencage, indiquer la (les) proposition(s) exacte(s). A. Le séquencage par la méthode de Sanger est la seule de ces deux méthodes nécessitant une premiére étape. d'amplification de la région d'intérét par PCR B, Ces deux méthodes emploient des fluorochromes C. La longueur des séquences déterminées par pyroséquencage est généralement plus grande que celle des séquences déterminées par la méthode de Sanger D. Ces deux méthodes de séquencage ont été adaptées pour étre util E. Aucune des propositions précédentes n'est exacte sées en séquencage & haut débit QUESTION N° 37 Concernant la technique de discrimination allélique, indiquer la (les) proposition(s) exacte(s). A, Elle nécessite une étape préalable d’amplification de la région d'intérét par PCR B. Un quencher est fixé al'extrémité 3° de chacune des amorces de PCR C, Une seule enzyme est présente dans le milieu réactionnel D. Le cycle seuil ou Ct est inversement proportionnel au nombre initial de copies de I'alléle correspondant dans le milieu réactionnel E. Aucune des propositions précédentes n'est exacte 2017 QUESTION N° 35 Concernant la technique de HRM (High Resolution Metting), indiquer la (les) proposition(s) exacte(s). A. Elle utilise des sondes marquées par des fluorochromes spécifiques B. Les courbes de fusion sont obtenues aprés une étape préalable dlamplification de la région d'intérét par PCR C. La température de fusion des hétéroduplexes obtenus chez les hétérozygotes est plus élevée que pour les homoduplexes D. Elle permet l'identification des mutations présentes dans la séquence étudiée E. Aucune de ces propositions n'est exacte 22PARIS 13 2018-2019 QUESTION N° 36 Concernant le séquencage par la méthode de Sanger, indiquer la (les) proposition(s) exacte(s). A B, ‘ db. E. La réaction de séquencage nlutilise quune seule enzyme Les produits de la réaction de séquencage sont séparés en fonction de leur taille I permet didentifier jusqu’é 5000 paires de bases de la séquence étudiée TI ne permet pas la mise en évidence de délétion de quelques paires de bases ‘Aucune de ces propositions n'est exacte QUESTION N° 37 Concernant les techniques de biologie moléculaire utilisées pour la recherche de mutations, indiquer la (les) proposition(s) exacte(s). A 8, La technique dianalyse de fragments est utilisée pour la recherche des substitutions dune paire de bases connues La discrimination allélique est une des techniques utilisées pour mettre en évidence des mutations inconnues dans la région dintérét . Le séquencage d'une région dintérét de 50 paires de bases est globalement plus rapide par pyroséquencage que par la méthode de Sanger La recherche de mutations somotiques s‘effectue toujours @ partir de 'ADN extrait des leucocytes sanguins Aucune de ces propositions n'est exacte 2016 QUESTION N° 35 Concernant le séquencage par la méthode Sanger et le pyroséquencage, indiquer la(les) proposition(s) exacte(s) A. Ces deux méthodes de séquengage utilisent des dNTP ou des ddNTP marqués par un fluorochrome spécifique de la base azotée quills portent B. Ces deux méthodes de séquencage comprennent une étape délectrophorése copillaire C. Ces deux méthodes de séquencage peuvent permettre la mise en évidence d'une délétion de quelques aires de bases D. Ces deux méthodes de séquencage peuvent &tre employées pour le séquengage & haut débit (NGS ou Next Generation Sequencing) E. Aucune des propositions précédentes n'est exacte QUESTION N® 36 Concernant les techniques analyse de fragments et de discrimination allélique, indiquer la(les) proposition(s) exacte(s) A. Elles utilisent au moins une amorce ou une sonde nucléique marquée par un fluorochrome B. La technique danalyse de fragments emploie une étape délectrophorése copillaire C. Llactivité 3'-exonucléasique de la Taq polymérase est nécessaire ala technique de discrimination allélique D. Le cycle seuil (Ct) est dautant plus grand que le nombre de copies initiales de la séquence d'intérét présentes dans l'échantillon est grand E. Aucune des propositions précédentes nest exacte 23PARIS 13 2018-2019 QUESTION N° 37 Concernant la PCR, indiquer la(les) proposition(s) exacte(s) : A, Les amorces utilisées sont généralement des molécules double brin d'une vingtaine de paires de bases B. La Tag polymérase présente une activité maximale & une température proche de 72°C CC. Le risque d'hybridation non-spécifique des amorces augmente avec la température de I’étape d'hybridation des cycles de PCR D. Les amorces sont en général choisies pour que la différence entre leurs températures dhybridation soit supérieure & 5°C E, Aucune des propositions précédentes n'est exacte 2015 QUESTION N°32 Concernant la PCR, indiquer la (les) propositions) exacte(s) A. la température d'hybridation ou Tm dune amorce correspond a la température a laquelle 100% de famorce est hybridée aI ADN matrice B. les températures d'hybridation (Tmt et Tm2) des deux amorces d'une PCR doivent Etre. identiques C. le rendement de la PCR est diminué lorsque la température de létape dihybridation des cycles de PCR est nettement supérieure aux Tm des amorces D, 'étape de dénaturation de chaque cycle de PCR dure 30 minutes E. aucune de ces propositions QUESTION N°33 Concernant le pyroséquencage, indiquer la (les) proposition(s) exacte(s) : A, les ddNTP (di-désoxy-NTP) sont déliveés séquentiellement au cours de la réaction de pyroséquencage B. trois enzymes interviennent au cours de la réaction de pyroséquencage C. le signal lumineux émis par la luciférase est proportionnel d la quantité d’ATP formé dans le milieu réactionnel D. la présence de pics superposés dans le pyrogramme traduit une hétérozygotie E. aucune de ces propositions QUESTION N°34 Concernant la discrimination allélique, indiquer la (les) propositions) exacte(s) : A. le mélange réactionnel comprend un couple damorces de PCR et deux sondes B. le fluorochrome rapporteur est fixé & Vextrémité 3° de chaque sonde C. le cycle seuil ou Ct correspond au nombre de cycles de PCR nécessaires pour distinguer les fluorescences associées d la sonde sauvage et @ la sonde mutée D. le Ct est proportionne! au nombre initial de copies de la séquence dintérét contenues dans I’échantillon E. aucune de ces propositions 24PARIS 13 2018-2019 2014 | QUESTION N°30 Concernant la PCR, indiquer la (les) proposition(s) exacte(s) : A 8 g D. é Chaque amorce utilisée en PCR est généralement composée d'une quarantaine de. nucléotides La PCR correspond généralement d une amplification enzymatique de toute une molécule c'ADN Aprés n cycles de PCR, le nombre initial de copies de la séquence dintérét a été multiplié par le facteur n? Le nombre de cycles de PCR est généralement supérieur & 40 . Aucune de ces propositions QUESTION N°31 Concernant le séquencage par la méthode de Sanger et le pyroséquencage, indiquer Ia (les) proposition(s) exacte(s): A 8 ‘ D. E. Une des enzymes utilisées lors du pyroséquencage dégrade tous les désoxynucléotides présents dans le milieu réactionnel avant que la polymérase puisse d nouveau agir Lors de la réaction de pyroséquencage, Iintensité du signal lumineux émis est inversement proportionnelle & la quantité de désoxynucléotides incorporés Aprés un séquencage, fobtention d'une longue double séquence traduit en général la présence dune insertion ou dune délétion Lors de la réaction de séquengage, la concentration en ddNTP dans le milieu réactionnel est supérieure a celle des dNTP ‘Aucune de ces propositions QUESTION N°32 Concernant les techniques de recherche des mutations somatiques, indiquer la (les) proposition(s) exacte(s) A, 8. ti extraction d'ADN est généralement ef fectuée a partir des leucocytes sanguins La technique de HRM ne nécessite pas délectrophorése capillaine Lors de la discrimination allélique, ntensité de la fluorescence augmente 4 chaque étape de polymérisation de la PCR . Une PCR initiale est nécesscire avant la recherche de mutations par discrimination allélique ‘Aucune de ces propositions 25PARIS 13 2018-2019 2013 QUESTION 27 Concernant les méthodes détudes des mutations génétique, quelle(s) est (sont) la (les) proposition(s) exactes(s) ? A 8. Les techniques de séquencage selon Sanger et de HRM (High Resolution Melting) permettent de détecter des mutations inconnues dans une séquence donnée Les techniques d'analyse de fragments et de discrimination allélique sont classiquement utilisées pour mettre en évidence des délétions ou des insertions de petite taille dans une séquence donnée Les techniques dianalyse de fragments et de discrimination allélique utilisent un automate de PCR quantitative La taille des séquences pouvant étre analysées par les techniques de séquencage selon Sanger et de pyroséquencage constitue une des principales limites pour leur utilisation Une étape préalable de POR doit étre effectuée avant la réalisation des techniques : de séquencage selon Sanger, pyroséquencage et danalyse de fragments QUESTION N°47 Dans la méthode de séquencage de I'ADN de Sanger, le mélange réactionnel comporte les éléments suivants, choisir laréponse la plus juste + A 8. LIADN, 'ADN polymérase, un des quatre désoxynucléotides (le dATP, le dTTP, le dCTP, ou le dGTP) et un des quatre didésoxynucléotides (le ddATP, le ddTTP, le ddCTP, ou le ddGTP) LIADN, 'ADN polymérase, les quatre désoxynucléotides (le dATP, le dTTP, le dCTP, ou le dGTP) et un des quatre didésoxynucléotides (le ddATP, le dd TTP, le ddCTP, ou le ddGTP) LIADN, ADN polymérase, un des quatre désoxynucléotides (le dATP, le dTTP, le dCTP, ou le déTP) et les quatre didésoxynucléotides (le ddATP, le ddTTP, le ddCTP, ou le ddTP) . LADN, I'ADN polymérase, les quatre désoxynucléotides (le dATP, le dTTP, le dCTP, ou le d6TP) et les quatre didésoxynucléotides (Ie ddATP, le dTTP, le ddCTP, et le dGTP) LIADN, 'ADN polymérase, les quatre désoxynycléotides (le dATP, le dTTP, le dCTP, et le dGTP) et les quatre didésoxynucléotides (le ddATP, le dTTP, le ddCTP, et le ddGTP) en quantité limitante 2012 QUESTION N°35 Concernant le séquencage par la méthode de Sanger et le pyroséquencage, indiquez quelle(s) est (sont) la (les) proposition(s) exacte(s) A 8. La polymerase chain reaction (PCR) initiale qui précéde la réaction de séquencage ou de pyroséquencage, utilise des didésoxy nucléotides triphosphate (dNTP) Les produits de pyroséquencage ou de séquencage sont séparés en fonction de leur taille par électrophorése capillaire Le séquencage permet généralement de déterminer une séquence d'environ 500 paires de bases, . Chague pic dintensité lumineuse sur le pyrogramme est toujours plus grand chez les individus hétérozygotes que chez les individus homozygotes Les plus petits fragments obtenus par Ia technique de séquencage sortent les premiers lors dune lectrophorése capillaire 26PARIS 13 2018-2019 QUESTION N°36 Concernant la technique d'analyse de fragments, indiquez quelle(s) est (sont) la (les) proposition(s) exacte(s) A. Elle comprend deux étapes successives de polymerase chain reaction (PCR) B. Une des deux amorces qu'elle utilise est marquée par un fluorochrome C. Elle implique l'utilisation d'une électrophorése capillaire D. Elle permet de mettre en évidence une insertion comprise dans la séquence étudiée E. Elle peut étre utilisée pour établir le diagnostic d'une mutation ponctuelle QUESTION N°37 Concernant la recherche de la mutation activatrice L858R de I'exon 21 du géne Epidermal growth Factor Receptor (EGFR) par la technique de discrimination allélique effectuée @ partir de biopsies tumorales, indiquez quelle(s) est (sont) la (les) proposition(s) exacte(s) A. Cette technique emploie une sonde spécifique de I‘alléle sauvage et une sonde spécifique de I'alléle muté qui sont nécessaires dla réalisation de la polymerase chain reaction (PCR) 8. Le fluorochrome porté par chacune des sondes ne peut émettre une fluorescence aprés excitation par un laser que lorsque la sonde a été dégradée ¢. La polymérisotion d'un brin d'ADN par la Taq polymérase s'effectue de son extrémité 5¢ vers son extrémité 3" D. L'intensité de la fluorescence augmente & chaque étape de polymérisation de la PCR E. La présence de la mutation L858R dans le prélévement se traduit par la détection de la fluorescence de la sonde spécifique de I'alléle muté uniquement 2011 QUESTION N°25 Concernant le séquencage par la méthode de Sanger et le pyroséquencage, indiquez quelle(s) est (sont) la (les) propesition(s) exacte(s): ‘A. Une PCR (Polymerase Chain Reaction) initiale est nécessaire avant la réalisation des réactions de séquencage ou de pyroséquencage Seuls les didésoxynucléotides triphosphate (ddNTP) sont marqués par un fluorochrome Le pyroséquencage n utilise pas de didésoxynucléotides triphosphate (ddNTP) La vitesse de séquencage est plus importante pour la méthode de Sanger que pour le pyroséquencage Aucune des propositions précédentes n'est exacte MoAw QUESTION N°26 Concernant la technique de discrimination ellélique, indiquez quelle(s) est (sont) la (les) proposition(s) exacte(s) A. La sonde spécifique de I'alléle souvage et la sonde spécitique de I'allSle muté portent le méme quencher et le méme fluorochrome B. L'activité 5'-exonucléasique de la Tag polymérase est nécessaire d cette technique C. Lors du premier cycle de PCR (Polymerase Chain Reaction), la fluorescence est détectable dés Vétape d'hybridation Le cycle seuil "Ct" est inversement proportionnel au nombre initial de copies de I'alléle Aucune des propositions précédentes nest exacte mg 27PARIS 13 2018-2019 QUESTION N°27 Concernant les techniques de recherche de mutation, indiquez quelle(s) est (sont) la (les) proposition(s) exacte(s) A. Laréaction de séquencage selon la méthode de Sanger permet de mettre en évidence plusieurs mutations ponctuelles simultanément 8. Le pyroséquencage permet d'identifier des mutations ponctuelles inconnues GLa HRM (High Resolution Melting) permet de mettre en évidence la présence d'une mutation mais pas de Videntifier D. L'analyse de fragments permet de détecter des mutations ponctuelles connues E. Aucune des propositions précédentes nest exacte ANNEES PRECEDENTES (AVANT LA REFORME) 2009 QUESTION N°100 Concernant la polymerase chain reaction ou PCR : A. le passage de I’ ADN @ 95° est indispensable pour que la polymérase redémarre un cycle de réplication B, les brins néosynthétisés en PCR n'ont pas tous la méme longueur C laréplication ne pourra avoir lieu que si la polymérase utilisée a résisté au chauffage D. le contenu en 6C des amorces doit étre supérieur d 60% E Aucune des propositions précédentes n'est exacte 28PARIS 13 2018-2019 QUESTIONS A COMPLEMENTS SIMPLES ET MULTIPLES TABLEAU DE REPONSES 2018 | 2017 | 2016 [ 2015 | 2014 [ 2013 | 2012 | 2011 ass: | 35: | 35: | 032: | a3o: | aa7: | a3s: | 2s ABCD B c c E A ce_|_ asc a36: | a6: | a6: | 033: | a3r: | aa7: | a36: | 26: E AB AB c AC E sco | Bp 37: | 037: | 37: | aaa: | 32: 37: | 027 cD c B A BC sep | asc | ANNEES PRECEDENTES (AVANT LA REFORME) 2009 | Q100 LABc | 29