Présentation du PFE:

“Documentation et extension
d'une librairie de traitement
d'images médicales 3D et 4D”

María Cristina GIMENEZ

1
 Présentation du PFE:
“Documentation et extension d'une librairie de
traitement d'images médicales 3D et 4D”

Mon projet:
Mise en place d’une Politique de Qualité :
- Analyse et documentation de l’existant
- Amélioration de l’existant
tout en applicant cette Politique de Qualité

afin d’optimiser le travail développé 2

 Sommaire
1. Introduction
2. Présentation de l’entreprise
3. Objectifs généraux du stage
4. Phases de la Gestion du Projet
5. La Gestion Qualité
6. La Gestion du Temps
7. Conclusions

3
 Introduction
•
Lieu: Service de Radiothérapie du
Centre Léon Bérard

•
Durée: 4 mois (mai - sept 2006)

•
Encadrants:
–
INSA: Vasile Marian SCUTURICI
–
CLB: David SARRUT et Simon RIT

4
Présentation de l’entreprise(1)
1. Le Centre Léon Bérard

Spécialisé dans la cancérologie

Centre régional

Privé, d'intérêt public

3 missions:
•
les soins,
•
la recherche,
•
et l'enseignement.

5
Présentation de l’entreprise (2)
2. Le Service de Radiothérapie

Qu’est-ce que la Radiothérapie?

Équipe pluridisciplinaire de recherche:
•
Physiciens
•
Médecins
•
Informaticiens

Mission

6
Objectifs généraux du stage

Mise en place d'une Politique de Qualité:

1. Analyse de l'existant

2. Documentation orientée utilisateur et développeur

3. Amélioration de l’existant

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La Gestion du Projet
Phases:
1. Étude de l'existant:

Architecture technique

Outils de visualisation des images

La librairie de traitement d'images ILR

Le partage des fichiers source

La documentation
2. Analyse de besoins

Le partage des fichiers source

La documentation

La librairie ILR
3. Choix de solutions

Pour le partage des fichiers source

Pour la documentation

Pour l'évolution de la librairie ILR
8
 Étude de l'existant (1/5)
Architecture technique

•
8 postes
•
Architecture X86
•
Système d’exploitation Suse
•
Logiciels libres
•
Système de fichiers NFS

9
 Étude de l'existant (2/5)
L'outil de visualisation des images: ViewVox

 Développé au sein du CLB

 Visualisation des formats

.vox, .ppm, .pgm

Quelques notions sur les images numériques:


Dimension: 2D, 3D, 4D (3D+temps)….. nD

Type de pixel: (unsigned) int, (unsigned) char, double, float

Image: matrice
10
 Étude de l'existant (3/5)
La librairie ILR

 2 classes principales:
- GridBase, purement virtuelle
- Grid<PixelType> hérite de GridBase
 Dimension établie selon le constructeur:
Grid(const int x, const int y, const bool allocate);
Grid(const int x, const int y, const int z, const bool allocate);

 Plusieurs fonctions pour les mêmes algorithmes:

template<typename GridType>
void gridMax(const GridType & input1, const GridType & input2, GridType & output););

template<typename GridType>
void gridMax(const GridType & input1, const double & val, GridType & output);
11
Étude de l'existant (4/5)
Le partage des fichiers source


CVS installé sur la machine de Simon
(CVS: Concurrent Versions System)


Non accessible depuis l’extérieur


Seulement utilisé par Simon et David

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Étude de l'existant (5/5)
La documentation


Presque inexistente au début du stage


http://www.creatis.insa-lyon.fr/~dsarrut/ilr/

13
 Analyse de besoins
1. Le partage des fichiers

Accès sécurisé

Accessible depuis l’extérieur

Outil utilisé par tous

2. La documentation

Disponible en ligne

Syntaxe facile

Partie “privée” et “publique”

3. La librairie ILR

Généricité
14
 Choix de solutions (1/8)
Le partage des fichiers: CVS


Existant: celui installé sur la machine de Simon


Nouveau: celui de CREATIS

Accessible depuis l’extérieur du CLB

Accès sécurisé grâce à une clé cryptée

Manuel d’utilisation intégré dans la documentation

Faisant partie des outils de développement courants
pour tous les développeurs du Service de Radiothérapie

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Choix de solutions (2/8)
La documentation: le Wiki

http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio

Avantages

Sécurité

Contenu

MAJ continue

16
 Choix de solutions (3/8)
L'évolution d'ILR: CLITK

a) Command Line: (pareil que dans ILR)

./clitkImageResample -i toto.vox -o titi.vox --size 128,-1,-1 --iso_spacing 1 -v

b) Une autre librairie: ITK


Traitement d’images avec C++ (comme ILR)

Beaucoup plus large qu’ILR

Open-source software système, large doc

Possibilité de lire de nouveaux formats de fichier (i.e: .vox !)

17
Choix de solutions (4/8)
L'évolution d'ILR: CLITK
Quelques aspects importants d’ITK:

Image<PixelType, Dimension>

typedef unsigned char PixelType;

const unsigned int Dimension = 3;
typedef itk::Image< PixelType, Dimension > ImageType;


Filtres
typedef itk::ImageFileReader< ImageType > ReaderType;
ReaderType::Pointer reader = ReaderType::New();
const char * filename = argv[1];
reader->SetFileName( filename );
reader->Update();
ImageType::Pointer image = reader->GetOutput();

18
 Choix de solutions (5/8)
L'évolution d'ILR: CLITK

Comparative entre ILR, ITK et CLITK:

ILR ITK CLITK

Grid<PT>  Image<PT,Dim>  GenericImage <PT,Dim> 

3D ok, 2D avec bugs  Toutes les dimensions  Toutes les dimensions 

Fonctions  Filtres  Filtres 

.vox, .pgm, .ppm  Tous (.vox rajoutable!)  Tous (.vox inclus!) 
Ligne de commandes  Rien  Ligne de commandes 

19
 Choix de solutions (6/8)
L'évolution d'ILR: CLITK

D’autres caractéristiques de CLITK:


Côté utilisateur: Images génériques (pixel type et
dimension inconnus)

À l’intérieur: Images non-géneriques et librairies d’ITK

Mêmes outils que dans ILR mais plus de fonctionnalités

Structure assez standardisée (développement rapide et
facile à reprendre pour le reste des développeurs)

20
 Choix de solutions (7/8)
L'évolution d'ILR: CLITK

Structure des fichiers d’un outil de CLITK:

21
 Choix de solutions (8/8)
L'évolution d'ILR: CLITK

Phases du développement de CLITK:

David (tuteur du PFE):

•
Lecture des fichiers .vox

Moi
•
Algorithmes non génériques de CLITK
•
Class pour gérer les images génériques
•
Reader et Writer pour lire/écrire des images génériques
•
Filtres génériques (en particulier,
cliktImageResample et clitkImageArithm)
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La Gestion Qualité (I)
4 axes:
1. Le Code:

Standard de code (intégré dans la doc)

Partage des fichiers: CVS

Plan de tests

2. La Documentation:

Pour le code : faite par le développeur

Sur le Wiki : même structure ILR et CLITK

Pour les comptes rendus

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La Gestion Qualité (II)
3. La Sécurité

Code (CVS)

Wiki (gestion des permissions faite par l’admin)

4. La Gestion du Temps

Respect des délais

Planning Prévisionnel VS Planning Réel

24
La Gestion du Temps
Le planning prévisionnel VS le plannig réel:
MAI
 Nb de jours
  Tâche(s)

Semaine 1
 3
  Installation ILR, renseignement ILR

Semaine 2
 4
  Installation ILR, renseignement ILR

Semaine 3
 5
  Renseignment Wiki. Doc partie IRL

Semaine 4
 4
  Doc partie IRL

Semaine 5
 3
  Doc partie IRL

JUIN
 Nb de jours
  Tâche(s)

Semaine 1
 2
  Renseignement ITK

Semaine 2
 4
  Renseignement ITK

Semaine 3
 5
  CLITK, premiers algorithms. Doc partie CLITK

Semaine 4
 5
 CLITK, premiers algorithms. Doc partie CLITK

Semaine 5
 4
 CLITK, premiers algorithms. Doc partie CLITK

JUILLET
 Nb de jours
  Tâche(s)

Semaine 1
 5
  CLITK, algorithms génériques. Doc partie CLITK

Semaine 2
 4
  CLITK, algorithms génériques. Doc partie CLITK

Semaine 3
 5
  CLITK, algorithms génériques. Doc partie CLITK

Semaine 4
 5
 CLITK, algorithms génériques. Doc partie CLITK

Semaine 5
 1
 CLITK, algorithms génériques. Doc partie CLITK

AOÛT
 Nb de jours
  Tâche(s)

Semaine 1
 5
  CLITK, générateur de code. Doc partie CLITK

Semaine 2
 5
  CLITK, générateur de code. Doc partie CLITK

Semaine 3
 4
  CLITK, générateur de code. Doc partie CLITK

Semaine 4
 5
 Doc soutenance PFE

Semaine 5
 4
 Doc soutenance PFE

SEPTEMBRE
 Nb de jours
  Tâche(s)

Semaine 1
 1
  Révision de la présentation.

Semaine 2
 2
  Révision de la présentation. Soutenance 25
Conclusions
1. Intérêt du projet

Côté CLB (Wiki, ILR, CLITK..)

Mon côté (1er stage, CNRS..)

2. Axes d’amélioration

Générateur de code

Gestion du Temps

3. Remerciements

26
Questions …

27