Génétique bactérienne

Les plasmides bactériens

Stéphane CORVEC, Laboratoire de Bactériologie, UFR de Médecine - Nantes, 2009

1- Plasmides : généralités et fonctions
1.1- Généralités- définition : 
Molécules d’ADN bicaténaire, circulaires en général 
Facultatifs (1 à 3% de l’ADN total) 
Extra-chromosomiques le plus souvent 
Capacité de réplication autonome (réplicons) 
Transmission stable au cours des générations 
Codent pour des fonctions de meilleure adaptation de
la bactérie hôte à l’environnement 
Maintien d’autant mieux qu’il procure
un avantage sélectif

SC 2009 2

Plasmides : généralités et fonctions 1.1.Fonctions diverses non indispensables mais utiles à l’adaptation de l’hôte à l’environnement : Fertilité.2. mobilisation d’autres éléments génétiques Résistance aux antibiotiques Chaînes dégradatives et métaboliques particulières supplémentaires Facteurs de virulence : toxines. adhésines SC 2009 3 .

Plasmides : généralités et fonctions 1. coli enterotoxinogène (tourista) .plasmide : toxine SC 2009 4 .plasmide : facteur de colonisation .2.Fonctions diverses : Plasmides conjugatifs : pili sexuel facteur F Plasmides de Résistance : facteur R résistance aux antibiotiques et métaux lourds Plasmides métaboliques : gènes permettant l’utilisation de certains nutriments (citrate.1. urée) Plasmides de virulence : E. soufre.

un des 2 brins est coupé Forme III : forme linéaire (deux brins coupés) Techniques d’étude SC 2009 5 .Structure (plasmides circulaires) Taille très variable de 1 à 400 kb ou plus Formé d’ADN double brin : 3 formes Forme I : circulaire covalente fermée Forme II : circulaire.1.Plasmides : structure et organisation 2. relâchée.2.

2.Plasmides : structure et organisation Forme II : forme relachée OC  Open Circle Forme I : Forme normale surenroulée CCC Covalent Close Circle SC 2009 6 .

Organisation des plasmides Flexible et variable suivant le plasmide Comporte une zone obligatoire de réplication  Réplicon Peut comporter aussi : Une région de transfert (opéron tra) chez les plasmides conjugatifs : pili et conjugaison Des éléments génétiques mobiles ou non (IS.2.2. Tn. etc…) Plasmides conjugatifs : même espèce ou différentes. conséquences et implication SC 2009 7 .Plasmides : structure et organisation 2. Int) Gènes divers (résistance aux antibiotiques.

2. Tn Réplication SC 2009 8 .Plasmides : structure et organisation Facteur F Operon tra IS.

Plasmides : structure et organisation Dissémination de l’information génétique = gènes de résistance SC 2009 9 .2.

Méthodes physiques : Isolement et purification de plasmide Ultracentrifugation à l’équilibre de densité (CsCl + bromure d’ethidium) .1.3.Méthodes génétiques : La (les) fonction(s) est (sont) liées au plasmide porteur: Transferts plasmidiques Cure plasmidique Couplage des 2 méthodes 3.2.Plasmides : méthodes d’étude 3.colonne Electrophorèse en gel (avec ou sans enzymes de restriction) Hybridation ADN-ADN (Southern blot) SC 2009 10 .

3.Méthodes génétiques : Transferts plasmidiques Hémolysine SC 2009 11 .1.Plasmides : méthodes d’étude 3.

marqueur de virulence SC 2009 12 .Plasmides : méthodes d’étude 3.3.1. : résistance aux antibiotiques.Méthodes génétiques : Cure plasmidique Elimination du plasmide par croissance dans des conditions inhibant spécifiquement sa réplication Plasmide perdu et perte de fonction Ex.

Plasmides : méthodes d’étude Pouvoir pathogène : Bacillus anthracis repose principalement sur la présence d'une capsule et sur la synthèse de toxines. capC) . SC 2009 13 .3. capB. Plasmides de Bacillus anthracis –pXO1 •174 kb portent les gènes codant –Le facteur oedématiant (cya)I –Le facteur léthal (lef)III –L’antigène protecteur (pag)II –pXO2 •90 kb portant les gènes codant –La synthèse de la capsule (capA.

2.Récupération ADN et purification => Séparer le chromosome du plasmide Nombreuses techniques => lyse alcaline Lyse : altération des enveloppes bactériennes Alcaline : dénaturation ADN Forme surenroulée.Plasmides : méthodes d’étude 3. circulaire.2.1. double brin : moins de rupture et renaturation possible SC 2009 14 .2.Rupture intégrité paroi bact.Dégradation des protéines et précipitation 3.3.Méthodes physiques : 3.Isoler et visualiser le plasmide : extraction d’ADN 1.

2.lyse .3.Techniques d’extraction Ultracentrifugation à l’équilibre de densité : CsCl + bromure d’ethidium Techniques modernes : .2.colonnes : rapide SC 2009 15 .

3.Electrophorèse conventionnelle Confection du gel (Agarose. Acrylamide) Chargement des échantillons d’ADN Migration dans un champ électrique constant Coloration au BET (Bromure d’éthidium) SC 2009 16 .3.2.

Electrophorèse après restriction Collection de fragments de nombre et tailles définis Fonction des GC% (site de l’enzyme et ADN) Grande spécificité  Grande reproductibilité (RFLP) Linéariser le plasmide Comparaison du contenu plasmidique SC 2009 17 .3.3.2.

Typage moléculaire : profils de bande par restriction Profil plasmidique brut Profil plasmidique après restriction SC 2009 18 .

Généralités :  Réplication de type θ uni ou bidirectionnelle (oriV)  Réplication de type rolling circle  ouverture d’un brin.Plasmides : réplication (1) 4. synthèse 5’-3’ et déplacement du brin coupé  Le plasmide fait largement appel pour sa synthèse à l’équipement enzymatique de la bactérie hôte  Diversité des régulations du nombre de copies SC 2009 19 .4.1.

Plasmides : réplication de type θ Monodirectionnelle Bidirectionnelle SC 2009 20 .2.4.

3.Réplication de type rolling circle SC 2009 21 .4.

4.3.Réplication de type rolling circle SC 2009 22 .

4.5.Plasmides : réplication Les fonctions de la région oriV Spectre d’hôte : une ou plusieurs espèces Régulation du nombre de copies (1 à des centaines) : stringente ou rélâchée Répartition des copies entre les bactéries filles (par) Incompatibilité des plasmides SC 2009 23 .

car ne tient pas compte de la plasticité du plasmide Selon la taille. conjugatif ou non. nombre élevé de copies.Plasmides : classifications (1) Selon la taille ou le phénotype Peu de valeur. réplication relachée (peu contrôlée) Gros plasmides. conjugatifs. nombres de copies Petits plasmides. faible nombre de copies : réplication stricte Phénomène de mobilisation (un petit plasmide non conjugatif est mobilisé et transféré par un plasmide conjugatif) SC 2009 24 . non conjugatifs.5.

Groupes d’Incompatibilité : Certains plasmides ne cohabitent pas durablement dans la même bactérie (F’gal et F’lac). culture en milieux non sélectifs (glucose)  Elimination de l’un des plasmides => compétition L’incompatibilité est un phénomène général Deux plasmides incompatibles ont un ancêtre commun et des systèmes de réplication ou de répartition semblables Leurs ADN sont fortement homologues (réplication) SC 2009 25 .1.Plasmides : classifications (2) 5.5.

2.Plasmides : classifications (3) 5.Types piliaires : Plasmides conjugatifs : pili sexuels récepteurs de phages Pili identiques  Sensibilité aux mêmes phages Moins discriminants que les groupes d’incompatibilité : groupe piliaire F comprend différents groupes SC 2009 26 .5.

6.Plasmides : quelque plasmides célèbres Facteur F Prototype du gros plasmide conjugatif à petit nombre de copies (découverte de la conjugaison) Facteurs R Plasmides de résistance aux antibiotiques (conjugatifs le plus souvent) pBR322 Vecteur de clonage très utilisé aux premier temps du clonage et du génie génétique SC 2009 27 .

6.Plasmides Gènes de réplication et répartition SC 2009 28 .

7.Plasmides : clonage génétique Intérêts : Biotechnologies production de médicaments (plasmides recombinants) Application pour le séquençage Etc… SC 2009 29 .

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