Génétique bactérienne

Les plasmides bactériens

Stéphane CORVEC, Laboratoire de Bactériologie, UFR de Médecine - Nantes, 2009

1- Plasmides : généralités et fonctions
1.1- Généralités- définition : 
Molécules d’ADN bicaténaire, circulaires en général 
Facultatifs (1 à 3% de l’ADN total) 
Extra-chromosomiques le plus souvent 
Capacité de réplication autonome (réplicons) 
Transmission stable au cours des générations 
Codent pour des fonctions de meilleure adaptation de
la bactérie hôte à l’environnement 
Maintien d’autant mieux qu’il procure
un avantage sélectif

SC 2009 2

mobilisation d’autres éléments génétiques Résistance aux antibiotiques Chaînes dégradatives et métaboliques particulières supplémentaires Facteurs de virulence : toxines.Fonctions diverses non indispensables mais utiles à l’adaptation de l’hôte à l’environnement : Fertilité.1.2. adhésines SC 2009 3 .Plasmides : généralités et fonctions 1.

soufre.plasmide : toxine SC 2009 4 .Fonctions diverses : Plasmides conjugatifs : pili sexuel facteur F Plasmides de Résistance : facteur R résistance aux antibiotiques et métaux lourds Plasmides métaboliques : gènes permettant l’utilisation de certains nutriments (citrate.Plasmides : généralités et fonctions 1. coli enterotoxinogène (tourista) .plasmide : facteur de colonisation .2. urée) Plasmides de virulence : E.1.

un des 2 brins est coupé Forme III : forme linéaire (deux brins coupés) Techniques d’étude SC 2009 5 .1.2.Plasmides : structure et organisation 2. relâchée.Structure (plasmides circulaires) Taille très variable de 1 à 400 kb ou plus Formé d’ADN double brin : 3 formes Forme I : circulaire covalente fermée Forme II : circulaire.

2.Plasmides : structure et organisation Forme II : forme relachée OC  Open Circle Forme I : Forme normale surenroulée CCC Covalent Close Circle SC 2009 6 .

Int) Gènes divers (résistance aux antibiotiques.2. Tn. etc…) Plasmides conjugatifs : même espèce ou différentes.2.Organisation des plasmides Flexible et variable suivant le plasmide Comporte une zone obligatoire de réplication  Réplicon Peut comporter aussi : Une région de transfert (opéron tra) chez les plasmides conjugatifs : pili et conjugaison Des éléments génétiques mobiles ou non (IS. conséquences et implication SC 2009 7 .Plasmides : structure et organisation 2.

Plasmides : structure et organisation Facteur F Operon tra IS.2. Tn Réplication SC 2009 8 .

2.Plasmides : structure et organisation Dissémination de l’information génétique = gènes de résistance SC 2009 9 .

2.Méthodes génétiques : La (les) fonction(s) est (sont) liées au plasmide porteur: Transferts plasmidiques Cure plasmidique Couplage des 2 méthodes 3.1.Plasmides : méthodes d’étude 3.Méthodes physiques : Isolement et purification de plasmide Ultracentrifugation à l’équilibre de densité (CsCl + bromure d’ethidium) .colonne Electrophorèse en gel (avec ou sans enzymes de restriction) Hybridation ADN-ADN (Southern blot) SC 2009 10 .3.

Méthodes génétiques : Transferts plasmidiques Hémolysine SC 2009 11 .3.1.Plasmides : méthodes d’étude 3.

Méthodes génétiques : Cure plasmidique Elimination du plasmide par croissance dans des conditions inhibant spécifiquement sa réplication Plasmide perdu et perte de fonction Ex. marqueur de virulence SC 2009 12 .Plasmides : méthodes d’étude 3. : résistance aux antibiotiques.1.3.

Plasmides de Bacillus anthracis –pXO1 •174 kb portent les gènes codant –Le facteur oedématiant (cya)I –Le facteur léthal (lef)III –L’antigène protecteur (pag)II –pXO2 •90 kb portant les gènes codant –La synthèse de la capsule (capA.Plasmides : méthodes d’étude Pouvoir pathogène : Bacillus anthracis repose principalement sur la présence d'une capsule et sur la synthèse de toxines.3. capC) . capB. SC 2009 13 .

2. double brin : moins de rupture et renaturation possible SC 2009 14 .2.1. 2.Méthodes physiques : 3.Dégradation des protéines et précipitation 3. circulaire.3.Récupération ADN et purification => Séparer le chromosome du plasmide Nombreuses techniques => lyse alcaline Lyse : altération des enveloppes bactériennes Alcaline : dénaturation ADN Forme surenroulée.Plasmides : méthodes d’étude 3.Rupture intégrité paroi bact.Isoler et visualiser le plasmide : extraction d’ADN 1.

colonnes : rapide SC 2009 15 .2.Techniques d’extraction Ultracentrifugation à l’équilibre de densité : CsCl + bromure d’ethidium Techniques modernes : .2.3.lyse .

Electrophorèse conventionnelle Confection du gel (Agarose.3.3. Acrylamide) Chargement des échantillons d’ADN Migration dans un champ électrique constant Coloration au BET (Bromure d’éthidium) SC 2009 16 .2.

Electrophorèse après restriction Collection de fragments de nombre et tailles définis Fonction des GC% (site de l’enzyme et ADN) Grande spécificité  Grande reproductibilité (RFLP) Linéariser le plasmide Comparaison du contenu plasmidique SC 2009 17 .2.3.3.

Typage moléculaire : profils de bande par restriction Profil plasmidique brut Profil plasmidique après restriction SC 2009 18 .

synthèse 5’-3’ et déplacement du brin coupé  Le plasmide fait largement appel pour sa synthèse à l’équipement enzymatique de la bactérie hôte  Diversité des régulations du nombre de copies SC 2009 19 .Généralités :  Réplication de type θ uni ou bidirectionnelle (oriV)  Réplication de type rolling circle  ouverture d’un brin.1.Plasmides : réplication (1) 4.4.

Plasmides : réplication de type θ Monodirectionnelle Bidirectionnelle SC 2009 20 .2.4.

3.4.Réplication de type rolling circle SC 2009 21 .

Réplication de type rolling circle SC 2009 22 .3.4.

4.5.Plasmides : réplication Les fonctions de la région oriV Spectre d’hôte : une ou plusieurs espèces Régulation du nombre de copies (1 à des centaines) : stringente ou rélâchée Répartition des copies entre les bactéries filles (par) Incompatibilité des plasmides SC 2009 23 .

non conjugatifs.Plasmides : classifications (1) Selon la taille ou le phénotype Peu de valeur. faible nombre de copies : réplication stricte Phénomène de mobilisation (un petit plasmide non conjugatif est mobilisé et transféré par un plasmide conjugatif) SC 2009 24 . nombre élevé de copies. conjugatifs.5. réplication relachée (peu contrôlée) Gros plasmides. car ne tient pas compte de la plasticité du plasmide Selon la taille. nombres de copies Petits plasmides. conjugatif ou non.

Groupes d’Incompatibilité : Certains plasmides ne cohabitent pas durablement dans la même bactérie (F’gal et F’lac).Plasmides : classifications (2) 5.5. culture en milieux non sélectifs (glucose)  Elimination de l’un des plasmides => compétition L’incompatibilité est un phénomène général Deux plasmides incompatibles ont un ancêtre commun et des systèmes de réplication ou de répartition semblables Leurs ADN sont fortement homologues (réplication) SC 2009 25 .1.

Types piliaires : Plasmides conjugatifs : pili sexuels récepteurs de phages Pili identiques  Sensibilité aux mêmes phages Moins discriminants que les groupes d’incompatibilité : groupe piliaire F comprend différents groupes SC 2009 26 .5.Plasmides : classifications (3) 5.2.

Plasmides : quelque plasmides célèbres Facteur F Prototype du gros plasmide conjugatif à petit nombre de copies (découverte de la conjugaison) Facteurs R Plasmides de résistance aux antibiotiques (conjugatifs le plus souvent) pBR322 Vecteur de clonage très utilisé aux premier temps du clonage et du génie génétique SC 2009 27 .6.

Plasmides Gènes de réplication et répartition SC 2009 28 .6.

Plasmides : clonage génétique Intérêts : Biotechnologies production de médicaments (plasmides recombinants) Application pour le séquençage Etc… SC 2009 29 .7.

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