BMCP - PARTIE 1 - Régulation de l'expression des gènes : application à la pathologie

03/11/2015
GAVAZZA Sophie L2
CR : NICOLAS Margot
BMCP
SAVENU Alexandru
10 pages

Regulation de l'expression genique : application à la pathologie

PARTIE 1

Plan :
A. Introduction
B. Niveaux de régulation
C. Modification de la chromatine
I.Modifications post-traductionelles des histones
II. Méthylation de l'ADN
III. Remodelage de la chromatine ( non abordé en cours )
D. Les éléments '' cis '' et les facteurs de régulation '' trans ''
I.Généralité
II.Les récepteurs nucléaires
E. L'interférence ARN
F. Le projet Encode

Le plan est celui pour les deux parties du cours.

A . Introduction

Le génome humain est composé d'environs 25 000 gènes (séquence précise d'ADN exprimant une protéine).
CR : Certains gènes sont exprimés partout, et d'autres de façon spécifique dans un tissu, une cellule, voire de
façon adaptée.
L'expression de chaque gène doit être contrôlée (dans le temps et dans l'espace), au moment voulu, à l'endroit
voulu. CR : La régulation de l'expression des gènes est à l'interface entre génétique et biologie moléculaire.

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Sur un gène peut voir plusieurs régions :

– la séquence d'ADN
– la région 5'UTR
– le commencement par un promoteur
– puis une succession d'exons (régions codantes) et d'introns (régions régulatrices qui ne codent pas pour
les acides aminés)
– puis la région 3'UTR

CR : Les exons sont des régions codantes traduites par des séquences protéiques. Les introns sont des
intervalles. Cette structure générale est extrêmement variable.

• Les introns sont variables, par exemple il existe d'énormes variations de taille allant de quelques dizaines de
pb à quelques centaines de kp
• Pour les exons, la taille moyenne est de 122 b (interne), ils sont relativement homogènes. Le nombre moyen
est de 9 exons, mais il y a de considérables variations (ex : la titine, protéine impliquée dans le contrôle de
l'assemblage des protéines du sarcomère, a 363 exons). CR : Chaque exon code pour une partie fonctionnelle
d'une protéine.

• La taille moyenne d'un ARNm (CR : obtenu par réunion des exons) est de 2,6 kb, mais il y a également de
considérables variations (titine : 115kb).

• La taille moyenne d'un gène humain est de 27kb et la taille médiane est de 14 kb (certaines gènes sont très
long comme la dystrophine 2400 kb).

– Environ 4% de la longueur d'un gène humain est codant pour une protéine.
– 1,5 % du génome est codant
– 25 % du génome représentent des gènes codant pour des protéines (soit une petite partie )

Exemples de gènes de tailles très variables :

CR : On a de très petits gènes qui font moins de 10kb. Ne retenir qu'un exemple de chaque classe.

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Plus la taille d'un gène augmente, et moins on a de contenu exonique (la dystrophine a une taille très
importante, et contient très peu d'exons). CR : On a 100% de contenu exonique pour les petits gènes, et on peut
arriver à seulement 1% de contenu exonique pour les grands gènes.

B. Niveaux de régulation

Toutes les étapes de transcription peuvent être un site de régulation

Sites de régulation :

– le premier niveau de régulation se fait au niveau de la transcription (passage de l'ADN en ARNm

primaire). CR : Si l'organisme n'a pas besoin de la protéine, ou en moindre quantité. Exemples :
– modifications post-traductionnelles des histones
– remodelage de la chromatine
– méthylation des cytosines de l'ADN

– le deuxième niveau de régulation se fait au niveau de la transformation de l'ARNm primaire en ARNm

mature avec un processus qu'on appelle '' épissage '' qui est l’élimination des introns (CR : et la mise
bout à bout des exons). Exemples :
– sites de régulation en '' cis '' et en '' trans ''
– choix de promoteurs et épissage alternatif
– interférence ARN

– le troisième niveau de régulation se fait au niveau du transport de l'ARNm mature du noyau vers le
cytosol (protection en 5' et 3')
– le quatrième niveau de régulation se fait au niveau du cytoplasme, avec les ribosomes, enzymes de la
traduction

– enfin il y a la régulation post-traductionnelle : les protéines nouvellement synthétisées doivent subir

des transformations pour arriver à une protéine mature qui exercera sa fonction.

CR : Il y a des éléments de régulation proximaux, comme le promoteur, et d'autres distaux, comme les
activateurs ou les inhibiteurs (enhancers...).

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C. Les modifications de la chromatine régulent l'expression du génome

Les premières modifications sont le remodelage de la chromatine, qui est la forme sous laquelle se trouve
l'ADN entre 2 divisions cellulaires. La chromatine présente (en dehors des périodes de division) des plages
claires ou sombres :

– Les régions sombres, plutôt en périphérie du noyau, correspondent à l’hétérochromatine (hétéro-

chromatine constitutive + hétérochromatine facultative)

– Les régions plus claires correspondent à l'euchromatine, dispersée dans le noyau, et qui est la forme
active de la transcription car elle correspond à des fibres de diamètre de 10 à 11 nm organisées avec les
nucléosomes . C'est la partie accessible pour les enzymes.

I. Modifications post-traductionelles des histones

Un octamère d'histones forme un nucléosome.

L'extrémité N-terminale des histones est saillante à l’extérieur du

nucléosome, elle peut être modifiée (ces modifications sont
essentiellement transitoires). Elles peuvent modifier la structure de la
chromatine (au moment de la réplication et de la transcription) en
modifiant la charge donc l’intégration avec les phosphates (chargés -) de
l'ADN.
Cette extrémité est riche en acides aminés basiques (arginine, lysine)
donc chargée + au pH cellulaire.

L'histone H1 (qui ne fait pas partie du nucléosome) peut aussi être phosphorylée.

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Modifications :
– acétylation sur des lysines ( HAT / HDAC )
– méthylation sur lysine arginine HMT / L5D1
– phosphorylation sur sérine (kinases /
phosphatases)
– ubiquitinilation sur lysine (E1 E2 E3/ isopeptidase)
. Les sites d'ubiquitinilation sont plutôt situés en C-
terminal, contrairement aux autres.

Les phénomènes les plus importants sont de loin ceux

d'acétylation et de méthylation

a. L'acétylation des histones (sur lysine)

Des protéines possédant une activité ''histone acetyl transferase'' (HAT) sont étroitement associées à la
régulation de l'expression des gènes. CR : Cette activité est possédée par beaucoup de protéines. Ces protéines
ne fonctionnent pas seules mais au sein de complexes multiprotéiques (ex : récepteur hormonaux nucléaires).
Exemple : CBP/P300 (cAMP respons element bindin protein / p300).

b. La méthylation des histones (sur lysine et arginine)

C'est un phénomène limité à certaines histones.

L'histone H3 peut être méthylée sur les lysines 4 et 9
– La méthylation en 9 crée un site de liaison pour la protéine HP1 qui induit la compaction de la
chromatine (expression du gène inhibée)
– La méthylation de la lysine en position 4 a l'effet inverse

Les méthylases d'histone sont maintenant caractérisées (environ 20 chez l'homme).

Une seule histone déméthylase a été décrite a ce jour, la LSD1 (lysine specific déméthylase 1) qui est capable
de déméthyler la lysine 4 de l'histone H3.
c. La phosphorylation des histones

La majorité des études on été faites sur la sérine 10 de H3 qui a un effet activateur dans la transcription mais
celle ci joue probablement un rôle mineur.

d. L'ubiquitinilation des histones (H2A et H2B)

L'ajout d'ubiquitine est généralement associé à la dégradation par le protéasome . Mais ici, elle semble non
dégradative. L'ubiquitine semble avoir une fonction dans la spermatogenèse ? La réponse au stress ? La
formation de l' hétéro-chromatine ?

CR : Les sites d'acétylation, de phosphorylation et de méthylation sont très proches sur l'extrémité N-
Terminale.
Chaque modification influence des autres (pas à apprendre pas cœur, ne pas retenir le numéro des AA) :

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exemples : la phosphorylation de la sérine 10 de H3 entraîne :

– une acétylation plus importante de la lysine 14 sur la même histone mais
– inhibe la méthylation de la lysine 9 et inversement

La méthylation de l'arginine 3 de H4
– augmente l’acétylation des lysines 8 et 12 de cette histone . En revanche, l’acétylation des résidus 5, 8,
12 et 16 inhibe la méthylation de l'arginine 3

la phosphorylation de la sérine 1 de H4
– inhibe l'acétylation de la lysine 5, une inhibition bloquée par la méthylation de l'arginine 3

CR : Plus on a de sites de régulation, plus la situation est compliquée. Il est important de noter que la
modification des histones peut aussi réguler la modification de l'ADN : la méthylation de la lysine 9 de H3
peut diriger la méthylation de l'ADN (CR : de la séquence d'ADN qui l'entoure). La méthylation d'une histone
(protéique) intervient donc sur la méthylation de l'ADN qui lui est non-protéique.

Effet des modifications sur les queues d'histones :

• L'acétylation détermine une interaction avec une protéine à bromodomaine, et en général l’interaction ADN-
histone est moins forte (facilitation de la transcription des gènes)
• Par contre, une méthylation détermine une interaction avec une protéine à chromodomaine, et l’interaction
ADN-histone est plus forte (pas de transcription)

e . La désacétylation des histones

Elle est généralement associée à une inhibition de l'expression génique (CR : puisque l'acétylation est une
facilitation de l'expression génique), les groupements acétyls sont enlevés par des désacetylases d'histones
(HDAC). Comme des HAT, les HDAC font partie de complexes multiprotéiques (CR : c'est-à-dire une
association à d'autres éléments répresseurs de l'expression des gènes).
Exemple : sin3a et NuRD qui contiennent des protéines proches du complexe SWI / SNF et d'autres qui se lient
aux cytosines méthylées de l'ADN.

CR : Les HDAC sont recrutées par des co-répresseurs dans des complexes de répression de la transcription
(ex : récepteurs nucléaires d'hormones).

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Hypothèse du ''code histone''

Chaque gène porterait une ''étiquette'' d'histones modifiables d'une manière unique et caractéristique du gène.
La traduction se ferait via des complexes protéiques capables de reconnaître ces états de méthylation et
d'acétylation.
Les domaines protéiques les mieux caractérisés sont les bromodomaines et les chromodomaines et certaines
de ces protéines non histones possèdent plusieurs de ces domaines et peuvent donc reconnaître des
combinaisons de modifications. Mais on peut aussi considérer que les modifications observées sont la
conséquence d'activation / répression de la transcription.
Mais les protéines spécifiques liant l'ADN restent les supports de spécificité les plus forts.
CR : On peut modifier l'état d'acétylation des histones, ce qui
joue un rôle dans la transcription de l'ADN (pareil pour
méthylation), avec des médicaments.

II. Méthylation de l'ADN

L'ADN bactérien est méthylé de façon à pouvoir reconnaître un ADN étranger et/ou nouvellement répliqué
(sites de restriction). Chez les eucaryotes, le rôle principal semble être la régulation de l'expression des gènes.
C'est la cytosine des doublets CpG qui est méthylée.
En première approximation on peut associer séquences méthylées et inactivation des gènes.
CR : On a en général une moindre expression des gènes méthylés, mais il y a cependant des exceptions.

Plusieurs méthylases ont été caractérisées (CR : elles agissent au niveau de l'ADN sur les cystéines) :
– Dnmt1 procède à la méthylation conservatrice ( au cours de la réplication)
– CR : Dnmt3a et Dnmt3b à la méthylation de novo (phénomène empreinte parentale).

Transmission du patrimoine méthylé : désamination des cytosines méthylées

Après la désamination, une cytosine devient un uracile, et une 5-méthyl-cytosine devient une thymidine.
Dans la fabrication des gamètes, on a des modifications de transmission et du profil méthylé.

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Conséquences :
Ce mécanisme conduit (à l’échelle de l’évolution) à la déplétion en CpG de l'ADN (généralement 20% de la
fréquence attendue) partout où les CpG étaient méthylés. À l'inverse, la présence de nombreux CpG est souvent
associée à une région 5' d'un gène exprimé, hypométhylée.

On appelle '' îlot CpG'' des séquences de quelques centaines de pb riches en GC hypométhylées, souvent
situées en amont de gènes exprimés (en amont du promoteur). Ils peuvent etre facilement repérés par des
enzymes de restriction qui coupent rarement ce qui peut permettre le repérage cartographique et le décompte
des genes présents dans une séquence.

Gènes à empreinte

Les allèles d'origine paternelle ou maternelle d'un même gène peuvent

différer par leur pattern (profil) de méthylation : ce phénomène s’appelle
''empreinte génétique''. Ceci résulte de méthylations de novo à des sites
spécifiques dans les cellules germinales.
Il s'agit d'un exemple classique d'héritage épigénétique. On connaît une
quarantaine de gènes soumis à une empreinte parentale.

Épigénétique vs génétique

– Génétique : étude des caractères héréditaires transmissibles selon des lois de Mendel. Ces caractères
sont portés par les gènes et codés par l'ADN

– Épigénétique : étude des caractères tels que les changements des états de transcription des gènes qui
sont héritables au cours des divisions cellulaires mais qui n’impliquent aucun changement de la
séquence de l'ADN Ces caractères sont en général réversibles (« reprogrammables » selon le type
cellulaire) et sont portés par des modifications dites épigénétiques. On connait une vingtaine de
maladies liées à ces modifications (exemple : syndrome de Rett).

CR : Exemples de maladies génétiques induisant des altérations épigénétiques-altérations du génotype qui

induisent des altérations de l'épigénotype :

Exemple 1 : Pradel Willi vs Angelmann

Une recombinaison non allélique conduisant à une délétion ou duplication d'une région de 4Mb en position
15 q11-q13 conduit à deux situation différentes suivant l'origine paternelle ou maternelle de l’allèle muté :

– Si c'est l’allèle paternel qui est délété : syndrome de Pradel Willi. On a un retard mental, une
hypotonie, et un appétit incontrôlable
– Si c'est l’allèle maternel : syndrome de Angelmann. On a une microcéphalie, un retard mental sévère
avec absence de dialogue, des mouvements saccadés et sans coordination.

Exemple 2 : le syndrome ICF

Il s'agit d'une immunodéficience, une instabilité centrométrique, ainsi qu'une dysmorphie faciale. Le syndrome
est directement causé par des mutations du gène de la DNA méthyltransférase 3b.

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Exemple 3 : le syndrome de Bechwith Wiedemann

CR : C'est une maladie résultant directement d'altérations directes de l'épigénétique.
C'est un syndrome de croissance excessive (macrosomie) associant une macroglossie (grosse langue), une
viscéromégalie (gros organes internes), des anomalies de développement avec surtout des anomalies de la
fermeture de la paroi abdominale (omphalocèle).
Il prédispose au développement de tumeurs embryonnaires dont la plus fréquente est la tumeur de Wilms ou
néphroblastome.
Causes : le SBW est secondaire à une dérégulation de l'empreinte parentale des gènes de la région
chromosomique 11p15 en particulier du gène IGF2 (Insuline Growth Factor) donc un seul allèle (parternel) est
en général exprimé.

Relation entre méthylation de l'ADN et expression génique

• Le syndrome de Rett
Dysfonctionnements neurologiques chez les filles (létal chez les garçons) par mutation du gène codant pour la
protéine MeCP2.
MeCP2 (dont le gène est sur l'X) mutée ne permet pas le recrutement de HDAC → dérépression de plusieurs
gènes.
CR : C'est un phénomène insidieux, difficile à diagnostiquer.

Modification de la chromatine, conclusion :

Les modifications post-traductionelles des histones, la méthylation de l'ADN et ce qu'il est convenu d'appeler le
remodelage de la chromatine sont des processus intimement liés chronologiquement et topologiquement.
Toutes ces modifications montrent des corrélations claires avec les différents états de la chromatine mais il n'a
pas été possible d’identifier un contrôle unique.
Chacun des processus décrits contribue pour une part à une combinaison d'ensemble qui détermine l’état de la
chromatine à un endroit et un moment donné.

D. Les éléments ''cis'' et les facteurs de régulation ''trans''

I. Généralités

Promoteur minimal de la Pol II :

Dans presque tous les gènes, on trouve une boîte de séquence TATAA . Elle est située environs 35 paires de
nucléotides en amont du site d'initiation de la transcription.

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Assez souvent on trouve aussi d'autres séquences au voisinage immédiat de la boite TATAA par exemple :
– en aval un élément ''down promoter elements'' DPE ou et DCE ''downstream core element''
– Le site d'initiation de la transcription (Inr)
Ces deux éléments sont reconnus par des facteurs TAFs
– En amont, on remarque des séquences GC-riches lient des facteurs Sp1(par exemple)
– Séquences CATAA lient les facteurs de la famille C/EBP (Cat box Enhancer Biding Protein)

Éléments cis au voisinage du promoteur (éléments proximaux) dans quelques exemples :

Initiation de la transcription par l'ARN polymérase II : formation du PIC

– En premier le Complexe de Pre Initiation (PIC) dans lequel va venir s'insérer l'ARN polymérase II
– L'ensemble des protéines qui participent à la constitution de ce complexe d'initiation s'appelle
généralement les facteurs généraux de la transcription.

→ intervention des facteurs généraux de transcription (éléments ''trans'') : TBP, TFIIA, TFIIB, TFIIE, TFIIF,
HTFII et TAFs (TBP Associated Factors).

Dans les gènes régulés, en plus des éléments précités, on trouve d'autres éléments (« cis ») capables de fixer un
grand nombre de facteurs différents.

CR : Les co-activateurs et co-régresseurs agissent sur le complexe général ou sur les éléments de régulation
spécifiques. On a une immense diversité de protéines qui vont intervenir.

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