CHAPITRE I : LES MICROORGANISMES DANS LES PROCEDES INDUSTRIELLES

INTRODUCTION :

Domaines d’activité de la microbiologie industrielle :

- Agroalimentaire : agents de saveurs, émulsifiants, fermentations alcoolique, lactique

Production d'énergie (éthanol, méthane, hydrogène )
- Production de solvants (acétone, butanol, )
- Environnement (bioremédiation des sols pollués, épuration biologique de 'eau, forage
pétrolier, extraction de minerais ou biolixiviation)
- Agriculture, horticulture, vecteur pour la production d’OGM (Depuis 1973, année qui
marque les débuts du génie génétique, il est devenu possible de (re)programmer le
génome des cellules, c’est à dire de créer ce qui sera appelé des organismes
génétiquement modifiés (OGM). De tels organismes sont maintenant capables
d’exprimer n’importe quelle séquence d’ADN) herbicides, insecticides, hormone
végétales.
- Biologie moléculaire (production d'enzymes de restriction)
- Industrie pharmaceutique (antibiotiques, vitamines, acides aminés, insuline, hormone
de croissance, hydrocortisone, interféron beta1b, et de nombreux autres produits du
groupes des antitumoraux, immunosuppresseurs, antiinflammatoires)

De ce fait, ont été mises au point de nouvelles voies d’obtention de substances comme
(insuline, hormone de croissance, interféron, interleukine ou autres). Et à partir des années
2000, un nouveau terme est née c’est la biotechnologie, c’est à dire un mode de production
plus efficace et fonctionnant dans des conditions plus économique en énergie et moins
polluantes que la production industrielle traditionnelle. Sous le vocable de "biotechnologie"
sont rassemblées des techniques spécifiques "informées" par les progrès de la microbiologie,
de la biochimie, de la biologie cellulaire et moléculaire, de la génétique, du génie chimique,
de l'informatique… Celles-ci ont en commun le fait qu’elles sont partie prenante dans un
"procédé biotechnologique", c’est à dire la production à grande échelle d’un "produit
d’intérêt" qui est susceptible d’être commercialisé. Ce sont les principaux produits qui
concernent notre alimentation, santé, environnement.
D’autre part, qui dit "production à grande échelle" implique la prise en compte de la
triade : recherche, développement et production.
FAO : Organisation des Nations-Unies pour l’Alimentation et l’Agriculture a donné deux
définitions à la biotechnologie :
- L’utilisation de procédés biologiques ou d’organismes vivants pour la production de
matières et de services bénéfiques à l’humanité. La biotechnologie implique
l’utilisation de techniques qui augmentent la valeur économique des végétaux et des
animaux et développent des microorganismes afin d’agir dans l’environnement ».
« La biotechnologie implique la manipulation, sur des bases scientifiques, d’organismes
vivants, particulièrement à l’échelle génétique, afin de produire des nouveaux produits tels
que les hormones, les vaccins, les anticorps monoclonaux, etc. ».

Les différentes productions industrielles grâce à la biotechnologie :

- Production de biomasse microbienne pour l’alimentation animale.

- Production microbienne de substances chimiques telles que l’acide citrique, l’acide

glutamique, les acides aminés, etc.

- Production microbienne ou enzymatique d’antibiotiques et de vitamines.

- Production à grande échelle de substances chimiques auparavant produites à partir du

pétrole, notamment l’éthanol, le butanol, l’acétone, l’acide acétique, etc.

- Production, des microorganismes génétiquement modifiés, d’antigènes, d’anticorps,

d’agents thérapeutiques et de diagnostics auparavant fabriqués à partir d’organismes
supérieurs.

- Produits pour l’industrie alimentaire, par exemple : enzymes, adjuvants alimentaires

exp une micro-algue spirulina à intérêt pharmaceutique, cosmétique et plus
particulièrement alimentaire. Sur le plan de la composition chimique, les spirulines
contiennent environ 70 % de protéines. La teneur en acides aminés essentiels est mieux
équilibré que celles issues de plantes (déficience en lysine).
 Il s’agit de technologies moins polluantes ne comportant pas de risques pour
l’environnement (ou des risques minimums) comme résultat de l’application des
différents domaines de la biotechnologie peut également être considérée comme le
fruit de la biotechnologie et être appliquée à différents secteurs industriels.

Chapitre II : FERMENTATIONS INDUSTRIELLES

L’exploitation industrielle des microorganismes passe par la maitrise de leurs potentialités

métaboliques, elle est orientée soit pour l’obtention d’une culture dense donc production de
biomasse, soit pour ses métabolites soit pour ses capacités de transformer, convertir et
recycler différent substrats.
Intérêt de l’utilisation industrielle des microorganismes :
- Coût : plus faible que les procédés par voie chimique,
- Faisabilité : synthèse et biotransformations (ex : prostaglandines, stéroïdes) de
certaines molécules ne peuvent se faire que par voie microbienne spécificité de la
réaction
- Sécurité accrue exp absence de contaminant virus (sida, hépatite B) ou prion dans une
hormone produite par transformation génétique d’un microorganisme exp : cas de
transmission d’une maladie par hormones de croissance extraites de l’hypophyse de
cadavres contaminés.

I . Production de biomasse 

La production de biomasse peut avoir plusieurs objectifs :

- Consommation humaine et animale (levains, probiotique…. Ferments…), la production
des levures diététique : un complément alimentaire qui stimule le système immunitaire,
et permet de lutter contre la fatigue et le surmenage et de levure utilisée dans
l’alimentation des bétails comme source de proteine: SCP (single cell protein)
Microorganismes source de proteine : des micro-algues, des bactéries, des levures et des
champignons (fungi) filamenteux. Escherichiacoli est largement utilisée dans la production de
protéines parce que leur matériel génétique est connu. Il est également facile à implanter dans
le fermenteur (les conditions de croissances sont connues). De plus l'expression de protéines
est élevée à l'aide de ces bactéries (plusieurs grammes / L de protéine produites).
Autres bactéries sont utilisées comme Bacillus subtilis, Streptomyces
Parmi les moisissures utilisés dans la production des protéines, il ya Rhizopus et
Penicillium roqueforti.
- Source de métabolite après extraction et lyse cellulaire : exp enzyme intracellulaire

L’obtention d’une culture en masse dépend de deux facteurs :

1 : La gestion des procédés de culture
2 : La connaissance des facteurs limitant la croissance
Donc il faut maitriser cette culture de point de vue géométrique cad dans un système
maitrisable et contrôlé c’est le bioréacteur (Maitriser le concept du bioréacteur)
Un bioréacteur est équipé de système de contrôle et de régulation suivant la nature de la
réaction, on distingue les bioréacteurs enzymatiques, les cuves de fermentation alimentaire
(pas d’ajout), les bioréacteurs de traitement des eaux et les fermenteurs (biomasse et
métabolite)

I .1 Croissance bactérienne (modélisation mathématique) voir doc 1

I .2 Les bioréacteurs

Un bioréacteur est équipé de système de contrôle et de régulation suivant la nature de la
réaction, on distingue les bioréacteurs enzymatiques, les cuves de fermentation alimentaire
(pas d’ajout), les bioréacteurs de traitement des eaux et les fermenteurs (biomasse et
métabolite). Pour réaliser la culture des cellules ou des micro-organismes choisis, et
seulement la culture de ceux-ci, il faut, avant d'introduire l'inoculum, stériliser complètement
le bioréacteur. Dans le cas de petits appareils (de 2 à 10 litres en général), on prépare la cuve,
puis on stérilise cette dernière dans un autoclave à 120 °C. Ces petits fermenteurs sont donc
souvent appelés "Autoclavables". A l'inverse, dès les tailles supérieures, les réacteurs sont
stérilisés sur place, avant culture, par circulation de vapeur. Ils sont dits "Stérilisables in Situ".
Certaines unités sophistiquées sont dotées de séquences automatiques de stérilisation.
Quelle que soit la taille du bioréacteur, c'est cette contrainte de stérilisation avant culture, puis
de maintien de conditions "stériles" vis à vis de l'extérieur pendant les cultures, qui rend
particulièrement complexes la conception et la fabrication de ces matériels.
Chaque réaction est contrôlée par des conditions optimale qui vont définir le maximum de
production (biomasse ou métabolite) exp pour saccharomyces cerevisiae en présence
d’oxygène va donner un maximum de cellule et en absence d’oxygène maximum d’éthanol.
Parmi les facteurs contrôlés dans les fermenteurs, l’agitation, l’aération, la régulation du pH la
régulation de la température (réaction exothermique, il faut un refroidissement et
endodermique il faut un chauffage), régulation de la mousse (ajouter un anti-mousse).Tous
ces facteurs seront contrôlé suivant plusieurs paramètres comme la conception géométrique
des bioréacteurs, le système de contrôle (manuel ou automatique, et le mode d’alimentation.

I.3. Mode d’alimentation des fermenteurs

Il existe trois modes d’alimentation suivant la nature de la culture (objectif….),
a. Culture fermé discontinue batch non alimenté : le système est fermé pas d’entrée
ni de sortie, le volume est constant l’avancement de la réaction dépend du temps
cad tous les paramètres varient en fonction du temps. ce système est utilisé pour
production de cellule et d’enzyme
b. Culture semi continue fed-batch (alimenté) : la fermentation est réalisée dans un
volume plus faible pied du cuve, lorsque la culture atteint sa phase exponentielle,
le milieu est rajouté dans le fermenteur de manière à ce que le débit est réglé pour
que le substrat et la biomasse reste constant. Quand la cuve est remplit on arrête
l’ajout du milieu et la croissance rejoint la courbe de croissance en régime
discontinue.
L’avantage de ce mode de fermentation :
- plus de productivité, en peu de temps,
- travailler à des vitesses max (µmax)
- possibilité de modifier le milieu au cours de la réaction
- addition du substrat lentement de manière à éviter les concentrations inhibitrice exp
dans le cas de la production de pénicelline (une concentration de glucose importante
peut être inhibitrice de la croissance de penicellium

c. Culture continue ouvert alimenté (réacteur parfaitement mélangé) chemostat :

La culture est toujours homogène dans tout les points du fermenteur, il ya une entrée et une
sortie du milieu, à l’équilibre tous les paramètres sont constants, le déroulement de la réaction
dépend d’un taux de dilution D cad taux auquel est rajouté le milieu par unité de temps. Dans
ce régime on parle de temps de séjour au lieu de temps de fermentation dans le cas du régime
batch.
Ce mode est appliqué dans les stations d’épuration d’eau usée