Virologie

Origine: Théorie de la « fuite » des gènes

l’analyse de la séquence nucléotidique des virus

indique qu’ils possèdent l’équivalent de séquences
spécifiques de la cellule-hôte.

Tout cela conforte l’hypothèse, qu’il s’agit de

morceaux d’acides nucléiques «échappés », n’étant
plus sous le contrôle de la cellule.
 Classification Baltimore

Virus à ADN
Gr I - ADN double brin
Gr II - ADN simple brin
Virus à ARN
Gr III - ARN double brin
Gr IV - ARN simple brin à polarité (+) (type ARNm)
Gr V - ARN simple brin à polarité (-)
Virus à ADN ou à ARN à transcription inverse
Gr VI - rétrovirus à ARN simple brin
GrVII - rétrovirus à ADN double brin
 la classification de l’international Committee on
Taxonomy of Viruses (ICTV)

- Ordre (3) virales

- Famille (96), viridae

- sous-famille, virinae
- genre, virus

- espèce (2600)
 Taille et structure des virus

- La microscopie électronique

- la diffraction aux rayons X

- les analyses biochimiques

- les techniques immunologiques…

1- Virus icosahédriques:

- La capside de ces virus est constituée à partir de sous-

unités protéiques appelées protomères.

- Dans une capside icosahèdrique, ces protomères sont

organisés en capsomères composés de pentamères (5
éléments) et d’hexamères (6 éléments).

- Cette structure possède 20 faces en forme de triangle

équilatéral
 Virus icosahèdrique

Icosahèdre Arrangement des

protéines dans un
virus icosahèdrique
2- Virus hélicoïdaux:

- Ces virus sont des cylindres longs, minces et creux

composés de protomères particuliers.

ex: le virus hélicoïdal de la mosaïque du tabac (TMV)

 Virus hélicoïdal

- Protomère possède 158 Aa

- 2130 copies de la sous-unité
3- Virus enveloppés:

Structure membranaire externe qui entoure la

nucléocapside. L’enveloppe membranaire est
constituée d’une bicouche lipidique et peut posséder
des glycoprotéines spécifiques (spicules) implantées
dans le lipide.
Virus enveloppés
Virus complexes

Ils ont une capside symétrique, mais souvent le

virus est assemblé à partir d’éléments synthétisés
séparément (tête, queue...).

ex: Le virus T4 d’Escherichia coli

Virus T4
d’Escherichia coli
 Propagation virale

Quatre phases virale

1- Fixation

2- Pénétration ou injection

3- Réplication du génome

4- Assemblage
1. Attachement ou adsorption.

Il existe des sites spécifiques sur la surface de la

bactérie où le virion se fixe.

2. Pénétration ou injection.

- l’acide nucléique accède au cytoplasme de l’hôte,

ce qui provoque l’arrêt immédiat des fonctions

normales de la cellule-hôte
- les virus bactériens et végétaux provoquant une
infection peuvent entrer en traversant la paroi
cellulaire,

- les virus animaux traversent la membrane cellulaire.

Ceci a des conséquences sur la structure des virus.
3. Expression des gènes et réplication du génome.

- le génome viral est exprimé et dupliqué.

- pour sa réplication, le virus utilise l’ATP, les

ribosomes, enzymes …de la cellule hôte
4. Assemblage et libération.

L’acide nucléique viral est empaqueté dans la capside

et le virus mature est libéré.
 Culture des virus

Culture cellulaire

Des cellules prélevées aseptiquement sur une plante

ou un animal sont placées dans des récipients stériles
en verre ou en plastique.

Cellules + surface solide + nutrition =

une monocouche = culture cellulaire .

- Un inoculum viral est vaporisé sur la couche
cellulaire et si les cellules dans la culture sont
sensibles, le virus peut survivre .

- Des zones de destruction cellulaire sont alors

observables
 Quantification des virus

1- Un comptage direct

par microscopie électronique

2- Technique des plages

- boîtes de Pétri + milieu gélosé (culture de l’hôte) +

des dilutions de la suspension virale (en fusion)

- Une dilution adéquate, provoquera l’apparition de

zones claires; ces zones sont appelées plages

- Le comptage des plages, permet d’estimer le

nombre d’unités formant plages (UFP) dans la
suspension initiale.
Plages de bactériophage
E.coli / T4
 Purification des particules virales

Méthode de purification incluant

- Centrifugation

- la précipitation,

- la dénaturation

- la digestion enzymatique.
Centrifugation

- Les cellules-hôtes infectées

sont lysées puis subissent la

centrifugation.

- Les plus grosses particules cellulaires sédimentent à

relativement faible vitesse et le surnageant contient les
virus.
Précipitation

- Les protéines issues des

débris cellulaires et des virus

précipitent à des [salines] différentes.

- Les sels sont en compétition avec les protéines vis-

à-vis de l’eau disponible et des protéines spécifiques
sont associées à des [salines] particulières.
Dénaturation

- Certains virus sont insensibles à des solvants

organiques qui dénature les débris cellulaires de
l’hôte.

- Les virus se retrouvent dans la phase aqueuse.

Digestion enzymatique

- Des protéases et nucléases particulières peuvent

digérer les constituants cellulaires et un virus
spécifique peut résister à ces enzymes.

- Les composants cellulaires seront solubilisés et les

virus pourront être obtenus par centrifugation.
 Génome viral et reproduction

Le génome des virus qui infectent les plantes, les

animaux ou les bactéries est composé d’ARN ou
d’ADN

- simple chaîne (ss)

- d’une double chaîne (ds)

Un génome viral peut être:

- un simple brin d’ARN qui est un ARNm (+)

- ou un ARN (-) qui peut être transcrit en ARNm qui

est traduit pour la production de protéines

- le brin négatif (-) de l’ADNds est celui transcrit en

ARNm. En conséquence, l’ARNm traduit en
protéines est considéré plus (+).
Certains virus produisent des ARNm précoces et tardifs,

les protéines précoces:

- Issues de la traduction des ARNm précoces obligent la

cellule-hôte à cesser ses fonctions normales.

- Ceci se traduit par la réplication des acides nucléiques

viraux et d’enzymes spécifiques du virus.
Les protéines tardives:

synthétisées à partir de l’ARNm tardif, sont

impliquées dans la synthèse de la capside et d’autres
protéines nécessaires pour l’assemblage des virus
matures.
Bactériophages
Virus bactériens

en 1915 découverte

- agent causant la destruction de colonies bactériennes

- actif à haute dilution, thermolabile

- passait à travers un filtre capable d’arrêter les bactéries.

virus bactériens = bactériophage

Famille de quelques virus bactériens
Deux types de conséquences de l’attaque virale:

- virus se reproduit et détruit l’hôte.

- virus établit une interaction mutuelle bénéfique avec la

bactérie. Donc propagation du virus et survie de l’hôte.
L’association est appelée lysogénie et les virus sont dits
virus tempérés.
Reproduction virale (hôte bactérien)
Cycle lytique et cycle lysogènes
La lysogénie

- Peut protéger l’hôte, en modifiant les sites de

fixation utilisables par d’autres virus bactériens plus
dangereux

- La lyse de tous les hôtes pourrait provoquer la

disparition du virus, alors que la bactérie lysogène est
apte à le conserver indéfiniment.
1/1000 des cellules infectées subit la lyse et produit
des virions. Les protéines qui répriment l’expression
des gènes impliqués dans l’infection lytique sont
issues du prophage intégré (provirus).
Dans certaines conditions, l’état lysogène est perdu,
le virion est activé et la lyse se produit. Ceci est
appelé induction du cycle lytique.

elle est favorisée par les agents mutagènes:

- UV

- les rayons X

- les moutardes azotées

Conversion lysogénique

La conversion lysogénique change le phénotype

de la cellule et peut entraîner l’accroissement de la
pathogénicité chez certaines bactéries
responsables de maladies.
Exemples:

- Les souches lysogènes de Corynebacterium

diphtheriae produisent une exotoxine qui est la cause
de la diphtérie.

- La scarlatine est due à une toxine libérée par un

Streptococcus pyogenes lysogénisé.

- la toxine botulinique est aussi le produit d’un

Clostridium botulinum portant un prophage.
 Phage lambda

Classification

- Type Virus

- Groupe Groupe I

- Ordre Caudovirales

- Famille Siphoviridae

- Genre λ-like viruses 

- Espèce Phage lambda

Phage lambda λ

L’intégration du phage λ est réalisée par une protéine

intégrase (int) produit d’un gène codé par le génome
viral. Immédiatement après l’infection de l’hôte par λ

son ADNds linéaire se circularise

• Le génome excisé et circularisé de λ devient super-
enroulé, et une réplication précoce produit des copies
du génome phagique.
• Plus tard, la réplication par le mécanisme du « cercle
roulant » entraîne la synthèse de concaténaires
linéaires (une chaîne composée d’un certain nombre
d’unités répétées d’ADN génomique).
Le concaténaire est clivé pour former les génomes
individuels qui sont empaquetés dans les capsides
synthétisées séparément.

Les virus matures sont alors libérés par lyse de la

paroi cellulaire de l’hôte.
 Phage M13

Classification

- Type Virus

- Groupe Groupe II

- Famille Inoviridae

- Genre Inovirus  Espèce Phage M13

Le virus M13

- peut envahir Escherichia coli , s’y reproduire et être

libéré sans dommage pour l’hôte.

- mince filament, capside englobe une ADNsb qui

s’étend sur toute la longueur du filament.

- A une extrémité du virion il y a quatre protéines

«pilote» qui guident le virus pour l’entrée dans l’hôte
et pour la sortie.
Pénétration et infection

- entrée du virion intact

- décapsidation au sein du cytoplasme cellulaire.

- La réplication du simple brin (+) de l’ADN viral a

lieu simultanément avec la perte de la capside.
- En une génération, E. coli infecté par M13 peut
produire une descendance de 1000 virions.

- Facilement collectée (100 mg par litre de culture),

exempte de débris cellulaires de l’hôte qui sont
habituellement associés à la lyse.
- Lorsque la bactérie se divise, chaque cellule
fille reçoit des copies du génome du phage M13.

- Les nouvelles particules de phages sont

continuellement assemblés et libérés sans rupture
de la cellule-hôte.
Réplication de M13
 Phage T4

Classification

- Type Virus

- Groupe Groupe I

- Ordre Caudovirales

- Famille Myoviridae

- Genre T4-like viruses  - Espèce Phage T4

- Le phage T4 avec T2 et T6 fait partie d’une série de
virus bactériens appelés les phages T, qui présentent
85 % d’homologie d’ADN.

- Une cellule d’E.coli «produit» 3000 gènes/40 mn

alors que la machinerie d’E.coli infectée en produit
60000 gènes/40mn.
• Le génome de T4 est parmi les plus grands connus
chez les virus. II contient environ 200 gènes et il est
synthétisé sous forme de concaténaire.
• Après la fixation de la plaque basale, la partie
centrale de la queue pénètre dans la cellule en
traversant l’enveloppe cellulaire et la membrane
cytoplasmique.
Transcription

- La transcription de gènes phagiques est initiée peu de

temps après l’infection.

- En moins de 2 mn l’ARN polymérase de l’hôte

commence à transcrire l’ARNm phagique.

- ARNm est traduit pour donner les protéines précoces

(codées par l’ADN viral) et ceci avant la synthèse de
nouvel ADN viral.
- La dégradation du matériel nucléique de l’hôte
fournissant des nucléotides qui seront utilisés pour
former l’ADN viral intervient dans les 6 minutes
après l’infection.

- En moins de 10 minutes, l’attaque virale transforme

la cellule-hôte en une machine à synthétiser des virus.
- La vitesse de réplication

pour l’ADN phagique est 10 fois supérieures à celle

de l’ADN de l’hôte dans une cellule normale en
division et non infectée.
Assemblage

Après la constitution de la tête polyhédrique de T4

elle est « remplie » par

- l’ADN viral.

- Un petit nombre de protéines du «core» de faible

poids moléculaire

- des enzymes d’origine phagique

- Traduction des ARNm tardifs entraîne la synthèse
des fibres de queue et des cils.

- La plaque basale est assemblée en une seule fois

- le tube ou « core » par lequel l’ADN est injecté est

ajouté à cette plaque.
- La lyse d’E.coli et la libération de 100 à 300
particules virales intervient environ 25 mn après
l’infection.

- Les gènes de T4 contrôlent la synthèse d’une

protéine qui rompt la membrane cytoplasmique.
lysozyme synthétisé

- traverse la membrane

- dégrade le peptidoglycane de la paroi cellulaire

Ainsi la cellule se désintègre, libérant les particules

virales.