La Cartographie de QTL

Principe et Applications
Bernard Caromel
Unit de Gntique et Amlioration des Fruits et Lgumes
INRA Avignon
Bernard.Caromel@avignon.inra.fr
Plan du cours
Principe de la cartographie
La cartographie de QTL
Les informations apportes par les QTL
Exemples d'application
Vers la caractrisation de QTL
Conclusion
Principe de la cartographie
La cartographie gntique utilise les
proprits de la recombinaison la miose
2 marqueurs
proches
plus souvent
ensemble
Introduction : Les cartes gntiques
Reprsentation dun gnome sous forme de balises
Utilit des marqueurs molculaires:
analyser directement la variation gntique au
niveau de lADN : du phnotype au gnotype
saffranchir des variations environnementales
lecture exhaustive du gnome
Introduction : Les cartes gntiques
Carte =
Reprsentation
dun gnome
sous forme
de balises
Pour la construction d'une carte, on a besoin :
d'une population de gamtes en sgrgation
(> 100 individus BC, HD, F2, RIL)
F1
BC
Parents
X
Les populations de
cartographie :
ex du Backcross
x P2
aa
aA
AA
aA AA AA AA aA AA aA AA AA AA aA
de marqueurs polymorphes Gnotypage de tous les
individus pour tous les marqueurs
recherche des relations statistiques entre marqueurs :
le pourcentage de recombinaison (r) donne une ide de
la distance gntique entre deux locus (d).
Pour la construction d'une carte, on a besoin :
d'une population de gamtes en sgrgation
(> 100 individus BC, HD, F2, RIL)
Des logiciels de cartographie
O
Mapmaker (E. Lander, WhiteHead Institute, USA)
Plate-forme PC, Unix, MacIntosh
Cot Gratuit
Populations traites F2, BC, DH et SSD
Fonctions Haldane et Kosambi
Mthode Maximum de vraisemblance
Avantage Vaste gamme de possibilits
Inconvnient Plus de mises--jour
O
Autres logiciels spcifiques
Joinmap (htrozygotes)
Carthagene (populations connectes)

Une espce, plusieurs cartes

Les distances entre 2 locus varient suivant :
le croisement, le sexe, l'environnement
Les croisements inter-spcifiques donnent
des longueurs de carte souvent plus faibles
que les croisements intra-spcifiques
Intrt des cartes gntiques
Positionner sur les chromosomes des locus dintrt
agronomique, voire identifier les gnes
m
Utilisation des cartes gntiques pour tudier
la gntique de caractres quantitatifs
Variation continue
P = G + E + GxE
Contrls par plusieurs gnes : les QTL
(Quantitative Trait Loci), deffets variables
0
10
20
30
40
50
60
70
80
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
0
10
20
30
40
50
60
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
Variation discrte Variation continue
Un caractre simple est un caractre qualitatif
Un caractre complexe est un caractre quantitatif
Plusieurs gnes diffrent entre les 2 parents.
Un seul gne diffre entre les 2 parents.
Ex: caractre complexe
cartographie de QTL
effectif
en F2
S R
effectif
en F2
S R
Ex: caractre simple
cartographie dun locus :
gne majeur de rsistance
R
M1 M2 M3 M4 M5 M6
Cartographie des locus d'intrt : 2 cas
LOD
M1 M2 M3 M4 M5 M6
R-QTL
On cherche s'il existe une liaison statistique
entre les allles aux marqueurs et le phnotype des plantes
On veut dterminer :
- le nombre de locus en cause,
- leur position dans le gnome,
- leurs effets
Population en sgrgation pour le Marqueur A/a et la taille des plantes
Principe de lanalyse de QTL
AA aa AA aa aa aa AA
Elments ncessaires la
dtection de QTL
Une descendance en sgrgation
Une carte gntique de bonne qualit
Une valuation fiable du caractre
F1
BC
Parents
X
Les populations de
cartographie de QTL
BC
gnotypage en BC
phnotypage en BC ou mlange de BC1S1
x P2
2 classes : AA et AB
F1
Parents
X
Les populations de
cartographie de QTL
HD
gnotypage et phnotypage en HD
Andrognse
lignes
HD
2 classes : AA et BB
F1
F2
Parents
X
Les populations de
cartographie de QTL
F2
gnotypage en F2
phnotypage en F2 ou mlange de F3
3 classes : AA, AB, BB
F2
LR
Parents
X
Les populations de
cartographie de QTL
Lignes
recombinantes RIL
F1
2 classes : AA et BB
F'1
Parents
X
Les populations de
cartographie de QTL
F'1
Parents
htrozygotes
gnotypage et phnotypage en F'1
une carte de chaque parent
Jusqu' 4 classes : AC, AD, BC, BD
Elments ncessaires la
dtection de QTL
Une descendance en sgrgation
Une carte gntique de bonne qualit
pour chaque individu de la descendance, disposer du
gnotype un ensemble de marqueurs rgulirement
rpartis sur les chromosomes (tous les 5-10 cM)
Une valuation fiable du caractre
Elments ncessaires la
dtection de QTL
Une descendance en sgrgation
Une carte gntique de bonne qualit
Une valuation fiable du caractre
pour chaque individu de la descendance, disposer du
phnotype pour le(s) caractre(s) considr(s)
Dpend de lhritabilit du caractre et la qualit de
lvaluation du caractre
Evaluation sur des familles (HD, S1, F3, TC, RIL)
La matrice de donnes
P
P
a
a
r
r
e
e
n
n
t
t
s
s
D
D
e
e
s
s
c
c
e
e
n
n
d
d
a
a
n
n
c
c
e
e
P1 P2
D
D
1
1
D
D
2
2
D
D
3
3
D
D
4
4
.
.
.
.
.
.
.
.
.
.
D
D
n
n
Marqueur 1 A B
A
A
A
A
A
A B B
Marqueur 2 A B B
A
A B
A
A
A
A
Marqueur 3 A B
A
A
A
A
A
A
A
A B
Marqueur 4 A B A A B A A B B
Marqueur 5 A B . B
A
A B
A
A
Caract. 1 18 35 10 23 13 22 23
Caract. 2 15 16 15 12 10 20 36
Caract. 3 150 167 134 156 178 260 160
Caract 3 201 245 187 236 298 301 239
Question :
Existe-t-il une liaison statistique entre les allles
certains marqueurs et le phnotype des plantes
Analyse simple marqueur
Ligne Allle au
marqueur 1

Taille
de la
plante
....Allle au
marqueur n

Taille
de la
plante
1 B 85 A 85
2 A 115 B 115
3 B 90 A 90
4 B 80 B 80
5 A 115 B 115
6 B 83 A 83
7 A 118 A 118
8 A 120 B 120
9 A 115 A 115
10 B 82 B 82
Moyenne A 117 A 98
B 84 B 102

Recherche de QTL par Analyse Simple Marqueur
x
x
x
x
x
x
x
AA
x
x
x
x
x
x
x
BB
x
x
x
x
x
x
x
x
x
AB
Valeur du
caractre
Gnotype
au marqueur
M1
AA = AB = BB
^ ^ ^
Pas de QTL li M1
M1
x
x
x
x
x
x
x
AA
x
x
x
x
x
x
x
BB
x
x
x
x
x
x
x
x
x
AB
Valeur du
caractre
Gnotype
au marqueur
M2
AA BB
^ ^
1 QTL li M2
M2
Les mthodes de dtection de QTL
Analyse simple marqueur
Analyse de variance, test de Student
Rgression
Analyse par intervalle (interval mapping)
maximum de vraisemblance
(Lander et Bostein, 1989, Genetics, 121:185-199)
rgression
(Knapp et al, 1989, TAG 19:583-592 ou Haley et Knott,
1992, Heredity, 69:313-324)
Analyse par intervalle composite (CIM)
(Zheng, 1993, 1994; Stam et Jansen, 1993)
Analyse simple marqueur
Test t classique de comparaison de moyenne
Analyse de variance
Modle: Y
ij
= +
i
+ e
ij
avec Y = phnotype de l'individu de la classe gnotypique i au locus
considr
i = 0, 1, 2 pour 3 gnotypes possibles (cas d'une F
2
)
= effet du locus marqueur de gnotype i
R
2
= SC
M
/(SC
M
+ SC
e
): part de variation phnotypique
explique par le marqueur au QTL
Dominance ?
valeur
du
caractre
AA AB BB
m
bb
m
ab
m
aa
(m
bb
+ m
aa
) /2
Cartographie par intervalle
(simple interval mapping ou SIM)
En des points rgulirement espacs au sein
dun intervalle on calcule:
la vraisemblance de lexistence dun QTL
son LODscore
V(prsence QTL)
LOD = log
10
--------------------
V(absence QTL)
r
r1 r2
G D
Q
G D Q
Cartographie par intervalle
(simple interval mapping ou SIM)
Choix dun seuil de LOD, au del duquel
lexistence dun QTL est fortement probable
LOD = 2 : existence dun QTL 100 fois plus
probable que son absence
LODscore = 2
G D
Q
LOD
Limites de la SIM: hyp 1 QTL par groupe
si 2 QTLs proches
Q1(+)
Q2(+)
Situation en
coupling
Q1(+) Q2(-)
Situation en
rpulsion
Cartographie par intervalle composite
(composite interval mapping ou CIM)
Principe:
limination de l'impact des QTLs importants
En pratique:
premire analyse: dfinition des gros QTL
(regression pas pas, ascendante ou descendante)
choix des cofacteurs parmi les marqueurs de ces
QTL
r-analyse plus dtaille
Cartographie par intervalle composite
(composite interval mapping ou CIM)
Avantages:
Prcision de localisation des QTL
(cas de 2 QTL sur le mme intervalle)
Se librer de leffet des gnes majeurs
Intrt de la CIM/SIM :
Plus on dtecte de QTL, meilleure est lestimation de leur effet
LOD 3.4
R = 17 %
LOD 3.4
R = 13 %
LOD 30
R = 50 %
LOD 7.1
R = 8.4 %
LOD 9.7
R = 9.8 %
LOD 9.9
R = 10.8 %
LOD 4.4
R = 4.0 %
R global pour les 3 QTL = 72 %
R global pour les 5 QTL = 82 %
h du caractre : 97 %
LOD 21
R = 56 %
Epistasie
Comparaison de toutes les paires
de marqueurs 2 2
pb de seuils
ex : 100 marqueurs 5000 tests
= 1% : 50 faux positifs
= 0.01 % : 0.5 faux positifs,
mais seulement les effets trs forts
mBB mAB M2
B
mBA mAA M2
A
M1
B
M1
A
ex :
HD
Les logiciels de cartographie de QTL
QTLCartographer (RL, SIM, CIM)
F2, BC1, RIL, F'1, BC2
Mapmaker/QTL (SIM) F2, BC1, RIL
Coupl la cartographie
(Paterson et al, 1989)
Nombreux autres plus spcifiques
Les paramtres essentiels du dispositif
= les effectifs, les seuils, les populations
si possible augmenter le nombre
d'individus plutt que le nombre de
rptitions par gnotype
=> plutt 1 rep/gnotype dans
plusieurs environnements que un seul
environnement prcis
Puissance de dtection des QTL?
A effectif fix, la puissance de dtection dun
QTL varie:
avec leffet additif du QTL
avec la variance intra-classe (classes gnotypiques)
fonction de leffet du milieu
fonction dautres QTL contrlant le caractre
fonction de la distance du QTL aux marqueurs
La puissance de dtection et la prcision des
estimations augmente avec la taille de la
population
daprs Beavis et al, 1988
Puissance de dtection de QTL en fonction
de lhritabilit et de la taille de la population
30
63
96
100
500
1000
0
20
40
60
80
100
P
u
i
s
s
a
n
c
e
h (%)
N
10 QTL
30
63
96
100
500
1000
0
20
40
60
80
P
u
i
s
s
a
n
c
e
h (%)
N
40 QTL
Chromosome 4a
CT063a 0, 0
TG049 15, 2
TG123 30, 8
TG339 51, 0
CT192 58, 3
H38M62f 62, 5
TG287 67, 1
TG457 71, 0
TG075 75, 1
p
r
e
s
s
u
r
e
0

5

1
0

1
5

initial
CT063a 0,0
TG049 15,2
TG123 30,7
TG339 51,9
T0964 55,6
CT181 60,8
T0954 62,8
CT192(MS81=ssr450) 63,2
TG506 65,0
MS82(ssr94) 69,5
CT097 70,7
MS90(ssr555) 71,5
TG208 74,1
TG287 74,9
TG457 79,0
MS02 81,7
TG075 82,9
p
r
e
s
s
u
r
e
0

5

1
0

1
5

final
pressure
elasticity
firmness
juiciness
mealiness
skin
Au-del d'une densit minimale,
l'ajout de marqueurs n'apporte pas plus de prcision
0
10
20
30
40
50
60
70
80
0 10 20 30 40 50 60 70 80
En de dune densit minimale en
marqueurs
QTL non dtects
Surtout si effet faible
2 QTL lis au lieu dun si effet fort
Les paramtres essentiels du dispositif
= les seuils
LOD
score
seuil = 2 - 3 ?
abaques de seuils suivant le nb de GL
Tests de permutations LOD
score
seuil
tenant compte :
de la matrice de gnotypage (nb ind x nb mk)
de la variance entre individus dune mme
classe gnotypique.
Les paramtres essentiels du dispositif
= le type de population
gnotypes rptables
(HD, RIL, espces multiplication vgtative)
variance intra-famille faible
(pb pour F3, S1, )
valuation de la dominance en F2
Ce qu'apporte lanalyse de QTL
Permet de connatre:
le nombre minimum de locus en cause
leur position dans le gnome
leurs effets sur la variation du caractre
leurs caractristiques gntiques (additivit,
dominance, pistasie)
leur stabilit (suivant l'environnement, )
Stabilit des QTL?
Il existe des interactions QTL x Environnement
Affectent lampleur des effets observs, ventuellement la
dtection des QTL
F2 - Davis F3 - California F3 - Isral
Effet de l'environnement et de la gnration sur la dtection de QTL
Combien de QTL?
Distribution le plus souvent en L des effets des
QTL impliqus dans un mme caractre
Plusieurs effet faible
Quelques QTL effet fort
Il y a en ralit plus de QTL que ceux que lon
dtecte
Effets faibles non dtects
QTL lis
QTL monomorphes ne sgrgeant pas / population tudie
Des QTLs effet ngatif et positif cohabitent
Les informations apportes par la
cartographie de QTL
Quelques exemples
Effet de 2 QTL de rsistance
Globodera pallida
issus de Solanum sparsipilum
Bernard Caromel
UGAFL - Avignon
Nmatodes kyste = ravageurs importants de la
pomme de terre en rgion tempre
2 espces de nematode kyste
Globodera pallida
Globodera rostochiensis
Dommages svres : jusqu 70%
de chte du rendement
Parasite de quarantaine en Europe
Rsistance oligognique de haut
niveau chez des espces apparentes
(e.g. Solanum sparsipilum)
1 mm
Rousselle-Bourgeois and Mugniry, 1995, Potato Res
Cycle de dveloppement des nmatodes kyste
Dtermination du
sexe soumise aux
conditions
environnementales
Migration des J2
vers le cylindre
central.
Induction dun
syncytium.
Mort et
enkystement
des femelles.
Plusieurs
centaines
dufs dans
un kyste.
Dveloppement des
J4. Les corps des
femelles font clater
lpiderme des
racines
Mobilit
des mles.
Fcondation
des femelles.
Dveloppement
des J3 sexus.
Pntration dans les racines.
closion des J2, stimule par
les exsudats racinaires de
pomme de terre.
La 1re mue
dans luf.
J2 en diapause.
Les femelles reprsentent le
potentiel reproducteur de la
population de nmatodes
2 QTLs de Solanum sparsipilum chr. V et XI
Pas de QTL sur la
carte Caspar H3
Caromel et al, 2005, MPMI
Chr. XI
spl329.18
(61 cM)
GpaXI
s
spl
R=12.7%
LOD score
0
3
5
10
17
25
30
41
48
55
60
0 10 20 30
LOD score
Ch. V
spl329.18
(69 cM)
GpaV
s
spl
R=76.6%
GP21
TG432
GP179
0
12
17
20
41
69
0 30 60 90 120
QTL detection method: CIM
S. sparsipilum
spl329.18 (2x)
R
S. tuberosum
Caspar H3 (2x)
S
239 pseudo-F1 clones (2x)
0
10
20
30
40
50
60
0
.
0
0
0
.
2
5
0
.
5
0
0
.
7
5
1
.
0
0
1
.
2
5
1
.
5
0
1
.
7
5
2
.
0
0
2
.
2
5
2
.
5
0
2
.
7
5
3
.
0
0
3
.
2
5
Log
10
(Number of cysts + 1)
h
b
= 0.96
C
a
s
p
a
r
H
3
s
p
l
3
2
9
.
1
8
G. pallida population Chavornay
Artificial inoculation
nombre moyen de kyste (log)
1
0
0
0 0
0
.
8
2
.
2
4
.
69
1
7
9
9
1
7
7
3
1
5
5
6
1
1
7
7
8
3
0
5
5
0
5
10
15
R
R GpaXI
s
spl
GpaV
s
spl
M = 1.7 kystes
N=32
0
0
.
8
2
.
2
4
.
69
1
7
9
9
1
7
7
3
1
5
5
6
1
1
0
0
0
1
7
7
8
3
0
5
5
0
5
10
15
20
R
S GpaXI
s
spl
GpaV
s
spl
M = 14.5 kystes
N=52
0
5
10
15
GpaV
s
spl
et GpaXI
s
spl
ont un effet additif
N
u
m
b
e
r

o
f

c
l
o
n
e
s

0
5
10
15
20
25
30
35
0
0
.
8
2
.
2
4
.
69
1
7
9
9
1
7
7
3
1
5
5
6
1
1
0
0
0
1
7
7
8
3
0
5
5
S
S GpaXI
s
spl
GpaV
s
spl
M = 475.0 kystes
N=67
0
0
.
8
2
.
2
4
.
69
1
7
9
9
1
7
7
3
1
5
5
6
1
1
0
0
0
1
7
7
8
3
0
5
5
S
R GpaXI
s
spl
GpaV
s
spl
M = 126.6 kystes
N=39
nombre moyen de kyste (log)
N
u
m
b
e
r

o
f

c
l
o
n
e
s

N
u
m
b
e
r

o
f

c
l
o
n
e
s

N
u
m
b
e
r

o
f

c
l
o
n
e
s

Alleles aux QTLs
Effets mcanistiques des QTL
- Effet sur le dveloppement du parasite
- Spectre daction
- Rseau de gnes rguls
Quelle tape du cycle du nmatode
est affecte par les QTL ?
clones avec les 4 combinaisons
allliques aux QTLs
Inoculation en boite de Petri
Dissection des racines 15 jours aprs
inoculation et comptage
nombre de femelles ; nombre de males ;
nombre de juvniles
Danger, Femelles !!
potentiel reproductif
Sensible
Rsistant
GpaV
s
spl
et GpaXI
s
spl
affectent le dveloppement
et le sex-ratio de G. pallida
Alleles aux QTLs:
0%
20%
40%
60%
80%
100%
GpaXI
s
spl
GpaV
s
spl
% males augmente
avec R du QTL
Femelles
Males
juvniles
~ 90 % de
femelles
58% juvniles
% Males >> % Femelles
+ NECROSE
9
6
D
.
3
1
.
6
9
C
A
S
P
A
R

H
3
9
6
D
.
3
1
.
1
3
7
9
6
D
.
3
1
.
5
1
9
6
D
.
3
1
.
1
4
3
%

d
e

j
u
v

n
i
l
e
s
/
m
a
l
e
s
/
f
e
m
e
l
l
e
s
combinaisons
Evaluation du spectre daction des QTL
GpaV
s
spl
et GpaXI
s
spl
Lufness
Dudingston
Grown East Craig
Rookmaker
Audierne
Chavornay
Perpignan
Pukeko
- 2 3 clones par combinaison aux 2 QTLs
- Inoculation avec 5 kystes par plante
- Comptage des kystes forms 4 mois aprs
inoculation
8 populations
G. pallida
N
o
m
b
r
e
d
e

k
y
s
t
e
(
L
o
g
)
Les 2 QTL ensemble maintiennent un faible nombre
de kyste quel que soit la population de G. pallida
0
0,5
1
1,5
2
2,5
3
Pukeko
Lufness
Perpignan
Chavornay
Audierne
G.East Craig
Rookmaker
Duddingston
Sensible
Rsistant
Allele aux QTLs:
GpaXI
s
spl
GpaV
s
spl
220-1040 kystes
dans les sensibles
3 10 fois moins de kyste
que dans les sensibles
Forte interaction
QTL* population
(p = 5.10
-8
)
< 4 kystes quelle
que soit la population
combinaison alllique
Identification de gnes rguls par les QTL
Analyses transcriptomiques cDNA-AFLP + Q-RT-PCR
Jolivet et al 2007
Claverie et al in prep
Peroxidase 4DPI
0
0,5
1
1,5
2
2,5
R5R11 R5S11 S5R11 S5S11
30 TDF identifis
7 gnes rguls lors de linteraction
G. pallida / GpaV
spl
-R et/ou GpaXI
spl
-R
Rgulation dpendante des combinaisons de QTL
Conclusion
Malgr son faible effet (12.7 %), le QTL GpaXI
s
spl
Modifie le mcanisme confr par le QTL majeur GpaV
s
spl
Amplifie et stabilise laction du QTL majeur GpaV
s
spl
Augmente le spectre daction du QTL GpaV
s
spl
Cumuler les deux QTL dans une mme varit
Des marqueurs PCR flanquant les deux QTL ont
t dvelopps pour la SAM
La qualit du fruit de tomate
UGAFL M. Causse
Mcontentement des consommateurs
La tomate comme modle pour les fruits charnus
De nombreuses composantes
- Taille, forme, couleur, fermet
- Composition du Fruit (sucres, acides, aromes)
- Qualit Sensorielle (saveur, arome, texture)
- Valeur sant (pigments, vitamines)
Cartographie
de QTL
Cartographie de QTLs de
qualit du fruit de tomate
dans une descendance
intraspcifique
Descendance intraspcifique
X
150 Lignes Recombinantes
Pds = 7 g
SSC = 8.8 Bx
AT=11.8 meq
aromatique
Pds = 125 g
SSC = 5 Bx
AT=5.1 meq
Cervil Levovil
Recombinant Inbred Lines
Carte Gntique
90 RFLP
30 RAPD 85 % du gnome
170 AFLP
Saliba-Colombani et al., Genome (2000)
Mesures Instrumentales
Composantes physiques et chimiques
poids du fruit, fermet, couleur
sucres, acides, carotnodes
18 composs volatils aromatiques
Analyses sensorielles
56 juges slectionns et entrans
saveur
sucre, acide, intensit aromatique
armes
citron, citrus, bonbon,
pharmaceutique
texture
ferme, fondante, farineuse, juteuse
peau difficile avaler
SSC
0
20
40
60
80
4 5 6 7 8 9
TA
0
10
20
30
40
50
60
4 5 6 7 8 9 10 11
CER
CER
LEV
LEV
SSC
TA
Variation dans la descendance
Cartographie de QTL
Localisations
Effets
Relations entre composantes
Thse de V. Saliba-Colombani, 2000
4a
3
1
2
Poids
Sucres
Acidit
Fermet
Couleur
Acidit
Fermet
Poids
Acidit
Fermet
Couleur
Pigments
12
Poids
Acidit
11
Sucres
Pigments
9
Sucres
Acidit
Fermet
Couleur
QTLs de composantes Physiques et Chimiques
Acidit
Saliba-Colombani TAG 2001
4a
3
1
2
Sucr
Bonbon
Intensit
Farineux
Juteux
Fondant
Acide
Bonbon
Farineux
Agrume
Farineux
Peau difficile
12
Juteux
11
9
Acide
Ferme
Fondant
QTLs de caractristiques sensorielles
Pharma.
Acide, citron
Pharma.
Ferme
Fondant
5
Citron
Ferme
Fondant
Causse TAG 2001
saveurs & composition
2
3
1
9
sucr SSC
sucr
sucr SSC
.
acide AT
Sucres
acide
AT
sucr
Sucres
11
Les mesures instrumentales peuvent-elles
remplacer les mesures sensorielles ?
acide
AT
acide
AT
Causse J Exp Bot 2002
Pour la majorit des caractres
De 1 6 QTL par caractre
Malgr la variation entre juges
Des regroupements de QTL
Sensoriel & Instrumental
Mais les mesures sont complmentaires
Des QTL effets forts
Les allles Cervil apportent les fortes valeurs de qualit
Conclusion : Des QTL ...
Slection assiste par
marqueurs
Expression tardive du caractre
Influence des conditions environnementales et/ou d'infection
Difficults de conservation du pathogne
Expression rcessive de certains gnes
Complexit d'expression combine de plusieurs gnes (effet
de masquage)
Solution
La slection assiste par marqueurs permet le suivi des gnes et le
tri prcoce des plantes aprs croisement naturel
Dans quels cas la SAM est-elle
avantageuse
Cumuler les gnes de diffrentes sources de rsistance
+tudier leur complmentarit
Combiner diffrents mcanismes de rsistance un mme parasite
+durabilit de la rsistance
Associer les allles favorables des gniteurs rsistants et sensibles
+transgressions, pistasies
Cumuler des rsistances plusieurs parasites
Grer les liaisons dfavorables entre caractres agronomiques et rsistance
etc
Utilisation de gnes ou QTL de
rsistance en slection
Marker assisted selection : transfert + recombination of QTLs
from different genitors (resistance to Phytophthora capsici)
GAFL V. Lefebvre
Recipient
genome
Donor
genome
QTL confidence
interval
3 MAB
cycles
Resistance
source
Recipient
Donor
parent
L'utilisation des marqueurs permet une slection
plus prcise et plus exhaustive des facteurs gntiques
favorables et connus.
Intrts
Construction de gnotypes sur mesure
certaines constructions ne sont pas ralisables
par valuation phnotypique (effet masquage de gnes)
Gain de temps
Possibilit de slectionner contre parasite exotique ou de quarantaine
(contrle de la rsistance a posteriori)
Limites
Investissement prliminaire plus important :
analyse phnotypique + molculaire des descendances
On ne construit que ce que lon connat a priori
Nouvelles contraintes lies au marquage molculaire
Ne permet pas de slectionner pour de nombreux caractres complexes
slection rcurrente phnotypique + marqueurs
Synthse des QTL et syntnie
Organisation gnomique des locus de rsistance chez le
piment
TSWV
O Rsistances monogniques TMV, TSWV, Potyvirus, Meloidogyne, Xanthomonas
Clusters de gnes rcessifs ou dominants
O Rsistances polygniques: Phytophthora, Leveillula, CMV, Potyvirus
P1 P3 P4 P5 P6 P2
P11 P12 P7 P8 P9
Powdery
mildew
P10
pvr6
pvr2
pvr1
Bs3
L
Me1
Me7
Me3
Me4
Tsw
Pvr4
Pvr7
cl
S
Rf
y
A
up
C
C2
Pot
Lev
CMV
CMV
CMV
Lev
Phy
Phy
Phy
Phy
Pot
0
20
40
60
80
100
120
140
Syntnie chez les Solanaceae
pour les locus de rsistance
Pflieger et al, 2001, TAG
Phy-P5
TG586
P5
TG123
TG483
TG586
T4
Lb4
TG123
IV
Pi
Phytophthora
(P. capsici & P. infestans)
Djian-Caporalino et al, 2001, TAG
Gpa2
P9
T12
Mi3
XII
MfaXII
spl
Me1
Me7
Me3
Me4
CT135
CT135
CT135
Meloidogyne
(M. incognita & M. fallax)
TG135
pot-1
TG132
CT31
CT31
TG135
pvr2
TG132
P4
T3
pvr1
PVY & TEV
(Potyvirus)
Ol-qtl1
Lt-P9 Lt-P6
Powdery
Mildew
(Leveillula taurica
&
Oidium lycopersici)
Lefebvre et al, 2003, TAG
P6
T6
P9
Ol-1
Ol-3
Ol-qtl2
Ol-qtl3
T12
Lv
CT100 CD25
CT204
CT204
CD25
CT100
Combien de gnes dans un QTL ?
un QTL = un intervalle sur une carte gntique
si 1000 cM= 40.000 gnes, 1 cM~ 40 gnes
10 cM~ 400 gnes
Parmi ces 400 gnes, 1 n sont variables et agissent sur le
caractre
Vers la caractrisation des QTL
Cartographie fine de QTL
Clonage de gnes/QTL
exemple chez le riz: QTL pour photopriode =
facteur de transcription
exemple chez la tomate: Lin5 = invertase
Utilisation de gnes candidats
problme du choix des gnes
si positif: forme de validation du QTL
complter par des tudes biochimiques et de
transformation
Example of QTL cloning : Lin5
Brix9-2-5 : a major QTL controlling soluble sild content in fruit
Brx9 : (R ~ 20 %)
stable over the years
Fine mapping and cloning of Lin5
Screen 7000 F2 : IL9-2-5 x L. esculentum
145 recombinants & screen new markers in the region
Precisely map the QTL
within a recombination hotspot of 484 bp
carrying an invertase gene (Lin5)
Brix9-2-5 = Lin5
Fridman et al. 2000
91N 91S
0.12 0.33 0.40 0.36
91N 91S
Nb rec. 2 2 5 15 3 1
BAC 91
Rec groups
a1
a2
b1
b2
c1
c2
Nb rec effect
7 - 6
2 +20*
3 - 4
1 +24*
4 + 2
11 +17*
Brix 9-2-5
TG225 CP44
Fridman et al. 2000
Example of QTL cloning : Lin5
Brix 9-2-5
SNP GC AT TC CT AT AG GC TC TC CT GA
Brx effect (%)
0 10 20 30
Lin5
Fridman et al. 2000
Example of QTL cloning : Lin5
Conclusion
De nombreuses tudes de recherche de QTL, MAIS:
des dispositifs souvent peu puissants (effectifs, nb de
mioses, environnements)
des effets surestims; pb de stabilit des QTL
des colocalisations frquentes de QTL (pliotropie ou
linkats) carto. fine
Epistasie rarement dtecte dans les populations;
mais frquente en NILs (fonds gntique; effets moins
qu'additifs)
- Un cot de dveloppement important
Conclusion
Une gntique remise au got du jour par le
dveloppement des marqueurs molculaires
Un pont entre la gntique quantitative et la
gntique mendlienne
Des problmes bio-statistiques complexes
Un apport dans lanalyse fonctionnelle des
gnomes
Des promesses importantes pour la slection
assiste par marqueurs (SAM)