Microbiologie

Introduction
Utilisation des micro-organismes
Historique
Cellules procaryotes/ eucaryotes
Caractristiques communes
Spcificits eucaryotes
Micro-organismes eucaryotes
Le cas des virus et du prion
Morphologie bactrienne
Cytoplasme
Chromosome
Membrane plasmique
Enveloppe
Flagelle
Pili
Capsule
Spore

Introduction la Microbiologie

Biologie des micro-organismes

bactries (bactriologie)

levures, moisissures, champignons

algues

protozoaires (amibes, parasites)

Microbiologie fondamentale: cytologie, physiologie, cologie,

gntique, biologie molculaire, taxonomie

Orientations plus appliques: microbiologie mdicale (maladies
humaines et animales), sant publique (contrle propagation des
maladies contagieuses), alimentaire et laitire, agronomique
(substituts de pesticides), biotechnologie (production d'antibiotiques,
de vaccins, d'enzymes..., extraction de minerais prcieux)

Utilisation des micro-organismes

Aspergillus
peau--> cuir

bactrie
bulles Co2
--> trous

bact. et champ.
protases
gut et odeur particuliers

Acetobacter Glu en Vit C

Saccharomyces cerevisiae
levure du boulanger

Xanthomonas
Produit visqueux (Xanthan)
--> stabilisateur

Lactobacillus
lactose en
ac.lactique

Saccharomyces

Aspargillus
lactase

S. cerevisiae
Thermus aquaticus
sucre en Co2 et Et-OH Enzyme thermostable
pour PCR

Xanthomonas

Bactries dgradent
les huiles- graisses
en Co2 et produits
non toxiques

Bactries
utilisent
le
mthane
pour
dpollution de champs ou dchets
produisent une enzyme qui dgrade plus de
250 polluants

Champignons et bactries produisent des

AB (pnicilline, ttracycline)

Levures et bactries utilises comme
usines (production d'insuline)

Utilisations des enzymes de organismes

pour production vin, soda, bierre,
fromage, chewing-gum, cuir, papier,
dtergents, lessives, jeans dlavs......

ge univers est estim 18 milliards d'annes (18.109 annes)

systme solaire (soleil, terre, autres plantes) 4,5 milliards d'annes
organismes prsents sur la terre depuis 3,5 milliards d'annes
Evolution biologique

datation de fossiles dcouverts dans des sdiments

construction d'arbres phylogntiques (analyse et comparaison

squences ADN ou protines)

Un peu d'histoire
Renaissance Girolamo Fracastoro: "contagion" (contact direct,
vtements souills, air) implique dans les maladies --> tres vivants
invisibles provoquaient des maladies
17me sicle Antony van Leeuwenhoek: 1re observation et
description de bactries sous microscope (x50 300) en 1650
("animalcules")

19me sicle
Louis Pasteur (1822-1895)

tude des fermentations lactique et
alcoolique et dcouverte de la
pasteurisation

publication de 1861 mmoire sur les corpuscules organiss qui
existent dans l'atmosphre: examen de la doctrine de gnrations
spontanes
Discrdit thorie de la gnration spontane (organismes vivants
peuvent se dvelopper partir de matire non vivante ou en dcomposition)

Fiole contenant du milieu nutritif strile avec

un col en bec-de-cygne: aucune croissance
n'apparat mme si le contenu est expos l'air
car la poussire et les germes sont pigs sur
les bords du goulot. Si les goulots sont casss
ou en renversant le rcipient, la croissance
commence immdiatement.

C'est l'origine de toute la technique microbiologique

comprhension et prvention des maladies infectieuses
- dcouverte de la cause des furoncles (staphylocoque), du
streptocoque, du pneumocoque
- bacille du charbon (immunisation)
- cholra du poulet (mthode de l'attnuation de la virulence des
microbes : vieilles cultures ne donnent plus la maladie, mais
injectes des anx sains = R la maladie)
- vaccin contre la rage: Il applique l'homme la mthode
d'attnuation (13 injections en 10j), le 6 juillet 1885, Joseph
Meister

--> fondements de l'immunologie

1886 cration de l'institut Pasteur

Robert Koch (1843-1910)

observation du bacille du charbon (Bacillus anthracis) dans le sang

de patients dcds, isolement de la bactrie et r-innoculation des
animaux sains --> conduit la maladie et l'isolement de la mme
bactrie qui est donc l'agent infectieux
Postulats de Koch
1er isoler l'agent suspect dune victime de la maladie
2me croissance de l'agent en culture pure
3me infecter un hte sain et montrer que cet organisme prsente alors
les mmes symptmes cliniques
4me r-isoler le "mme" agent de la nouvelle victime

isolement de Mycobacterium tuberculosis (bacille de Koch)

observation de colonies bactriennes sur des tranches de pomme de
terre bouillies
Fannie Eilshemius-Hesse: agar pour solidification des milieux
(glatine dgrade et fond >28C)
R.J. Petri: les botes pour milieu de culture solide du mme nom

Cellules procaryotes/eucaryotes

bactries
procaryotes "avant le
noyau"
2 groupes taxonomiques
de procaryotes
eubactries
archobactries

myctes (levures,

myctes
(levures, moisissures, champignons)

algues

protozoaires ("premier animal")
eucaryotes infrieurs (protistes)

Caractristiques communes de toutes les cellules

membrane cellulaire (sparation de l'extrieur)

ADN (information gntique), diffrents ARN, les protines
(dont la plupart sont des enzymes)
Toutes les cellules

sont composes des mmes lments chimiques: protines,
acides nucliques, minraux, sucres, acides gras, vitamines

rgulent le flux des nutriments et des dchets qui entrent et
quittent la cellule

se reproduisent et sont le rsultat de la reproduction

ncessitent de l'nergie extrieure

sont trs finement rgules en laborant des systmes senseurs
des signaux environnementaux (ouverture et fermeture des fleurs selon luminosit,
embryogense)

procaryotes sont moins complexes que eucaryotes qui possdent

des organelles (spares du cytoplasme par des membranes)


le noyau (ADN et enzymes ncessaire sa synthse et lors de

la transcription)

les mitochondires (production d'nergie)

les chloroplastes (photosynthse partir de la lumire)

l'appareil de Golgi (scrtion de substances)
Les ribosomes (synthse des protines) sont contenus par toutes les
cellules, mais sont diffrents (RE chez Eucaryotes)
Certaines cellules possdent un flagelle (long filament la surface
cellulaire) qui leur confre la mobilit
noyau
membrane plasmique
chloroplaste
mitochondrie

eucaryotes: 2-100 m (10-6) et sont plus larges

que les procaryotes: 0,5-2 m

Micro-organismes eucaryotes (en bref)

myctes (levures, moisissures, champignons): organismes
eucaryotes ubiquitaires, porteurs de spores, dont la nutrition se fait par
absorption, dpourvus de chlorophylle, et qui se reproduisent de faon
sexue et asexue, parasites animaux, hommes et vgtaux (Candida
albicans, Aspergillus -infection pulmonaire-), procds industriels
--> mycologie

algues: environnements aquatiques, eucaryotes unicellulaires,

coloniaux et multicellulaires (deux rgnes diffrents!), dpourvus de
racines, de tiges et de feuilles, photosynthse, reproduction sexue ou
asexue --> phycologie ou algologie

protozoaires ("premier animal"): eucaryotes unicellulaires
gnralement mobiles, large ventail de biotopes et de niches,
reproduction asexue -la plupart- ou sexue, composants importants
des chanes et rseaux alimentaires (le plancton), parasites de
l'homme et des animaux (Entamoeba -amibiase-, Plasmodium malaria-, Toxoplasma) --> protozoologie

????

Les virus: entits simples, acellulaires, constitus d'une ou plusieurs

molcules d'ADN ou ARN enfermes dans une coque protique,
parasites intracellulaires obligs (reproduction) d'eucaryotes ou de
procaryotes (bactriophages)
--> virologie

Les maladies prions (tremblante du mouton, encphalopathie

spongiforme bovine et la maladie de Creutzfeldt-Jakob -SNC-), transmissibles
par ingestion ou inoculation, toujours mortelles, agent infectieux non
conventionnel= prion (proteinaceous infectious particle), protine
PrP, changement conformationnel de PrP pour sa forme pathogne
(rsistance aux protases)

Morphologie bactrienne

Microscopie
optique

coques

Microscopie
lectronique

bacilles

sprirales


cytoplasme
tout ce qui est l'intrieur de la membrane cytoplasmique
gel n'empchant pas le mobilit des molcules
- protines E. coli
1000 enzymes
- ribosomes (ARN + protines, 2 ssu 30S et 50S) usines
protines
- granules de stockage (amidon, lipides, phosphate, gaz....)
prsentes selon les nutriments environnants = rserve rapide

chromosome bactrien (ADN gnomique)

pas de membrane nuclaire
double brin circulaire (106-107 pb)
compact
ADN compos de 4 acides nucliques:
cytosine, guanine, thymine et adenine
liaison 5'P et 3'OH
complmentarit des base A-T, G-C

plasmide (103-105 pb)
ADN extrachromosomique
double brin circulaire
non requis pour dveloppement ou reproduction
ex conjugaison, R aux AB, nouvelles capacits
mtaboliques, pathognicit
NB largement utilis en Biologie molculaire (clonage)


membrane plasmique (entoure le cytoplasme)

protines (priphriques ou intrinsques) et lipides (bicouche) en
proportion variable
-->mosaque fluide

tte hydrophile
(glycrol phosphate)

Phospholipide

queue hydrophobe
(ac gras non
polaires)
s'associant les une
aux autres

- barrire permable et slective

- site de processus mtabolique (respiration, photosynthse...)
-molcules rceptrices pour dtecter et rpondre aux signaux
environnementaux


enveloppe
- forme et protection de la lyse osmotique
- comprend la membrane plasmique et un norme polymre appel
peptidoglycane ou murine (trouv uniquement chez les bactries)
srie de longues chanes de polysaccharides (alternance de NAM et
NAG), pontes par de courts peptides
N-acetyl
glucosamine

N-acetyl muramic
acid

un ttrapeptide (Ala-Glu-Lys-Ala) est branch sur chaque molcule

de NAM et s'accroche un autre ttrapeptide de sorte relier les
chanes de NAM-NAG entre elles

Sur la base d'un coloration dveloppe par Christian Gram (1884), il

apparat vident que les bactries se divisent en deux groupes majeurs:
Gram +

Gram coloration au cristal violet

mordant (iode)
dcoloration Et-OH
contre coloration la safranine

enveloppe
constitue d'une
paisse couche
de PG

enveloppe constitue d'une

fine couche relche de PG (7
8 nm) dans le priplasme et
d'une membrane externe

La membrane externe des bactries Gram ngatives est

asymtrique : face interne est compose de phospholipides, la face
externe de phospholipides et de LPS (lipopolysacharide)

Membrane
externe

Membrane plamsique ou interne

(bicouche symtrique de
phospholipdes)

LPS

Lenveloppe particulires des mycobactries (Gram +)


flagelle: structure hlicodale qui tourne comme un tire-bouchon

permettant aux bactries d'avancer (swiming)
monotriche (souvent polaire), amphitriche ( chaque extrmit),
pritriche (tout autour), ou lophotriche (faisceau)

crochet

corps basal

pili (fimbriae): + ou longues structures

extracellulaires, formes par
l'assemblage d'une mme
sous-unit (piline),
attachement (entre bactries conjugaison-, ou un cellule
hte), mobilit (twitching)


capsule: sur-couche bien organise l'extrieur de la paroi

couche mucode: sur-couche de substance diffuse, moins organise
glycocalyx: rseau de polysaccharides et protines recouvrant
plusieurs bactries
attachement des surfaces -biofilmprotection contre composs toxiques (dtergents, AB...),
dessiccation
protection
contre
systme
immunitaire
(antiphagocytaire)

spores: structures de rsistance forme par certains Gram + lors de

conditions drastiques
forme de vie la plus rsistante ( la chaleur, aux UV, la dessiccation,
produits chimiques)
ex: maladie du charbon ou botulisme