Chap1

Le HACCP = Un outil pour l'assurance de la scurit des aliments

DGCCRF: Direction Gnrale de la Concurrence, de la Consommation et de
la Rpression des Fraudes
Les mthodes d'analyse: elles consistent en une recherche et/ou une
numration des principaux germes microbiens rencontrs dans nos
aliments afin den matriser leur prsence ou absence et leur nombre.
Au plan sanitaire la liste des bactries dangereuses responsables de
maladies aprs consommation daliments contamins a tendance
saccrotre :

Germes importants en microbiologie alimentaire

1.Clostridium botulinum
2.Salmonella sp
3.Staphylococcus aureus et lentrotoxine staphylococcique
4.Brucella sp
5. Listeria monocytogenes

Points critiques pour la matrise (CCP): Stade auquel une surveillance

peut tre exerce et est essentielle pour prvenir ou liminer un danger
menaant la salubrit de l'aliment ou le ramener un niveau acceptable.
La numration des germes totaux :
Le dnombrement des germes totaux concerne surtout les bactries
arobies msophiles revivifables aprs 72 h dincubation 30C dans un
milieu de culture bien dfini.
La tularmie est une anthropozoonose cause par un petit cocco bacille
arobie, Francisella turalensis.

Les probiotiques sont des microorganismes vivants qui, lorsque

consomms en quantit suffisante, jouent un rle majeur dans lquilibre
et la stabilit du microbiote intestinal et confrent un bnfice sant
lhte notamment en prvenant les infections.
Plusieurs bactries probiotiques dorigine intestinale comme les
Bifidobactries

La microbiologie prvisionnelle est un outil qui permet de

prvoir par des modles mathmatiques limpact de diffrentes
conditions environnementales de temprature, de pH, dactivit de leau,
de concentration en acides organiques et en inhibiteurs et de leurs

interactions ventuelles sur la croissance, linactivation ou la survie des

micro-organismes:
Les Mycotoxines : mycotoxines, mtabolites secondaires de diverses
moisissures
Le Fusarium est le champignon responsable de la production des
mycotoxines.

Chap 2
La biotechnologie est la technique de manipulation des formes vivantes
(organismes) visant l'obtention de produits utiles l'humanit
La fermentation : lopration unitaire qui permet de produire de la
biomasse ou des produits de bioconversion par la culture de microorganismes.

Le bioracteur (ou fermenteur) est une enceinte permettant d'assurer

une croissance des micro-organismes et une production optimale dans un
environnement dont les paramtres physiques et chimiques de la
fermentation sont contrls.
scale up :
Le scale up (ou mise l'chelle) est le transfert du procd d'un
bioracteur de laboratoire de petit volume celui d'un
bioracteur industriel grande chelle.
On classe les bioracteurs en fonction de leur volume maximal (figure 2) :
les bioracteurs de laboratoire strilisables l'autoclave jusqu' 18 L;
les bioracteurs de laboratoire strilisables in situ jusqu' 30 L ;
les bioracteurs pilotes jusqu' 300 L ;
les bioracteurs industriels jusqu' 500 000 L (500 m3).
Differents procds de fermentation
On distingue trois types de procds de fermentation
le procd batch ou fermentation discontinue ;
le procd fed-batch ou fermentation discontinue alimente ;
Le procd de cultures continue.
Procd discontinu {batch)
Principe

Le procd est ralis dans un systme clos dans lequel un mme

volume de milieu non renouvel est utilis pour la croissance des microrganismes ; la quantit de nutriments est donc limite.

Exemples des Mtabolites secondaires :

Antibiotiques
Produits en particulier par les actinomyctes (Sreptomyces ) et par des
myctes filamenteux.
La production de pnicilline par Penicillum chrysoaenum
Produits pharmacologiquement actifs, pesticides...
Alcalodes , Analgsiques
Enzymes : Applications : analyses, agro-alimentaire, synthses, gnie
gntique, industries diverses ( dtergents), domaine de la sant.
Amylases : levure utilis : Lipomyces starke,.
Utilisations : Saccharification de. I amidon, Boulangerie, Textile,
Papeterie.
Vitamine : Vitamine B12 : Ashbya gossypii
Vitamine A (comme antioxidanf) Blakeglea trispora et
Mycobacterium sinegmatis
La Biotransformations : Raction chimique catalyse par une enzyme
(la raction correspondante par voie abiotique est souvent impossible ou
difficile).
Exmle : Insuline humaine par E. coli

Cellules transformes Principe gnral

: clonage d'un gne d'une protine dsire dans un plasmide multicopies
sous contrle d'un promoteur fortement inductible (ex promoteur de
l'opron lactose, trp,...).
Vaccin
Le vaccin est un driv non pathogne d'un agent microbien ou viral qui,
introduit dans l'organisme.

Processur de mise au point d'un vaccine Il faut au moins dix ans pour
mettere au point un vaccin
1/ production / formulation
2/ Etudes sur des animauxen laboratoire
3/ Innocuit et efficacit
4/ Essais cliniques sur les adultes, puis les enfants.
Lixiviation : Les microorganismes sont utilises pour dissoudre les
Prcipits de mtaux Sulfures a fin d'en extraire les mtaux : Au, U, Cu,
etc.
Exemple: Thiobacillus ferrooxidans (G-)

Les biocarburants sont des carburants produits partir de matires

vgtales et utiliss dans les moteurs.
1re gnration, sont issus de ressources agricoles conventionnelles
(betterave/crales/canne sucre pour l'thanol,
colza/tournesol/soja/palme pour le biodiesel)
les biocarburants de 2e gnration, issus de la biomasse
microalgues d'eau douce ou marines, ressource dite de 3e gnration
Les microalgues et les cyanobactries sont des organismes qui utilisent la
lumire comme source d'nergie pour fixer le dioxyde de carbone (Co2).
Exemples des microolagues utilises pour la production des biocarburants
Les diatomes: Amphora, Cymbella
Culture des microalgues :
Plusieurs techniques de culture sont en cours d'tude :

1. Culture en tang : c'est la culture des algues dans des bassins Les
chercheurs tentent d'amliorer l'efficience du systme en accroissant la
profondeur des tangs d'algues.
2. Culture sous serre: o il y a moins de contamination avec les
bactries et les champignons.
3. Culture dans des bioracteurs : qui sont fortement isols, o la
production d'algues est acclre par barbotage de CO2 ce type de culture
est le plus intressant par rapport aux chercheurs.

Chap2 suit :
Les outils de la biotechnologie :
1/ La slection
2. Mutation
3. Les enzymes de restriction
Les enzymes de restriction sont des protines synthtises par des
bactries pour se protger des infections de virus (bactriophages)
Un organisme gntiquement modifi (OGM) est un organisme
(animal, vgtal, bactrie) dont on a modifi le code gntique par la
technique du "gniegntique" pour lui confrer une caractristique
nouvelle.
Procds de production du vinaigre
Le vinaigre provient d'une double fermentation naturelle:
Fermentation alcoolique : des sucres sont transforms en alcool
(principe de fabrication du vin, cidre...')
* Fermentation actique : l'alcool est transform en acide
actique.
fermentation actique ait lieu, trois conditions sont ncessaires :
Prsence d'une bactrie appele Actobacter acti.
Prsence d'oxygne utilis par la bactrie pour la transformation
de l'alcool.
-Temprature comprise entre 25 et 30C.

Chap 3 :
Phylognie : Processus par lequel les lignes des organismes ont volu
partir d'un anctre commun.
La taxonomie est une science qui a pour objet la classification des tres
vivants, leur identification et leur nomenclature. Elle permet de classer les
organismes en groupe d'affinit ou taxons.
La classification est l'arrangement des organismes en groupe ou taxon
selon leur similitude ou leur parent volutive. Elle a pour but
l'attribution d'une identit un objet vivant.
une espce est constitue par sa souche type et par l'ensemble des
souches considres comme suffisamment proches de la souche type pour
tre incluses au sein de la mme espce.
LICSP (L'Institut canadien pour la scurit des patients)
Une souche est une population d'organismes descendant d'un organisme
unique ou d'un isolat de culture pure.
L'identification consiste placer un individu particulier dans un taxon
connu.
L'identification s'effectue en deux temps :
Identification phnotypique (prsomptive)
Elle utilise des mthodes simples accessibles par tous les laboratoires.
elle comporte gnralement :

1. Etude de caractre cultural : milieu liquide (formation de voil,

dpt)
Sur milieu glos en boite de ptri on note la formation de colonies (ovale,
rend, lenticulaire)
2. Etude de caractre sexuel chez les champignons
3. Etude de caractre morphologique et structurel :
*l'examen a l'tat frais : observation entre lame et lamelle des
microorganismes vivants.
*examen aprs coloration fix : coloration simples au bleue de
mthylne qui permet une bonne tude de la morphologie des cellules et
la coloration de Gram qui outre la morphologie, permet la sparation des
bactries en 2 grand groupes.
4. Etude de caractre immunologique
5. Etude de pouvoir pathogne
6.Etude de caractres biochimique :
Type nergtique :
la dgradation des composs chimiques, ce sont des
chimiotrophes
certaines microorganismes que l'on peut trouver notamment dans le sol et
les eaux peuvent utiliser des substances minrales afin de produire leur
nergie ce sont des chimiolitotrophes

d'autres utilisent des substances organiques, ce sont les

chimioorganotrophes
ces microorganismes utilisent des substances carbon organiques ce sont
des htrotrophes
Type respiratoire :
^Lorsque le substrat est compltement oxyd, on parle de mtabolisme
respiratoire.
^lorsque l'accepteur final de H2 et O2 de l'air on parle de Mtabolisme
arobie.
^Lorsque l'accepteur final est un compos minral autre que l'02, on parle
mtabolisme anarobie stricte.

^Lorsque l'accepteur final peut tre diffremment de l'02 au un autre

compos, on parle de mtabolisme aero-anarobie.
des enzymes respiratoire :
Oxydase : enzymes intervient la fin de la chaine d'oxydorduction pour
catalys la fixation de I 'H2 et des lectrons sur l'02.
Catalase : elle permet la dcomposition de l'eau oxygne produit en fin
de la chaine d'oxydorduction.
Peroxydase : enzyme de dcomposition de peroxyde et qui est mise en
vidence par le test de Benzidine.
Etude de mtabolisme glucidique :
**La technique de l'auxanogramme :
L'auxanogramme du carbone est un milieu de culture synthtique, sa
composition est exactement connue. Il ne contient pas de glucides.
Mise en vidence de la sporulation bactrienne : La prsence de
spore bactrienne peut tre mise en vidence par culture partir d'une
suspension bactrienne ayant subit un traitement thermique (70C
pendant 10min) permet de supposer la prsence de spore. La sporulation
est ensuite colore par coloration spcifique (vert de Malachite).
Hmolysine : il s'agit d'une enzyme responsable de la lyse des
hmaties. Elle est mise en vidence par culture sur glose au sang.
B) La coagulase : Il agit d'une enzyme coagule le plasma sanguin.
La mise en vidence de la coagulase dans un bouillon de culture de
Staphylococcus (bouillon de staphylocoagulase) est considre comme un
critre absolu d* identification de Staphy/ococcus aureus en
mdecine humaine. En mdecine vtrinaire, d'autres germes peuvent
avoir une raction positive, notamment Staphylococcus intermedius.

National Center for Biotechnology Information

NCBI

Bio Informatic Bacterial Identification de l'Universit de Lyon BIBI

Les tapes de l'identification bactrienne par squenage du gne
rrs codant l'ARN ribosomal 16 S.
1.Extraction de L'ADN :
Par centrifugation de milieu de culture liquide, le surnageant est liminer
et on rcupre le culot (ADN).

2. Raction de polymrisation en chaine (PCR) :

Pourquoi l'ARNr 16s
Les ARNr ont t choisis en taxonomie pour plusieurs raisons videntes :
- Molcule ubiquiste
- Structure bien conserve car toute modification pourrait nuire la
synthse protique.
- abondants dans la cellule et donc facilement purifiables.
La composition du milieu de raction est la suivante :
ADN + mlange du couple d'amorces + Taq polymerase + dNTP + MgCI2
+ tampon (pour l'enzyme).