Enzymes & Coenzymes

Damien Masson UFR Mdecine Nantes

Biochimie - PACES 2017 2018

Partie 1

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Enzymes

Gnralits
Elments structuraux
Classification
Cintique des ractions enzymatiques un
substrat
Inhibition enzymatique
Rgulation de lactivit enzymatique

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 Enzymologie Importance en Mdecine
Mdicaments
Enzymes mdicaments : ex. Uricase
Mdicaments inhibiteurs denzymes : ex. Aspirine

Pathologies
Dficit partiel ou total
Erreurs innes du mtabolisme
Dpistage nonatal :
Phnylctonurie, Hyperplasie des surrnales

Outil dexploration
Substrats
Enzymes

Comprhension de mcanismes de physiologie et physio-

pathologie

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 Enzymologie et Biochimie mdicale
Technique enzymatique & Activit enzymatique

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 Dfinition
Protines qui jouent un rle de catalyseur dans les ractions
du mtabolisme

Catalyseur
Substance qui modifie la vitesse dune raction
Ne modifie pas les quilibres thermodynamiques
Modifie les vitesses : Permet datteindre plus rapidement le
mme tat dquilibre
Retrouv non modifi la fin de la raction

Protine agissant des concentrations trs petites, qui

augmentent la vitesse des ractions chimiques, sans en
modifier le rsultat. A la fin de la raction, la structure de
lenzyme se retrouve inchange.

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 Ractions du mtabolisme (1)
Mtabolisme : rseau hautement intgr de ractions chimiques
Apport permanent dnergie
Indispensable la ralisation dun travail mcanique (contraction musculaire)
Indispensable au transport actif de molcules ou dions
Indispensable la synthse de (macro)molcules
2 grandes classes
Les ractions de transformation de molcules en nergie cellulaire : catabolisme
Les ractions de synthse (Glucose, Lipides ) qui ncessitent de lnergie : anabolisme
Raction catalyse par une enzyme
Substrat : Molcule sur laquelle lenzyme agit
Produit : Molcule rsultant de lactivit catalytique

Toutes les ractions de la chimie organique

Oxydo-rduction : hydrognation, dshydrognation, hydroxylation
Addition : hydratation
Elimination : dshydratation, dcarboxylation
Substitution : transfert
Transposition : isomrisation

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Ractions du mtabolisme (2)

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 Ractions du mtabolisme (3)
Le mtabolisme est rgul par contrle
Du taux des enzymes
Expression et intgrit du gne

De leur activit catalytique

Intgrit structurale et fonctionnelle de lenzyme
Cofacteurs
Conformation

De la disponibilit des substrats et/ou cofacteurs

Carence
Dfaut dune voie mtabolique

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 Importance des enzymes
Vitesse de raction
En labsence denzyme, la vitesse des ractions est incompatible avec la vie
cellulaire
Illustration : raction dhydratation du CO2
CO2 + H2O H2CO3
Raction chimique 5s
Raction enzymatique 0,65 s
(catalyse par lanhydrase carbonique)
Facteur dacclration 7,7 106

Orientation mtabolique
Efficacit
Rendement lev
Pas de sous-produit ou de ractions secondaires

Physiologie & Pathologies

Enzyme : levier de rgulation mtabolique et origine de pathologies
Expression variable & Activit variable

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Enzymes

Gnralits
Elments structuraux
Classification
Cintique des ractions enzymatiques un
substrat
Inhibition enzymatique
Rgulation de lactivit enzymatique

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 Elments structuraux
Feuillet
Structure
primaire
Squence AA
Protine
Structures Iaire, IIaire, IIIaire +/- IVaire Structure
tertiaire
Sensible la T et au pH
Changements conformationnels

Enzymes de nature entirement protique Structure

secondaire
ordonne
Structure
Enzymes composes de 2 parties distinctes quaternaire
Partie protique : apoenzyme
Partie non protique : groupement prosthtique
Entit catalytique complte : holoenzyme

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 Elments ou cofacteurs associs
Nature
Molcule dhme
Cofacteurs de nature organique (Coenzyme)
Ions mtalliques
Dissociable
Ca
Liaison forte (liaison de coordinence dative)
Fe, Zn, Cu, Ni, Mn, Mg
Fonctions
Elment essentiel la catalyse
Agent stabilisant la structure tertiaire
Ex : Anhydrase carbonique
Cation : Zn2+
Complexe stable
Localisation : site catalytique
Liaison
3 histidines
1 molcule deau

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Le site actif (1)
Toute raction enzymatique fait intervenir une
combinaison de lenzyme et de son substrat.

Site actif :
Partie de lenzyme (groupements chimiques)
susceptible de fixer la molcule de substrat dans
une position privilgie et o se droule la
raction
Volume tridimentionnel faisant intervenir des AA
2 parties au sens fonctionnel
Site de liaison assure la reconnaissance, le maintien
et lorientation
Site catalytique dont les potentialits ractives
participent au mcanisme ractionnel

Modle de lajustement induit

La liaison du substrat induit un changement de
conformation de lenzyme

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 Le site actif (2)
Illustrations
Trypsine et Chymotrypsine :
Niche dinteraction avec
Elments Elments
chane latrale de Lysine ou noyau aromatique Impliqus dans la Impliqus dans la
liaison du cofacteur catalyse

Lactate dshydrognase
Elments impliqus dans la liaison du NAD
Elments impliqus dans la catalyse
CH3 CH COOH + NAD+ CH3 C COOH + NADH, H+
OH O

Ajustement induit
Glucokinase

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 Le site actif (3)
La combinaison enzyme / substrat ne met pas en jeu de
liaisons covalentes

Interactions faibles
Interactions hydrognes
Interactions ioniques
Forces de Van der Waals

Identification des rsidus dAA impliqus

Ractifs de groupes
Ex : N thylmalimide / Fonction thiol de la cystine

Interactions faibles et ponts SS indispensables pour

assurer la structure tertiaire adapte

Interactions faibles indispensables pour assurer la

reconnaissance, le maintien et lorientation du substrat

Consquences
Dnaturation = perte dactivit enzymatique

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Site actif (4) synthse

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Les isoenzymes (1) aspects structuraux
Caractristiques
Espces molculaires de certaines enzymes oligomriques
Structure IVaire
Catalysent la mme raction biochimique
Diffrent par :
Leur composition en sous-units
Leur affinit vis--vis du substrat
Leur comportement lectrophortique (pHi)
Leurs proprits immunologiques
Fonctions
Adaptation de lisoenzyme exprime au mtabolisme de la cellule
Intrt mdical
Spcificit tissulaire relative

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 Les isoenzymes (2) M4
Foie, muscle

Modle de la LDH
Lactate dshydrognase M3H Globules blancs, cerveau
1 seule raction catalyse
CH3 CH COOH + NAD+ CH3 C COOH + NADH, H+ Cerveau, globules rouges
M2H2
OH O
Structure IVaire
: 4 sous-units MH3 Cur, rein
2 types de sous-units
M : Muscle H4
H : Heart
5 isoenzymes
LDH-1 : H4
LDH-2 : H3M1 LDH-5 : M4
Expression tissulaire diffrentielle
Mtabolisme anarobie : M4
Mtabolisme arobie : H4
Intrt mdical
Marqueur de cytolyse
Autres exemples
CK Cratine kinase

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