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La taxonomie ou taxinomie (voir l'étymologie et l'usage du mot ci-dessous) est une branche

de la biologie, qui a pour objet de décrire les organismes vivants et de les regrouper en entités
appelées taxons afin de les identifier, les nommeret les classer via des clés de détermination.
Elle complète la systématique qui est la science qui organise le classement des taxons et leurs
relations (ces deux sciences sont tellement liées que la différence entre taxinomie et
systématique ne se fait pas toujours).
Parmi ces taxinomies, les plus récentes incluent une nouvelle approche conceptuelle de
la classification mais aussi des taxonomies d'analyse d'éléments empiriques restés longtemps
ignorés de la science avant l'arrivée, au cours de la seconde moitié du XXe siècle, des
découvertes de la biologie moléculaire.
La taxinomie s'étend maintenant à d'autres sciences, entre autres les sciences humaines et
sociales, les sciences de l'information ou l'informatique.

Sommaire

 1Étymologie et usage du mot


 2Définition nomenclaturale
 3Différences entre taxinomie et systématique
 4Historique et évolution des modèles
o 4.1Avant Linné
o 4.2Carl von Linné
o 4.3Augustin de Candolle
o 4.4La révolution darwinienne
o 4.5Développements modernes
 5Principes communs et différences
o 5.1La notion d'espèce
o 5.2Emploi du binom latin
o 5.3Approche phylogénétique
 6Évolution des pratiques
 7Notes et références
 8Voir aussi
o 8.1Bibliographie
o 8.2Articles connexes
o 8.3Liens externes

Étymologie et usage du mot[modifier | modifier le code]


Sur les autres projets Wikimedia :
 taxonomie, sur le Wiktionnaire
Le mot taxinomie provient du grec τάξις (taxis) « placement », « classement », « ordre » et
de νομός (nomos) qui signifie « loi », « règle »). Le terme fut créé en 1813, sous la graphie
de taxonomie, par le botaniste suisse Augustin Pyrame de Candolle (1778-1841) dans
sa Théorie élémentaire de la botanique ou exposition des principes de la classification
naturelle et de l'art de décrire et d'étudier les végétaux1, pour désigner dans sa « théorie des
classifications » à la fois la méthode et ce qu'il a qualifié de « bases de la botanique
philosophique » (Mémoires et souvenirs, Livre III, § 112). Dans la seconde édition publiée en
18193, il considérait la graphie du mot taxonomie incorrecte dans sa forme originale en
mentionnant : « Il serait plus exact de dire Taxéonomie ; mais j'ai cru devoir admettre la
suppression de l’e, pour rendre le mot plus court. »4. Cela montre que De Candolle a en réalité
fait dériver son terme taxonomie, non pas du nominatif τάξις (taxis) mais de
son génitif τάξεως (taxeôs)5.
Le terme taxonomie est entériné en 1836 dans le Supplément au Dictionnaire de l'Académie
française6.
La graphie taxinomie était recommandée en 18647. Émile Littré, dans son Dictionnaire de la
langue française (version 1872-1877)8 précisait que le mot taxinomie ou taxionomiepouvait
aussi être utilisé, formé sur l'étymon grec taxis (l'ordre). Le Grand dictionnaire terminologique,
au Québec, confirme que taxinomie est recommandé par plusieurs auteurs considérant
« taxonomie » comme « un calque de l'anglais taxonomy », ce qui est pourtant historiquement
faux. En effet, taxonomy n'apparait en anglais qu'en 1819 sous l'influence du français, soit six
ans après qu'il a été inventé par De Candolle9. Des dictionnaires français continuent cependant
à répandre cette erreur10 que la graphie taxonomie (De Candolle, 1813) correspondrait à
l'anglais taxonomy11. Au contraire, la plupart des dictionnaires anglais affirment correctement
que le mot taxonomy dérive du français12, et, pour le TLFI, l'anglais taxonomy est apparu
seulement en 1828 dans le dictionnaire américain Webster's13.
Le terme de taxinomie ne dérive pas du mot taxon, ce dernier étant un concept apparu plus
tardivement (mot créé par le botaniste Herman Johannes Lam en 194814). Ainsi, la taxinomie
n'est pas, étymologiquement, l'étude des taxons mais bien les lois sur l'ordre, donc les règles
de la classification. Certains spécialistes font une différence dans l'usage, particulièrement
en botanique, entre la taxinomie qui, formée sur l'étymon grec nómos (loi, règle), concerne les
questions de classification, et la taxonomie qui, formée sur l'étymon grec ónoma (nom), se
rapporte aux questions de nomenclature15,16. D'autres savants font usage du
terme taxionomie dans leur activité, particulièrement en zoologie, pour nommer les groupes
d'êtres vivants17,18,19,20. Cependant, le mot taxonomie est aussi et très souvent utilisé pour
nommer la science de la description des taxons. Même les auteurs prônant l'usage du terme
« taxinomie » ne parlent pas de « taxins » mais de taxons, à l'exception toutefois d'un
spécialiste en entomologie invoquant la diffusion francophone des connaissances et déplorant
l'influence de l'anglais21. Les autres langues utilisent des termes similaires à « taxonomie »,
pas « taxinomie » ; ainsi, on écrit Taxonomie en allemand, taxonomy en anglais, taxonomía en
espagnol (castillan), taxonomia en portugais et en catalan, tassonomia en
italien, таксономия (taksonomiya) en russe, etc.22.
En 1957, en France, l'Académie des sciences adopte le nom de « Taxinomie » pour désigner
la science de la classification23.
Le terme est devenu d’usage courant au XXIe siècle, soit dans la graphie originale, taxonomie24,
même si celle-ci est étymologiquement contestée25,26,27,28,29 voire considérée comme fautive30,
soit sous la graphie corrigée par Émile Littré, taxinomie avec un « i »31,32,33,34,35, même si celle-là
est sciemment réfutée36. Le remplacement du « o » par un « i » est perçu par certains comme
du purisme, qui lui préfèrent le terme « taxonomie », en faisant valoir un usage majoritaire, la
cohérence et un « principe de priorité »36,37,38,39,10,5.

Définition nomenclaturale[modifier | modifier le code]


Le mot « taxonomie » est employé dans les appendices du Code international de
nomenclature zoologique bilingue (publié en français et en anglais) en 1961 pour la première
édition40 et en 1964 pour la deuxième édition41.
Le texte en français de la troisième édition du Code international de nomenclature
zoologique (1985) mentionne le terme « taxonomie ». Dans le glossaire, la « taxonomie » est
définie comme étant « La théorie et la pratique de la classification des organismes ; partie de
la systématique, l'étude des catégories d'organismes et de leur diversité »42.
Le texte en français de la quatrième édition du Code international de nomenclature
zoologique (1999) mentionne les deux termes « taxinomie » et « taxonomie ». Dans le
glossaire, la « taxinomie ou taxonomie » est définie comme étant la « Théorie et pratique de la
classification des organismes »43.

Différences entre taxinomie et


systématique[modifier | modifier le code]
En biologie la taxinomie est inséparable de la systématique30. Cette dernière étant définie
comme l'étude de la diversité et des relations évolutives entre les organismes vivants ou
fossiles5, elle inclut naturellement deux composantes complémentaires que sont
la phylogénétique, c'est-à-dire la discipline s'intéressant à la reconstruction de l'arbre du vivant,
et la taxonomie qui produit des classifications formelles. La manière dont la taxonomie doit
prendre en compte les résultats de la phylogénétique est d'ailleurs source de vives
controverses méthodologiques et surtout philosophiques44,45.
Dans la pratique, le terme « systématique » désigne aussi bien la méthode utilisée (on dira par
exemple la « systématique phylogénétique ») que le résultat obtenu avec cette méthode (la
« systématique des Agaricales »). Dans le sens concret de résultat, les deux sciences sont
peu distinctes et souvent confondues, car pratiquées simultanément par les mêmes
personnes. Les taxonomistes ont de tout temps été nommés systématiciens, car après avoir
étudié et décrit des organismes, ils ont tout naturellement essayé de les classer à partir du bas
niveau des espèces (alpha taxonomy ou « taxinomie primaire »).
Ceux qui utilisent surtout le sens de méthode (les phylogénéticiens notamment) nomment
souvent le résultat « classification », ou parfois « taxinomie » par abus de langage, surtout
dans les disciplines non biologiques (voir Taxonomie (homonymie)).

Historique et évolution des modèles[modifier | modifier le code]


Avant Linné[modifier | modifier le code]
La première classification des végétaux est généralement attribuée à Théophraste à la fin
du IVe siècle av. J.-C., même si son Histoire des plantes reprend en partie des théories de
l'École pythagoricienne. Le premier classificateur connu des animaux fut Aristote, dans le
traité Histoire des animaux. Celui qui est traditionnellement présenté comme le « père de la
science », emprunte la distinction à Démocrite en divisant les animaux en deux classes, ceux
qui ont du sang et ceux qui n'en ont pas (animaux à sang blanc ou incolore qu'il nomme
lymphe). Il sous-divise les animaux à sang rouge en cinq classes (quadrupèdes vivipares,
cétacés, oiseaux, quadrupèdes ovipares et poissons) et les animaux à sang blanc en quatre
(mollusques, testacés, crustacés et insectes)46.

Carl von Linné[modifier | modifier le code]


Le naturaliste suédois Carl von Linné (1707-1778) posa les fondations de la systématique, et
fut l'auteur d'une classification dont les grands principes furent la base de la systématique
scientifique jusqu'au milieu du XXe siècle47.

Augustin de Candolle[modifier | modifier le code]


Bien que, comme la méthode de Jussieu, elle utilise les binoms linnéens (ou binôme en
botanique) et préconise la « méthode naturelle » opposée au « système artificiel » de Carl von
Linné, la taxinomie proposée par de Candolle48 s'en écarte par l'importance donnée aux
coupures. Alors que pour Linné et Jussieu, la nature « ne fait pas de saut », Candolle insiste
sur les discontinuités qui sont à la base de la notion de taxon, à la fois entité et coupure49.

La révolution darwinienne[modifier | modifier le code]


Dans la systématique classique (parfois dite « linnéenne »), l'ordre hiérarchique interne
des taxons était fondé à l'origine sur des critères de ressemblance « morphologique » et
d'affinités supposées. Bien que fortement anthropocentrique et reflétant des causes de
la diversité des êtres vivants (création divine) telles qu’on les pensait voici 250 ans, elle fait
encore, en ce début du XXIe siècle, partie du bagage culturel commun de tous les naturalistes.
Mais par la suite, au fur et à mesure de l'avancée des connaissances, notamment à partir des
travaux de Jean-Baptiste de Lamarck et Charles Darwin, cet ordre a rapidement eu l'ambition
de donner par surcroît une image de l'évolution50.
L’anthropocentrisme fut battu en brèche avec Charles Darwin qui recommande le 24
novembre 1859 (dans L'origine des espèces51) une classification purement généalogique. S’il y
a eu évolution, les espèces doivent être classées selon leur degré d’apparentement évolutif52.
Mais il faudra attendre près d’un siècle pour que l'élimination des
taxons polyphylétiques devienne consensuelle. En revanche, des interprétations divergentes
du terme « généalogique » chez Darwin, comme distance patristique ou bien comme récence
relative du dernier ancêtre commun, a donné naissance à deux courants intellectuels opposés
en taxonomie, respectivement l'évolutionnisme et le cladisme.

Développements modernes[modifier | modifier le code]


Dans la deuxième moitié du XXe siècle, la systématique dite phylogénétique s'est développée à
partir d'une méthode de reconstruction qui a connu un développement foudroyant :
la cladistique, initiée par Willi Hennig en 195053. Cette méthode est fondée globalement sur des
relations évolutives pour laquelle le critère fondamental du choix de la classification est qu'elle
doit refléter strictement la phylogénie, c'est-à-dire les degrés d’apparentement entre espèces.
La notion même d'une telle phylogénie est une conséquence de la théorie de l'évolution, et le
succès prédictif des arbres phylogénétiques une des preuves de cette théorie.
D'importants progrès en génomique ont été permis par l'analyse génétique automatique et le
développement des outils et modèles informatiques. Ils imposent et permettent la redéfinition
de certaines espèces ou groupes d'espèces et permettraient une meilleure connaissance et
suivi des espèces.

Principes communs et différences[modifier | modifier le code]


Toutes les classifications actuelles se présentent sous la forme d'un arbre (classement
arborescent), depuis une racine incluant tous les êtres vivants existants ou ayant existé,
jusqu'aux individus. Chaque nœud de l'arbre définit un taxon, qui groupe tous les sous-taxons
qu'engendre le nœud.

La notion d'espèce[modifier | modifier le code]


Un concept important de classification, assez stable, est celui d'espèce. Ce groupement est
relativement bien défini, du moins pour les espèces à reproduction54,55.
L'espèce se définit comme une communauté d'êtres vivants interféconds (ou interfertiles,
capables de se reproduire entre eux), pouvant échanger du matériel génétique et produisant
des descendants eux-mêmes féconds (en effet, certains individus du même genre mais
appartenant à des espèces différentes peuvent se croiser pour donner un individu hybride,
mais celui-ci est le plus souvent stérile)54. Dans le cas de la multiplication strictement asexuée,
on parle abusivement d'espèces à la place de lignée, le groupement étant alors purement
phylogénétique. Le cas des entités à la limite du vivant (virus, prions) est encore différent ;
elles sont en général exclues des classifications. Une autre difficulté à citer est celle
des symbioses strictes, comme les lichens (qui combinent un organisme de nature fongique, et
un organisme capable de photosynthèse, de nature végétale), mais en général, un des deux
partenaires est capable de vivre sans s'associer à l'autre, et l'on peut les classer dans deux
espèces distinctes, avec comme caractéristique d'une des deux espèces de ne pouvoir
survivre sans l'autre56.

Emploi du binom latin[modifier | modifier le code]


Articles détaillés : Nom binominal et Rang taxonomique.
Les espèces sont nommées selon le système binominal utilisé pour la première fois
par Guillaume Rondelet et Pierre Belon au XVIe siècle57 et généralisé par Carl von Linné au
cours du XVIIIe siècle. Le nom scientifique d'une espèce est la combinaison de deux mots latins
ou considérés comme étant du latin (jusqu'à trois dans certaines disciplines, pour une sous-
espèce, variété ou forme) généralement écrits en italique : un nom de genre, suivi d'une ou
deux épithètes spécifiques.
Au-dessous du rang de genre, tous les noms de taxons sont appelés combinaisons. On
distingue plusieurs catégories de combinaisons :

 Entre genre et espèce (sous-genre, section, sous-section, série, sous-série, etc.), les
combinaisons sont infragénériques et binominales : nom de genre, puis après indication du
rang, une épithète infragénérique, par exemple le cèpe appartient à la section
« Boletus sect. Edulis » ;
 Au rang d'espèce, les combinaisons sont spécifiques et binominales ;
 Au-dessous de l'espèce, les combinaisons sont infraspécifiques et trinominales en
zoologie.
Approche phylogénétique[modifier | modifier le code]
L'approche phylogénétique actuelle fait appel aux données de la cladistique, mais ses
exigences se résument à n'accepter que des taxons monophylétiques, c'est-à-dire
correspondant à un clade donné. Elle demande que les taxons soient limités à ceux qui
respectent les deux conditions suivantes :

 tous les individus du taxon descendent d'un individu ancestral particulier ;


 tous les descendants de cet ancêtre particulier sont dans le taxon.
On parle alors seulement de taxon monophylétique ou clade58. Cette contrainte a amené des
modifications fondamentales de la classification scientifique, certaines renversant le « sens
commun » modelé par l'héritage culturel. Ainsi, les dinosaures n'ont pas disparu, la
systématique moderne incluant les oiseaux dans le groupement « dinosaures ».
Parmi d'autres exemples, les taxons traditionnels
comme reptiles, poissons, algues, dicotylédones, pongidés, n'ont pas droit de cité en
systématique phylogénétique, car considérés polyphylétiques (origines multiples) ou
paraphylétiques (incomplets) (dicotylédones a été remplacé par dicotylédones vraies). D'autres
ont survécu avec quelques séquelles, comme champignons. Enfin, certains ont surmonté la
tempête, comme animal (métazoaires) ou mammifères. Remarquons qu'il n'y avait rien
d'évident à ce que tous les animaux multicellulaires partagent un ancêtre commun qui les
sépare de tout végétal ou champignon.
À part cela, sa structure reste fondamentalement de type linnéen et sa nomenclature (c'est-à-
dire les dénominations elles-mêmes) également.
Il y a plusieurs approches techniques pour élaborer les arbres phylogénétiques.

 L'approche cladistique cherche en particulier à déterminer les caractères propres à une


branche, qui « signent » un apparentement.
 L'approche phénétique, une classification basée uniquement sur des mesures de distance
entre taxons (évaluées par exemple en comptant les différences de séquences d'ADN)
sans chercher à faire une interprétation phylogénétique.
 L’approche probabiliste qui construit des arbres phylogénétiques en utilisant des modèles
d’évolution des caractères (le plus souvent moléculaires, mais pas obligatoirement).
Selon les publications, on trouve à ce jour des classifications de tout type, depuis la
classification traditionnelle à peine remaniée, jusqu'aux classifications
strictement cladistes sans rangs taxonomiques en passant par différents mélanges, par
exemple gardant les rangs taxonomiques mais s'alignant sur les clades, ou encore des
méthodes de traitement post-phylogénétique faisant ressortir automatiquement les grades
évolutifs59.

Évolution des pratiques[modifier | modifier le code]


Les progrès de la génétique et de la bioinformatique permettent de faire également progresser
la taxinomie, ce qui se traduit aussi par de fréquentes révisions et mises à jour, qui s'inscrit
parfois dans des modes alternatifs de publication scientifique60, plus coopératifs61 et réactifs.
De plus, l'étude de la biodiversité bactérienne, ou des espèces du sol ou des océans, est
complexe et nécessite - outre de nouveaux moyens - une collaboration entre de nombreux
spécialistes répartis dans le monde entier.
Les naturalistes ont développé des outils de travail collaboratif et de partage avec par
exemple Tela botanica (pour les botanistes) et plus récemment l'European Journal of
Taxonomy (EJT62). C'est une revue scientifique internationale de taxinomie descriptive,
soutenue par un Consortium EJT (de musées d’histoire naturelle et d'un jardin botanique),
publiée en anglais, en format électronique, en licence Open Access, en licence Creative
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peuvent concerner toutes les espèces, quel que soit leur pays d'origine. Les révisions
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