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PLOUNE

PROTOCOLE DE LABORATOIRE

Estimation des données de population microbienne à partir de

la densité optique

Portia MiraIDENTIFIANT
1 *, Paméla Yeh1,2, Barry G.Hall3

1Département d'écologie et de biologie évolutive, Université de Californie, Los Angeles, Los Angeles, CA, États-
Unis d'Amérique,2Institut Santa Fe, Santa Fe, Nouveau-Mexique, États-Unis d'Amérique, 3Bellingham Research
Institute, Portland, OR, États-Unis d'Amérique

* portiamira20@gmail.com
a1111111111
a1111111111
a1111111111 Résumé
a1111111111
a1111111111 Le spectrophotomètre est utilisé depuis des décennies pour mesurer la densité des
populations bactériennes sous forme de turbidité exprimée en densité optique-DO.
Cependant, la DO seule est une mesure peu fiable et n'est proportionnellement précise
aux titres cellulaires qu'à environ une DO de 0,1. La relation entre la DO et le titre
OPENACCESS cellulaire dépend de la configuration du spectrophotomètre, de la longueur du trajet
Citation:Mira P, Yeh P, Hall BG (2022) Estimation des lumineux à travers la culture, de la taille des cellules bactériennes et de la densité de la
données de population microbienne à partir de la densité culture cellulaire. Nous démontrons l'importance de l'étalonnage du lecteur de plaque
optique. PLoS ONE 17(10) : e0276040.https://doi.org/
pour identifier la relation exacte entre la DO et les cellules/mL. Nous utilisons quatre
10.1371/journal.pone.0276040
genres bactériens et deux tailles de plaques de micro-titrage (96 puits et 384 puits) pour
Éditeur:Abdelwahab Omri, Université Laurentienne,
montrer que la cellule/ml par unité OD dépend fortement de la taille des cellules
CANADA
bactériennes et de la taille de la plaque.
Reçu:18 mai 2022

Accepté:28 septembre 2022

Publié :13 octobre 2022

Historique de l'examen par les pairs :PLOS reconnaît les

Introduction
avantages de la transparence dans le processus d'examen par

les pairs ; par conséquent, nous permettons la publication de La loi de Beer-Lambert [1 ] relie la concentration molaire (C) d'un soluté à l'absorbance de la lumière selon
tout le contenu de l'examen par les pairs et des réponses des l'équation C =�Un où�est le coefficient d'extinction molaire et A est l'absorbance. Epsilon (�) est donnée à une
auteurs aux côtés des articles finaux publiés. L'historique
longueur d'onde spécifique et à un trajet lumineux spécifique, généralement un trajet lumineux de 1 cm. Cette
éditorial de cet article est disponible ici : https://doi.org/10.1371/
relation est ce qui nous permet de surveiller les réactions enzymatiques par absorbance, de mesurer les
journal.pone.0276040
concentrations de protéines par absorbance et de faire des immunoessais enzymatiques (ELISA).
Droits d'auteur:©2022 Mira et al. Ceci est un article en libre
Cependant, la loi de Beer-Lambert ne s'applique qu'aux solutions dans lesquelles les molécules de soluté sont
accès distribué sous les termes de la Licence d'attribution
uniformément réparties dans le solvant. Elle ne s'applique pas aux suspensions de matières particulaires telles
Creative Commons , qui autorise l'utilisation, la distribution et
que les cellules microbiennes. Plutôt que d'absorber la lumière, les particules diffusent la lumière, c'est pourquoi
la reproduction sans restriction sur n'importe quel support, à

condition que l'auteur original et la source soient crédités. nous exprimons la turbidité comme OD (densité optique) au lieu de A (absorbance). La relation entre les cellules/
mL et la DO est complexe et dépend de plusieurs facteurs, notamment la longueur du trajet lumineux, la taille des
particules (cellules) et le nombre de particules. Il n'y a pas de facteur simple équivalent à�qui relient le nombre
Déclaration de disponibilité des données :Toutes les données pertinentes

se trouvent dans le document et sonRenseignements à l'appui des dossiers. de cellules/mL à la DO.

Ce n'est pas une mince affaire de déterminer le nombre de cellules/mL ou la masse de cellules dans une
culture. La méthode classique consistait à sécher une culture et à peser les cellules, une méthode qui ne se prête
Financement:Nous sommes reconnaissants du financement

d'une bourse KL2 (PJY) par le biais du NIH / National Center pas à une mesure facile des densités cellulaires dans de petites cultures, (sans parler du fait qu'en pesant les
pour faire progresser Tra NSlational Science (NCATS) UCLA cellules déshydratées, elles absorbent l'humidité de l'air et le poids augmente même

PLOS ONE |htt ps://doi.org/10.1371/journal.pone.027604013 octobre 2022 1/8

PLOS ONE
Le numéro de subvention CTSI UL1TR001881, la bourse
postdoctorale présidentielle et le prix du service national de
recherche Ruth L. Kirschstein (AI007323) au Dr Portia Mira Les
bailleurs de fonds n'ont joué aucun rôle dans la conception de
l'étude, la collecte et l'analyse des données, la décision de
publier ou de préparer le manuscrit.
Intérêts concurrents :Les auteurs ont déclaré qu'ils
n'existaient pas de conflit d'intérêts.
PLOS ONE |https://doi.org/10.1371/journal.pone.0276040 13 octobre 2022
Utilisation de la DO pour approximer les données de population microbienne
que l'équilibre est surveillé). Il peut être important de déterminer facilement et rapidement les densités cellulaires, c'est-à-dire
lors de la surveillance de la croissance dans les fermenteurs pour déterminer quand récolter les cellules.
La commodité de mesurer les populations de cellules dans les lecteurs de plaques de microtitration nous a amenés à
déterminer la relation entre la DO et les cellules/mL pour plusieurs espèces microbiennes et pour des plaques de
différentes tailles. Étant donné que la relation OD peut être utilisée pour calculer le nombre de cellules, tout comme A est
utilisé pour calculer la concentration d'un soluté.
Les spectrophotomètres sont utilisés depuis plus de 6 décennies comme moyen de mesurer la densité de
population des cultures microbiennes [2–4]. La densité de population est estimée à partir de la turbidité de la
culture et est généralement exprimée en DO (densité optique), généralement à une longueur d'onde de 600 nm.
OD est le log négatif de la transmission, qui est la fraction de la lumière qui est détectée lorsqu'elle passe à travers
une cuvette contenant un échantillon de la culture. La loi de Beer-Lambert stipule que la DO est proportionnelle à
la concentration d'une solution [1 ]. Cependant, cette loi ne s'applique pas aux suspensions de particules (ou
cultures bactériennes) car au lieu d'absorber la lumière, la lumière est diffusée hors de l'axe du détecteur.5 ,6 ]. En
conséquence, la DO n'est proportionnelle au titre cellulaire que jusqu'à un point limité, généralement une DO
d'environ 0,1 (Figure 3 ). Au-dessus de cette plage, une partie de la lumière qui est diffusée loin du détecteur par
une cellule est ensuite diffusée vers le détecteur par une autre cellule [sept ]. En conséquence, la DO n'augmente
pas aussi vite que le titre cellulaire et, par conséquent, on ne peut pas compter uniquement sur la DO pour
mesurer avec précision les densités de population bactérienne.
Pour estimer avec précision les titres cellulaires à partir des mesures de DO observées, il est nécessaire
d'étalonner le spectrophotomètre. La relation entre la DO et le titre cellulaire dépend de quatre éléments :
1) la configuration du spectrophotomètre, 2) la longueur du trajet lumineux à travers la suspension, 3) la
taille des cellules et 4) la densité de la culture cellulaire. Par conséquent, il est nécessaire de calibrer
chaque modèle de spectrophotomètre séparément pour chaque espèce microbienne à étudier.
Jusqu'à il y a environ une décennie, les DO étaient déterminées en plaçant un échantillon de la culture dans une cuvette
d'un trajet lumineux de 1 cm. La détermination du taux de croissance nécessitait un échantillonnage à partir d'une culture
à intervalles réguliers et l'enregistrement de la DO à chaque instant. Concrètement, il était difficile de suivre plus d'une
vingtaine de cultures simultanément. L'avènement de l'utilisation d'un lecteur de plaque de microtitration pour surveiller la
croissance des cultures dans les puits d'une plaque de microtitration permet des mesures à haut débit de la cinétique de
croissance microbienne. Cependant, les mêmes considérations d'étalonnage s'appliquent aux lecteurs de plaques de
microtitration qu'aux spectrophotomètres [sept ]. Les plaques de microtitration ont différentes tailles (c'est-à-dire 96 puits,
384 puits), ce qui signifie que chaque puits a des profondeurs différentes. Par conséquent, il est nécessaire de calibrer un
lecteur de plaque séparément pour chaque plaque de taille.
Une étude récente montre l'avantage des étalonnages de lecteurs de plaques à l'aide de microsphères de silice [8 ]. Cependant,
ils concentrent leur étude uniquement surE.coliet ne tenez pas compte de la taille de la plaque de microtitration, de la profondeur du
puits ou d'autres tailles d'espèces bactériennes. Ici, nous démontrons l'importance de calibrer un lecteur de plaque à l'aide d'un
lecteur de plaque Biotek Epoch 2, des plaques de microtitration à 96 puits et 384 puits et quatre espèces bactériennes qui couvrent
une large gamme de tailles de cellules. Nous appliquons ensuite le calibrage à un ensemble de courbes de croissance pour
Escherichia coliet montrent que l'utilisation de cellules/mL donne les mêmes taux de croissance que l'utilisation de OD.
matériaux et méthodes
Souches bactériennes
Nous avons utilisé quatre souches bactériennes de genres différents :Escherichia coliK12 souche
DH5α (Fφ80lacZΔ M15 Δ (lacZYA-argF)U169 recA1 endA1 hsdR17(rK–mK+)phoA supE44λ-thi–1
gyrA96 relA1) de ThermoFisher,Escherichia colisouche CFT073 O6:K2:H1 [dix ],Pseudomonas putida
souche ATCC 12633,Staphylococcus epidermidissouche ATC12228 [11 ] etBacillus megaterium
souche ATCC 14581.
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PLOS ONE Utilisation de la DO pour approximer les données de population microbienne

Étalonnage du lecteur de plaques

Pour identifier les unités formant des colonies par genre, nous avons inoculé quatre cultures debout pendant la nuit pour

chaque genre. Les cultures ont été inoculées à 37 ° C dans 10 ml de LB (10 g de tryptone, 5 g d'extrait de levure, 10 g de

NaCl par litre) et placées dans des tubes de culture de 15 ml avec des bouchons hermétiquement fermés qui ne

permettaient aucune aération pendant 16 à 18 heures. Les cultures de chaque genre ont été combinées dans un tube

conique de 50 ml et centrifugées à 4 000 tr/min pendant 15 minutes à 4̊ C, puis remises en suspension dans 4 ml de

tampon M9, ce qui a conduit à une culture bactérienne de départ concentrée 4X. Deux séries de quinze dilutions ont été

réalisées. Les premières cultures de départ ont été diluées à des concentrations qui ont donné le nombre le plus

dénombrable de colonies. Il s'agissait de 106, dixsept, dix8pourE.coli, et 104et 105pourS.épiderme, P.putida, etB.mégatérium.

Les dilutions ont été étalées sur gélose LB, inoculées à 37°C pendant une nuit et comptées le jour suivant. Le deuxième

ensemble de dilutions était constitué de 15 dilutions doubles de la culture de départ. Chaque tube a été étalé dans des

plaques à 96 puits (4 répétitions de 200 μl par puits) et à 384 puits (6 répétitions, 80 μl par puits) plus des puits vierges

(uniquement M9) pour chaque taille de plaque. La DO600

a été mesurée toutes les 5 minutes pendant 30 minutes à l'aide du lecteur de plaques Biotech Epoch 2. Nous rapportons

l'OD corrigée, c'est-à-dire l'OD des seuls médias soustraits de chaque lecture expérimentale (les données brutes peuvent

être trouvées dansFichier S3 ). Les données agrégées ont été utilisées en combinaison avec les comptages de colonies

pour obtenir le calibrage individuel pour chaque genre.

Le protocole décrit dans cet article à comité de lecture est publié sur protocols.io,dx.doi. org/10.17504/
protocols.io.8epv5j6wjl1b/v1 et est inclus pour l'impression en tant queFichier S1 avec cet article. S'il te plait
regardeFichier S2 - "Calibration calculator.xlsx" qui facilite l'utilisation de ce protocole etFichier S3
—"Calibration_RawData.xlsx" pour un ensemble complet de données brutes.

Expériences de taux de croissance

Cultures debout pendant la nuit deE.colietS.épidermeont été dilués (1:20) pour obtenir une DO de départ
de 0,02 à 0,03. Les cultures ont ensuite été étalées sur la rangée d'une plaque à 96 puits (12 puits en
double) et l'OD600a été mesuré toutes les 20 minutes pendant 22 heures. Les taux de croissance ont été
calculés à partir des mesures de DO à l'aide du programme GrowthRates [9 ] Version 5.1 (https://
bellinghamresearch.com/ ).

Résultats

Courbes d'étalonnage

Cultures d'une nuit pour chaque organisme (E.Coli DH5α,S.épiderme,B.mégatérium et P.putida)ont été
concentrés à environ 2,5 x 109cellules/mL dans un tampon de sels minéraux (M9) et dilué 2x en série. Chaque
dilution, plus un blanc de tampon, a été distribuée dans quatre puits (plaque à 96 puits) ou 6 puits (plaque à 384
puits) et les DO ont été mesurées (les schémas des plaques peuvent être trouvés dansFichier S3 . Pour chaque
dilution, la DO moyenne a été corrigée en soustrayant la DO moyenne du puits blanc (tampon) et les DO
corrigées ont été représentées graphiquement en fonction du nombre de cellules viables. Stevenson et al. [sept ]
a suggéré qu'il existe une relation quadratique entre le nombre de cellules et la DO. Cependant, pour identifier le
meilleur ajustement possible, nous avons voulu explorer d'autres relations. Nous ajustons les courbes aux points
résultants sur la base de l'hypothèse de quatre relations - une relation linéaire, une relation quadratique, une
relation cubique et une relation polynomiale de degré 4.E.coliles ajustements sont présentés comme des
données représentatives (Fig. 1 ) et le R correspondant2valeurs, les coefficients de corrélation des ajustements,
pour les autres genres mesurés sont également indiqués dansTableau 1 .
L'ajustement linéaire est clairement inapproprié, avec R2= 0,95 pour les plaques 96 et 384 puits. Pour choisir parmi

les autres ajustements, nous avons considéré R2comme mesure (Tableau 1 ). Nous avons trouvé que le R2
critère pour le polynôme de degré 4 fit est le meilleur pourE.coli.

PLOS ONE |https://doi.org/10.1371/journal.pone.0276040 13 octobre 2022 3/8

PLOS ONE Utilisation de la DO pour approximer les données de population microbienne

Fig 1. Relation entre les cellules/mL et la DO avec différents ajustements.Les lignes pleines et les points ronds représentent les mesures de
96 puits, et les lignes pointillées et les points carrés représentent les mesures de 384 puits pourE.coli.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0276040.g001

De même, nous avons calibré le lecteur de plaques avecStaphylococcus epidermidis,Pseudomonas putida, etBacillus
megaterium. Dans chaque cas, le polynôme de degré 4 était le meilleur ajustement. Le nombre approximatif de cellules/
mL avec le polynôme de degré 4 en utilisant l'équation générale : A OD4+ BOD3+ COD2+ D OD + E où A, B, C, D et E sont les
coefficients des termes.Tableau 2 montre les équations polynomiales de degré 4 pour chaque organisme et taille de
plaque. Nous avons également pris en compte un autre critère de qualité de l'ajustement, l'erreur quadratique moyenne
(RMSE) (données présentées dansFichier S3 ). Plus le RMSE est petit, meilleur est l'ajustement. Selon le critère RMSE, le
degré polynomial 4 était également systématiquement le meilleur ajustement.

Les équations sont différentes selon les espèces et au sein d'une même espèce pour les plaques 96 et 384 puits (

Tableau 2 ). Cela souligne la nécessité de calibrer chaque espèce et chaque taille de plaque séparément. Nous fournissons

ces équations uniquement à titre d'exemples et nous soulignons qu'elles ne doivent pas être utilisées pour des

instruments autres que le Biotek Epoch 2.

Le nombre de cellules/mL à une DO de 1 diminue à mesure que le volume cellulaire (CV) augmente selon une fonction

quadratique dans laquelle le nombre de cellules/mL à une DO de 1 est égal à 2,1 e8 x CV2–5,9 e9 x CV +4,0 e10, avec R2=

0,998 pour les plaques 96 puits et 1,2 e8 x CV2–3,4 e9 x CV +2,3 e10, avec R2= 0,999 pour les plaques 384 puits. Ceci est

cohérent avec les conclusions de Koch en 1961 et de Stevenson et al. en 2016 [2 ,sept ].

Application de la courbe d'étalonnage aux données de la courbe de croissance réelle

La croissance de deuxE.colisouches et uneS.épidermela souche à 37̊ dans le milieu LBD a été surveillée. La
densité de population a été mesurée sous forme de DO corrigée et de cellules/mL sur la base d'une courbe
d'étalonnage à ajustement quadratique.Figure 2 montre un tracé d'un puits pourS.épidermesouche et

Tableau 1. R2valeurs des différents ajustements pour chacun des quatre genres bactériens mesurés.

Organisme 96 puits 384 puits

Quadratique Cubique Polynôme Quadratique Cubique Polynôme

S.épiderme 0,9987 0,99995 1.0 0,99989 0,99995 0,99999
E.coli 0,99452 0,99961 1.0 0,99815 0,99995 1.0
P.putida 0,99824 0,99996 0,99996 0,99821 0,99987 0,99992
B.mégatérium 0,99977 099999 1.0 0,99882 0,99936 0,99997

Les organismes sont classés par ordre de volume cellulaire.

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PLOS ONE Utilisation de la DO pour approximer les données de population microbienne

Tableau 2. Équations d'étalonnage et taille de cellule.

Espèces Taille de la plaque Équation du degré polynomial 4, Cellules/mL = Cellules/mL @ DO = 1 Volume cellule

S.épiderme 96 4.3e10 DO4–3.8e10 DO3+1.2e10 DO2+1.7e10 OD +1.7e8 3.42x10dix 1 μ3

384 - 2.5e10 DO4+4.2e10 DO3–1.2e10 DO2+1.5e10 OD +9.4e7 2.01x10dix
E.coli 96 1.6e9 DO4–2.3e9 DO3+1.3e9 DO2+1.0e9 OD +5.1e5 1.6x109 9,8 microns3

384 3.3e8 DO4–2.1e8 DO3+4.9e8 DO2+8.3e8 DO + 4.2e4 1.44x109

P.putida 96 2.4e8 DO4–2.7e8 DO3+6.4e7 DO2+4.7e8 OD +1.4e5 5.04x108 12,3 microns3

384 3.7e8 DO4–6.8e8 DO3+3.8e8 DO2+3.7e8 OD +8.2e5 4.41x108

B.mégatérium 96 4.4e8 DO4–4.9e8 DO3 +3.2e8 DO2+5.9e8 OD +4.3e6 8.64x108 17 microns3

384 - 1.2e9 DO4+3.6e9 DO3–2.7e9 DO2+1.2e9 OD -5.3e6 8.95x108

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0276040.t002

souligne que les courbes basées sur la DO et les cellules/mL sont presque identiques. Pour leS.épiderme
culture dansFigure 2 , le taux de croissance basé sur la DO était μ = 0,01459 ± 0,000412 min-1basé sur 6
points de 140 à 240 minutes, avec R = 0,9984. Sur la base des cellules/mL, le taux de croissance était
similaire, μ = 0,01354 ± 0,000285 min-1basé sur 6 points de 140 à 240 minutes, avec R = 0,9983.

Figure 3 montre une courbe de croissance deE.colibasée sur la DO et la même courbe basée sur les cellules mises à
l'échelle/mL. Au-dessus d'une DO de 0,1, la DO (cercles vides) est nettement inférieure aux cellules mises à l'échelle/mL,
illustrant que la proportionnalité des cellules/mL à la DO tombe au-dessus de la DO = 0,1.
Le programme Taux de Croissance [9 ] Version 5.1 (https://bellinghamresearch.com/ ) a été utilisé pour
estimer les taux de croissance dans 12 puits pourE.coliK12 souche DH5, l'uropathogèneE.colisouche CFT073 [dix ],
etS.épidermesouche. ATCC 12228 [11 ]. Nous avons trouvé les estimations du taux de croissance similaires lorsque
nous comparons la DO corrigée à la cellule/ml en utilisant l'ajustement polynomial de degré 4. Le taux de
croissance estimé à partir des cellules/mL était significativement différent du taux de croissance basé sur la DO
pourE.coliCFT073 etS.épiderme(Tableau 3 ).
Les taux de croissance estimés à partir de la DO et à partir des cellules/mL ne sont pas les mêmes. À quelles estimations

devrions-nous nous fier davantage ? Nous faisons confiance aux taux basés sur les cellules/mL, car lorsque la DO atteint plus de 0,1,

les lectures de DO chutent à mesure que la véritable densité de population (cellules/mL) augmente.

Fig 2. Courbes de croissance deS.épidermedans un puits en fonction de différentes mesures de densité de population.Le logarithme naturel de la DO
(cercles) et des cellules par ml (carrés) est tracé au fil du temps (minutes).

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PLOS ONE Utilisation de la DO pour approximer les données de population microbienne

Fig 3. Courbes de croissance basées sur la DO et basées sur les cellules mises à l'échelle/mL.Les valeurs obtenues pour les cellules/mL ont été mises à l'échelle pour s'adapter à la même

échelle que la DO en divisant les cellules/mL par 1,07 x 109. Les courbes basées sur OD sont représentées par des cercles ouverts et mises à l'échelle représentées par des cercles fermés.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0276040.g003

Discussion
Notre travail met en évidence l'importance de calibrer un lecteur de microplaques. Nous utilisons quatre genres
bactériens différents pour explorer les relations entre la DO corrigée et les cellules/mL. Tout d'abord, nous avons comparé
un ajustement quadratique, cubique et polynomial de degré 4 aux données de croissance bactérienne et montrons que
pour les quatre genres, le meilleur ajustement d'étalonnage est un polynôme de degré 4 (Tableau 1 ). Pour souligner
l'importance de calibrer le lecteur de plaque séparément pour les plaques à 96 puits et à 384 puits, nous montrons les
différences dans les équations polynomiales de degré 4. Cette différence provient probablement des différentes
profondeurs de culture, donc des différentes longueurs de trajet optique, dans les plaques à 96 ou 384 puits (Tableau 2 ).
Nous soulignons également l'importance de calibrations séparées pour chaque genre (Tableau 2 ). Les coefficients
d'étalonnage dépendent du volume cellulaire, la somme de ces coefficients diminuant en tant que fonction cubique à
mesure que le volume cellulaire microbien augmente. Un bon étalonnage et l'application de la courbe d'étalonnage
dépendent clairement de volumes de puits cohérents, non seulement au sein d'une seule expérience, mais entre les
expériences.

Les taux de croissance estimés à partir de la DO et des cellules/mL ne sont pas identiques (Tableau 3 ), mais nous faisons

davantage confiance aux taux estimés à partir des cellules/mL qu'à ceux estimés à partir de la DO.

Pourquoi vaut-il la peine d'étalonner un lecteur de plaques ? Premièrement, parce qu'il nous permet
d'exprimer la densité de population maximale, c'est-à-dire la capacité de charge du milieu, en termes de
cellules/mL plutôt qu'en DO. Considérez la DO maximale pourE.coliCFT073 etS.épidermeen 96

Tableau 3. Comparaison des taux de croissance basés sur la DO et les cellules/mL.

E.coliK12 DH5α E.coliCFT073 S.épidermeATCC 12228

µ R DO max ou cellules/mL µ R DO max ou cellules/mL µ R DO max ou cellules/mL

OD 0,0212 0,9968 0,348 0,0235 0,9989 0,622 0,0155 0,9989 0,610

cellules/mL 0,0207 0,9984 4,36 × 108 0,0253 0,9990 8.21 x 108 0,0139 0,9986 1,25 x 10dix
valeur p 0,55 0,0024 9.19e-6

Les valeurs sont des moyennes de 12 répétitions. Dans tous les cas, la SE était<0,05 de la moyenne.

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PLOS ONE Utilisation de la DO pour approximer les données de population microbienne

assiettes creuses (Tableau 3 ). Ces valeurs sont très similaires (respectivement 0,622 et 0,610), mais pourE. coli, la
DO de 0,622 ne représente que 8,2 x 108cellules/mL. En revanche, la DO de 0,610 pour S.épidermereprésente 1,25
x 10dixcellules/mL. Il s'agit d'une différence de quinze fois dans le nombre de cellules par millilitre dans chaque
culture d'une nuit. Cette différence est importante à prendre en compte lors de la réalisation d'expériences qui
dépendent du nombre de divisions cellulaires ou de cellules présentes, telles que la communication cellulaire [12 ,
13 ] et la sensibilité aux antibiotiques [14 –17 ] et biofilms [18 ].
Connaître la relation entre la DO et les cellules/mL n'est pas seulement utile lors des déterminations du
taux de croissance. Par exemple, lors de la surveillance du rendement de croissance dans un fermenteur,
il est très utile de connaître la densité de population réelle pour décider quand récolter les cellules. PourS.
épidermesi le rendement selon DO, lorsque DO = 2,5, cela correspond à 1,2 x 1012cellules/mL, soit cinq fois
le rendement lorsque DO = 0,5 (9,5 x 109cellules/mL).
La raison la plus importante pour calibrer les lecteurs de plaques est probablement d'utiliser une métrique
cohérente pour exprimer les densités de population. En exprimant les densités de population en cellules/mL, plutôt
qu'en DO, les expériences peuvent être directement comparées à partir de différents instruments, de différents
laboratoires et même de différents genres. Notre travail montre que l'utilisation de cellules/mL comme métrique permet
des mesures fiables des taux de croissance, tout comme l'utilisation de la DO (Tableau 3 ) car cellule/ml permet la
cohérence lors de l'expression des densités de population. Pour mesurer plus précisément les taux de croissance
bactérienne, nous encourageons tous à calibrer leurs instruments et à exprimer leurs résultats en cellules/mL. Un
protocole d'étalonnage du lecteur de plaques (Fichier S1 ) et calculateur d'étalonnage (Fichier S2 ) se trouvent dans les
informations complémentaires. Toutes les données brutes que nous avons utilisées pour calculer les taux de croissance
et calibrer le spectrophotomètre se trouvent dansFichier S3 .

Renseignements à l'appui
Fichier S1. Protocole d'étalonnage du lecteur de plaques.Fichier PDF contenant des instructions étape par étape sur la
façon d'effectuer un étalonnage de lecteur de plaque publié sur protocols.io.

(PDF)
Fichier S2. Calculateur d'étalonnage.Fichier Excel contenant des cellules pré-marquées pour une plaque à 96 puits ou

une plaque à 384 puits qui calculera le nombre de cellules par millilitre dans une culture de départ. L'utilisateur saisira

les valeurs OD de la plaque.

(XLSX)
Fichier S3. Données brutes d'étalonnage.Fichier Excel contenant les dispositions des plaques et toutes les lectures de densité

optique pour les organismes utilisés dans ce protocole.

(XLSX)

Les contributions de l'auteur

Conceptualisation :Barry G. Hall.

Conservation des données :Portia Mira.

Analyse formelle :Barry G. Hall.

Acquisition de financement :Paméla

Yeh. Enquête:Portia Mira.

Méthodologie:Portia Mira.

Administration du projet :Portia Mira.

Ressources:Paméla Yeh.

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PLOS ONE Utilisation de la DO pour approximer les données de population microbienne

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