Série d’exercices

Exercice 1 : Vecteurs
a=c("acide_amine", "proteine", "histone", "ARN", "ADN")

1. Création du vecteur.
2. La taille du vecteur.
3. Trier par ordre alphabétique
4. Extraire :

a. L’élément 2
b. Tous les éléments sauf ARN et ADN
c. Les 3 premiers éléments

5. Changer acide_amine par aa

Exercice 2 : Listes
1. Considérons : p <- c(2,7,8), q <- c("A", "T", "C", "G" ) et x <- list(p, q)

a. Que serait la valeur de x[2] ?

b. Remplacer "T" dans x avec "U"

2. Considérons : a <- list ("x"=5, "y"=10, "z"=15)

a. Acceder aux éléments de la liste par deux manières différentes : les [[]] et le $.
b. En utilisant la fonction sum(), comment je peux avoir la somme des éléments de
la liste a ?
c. Ajouter un nouvel élément "nouveau_element" à la fin de la liste.
d. Ajouter un nouvel élément "nouveau_element2" après 5.

Exercice 3 : Facteurs
Creez un facteur avec les elements suivants: (“Glu”,”Arg”,”Cys”,”Arg”,”
Glu","Arg","Arg","Ile","Glu","Arg","Arg")

1. Quels sont les differents niveaux du facteur ? (code R + réponse).

2. Afficher pour chaque acide aminée, le nombre d’observation.
3. Supprimer l’acide aminé “Ile”. ( pensez a mettre a jour le facteur)
4. Ajouter des abréviations aux niveaux : R(pour Arg)- C(pour Cys)- E(pour Glu)- I(pour Ile).
5. Visualiser la proportion de chaque element du facteur par le graphique Pie.

Exercice 4 : Matrice
Soit la ligne de code : M=matrix(c(1:10),nrow=5,ncol=2, dimnames=list(c('a','b','c','d','e'),c('A','B')))
 1. Que sera la valeur de M ? (Ecrivez là à la main avant de l’afficher dans R)
2. Quelle est la valeur de :

a. M[1,]
b. M[,1]
c. M[3,2]
d. M['e','A']

3. Affichez la diagonale de M par deux méthodes ( la fonction prédéfinie + opérateur de

comparaison)

Exercice 5 : Recherche dataframe par opérateurs logiques

Considérons le dataframe mtcars.

1. « mpg » est une colonne numérique du df mtcars. Utilisez un opérateur logique pour
extraire seulement les lignes ou la valeur de mpg est entre 15 et 20 ( 15 et 20 non inclus)
2. Utilisez des opérateurs logiques pour n'afficher que les lignes de données où la colonne « cyl
» est égale à 6 et la colonne « am » est différente de 0.
3. Utilisez des opérateurs logiques pour n'afficher que les lignes de données où la colonne «
gear » OU« carb » a la valeur 4.

Exercice 6 : Dataframe
vec_variant <- c("B.1.617.2","BA.2", "B.1.1.7","BA.2","B.1.1.7" ,"B.1.617.2","B.1.1.7", "B.1.617.2")
vec_genre <- c("M","F","F","M","F","M","M","F")
vec_ct <- c(4,20,32,11,9,14,2,27)
vecteur_nom_labos <- c("L1","L4","L2","L5","L1","L5","L3","L2")

1. Créer un data frame, nommé df avec 4 variables : variant, genre et ct, et les noms des
laboratoires.
2. Afficher la dimension et la structure du DF.
3. Extraire :

a. Les 3 premières observations

b. Les noms des laboratoires
c. Les observations dont le variant est omicron. (Utiliser un operateur logique/
condition)
d. Les variants des patients du genre F ou le nom du laboratoire est L2. (Utiliser
un operateur logique/ condition)
e. Les observations dont la charge virale est normale. (Utilisation d’opérateur
logique/condition)
f. Le genre de patient dont la charge virale est élevée et le variant est
“B.1.1.7”.(utilisation d’opérateur logique/condition).

Valeur du Ct Estimation semi-quantitative

Ct < 10 Présence d’ARN viral en quantité très
importante
 10 ≤ Ct < 25 Présence d’ARN viral du SARS-CoV-2 en
quantité normal
Ct ≥ 25 Présence d’ARN viral du SARS-CoV-2 en faible
quantité

4. Quel est le laboratoire qui a fait le plus de séquençage dans cette série ? (Indice : utilisation
du mode)
5. Le laboratoire “L6” a effectué un nouveau séquençage d’un échantillon extrait d’une femme,
la variant

détecté est omicron, la valeur de ct est 2.30. Ajoutez ces informations au dataframe df.

6. Tracer un diagramme en bâtons, illustrant les valeurs de ct, attribuez un titre et changez la
palette des couleurs par les couleurs de votre choix. Ajoutez une légende en haut à droite.
7. Exportez votre dataframe en un fichier csv nommé dataframe.csv .

Exercice 7 : Structure de contrôle IF

Soit la séquence : ACAAGCUAACUACG

Programmez une condition if-else qui vérifie l’existence de U dans la séquence et affiche s’il s’agit
d’un ADN ou d’un ARN. Si U n’existe pas dans la séquence, le programme affichera « c’est un ADN »
sinon il affichera « c’est un ARN ». (Hint : utilisez grepl qui permet de chercher un element dans une
chaine de caractères, grepl renvoie TRUE si l’élément est trouvé, sinon il renvoie FALSE).