Rgulation de lExpression des Gnes

A. Galmiche, 2008-2009

1. Gnralites 2. Rgulation transcriptionnelle

2.2. Rgulation des Facteurs de Transcription 2.3. Rgulation de la Chromatine

3. Rgulation Post-transcriptionnelle
3.1. Modalits spcifiques 3.2. Interfrence ARN

1. Gnralites 2. Rgulation transcriptionnelle

2.2. Rgulation des Facteurs de Transcription 2.3. Rgulation de la Chromatine

3. Rgulation Post-transcriptionnelle
3.1. Modalits spcifiques 3.2. Interfrence ARN

Rgulation de lExpression des Genes

La rgulation de lexpression des gnes est ltape ultime, intgratrice pour la plupart des rgulations cellulaires

Rgulation court et moyen termes envisages dans ce cours; les modalits de rgulation de lexpression des gnes sur le long terme seront envisages dans le cours consacr a lpigntique

Rgulation de lExpression des Gnes

Rgulations transcriptionnelles (Recrutement et activation des facteurs de transcription, Rgulation de la chromatine) Rgulations post-transcriptionnelles: Stabilit du messager, localisation, traduction contrlent galement lexpression des genes.

1. Gnralits 2. Rgulation transcriptionnelle

2.2. Rgulation des Facteurs de Transcription 2.3. Rgulation de la Chromatine

3. Rgulation Post-transcriptionnelle
3.1. Modalits spcifiques 3.2. Interfrence ARN

Les Etapes de la Transcription

Organisation locale de la chromatine Recrutement des facteurs de Transcription

Capping

Elongation - Epissage

Terminaison ajout polyA

Cell 2002; 108: 439-451

Rgulation Transcriptionnelle facteurs Cis / Trans

Facteurs CIS: squences jouant un rle rgulateur direct, lments du promoteur et enhancer(s)

Facteurs TRANS: les protines qui se fixent sur ces squences

Facteurs CIS: Promoteur et Initiation de la Transcription

ARN -35 ADN TATA -25 +1 +30

ARN -120 ADN CpG islands -60 +1

Facteurs CIS: Enhancers

Localisation distale par rapport au promoteur: jusqu plusieurs milliers de pb Stimulent lexpression en recrutant des protines activatrices

ARN -40 ADN Enhancer Core Promoter +40

combinaison propre promoteur / enhancer permet rponses transcriptionnelles finement rgulables et adaptes chaque gne

Les Facteurs de Transcription

Protines capables dinteragir avec ADN de facon squence-spcifique Rgulent lexpression des gnes en controlant lassemblage de la machinerie transcriptionnelle Facteurs de transcription gnraux / spcifiques

5% des gnes humains possdent squences compatibles avec fonction de facteur de transcription

Les Facteurs de Transcription

Domaine dinteraction avec lADN Helix turn Helix, Zn finger, Leu zipper... ces domaines reconnaissent souvent lADN sous formes de dimres reconnaissance de squences palindromiques Domaine de transactivation de la transcription Cest dire le domaine qui active la machinerie transcriptionnelle

Les Facteurs de Transcription

Dimre HLH HLH

palindrome

Rgulation de lExpression par les Facteurs de Transcription

Rguls par

modifications post-traductionnelles, localisation sub-cellulaire, interaction avec dautres proteines, interactions avec ligands ou metabolites, niveau dexpression.

Ces modalits tant la plupart du temps intriques.

Rgulation des Facteurs de Transcription par Modifications post-traductionnelles

Cascade de Kinases MAPKs (Mitogen-Activated Protein Kinases), principalement les kinases ERK et JNK, rgulateurs de lexpression des gnes de la proliferation cellulaire. La cascade des kinases ERKs joue un role fondamental dans linduction des gnes immdiats-prcoces (immediate early) par les facteurs de croissance. Elk-1, facteur de transcription de la famille ETS, est phosphoryl directement par ERK

Transduction du Signal par la Cascade de Kinases RAF-MEK-ERK

Facteurs trophiques / recepteurs mb RAS RAF MEK ERK Translocation nucleaire ERK Cascade de Kinases, enzymes capables de realiser des phosphorylations

Rgulation du Facteur de Transcription Elk-1 par Phosphorylation

ERK
pp Elk-1 SRF Elk-1 SRF Immediate early genes (c-fos)

SRF: serum response Factor Interaction SRE (serum response Element)

Rgulation de la localisation: le Facteur de Transcription NFB

Initialement dcouvert comme rgulateur de la transcription et de la synthse des gnes de chaines dimmunoglobulines dans les cellules B Joue surtout un rle majeur dans la rponse infllammatoire des cellules de mammifres Une tape de translocation nuclaire constitue ltape cruciale de la rgulation de NFB: translocation rgule par une squence de localisation nuclaire (NLS) prsente dans ce facteur

Protolyse Rgule de lInhibiteur Cytoplasmique IB Et rgulation de la translocation nuclaire de NF-B Ub Ub Ub

IB

proteasome

p IB
NLS

IB
NLS NLS

NFB Kinase IKK

NFB ubiquitin ligase -Trcp NPC

NFB Cox2, IL-6

Rgulation des facteurs de Transcription par ligands: Superfamille des Rcepteurs Nuclaires

Environ 50 membres chez lhomme, caractriss sur la base de conservation squences entre les membres de cette superfamille

Activation par ligands, en gnral de petites molecules lipophiles, par exemple hormones (TR: hormone thyroidienne T3) et produits du metabolisme (PPAR: acides gras)

Superfamille des Rcepteurs Nuclaires

Type I: cytoplasmiques au repos, translocation nuclaire contemporaine de lactivation Interaction avec ADN sous forme dhomodimres avec squences HRE (Hormone Response Elements), qui sont de courtes squences inverses Par ex, rcepteurs Stroides (oestrognes, andrognes, glucocorticoides, progestrone)

Type II: rsidents nuclaires, mme en labsence de ligand Interaction avec ADN sous formes dhtrodimeres avec RXR (retinoid X Receptor) Par ex, rcepteurs de lhormone thyroidienne T3, de lacide rtinoique

Squence dActivation des Rcepteurs des Hormones Stroidiennes

Structure Gnrale des Rcepteurs Nuclaires

DNA Binding Domain
N

Ligand Binding Domain

C

DNA binding domain est la rgion la plus conserve Deux doigts de Zn2+, coordonns par rsidus Cys Interaction avec squences courtes de lADN

Interaction des Rcepteurs Nuclaires avec leurs Ligands

Ligand Binding Domain est moins conserv que le DNA binding domain a lchelle de la squence, mais structure commune

VDR + vit D
Helice H12 change sa conformation aprs interaction avec ligand

Quelques Ligands des Rcepteurs Nuclaires

Note: certains rcepteurs ne possdent pas de ligand connus, et ne sont peut-tre rguls que par des signaux transductionnels

Rcepteurs nuclaires PPAR et contrle du mtabolisme

PPAR: Peroxisome Proliferator-Activated Receptor , /, et Les rcepteurs PPAR sont exprims dans tous les tissus, avec cpdt des niveaux dexpressions plus levs dans les tissus mtaboliques Rgulation des gnes impliqus dans mtabolisme, particulirement adipogense / adipolyse Ligands naturels sont lipides Agonistes synthtiques de PPAR (thiazolidinediones, dont rosiglitazone) utiliss comme anti-diabtiques

Mdicaments actifs sur les PPAR et le mtabolisme

LInitiation de la Transcription nest pas la seule tape Rgule

Addition 5-Cap Addition queue Poly-A en 3 Epissage Export nuclaire

1. Gnralites 2. Rgulation transcriptionnelle

2.2. Rgulation des Facteurs de Transcription 2.3. Rgulation de la Chromatine

3. Rgulation Post-transcriptionnelle
3.1. Modalits spcifiques 3.2. Interfrence ARN

Lenvironnement Chromatinien des Gnes Actifs diffre de celui des Gnes Inactifs

Sensibilit la DNAse diffrencie des rgions de la chromatine qui sont riches en gnes actifs (accessibles) de gnes inactifs (rsistant) Rgulation par variants dhistones, modifications posttraductionnelles des histones, complexes enzymatiques de remodelage de la chromatine, les mouvements chromatiniens

Variants dHistones

Histone H2A: variants impliqus dans adaptations de la structure de la chromatine diffrents vnements pouvant affecter le noyau H2A.Z associ des rgions silencieuses de la chromatine H2A.X rle dans la rparation de lADN phosphoryl au niveau des sites de cassure dble brin Macro-H2A associ au chromosome X inactiv

Histone H3 existent galement en plusieurs variants

Rgulation des Histones

Modifications post-traductionnelles des histones La queue des histones ne contribue pas la structure de base du nucleosome ou linteraction histones / ADN mais formation de boucles disponibles pour interactions avec dautres protines de la chromatine Queue des histones concentre plusieurs modifications posttraductionnelles: acetylation, methylation, phosphorylation, ubiquitylation... qui rgulent ces interactions

Quelques Modifications Post-Traductionnelles des Histones Acetyl-CoA

HATs Acetylation (Lys) HDACs

S-adenosyl Methionine
HMTs Methylation (Lys, Arg)

Histones

HDMs

ATP
Kinases Phosphatases

Phosphorylation (Ser)

Visualisation des vnements contemporains de lactivation transcriptionnelle

Techniques dimagerie sur cellules vivantes permettent danalyser en continu les phnomnes survenant lors de lactivation de la transcription

Janicki SM et al. (2004) From silencing to gene expression: Real-time analysis in single cells. Cell 116, 683-98.

Activation transcriptionnelle en live (1)

ADN mRNA

Pol II

Epissage

polyA

Dcondensation locale rapide de la chromatine

Recrutement de ARN polymerase II et des facteurs jouant rle dans maturation RNA

Activation transcriptionnelle en live (2)

Disparition Histone H3 tri-meK9

Apparition variant histone H3.3

Que retenir concernant les histones ?

1.

Lorganisation du noyau en compartiments dynamiques permet la squestration fonctionnelle / lchange rapide des diffrents facteurs contrlant transcription et maturation du messager Dcondensation locale rapide de la chromatine, activation transcriptionnelle et maturation du messager sont des processus rapides et survenant de faon synchrone Remplacement rapide des histones par certains variants et modifications post-traductionnelles jouent probablement un rle dans le contrle de lexpression : code histone

2.

3.

Des complexes enzymatiques rgulent la Chromatine

Mobilisent les nuclosomes pour contrler laccessibilit de lADN la machinerie transcriptionnelle Leur fonctionnement requiert ATP Complexe Swi/Snf

Un niveau de contrle encore mal connu: les mouvements de la Chromatine

1. Gnralites 2. Rgulation transcriptionnelle

2.2. Rgulation des Facteurs de Transcription 2.3. Rgulation de la Chromatine

3. Rgulation Post-transcriptionnelle
3.1. Modalits specifiques 3.2. Interfrence ARN

Rgulations post-transcriptionnelles recouvrent de nombreuses modalits: stabilit du messager, distribution subcellulaire, utilisation du messager pour la synthse des protines Plusieurs modalits sappliquent gnralement de faon simultane pour rguler de faon complexe lexpression dun gne et permettre son adaptation fine

1. Gnralites 2. Rgulation transcriptionnelle

2.2. Rgulation des Facteurs de Transcription 2.3. Rgulation de la Chromatine

3. Rgulation Post-transcriptionnelle
3.1. Modalits specifiques 3.2. Interfrence ARN

Modalits spcifiques de Regulations Posttranscriptionnelles: le mtabolisme du fer

La rgulation du mtabolisme du fer illustre limportance et la varit des rgulations post-traductionnelles dans le contrle de lexpression des gnes celles-ci sexercent au niveau stabilit du messager et / ou de la traduction

Mtabolisme du fer lchelle de la Cellule

Fe Transferrine et son rcepteur (TfR) permettent entre du fer Rcepteur de la transferrine (TfR)

transferrine (Tf)

Ferritine Ferritine, protine de stockage intracellulaire du fer

Mtabolisme du fer lchelle de la Cellule

Trop de fer: la cellule tend diminuer lentre (moins de TfR), et augmenter le stockage intracellulaire (plus de ferritine) Pas assez de fer: plus de TfR, moins de ferritine

Protines rgulatrices du Mtabolisme du Fer

IRP (Iron Binding Protein) des protines sensibles aux concentrations intracellulaires de fer Les IRP sont capable de reconnaitre des IRE (Iron Response Elements), qui sont des squences adoptant une structure secondaire en pingle cheveux et prsentes dans les ARNs codant la ferritine / le rcepteur de la transferrine Augmentation des niveaux de fer dans la cellule inactive protines IRP

Rgulation de lactivit des IRP par le fer

Inactivation IRP1 (cluster Fe-S)

Fe

Dgradation IRP2 (protasome)

Rgulation Post-transcriptionnelle du Mtabolisme du Fer par les IRPs

IRP

IRP prvient traduction Ferritine IRE En prsence de fer, traduction accrue de ferritine

IRP stabilise le messager TfR IRE X 5 En prsence de fer, mRNA TfR dcroit

Regulation de la Stabilit des mRNA

Ltape de disparition des mRNA est rgule au mme titre que la transcription Diffrentes modalits de rgulation de la dcroissance des mRNA AU-rich elements (ARE) dans la rgion 3 des gnes Elments dstabilisant dans rgion codante Prsence dun codon stop prmatur micro-RNA Premire tape de dadnylation commune toutes ces modalits La Poly(A)nuclease est lenzyme qui ralise cette coupure

Rgulation de la Stabilit des mRNA

Des rgions spcialises du cytoplasme, les P-bodies (processing bodies, en rouge), jouent un role dans le turn-over des messagers

1. Gnralites 2. Rgulation transcriptionnelle

2.2. Rgulation des Facteurs de Transcription 2.3. Rgulation de la Chromatine

3. Rgulation Post-transcriptionnelle
3.1. Modalits spcifiques 3.2. Interfrence ARN

Interfrence ARN et Rgulation de lexpression des Gnes

petits ARN de 21-24nt complmentaire reconnaissant ARN messager tendent rduire son expression LARN messager cibl est dgrad et / ou sa traduction inhibe

A lorigine, mcanisme dcouvert chez plantes

Rsultat attendu

Introduction gne codant enzyme synthse pigments

Rsultat observ

Machinerie interfrence ARN prsente dans toutes les cellules eucaryotes

ARN interfrent

Exprimentalement ou in vivo, lARN interfrence peut tre dclenche de plusieurs faons Mais le mcanisme daction repose toujours sur la formation dun petit ARN simple brin, dit ARN interfrent, qui est actif au sein dun complexe enzymatique appel RISC(RNA-Induced Silencing Complex) LARN interfrent peut aussi bien reconnaitre directement le gne que les rgions non traduites du mRNA

Interfrence ARN et Rgulation de lexpression des Gnes

Homologie parfaite

Homologie partielle

Dgradation ARN

Blocage traduction

ARNs interfrents exognes et endognes

Linterfrence ARN peut tre induite par ARN exognes: siRNA (small interfering RNA) Cest aussi un mcanisme endogne: les miARN (micro ARN), dont la synthse est dirige partir de gnes nuclaires propres

Biogense des miARN

1. Transcrit primaire de 90 200 nt par ARN polymrase II, avec coiffe et poly-A: appariements internes en pingles cest le pri-RNA (primary RNA) 2. Dans le noyau, prcurseur matur par Drosha, une RNAse active sur lARN double brin, donnant pre-miRNA export dans le cytoplasme

3. DICER libre ARN mature simple brin actif au sein du RISC

Biogense des miARN 2

1 3

Fonctions Physiologiques des miARN

environs 500 gnes de miRNA identifis ce jour dans le gnome humain Des tudes rcentes indiquent quun microRNA tend rguler lexpression de plusieurs centaines de protines Rle mergent des mi-RNA dans coordination de lexpression des gnes au sein de programmes transcriptionnels ?

Nature 2008; 455: 58-63.

Fonctions Physiologiques des miARN

rles extrmement tendus.. Rgulation diffrenciation et survie cellulaires Drglements de lexpression gnique dans cancers Protection vis vis intrusion de gnomes trangers (virus, transposons)

miARN Viraux et Contrle de linfection

Cibles virales

Cibles cellulaires
Grassmann et Jeang (2008)

Oncomirs: miRNA et cancers

Tumeurs peu diffrencies: profil 200 miRNA offre une meilleure corrlation avec le phnotype tumoral que lanalyse de 20000 mRNA (1) Des travaux rcents font merger la notion que certains miRNA coordonnent spcifiquement les tapes de la progression tumorale, comme linvasion, la formation de vaisseaux ou la mtastase

(1) Nature 2005; 435, 834838

Conclusions

Tous les gnes font lobjet dun contrle de leur expression. Large varit des modalits de contrle: toutes les tapes initiation de la transcription - maturation du messager traduction Rgulation en rseaux de lexpression des gnes / coordination des programmes transcriptionnels restent des aspects obscurs