Journées annuelles du réseau IGEC_INRA, Paris, 21-22 Nov.

2011

SUNFLO : modélisation
dynamique
de l’interaction G x E x C en
tournesol 

P.Debaeke, P.Casadebaig (UMR AGIR,

Toulouse)
Contributions : A.Bensadoun, N.Rousse,
J.Thiard
 Evaluation variétale en tournesol : limites actuelles

• Faible variabilité climatique pour les 2 réseaux GEVES & CETIOM (sécheresse,
maladies...)  2 ans (pré-) + 1 an (post-inscription)
• Représentation biaisée des sols et des conduites (par ex. sols superficiels,
conduites bas intrants...)
Les questions

– Nombre d’essais en réduction : comment optimiser ?

– Rejet des essais à fort CV (sécheresse = forte hétérogénéité)
• Critères d’inscription en petit nombre, qui sous-évaluent la rusticité des
variétés
• Diagnostic agronomique des sites d’essais et des stress perçus par les variétés
insuffisant (bilan annuel ou analyse du réseau).
• Essais pas utilisables directement pour le conseil (1 conduite par site)

 comment évaluer la tolérance à la sécheresse des variétés de tournesol

?
Prédire
 comment l’interaction
conseiller par milieuGdes
x Ecouples
x C variété-conduite?
 Développer un modèle dynamique dédié

• Représenter explicitement les différences variétales et les IGEC majeures

dans un contexte où l’eau est le principal facteur limitant

• Représenter ce qui est « nécessaire et suffisant » (modèle simple à partir

Le cahier des charges

de formalismes robustes)

– Parcimonie (paramètres)

– Variables d’entrée facilement accessibles

• Contrôler le développement et la diffusion du modèle

• Associer l’utilisateur (Cetiom, Geves…) au développement et à l’utilisation

(UMT Tournesol).
– Modèle = « moteur » à carrosser au sein d’outils pour les partenaires utilisateurs
 ModelMaker
SUNFLO V1

applications web

Gvle Plateforme RECORD

SUNFLO V1
SUNFLO BC COLLECTO
Rvle
Bassin de
collecte

Routines R
estimation paramètres VARIETO
Réseau variétal
 Variabilité intra-spécifique : ex. surface foliaire

a b c

10 15 20
30
Fréquence

Fréquence

Fréquence
30
20
35

10

5
0 10
30

0
25 30 35 40 5 10 15 20 200 400 600
25
nf position surface
Le modèle

20
Feuilles

15
b
10

5
c
0
0 200 400
Surface (cm²)

Nombre Position
Surface
de de la
Promosol « Productivité » foliaire
feuilles plus
(2001-2005) (+
grande
grande
Debaeke et al., 2004 feuille
feuille)
 SUNFLO (Debaeke et al., 2010;
Lecoeur et al., 2011; Casadebaig et al., 2011)
Conduite:
• Date semis
• Densité de levée
• Date récolte Contrainte hydrique:
• Fertilisation • a_LE
• Irrigation • a_TR

Production:
• IRpot
• Hpot

Climat:
• Température min/max Architecture foliaire:
• ETP • N_Feuilles
• Rayonnement global • SF_Fimax
• Précipitations • N_Fmax
Phénologie: • Coeff_k
Milieu: • Date_TT_E1
• profondeur du sol = • Date_TT_F1
estimation de la réserve utile • Date_TT_M0
• Reliquat azoté
• Date_TT_M3 6
 % RU IF

Variables dynamiques
Le modèle : les sorties (diagnostic)

(cycle)
D
I
A
G
ISH1 ISH2 ISH3
N Variables intégratives
O (période du cycle)
S
T Rang
I
C
Variables d’état (stade clé)
SF

INN, IF (flo) RDT

 Qu’est ce qu’un paramètre variétal dans SUNFLO ?
Le modèle : les paramètres

 Existence d’une variabilité phénotypique intra-

spécifique pour le caractère (trait)
 Accessibilité par la mesure
 Stabilité des classements des valeurs du paramètre
selon l’environnement
 Sensibilité du modèle au paramètre
Le modèle : les paramètres
 Phénotypage au champ (essais type VAT)

Croissance végétative non Rationnement pré-floraison + Réseaux

limitante avant floraison irrigation post-floraison

Teneur en
Phénologie (4) huile
Indice de récolte
Surface foliaire (4) potentiel (1) potentielle (1)

3 années, 2 sites CETIOM : 2008-2010

 Phénotypage de la
réponse au stress
hydrique
Test de dessèchement
progressif en pot (serre)

Paramètres de réponse à la
contrainte hydrique (2)

Expansion foliaire relative = f (FTSW)

Transpiration relative = f (FTSW)

2 années, serre INRA (Auzeville) : 2008, 2010

 Estimation des paramètres
Le modèle : les paramètres

• Estimation des paramètres de réponse à la

contrainte hydrique a_LE et a_TR : approche
fréquentiste ou Bayésienne en utilisant les
données de LAI ou MS pour la minimisation des
erreurs.

• Développement de routines R (Rvle)

 Approche Bayésienne : a_LE

Variété Melody
Valeur « vraie » Estimation
a_LE: -3.896 -3.284
 Approche Bayésienne : a_TR

Variété Melody
Valeur « vraie » Estimation
a_TR: -10.699 -3.998
 Evaluation SUNFLO : var.moyenne (sim) vs
moyenne des variétés (obs)
Le modèle : l’évaluation
 Evaluation post-inscription CETIOM 2008 :
247 variétés x environnements
Le modèle : l’évaluation
 Evaluation de la capacité du modèle à classer
les environnements
12 variétés du réseau de
post-inscription 2008
Le modèle : l’évaluation

(CETIOM)

Erreur de prévision :
3.5 q/ha (11 %)

Debaeke et al., 2010

 Evaluation de la capacité du modèle à classer les
variétés
Le modèle : l’évaluation

20 variétés du réseau progrès génétique PROMOSOL (2000-

01) : moyenne de 16 sites

Casadebaig et al., 2011

 ANOVA sur 16 sites et 20 génotypes : réseaux réels et simulés
Le modèle : l’évaluation

Casadebaig et al. (2011)

 • Caractériser l’environnement perçu par une variété :

 diagnostic, regroupement d’essais, représentativité

Les applications

• Evaluer l’intérêt d’un trait morpho-physiologique ou

d’une combinaison de traits (idéotypes) dans un
contexte donné

 sélection, conseil variétal

• Déterminer une combinaison variété x conduite

satisfaisante dans une situation de production donnée

 adapter la conduite au type variétal

Caractérisation des environnements

4 sites (sol, climat, conduite)

3 phases du cycle
Le nombre de
jours de stress
hydrique varie
selon le site, la
phase du cycle
et la variété
5 variétés

Casadebaig et Debaeke (2011)

 Représentativité des réseaux d’évaluation « tournesol »  
Conduites

Jours de
stress
hydrique par
phase

Barbet-Massin (2011)
 Augmentation de la
Réponse du rendement à la 
surface foliaire
variation du trait (%)

Augmentation de la
tardivité

Réduction plus
précoce de la
transpiration

+ Stress hydrique ­

Evaluation de traits Casadebaig et Debaeke (2011)

Des idéotypes de
tournesol différents
pour des
environnements plus
ou moins contraints
par l’eau

Casadebaig et Debaeke (2011)

Recherche d’idéotypes
Evaluation de 2 types variétaux (économe vs productif)
dans 2 environnements

Nord : climat océanique, pluvieux, sol profond  
Sud : climat méditerranéen, sec en été, sol superficiel
 Choisir la densité de peuplement optimale pour un
environnement et une variété  

Surface foliaire var A < var B

Evaluation des couples variété-conduite

 Etendre le domaine de validité

• Mieux représenter les interactions complexes

Le modèle : travaux en cours

entre la culture et son environnement biotique:

– Effet de la conduite sur les dynamiques de
bioagresseurs (pathogènes)
– Relation dégâts de pathogène-dommages pour la
culture
 Représentation de la résistance variétale partielle (phomopsis, phoma)

Conduite:
• Date semis MODELE DE CULTURE Rendement
• Densité de Teneur en
SUNFLO huile
levée
Croissance plante
• Date récolte
• Fertilisation Bilan N
• Irrigation
Bilan Eau
• Fongicide

MODULE EPIDEMIOLOGIQUE
Maturation Libération Pollution Contamination Dégâts Dommages

MICROCLIMAT

Climat

Thèse M.Desanlis (en cours)

 • Mieux prendre en compte le déterminisme
génétique dans le paramétrage du modèle :
interactions QTL x E, simplifier le phénotypage
Le modèle : travaux en cours
 Outils & méthodes pour l’évaluation variétale
Evaluation variétale : travaux en cours

• Simplifier et automatiser le phénotypage

• Développer des outils pour mieux utiliser les
modèles de culture aux échelles adéquates :
– Application « VARIETO » (AAP CTPS 2010):
– Caractérisation des environnements
– Comparaison de réseaux d’essais
– Essais variétaux virtuels
– Assortir les résultats des simulations d’une
évaluation de l’incertitude (Casdar Erreurs)
 Proposition d’une démarche d’évaluation assistée par modèle

Inscription Réseau Préconisation

Réseau CTPS CETIOM CETIOM
GEVES

Année n-2 Année n-1 Année n Année n+1

1
Nouvelles
variétés (20): 4
Conseil
phénotypage variété-
2 conduite
Evaluation
SUNFLO
3
Expérimentation
virtuelle
• Démarche a priori applicable à d’autres cultures
(notamment cultures où la contrainte hydrique est le
principal facteur limitant)
• Recherche de complémentarités avec Diagvar
 Projet CTPS AAP 2010  

– évaluer la faisabilité et l’apport d’un dispositif couplant

phénotypage de routine et expérimentation in silico
pour l’évaluation variétale (VAT) et le conseil variété-milieu-
conduite de culture (en vraie grandeur et en temps réel)