Année universitaire 2016/2017.

4eme année Médecine.

Module des Maladies Infectieuses.
Cours de Bactériologie.

Diagnostic bactériologique des

infections urinaires en 2016

Allag h.
Laboratoire Central de Microbiologie
CHUConstantine.

1
• Actualisation des recommandat° SPILF en
2014-15:
1. Diagnostic et antibiothérapie des infections urinaires
bactériennes communautaires de l’adulte (2015)

2. Prise en charge des infections urinaires de l’enfant (2014)

3. Infections urinaires au cours de la grossesse (2015)

4. Révision des recommandations de bonne pratique pour la prise

en charge et la prévention des Infections Urinaires Associées
aux Soins (IUAS) de l’adulte (2015)

2
 IU bactériennes
communautaires de l’adulte

Outils de diagnostic:

BU

ECBU

3
 Bandelettes urinaires
Principe:
Détecter simultanément et
rapidement une
leucocyturie (leucocyte estérase) et une
bactériurie (nitrite).
Prélèvement:
• Deuxième jet urinaire. Séjour dans vessie >4h
• Récipient propre et sec mais non stérile
• Toilette périnéale préalable n'est
pas nécessaire.

•Urines fraîchement émises. La lecture à T° ambiante,

1 ou 2 min (selon les tests) après le trempage. Respect
strict des temps de lecture.
•Lecture par automates possible (trace écrite du
résultat).

4
 Leucocytes
Le seuil de détection est d’environ 10 4/mm3
Faux positifs Faux négatifs
Mauvais recueil urinaire :présence de Infections à un stade précoce Neutropénie
leucocytes d’origine vaginale Trichomonas… Fortes glycosurie, protéinurie ou cétonurie Acide
borique, acide ascorbique ou acide oxalique
Certains antibiotiques: C1G, Tet, FTN, GMN

Nitrites
Le seuil de détection est de 105 UFC/mL
Faux positifs Faux négatifs
Très rares IU à bactéries NR négative: Staphylococcus ,
Enterococcus, …
Séjour des bactéries trop bref dans les urines
Bactériurie faible
Régime restreint en nitrates
pH urinaire acide
Ttt par acide ascorbique

5
6
 Performances diagnostiques

Association des 2 tests (LE+NI)  Performances +

+

Femme symptomatique Homme symptomatique

•leucocytes (-) et nitrites •leucocytesou nitrites (+) VPP de
(-) bonne VPN (>95%) 90%
 très
•Leucocytes et nitrites (+) VPP >
(si pas d'immunodépression grave)
90 %
 BU (-) élimine le
•BU (-) chez 29% des hommes < 60
diagnostic
Cystite simple Cystite à risque ans avec IU
PNA BU+ → ECBU
BU! BU+ → ECBU  BU (+) conforte le diagnostic7
 Le dépistage dans la littérature

• 60 à 80 % des urines mises en culture → Résultat

négatif
• Performances:

Sensibilité élevée (↓↓FN)

Spécificité bonne (↓FP)

8
 Techniques de dépistage dans la littérature

- Bandelettes urinaires: très controversées.

- Systèmes automatisés:
 Cytométrie en flux (Sysmex UF): pas de standardisation, beaucoup de FN.
(Gutierrez-Fernandez, 2012)

 Analyse automatisée des images microscopiques (iQ200): pas de

standardisation (Russcher, 2016)

 Microcalorimétrie isothermale. (Bonkat, , 2016)

- MALDI-TOF:
 Identification : quelques minutes.

 Préttt lourd. (Haiko, 2016, Inigo, 2016)

- Mesure de l’ATP bactérien, hybridation avec sondes fluorescentes…

9
Examen CytoBactériolgique des Urines

10
 Le prélèvement

• Au moins 4 h après la miction précédente.

• Le prélèvement doit être précédé de:
- Hygiène des mains (lavage à l'eau et au savon ou friction avec un SHA

- Toilette de la région urétrale ou vulvaire (savon ou lingettes)

- Rinçage

- Antiseptique (d’un seul geste d’avant vers l’arrière chez la femme).

• Milieu de jet: la plus fréquemment utilisée

Eliminer le premier jet (20 ml urines).

Recueillir les 20-30 ml suivants dans un flacon stérile sans en toucher le

bord supérieur. 11
Exemple d’affiche pouvant
accompagner
les instructions orales

12
Conditions de transport et de conservation

• Idéalement: Ensemencement dans les 20 min.

• Sinon:

 Conserver <2 h à θ ambiante

 Conserver à <24 h +4°C.

 Acide borique <48 h θ ambiante

13
Conservation par l’acide borique

14
Rien sur la méthode de la lame
immergée
• Face 1: milieu CLED (Cystine Lactose Electrolyte
Déficient ; coloration verte)

• Face 2 : milieu Mac Conkey (couleur brun rouge)

• Le personnel soignant plonge dans l’urine une lame

utilisée pour le dénombrement.

• Le laboratoire reçoit l'urine accompagnée de la

lame immergée ensemencée.

• Incuber 18-24 heures à 37°C en position verticale.

15
Etudes sélectionnées: 35 parmi > 5000

Femmes: taux de contamination milieu de jet avec nettoyage ≈ sans

nettoyage

Hommes:
-taux de contamination premier jet> milieu de jet
-taux de contamination milieu de jet avec nettoyage ≈ sans nettoyage

16
• Conservation à T° ambiante: +10% de colonies après 4h

> 135% de colonies après 24h

→ Ne pas techniquer les urines qui ont passé >4h à T° ambiante

• Réfrigération ≈ conservation ac.borique → Conviennent pour préserver
les urines jusqu’à 24h.

17
• Renseignements cliniques nécessaires indispensables :

-Modalités de prélèvements (milieu de jet, ponction sus-

pubienne, sondage),

-Contexte de prescription (IU, bilan pré-interventionnel),

-Terrain (antécédents, grossesse, immunodépression grave),

-Antibiothérapie récente.

-Dans l'optique des antibiogrammes restreints : Ces

renseignements cliniques nécessaires pour adapter la liste des

ATB à tester.
18
 Examen direct

• Le dénombrement des éléments figurés peut se faire

- Manuellement

- Méthodes automatisées:

Cytométrie en flux → Objectiver et quantifier une leucocyturie

→ Reconnaître une bactériurie

19
Cellules de Malassez

Désinfecter apès utilisation ++

20
 Système Kova® slide

• Lames en plastique prêtes à l’emploi : Usage unique.

• Chaque lame comporte 10 puits de comptage.

• Chaque puits de comptage comprend une grille comportant 9 grands

carrés, chacun découpé en 9 petits carrés. Le vol retenu sur la grille est

de 1 µL (1 mm3).

21
 Système Kova® slide
• Ne Compter que les cellules situées à l’intérieur des
carrés ; les cellules à cheval sur les traits de la grille
ne sont pas prises en compte.

• Pour les leucocyturies faibles, toute la

grille (correspondant à 1 µL ou 1 mm3 d'urine)
: N = nombre d’éléments par µL

• Pour les leucocyturies moyennement élevées:

9 petits carrés: N = n x 10

• Pour les leucocyturies beaucoup plus élevées:

Un petit carré: N = n x 90 22
Automates de cytologie urinaire

Cytométrie en flux
l’analyse morphologique des particules
après capture par un système vidéo

•Plusieurs automates existent depuis plus d’une dizaine

d’années

•Ne différencient pas les bactéries mortes des bactéries

vivantes.

•Le dénombrement des germes urinaires doit toujours 23

être
 Leucocyturie
• Leucocyturie significative si >104 /mL (soit > 10/mm3 )

Ce seuil →Techniques microscopiques.

→ légère variation en cas de lecture automatisée (cytométrie de flux).

•La leucocyturie peut être absente au cours d’authentiques IU, quand l’ECBU

précoce, neutropéniques, ou si les urines ne sont pas traitées rapidement (lyse

possible des leucocytes).

•Une leucocyturie n’est pas spécifique d'IU. vulvo-

vaginite, maladie

inflammatoire, urétrite, posthite [inflammation du prépuce], tuberculose....

VPN 97% VPP faible < 50%.

24
25
 Rechercher les Bactéries à l'examen direct ?
- Peu sensible pour les urines non centrifugées → Un ED négatif n'exclut
pas le diagnostic d'IU.

- Bactéries au Gram → orienter le ttt antibiotique ou inciter à refaire le

pvt selon le caractère mono- ou polymicrobien.

- Gram → Systématique en cas d'IU avec signe de gravité,

→ effectuée sur demande du clinicien ++ (tableau clinique

atypique, bandelette urinaire douteuse...).

• Une bactériurie sans leucocyturie:

- Contamination (mauvaises conditions de prélèvements).

- Colonisation urinaire.

- une IU débutante.

- Rarement une IU chez le patient neutropénique. 26

 Ensemencement à l’anse calibrée 10 µL

• La plus utilisée ++
• Nécessite un milieu non sélectif coulé en boite de Petri

Il a été montré que l'imprécision inhérente de l’anse (10 µL ou 1 µl) peut

entraîner un taux d'erreur >50%, et l'angle d'inoculation peut également avoir un
impact significatif sur le nombre de colonies rapportées (Doern et al, 2016).

27
Méthode de l’ensemenceur en spirale

28
 Milieux de culture
La plupart des infections urinaires sont monomicrobiennes et dues à
des entérobactéries donc à des bactéries non exigeantes.
→ Un milieu de base NON SÉLECTIF suffit le plus souvent.

CLED: Cystine Lactose

BCP: BromoCresol Purple Electrolyte Deficient

Peptones, Peptones,
extrait de viande de boeuf, extrait de viande,
agar, hydrolysat de caséine,
lactose, agar,
pourpre de bromocrésol cystine,
lactose,
Bleu de bromothymol
29
 Milieux chromogènes
• Prix élevé
• Sont préférés aux milieux classiques (BCP, CLED).
• Ils permettent :

- Une très bonne différenciation → détection des urines polymicrobiennes,

- Une id° directe d’E. coli, du genre Enterococcus, et de P. mirabilis par

tests complémentaires simples (EF, indole) → une économie de réactifs
(galeries…) et de temps de manipulation.

- Une orientation de l’identification des KESC et des autres espèces

de Proteus, des genres Providencia ou Morganella → antibiothérapie
rationnelle + rapide.

rester vigilant et confronter les résultats de l’antibiogramme avec

l’Identification 30
 Exemples de Milieux chromogènes

Exemples de marques:
chromID® CPS ELITE (Biomérieux)*, UriSelect™4 (Bio-Rad), URICHROM® III
(International Microbio), CHROMagar orientation medium (BD)**, Brillance™ UTI Agar
(Oxoid), UTIC (CONDA)… 31
 Interprétation de la
culture
Patient symptomatique + leucocyturie ≥ 10 4 /ml

Groupe 1 2 3 4

E. Entérobactéries (sauf S. Lactobacilles

bactériennes Coli
S.Espèces
saprophyticus E. coli) agalactiae
Staph à coagulase (-) Streptocoques α-
Entérocoque* hémolytiques G. vaginalis
(sauf S.
C. Bifidobacterium spp.
urealyticum saprophyticus)
Bacilles
P. Aeruginosa Acinetobacter spp. diphtérimorphes
S. aureus (sauf C.
S. maltophilia Autres
urealyticum)
Pseudomonaceae

Seuil de Candida spp

103 UFC/ml Homme Femme Contaminants sauf
significativité 105UFC/ml
103UFC/ml 104UFC/ml ponction sus-pubienne

*105 UFC/mL si avec E. coli

31
30
• Ponction sus-pubienne:

Seuil 10 UFC/mL pour les bactéries des groupes 1 à 4.

•Sondage simple:

Seuil 103 UFC/ml, pour les bactéries des groupes 1 à 3.

•> 2 types de colonies → STOP (sauf situation très

particulière, en concertation avec le clinicien).

•En l’absence d’antibiothérapie en cours, < 103 UFC/ml

est en faveur d’une absence d’IU/colonisation.

34
 Définition d’urines contaminés
SPILF 2015: bactéries du groupe 4 (sauf ponction sus-pubienne)
> 2 types de colonies (sauf situations très particulières)

Situation 1: bactérie du gpe2 104UFC/mL + b du gpe 3 entre 104 et 105

UFC/mL?
Situation 2: SGB > 105 UFC/mL + 5 colonies E.coli + 5 colonies
Enterococcus? Situation 3: 3 espèces en numération < seuils ?

35
 Définition d’urines contaminés? Pb

Bekeris et al, 2008

127 Laboratories US

Sturenburg et al, 2014

≥ 3 isolats sans prédominance ou Bactéries ≠
uropathogènes

36
37
IU de l’enfant

38
 Définition d’urines contaminés
SPILF 2015: bactéries du groupe 4 (sauf ponction sus-pubienne)
> 2 types de colonies (sauf situations très particulières)

Situation 1: bactérie du gpe2 104UFC/mL + b du gpe 3 entre 104 et 105

UFC/mL?
Situation 2: SGB > 105 UFC/mL + 5 colonies E.coli + 5 colonies
Enterococcus? Situation 3: 3 espèces en numération < seuils ?

35
 SPILF 2015
NNé > 1 mois
Neutropénie
Sepsis
BU

(-)/(-) LE++,+++/ NI+,++ LE+,++,+++/NI(-)

ECBU LE(-)/NI+

ECBU ECBU
pvt au jet pvt au jet
poche à urines* cathéterisme urethral
ponction sus-pubienne
poche à urines*

* À éviter. VPP<50% 39
• Pas de recommandations sur:

- La méthode de recueil

- les seuils de bactériurie significative

- la définition de la contamination

40
Que dit la littérature?

Choix difficile de la méthode de recueil 41

Pvt difficle < 2ans

Poche à urines

Pvt au jet Recommandés au UK

Cathétérisme Recommandés par l’Académie

Américaine de Pédiatrie
Aspiration suprapubienne
42
43
Poches d’urines fortement déconseillés. Seule utilité: culture négative

Sensibilité BU Ni faible: vidange rapide.

44
IU au cours de la grossesse

45
 Définitions

• Colonisation urinaire = bactériurie asymptomatique:

sur 2 cultures consécutives (réalisées à 1 ou 2 semaines d’intervalle),

même bactérie à un seuil > 105 UFC/ml

• Infection urinaire: signes cliniques évocateurs + leucocyturie

+ bactériurie significative

46
 Colonisation urinaire gravidique

BU (controversées mais recommandées)

Performances de la BU pour le dépistage de la colonisation urinaire
gravidique
Leucocytes seuls Nitrites seuls Combinés

Sensibilité 60-70% 50-60% 38-80%

Spécificité 96% 98-99% 85-100%
Valeur prédictive positive 28-98% 75-82% 46-100%
Valeur prédictive négative 90-99% 82-98% 79-94%

Si Positive en LE ou NI

ECBU
Seuil 105 UFC/mL 47
 • Dépistage de la colonisation
urinaire
– gravidique
Toutes les femmes enceintes: :
• BU au 4ème, 5ème, 6ème, 7ème, 8ème et 9ème mois
• Si BU (+) (leucocytes ou nitrites positifs) → ECBU

– femmes a haut risque d'IU (uropathie sous-jacente,

diabète, antécédent de cystite aigue récidivante) :
• ECBU d'emblée à la première
consultation de début de
grossesse et au 4ème, 5ème, 6ème, 7ème, 8ème et 9ème mois

• ECBU de contrôle
– ECBU 8 à 10 jours après arrêt du traitement, puis

mensuel jusqu’à l’accouchement 20

 Colonisations urinaires à
Streprococcus du groupe B
• SPILF 2015: seuil unique 105 UFC/mL pour toutes les
bactéries

• CDC 2002: toute bactériurie à SGB doit être notifiée par le

laboratoire ꓯla cc°

• CDC 2010: seuil de bactériurie 104 UFC/mL SGB en culture

pure ou mixte.
49
 Cystite aigue gravidique
PNA gravidique
ECBU
Interprétation de la culture
leucocyturie ≥ 104 /ml

Groupe 1 2 3 4
Espèces E. Coli Entérobactérie S. agalactiae Staph à Lactobacilles Streptocoques
bactérien S. s (sauf E. coagulase (-) (sauf S. α-hémolytiques
nes saprophyticus coli) saprophyticus) G. vaginalis Bifidobacterium
Entérocoque Acinetobacter spp. spp.
C. urealyticum S. maltophilia Bacilles diphtérimorphes
P. aeruginosa Autres Pseudomonaceae (sauf C. urealyticum)
S. aureus Candida spp

Seuil de
significativité 104UFC/ml 105UFC/ml Contaminants sauf
103 UFC/ml ponction sus-pubienne

nt
C
on
tr
ôl
IU associées aux soins

51
Absence de dispositif endo-urinaire Dispositif endo-urinaire

• ECBU • ECBU
- Pvt milieu de jet
- Seuils de leuco et bactériurie =
Inf° communautaires

+
Antibiogramme systématique

Possibilité de faire ECBU à 48-72h si mauvaise

évolution
53
Merci de votre attention
fin.

54