ENZYMOLOGIE

Pr Layachi CHABRAOUI
Pr Wafae KABBAJ

Cours1re Anne Mdecine

Rabat 2011-2012

ENZYMOLOGIE?
L'enzymologie est la partie de la biochimie qui tudie les
proprits structurales et fonctionnelles des enzymes.
Elle sintresse aussi dcrire la vitesse des ractions
catalyses par les enzymes (cintique enzymatique).

Introduction
Les organismes vivants sont le sige dinnombrables
ractions biochimiques. Ces ractions constituent le
mtabolisme cest dire la biosynthse et le catabolisme
dun grand nombre de molcules biologiques.
Ces ractions se droulent dans des conditions
physiologiques (pH:7,4 et temprature :37oC) grce la
prsence des enzymes
Sans la prsence des enzymes, la vie serait impossible
Les enzymes ont donc un rle vital

Contenu du cours

Structure et proprits des enzymes

Cintique enzymatique
Mcanisme de la raction enzymatique

Chapitre 1
Structure des enzymes
Objectifs:

lissu de lenseignement ltudiant

doit tre en mesure de:

Expliquer les diffrents types de classifications des

enzymes et dresser les diffrents groupes
Dcrire la structure des enzymes et des coenzymes
Expliquer le mode daction des enzymes
Citer les facteurs qui influencent la cintique enzymatique
Expliquer le mode daction des diffrents facteurs
influenant la cintique enzymatique

1- Dfinitions
1.1- Les enzymes
Des protines spcialises dans la catalyse de ractions.

Catalyseurs biologiques trs puissants

Elles augmentent la vitesse des ractions
chimiques, sans en modifier lquilibre.
A + B

C +D

Les protines enzymatiques sont synthtises par des tres

vivants. Cette synthse est dtermine gntiquement.
Chaque enzyme est le produit dexpression dun gne
Parfois 2 gnes

1.2- Un substrat (S):est la molcule qui est transforme sous laction

de lactivit de lenzyme

1.3- Un produit (P): est la molcule qui apparat au cours dune

raction catalyse par lenzyme
P

Site actif S
S
Enzyme

S + E
substrat

Enzyme
Enzyme

ES

P + E
produit

1.4- Le site actif : la partie de lenzyme qui fixe le substrat.

2- Historique
1730: La digestion est un phnomne plus chimique que
mcanique
1850: Pasteur dmontra que la fermentation du sucre en
alcool par la levure est catalyse par une substance
qui existe dans la levure

En zyme
dans

levure

1897:

Buchner a extrait de la levure les premires enzymes

1929:

La 1re enzyme purifie et cristallise est lurase

Ure

Urase

CO2 + 2NH3
Depuis, plus de 3000 enzymes sont dcrites

3- PROPRIETS ET CARACTRISTIQUES DES ENZYMES

3.1- Agissent en trs faible quantit:
une molcule de catalase peut hydrolyser 5 millions de
molcules dH2O2 en une min dans des conditions de pH et
de temprature physiologiques
3.2- Ne sont pas consommes au cours de la raction:
comme les catalyseurs chimiques, elles se retrouvent
intactes la fin de la raction
3.3- Sont spcifiques:
Une enzyme transforme un S donn (spcificit de substrat)
grce une raction donne (spcificit de raction)

Spcificit lie la raction : Spcificit troite

Exemple:
dcarboxylation
R

CH

oxydase

COOH

oxydation

NH2

dsamination

AA (S)

Spcificit vis vis du substrat:

HK et GK

Spcificit troite
Certaines E peuvent distinguer entre la forme D et L
ou entre la forme et

= strospcificit

Spcificit large
R-P

HK, PAL
Phosphatase
alcaline

R+ P

3.4- Mode daction des enzymes

S

nergie
tat de transition
sans catalyseur
Energie
dactivation

catalyseur
enzyme

tat initial
tat final
Les enzymes abaissent
lnergie dactivation

droulement
de la raction

exemple
H2O2

O 2 + H2O

Sans catalyseur : 18 kcal/mole dH2O2

Catalyseur chimique (le platine) : 11,7 kcal/mole dH2O2
Enzyme (catalase) : 2 Kcal/mole dH2O2
Les enzymes abaissent lnergie dactivation
Elles ne modifient pas lquilibre
Elles augmentent la vitesse de raction
3.5- Les enzymes sont rgulables
Lactivit catalytique de nombreuses enzymes varie
en rponse des signaux mtaboliques (inhibiteurs,
activateurs)

4- Structure des enzymes

- Enzymes entirement protiques

ex:
Chymotrypsine

=
holoprotines
totalit

- Enzymes formes de deux parties

htroprotines

cofacteur
apoenzyme

Une partie protique: apoenzyme

Une partie non protique: cofacteur
- ion mtallique
- coenzyme, groupement
prosthtique

Apoenzyme: intervient dans la spcificit, thermolabile

Cofacteur: effectue la raction chimique, thermostable

4.1- Les enzymes holoprotiques:

Les enzymes sont des protines globulaires.
Elles peuvent tre formes:
- dune seule chane polypeptidique
Exemple: le lysozyme

- de plusieurs chanes identiques ou diffrentes

Exemples:

Isoenzymes (LDH, CPK)

enzymes allostriques

4.1.1- Le site actif

- Dfinition:
= enzymatique:
acides amins qui entrent en contact avec le S
4-1 La protine
site actif

- le site de fixation qui se combine au substrat

- le site catalytique qui agit sur le substrat
pour lui faire subir la raction chimique.

- Constitution: serine, cystine, histidine, tyrosine

- Mise en vidence des AA du site actif:

a- Utilisation des composs qui se fixent spcifiquement
un AA
Diisopropylfluorophosphate (DFP): Serine
Parachloromercuribenzoate: Cystine
Drivs arsenicaux: Cystine
b- Mthodes de gnie gntique

4.1.2- Relation entre la structure spatiale et la fonction catalytique

Exemple: : la trypsine: enzyme pancratique

Zymogne
Trypsinogne Nt
Val-Asp-Asp-Asp-Asp-Lys
(inactif)

His
His

49

29
Ser

183
S

entrokinase : E intestinale
Val-Asp-Asp-Asp-Asp-Lys

Trypsine
(active)

Site actif
His His
29 49

Ser

183

S
S

Le dpart de lhexapeptide, fortement charg (-) par les 4 Asp, modifie la

conformation de la protine, en favorisant la formation dhlice .

4.1.3- forme du site actif

1890:

Fischer a propos que la forme du substrat est complmentaire

de la forme du site actif de lenzyme
= modle de la cl et de la serrure

1958:

Koshland a propos que lenzyme et le substrat adaptent

mutuellement leurs formes respectives
Une molcule denzyme nest pas rigide mais flexible
= modle de lajustement induit
(comme la main et le gant)

4-2 Enzymes htroprotiques: Cofacteurs

- de nature inorganique: les ions mtalliques,
- de nature organique: les

coenzymes

Lorsque le coenzyme se lie la protine enzymatique par une

liaison covalente, on parle de groupement prosthtique
Lorsque la liaison est faible on parle de

cofacteur

cosubstrat
apoenzyme

4-2-1 Ions mtalliques

Mg2+, Mn2+, Cu2+, Zn2+, Fe2+
Exemples: Fer: les cytochromes
Zn2+ dans lalcool dshydognase forme un pont entre
lenzyme et son substrat

4-2-2 Coenzyme
Molcule indispensable la raction enzymatique. La raction se produit
avec le coenzyme et non avec la protine (coenzyme = site catalytique)
Lapoenzyme intervient dans la spcificit (site de fixation)
Mode daction des coenzymes

Exemple:

A-X + Co

A + Co-X

Co-X + B
A-X + B

B-X + Co
A + B-X

AH2 + FAD
FADH2 + B

dshydrognase
hydrognase

A + FADH2

BH2 + FAD

Le coenzyme nest pas spcifique: plusieurs enzymes diffrentes

peuvent avoir le mme coenzyme
certaines enzymes ont besoin dun ion mtallique et dun groupement
prosthtique: cas des cytochromes: noyau porphyrique + Fe2+

5- NOMENCLATURE ET CLASSIFICATION DES ENZYMES

Avant 1961 : les enzymes ont t dnommes selon le nom du S sur
lequel elles agissent en ajoutant le suffixe "ase"
Exemple:

Substrat

Enzyme

amidon
ure

amylase
urase

E1 Dcarboxylase
Acide amin

E2 Aminotransfrase
E3 Oxydase

1961: lunion internationale de biochimie (UIB) : nouvelle classification

des enzymes selon le type de raction catalyse

6 classes denzymes

5.1- Les oxydorductases

ncessitent un coenzyme (NAD, NADP, FAD ou FMN)

Aox + Bred
Hydroxylases:

Ared + Box

(=monooxygnases)

-CH3
-CH2-

catalysent la fixation dun

atome doxygne

-CH2OH
-CHOH-

Dshydrognases:
lactate dshydrognase
CH3- CHOH-COOH + NAD+
CH3-CO-COOH
ac. pyruvique
ac. lactique

+ NADH + H+

Cytochromes: ont un coenzyme hminique avec un ion, qui prsente 2

tats doxydation, ce qui en fait un transporteur
dlectrons.
Fe2+
Fe3+ + 1erduit
oxyd

5.2- Les transfrases catalysent le transfert de groupement autre

que lhydrogne entre deux substrats
ncessitent un coenzyme

A-X + B

A + B-X

les transaminases: transfrent les radicaux amins -NH2 dun AA un

acide ctonique accepteur. Le coenzyme est le
phosphate de pyridoxal.
les phosphokinases ou kinases: transfrent un P sur une molcule
dADP. Lion Mg++ est indispensable.
ATP + glucose
Les transactylases:

Les transmthylases:

ADP + glucose 6P

transfrent les radicaux actyles(-CH2COOH), le

coenzyme est CoA
transfrent les radicaux mhyles (-CH3), dune
molcule une autre, le coenzyme est lacide
tetrahydrofolique.

5.3- Les hydrolases

Catalysent la rupture dune liaison avec fixation des lments
dune molcule deau.
A-B + H2O

A-H +

B-OH

Les estrases: hydrolysent les esters en acides gras et en alcool

RCOO-CH2-R + H2O

RCOOH + RCH2OH

Les lipases : hydrolysent les glycrides en glycrol et en acides gras

Les osidases: hydrolysent les osides
glucosidase, galactosidase
Les enzymes protolytiques: hydrolysent les liaisons peptidiques
R-CO-NH-R + H2O

RCOOH + NH2-R

5.4- Les lyases

catalysent la rupture des liaisons C-C, C-N, C-O, C-S
- dcarboxylase dacide ctonique: le coenzyme est la thiamine
pyrophosphate (TPP)
R-CO-COOH

- dcarboxylase dacides amins:

CH

COOH

R-CHO + CO2

le coenzyme est le phosphate de

pyridoxal

R-CH2-NH2 + CO2

NH2

Cas de la pyruvate dshydrognase: 5 coenzymes

TPP, NAD+, FAD, Coenzyme A et Lipoate

5.5- Les isomrases

catalysent le dplacement de groupes lintrieur dune molcule
sans que la formule brute varie
Epimrases: provoquent des interconversions doses
galactose
Mutases:

glucose

catalysent le transfert dun radical dune partie dune

molcule une autre
H

CH3

CH2

CH2

COOH

CO

CO

CoA

CoA

Methyl malonyl CoA

5.6- Les ligases:

COOH

Succinyl CoA

catalysent la condensation de 2 molcules.

A+B

A-B
ATP

AMP + P-O-P

6- PRINCIPAUX COENZYMES
Origine des coenzymes
1- mtabolisme
2- Vitamine

(ATP, S adnosyl mthionine)

(= amine vitale)

Un certain nombre de coenzymes drivent de vitamines, notamment

de vitamines hyrosolubles et en particulier les vitamines du groupe B

- Coenzymes intervenant dans les ractions doxydorduction

(4 coenzymes)
- Coenzymes intervenant dans le transfert de groupement
(6 coenzymes)

6.1- Coenzymes intervenant dans les ractions doxydorduction

6.1.1- Nicotinamide adnine dinuclotide (NAD+) et NADP+
NAD+

Structure

CO- NH2

nuclotide

O
HO

(Vit B3ou Vit PP)

N+
O

O
H

OH

H
OH

NH2
N

nuclotide

N
HO

P
O

Nicotinamide

O
H

OH

H
OH

Adnine
N

centre actif
CO- NH2
O
HO

N+
O

O
H

OH

H
OH

NH2

NADP+

N
HO

P
O

O
H

OH

HO

P
O

OH

NAD+

 Mcanisme ractionnel
AH2 +
Substrat
rduit

NAD+
(ou NADP+)

H
CO- NH2

CO- NH2

AH2 +

N+

A + NADH + H+
(ou NADPH)
Substrat
oxyd

Substrat
oxyd

NADH + H+
(ou NADPH)

BH2 + NAD+ +
(ou NADP )
Substrat
rduit

Ce sont des coenzymes de

type Cosubstrats

+ H+

 Spectre dabsorption
Mesure de la densit optique en
fonction de
NAD+
(forme oxyde)

DO

NADH
(forme rduite)

260

350

Longueur donde
(nm)

dosage des enzymes NAD+ ou NADP+

Exemple: LDH

 Spcificit
NAD+

Localisation mitochondriale
Coenzyme doxydation

NADP+

Localisation cytoplasmique
Coenzyme dhydrognation, de biosynthse

[NAD+]

>

[NADP+]

La plupart des enzymes sont spcifiques soit du NAD+ soit du

NADP+ sauf qq exceptions comme la glutamate dshydrognase
Origine
Le NAD+ et le NADP+ sapparentent la vitamine B3 ou
PP
(pellagre preventive)
Lavitaminose PP entrane une maladie appele pellagre

6.1.2- Flavine mononuclotides (FMN) et Flavine adnine dinuclotide

(FAD)
Structure
FMN

Flavine mononuclotides:

ribitol
O
(CHOH)3

CH2

CH2

P
OH

CH3

NH
CH3

N
O

Noyau isoalloxazine = flavine

= vit B2

OH

Flavine Adnine Dinuclotide: FAD

FMN
(CHOH)3

CH2
CH3

NH
CH3

CH2

OH

OH

N
O

NH2
N

N
CH2
O
H

OH

H
OH

N
N

Ac
adenylique

 Mcanisme ractionnel

AH2 +

E
A

FAD ou

FADH2 ou

FMN

FMNH2

jaunes

incolores

Les FMN et FAD sont appels ferments jaunes

FMN et FAD sont lis lenzyme: groupements prosthtiques

 Origine
Le FAD et le FMN drivent de la flavine ou vitamine B2

Les dshydrognases FAD les plus importantes sont les NADH

dshydrognases qui permettent la roxydation du NADH

Dshydrognase FAD
NAD+

NADH + H+

FAD

FADH2

6.1.3- Les ferroporphyrines: Coenzymes associs aux cytochromes

grpt prosthtique + Fe
Structure
CH3
CH2-CH2

CH3

CH3

N Fe N
N

Cyt C

CH2-CH2

CH2
CH2

CH2
COOH

CH2

CH3

CH2
COOH

Rle
Jouent un rle important dans le transfert dlectron
Fe2+
Fe3+ + 1erduit
oxyd

6.1.4- Acide lipoque

Structure
Ce coenzyme a la structure dun Acide gras satur 8 C avec un pont
disulfure entre C6-C8.
7
1
COOH

Rle:

CH2

CH2

CH2

CH2

CH2

CH

CH2

+ 2H

SH

SH

Transporteur dH2

Lacide lipoque est attach par covalence lenzyme par son

carboxyle un reste lysine de lenzyme : groupement prosthtique

6.2- Coenzymes intervenant dans le transfert de groupement

6.2.1- Thiamine pyrophosphate (TPP)
Structure:

driv de la vitamine B1 ou thiamine

H

NH2

centre actif
S

C
N

CH2

N+
CH2

CH3

Cycle pyrimidique

OH

OH
CH2

CH3

P
O

Cycle thiazole

Thiamine = vitamine B1
Rle: Transporteur dactaldhyde dans les ractions de
dcarboxylation
COOH
Ex: Pyruvate DH

C=O
CH3

CO2 + CH3

C
H

Actaldhyde

Ac. pyruvique
La carence en vitamine B1 entrane une maladie : le Bri-bri

OH

NH2

Structure
O

CH2
H
O

N
N

H
OH

6.2.2- Coenzyme A (CoA-SH) ou

Coenzyme dAcylation
Drive dune vit amine du
groupe B: ac pantothnique

OH

OH
O

P
O
O

OH

OH

Rle
Transporteur dactyle et
dacide gras

O
CH2
CH3

CH3

OH
C
O
C
NH

Acide
pantothnique
CoA-SH + CH3COOH

CH2

CH3CO-SCoA
actyle CoA

CH2
C
NH

CoA-SH + R-COOH

RCO-SCoA
acyl CoA

CH2
CH2

SH

Thiothylamine ou
mercaptoethylamine

6.2.3- Acide tetrahydrofolique

Structure:

(FH4)

drive de la vitamine B9: acide folique

OH
N 4

Acide folique

NH2

5 6
8 7

CH2 NH

NH2

CH2 CH2 COOH

COOH

Glu

Ac. Para amino

benzoque

N
H
H
N

CH2

NH

CO NH

CH
COOH

Rle

CH

OH
N

CO NH

N. pteridine

FH4

10

: transporteur dunits un C (CH3)

CH2
Sur N5
Sur N10
N
CH2
5
entre N5 et N10

10

CH2 CH2 COOH

6.2.4- S adnosyl mthionine

COOH

Structure:

NH2

CH
NH2
CH2

Met

CH2
N
CH3

S+

CH3

OH

H
OH

Rle: transporteur de radicaux mthyles (donneur)

adnosine

6.2.5- Adnosine 5 triphosphate

NH2

Structure:

O
HO

P
OH

P
OOH

O
O

OH
H

OH

H
OH

AMP
ADP
ATP
Rle: transfert de groupements
ATP

ADP

+ P

ATP

AMP

+ P-P

ATP

adnosyl

+ P + P-P

adnine

6.2.6- Phosphate de pyridoxal

Structure:

= vit B6
CHO

CH2OH

CH2-NH2

CH2OH

CH2OH

CH2OH

OH

OH

OH

CH3

CH3

CH3

pyridoxine
Rle:

drive de la vit B6

pyridoxal

pyridoxamine

Transport de groupement amin: NH2

Pyridoxal = vit B6

O
HO

CH2-NH2

O
CHO
O

NH3

CH3
OH

OH

CH3
N

Phosphate de pyridoxal

HO

CH3
OH

OH

CH3
N

Phosphate de pyridoxamine

Phosphate de Pyridoxal
Transamination
Dcarboxylation

Chapitre 2:

La cintique enzymatique

Objectifs:
Reconnatre la cintique dune enzyme

Dfinir la vitesse maximale (Vmax) et la constante de Michaelis (KM)

Reprsenter graphiquement la cintique dune enzyme en fonction
des diffrentes variables

1- RAPPEL DE LORDRE DUNE REACTION

A

A- raction dordre 0
[A]

V
V=

t
B- raction dordre 1
[A]

=k

dt

[A]
V

V=

-d[A]

[A]

-d[A]
= k[A]
dt

Rappel de calcul de la vitesse dune raction

A

K1

V = V de disparition de A (dapparition de P):

K1
K2

V=

d[ A] d[P ]
= K 1 [ A]
=
dt
dt

V de lalle = V de disparition de A (apparition de P):V =

d[ A] d[P] = K [ A]
=
1
dt
dt

V de retour = V dapparition de A (disparition de P): V =

quilibre

K1[A] = K2[P]

Keq =

K1
[P ]
=
K 2 [A ]

d[P ] d[ A]
= K 2 [P]
=
dt
dt

K1
A+B

K2

V de lalle= V de disparition de A et B (apparition de P ): V = K1[A][B]

V de retour= V dapparition de A et B (disparition de P): V = K2[P]
K1
[P]
=
Keq=
K 2 [ A ][B]

quilibre K1[A][B] = K2[P]

K1
A +B

K2

C+ D

V de lalle= V de disparition de A et B (apparition de C et D): V=K1[A][B]

V de retour= V dapparition de A et B (disparition de C et D): V=K2[C][D]
K1[A][B] = K2[C][D]

Keq=

K1 [C][ D]
=
K 2 [ A ][B ]

2- CINETIQUE DES REACTIONS ENZYMATIQUES

Ce qui est fondamental dans les ractions enzymatiques, cest la
combinaison E-S.
Aprs formation du complexe, le substrat est transform en produit et
lenzyme retrouve sa structure initiale.

S +E

K1
K2

ES

K3
K4

P +E

La V de la raction enzymatique est influence par:

[S], [E], temprature, pH, effecteurs.

2.1- V de la raction en fonction de [S]

Ltude de la cintique enzymatique a t ralise essentiellement par
Michaelis et Menten en 1913.
2.1.1 Courbe de Michaelis-Menten
[E] fixe et faible
V
V=Vmax [E] =[ES]
Saturation de lenzyme
Vmax
Ordre 0

Courbe de Michaelis-Menten

Ordre 1
S

S
S

S
S

S
S

S S S
S

S
S
S

[S]

Interprtation de la courbe de MM

- Aux faibles conc de substrat, la vitesse de la raction est

proportionnelle celle du substrat (raction dordre 1)

- Lorsque la conc de S augmente, la vitesse ne saccrot plus dans les

mmes proportions (raction dordre mixte)

- Aux fortes conc de S la vitesse devient constante, indpendante de

cette concentration (raction dordre 0): lenzyme est sature par son
substrat. Ce phnomne est particulier la cintique enzymatique.

1.1.2- Dtermination de lquation de Michaelis-Menten

K1

S+ E

K2

S +E
ES

K3

K1
K2

ES

K3
K4

Conditions initiales

P +E

ES (rapide)

V= f([S]) ?

[E] = concentration totale de lenzyme

[ES] = concentration du complexe Enz-Sub
[E]L = concentration de lenzyme libre

P + E (lente)

[E] = [E]L+ [ES]

[E]L= [E] - [ES]

V= K3[ES]
Vitesse de formation de [ES] =
Vitesse de disparition de [ES] =

d[ES]
= K1[E]L[S] = K1([E]-[ES])[S]
dt
- d[ES]
= K2[ES] + K3[ES] = [ES] (K2+K3)
dt

Etat stationnaire: V de formation de [ES] = V de disparition de [ES]

K1([E]-[ES])[S] = [ES] (K2+ K3)

K1([E]-[ES])[S] = [ES] (K2+ K3)

([E]-[ES])[S]
[ES]

(K2+K3)
= KM
=
K1

[E][S] - [ES][S] = [ES] KM

[E] [S]
[ES] =

[ES](KM+[S]) = [E][S]
Or, V = K3[ES]

KM+[S]
= K3

[E] [S]

V=Vmax

[E]=[ES]

KM+[S]

Vmax = K3 [E]

V=

Vmax [S]
KM+[S]

Equation de M-M

V=

Vmax [S]
KM+[S]

Cas particulier
Si V=

Vmax
2
Vmax = Vmax [S]
2
KM+[S]

2[S]= KM +[S]

KM = [S]

Vmax

Vmax
2

KM

[S]

1.1.3- Signification de Vmax et de KM

Vmax est atteinte lorsque toute lenzyme est sature par le substrat
KM est la valeur de S pour laquelle la vitesse de la raction est Vmax/2
KM est une grandeur exprimentale qui peut varier avec la structure du
S, le pH, la temprature. Chaque enzyme a un KM caractristique pour un S
KM indique laffinit de lenzyme pour le S

KM

affinit

1.1.4- Reprsentation de Linweaver et Burk

[S]
KM
1 = KM +[S] =
+
V
Vmax [S]
Vmax [S]
Vmax [S]

1
V

V=

Vmax [S]
KM+[S]

1
1 + 1
KM
=
V
Vmax [S] Vmax
Y =
a
x + b
KM/Vmax

1/Vmax

-1/KM

1
[S]

Cette reprsentation offre lavantage de permettre la dtermination plus

prcise de KM et Vmax. De plus, tant une droite, elle ncessite moins de
points exprimentaux.

1.2- Influence de la concentration en enzyme

V
V

E3
E2
E1

[S]

[E]

La vitesse dune raction est

proportionnelle la quantit
denzyme

1.3- Influence de la temprature

to optimale
Mouvement
des molcules

Dnaturation
de la protine

temprature
20

30

40

50

60

1.4- Influence du pH

cholinestrase

pepsine

La plupart des
enzymes

Le pH agit:

10

12

Conformation de la protine
Association E-S
Action catalytique de lenzyme

pH

1.5- Effet des effecteurs

Rle des effecteurs:
Physiologique: Rgulation du mtabolisme cellulaire
Biochimique: Permettre de mieux comprendre le mode daction des
enzymes
comptitive
rversibles
inhibiteurs

irrversibles

activateurs
effecteurs allostriques

non comptitive
incomptitive

1.5.1- Inhibiteurs
1.5.1.1- Inhibition rversible
1.5.1.1.1- Inhibition comptitive
Exerce par un compos dont la structure ressemble celle du S
E + S
E + I
KI =

K1
K2

ES

E + P

EI (Inactif)

[E] [I]
[EI]

[EI] =

[E] [I]
KI

[E] = [E]L + [ES] + [EI]

Vmax [S]
V =
KM(1+[I]/KI) + [S]
KM

KM= KM(1+[I]/KI)

Vmax [S]

V =
KM(1+[I]/KI) + [S]

1
V

[I]
1
1
+
(1+
)
=
KI
[S]
Vmax
Vmax
KM

V
Sans I
[I]

Vmax

1/ V

[I]

Vmax/2
1/Vmax

[S]

KM KM KM

KM

-1/KM -1/KM -1/KM

affinit

Quand [S] augmente , leffet de linhibiteur disparat:

Linhibition comptitive est leve par un excs de substrat
Vmax nest pas modifie

1/[S]

Exemples:
La succinate dshydrognase
COOH

COOH

Succinate dshydrognase
CH2
CH2

CH

FAD

FADH2

COOH

CH
COOH

succinate

Fumarate
COOH

COOH

CH2
CH2

CO
COOH

malonate

COOH

oxaloactate

Inhibiteurs comptitifs de la
succinate dshydrognase

Inhibition par le produit de la raction

Glucose 6 phosphatase
Glucose 6P

+ H 2O

glucose + H3PO4

Les amines quaternaires

sont des inhibiteurs comptitifs de la cholinestrase

CH3
CH3

N+

CH2

CH2

CO

actylcholinestrase
Choline + ac. actique
CH3

CH3

actylcholine
R1
R2
R3

N+

R4

Amines quaternaires

Antimtaboliques
En sintroduisant dans lorganisme, ils donnent naissance des
composs anormaux et ralentissent certains mtabolismes.
fluorouracile
2-amino adnine

La sulfamide

Action anti-cancreuse

NH2

NH2

COOH

SO2-NH2

bactrie
N-ptridine +Ac. para
amino-benzoque + Glu

Ac. folique
X des bactries

Ac. para aminobenzoque

sulfamide
Action antibactrienne

1.5.1.1.2- Inhibition non comptitive

E + S
E + I
ES + I

ES
EI
ESI

+ P

inactifs

i
Cu2+, Ag2+

[E]= [E]L+ [ES] + [EI]+ [ESI]

Vmax
V=

Vmax
[S]
1+ [I]/KI
KM + [S]

V
Vmax
Vmax a
Vmax b

KM

1
1
(1+[I]/KI)
+
(1+[I]/KI)
=
[S]
Vmax
Vmax
V
1

1/V

[i]

sans i

1/Vmax
1/Vmax
1/Vmax

[S]

1/[S]
-1/KM

Ce type dinhibition nest pas lev par un excs de substrat

KM est inchang, laffinit de E pour S nest pas affecte
Vmax est diminue par linhibiteur
Le type le plus courant de cette inhibition se produit avec des ractifs
capables de se combiner rversiblement avec les groupement SH des
radicaux Cys indispensables lactivit enzymatique comme les mtaux
lourds (Cu2+, Ag2+, Hg2+..)
Certaines enzymes par contre, ont besoin de certains ions comme Mg2+,
cet ion peut tre chlat par EDTA (thylne diamine ttra actique).

1.5.1.1.3- Inhibition incomptitive

l'inhibiteur ne se lie que sur ES

S

E + S

ES
+
I
ESI

[E]= [E]L+ [ES] + [ESI]

+P

Vmax

[S]

1+[I]/KI
V=
KM
+ [S]
1+[I]/KI

Vmax

sans I

Vmax

1
1
1 = KM
(1+[I]/KI)
+
V
Vmax [S] Vmax
1/V

1/V max
1/Vmax

[S]

-1/KM -1/KM

1/[S]

Cet inhibiteur dplace leq, abaisse KM. Une partie de ES reste bloque
sous forme ESI, donc Vmax est diminue

Tableau rcapitulatif des inhibitions rversibles

KM
Comptitive
Non comptitive
Incomptitive

Vmax

Pente

1.5.1.2- Inhibition irrversible:

inactivation totale de lenzyme

1er exemple:
E-S-CH2-CONH2 + HI

E-SH + ICH2CONH2
E Cys liodoactamide

Complexe inactif

raction irrversible
2me exemple: Diisopropyl fluorophosphate (DFP) : arme biologique
E - CH2
F
CH3

E-CH2OH +
E Ser

CH
CH3

CH

CH3
CH3

DFP

CH3
CH
CH3

CH

CH3
CH3

raction irrversible
Complexe inactif

Ex. enzyme srine: actylcholinestrase

3me exemple: Acide cyanhydrique (HCN): Poison respiratoire
Forme un complexe stable avec le fer des cytochromes (enzymes
respiratoires cellulaires) et provoque leur inhibition

+ HF

1.5.2- Activateurs
1.5.2.1- Activation par protection de lenzyme
Des composs qui protgent les enzymes contre les oxydations
dans les enzymes Cys se comportent comme des activateurs
E-SH + SH-G
E Cys

E-S ------ SG + H2

Glutathion

1.5.2.2- Activation par les ions

Concerne les enzymes qui ncessitent des ions pour leur activit
Exemple:

Mg2+ est un activateur des kinases

1.5.2.3- Activation par action sur les subunits enzymatiques

Protine kinase
protine +

Protine-P +

ATP

ADP

Les protines kinases sont actives par lAMPc

Site actif Site de fixation de lactivateur

E inactive

AMPc

Subunit
catalytique active

AMPc

3- ENZYMES ET EFFECTEURS ALLOSTERIQUES

3.1- Cintique des E allostriques
3.1.1- V en fonction de [S]
Interprtation de la courbe des E allostriques
V

E michaelienne

- Les petites quantits de substrat

sont transformes lentement
- La vitesse augmente partir dun seuil

E allostrique
- Effet coopratif

[S]
Contrairement aux enzymes michaeliennes, les enzymes allostriques
nexercent leur action qu des concentrations en substrat leves

ont une structure quaternaire, formes dun nombre pair de sous units.

La fixation de S au 1er site entrane un changement

A
de conformation des autres sites, ce qui modifie
laffinit pour le S. On dit quil y a un effet coopratif.

En plus du site actif o se fixe le substrat, lenzyme possde un ou

plusieurs sites allostriques o peuvent se fixer des effecteurs
allostriques (activateurs ou inhibiteurs).
Ces effecteurs nont aucune analogie structurale avec le substrat.

2.2- Action des effecteurs allostriques

Ce sont des substances qui agissent comme activateurs ou inhibiteurs en
modifiant la conformation des sites de liaison au substrat, ce qui change
laffinit pour le substrat
Activateurs allostriques
Augmentent laffinit de lenzyme pour le substrat, lui permettant
dagir de faible concentration en substrat
inhibiteurs allostriques

Activateur

Comme les inhibiteurs non comptitifs

diminuent laffinit de lenzyme pour le
substrat
Vmax
2

KM(a)KM KM(I)

Inhibiteur

[S]

2.3- Model des E allostriques

S
S

Model de Monod Wyman et

Changeux (MWC)
1- possdent 2 sites: site actif et
des sites rgulateurs (activateur
et inhibiteur)

i
A

2- formes de plusieurs sous

units identiques (= protomres)
3- existent sous 2 tats en
quilibre: tat catalytique R et
tat inhib T

A ou S

i
Relch
Tendu
(actif)
(inactif)
transition allostrique

Allostrie
Autre forme

4- effet coopratif:du la prsence de plusieurs sous units (protomres)

la fixation dune molcule de S sur un protomre
dplace lquilibre vers la forme active

2.4- Importance des enzymes allostriques

Ont un rle de rgulation trs important dans la cellule:
Permettent ladaptation du mtabolisme au besoin de la cellule
En gnral lenzyme allostrique catalyse la 1re raction, limitante
dune voie mtabolique
Son activit peut tre contrle par des activateurs ou inhibiteurs
appartenant cette voie mtabolique

E1

E2

E3

E allostrique
Inhibition feed back
ou retroinhibition

X
X= inhibiteur
allostrique

Les effecteurs allostriques ont une action spcifique sur les

enzymes allostrique, en se fixant sur leur sites allostriques

MECANISME DE LA REACTION ENZYMATIQUE

1- Chymotrypsine:
hydrolyse les peptides au niveau de la Tyr et de Phe
R-CO-NH-R + H2O

RCOOH

+ NH2-R

Le site actif :
His 57,

Asp 102

et Ser 195

1re tape: acylation

peptide
H

O
C

R'

R'

C
N

O- H
N

H
O-

(Asp102)
(His 57)

CH2

O
N

(Asp102)
(His 57)

(Ser 195)

Enzyme

CH2
(Ser 195)

Enzyme

acylchymotrypsine

2me tape: dsacylation

H
O
C

H
N

O
C

(His 57)

CH2

H
O-

(Asp102)
(His 57)

(Ser 195)

Enzyme

acylchymotrypsine

(Asp102)

OH

CH2
(Ser 195)

Enzyme

2- Actylcholinestrase
enzyme

Site anionique His

NH Site estrasique

CH2

CH3

actylcholine

CH3

N
CH2

CH2

OH CH2

CH3

Ser

CH3

un dplacement dlectron va
fragiliser la liaison ester et
provoquer sa rupture

HO

Tyr

H 2O

CH3
CH3

N+

CH2

CH3

choline

CH2

OH

HO

C
CH3

Ac. actique

3- Transaminases
Permettent le transfert rversible du groupement
amine dun AA un acide ctonique.

Le coenzyme des transaminases est le phosphate de

pyridoxal

Site actif dune transaminase

OH CH3

OH CH3

HOOC

HOOC
N

CH NH2C HO
R

CH

H 2O

CH2
O
P

N
CH2
O
P

Base de schiff
COOH

OH CH3

+ H 2O

HOOC
C
R

C
O

OH CH3

NH2
CH2
O
P

Ac. ctonique

CH2
O
P

Phosphate de pyridoxamine

DOSAGE DES ENZYMES

La quantit denzyme peut tre mesure par son activit enzymatique
E
A + B
C
Pour dterminer lactivit enzymatique, il faut connatre:
1- la stchiomtrie de la raction
2- les besoins de lenzyme en cofacteurs
3- KM
4- le pH optimum de lenzyme
5- la gamme de temprature olenzyme est stable
6- une mthode analytique permettant la dtermination de la
concentration du substrat qui disparat ou du produit obtenu
1- Unit de lactivit enzymatique
Unit internationale (UI) = la quantit denzyme qui produit la transformation
dune micromole ( mole) de S par min 25oC
Le katal (kat) = la quantit denzyme transformant une mole de substrat
par sec
Activit spcifique = le nombre dUI par mg de la protine enzymatique

DO = [C] l

NAD+
(forme oxyde)

DO

NADH
(forme rduite)

260

AH2

+ NAD+

350

Longueur donde
(nm)

A + NADH + H+

2- Intrt de dosage des enzymes

Le fonctionnement normal de lorganisme est le rsultat de laction
harmonieuse de tous les systmes enzymatiques
Dosage des enzymes dans les liquides biologiques et les tissus
rvle des anomalies pathologiques:
Phosphatase acide dans le srum

Cancer de la prostate

La prsence de certaines enzymes dans le srum est le signe dune

ncrose tissulaire
Mais dans certains cas la mme activit enzymatique peut tre due a
les enzymes diffrentes selon leur origine tissulaires.
Cest le cas des isoenzymes
Llectrophorse des isoenzymes permet de localiser lorigine de la
ncrose

3- Les isoenzymes
Ce sont des enzymes qui ont la mme proprit catalytique mais qui
diffrent par leur proprits physicochimique. Les isoenzymes peuvent
diffrer dun tissu un autre.
LDH
Ac. pyruvique
Ex.: Lactate dshydrognase (LDH): Ac. lactique
LDH: 4 sous units de 2 types, H et M
Forme H (coeur)
Forme M (muscle et foie)

+
dpts

1
2
Coeur

5
Muscle
et foie

En plus de ces anomalies, il existe des dficits

hrditaires de certaines enzymes qui sont
lorigine de maladies mtaboliques graves:
Ex:

maladie

Enzyme altre

Albinisme:

Tyrosine hydroxylase

Phnylctonurie:

Phnylalanine hydroxylase

Homocystinurie:

Cystathionine synthtase