INITIATION AU LOGICIEL EPI-INFO VERSION6

Cration dun masque de saisie Saisie de donnes Analyse de donnes Cration dun programme danalyse Importation des donnes Excel

Centre de Coordination de la Lutte contre les Infections Nosocomiales de l'Interrgion Paris - Nord Ile-de-France, Haute-Normandie, Nord-Pas-de-Calais, Picardie
Institut Biomdical des Cordeliers, 15 rue de l'Ecole de Mdecine (Esc. J - 2me tage) - 75006 Paris (M Odon)

Page Internet : http://www.ccr.jussieu.fr/cclin Formation Epi-Info, CCLIN Paris-Nord, Sylvie MAUGAT Dernire mise jour : le 10 mai 2004 1

Sommaire

1. Mise au point ............................................................................................................. 3

1.1.Qu'est ce qu'un chemin d'accs? ..........................................................................................3 1.2.Qu'est ce qu'une base de donnes ?......................................................................................4

2. Epi-Info : prsentation............................................................................................... 5
2.1.Les modules d'Epi-info ..........................................................................................................5 2.2.Les fichiers EPI-INFO ...........................................................................................................6

3. Mise en place du masque de saisie............................................................................ 6

3.1.Cration du fichier questionnaire (.QES) ............................................................................6 3.2.Cration du fichier de saisie (.REC).....................................................................................7 3.3.Restructuration de la base de donnes.................................................................................8 3.4.Mise en place des contrles de saisie (.CHK) ......................................................................8
3.4.1. Listes des contrles les plus frquents .............................................................................................................. 9 3.4.2. Suppression d'un contrle ............................................................................................................................... 10

3.5.Astuces ..................................................................................................................................10

4. Saisie des donnes ................................................................................................... 11

4.1.La saisie.................................................................................................................................11 4.2.Recherche d'enregistrements dj saisis............................................................................11
4.2.1. Pour retourner l'enregistrement prcdent ou aller au suivant ..................................................................... 11 4.2.2. Pour rechercher des enregistrements............................................................................................................... 11

Formation Epi-Info, CCLIN Paris-Nord, Sylvie MAUGAT

Dernire mise jour : le 10 mai 2004

1. Mise au point
1.1.Qu'est ce qu'un chemin d'accs?

Ex : D:\enqktld\ktld64b.rec Le fichier ktld64b.rec est situ sur le disque D, dans le rpertoire enqktd. Outre des fichiers, ce rpertoire contient aussi des sous-rpertoires tels que les sousrpertoires poster, rapport

Formation Epi-Info, CCLIN Paris-Nord, Sylvie MAUGAT

Dernire mise jour : le 10 mai 2004

1.2.Qu'est ce qu'une base de donnes ?

Structure : Le modle c'est la feuille de calcul Excel avec les variables en colonnes et les enregistrements en lignes.

On retrouve exactement la mme structure dans une base EPI-INFO.

une variable est dfinie par: - un nom : 8 caractres maximum sans caractres spciaux (ex: .,/) - un format: alphanumrique (lettre et chiffre sans opration mathmatique possible), numrique, format de date, numro automatique,...
Formation Epi-Info, CCLIN Paris-Nord, Sylvie MAUGAT Dernire mise jour : le 10 mai 2004 4

2. Epi-Info : prsentation
2.1.Les modules d'Epi-info

EPED

Editeur de texte d'Epi-info. Il est utilis pour la ralisation du masque de saisie et la rdaction de programmes notamment des programmes d'analyse. Module utilis pour la saisie des donnes. ENTERX est conseill quand on a une mmoire d'ordinateur insuffisante. Module d'analyse de donnes. Module qui permet d'tablir les contrles la saisie: limitation de la saisie, sauts conditionnels, caractre obligatoire de la saisie d'une variable, Ces 3 modules permettent respectivement l'importation, l'exportation et la fusion de donnes. Module de calculs statistiques rapides: Khi2 de Pearson, Khi2 de tendance et calculs d'chantillon et de puissance. Module plus perfectionn de calculs statistiques.
Dernire mise jour : le 10 mai 2004 5

ENTERX et ENTER

ANALYSIS CHECK

IMPORT, EXPORT MERGE STATCALC EPITABLE

Formation Epi-Info, CCLIN Paris-Nord, Sylvie MAUGAT

2.2.Les fichiers EPI-INFO

.QES fichier questionnaire dans lequel est dfini le format des diffrentes variables c'est dire leur nom et leur type (caractre ou alpha numrique, numrique, date, ... ) fichier de contrle la saisie dans lequel sont dfinis tous les contrles qui peuvent tre mis en place pour faciliter la saisie et limiter les erreurs de saisie (sauts conditionnels, bornes de valeurs autorises, variables obligatoires,.) fichier de donnes fichier programme fichier rapport

.CHK

.REC .PGM .RPT

3. Mise en place du masque de saisie

3.1.Cration du fichier questionnaire (.QES)
Le fichier questionnaire est cr ou modifi dans l'diteur de texte EPED. Il est sauvegard sous le format .QES. Il contient l'ensemble des variables (items) recueillies, et peut donc tre directement cr partir du questionnaire papier. Mode opratoire A partir du menu EPI INFO, slectionnez l'option "Programme" puis "EPED" diteur de texte. La premire tape consiste rdiger le texte qui apparatra l'cran au cours de la saisie. A partir de ce texte le logiciel va dterminer le nom des variables (au maximum 10 caractres sans ponctuation ni caractres spciaux). Il est possible et fortement conseill de dfinir exactement les noms de variables. Ceci peut tre fait en insrant des accolades ({}) avant et aprs le nom des variables.

La seconde tape est l'attribution d'un format chaque variable cre. Ce format peut tre numrique, alphanumrique, dates. _____ ### <dd/mm/yy>, <dd/mm/yyyy> <mm/dd/yy>, <mm/dd/yyyy> Alpha numrique (caractres + chiffres autoriss) Numrique Dates Europennes Dates Amricaines
Dernire mise jour : le 10 mai 2004 6

Formation Epi-Info, CCLIN Paris-Nord, Sylvie MAUGAT

<mm/dd>, <dd/mm> <today/yy>, <today/yyyy> <Y> <A> <idnum>

L'anne n'est pas prise en compte Date du jour Format YES/NO Format alphanumrique majuscule insre le numro de fiche (ce numro prend la valeur +1 chaque nouvelle fiche saisie).

Vous pouvez accder aux formats des variables avec les touches Ctrl+Q+Q. Exemple : Numro de {fiche} <idnum> {Date} d'enqute <dd/mm/yyyy> (depuis lan 2000, il est prfrable dutiliser les formats avec lanne sur 4 chiffres pour permettre les calculs dge et de dlai) Donnez les trois premires lettres du {nom} du patient <AAA> {Age} du patient ###

La dernire tape consiste sauvegarder ce fichier sous le format .QES. Appuyer sur la touche F2 et slectionner l'option "sauvegarder sous". Taper le nom du fichier .QES. EX : enquete.qes (le fichier s'appellera enquete.qes, sera un fichier questionnaire, et sera plac par dfaut dans le rpertoire d'EPI6). Toutefois il est prfrable de sauvegarder l'ensemble des fichiers dans un rpertoire spcifique. EX: c:\noso\enquete.qes (le fichier s'appellera enquete.qes, sera un fichier questionnaire et sera plac dans un rpertoire "noso" que vous aurez cr prcdemment). Lorsque la sauvegarde est termine vous pouvez quitter l'diteur de texte (en appuyant sur la touche Fl0) pour revenir au menu d'EPI-INFO.

3.2.Cration du fichier de saisie (.REC)

Ce fichier sera celui utilis pour la saisie des donnes et constituera donc la base de donnes. Il est cr partir du module "ENTER saisie des donnes. Mode opratoire A partir du menu EPI-INFO, slectionnez l'option "Programme" puis "ENTER saisie des donnes". Sur la premire ligne : Fichier de donnes (REC) Vous devez donner un nom au fichier (.REC) que vous allez crer. Si vous souhaitez placer ce fichier dans un autre rpertoire que celui d'Epi-Info, vous devez lui spcifier le chemin. EX: c:\noso\enquete.rec le fichier enquete.REC sera ainsi cr et plac dans le rpertoire noso

Formation Epi-Info, CCLIN Paris-Nord, Sylvie MAUGAT

Dernire mise jour : le 10 mai 2004

Sur la deuxime ligne: Choix: Vous devez prciser l'option 2 "crer un nouveau fichier de donnes partir du fichier.qes". Sur la troisime ligne Vous devez valider votre choix (tapez o pour oui). Lorsque cette tape est ralise, le masque de saisie apparat et vous pouvez si vous le souhaiter commencer la saisie.

3.3.Restructuration de la base de donnes

Si vous souhaitez modifier la base de donnes (rajouter une variable, amliorer le masque de saisie), vous pouvez modifier le fichier questionnaire (.QES) et restructurer le fichier (.REC).

Mode opratoire Ouvrez le fichier questionnaire dans l'diteur de texte (touche F2, puis choisir ouvrir un fichier et tapez le chemin daccs de votre fichier .QES), puis apportez les modifications que vous souhaitez. Sauvegarder le fichier modifi (touche F9), sortir du module EPED (touche F10) et retourner dans le module saisie des donnes. Il faut dans ce cas choisir l'option 3 : restructuration du fichier base de donnes .

NB : ATTENTION, si vous avez dj saisi un certain nombre de fiches vous ne devez modifier ni
le nom et ni le format des variables. Dans le cas contraire, vous perdriez les donnes correspondantes.

3.4.Mise en place des contrles de saisie (.CHK)

Pour que la saisie des donnes se fasse dans de bonnes conditions, il est utile de placer un certain nombre de contrles destins viter les erreurs. Ces contrles sont raliss dans le- module CHECK "contrle la saisie". Mode opratoire A partir du menu EPI-INFO, slectionner l'option "Programme" puis "CHECK contrle la saisie". Sur la ligne: Fichier de donnes (REC) Vous devez entrer le nom du fichier base de sonnes (.REC) auquel vous voulez associer des contrles. Si ce fichier est dans un autre rpertoire que celui d'Epi-info, il vous faut encore une fois prciser le chemin d'accs.

Formation Epi-Info, CCLIN Paris-Nord, Sylvie MAUGAT

Dernire mise jour : le 10 mai 2004

Ds que vous validez ce nom de fichier .rec un cran semblable au masque de saisie apparat. Les 3 dernires lignes de lcran reprennent les touches de raccourci utiliser pour mettre en place les contrles.

3.4.1. Listes des contrles les plus frquents LE SAUT CONDITIONNEL : Il permet au cours de la saisie de sauter certains items qui n'ont pas tre remplis. EX : Si le patient n'est pas malade, le curseur va sauter les items dtaillant la maladie et se positionner directement sur la date de sortie. Malade (oui=l, - non=2) __ si oui, Type de maladie __ Traitement __ Date de sortie _______ Mise en place du saut : Malade (oui=l, non=2) si oui, Date de sortie Type de maladie Traitement 2 __ ___ ________ (entrez la valeur du code conditionnant le saut, puis appuyer sur la touche F7

(dplacer le curseur jusqu' date de sortie, et appuyez nouveau sur F7)

LES VALEURS LEGALES : Ce contrle permet d'numrer les valeurs pouvant tre entres pour un item, et vitent la saisie de valeurs aberrantes. Mise en place: Il suffit de positionner le curseur sur l'item concern, d'entrer le code lgal et d'appuyer sur la touche F6. Cette opration est renouveler pour chacun des autres codes.

LES VALEURS MINIMUN ET MAXIMUM : Ce contrle permet de dfinir les valeurs seuil d'un item. Mise en place: Il suffit de positionner le curseur sur l'item concern, d'entrer le code correspondant la valeur minimum accepte et d'appuyer sur la touche Fl. La mme opration est raliser pour la valeur maximum en utilisant cette fois ci la touche F2.

LA SAISIE OBLIGATOIRE : Vous permet de forcer la saisie de donnes que vous jugez primordiales. L'oprateur sera oblig de remplir ces items pour pouvoir continuer. Mise en place: Il suffit de positionner le curseur sur l'item correspondant et d'appuyer sur la touche F4. LES VALEURS REPETEES : Lorsque la valeur d'un item est la mme sur un grand nombre de fiches, il est avantageux que cette valeur soit saisie automatiquement l'ouverture d'une nouvelle fiche.
Formation Epi-Info, CCLIN Paris-Nord, Sylvie MAUGAT Dernire mise jour : le 10 mai 2004 9

Mise en place: Il suffit de positionner le curseur sur l'item correspondant et d'appuyer sur ta touche F3. De nombreux autres contrles peuvent tre dvelopps dans ce module, ils font appel des rudiments de programmation et sont trs bien dtaills dans le guide de l'utilisateur d'EPI 6 diffus par les ditions ENSP.

3.4.2. Suppression d'un contrle Tous les contrles peuvent tres supprims, soit en utilisant la touche "Ctrl + F6 ou F7 ou F8", soit en ditant le champ grce la touche F9 et en effaant les lignes correspondantes. Pour quitter le module CHECK, appuyez sur la touche Fl0, et enregistrez les donnes sur le disque. Lorsque le masque de saisie et les contrles sont en place, vous pouvez commencer la saisie de vos fiches.

3.5.Astuces
Pour ne pas ressaisir tout le questionnaire, vous pouvez, dans le logiciel Word, enregistrer le fichier (enquete.doc) en fichier texte (enquete.txt). Le fichier texte peut tre ouvert partir du module EPED dEPI INFO pour tre transform en .qes. 1/ Enregistrer sous 2/ fermer puis rouvrir le fichier .txt pour visualiser les modifications

3/ Procder aux mises en forme (ter les caractres 4/ Ouvrir le fichier dans EPED pour dfinir spciaux) les variables (nom et format)

Formation Epi-Info, CCLIN Paris-Nord, Sylvie MAUGAT

Dernire mise jour : le 10 mai 2004

10

4. Saisie des donnes

A partir du menu EPI-INFO, slectionner l'option Programme , puis "ENTER saisie de donnes". Sur la ligne : Fichier de donnes (REC) Vous devez donner le nom du fichier base de donnes (.REC) dans lequel vous souhaitez saisir de nouveaux enregistrements. Si ce fichier est dans un autre rpertoire que celui d'Epi-info, il vous faut encore une fois prciser le chemin d'accs. NB : si vous ne vous souvenez pas exactement du chemin d'accs taper, vous pouvez faire apparatre les fichiers et rpertoires en appuyant sur la touche F9. Puis slectionner le fichier de saisie. Ds que vous validez, le masque de saisie apparat l'cran.

4.1.La saisie
La saisie des donnes ne prsente pas de difficults particulires. Aprs l'entre des donnes du dernier champs, la question "enregistrer sur disque O/N" s'affiche en bas de l'cran. La rponse "0" fait sauvegarder l'enregistrement et amne l'cran l'enregistrement suivant

4.2.Recherche d'enregistrements dj saisis

Le numro d'enregistrement courant est toujours affich en bas droite de l'cran.

4.2.1. Pour retourner l'enregistrement prcdent ou aller au suivant Appuyez sur la touche F7 pour aller l'enregistrement prcdent, et F8 pour l'enregistrement suivant. Pour revenir une fiche vierge, appuyez sur la touche "Ctrl" et gardez la enfonce alors que vous tapez "N".'

4.2.2. Pour rechercher des enregistrements Vous pouvez rechercher des enregistrements selon des critres dfinis. Par exemple si vous souhaitez rechercher les hommes (H) prsent dans le service A : Appuyer simultanment sur les touches CTRL + F, une fiche vierge apparat l'cran, dans le champ SEXE taper H et A dans le champs service, puis appuyer sur la touche F3. Une liste des individus correspondant vous est propose.

Formation Epi-Info, CCLIN Paris-Nord, Sylvie MAUGAT

Dernire mise jour : le 10 mai 2004

11