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2010, Andr Bouchier (2 Mars 2010) http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.0/fr/ Le document L'analyse discriminante linaire by A.Bouchier est mis disposition selon les termes de la licence Creative Commons Paternit-Pas d'Utilisation Commerciale-Partage des Conditions Initiales l'Identique 2.0 France.
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1.Avant propos :
l Pr-recquis On suppose connues les bases de ce logiciel ainsi que quelques notions de statistiques concernant les analyses discriminantes linaires. l Les fonctions utilises : Il existe plusieurs bibliothques R permettant de faire des analyses discriminantes linaires. Les fonctions utilises pour cette analyse sont disponibles dans les bibliothques standard de R ainsi que dans les bibliothques klaR, MASS, cluster et mda. l Pour aider la comprhension, l'criture des programmes sera dtaille. Par la suite, vous pourrez condenser cette criture. Mais n'oubliez pas de les commenter abondamment.
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2.Rappels :
l L'analyse discriminante linaire s'effectue sur un tableau de donnes quantitatives dont les individus sont affects des classes. l Elle tente de dterminer la contribution des variables qui expliquent l'appartenance des individus des groupes. l On compare plusieurs groupes, sur plusieurs variables pour dterminer s'ils diffrent et pour comprendre la nature de ces diffrences. l L'analyse discriminante linaire permet aussi d'affecter de nouveaux individus aux groupes. l L'analyse discriminante linaire pas pas (stepwise) dtermine quelles sont les variables ncessaires et suffisantes pour affecter les individus aux bons groupes
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setosa 2
versicolor virginica
Component 2
-3 -3
-2
-1
-2
-1
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virginica 38
+ Sepal.Length
+ Petal.Length
+ Sepal.Width
+ Petal.Width
START
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Sepal.Length
Sepal.Length
i i i e ii e i i ee e i ii eei ii i e ee e ei i e ii i ii i i e e e e e e i e ee e e ii i i i ee ii e ee i i e e i e i i ee e e ee e e e 2 3 4 5 6
Sepal.Width app. error rate: 0.042 i i i i i i i i e e i e ei i i eee i i e e i i e ee i i i e i i ee i e eee i ii s e e e s e ee e i e e e i s eeee s s e s ss e s ss s ss s ee s s e i ss s s ss ss 0.5 1.0 1.5 2.0
2.0
s s s ss ss s s s s s s s s s s s s s s s s s s ss
2.5 s
3.0
3.5
i i i i i ii i i i ii
2.5
s 2.0
2.5
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1.5
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Petal.Width
Petal.Width
s s s s ss s s s s s s ss ss s s
Sepal.Length
3.0
3.5
Petal.Width
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3 3 1 1 2 3 3 3 2 1 1 2 2 2 1 1 1 2 2 2 1 2 2 2 2 1 2 2 2 2 2 2 2 2 22 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 3 2 3 22 2 3 3 3 3 3 3 3
3 3
3 3 3 3 3 3
Discriminant Var 2
1 1 1 11 1 1 1 1
1
1 1 1 1 1 11 1 1 1 1
33
3
3 3
33 3 3 3 3
-1
2
2
3 3 3
2 2 2
-2
3 2 2
-10
-5
0 Discriminant Var 1
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#L'analyse discriminante - une description graphique des groupes : #Analyse discriminante - on retient 4 variables explicatives
library(mda) discrim<-fda(Species~., data =ech)
#L'analyse discriminante linaire - le graphique : #les coefficients linaires #les moyennes par classe dans l'espace discriminant
Analyse discriminante linaire - Mars 2010 p.16/17
15.Quelques rfrences :
l Logiciel R : R Development Core Team (2004). R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria. ISBN 3-900051-07-0, URL http://www.R-project.org. l To cite klaR in publications use : Weihs, C., Ligges, U., Luebke, K. and Raabe, N. (2005). klaR Analyzing German Business Cycles. In Baier, D., Decker, R. and Schmidt-Thieme, L. (eds.). Data Analysis and Decision Support, 335-343, Springer-Verlag, Berlin. (in print) l To cite package 'mda' in publications use : S original by Trevor Hastie & Robert Tibshirani. R port by Friedrich Leisch, Kurt Hornik and Brian D. Ripley. (). mda: Mixture and flexible discriminant analysis. R package version 0.2-27.
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