BIOLOGIE

PrsentationdesLicencesSciencesetTechnologieetSant
LICENCE DE BIOLOGIE
20112014
2

Sommaire

Gnralits sur la licence mention Biologie 3
Organisation des tudes de la mention 10

1) L1 Portail SVT (S1 et S2) 12
2) L2 Gntique et Biologie Cellulaire (GBC) - Microbiologie (M) - Physiologie (P) 20
3) L2 Biologie des Organismes et des Populations (BOP) 33
4) L2 Mathmatiques et Informatique du Vivant (MIV) 44
5) L2 Biologie Gnrale, Sciences de la Vie et de la Terre (BGSTU) 59
6) Cursus Bio-concours 67
L3 (S5) Gntique et Biologie Cellulaire (GBC) - Microbiologie (M) - Physiologie (P) 77
L3 (S6) Gntique et Biologie Cellulaire (GBC) 81
L3 (S6) Microbiologie (M) 86
L3 (S6) Physiologie (P) 91
L3 Biologie des Organismes et des Populations (BOP) 98
L3 Mathmatiques et Informatique du Vivant (MIV) 108
L3 Biologie Gnrale, Sciences de la Vie et de la Terre (BGSTU) 124
L3 Biosciences (BS) 133
Comptences couvertes 141
Annexes 144
Fiche RNCP
Fiche diplme
TrIP

3

Gnralits sur la licence mention Biologie

Objectifs de la licence de Biologie

Lobjectif principal de la licence STS mention Biologie est dassurer une formation de base
dans les diffrents domaines de la biologie, allant des concepts de base jusquaux
dveloppements rcents des diverses disciplines que sont la biologie cellulaire, la biologie des
organismes et des populations, lcologie, lenvironnement, les biomathmatiques et les
bio-statistiques, la gntique, la biologie du dveloppement, la microbiologie, les neurosciences,
la physiologie
Ces formations sappuient sur les comptences des enseignants-chercheurs, membres des
nombreux laboratoires de recherche contractualiss dans ces domaines.

Secondairement, la demande de nombreux tudiants chaque anne, la licence mention
Biologie, en partenariat avec la licence mention Biochimie, souhaite proposer aux tudiants une
prparation au concours des coles nationales vtrinaires : cursus Bio-concours .

7 parcours

Gntique et Biologie Cellulaire (GBC)
Microbiologie (M)
Physiologie (P)
Biologie des Organismes et des Populations (BOP)
Mathmatiques et Informatique du Vivant (MIV)
Biologie Gnrale, Sciences de la Vie et de la Terre (BGSTU)
Biosciences (BS) parcours co-dirig par lUniversit Claude Bernard Lyon1 et lEcole
Normale Suprieure de Lyon (L3 uniquement).

Et un cursus :

Cursus Bio-concours : prparation au concours B ENV

Cette formation se fait uniquement en formation initiale.
4

Conditions dadmission

Accs en premire anne (L1) :
Baccalaurat (S de prfrence), ou quivalent
Etudiant-e-s UE : Accs sous condition de connaissance du franais (TCF niveau 4)
Etudiant-e-s hors UE : ncessit de DAP (demande dadmission pralable)
Etudiant-e-s coll-e-s de PACES (Premire anne commune de Sant) de Lyon : quivalences
avec des UE de L1 portail SVT

Accs en deuxime anne (L2) :
Etudiant-e-s ayant valid 60 crdits (ECTS) de L1 portail SVT de Lyon1.
Etudiant-e-s reu-e-s coll-e-s de PACES de toutes les universits franaises.
Sur dossier, aprs validation par la commission pdagogique de validation des acquis de
formation :
pour les tudiant-e-s titulaires dun BTS ou DUT
pour les tudiant-e-s issu-e-s des CPGE (Classes Prparatoires aux Grandes Ecoles)
pour les tudiant-e-s issu-e-s dune universit franaise, autre que Lyon1 ayant valid
60 ects, ou trangre (tudiant-e-s hors UE : ncessit de DAP).
Sur dossier et entretien pour le cursus Bioconcours (prparation au concours B des Ecoles
Nationales Vtrinaires)

Accs en troisime anne (L3) :
Etudiant-e-s ayant valid 120 crdits (ECTS) de la Licence STS mention Biologie
Sur dossier et entretien (tudiant-e auditeur-trice) et/ou sur concours (tudiant-e
normalien-ne) pour les tudiant-e-s qui choisissent le parcours Biosciences
Sur dossier, aprs validation par la commission pdagogique de validation des acquis de
formation :
pour les tudiant-e-s issu-e-s dune universit franaise, autre que Lyon1 ayant valid
120 ects, ou trangre (tudiant-e-s hors UE : ncessit de DAP).

5

Quelques donnes chiffres

Rpartition des effectifs globaux de la licence mention Biologie, par anne de formation et par
parcours, selon le diplme de fin dtude secondaire.
(la rubrique autres correspond aux tudiants trangers)

Devenir des tudiants de L1 portail SVT , lanne suivante :

41,25% en moyenne des tudiants issus du L1 portail SVT , continuent dans les 3 mentions proposes
Biologie , Biochimie , STU .

28,25% en moyenne des tudiants issus du L1 portail SVT , choisissent la mention Biologie en L2.
Depuis lanne universitaire 2006/2007, ce pourcentage est en rgulire augmentation passant de 26% en
2006/2007 30 % en 2008/2009.

Paralllement, le taux de redoublement est en lgre baisse sur ces 3 dernires annes passant de 22% en
2006/2007 17% en 2008/2009.

36,75% des tudiants abandonnent les formations Lyon 1, lissue du L1 portail SVT .
0%
20%
40%
60%
80%
100%
L1 L2 L3 GBC L3 M L3 P L3 BOP L3 M-Bio L3 MIV L3
BGSTU
L3 BS
autres
BAC ES+L
BAC tech+prof
BAC S
22%
28%
9%
3%
2%
36%
Devenir, en 2005/2006,
des t udiant s de L1 de 2004/2005
redoublement L1 L2 Biologie
L2 Bi ochimie L2 STU
autres formations Lyon 1 non rinscrits Lyon 1
Devenir , en 2007/2008,
des tudiants de L1 de 2006/2007
16%
29%
10%
3%
3%
39%
Devenir , en 2008/2009,
des tudiants de L1 de 2007/2008
17%
30%
11% 3%
2%
37%
6

Origine des tudiants inscrits en L2

En moyenne :
87,7% des tudiants de L2 mention Biologie taient inscrits Lyon 1 lanne prcdente
56,5% des tudiants de L2 taient en L1 portail SVT lanne prcdente
17,5% sont des tudiants redoublants de L2 mention Biologie
10,8 % sont tudiants reus-colls de PCEM1 et PCEP1 ; on assiste une augmentation croissante de ces
tudiants, passant de 8 ,6% en 2005/2006 13,6% en 2007/2008 (15% en 2008/2009, donnes de
septembre 2009)
2,9 % sont issus de dautres formations Lyon 1 (IUT, autres L2 Lyon 1, autres formations)

Devenir des tudiants de L2 mention Biologie, lanne suivante, Lyon 1

En moyenne 59,6% poursuivent en L3 mention Biologie ; 16,6% des tudiants de L2 redoublent ; 20,6% en
moyenne quittent luniversit Lyon 1 aprs le L2.

Inscrits L2 biologie
2006/2007
420
Devenir des L2 Lyon 1 2007/2008
L2 Biologie
(redoublement)
67 (16%)
L3 GBD 30
L3 microbiologie 45
L3 physiologie 49
L3 BOP 49
L3 M-Bio 21
L3 BGSTU 56
L3 BF 3
L3 MIV 2
Passage de L2 en L3 biologie 255 (60,7%)
Lic. Pro Lyon 1 5
Autres formations Lyon 1 4
Total : 331 (78,8%)
Etudiants quittant Lyon 1 89 (21,2%)
Inscrits L2 biologie
2007/2008
462
Devenir des L2 Lyon 1 2008/2009
L2 Biologie
(redoublement)
70 (15,1%)
L3 GBD 35
L3 microbiologie 29
L3 physiologie 53
L3 BOP 49
L3 M-Bio 21
L3 BGSTU 74
L3 BF 2
L3 MIV 8
Passage de L2 en L3 biologie 271 (58,6%)
Lic. Pro Lyon 1 2
Autres formations Lyon 1 4
Total : 366 (79,2%)
Etudiants quittant Lyon 1 96 (20,8%)
0%
10%
20%
30%
40%
50%
60%
7

Informations gnrales sur la licence de Biologie

La licence STS mention Biologie est compose dune anne de L1 commune tous les tudiants inscrits au
portail SVT (Biochimie, Biologie, Sciences de la Terre et de lUnivers).
Elle apporte une solide formation scientifique de base et est constitue de 8 UE scientifiques obligatoires
(3 UE de Biologie, 2 UE de Chimie Biochimie, une UE de Gologie, une UE de Mathmatiques, une UE de
Physique) et 2 UE transversales.
Lorientation dans la mention Biologie seffectue en deuxime anne (L2) par le choix dUE obligatoires de
Biologie. En raison dune mutualisation des UE dfinissant des troncs communs, le choix dune spcialisation
au sein de la mention Biologie, via des parcours, est progressif et peut tre fait soit en L2 (S3 ou S4), soit
retard, dans certains parcours, en L3 (S5 ou S6).

La mention se dcline en 7 parcours, constitus dUE obligatoires, dUE optionnelles et dUE libres,
correspondant diffrents domaines de la Biologie :
Parcours 1 : Gntique et Biologie Cellulaire (GBC)
Parcours 2 : Microbiologie (M)
Parcours 3 : Physiologie (P)
Parcours 4 : Biologie des Organismes et des Populations (BOP)
Parcours 5 : Mathmatiques et Informatique du Vivant (MIV)
Parcours 6 : Biologie Gnrale Sciences de la Terre et de lUnivers (BGSTU)
Parcours 7 : BioSciences (BS), parcours co-dirig par lUniversit Claude Bernard Lyon1 et lEcole Normale
Suprieure de Lyon (L3 uniquement).

La licence mention Biologie sorganise en 6 semestres de 30 ects chacun. Pour chaque semestre, les
enseignements sont rpartis dans 5 UE de 6 ects. Nanmoins, en L3, dans les parcours BGSTU et BS,
quelques UE sont 3 ects.
Toutes les UE de L1 et toutes les UE obligatoires de L2 sont ouvertes aux deux semestres de lanne (sauf
dans le parcours BGSTU).
En L1 et L2, un semestre est constitu de 80 % dUE scientifiques et de 20% dUE transversales (sport,
langues, sciences humaines et sociales).
En L3, selon les parcours, lenseignement scientifique reprsente entre 80 et 90%.
Au cours de ses 3 annes de Licence, ltudiant peut remplacer une UE transversale par lUE engagement
citoyen

Tous les parcours offrent la possibilit aux tudiants deffectuer un stage pr-professionnalisant dans un
organisme public ou priv.
En effet, les parcours GBC, Microbiologie, Physiologie, BOP et MIV proposent lUE conduite de projet 6
ects. Le parcours BGSTU impose l UE de prprofessionnalisation aux mtiers de l'enseignement.

Par ailleurs, le parcours GBC propose une UE de TP Gntique et biologie cellulaire (S6 parcours GBC) Cette
UE est un stage de travaux pratiques temps plein, qui permet l'apprhension de la dmarche exprimentale
avec les outils actuels de la gntique et de la biologie cellulaire.

Une UE, similaire sur la forme, est galement propose dans le parcours Microbiologie. Ces UE, dont le
volume horaire est volontairement important (80h), sont pr-professionnalisantes, car elles permettent de
mettre les tudiants dans les conditions de travail en laboratoire pendant prs de 3 semaines conscutives.
Elles correspondent ainsi l'quivalent d'une UE obligatoire de stage en S6 quand celui-ci s'effectue dans
un laboratoire de recherche.
8
La licence STS mention Biologie est compose dune anne de L1 commune tous les tudiants inscrits au
portail SVT (Biochimie, Biologie, Sciences de la Terre et de lUnivers).

Parcours Gntique et Biologie cellulaire (GBC), Microbiologie (M) et Physiologie (P)
L'anne L2, semestres 3 et 4, est commune aux 3 parcours. Elle est compose de 5 UE obligatoires de
biologie permettant de consolider et dlargir la formation en biologie cellulaire, gntique, microbiologie, et
physiologie. Les autres UE (1 UE de biochimie, 1 UE au choix de biomathmatiques ou chimie ou physique et 1
UE optionnelle) permettent de complter ou d'largir les comptences dans d'autres domaines. Deux UE
transversales (TR3 et TR4) sont galement obligatoires.
L'anne L3 : le semestre 5, commun aux 3 parcours, permet des passerelles entre ces parcours jusquau
dbut du semestre 6 ; le semestre 6 apporte la spcialisation soit en Gntique et Biologie Cellulaire, soit
en Microbiologie, soit en Physiologie, avec une solide formation exprimentale par des travaux pratiques sous
forme de stage.

Parcours Biologie des Organismes et des Populations (BOP)
Lanne L2, semestres 3 et 4, comprend 3 UE obligatoires et 3 UE optionnelles de Biologie, permettant de
couvrir les domaines essentiels de la biologie des organismes et d'aborder l'cologie. Les autres UE
permettent de complter les comptences en biochimie et en mathmatiques appliqus la biologie. Deux UE
transversales (TR3 et TR4) sont galement obligatoires.
Lanne L3 (semestres 5 et 6) est une anne de formation avance permettant d'acqurir les mthodes et
concepts actuels de l'cologie et de l'volution. Elle est organise autour d'un premier semestre 5 UE
obligatoires, et d'un second avec 2 UE obligatoires et 3 UE choisir dans une liste diversifie, permettant
ainsi d'envisager une offre assez large de masters.

Parcours MIV
Il s'agit d'un parcours interdisciplinaire dont l'objectif est de former des tudiants:
1) tablir le dialogue entre les Sciences de la Vie, les Mathmatiques et l'Informatique puis mettre en
uvre des techniques adaptes.
2) analyser et interprter des donnes biologiques puis en extraire des informations pertinentes en vue de
la comprhension et de la modlisation des processus impliqus.
Lanne L2, semestres 3 et 4, comprend 3 UE obligatoires de Biologie et 2 UE obligatoires de
Mathmatiques. Trois UE optionnelles permettent de complter les comptences en biologie et/ou en
mathmatiques. Deux UE transversales (TR3 et TR4) sont galement obligatoires.
Lanne L3 (semestres 5 et 6) est une anne de spcialisation en Bio-mathmatiques et Bio-informatique..
Elle est organise autour 5 UE obligatoires, 4 UE optionnelles choisir dans une liste diversifie dUE de
Biologie ou Mathmatiques ou informatique et 1 UE transversale.

Parcours BGSTU
Le parcours BGSTU est destin la formation des tudiants souhaitant devenir enseignants dans le primaire
ou le secondaire.
Le L2 et le L3 sont propres ce parcours avec uniquement des UE obligatoires couvrant une grande partie
des domaines des Sciences de la Vie (Biologie Cellulaire, biochimie, gntique, Biologie et physiologie
animales, Biologie et physiologie vgtales) et des Sciences de la Terre et de lUnivers qui reprsentent 1/3
des enseignements. Les enseignements multidisciplinaires permettent de couvrir une trs grande partie des
programmes des concours de recrutement de l'ducation nationale.
En L3 apparat une UE de prprofessionalisation aux mtiers de l'enseignement, fondamentale pour
l'accs l'IUFM et la formation des tudiants se destinant au mtier d'enseignant (stage en tablissement
scolaire, confrences par des enseignants de lIUFM).
9
Parcours Biosciences (BS)
C'est un parcours co-organis par l'Ecole Normale Suprieure de Lyon et l'Universit Claude Bernard
Lyon 1. Le parcours accueille des tudiants issus de classes prparatoires, des tudiants issus de L2, de BTS
et dIUT, ainsi que des tudiants en mdecine ou en pharmacie effectuant un double cursus.
Cest un parcours slectif orient vers la recherche et lenseignement suprieur. Le parcours est le plus ou-
vert possible tous les champs disciplinaires de la biologie et permet ses tudiants de sinvestir en master
avec succs dans nimporte quel domaine.
Le semestre S5 est compos dUE obligatoires qui consolident et largissent les pr-requis de niveau CPGE
ou L2, dans les domaines de la biochimie, de la biologie cellulaire, des sciences de lvolution, et des outils
statistiques et bioinformatiques. Un accent fort est mis sur les TP.
Le semestre S6 contient environ deux tiers dUE obligatoires dans les domaines de la gnomique, de la
physiologie, du dveloppement. Le semestre contient aussi 3 UE thoriques (9 ECTS) et 2 UE pratiques (6
ECTS) au choix permettant ltudiant de se construire un parcours personnalis. Ici encore un place
importante est laisse la pratique.
Le parcours insiste aussi tout au long de lanne sur lacquisition de comptences scientifiques transversales
via des modules ddis (Analyse bibliographique, entranement aux sminaires, outils statistiques, anglais
scientifique) et via une pratique intgre aux autres modules (TD, exposs oraux, rdaction de rapports...)

Le cursus Bio-concours
Le cursus Bio-concours permet la prparation aux concours B des Ecoles Nationales Vtrinaires (ENV)
est propos par le dpartement de Biologie avec le soutien du dpartement de Chimie-Biochimie, au sein de la
facult des Sciences et Technologies.
Le cursus Bio-concours correspond une deuxime anne de Licence Sciences, Technologies, Sant
mention Biologie (S3 et S4) amnage pour les tudiants souhaitant passer ces concours en fin de L2. En
cas dchec aux concours, il donnera accs tous les parcours de L3 mention Biologie et Biochimie, sous
rserve de validation des S3 et S4.
Au niveau du L2, le cursus Bio-concours correspondra 10 UE dont la validation permettra lacquisition
dects (6 ects par UE, soit 60 ects pour S3 et S4), ainsi que de deux UE supplmentaires (intitules
Bio-concours TD ) permettant de prparer spcifiquement les tudiants aux preuves des concours. Ces
deux UE supplmentaires ne seront pas valides par des ects et font lobjet dune demande dAEU.
Parmi les dix UE donnant lacquisition dects, 8 existent dj dans loffre de formation actuelle des
dpartements de Biologie et Chimie-Biochimie. Deux UE nouvelles seront proposes, lune dpendant du
dpartement de Biologie et lautre du dpartement de Chimie-Biochimie.
Laccs au cursus Bio-concours se fera aprs slection sur dossier pour des tudiants issus de la
premire anne de Licence (portail SVT) ou tant accepts en L2 par quivalence (tudiants issus des
classes prparatoires aux grandes coles par exemple). Le cursus Bio-concours sera accessible au
maximum 18 tudiants chaque anne.
10

Organisation des tudes de la mention Biologie
11

1
re
anne
12

Portail SVT - L1 - 1re anne - Semestres 1 et 2 (60 ECTS)

La 1re anne est commune aux 7 parcours :

Microbiologie (M)
Physiologie (P)
Biologie Gnrale Sciences de la Terre et de lUnivers (BGSTU)
Biosciences (BS)

Descriptif des UE

Mathmatiques pour les Sciences de la vie BIO1004L
ECTS
Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
6
24 25.5 10.5 9
PROGRAMME DE LUNITE DENSEIGNEMENT :

L'objectif de l'U.E. Mathmatiques pour les Sciences de la Vie est de faire dcouvrir aux tudiants la ncessit d'une
approche quantitative des phnomnes du vivant, par l'apprentissage d'outils mthodologiques simples d'aide
l'analyse et l'interprtation dans des domaines trs varis : l'cologie, la gntique, la biochimie, la pharmacologie,...
L'U.E. comprend une partie Analyse (1/3) et une partie Probabilits-Statistique (2/3).

Les Cours Magistraux (CM), synthtiques, sappuient sur un cours complet disponible (en libre accs) sur le site Web
http://mathsv.univ-lyon1.fr . L'agenda en ligne permet une gestion hebdomadaire des relations avec les tudiants en
leur indiquant les chapitres de cours prparer. Des QCM en ligne sont galement disponibles afin de leurs permettre
de contrler leurs connaissances sur chacun de ces chapitres de cours. Enfin, des exercices, corrigs en ligne,
jalonnent les cours dans le but dillustrer la diversit des concepts mathmatiques qui sont abords dans l'U.E.

Les Cours s'accompagnent de Travaux Dirigs (T.D.) dont l'objectif est l'approfondissement des connaissances
mthodologiques par la rsolution d'exercices d'application mais aussi de problmes de modlisation, c'est--dire de
mise en quation d'un processus biologique.

Les Travaux Pratiques (T.P.) ont la particularit de se faire en salle informatique sur la base d'une pdagogie active
dite d'Apprentissage Par Problme dont l'objectif est double : (1) rendre les tudiants acteur de leur apprentissage par
une mise en situation relle ; (2) leur permettre d'acqurir des comptences interdisciplinaires en modlisation. Par
l'intermdiaire de la ralisation d'expriences virtuelles, les tudiants acquirent des donnes exprimentales, qu'ils faut
ensuite dcrire et analyser avec la palette des outils vus en CM et en TD.

Dans le cadre du Plan Russite en Licence, l'valuation de l'U.E. se fait entirement sous forme de Contrle Continu et
des heures de soutien sont proposes, l'issue des valuations de milieu de semestre, aux tudiants les plus en
difficult.
S1-S2
GBC
M
P
BOP
MIV
BGSTU
BS
13

Gntique 1 BIO1003L

Geosciences 1
ECTS
6
27 20 12
3h Plan Licence

L'unit d'enseignement Gntique 1 vise harmoniser les connaissances de gntique dj acquises avant l'entre
l'universit, de les approfondir et les mettre en perspective dans la biologie d'aujourd'hui, pour aider l'tudiant mieux
apprhender les questions et dbats lis la gntique rgulirement rapports par les mdias.

Cette UE est compose de trois parties complmentaires :
1- La gntique molculaire : la nature du gne, la rplication de l'ADN et le fonctionnement du gne : transcription,
traduction et mcanismes de rgulation de l'expression gnique.

2-La gntique mendlienne, qui traite du fonctionnement des gnes et du contrle de leur expression. Cycles de
reproduction et cycle cellulaire. Modalits de transmission des gnes d'une gnration l'autre travers la miose.
Consquences de l'expression des gnes au niveau de la ralisation du phnotype dans la cellule et l'organisme entier.
Relations gnotype-phnotype, dominance et rcessivit, test de complmentation et interaction entre gnes.

3- Techniques d'ingnierie gntique, leurs principes et applications dans les laboratoires de recherche, les industries
pharmaceutiques, agroalimentaires. Techniques de clonage, de raction de polymrisation en chane (PCR).

Ces enseignements seront dclins sous forme de cours (27 h), de travaux dirigs (20h) et de travaux pratiques (12h).
Dans le cadre du plan de russite en licence, 3 heures de travaux dirigs de soutien seront proposs aux tudiants en
difficult.

ECTS
6
25 20 15


Objectifs gnraux :
Le module Gosciences 1 a pour objectif de fournir un enseignement d'introduction aux sciences de la Terre o sont
dispenses les bases de la gologie et de l'volution du monde vivant. Les enseignements magistraux sont complts
et illustrs par des TD de gologie globale et des TP dvolution. Enfin, les TP de gologie rgionale et la sortie de
terrain (mont dor lyonnais) permettront aux tudiants de mieux connatre leur environnement gologique proche.

Contenu pdagogique :
Cet enseignement intgr, montrant les phnomnes gologiques et volutifs diffrentes chelles, est caractris par
un bon quilibre entre les CM (25hs), TD (20hs) et TP+Terrain (15hs). Il est compos de la faon suivante :
- C.M. : Gologie gnrale + Evolution

- T.D. : Chronologie, minralogie, plantologie, dynamique interne et externe, sismologie, tectonique des pla-
ques, chanes de montagne, gologie applique ;

- T.P. de gologie rgionale + Terrain : la carte topographique, la gomtrie du plan et les structures gologi-
ques, gologie du Mont dOr lyonnais et la sortie de terrain ;

- T.P. dvolution : plan dorganisation des cphalopodes et les chinodermes ; exemples de phnomnes
volutifs chez ces groupes.

S1-S2
GBC
M
P
BOP
MIV
BGSTU
BS
14

De la cellule a lorganisme BIO1002L

Biomolcules-B BCH1002L
ECTS
6
22 (physio)
12 (bio cell)
3 (physio)
6 (bio cell)
0 (physio)
12 (bio cell)
aucun 7.5 (physio)
3.5 (bio cell)

Biologie cellulaire :
Thorie cellulaire ; niveau d'organisation des tres vivants ; anatomie ultrastructurale des cellules eucaryotes (animale
et vgtale) ; notion de trafic intracellulaire ; tissus animaux.

Physiologie animale: Introduction aux grandes fonctions physiologiques (rein, cardiovasculaire, digestion, respiration,
systme nerveux : voies sensorielles et motrices).

ECTS
6
31,5 22,5 6

Chimie
Rappels sur les concentrations et la prparation de solutions
Proprits particulires de leau
Les forces intermolculaires
Calcul du pH des solutions aqueuses

Biochimie
Les Acides Amins, la liaison peptidique, les peptides
Les diffrents niveaux de structure de protines (structure primaire, structure secondaire, structure tertiaire, structure
quaternaire, premiers lments sur la relation structure fonction)
Les Acides nucliques
-les nuclotides
-les polynuclotides : ADN, ARN
Les applications de la Biochimie et de la Biologie molculaire dans diffrents secteurs industriels.

Afin dinitier les tudiants la manipulation en laboratoire, deux sances de Travaux Pratiques sont organises autour
de la technique de spectrophotomtrie (dosage) et autour des acides amins.

S1-S2
GBC
M
P
BOP
MIV
BGSTU
BS
15

Biomolcules A BCH1001L
ECTS
6
29 24 6 - 10,5

Programme :
Bases de la chimie organique
* Orbitales, rgle de duet/octet, notion de l'lectrongativit, tableau priodique, notion de constitution, structures de
Lewis
* Nomenclature gnrique et systmatique
* Notion de fonction
nomenclature systmatique et structure
isomrie de position et de constitution
tautomrie
* Stroisomrie
reprsentations perspectives/Cram/projectives
isomrie de conformation et de configuration
* Effets lectroniques, acidit/basicit des composs organiques
* Ractions principales : homolyse, htrolyse, nuclophilie, lectrophilie, tat de transition, intermdiaires
ractionnels, addition, limination, substitution

Biochimie : glucides, lipides
* Glucides : structure, proprits, mthodes de sparation et de dosage
Oses
Oligosides et polyosides
Htrosides
* Lipides : structure, proprits, mthodes de sparation et de dosage
Acides gras
Homolipides (acylglycrols, cholestrol)
Htrolipides (glycrophospholipides, sphingolipides)
Structure des membranes biologiques

Objectifs :
- Acqurir des connaissances fondamentales en Chimie organique et en Biochimie structurale afin de comprendre les
proprits physico-chimiques des glucides et lipides.
- Connatre la fonction biologique des glucides et lipides naturels et connatre quelques applications industrielles de ces
biomolcules.
- Mettre en uvre des techniques simples de sparation et de dosage des glucides et des lipides. Apprendre
analyser des rsultats exprimentaux, apprendre rdiger un compte rendu dexpriences.

S1-S2
GBC
M
P
BOP
MIV
BGSTU
BS
16

Biologie des organismes 1 BIO3001
Physique pour les SVT PHY1004L
ECTS

30 30 6

LUE est divise en deux parties prsentant les organismes animaux et vgtaux.

Partie " Biologie des Organismes Vgtaux" : Structure des plantes et adaptation au milieu terrestre.
Le cours traite de la construction de lappareil vgtatif des plantes suprieures partir des mristmes (tissus,
croissance et organogense) de l'organisation de la tige, de la racine et de la feuille, et des bourgeons (ramification,
architecture).
Les TP sont consacrs la caractrisation de l'appareil vgtatif l'aide d'une approche histologique, anatomique et
morphogntique de lappareil vgtatif. Les observations portent sur les structures spcifiques des diffrents organes.

2- Partie " Biologie des Organismes Animaux" : Plans d'organisation et volution des Mtazoaires.
Cet enseignement prsente les principaux embranchements (dveloppement, plans d'organisation, structure et
fonctions des organismes) dans une perspective phylogntique. Les TP comportent une introduction aux techniques
d'observations ainsi qu'une tude des principaux plans d'organisation par dissections et observations de lames
microscopiques. Cours et TP sont fortement lis.


Ce cours de physique se scinde en deux parties :
Optique Gomtrique : Miroir plan, Dioptre plan, Dioptre sphrique, Lentilles minces, L'il et ses dfauts, Correction
des dfauts de l'il, Instruments optiques
applications : rfractomtrie, microscopie, photoabsorption

Electricit :courant continu. Electrostatique (Champs, Potentiel, Diples), Proprits lectriques de la matire,
Electrocintique (Conduction dans liquides et solides, Loi d'Ohm et Lois de Kirchoff)
Applications : phnomnes biologiques (neurones) et phnomnes naturels (foudre), thrapie (dfibrillateur)

Objectifs de lunit denseignement :
Comptences mthodologiques : connaissances de base ncessaires l'utilisation des outils utiliss dans les sciences
de la vie et de la terre (ex : microscope optique, interactions lectriques au sein d'un milieu vivant, mesure de signaux
lectriques dans un milieu, visualisation d'un signal sur un oscilloscope...)

Comptences techniques :
Microscopie optique, montage d'un circuit lectrique, mesures de courants et tensions, utilisation d'un oscilloscope
(permettant de comprendre le fonctionnement d'un appareil de mesure associ un logiciel permettant la visualisation
d'un signal).

Secteurs dactivit concerns :
Sciences du vivant et de la terre
Secteur biophysique
Dveloppement des biotechnologies en connexion directe avec la physique

Conditions daccs :
Les bases de mathmatiques simples (fractions, somme de fractions, trigonomtrie, vecteurs, nombres scalaires) sont
recommandes

ECTS
6
21 12 14 0 0
S1-S2
GBC
M
P
BOP
MIV
BGSTU
BS
17

Transversale 1 TVL1004L

ECTS Cours (h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
PCII (4 ECTS) 12h 15h 24h 32h
EPS (2 ECTS) 18 h
ANGLAIS DEBUTANTS (0 ECTS) 60h

PCII (Pratique et Comptences Informatique et Internet) :
Cette lment constitutif de l'UE transversale 1 dispense la formation thorique et pratique pour la comprhension de
loutil informatique, et apporte une grande partie du rfrentiel de comptences du C2i niveau 1.
Le programme comprend quatre parties :
Environnement : systmes (Windows XP, linux) ; Architecture matrielle et logicielle ; Gestion des fichiers ; Codage
de linformation ; rseaux.
Communication : web (configuration du navigateur ; utilisation du bureau virtuel rgional ; messagerie lectronique.
Bureautique : traitement de texte ; tableur : prsentation assiste par ordinateur ; notions de base de donnes ;
publipostage.
Programmation : cration de page web (HML) ; initiation la programmation

Afin de prendre en compte le fait qu'une part croissante des tudiants a des connaissances de l'outil informatique, un
test de positionnement est ralis en dbut de semestre afin de rpartir les tudiants en deux groupes de niveau :
- niveau 1 : tudiants qui ont chou au test de positionnement. Ils suivent les modules commun , base et
avanc
- niveau 2 : tudiants ayant russi le test de positionnement. Ils suivent les modules commun et avanc .
Le module commun suivi par tous, dispense les connaissances ncessaires la prise en main des outils de
l'universit (plateforme pdagogique, bureau virtuel...). C'est la fin de ce module qu'a lieu le test de positionnement.
Le module de base est une mise niveau destine aux tudiants ayant chou au test de positionnement : prise en
main de lordinateur, utilisation basique des outils de bureautique et de communication.
Le module avanc permet datteindre le niveau de comptence requis en informatique pour la poursuite dtudes
scientifiques : (bureautique avance, configuration dun systme, initiation programmation) et pour lobtention du volet
informatique du C2i niveau 1. Ce module est suivi par tous les tudiants quils aient d suivre le module base ou
en aient t dispenss.

EPS :
Cette formation vise dvelopper chez ltudiant les qualits de communication, la prise de responsabilits et les
capacits travailler en quipe. Elle lui permet galement dlaborer et de mener terme des projets travers la
pratique des activits physiques, sportives et artistiques. Deux niveaux de pratique sont possibles :
Niveau 1 Initiation et Perfectionnement : Il sagit de suivre un cours dducation physique et sportive dans une
activit au choix, avec un enseignant spcialiste, o les objectifs sont dacqurir des savoirs faire et des savoirs tre
lis cette activit.
Niveau 2 Pratique Sportive Comptitive : Il sagit de pratiquer une activit physique et sportive dans un cadre
associatif et comptitif. Cette pratique a pour but de dboucher sur des comptitions interuniversitaires organises par
le Comit Rgional du Sport Universitaire (CRSU) de Lyon.

ANGLAIS - DEBUTANTS :
Le pr-requis est de navoir jamais tudi langlais. Lobjectif est de donner les bases pour intgrer les cours danglais
de lUE Transversale 2. Lenseignement est sanctionn par une note qui sera intgre dans la note finale danglais de
lUE Transversale 2.

S1-S2
GBC
M
P
BOP
MIV
BGSTU
BS
18

ECTS Cour(h) T.D. (h) T.P. (h) Stage (semaines) Soutien (h)
RECHERCHE DOCUMENTAIRE (1
ECTS)
9h

ANGLAIS (2 ECTS) 20h

PEL2 (2 ECTS) 1h30 6h

EPS (1 ECTS) 18h


RECHERCHE DOCUMENTAIRE :
Elaborer une stratgie de recherche en fonction de ses besoins dinformation, rechercher efficacement des ouvrages,
des articles ou des informations sur le web et valuer les rsultats de ses recherches sont des comptences
indispensables tout tudiant qui souhaite russir lUniversit.
Pour rpondre ces objectifs, lenseignement est centr sur trois axes :
- acquisition de connaissances : notions sur les diffrents types de documents et doutils, citation de rfrences
bibliographiques, classification en bibliothque
- acquisition de savoir-faire : manipulation de catalogues et des bases de donnes tels que le catalogue Lyon 1, le
SUDOC, le Kompass ou les Techniques de lIngnieur, recherche avance sur le web et utilisation de moteurs de
recherche scientifiques
- acquisition des comptences danalyse et de synthse : mthodologie de type schma heuristique, stratgie de
recherche, valuation de linformation.
Cet enseignement permet de couvrir certains lments du rfrentiel du C2i niveau 1.

ANGLAIS :
Lenseignement est dispens partir du second semestre de la premire anne avec les objectifs suivants :
-Obtenir le niveau A2 du cadre europen de rfrence.
-Pouvoir sexprimer simplement, clairement et sans apprhension loral.
-Acqurir langlais de survie (situations, vocabulaire essentiel, etc...).
-Comprendre le sujet dun document oral ou crit et pouvoir le restituer simplement loral.-Acqurir des mthodes
dapprentissage adquates.

PEL2 : Dcouvrir les ralits professionnelles
Le PEL2 (Projet de lEtudiant de Licence) demande aux tudiants de prendre des contacts avec les milieux
professionnels et ainsi de confronter aux ralits leurs reprsentations des activits professionnelles envisages: une
dmarche active de recherche et de traitement de l'information est requise.
- une sance en amphi prcise les objectifs et les modalits ;
- trois sances en groupes de TD permettent daccompagner la dmarche ;
- ltudiant restitue les rsultats de son travail en rdigeant un dossier ;
- il doit enfin, lors dune quatrime sance de TD, participer un expos oral par quipe en sappuyant sur un poster.
Notons que le dossier de PEL2 est loccasion de mettre en pratique sans attendre les techniques de recherche
documentaire apprises au mme semestre.

EPS :
Cette formation vise dvelopper chez ltudiant, les qualits de communication, la prise de responsabilits et les
pratique des activits physiques, sportives et artistiques.

Deux niveaux de pratique sont possibles :
Niveau 1 Initiation et Perfectionnement : Il sagit de suivre un cours dducation physique et sportive dans une activi-
t au choix, avec un enseignant spcialiste, o les objectifs sont dacqurir des savoirs faire et des savoirs tre lis
cette activit.

Niveau 2 Pratique Sportive Comptitive : Il sagit de pratiquer une activit physique et sportive dans un cadre

S1-S2
GBC
M
P
BOP
MIV
BGSTU
BS
19

2
me
anne
20
L2 - 2me anne - Semestre 3 (30 ECTS)

Les UE du semestre 3 de la L2 sont communes aux parcours :

Microbiologie (M)
Physiologie (P)

Descriptif des UE

Gntique 2 BIO2013L
ECTS
6
25,5 21 9

Le dterminisme gntique et la transmission des caractres sont tudis en considrant les organismes dans leur
complexit et face leur environnement rel (naturel ou anthropis).
Les connaissances acquises dans l'UE Gntique 1 seront compltes par l'tude des diffrents compartiments du
gnome (nuclaire et extra-nuclaire), l'hrdit non mendelienne des caractres, leur variabilit et expression
phnotypique, ainsi que leur mode de transmission l'chelle des populations avec une introduction la gntique des
caractres quantitatifs. Les applications dans les domaines de la sant (pidmiologie des maladies gntiques,
volution des rsistances), l'amlioration et la gestion des ressources gntiques en agronomie ainsi la comprhension
des mcanismes gntiques de la rponse des organismes aux variations de leur environnement seront prsentes.
Cet enseignement aborde aussi les concepts de base pour comprendre les mcanismes gntiques de l'volution des
espces. Il introduit l'utilisation des outils statistiques et de modlisation en gntique.

C.M. :
-Hrdit non mendelienne: nuclaire, mitochondrial, chloroplastique, symbiotique , notion de phnotype tendu
-Gntique des Populations : notion de polymorphisme, quantification de la variabilit gntique (frquences allliques,
htrozygotie), transmission des gnes dans les populations (quilibre de Hardy Weinberg, notion de dsquilibre
gamtique), influence des rgimes de reproduction (consanguinit) et des pressions volutives (mutations, migrations,
slection, drive gntique).
-Gntique quantitative : relation gnotype-phnotype, normes de raction, effets des gnes (additivit, dominance,
interactions et pistasies), hritabilit, slection et amlioration gntique, cartographie et QTL.

T.D. :
Calcul et estimation des frquences allliques. Indices de diversit gntique. Test de l'quilibre de Hardy-Weinberg
(dialllique et multi-allliques). Diagnostic des maladies gntiques dans les gnalogies. Transmission de plusieurs
gnes (dsquilibre gamtique). Calcul du coefficient de consanguinit, valeur slective et modle de slection.
Simulation du processus de drive gntique. Valeur phnotypique et gnotypique moyenne d'une population pour des
caractres quantitatifs. Mesure et estimation de la variance gntique, variance additive, variance de dominance et
mesure de l'hritabilit.

T.P. :
-Analyse molculaire de la diversit gntique : polymorphisme ADN rvl par des marqueurs microsatellites chez la
Drosophile et par PCR-RFLP chez l'homme
-Simulation de l'volution gntique d'une population sur ordinateur

S3
GBC
M
P
21

Microbiologie 1 BIO2015L
ECTS
6 36 6 12

L'objectif de ce module est de donner aux tudiants des diffrentes Licences les bases thoriques et exprimentales
particulires l'tude des micro-organismes. Il permettra d'apporter les connaissances indispensables la
comprhension (ultrieure) de la place des micro-organismes dans les cosystmes et de montrer l'intrt du modle
microbien en biologie et gntique des populations, en biologie cellulaire et physiologie, ainsi qu'en gntique
microbienne.
Les axes majeurs du cours seront : lorganisation fonctionnelle des Procaryotes, la croissance microbienne et les effets
des antibiotiques, le mtabolisme microbien, lorganisation fonctionnelle des levures et des champignons filamenteux,
les virus et cycles infectieux.

Les TD et TP permettent dinitier les tudiants la manipulation, lobservation, le dnombrement des microorganismes
en leur enseignant les rgles de scurit qui simposent en Microbiologie :
Techniques cytologiques et cytochimiques d'tudes des micro-organismes: bactries (observations vitales et
colorations spcifiques), levures, moisissures (observation d'hyphes, appareils de reproduction vgtative)
Techniques de base utilises en microbiologies: strilisations, isolement, cultures pures, notions de milieux
complexes/lectifs/slectifs
Mthodes de dnombrement (UFC, MPN)

Le secteur d'activit concern est la formation de base en biologie pour poursuivre en cologie, gntique, et biochimie
microbienne.

Cette UE est fortement conseille pour accder aux licences Pro Microbiologie industrielle et biotechnologie
et Technologies en physiologie et physiopathologie

S3
GBC
M
P
22

Enzymologie et mtabolisme BCH2008L

ECTS
6
25.5 18 13.5

1- C.M.
A ENZYMOLOGIE
Le vocabulaire
La reconnaissance Enzyme-Substrat
Spcificit de raction enzymatique et de substrat, de localisation
Classification des enzymes
Notion d'ordre de raction (0 et 1).
Cintique des ractions enzymatiques l substrat. Dtermination de la vitesse de raction, notion de vitesse initiale ;
quation ractionnelle de Michalis Menten : reprsentations graphiques (Michalis et Menten ; Lineweaver et Burk ),
dtermination de KM , VM et k cat ; influence de la temprature et du pH. Notion d'inhibitions simples rversibles
(Comptitive, Non Comptitive, Incomptitive).
Notions sur les enzymes plusieurs substrats et les enzymes allostriques.
Analyses enzymatiques
Exemples d'applications industrielles des enzymes.

B BIOENERGETIQUE
Potentiels d'oxydorduction, liaisons riches en nergie.
Chane respiratoire- transport des lectrons, phosphorylation oxydative

C METABOLISME
Le vocabulaire
Etude des grandes voies mtaboliques :
Mtabolisme du glucose (glycolyse ) et des principaux hexoses, le carrefour mtabolique du pyruvate, le Cycle de
Krebs, -oxydation et biosynthse d'un acide gras, les transaminations et mtabolisme de quelques acides amins.
Vue d'ensemble du mtabolisme, noglucognse, compartimentation cellulaire

2- T.D.
Exercices d'application illustrant les diffrents thmes abords dans le cours

3- T.P.
La Phosphatase alcaline : dtermination du pH optimum, cintique, dtermination de Km et Vm, Activit spcifique
La Lactate dshydrognase: purification, dosage d'activit, exploitation des rsultats par des techniques
complmentaires ( gel non dnaturant... )
Oxygraphie: tude de la chane respiratoire, dtermination de rapport P/O, inhibiteurs.

Comptences acquises :
Mthodologiques : Connaissances fondamentales en Enzymologie, bionergtique et mtabolisme
Techniques : Mise en uvre de mthodes exprimentales classiques dans les secteurs biochimiques concerns :
dosages spectrophotomtriques, chromatographies, oxygraphie...
Secteur dactivit concern : Biologie, biochimie.

S3
GBC
M
P
23

Vous devez choisir une UE parmi Bio-mathmatiques, Chimie ou Physique

Biostatistiques et bioinformatique (optionnelle) BIO2006L

Chimie gnrale (optionnelle) CHM1002L
ECTS
6
21 22,5 12 0 0

Le cours de Statistiques prsente les principaux outils mthodologiques ncessaires l'analyse et la comprhension
de phnomnes biologiques simples. Un rappel des outils vus en L1 permettra une mise niveau pour les tudiants
intgrant directement en L2 : les statistiques descriptives, les tests d'hypothses - le khi-deux. De nouveaux outils
seront prsents : analyse de variance un et deux facteurs la rgression linaire le test de linarit. Le cours
magistral s'appuiera sur un cours complet sur le site de Spiral : http://spiral.univ-lyon1.fr/mathsv/ et sera complt par
des QCM et exercices corrigs. Les travaux dirigs assureront une mise en pratique manuelle des outils vus en cours.

Le cours de Bioinformatique aura un double objectif : dune part prsenter les bases de donnes et outils pour la
gnomique et la transcriptomique, essentiels pour une formation intgre en biologie et dautre part initier les tudiants
la programmation statistique sous R, permettant ensuite une mise en pratique informatique des outils statistiques vus
en cours. Les tudiants pourront ainsi au travers de lutilisation de R, daccs gratuit, parfaire leur formation en
biostatistique.

ECTS
6
24 36 0 0 52

L'objectif de l'enseignement de l'UE de Chimie Gnrale est de fournir des comptences de base aux tudiants pour
(i) la modlisation des changes thermiques lors de raction chimique, (ii) l'tude de la spontanit de ractions
chimiques en fonction des paramtres exprimentaux et (iii) l'tude des quilibres chimiques et de leurs dplacements
ainsi que quelques notions sur les grandes fonctions de chimie organique. Cet enseignement est destin des
tudiants de tous parcours et peut tre divis en 5 parties dont les principaux aspects abords sont dcrits ci-dessous :

1) Notions gnrales : systme et constituants, diagramme d'tat du corps pur et notion de pression de vapeur
saturante, nergie thermique et notion de capacits thermiques.

2) Le premier principe et son application la modlisation des changes thermiques lors de ractions chimiques :
Thermochimie. premier principe de la thermodynamique, nergie interne et fonction enthalpie, notion de chaleur de
raction, notion d'tat standard, loi de Hess pour le calcul des chaleurs de ractions, calorimtrie et dtermination
exprimentale des chaleurs de raction, temprature de flamme et d'explosion, nergie de dissociation de liaisons
covalentes.

3) Le second principe et l'tude de la spontanit des ractions chimiques: fonction entropie et dsordre, entropie
absolue, entropie standard et entropie ractionnelle, critre d'volution des ractions chimiques (notion de spontanit),
fonctions enthalpie libre et nergie libre, relation de Clapeyron.

4) Introduction aux quilibres chimiques : introduction la notion de potentiel chimique et d'activit, constantes
d'quilibre, dplacement de l'quilibre (principe de Le Chtelier), ractions Acide-Base, Oxydo Rduction et
Prcipitation.

5) Chimie Organique : Introduction la chimie organique.

S3
GBC
M
P
24

Chimie organique fonctionnelle (optionnelle) CHM2012L

Physique pour les Sciences du vivant (optionnelle) PHY2007L
ECTS
6
19.5 19.5 15 - 6

Connaissance des principales fonctions organiques rencontres dans le milieu biologique : tude de leur ractivit par
'aspect mcanistique, aspect cintique et aspect strochimique.
- les hydrocarbures saturs (substitution radicalaire)- les hydrocarbures insaturs : alcnes et alcynes (additions
lectrophiles et radicalaires)
- les drivs halogns (substitutions nuclophiles SN1 et SN2, liminations E1 et E2)
- les composs aromatiques (substitution lectrophile)
- les alcools, thers, actals, thiols, amines (comportement en milieu acide ou basique)
- les composs carbonyls: ctones, aldhydes (synthses et ractions d'additions nuclophiles: formation de base de
Schiff)
- les esters, amides et nitriles (synthses et ractions daddition-limination)

L'enseignement dispens permettra l'tudiant de se familiariser avec la ractivit des molcules organiques ; une
rflexion sur les mcanismes et l'tude de l'environnement de la molcule doit permettre l'tudiant d'en dduire la
ractivit.

Les travaux pratiques permettront aux tudiants de dcouvrir les manipulations en laboratoire de chimie organique, de
sinitier aux BPL (Bonnes Pratiques de Laboratoire) ainsi qu la rdaction dun compte-rendu dexprience.

ECTS
6
24 24 12 -

Propagation des ondes et optique ondulatoire :
- propagation des ondes et vibrations
- propagation de la lumire- polarisation
- interfrences
- diffusion (Rayleigh)

Mcaniques des fluides
- hydrostatique
-> loi fondamentale de l''hydrostatique
-> pousse d''Achimde

Physique d''interface
-> tension superficielle
-> capillarit- hydrodynamique
-> coulement d''un fluide parfait
-> coulement d''un fluide visqueux

Comptences acquises
Mthodologiques :
Acquisition de notions de base de l''optique physique. En comprendre les phnomnes. Acquisition des notions de
mcanique des fluides. description physique de certains phnomnes biologiques.

Secteur d'activit concern :
Gnie BiomdicalBiotechnologie

S3
GBC
M
P
25

DEVELOPPEMENT DURABLE
(2 ECTS)
10h30 7h30
EPS (1 ECTS) 18h

ANGLAIS :
Le prrequis de cet enseignement est le niveau A2 du cadre europen de rfrence, et les objectifs sont :
- Obtenir le niveau A2+ du cadre europen de rfrence.
- Progresser en expression et comprhension orales et crites.
- Savoir transfrer des informations obtenues lcrit et loral en forme orale (pas une traduction, mais un transfert de
donnes dune comptence linguistique une autre).
- Acqurir une lecture rapide, par exemple rechercher efficacement des informations sur Internet.
- Rendre les tudiants suffisamment autonomes dans la lecture de textes scientifiques.
- Donner les outils ncessaires aux tudiants pour lapprentissage de la prononciation et du vocabulaire lis leurs
domaines.
10 heures TD sur les 30 seront sous forme de CM et seront consacres des points linguistiques lis troitement au
savoir-faire de la communication pour les scientifiques.

DEVELOPPE/MENT DURABLE :
La formation en Dveloppement Durable de TR3 a pour objectifs dillustrer la trs grande diversit des mises en uvre
des politiques de durabilit dans des domaines aussi varis que la sant, lnergie, lagriculture ou la gestion des
ressources naturelles.
Larticulation des trois composantes, environnementale, conomique et sociale, est aborde dans une srie de trois
cours.
Les enjeux du dveloppement durable sont examins plus en dtail dans cinq domaines diffrents : avances
technologiques et nouveaux risques sanitaires, viabilit des modes de production agricole, gestion des ressources en
eau douce, production et consommation dnergie, conservation de la biodiversit. Chacune des problmatiques est
aborde au cours dune sance de Travaux Dirigs et sappuie sur une analyse critique de documents.
Sappuyant sur les acquis des enseignements prcdant, une srie de confrences illustreront par des exemples les
choix politiques effectuer et les ralisations pratiques qui en dcoulent dans le domaine de lnergie, de la gestion de
lenvironnement et des ressources naturelles, les domaines des sciences politiques, juridiques et conomiques.

EPS :

Niveau 1 Initiation et perfectionnement : Il sagit de suivre un cours dducation physique et sportive dans une
lis cette activit.

Niveau 2 Pratique sportive comptitive : Il sagit de pratiquer une activit physique et sportive dans un cadre

S3
GBC
M
P
26


Microbiologie (M)
Physiologie (P)

Descriptif des UE

Embryologie et biologie du dveloppement BIO2010L

ECTS
6
21 15 18

J usqu'au dbut des annes 70, on se contentait de dcrire le dveloppement d'un embryon, et d'analyser les
consquences de suppressions de cellules (blastomres), de leur dplacement au sein de l'embryon, de rassociations
de fractions d'embryons etc Ces approches ont permis de poser un certain nombre de grands concepts comme la
rgulation, le mosacisme, l'existence de gradients d'informations, de localisations de dterminants. Avec l'avnement
des technologies de la biologie molculaire au cours des annes 70, on a pu apporter des explications gntiques
ces notions et est n un vaste champ de la Biologie, la Biologie du Dveloppement.

On a pu alors aller au cur des mcanismes prsidant la construction d'un embryon. Mcanismes gntiques :
quels gnes dterminent le positionnement de l'axe antropostrieur ou dorsoventral, la formation du troisime feuillet
qu'est le msoderme, la formation du tube nerveux, l'asymtrie droite-gauche d'un animal ? Mcanismes de biologie
cellulaire : quelles cascades de protines permettent d'interprter une instruction envoye d'un tissu sur un autre,
comment une cellule qui va migrer change-t-elle de forme, comment un tissu trouve-t-il son chemin pendant la
gastrulation par exemple ?
Dans cette UE nous voyons donc comment se construit un organisme au tout dbut de son dveloppement en termes
molculaires et cellulaires.

Pour la gnration suivante, l'organisme doit produire des gamtes. Les futurs gamtes apparaissent trs tt au cours
du dveloppement : nous voyons o ils apparaissent, comment ils gagnent les futures gonades, comment ces dernires
se forment chez l'embryon L'vnement pralable la formation d'un nouvel organisme est videmment la
fcondation : nous voyons quels mcanismes molculaires sont en jeu dans l'tape prcdant la fcondation, la
maturation, puis lors de la fcondation elle-mme, de mieux en mieux connue chez la souris et l'homme.

A l'issue de cette UE, chaque tudiant devrait avoir un bon aperu de cette discipline qui a t trs fertile depuis le
dbut de son essor et l'est encore. Elle a en particulier t couronne par un Prix Nobel dcern Christiane Nsslein-
Volhard pour sa dcouverte de nombreux gnes impliqus dans la formation des axes embryonnaires. Nous voyons
aussi comment cette discipline peut fertiliser d'autres champs de la Biologie, comme la biologie de la cellule
cancreuse et l'volution.

S4
GBC
M
P
27

Introduction a la biologie cellulaire et a limmunologie BIO2014L

Physiologie animale BIO2018L
ECTS
6
21 21 9 0 0

Biologie Cellulaire
C.M :
- Les membranes biologiques : organisation molculaire ; proprits
- Prsentation de quelques mcanismes fondamentaux de la vie cellulaire : permabilit cellulaire, endocytose
(pinocytose, phagocytose), communication et activation cellulaire, adhsions jonctionnelle et non-jonctionnelle, cycle
cellulaire.

T.D. : Rsolution de problmes tirs de travaux exprimentaux se rapportant au cours

T.P. : Dtection histochimique des phosphatases acides dans le thymus ; histologie des organes lymphodes.

Immunologie
C.M. :
- Origine et fonction des cellules de l'immunit ; Organes lymphodes
- Systme immunitaire inn et adaptatif : prsentation des acteurs molculaires et cellulaires
- Rponse immunitaire contre les pathognes intracellulaires, extracellulaires et intravsiculaires
- Restriction de la rponse immunitaire

T.D. :Problmes issus dexpriences princeps de limmunologie ou de situations cliniques
- La communication cellulaire dans le systme immunitaire
- Les immunodficiences
- Rle de molcules-cls dans la mise en place dune rponse immunitaire
- Immunit inne et adaptative

T.P. :Raction Antigne-Anticorps : test ELISA ; Typage cellulaire et phagocytose

ECTS
6
30 4 14 4.5

L'objectif est de donner une bonne formation de base en physiologie gnrale par une approche intgre de l'activit
physique allant de l'activit cellulaire la rponse de l'organisme.

C.M. :
Bases ioniques de l'excitabilit membranaire, rpartition ionique dans les compartiments intra et
extracellulaire.
Transmission neuromusculaire.
Bases molculaires de la contraction musculaire.
Organisation motrice du systme musculaire.
Energtique de la contraction.

T.P. et T.D.:
Permabilit membranaire.
Dtermination exprimentale du compartiment extracellulaire.
Simulation informatique des signaux lectriques cellulaires.
Etude d'une prparation nerf/muscle chez la grenouille.

S4
GBC
M
P
28
Vous devez choisir une UE optionnelle de biologie ou lUE libre

Biologie des organismes 2 (BO2) (optionnelle) BIO2004L

Agriculture et agronomie (optionnelle) BIO2001L
ECTS
6
25 12 18

LAgriculture et lAgro-alimentaire constituent un enjeu socio-conomique et scientifique de premire importance. Ils
reprsentent un immense champ dapplication pour lensemble des disciplines biologiques fondamentales, et de ce fait
constituent un important secteur dinsertion professionnel. Sans prtendre apporter une formation en agronomie,
lunit d'enseignement propose cherche sensibiliser les tudiants cette orientation en dveloppant une approche
pluridisciplinaire autour de quelques-uns des principaux problmes agronomiques actuels. Lobjectif pdagogique est
de sappuyer sur ltude de quelques exemples concrets pour mettre en vidence la diversit et limportance des
applications de la biologie moderne, et la ncessit dune approche interdisciplinaire prenant en compte la dimen-
sion socio-conomique.

Les principaux aspects dvelopps dans cette UE portent sur la place de lagriculture dans notre socit, la gestion
et lamlioration gntique des ressources vgtales, les ennemis et la protection des cultures (voie chimique,
lutte biologique), et les problmes environnementaux lis lagriculture.
Les travaux pratiques et dirigs illustrent ces diffrentes parties de cours. La visite dune grande entreprise est
organise afin de maintenir un contact avec le monde professionnel.
Un travail personnel est demand et conduit la prsentation dun expos, ce qui prpare les tudiants lexpression
orale.
Cette UE est fortement conseille pour accder la licence Pro Analyses et techniques dinventaires de la
biodiversit

ECTS
6
26.5h00 1.5h00 27h00

1 - Partie Biologie des Organismes Animaux : anatomie compare et volution des Vertbrs.
Cet enseignement prsente la dynamique volutive des structures anatomiques chez les Vertbrs, au travers de
l'tude des fonctions de protection (tguments), de soutien et de mouvement (squelette et musculature), d'excrtion et
de reproduction, mais aussi d'alimentation et de relation (systme nerveux). Cet enseignement sera davantage orient
vers la recherche de la signification phylogntique de telle ou telle structure/fonction que vers sa description
anatomique dtaille.
Le C.M. veille prsenter les relations avec les autres enseignements de la Licence, tels que la Palontologie et la
Physiologie.
Les T.P. constituent une illustration et un complment, au travers de dissections et d'observations de lames
microscopiques et de pices squelettiques.

2 - Partie Biologie des Organismes Vgtaux : volution et expansion terrestre des plantes.
Le C.M. prsente les diffrents aspects de la reproduction sexue dans la srie vgtale des Thallophytes aux
Cormphytes. Il aborde les notions de cycle de reproduction, fcondation, miose. Relations sporophyte/gamtophyte.
Les tudes compares des cycles de reproduction sont mises en relation avec la conqute du milieu terrestre.
La multiplication vgtative est aborde.
Les T.P. sont une observation directe du matriel partir d'exemples simples illustrant le cours.

Mthodologie :Apprentissage des mthodes de reconnaissance et de classification des organismes animaux et
vgtaux (systmatique, suite de BO 1).Techniques et outils de dissection et du dessin/schma scientifique (suite de
BO 1).
Cette UE est fortement conseille pour accder la licence Pro Productions vgtales : biotechnologies
vgtales et cration varitale

S4
GBC
M
P
29

Botanique (optionnelle) BIO2007L
Physiologie vgtale (optionnelle) BIO2020L
ECTS
6
25h00 30h00
Plan licence 24h00

C.M. :
Il sagit de faire acqurir aux tudiants le vocabulaire descriptif suffisant pour lutilisation douvrages spcialiss de
dtermination bass sur des cls systmatiques pour dfinir les principales familles, les genres et les espces
vgtales franaises dangiospermes. A cela se rajoute une description de la systmatique des Ptridophytes et des
Gymnospermes.
Nous dtaillerons tout particulirement les familles intrt cologique (marqueur de l'environnement), intrt
conomique (cultures...), rudrales, adventices...Les notions d'espces protges locales, rgionales, nationales seront
traites

T.P.-T.D. :
Illustration des principales familles d'Angiospermes +Ptridophytes +Gymnospermes
Illustration des adaptations par types de milieux (hydrophytes, xrophytes...)
Utilisation de flores (Bonnier, Binz, Fournier, Coste, ...), ralisation d'un herbier de rfrence, et sorties floristiques

Mthodologies :
Acqurir les donnes systmatiques minimales ncessaire l'laboration d'inventaires floristiques dans le cadre des
expertises cologiques demandes par les cabinets d'tudes et les collectivits locales pour les grands programmes
nationaux et internationaux de protection, de gestion de l'environnement, Natura 2000, Snief... Un complment sur les
Ptridophytes et les Gymnospermes est galement dispens.

Techniques :
Utilisation de bases de donnes floristiques
Utilisation de flores (Bonnier, Binz, Fournier, Coste ...), ralisation d'un herbier de rfrence Travail personnel et
travaux tutors :Travail sur une famille choisie, bibliographie, constitution d'un herbier, aide la recherche et la
ralisation de ce travail.
biodiversit

ECTS
6
36 16,5 (plan licence) 18

Prsentation des principales particularits de la physiologie des vgtaux suprieurs.
1) La photosynthse
La phase claire de la photosynthse : ractions photochimiques, pigments assimilateurs, spectres d'absorption,
conversion de l'nergie lumineuse en nergie chimique, organisation des 2 photosystmes, diffrentes tapes du
transfert lectronique, photophosphorylations.
La phase sombre de la photosynthse; cycle de Calvin : fixation du CO2 et synthse des glucides.
Photosynthse en C3, en C4 et mtabolisme CAM, photorespiration. Le devenir des sucres issus de la photosynthse.

2) Croissance et dveloppement
Aspects cellulaires du dveloppement des vgtaux : croissance, diffrenciation et morphogense. Les rgulateurs de
croissance, leurs effets et leurs modes d'action.
Etude particulire de quelques processus dveloppementaux contrls par les phytohormones : floraison, maturation et
germination des graines, tropismes.

3) Nutrition hydro-minrale
Nutrition hydrique : Le mtabolisme hydrique au niveau de la plante entire et au niveau cellulaire. Nutrition minrale :
dfinition des besoins alimentaires des Vgtaux, absorption des lments minraux, les transports d'ions dans la
plante. Etude dtaille de la nutrition azote : absorption et assimilation des nitrates et de l'ammonium, la fixation de
l'azote atmosphrique et son rle dans la nutrition des plantes.

S4
GBC
M
P
30

Gnomes, Sant et volution (optionnelle) BIO2008L

Outils statistiques pour la biologie (optionnelle) BIO2016L
ECTS
6
30 18 7,5 0

L'objectif de cette UE est de faire au niveau L2 une introduction la science de l'tude globale des gnomes, la
gnomique. Ce champ de la biologie a pris son essor avec les grands programmes de squenages complets des
gnomes, des bactries l'homme. Il est devenu possible de dcrire la gographie du gnome complet d'une espce
(gnomique structurale : nombre de gnes, nature, disposition sur les chromosomes), et de comparer les gnomes
entiers d'espces diffrentes (gnomique comparative) pour en tirer des enseignements concernant l'volution des
organismes et leurs relations phylogntiques. Des programmes en cours consistent aussi dterminer l'chelle des
populations du globe quelle est la variabilit gntique humaine, son polymorphisme et quelles sont les associations
que l'on peut tablir avec des prdispositions aux diverses maladies, ou des paramtres biologiques ou
psychologiques. Il est galement devenu possible de voir fonctionner un gnome dans sa globalit en tudiant la
transcription de la totalit de ses gnes dans un type cellulaire dtermin ou dans une situation physiologique donne
(gnomique fonctionnelle : transcriptomique et protomique).

Ces tudes ont ncessit la mise au point de technologies nouvelles (puces, squenages grande chelle) dont les
grandes lignes sont dcrites en introduction ou dans les diffrents chapitres. Leur puissance permet d'envisager des
applications rvolutionnaires dans la mdecine de demain, qui conduiront une mdecine personnalise. La
connaissance de gnomes individuels permettra d'une part de dfinir des profils gntiques pour chaque individu et
dans une certaine mesure de lire son avenir dans son gnome, d'autre part d'adapter des traitements mdicaux selon
ses propres gnes. La gnomique fonctionnelle permettra de diagnostiquer des maladies, de les caractriser et de
suivre leur volution. La gnomique permet d'analyser la co-volution des gnomes viraux et htes, l'adaptation d'une
relation hte-pathogne l'chelle d'une population, l'volution de systmes de dfense immunitaires travers les
espces.

Au moment o cette partie de la biologie prend une place de plus en plus prgnante dans la biologie, aussi bien pour
les aspects fondamentaux de la connaissance des gnomes et de leur volution que pour les promesses d'application
et les consquences socitales, il est intressant de s'y initier ds le niveau L2. L'UE peut tre une introduction
diverses UE de L3 et M1 (dont celle de "Gnomique" et de "Gntique Humaine"), pour des tudiants qui s'intressent
entre autres la gntique et la biologie des organismes (volution, biodiversit).

ECTS
6
18 18 18 0 0

Cette UE a pour objectif dinitier les tudiants aux diffrentes tapes dune dmarche scientifique complte : laboration
de questions et hypothses biologiques, acquisition du jeu de donnes, analyses des donnes, interprtation
biologique. A partir d'exemples biologiques concrets, cette UE de biologie permet donc aux tudiants d'apprhender le
lien qui unit les problmatiques biologiques et la mthodologie. Ainsi, en partant des concepts biologiques prsents en
cours, les tudiants utilisent les outils mathmatiques, statistiques et informatiques enseigns en tronc commun (L1 et
L2) pour rpondre aux questions poses. Ces outils mthodologiques permettent d'analyser les donnes acquises par
les tudiants et/ou des jeux de donnes relles puis, de les interprter dans le cadre biologique prsent.

Cette UE prsente travers 6 thmes, un panel de problmatiques abordes dans les domaines de la Gntique et
Dynamique des Populations, de l'Ecologie Comportementale et de la Gnomique.
- Thme Interactions htesparasitodes : Stratgies d'exploitation des ressources
- Thme Ecologie et dynamique des populations de chats domestiques : Modles compartiments
- Thme Gntique des populations, slection et neutralisme : Polymorphisme gntique et son maintien
- Thme Etude dmographique cellulaire
- Thme Gntique quantitative : Variabilit de traits quantitatifs, QTL
- Thme Gntique et usage du code

Chaque thme comprend 3h de cours 3h de TD et 3h de TP.

S4
GBC
M
P
31

Neurosciences (optionnelle) BIO2012L
ECTS
6
30 15 12

Les neurosciences reprsentent un domaine en pleine expansion, tant ltude du cerveau, de son fonctionnement et de
ses pathologies est porteuse denjeux majeurs dans de nombreux domaines (sant publique, intelligence artificielle,
robotique, sciences du comportement..etc. Il est indispensable quun enseignement de Neurosciences soit dispens au
niveau L2 lUCB Lyon 1 compte tenu de lexistence de spcialits M1, M2-R, M2-Pro en aval, dun du trs fort
potentiel de ltablissement dans la recherche en Neurosciences (plus de 200 chercheurs dans lIFR 19) et des projets
amitieux ports par lUniversit dans ce domaine (Projets de Centre de recherche, projet Neurocampus). Lyon1 est dj
trs attractif dans ce domaine aux niveau national et international, et il est fondamental quun enseignement de L2
puisse donner aux tudiants qui le souhaitent une vision globale et actuelle de la discipline et des nombreux dbouchs
professionnels quelle suscite.

L'objectif de l'enseignement est de prsenter les approches exprimentales multidisciplinaires utilises pour
comprendre le fonctionnement du cerveau, depuis les niveaux les plus lmentaires (Neurobiologie molculaire)
jusqu'aux approches intgres (Neurosciences cognitives). Chaque niveau dorganisation possdant ses propres
rfrents thoriques et mthodes exprimentales, il sagira travers des exemples concrets de montrer leurs
particularits, intrts, limites, et complmentarit. Des questions spcifiques aux Neurosciences et relevant de la
Biothique pourront galement tre abordes.
Le public attendu est celui des tudiants de Biologie souhaitant aborder un domaine en plein dveloppement pour une
ventuelle spcialisation ultrieure, mais aussi celui dtudiants issus dautres filires (Sciences cognitives,
BioMathmatiquesetc..) pour qui le contenu dispens sera trs complmentaire de celui des majeures de leur
parcours.

Lenseignement comportera des Cours magistraux, des Travaux Dirigs et, si leffectif le permet, des Travaux
Pratiques. Il abordera les notions de base sur le fonctionnement du cerveau, des lments de neurobiologie
fondamentale, des exemples de pathologies crbrales, les principes fondateurs des neurosciences cognitives et des
exemples dapplications rcentes. Une partie importante sera ddie aux mthodologies utilises pour tudier le
cerveau, depuis la neurobiologie molculaire jusqu la neuroimagerie.

S4
GBC
M
P
32

PEL4 (1 ECTS) 1h30
SHS (2 ECTS) 15h
EPS (1 ECTS) 18h

ANGLAIS :
Les objectifs de cet enseignement sont :
-Obtenir le niveau B1 du cadre europen de rfrence.
-Etre capable de comprendre loral dans des situations varies (dbit rapide, bruit de fond, accents, thmes et
niveaux de langue divers) et savoir transfrer des informations obtenues lcrit et loral en forme crite (pas une
traduction, mais un transfert de donnes dune comptence linguistique une autre).
-Exploiter les documents crits et oraux pour son usage personnel (lexique, expressions).
-Sentraner de manire systmatique la comprhension audio (logiciels, documents vido, DVD, tlvision,
entranement avec les tuteurs, ressources Internet.

PEL4 : Communiquer son projet personnel
Le PEL4 (Projet de lEtudiant de Licence) met les tudiants en situation d'entretien de motivation. Une prsentation en
amphi prcise les objectifs, et ltudiant est valu au cours dune audition individuelle de 15 minutes par un jury
(enseignants, doctorants et professionnels, anciens tudiants de luniversit). Au cours de cette prsentation, ltudiant
expose ses objectifs professionnels actuels, son parcours personnel, ses stratgies, ses points forts. Il sagit dune mise
en situation formative pour prparer d'ventuels entretiens de slection. L'tudiant prendra conscience en direct,
travers les ractions du jury, de ce qu'il doit encore prciser dans son projet ou amliorer dans sa prsentation.

Sciences Humaines et Sociales (SHS)
La science a depuis longtemps quitt sa priode descriptive pour devenir explicative et exprimentale. Lessentiel de
notre formation initiale nous familiarise avec une mthode scientifique qui est une faon de dire le vrai. Nest-il pas
ncessaire de soumettre notre propre mthode la critique ? Ne doit-on pas examiner nos reprsentations et les
conditions de production des savoirs et des connaissances pour mieux les inscrire dans lhistoire ou la socit ? Le
service commun de formation en sciences humaines et sociales de lUniversit Claude Bernard-Lyon1 propose une
srie de formations permettant dapporter, une problmatique relevant des sciences de la vie ou de la sant, des
sciences mathmatiques, des sciences de la matires ou des sciences pour lingnieur, un regard anthropologique,
didactique, conomique, pistmologique, historique, philosophique ou encore sociologique. Les thmes sont
renouvels chaque semestre pour permettre une meilleure inscription de cette rflexion dans le quotidien.

EPS : Cette formation initiale vise dvelopper chez ltudiant, les qualits de communication, la prise de
responsabilits et les capacits travailler en quipe. Elle lui permet galement dlaborer et de mener terme des
projets travers la pratique des activits physiques, sportives et artistiques.

lis cette activit.


S4
GBC
M
P
33

Biologie des organismes et des populations (BOP)

Descriptif des UE

Gntique 2 BIO2013L

ECTS
6
25,5 21 9


C.M. :

T.D. :

T.P. :

S3
BOP
34


ECTS
6
25.5 18 13.5

1- C.M. :
A ENZYMOLOGIE
Le vocabulaire

B BIOENERGETIQUE

C METABOLISME
Le vocabulaire

2- T.D. :

3- T.P. :


S3
BOP
35


Biostatistiques et bioinformatique BIO2006L

seront prsents : analyse de variance un et deux facteurs la rgression linaire le test de linarit. Le cours
magistral s'appuiera sur un cours complet sur le site de Spiral : http://spiral.univ-lyon1.fr/mathsv/ et sera complt par
des QCM et exercices corrigs. Les travaux dirigs assureront une mise en pratique manuelle des outils vus en cours.

biostatistique.

ECTS
6
21 22,5 12 0 0
ECTS
6 36 6 12

microbienne.


Les TD et TP permettront dinitier les tudiants la manipulation, lobservation, le dnombrement des microorganismes
-Techniques cytologiques et cytochimiques d'tudes des micro-organismes: bactries (observations vitales et
-Techniques de base utilises en microbiologies: strilisations, isolement, cultures pures, notions de milieux complexes/
lectifs/slectifs
-Mthodes de dnombrement (UFC, MPN)

microbienne.

S3
BOP
36

(2 ECTS)
10h30 7h30
EPS (1 ECTS) 18h

ANGLAIS :
domaines.

cours.

EPS :

lis cette activit.


S3
BOP
37


Descriptif des UE

Biologie des organismes 2 (BO2) Bio2004L

ECTS
6
26.5h00 1.5h00 27h00


anatomique dtaille.
Le cours veille prsenter les relations avec les autres enseignements de la Licence, tels que la Palontologie et la
Physiologie.
Les TP constituent une illustration et un complment, au travers de dissections et d'observations de lames

2- Partie Biologie des Organismes Vgtaux : volution et expansion terrestre des plantes.
Le cours prsente les diffrents aspects de la reproduction sexue dans la srie vgtale des Thallophytes aux
Cormphytes. Il aborde les notions de cycle de reproduction, fcondation, miose. Relations sporophyte/gamtophyte.
Les TP sont une observation directe du matriel partir d'exemples simples illustrant le cours.

vgtaux (systmatique, suite de BO 1).
Techniques et outils de dissection et du dessin/schma scientifique (suite de BO 1).
biodiversit

S4
BOP
38

Vous devez choisir 3 UE optionnelles de biologie ou 2 UE optionnelles de biologie et lUE libre

Agriculture et agronomie (optionnelle) BIO2001L

Botanique (optionnelle) BIO2007L
ECTS
6
25 12 18

LAgriculture et lAgro-alimentaire constituent un enjeu socio-conomique et scientifique de premire importance. Ils
reprsentent un immense champ dapplication pour lensemble des disciplines biologiques fondamentales, et de ce fait
constituent un important secteur dinsertion professionnel. Sans prtendre apporter une formation en agronomie,
lunit d'enseignement propose cherche sensibiliser les tudiants cette orientation en dveloppant une approche
pluridisciplinaire autour de quelques-uns des principaux problmes agronomiques actuels. Lobjectif pdagogique est
de sappuyer sur ltude de quelques exemples concrets pour mettre en vidence la diversit et limportance des
applications de la biologie moderne, et la ncessit dune approche interdisciplinaire prenant en compte la
dimension socio-conomique.

Les principaux aspects dvelopps dans cette UE portent sur la place de lagriculture dans notre socit, la gestion
et lamlioration gntique des ressources vgtales, les ennemis et la protection des cultures (voie chimique,
lutte biologique), et les problmes environnementaux lis lagriculture.
Les travaux pratiques et dirigs illustrent ces diffrentes parties de cours. La visite dune grande entreprise est
organise afin de maintenir un contact avec le monde professionnel.
Un travail personnel est demand et conduit la prsentation dun expos, ce qui prpare les tudiants lexpression
orale.
Cette UE est fortement conseille pour accder la licence Pro Productions vgtales : biotechnologies
vgtales et cration varitale

ECTS
6
25h00 30h00
Plan licence 24h00

C.M. :
Il sagit de faire acqurir aux tudiants le vocabulaire descriptif suffisant pour lutilisation douvrages spcialiss de
dtermination bass sur des cls systmatiques pour dfinir les principales familles, les genres et les espces
vgtales franaises dangiospermes. A cela se rajoute une description de la systmatique des Ptridophytes et des
Gymnospermes.
Nous dtaillerons tout particulirement les familles intrt cologique (marqueur de l'environnement), intrt
conomique (cultures...), rudrales, adventices...Les notions d'espces protges locales, rgionales, nationales seront
traites
T.P.-T.D. :
Illustration des principales familles d'Angiospermes + Ptridophytes + Gymnospermes
Illustration des adaptations par types de milieux (hydrophytes, xrophytes...)
Utilisation de flores (Bonnier, Binz, Fournier, Coste, ...), ralisation d'un herbier de rfrence, et sorties floristiques
Mthodologies :
Acqurir les donnes systmatiques minimales ncessaire l'laboration d'inventaires floristiques dans le cadre des
expertises cologiques demandes par les cabinets d'tudes et les collectivits locales pour les grands programmes
nationaux et internationaux de protection, de gestion de l'environnement, Natura 2000, Snief... Un complment sur les
Ptridophytes et les Gymnospermes est galement dispens.
Techniques :
Utilisation de bases de donnes floristiques
Utilisation de flores (Bonnier, Binz, Fournier, Coste ...), ralisation d'un herbier de rfrence Travail personnel et
travaux tutors :Travail sur une famille choisie, bibliographie, constitution d'un herbier, aide la recherche et la
ralisation de ce travail.
biodiversit
S4
BOP
39

Ecologie gnrale (optionnelle) BIO2009L

ECTS
6
25 12 18

ECOLOGIE VEGETALE (50%) :
C.M. : introduction l'cologie et la biodiversit. Organisation gnrale de la biosphre (facteurs biotiques et
abiotiques influant sur la distribution des espces, les principaux biomes terrestres et aquatiques, climatologie).
Ecologie des populations (distribution et dispersion, croissance et rgulation, stratgies biodmographiques, les
populations humaines). Pdologie.
T.P.-T.D. : tude sur le terrain de la biodiversit floristique et des types de vgtation, en rapport avec diffrents
milieux. Techniques dchantillonnage. Relevs floristiques (2 sorties). Description et importance des vgtaux dans le
milieu, comparaison des diffrents sites tudis avec implications cologiques. Interaction faune-flore.

ECOLOGIE ANIMALE (50%) :
C.M. : cologie des communauts (pourquoi trouve-t-on certaines espces ensemble ? Interactions interspcifiques,
dynamique et structure, causes de la biodiversit). Ecologie des cosystmes (pyramides cologiques, rseaux
trophiques, les principaux cycles biogochimiques, action de l'homme, rchauffement climatique). Biologie de la
conservation (la crise de la biodiversit, la conservation des populations et des espces, des communauts, des co-
systmes et des paysages).
T.P.-T.D. : partir d'chantillonnages d'un cosystme donn (le sol : sortie sur le terrain commune BA/BV), faire
dcouvrir les notions de base de l'cologie : chantillonnage, facteurs cologiques, techniques danalyse de la
biodiversit.

COMPTENCES ACQUISES
Mthodologiques : mettre en relation donnes zoologiques et botaniques, traiter en parallle les observations de
terrain, relier les conditions environnementales et la biodiversit, dcloisonner les connaissances, raliser une expertise
et une synthse cologique.

Techniques : laboration de transects, quadrats, exploitations et interprtations des donnes recueillies sur le terrain.

biodiversit

S4
BOP
40


Introduction a la biologie cellulaire et a limmunologie BIO2014L
ECTS
6
21 15 18

Jusqu'au dbut des annes 70, on se contentait de dcrire le dveloppement d'un embryon, et d'analyser les
gastrulation par exemple ? Dans cette UE nous voyons donc comment se construit un organisme au tout dbut de son
dveloppement en termes molculaires et cellulaires.

ECTS
6
21 21 9 0 0

Biologie Cellulaire (correspondant : U. VALCOURT)
C.M. :
cellulaire.
Immunologie : (correspondant : M. FAURE)
C.M. :
T.D. : Problmes issus dexpriences princeps de limmunologie ou de situations cliniques
T.P.: Raction Antigne-Anticorps : test ELISA ; Typage cellulaire et phagocytose

S4
BOP
41

Outils statistiques pour la biologie BIO2016L


ECTS
6
18 18 18 0 0

Cette UE a pour objectif dinitier les tudiants aux diffrentes tapes dune dmarche scientifique complte : laboration
de questions et hypothses biologiques, acquisition du jeu de donnes, analyses des donnes, interprtation
biologique. A partir d'exemples biologiques concrets, cette UE de biologie permet donc aux tudiants d'apprhender le
lien qui unit les problmatiques biologiques et la mthodologie. Ainsi, en partant des concepts biologiques prsents en
cours, les tudiants utilisent les outils mathmatiques, statistiques et informatiques enseigns en tronc commun (L1 et
L2) pour rpondre aux questions poses. Ces outils mthodologiques permettent d'analyser les donnes acquises par
les tudiants et/ou des jeux de donnes relles puis, de les interprter dans le cadre biologique prsent.

Cette UE prsente travers 6 thmes, un panel de problmatiques abordes dans les domaines de la Gntique et
Dynamique des Populations, de l'Ecologie Comportementale et de la Gnomique.
- Thme Interactions htesparasitodes : Stratgies d'exploitation des ressources
- Thme Ecologie et dynamique des populations de chats domestiques : Modles compartiments
- Thme Gntique des populations, slection et neutralisme : Polymorphisme gntique et son maintien
- Thme Etude dmographique cellulaire
- Thme Gntique quantitative : Variabilit de traits quantitatifs, QTL
- Thme Gntique et usage du code
Chaque thme comprend 3h de cours 3h de TD et 3h de TP.

ECTS
6
30 4 14 4.5


Cours :
extracellulaire.

T.P - T.D. :

S4
BOP
42

Zoologie BIO2023L

ECTS
6
20.5 4.5 30

L'UE Zoologie a pour objectif de donner un vraie culture zoologique des tudiants se dirigeant tant vers des masters
que vers une sortie en licence professionnelle (UE obligatoire pour la licence pro ATIB).
Les cours magistraux dbutent par une exploration de la science zoologique et de ses dveloppements actuels, en
particulier l'essor des mthodes phylogntiques qui bouleversent les visions anciennes. Est ensuite aborde l'histoire
volutive des groupes tudis ainsi que leurs principaux caractres. Les TP associs aux cours explorent la diversit
locale (Europe occidentale) des groupes vus en cours. Les groupes tudis sont les suivants: Lophotrochozoaires,
Arthropodes (terrestres et des eaux continentales), "Poissons", Amphibiens, "Reptiles", Mammifres, Oiseaux.

L'objectif des travaux pratiques est de pouvoir reconnatre et identifier les organismes. Le niveau de dtermination
(espce, genre, famille, ordre, etc.) sera variable selon les groupes tudis, et sera prcis chaque TP. L'examen de
cours sera un examen classique qui portera sur les notions tudies en CM. L'examen de TP aura lieu en salle de TP
et consistera reconnatre un certain nombre de taxons prsents sous forme d'chantillon (arthropodes) ou de
photographies (mammifres, oiseaux, "poissons", amphibiens, "reptiles"). Un dossier sur un groupe taxonomique prcis
sera exig de chaque tudiant.

Les concepts : phylognie, volution, systmatique, taxonomie, caractres, biodiversit ;

Les comptences : identification morphologique, utilisation de cls de dtermination, comprhension darbres
phylogntique
biodiversit

S4
BOP
43


PEL4 (1 ECTS) 1h30
SHS (2 ECTS) 15h
EPS (1 ECTS) 18h

ANGLAIS :




lis cette activit.


S4
BOP
44

Mathmatiques et informatique du vivant (MIV)

Descriptif des UE

Gntique 2 BIO2013L

ECTS
6
25,5 21 9


C.M. :

T.D. :

T.P. :

S3
MIV
45

Biologie et modlisation BIO1006L

Algorithmique et programmation INF1001L LIF1
ECTS
6
15 47.25 0 0

Deux champs complmentaires sont abords : l'analyse statistique de donnes cologiques et la modlisation
mathmatique. Le premier champ intgre les enseignements de statistique par l'utilisation du logiciel R. Le second
champ intgre les enseignements de mathmatiques par l'utilisation du logiciel Maple. Le pont entre les deux champs
est tabli autour de l'activit de modlisation.
Analyse statistique de donnes: cologiques et modlisation :
- statistiques descriptives
- tirages alatoires et simulation d'chantillonnages

Modlisation de la dynamique des populations :
- modles en temps continu
- modles en temps discrets- modles spatiaux

Comptences Mthodologiques :
Analyser et interprter les donnes biologiques afin d'en extraire des informations en vue de la comprhension et de la
modlisation des processus du vivant.

Comptences Techniques :
Utilisation de logiciels informatiques pour intgrer les enseignements de mathmatiques et de statistique dans le
contexte de la biologie.

Secteur d'activit concern :
Cette U.E. est majeure pour les tudiants bio et maths/info de la mention MIV et mineure pour les tudiants des
mentions Biologie, Mathmatique, et Informatique.
Comme l'UE Informatique et Biologie de MIV, elle sera suivie la fois par les populations bio et maths/info. En ce
sens, elle constitue une premire prparation aux enseignements spcifiques de MIV en L3, savoir Bio-
Mathmatiques et Bio-Statistiques (une premire approche de la Bio-Informatique se situant au sein de l'UE
Informatique et Biologie). L'UE Biologie et Modlisation permettra donc la fois aux tudiants de MIV de confirmer
leur orientation mais aussi aux tudiants de Biologie ou de Math/Info de pouvoir se rorienter vers MIV.

ECTS
6
12 22 24 0 0

Algorithmique : syntaxe algorithmique
criture d'algorithmes
structures de contrle : itrations, conditions
sous-programmes (fonctions / procdures)
tableaux / chaines de caractres
structures
fichiers

Programmation imprative en langage C :
Notions : fonction/ procdure, alternative, squence, structures, fichiers, tableaux, chaines de caractres

S3
MIV
46

Vous devez choisir 1 UE optionnelle de Biologie ou de Mathmatiques

Neurosciences (optionnelle) BIO 2012L

Physiologie animale (optionnelle) BIO2018L
ECTS
6
30 15 12

amitieux ports par lUniversit dans ce domaine (Projets de Centre de recherche, projet Neurocampus). Notre
tablissement est dj trs attractif dans ce domaine aux niveau national et international, et il est fondamental quun
enseignement de L2 puisse donner aux tudiants qui le souhaitent une vision globale et actuelle de la discipline et des
nombreux dbouchs professionnels quelle suscite.


parcours.
cerveau, depuis la neurobiologie molculaire jusqu la neuro-imagerie.

ECTS
6 30 4 14 4.5


C.M. :
Bases ioniques de l'excitabilit membranaire, rpartition ionique dans les compartiments intra et extracellulaire.

T.P - T.D. :


S3
MIV
47
Biologie des organismes 2 (BO2) (optionnelle) BIO2004L

Introduction a la biologie cellulaire et a limmunologie (optionnelle) BIO2014L
ECTS
6
26.5h00 1.5h00 27h00

anatomique dtaille.
Physiologie.

Cormophytes. Il aborde les notions de cycle de reproduction, fcondation, miose. Relations sporophyte/gamtophyte.

Mthodologie :
Apprentissage des mthodes de reconnaissance et de classification des organismes animaux et vgtaux
(systmatique, suite de BO 1).

biodiversit


Biologie Cellulaire
C.M. :
cellulaire.

Immunologie :
C.M. :
T.D. : Problmes issus dexpriences princeps de limmunologie ou de situations cliniques
T.P. : Raction Antigne-Anticorps : test ELISA ; Typage cellulaire et phagocytose

ECTS
6
21 21 9 0 0
S3
MIV
48
Microbiologie 1 (optionnelle) BIO2015L

ECTS
6 36 6 12

microbienne.
Les TD et TP permettront dinitier les tudiants la manipulation, lobservation, le dnombrement des microorganismes
- Techniques cytologiques et cytochimiques d'tudes des micro-organismes: bactries (observations vitales et
- Techniques de base utilises en microbiologies: strilisations, isolement, cultures pures, notions de milieux
- Mthodes de dnombrement (UFC, MPN)

microbienne.

ECTS
6
25 12 18


C.M. : cologie des communauts (pourquoi trouve-t-on certaines espces ensemble ? Interactions interspcifiques,
conservation (la crise de la biodiversit, la conservation des populations et des espces, des communauts, des
cosystmes et des paysages).
biodiversit.

COMPTENCES ACQUISES
biodiversit

S3
MIV
49
Enzymologie et mtabolisme (optionnelle) BCH2008L

Algorithmique et programmation fonctionnelle et rcursive INF1003L LIF3
ECTS
6
25.5 18 13.5

1- C.M. :
A ENZYMOLOGIE
Le vocabulaire

B BIOENERGETIQUE

C METABOLISME
Le vocabulaire

2- T.D. :

3- T.P. :


ECTS
6
15 18 27

Lobjectif est de complter les notions dalgorithmique et programmation de lUE LIF1 en abordant la rcursivit et la
programmation fonctionnelle. Aprs un semestre de programmation itrative, les tudiants acquirent ici la technique
de programmation rcursive, afin de pouvoir dans la suite des UE dalgorithmique et programmation choisir le
paradigme convenant le mieux au problme pos. Le choix dun langage fonctionnel permet galement de diversifier
les langages de programmation maitriss par les tudiants. Les structures de donnes abordes sont celles de liste et
darbres.
Le programme est complt par des notions de base de logique des propositions et dalgbre de Boole, ces notions
tant ncessaires pour les UE dinformatique de deuxime et troisime anne.

S3
MIV
50

Zoologie (optionnelle) BIO2023L

ECTS

20.5 4.5 30

LUE Zoologie a pour objectif de donner un vraie culture zoologique des tudiants se dirigeant tant vers des masters

Les cours magistraux dbutent par une exploration de la science zoologique et de ses dveloppements actuels, en
particulier l'essor des mthodes phylogntiques qui bouleversent les visions anciennes. Est ensuite aborde l'histoire
volutive des groupes tudis ainsi que leurs principaux caractres. Les TP associs aux cours explorent la diversit
locale (Europe occidentale) des groupes vus en cours. Les groupes tudis sont les suivants: Lophotrochozoaires,

L'objectif des travaux pratiques est de pouvoir reconnatre et identifier les organismes. Le niveau de dtermination
(espce, genre, famille, ordre, etc.) sera variable selon les groupes tudis, et sera prcis chaque TP. L'examen de
cours sera un examen classique qui portera sur les notions tudies en CM. L'examen de TP aura lieu en salle de TP
et consistera reconnatre un certain nombre de taxons prsents sous forme d'chantillon (arthropodes) ou de
photographies (mammifres, oiseaux, "poissons", amphibiens, "reptiles"). Un dossier sur un groupe taxonomique prcis
sera exig de chaque tudiant.


phylogntique
biodiversit

S3
MIV
51


(2 ECTS)
10h30 7h30
EPS (1 ECTS) 18h

ANGLAIS :
domaines.

cours.

EPS :

lis cette activit.


S3
MIV
52


Descriptif des UE

Biostatistiques et bioinformatique BIO2006L

Initiation aux bases de donnes et rseaux INF2001L LIF4
ECTS
6
21 22,5 12 0 0

seront prsents : analyse de variance un et deux facteurs la rgression linaire le test de linarit. Les travaux
dirigs assureront une mise en pratique manuelle des outils vus en cours.

biostatistique.

ECTS
6
24 18 18 0 0

A) Bases de donnes
1. Introduction aux bases de donnes : Les besoins Qu'est ce qu'un SGBD ? Architecture d'un SGBD. Cycle de vie
2. Modle relationnel de donnes. Mode de reprsentation de l'information. Langage de dfinition de donnes : DDL.
Langage de manipulation de donnes : DML. Structure de donnes : relation. Schma de relation
3.Algbre relationnelle. Introduction au langage de manipulation de donnes algbriques. Les oprateurs de AR :
jointure, slection, union, projection, slection,..
4. Calcul relationnel. Calcul de tuples. Calcul de domaine
5. Le langage d'interrogation de donnes SQL
6. Modle de conception :Modle entit association
7. Optimisation de requtes algbrique. Requtes algbriques d'arbre. Optimisation d'arbre de requtes
8. Introduction au PHP. Environnement logiciel. Intgration de script dans une page web. Inclusion de fichiers.
Variables, types et oprateurs, tableaux, tableaux associatifs. Les structures de contrle. Formulaires. Accs aux bases
de donnes avec PHP, utilisation de MySQL avec PHP Connexion Slection de la base Exploitation des rsultats de la
requte

B) Initiation aux rseaux
1.Introduction et vocabulaire des rseaux Dfinitions et fonctions d'un rseau. Distinction voix/donnes. Classification et
modes de diffusion. Rseaux d'ordinateurs, rseaux tlphoniques et rseaux sans fil, Internet. Notions de dbit et
latence. Notion de fiabilit, acquittement et numrotation des messages.
2. Les applications des rseaux informatiques et d'Internet. Le modle Client/Serveur. Le fonctionnement des
applications d'Internet : connexions distance, transferts de fichiers, accs aux fichiers distants, gestion d'utilisateurs
distants, messagerie lectronique, web, annuaires (DNS, LDAP)

S4
MIV
53

Vous devez choisir imprativement 2 UE, soit :

* 1 UE optionnelle de Biologie ou 1 UE optionnelle de Mathmatiques
* 1 UE optionnelle de Biologie ou 1 UE optionnelle de Mathmatiques ou 1 UE libre

Algorithmique et programmation fonctionnelle et rcursive (optionnelle) INF1003L LIF3

Neurosciences (optionnelle) BIO 2012L
ECTS
6
30 15 12

amitieux ports par lUniversit dans ce domaine (Projets de Centre de recherche, projet Neurocampus). Lyon1 est dj
trs attractif dans ce domaine aux niveau national et international, et il est fondamental quun enseignement de L2
puisse donner aux tudiants qui le souhaitent une vision globale et actuelle de la discipline et des nombreux dbouchs
professionnels quelle suscite.


parcours.

cerveau, depuis la neurobiologie molculaire jusqu la neuro-imagerie.

ECTS
6
15 18 27

Lobjectif est de complter les notions dalgorithmique et programmation de lUE LIF1 en abordant la rcursivit et la
programmation fonctionnelle. Aprs un semestre de programmation itrative, les tudiants acquirent ici la technique
de programmation rcursive, afin de pouvoir dans la suite des UE dalgorithmique et programmation choisir le
paradigme convenant le mieux au problme pos. Le choix dun langage fonctionnel permet galement de diversifier
les langages de programmation maitriss par les tudiants. Les structures de donnes abordes sont celles de liste et
darbres.
Le programme est complt par des notions de base de logique des propositions et dalgbre de Boole, ces notions
tant ncessaires pour les UE dinformatique de deuxime et troisime anne.

S4
MIV
54

Physiologie animale (optionnelle) BIO2018L

Biologie des organismes 2 (BO2) (optionnelle) Bio2004L
ECTS
6 30 4 14 4.5

C.M. :
Bases ioniques de l'excitabilit membranaire, rpartition ionique dans les compartiments intra et extracellulaire.

T.P - T.D. :



anatomique dtaille.
Physiologie.


Mthodologie :
Apprentissage des mthodes de reconnaissance et de classification des organismes animaux et vgtaux
(systmatique, suite de BO 1).

biodiversit

ECTS
6
26.5h00 1.5h00 27h00
S4
MIV
55

Introduction a la biologie cellulaire et a limmunologie (optionnelle) BIO2014L

Microbiologie 1 (optionnelle) BIO2015L

Biologie Cellulaire
C.M. :
cellulaire.



Immunologie :
C.M. :

T.D. :Problmes issus dexpriences princeps de limmunologie ou de situations cliniques

T.P. :Raction Antigne-Anticorps : test ELISA ; Typage cellulaire et phagocytose

ECTS
6
21 21 9 0 0
ECTS
6 36 6 12

microbienne.
Les axes majeurs du C.M. seront : lorganisation fonctionnelle des Procaryotes, la croissance microbienne et les effets

Les T.D. et T.P. permettront dinitier les tudiants la manipulation, lobservation, le dnombrement des microorganis-
mes en leur enseignant les rgles de scurit qui simposent en Microbiologie :
- Techniques cytologiques et cytochimiques d'tudes des micro-organismes: bactries (observations vitales et
- Techniques de base utilises en microbiologies: strilisations, isolement, cultures pures, notions de milieux
- Mthodes de dnombrement (UFC, MPN)

microbienne.

S4
MIV
56


Zoologie (optionnelle) BIO2023L
ECTS
6
25 12 18


C.M. : : cologie des communauts (pourquoi trouve-t-on certaines espces ensemble ? Interactions interspcifiques,
conservation (la crise de la biodiversit, la conservation des populations et des espces, des communauts, des co-
systmes et des paysages).
biodiversit.

COMPTENCES ACQUISES
biodiversit

ECTS

20.5 4.5 30

LUE Zoologie a pour objectif de donner un vraie culture zoologique des tudiants se dirigeant tant vers des masters
Les C.M. dbutent par une exploration de la science zoologique et de ses dveloppements actuels, en particulier
l'essor des mthodes phylogntiques qui bouleversent les visions anciennes. Est ensuite aborde l'histoire volutive
des groupes tudis ainsi que leurs principaux caractres. Les TP associs aux cours explorent la diversit locale
(Europe occidentale) des groupes vus en cours. Les groupes tudis sont les suivants: Lophotrochozoaires,
L'objectif des T.P. est de pouvoir reconnatre et identifier les organismes. Le niveau de dtermination (espce, genre,
famille, ordre, etc.) sera variable selon les groupes tudis, et sera prcis chaque TP. L'examen de cours sera un
examen classique qui portera sur les notions tudies en CM. L'examen de TP aura lieu en salle de TP et consistera
reconnatre un certain nombre de taxons prsents sous forme d'chantillon (arthropodes) ou de photographies
(mammifres, oiseaux, "poissons", amphibiens, "reptiles"). Un dossier sur un groupe taxonomique prcis sera exig de
chaque tudiant.
phylogntique
biodiversit

S4
MIV
57

Enzymologie et mtabolisme (optionnelle) BCH2008L

Ou

une UE Libre
ECTS
6
25.5 18 13.5

1- C.M.:
A ENZYMOLOGIE
Le vocabulaire

B BIOENERGETIQUE

C METABOLISME
Le vocabulaire

2- T.D.:

3- T.P. :


S4
MIV
58

PEL4 (1 ECTS) 1h30
SHS (2 ECTS) 15h
EPS (1 ECTS) 18h

ANGLAIS :




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S4
MIV
59

Biologie gnrale, sciences de la Terre et de lunivers (BGSTU)

Descriptif des UE

Biochimie et biologie cellulaire BIO2003L

ECTS
6
39 6 12

Biochimie (24 h)
C.M. :
Bionergtique: variation d'nergie libre, potentiel d'oxydorduction, ractions couples, liaisons riches en nergie,
systme adnylate.
Transport des lectrons.
Grandes voies mtaboliques : glycolyse, fermentations, cycle de Krebs. Phosphorylation oxydative. Gluconognse.
Cycle de Cori. Bta-oxydation et rduction des acides gras.
T.D. (6h)

Biologie Cellulaire (33 h)
C.M. :
Organisation molculaire des membranes biologiques Proprits.
Cytosquelette : constituants, organisation molculaire et rgulation, rles.
Rappels sur la compartimentation des cellules eucaryotes Consquences.
Adressage des protines aux compartiments Mcanismes du trafic dans le systme endomembranaire.
T.P. : (12 h)
Initiation aux techniques de culture cellulaire.
Visualisation par immuno-localisation des lments du cytosquelette ; Histoenzymologie des phosphatases acides.
Ralisation d'un caryotype et confection d'une carte chromosomique (idiogramme)

S3
BGSTU
60

Biologie du dveloppement et gntique des populations BIO2005L

ECTS
6
25.5 9 21.5

Cet enseignement de L2 BGSTU est divis en deux parties qui abordent les concepts de base pour comprendre: 1- la
gense dun individu: embryologie animale, polarit, organogense, volution et 2- la transmission et l'volution de la
variabilit gntique des populations: volution, sant, gestion des ressources gntiques en agronomie et en biologie
de la conservation.

Partie Biologie du dveloppement :
Cet enseignement aborde les concepts de base pour comprendre la gense d'un individu en se focalisant sur
l'embryogense animale (vertbrs et drosophile). Le cours abordera principalement les aspects fonctionnels et
comparatifs, tandis que les TP permettront de comprendre la succession chronologique des stades et la morphologie
des structures embryonnaires. Les connaissances en biologie du dveloppement sont mettre en relation avec de
nombreuses disciplines, principalement la gntique et l'volution, mais aussi la biologie de la reproduction, la
physiologie et l'cologie.
C.M.
1- Embryologie et ontogense: concepts, matriel et mthodes, espces modle, stades de dveloppement,
segmentation, gastrulation, organogense.
2- Polarit : axes, centres organisateurs, morphognes ; amphibiens ; drosophile.
3- Organogense. Mtamrisation, gnes Hox, somites, vertbres ; systme nerveux, SNC, placodes, yeux ; membres
vertbrs.
4- Evolution et dveloppement : stade phylotypique, htrochronies, innovation des vertbrs, comparaison grenouille-
poulet.

T.P.
tudier l'embryologie descriptive des espces modles est indispensable pour comprendre la biologie du
dveloppement. La complexit de l'embryogense ncessite une observation rflchie de la succession des stades.
l'aide de microscopes, vous raliserez des dessins d'observation de coupes d'embryons de grenouille et de poulet.

Partie Evolution :
Cet enseignement aborde les concepts de base pour comprendre la transmission et l'volution de la variabilit
gntique des populations et leurs applications dans le domaine de l'volution (mcanismes gntiques de l'volution,
adaptation, spciation), la sant (maladie gntique, volution des rsistances) et la gestion des ressources gntiques
en agronomie et biologie de la conservation.
C.M.
es marqueurs gntiques et leurs utilisations, quantification de la variabilit gntique dans les populations
(polymorphisme, frquences allliques, htrozygotie), relation gnotype-phnotype, normes de raction, transmission
des gnes dans les populations (quilibre de Hardy Weinberg, influence des rgimes de reproduction), les diffrentes
pressions volutives (mutations, migrations, slection, drive gntique), notion de taille efficace et coalescece,
maintien du polymorphisme, adaptation des populations, gntiques des population et spciation.
T.D.
Calcul et estimation des frquences allliques. Indices de diversit gntique. test de l'quilibre de Hardy-Weinberg.
Diagnostique des maladies gntiques dans les gnalogies. Transmission de plusieurs gne (dsquilibre
gamtique). Calcul du coefficient de consanguinit, valeur slective et modle de slection. Simulation du processus de
drive gntique.

S3
BGSTU
61

Ptrologie STU2010L

Tectonique de la plante STU2009L
ECTS
6
28,5 27

Contenu :
Lunit denseignement se divise en deux parties : enveloppes profondes (ep) et enveloppes superficielles (es).
Le C.M. ep comprendra : 12 heures sur les processus magmatiques et mtamorphiques. Les thmes abords sont
les suivants :
- le magmatisme (fusion partielle, cristallisation fractionne)
- le magmatisme et la tectonique globale
- le mtamorphisme (les rarrangements structuraux, minralogiques et chimiques)
- le mtamorphisme et les sites gotectoniques
- les granitodes (orogniques et anorogniques)
- le magmatisme et le mtamorphisme comme marqueurs de la dynamique crustale et mantellique de la terre.

Le C.M. es portera sur les processus sdimentaires. Les thmes abords seront les suivants :
- les diffrents types de roches (silicoclastiques, carbonates, vaporitiques, carbones, et autres) dans leur contexte
sdimentaire
- les structures sdimentaires associes aux roches
- les facis, environnements et squences de dpt
- la diagense.

Les T.P. illustreront les thmes vus en cours et comprendront 10 sances consacres aux roches endognes et 8
sances consacres aux roches sdimentaires. Durant ces sances, les observations macroscopique et microscopique
d chantillons conduiront llaboration par les tudiants de fiches de reconnaissance des grands types de minraux,
roches et facis sdimentaires.

Les tudiants devront matriser les notions essentielles pour comprendre la constitution des enveloppes terrestres, avec
des exemples concrets. Ils seront capables de reconnatre les matriaux constituant notre plante, de les replacer dans
leur contexte de formation ou de dpt. Ces comptences leur donneront les bases indispensables pour le travail de
terrain qui sera fait ultrieurement en L3 et pendant le Master.

Secteur dactivit concern :
Enseignement secondaire

ECTS
6
36 18

C.M. :
- la tectonique globale et la dynamique des enveloppes
- les mthodes d'tude- le relief des domaines sous-marins et leur signification godynamique
- la structure et l'volution des chanes de montagne- la gense et l'volution des bassins sdimentaires
- les structures tectoniques et la dformation des roches diffrentes chelles
- la chaleur interne de la Terre et ses manifestations

Les 20 heures de T.P. concerneront l'tude de cartes tectoniques / gologiques, diffrentes chelles, du globe, de
cartes gravimtriques, de documents sismiques et de diagraphies

Les tudiants devront matriser les notions essentielles pour comprendre la dynamique des enveloppes terrestres, avec
des exemples concrets. L'tudiant sera capable de comprendre les processus tectoniques l'chelle plantaire, en
intgrant les connaissances acquises sur la structure du globe

S3
BGSTU
62


(2 ECTS)
10h30 7h30
EPS (1 ECTS) 18h

ANGLAIS :
domaines.

cours.

EPS :

lis cette activit.


S3
BGSTU
63


Descriptif des UE

ECTS
6
26.5h00 1.5h00 27h00

anatomique dtaille.
Physiologie.

Les tudes compares des cycles de reproduction sont mises en relation avec la conqute du milieu terrestre. La
multiplication vgtative est aborde.
Les T.P. sont une observation directe du matriel partir d'exemples simples illustrant le cours

BO 1).
biodiversit

S4
BGSTU
64
Physiologie cellulaire et fonctionnelle BIO2019L
Physiologie vgtale
ECTS
6
46.5 9 4.5

EXCITABILITE MEMBRANAIRE : un support pour l'information
L'activit lectrique membranaire est traite au niveau de 3 structures cellulaires :
- cellule nerveuse - cellule musculaire lisse et strie
Prsentation des lois physiques qui sous-tendent les mouvements ioniques, supports de l'activit lectrique.
REPRODUCTION HUMAINE :
- physiologie des appareils gnitaux masculin et fminin
- hormones ovariennes et testiculaires
- le cycle fminin et son contrle
- fcondation, grossesse, accouchement, lactation
- contrle des naissances
- procration mdicalement assiste
METABOLISME MUSCULAIRE :
- structure des cellules musculaires squelettiques, cardiaques et lisses
- le couplage excitation-contraction (muscle squelettique et cardiaque) ;
- modulation de lactivit musculaire cardiaque et lisses (hormones, facteurs intrinsques ) ;
- jonction neuromusculaire ;
-activit pacemaker et automatisme cardiaque ;
- muscle lisse unitaire et multi-unitaire ;
- mtabolisme musculaire
- physiopathologie musculaire..

COMPTENCES ACQUISES
Mthodologiques :
Utilisation et analyse de ressources Internet
Constitution de dossiers et Prsentation orale
Sensibilisation aux technologies informatiques de communication et d'enseignement (TICE)
Techniques :
Lecture de lames histologiques : structure histologique et cytologique des organes gnitaux.

ECTS
6

1) La photosynthse

S4
BGSTU
65

Structures et fonctions des organismes BIO2022L

ECTS
6
28 3 24 12

Cette UE mixte BOA/BOV propose des connaissances complmentaires aux UE BO1 et BO2 sur la biologie des
organismes pour la prparation aux concours des mtiers de l'enseignement.

Partie BOA :
volution des structures et des fonctions chez les Invertbrs
- Systmatiques des Invertbrs
- Plan d'organisation des Echinodermes
- Structure en relation avec les fonctions de nutrition, excrtion, reproduction, relation et locomotion chez les
Arthropodes
- Adaptation, homologie et convergence volutive

Partie BOV :
Complments en Biologie Vgtale pour la prparation aux concours des mtiers de l'enseignement
Les plantes d'intrt conomique; aspects cologique, socio-conomique et biothique
- Plantes de grande culture (bl, mas, tomate, betterave, colza.....), arbres fruitiers, essences forestires (peupliers,
conifres....)
- Aspects cologiques des monocultures; impact sur la biodiversit
- Les flux gniques entre espces vgtales
- Les productions vgtales usage industriel
- Production de protines pour l'industrie et la pharmacie
- Les OGM

S4
BGSTU
66


PEL4 (1 ECTS) 1h30
SHS (2 ECTS) 15h
EPS (1 ECTS) 18h

ANGLAIS :




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S4
BGSTU
67

Cursus Bio-concours

Descriptif des UE

Gntique 2 BIO2013L

ECTS
6
25,5 21 9

complexit et face leur environnement rel (naturel ou anthropis). Les connaissances acquises dans l'UE Gntique
1 seront compltes par l'tude des diffrents compartiments du gnome (nuclaire et extra-nuclaire), l'hrdit non
mendelienne des caractres, leur variabilit et expression phnotypique, ainsi que leur mode de transmission
l'chelle des populations avec une introduction la gntique des caractres quantitatifs. Les applications dans les
domaines de la sant (pidmiologie des maladies gntiques, volution des rsistances), l'amlioration et la gestion
des ressources gntiques en agronomie ainsi la comprhension des mcanismes gntiques de la rponse des
organismes aux variations de leur environnement seront prsentes. Cet enseignement aborde aussi les concepts de
base pour comprendre les mcanismes gntiques de l'volution des espces. Il introduit l'utilisation des outils
statistiques et de modlisation en gntique.

C.M. :
- Gntique quantitative : relation gnotype-phnotype, normes de raction, effets des gnes (additivit, dominance,

T.D. :

T.P. :
- Analyse molculaire de la diversit gntique : polymorphisme ADN rvl par des marqueurs microsatellites chez la
- Simulation de l'volution gntique d'une population sur ordinateur

S3
Bio-C
68


ECTS
6
21 15 18

Jusqu'au dbut des annes 70, on se contentait de dcrire le dveloppement d'un embryon, et d'analyser les

gastrulation par exemple ? Dans cette UE nous voyons donc comment se construit un organisme au tout dbut de son
dveloppement en termes molculaires et cellulaires.



S3
Bio-C
69


ECTS
6
25.5 18 13.5

C.M. :
A ENZYMOLOGIE
Le vocabulaire

B BIOENERGETIQUE

C METABOLISME
Le vocabulaire

T.D. :

T.P. :


S3
Bio-C
70

Bio-concours Bio-maths

Bio-concours TD 1

ECTS
6
61,5

Cet enseignement est destin complter les connaissances en Biologie et Mathmatiques sur lensemble du
programme du concours des coles ENV.
Le programme des concours peut tre modifi suivant les annes (en moyenne il est lgrement modifi tous les 3
ans) ; en consquence le contenu de lUE propose ici, bas sur le programme 2006, est susceptible dvoluer en
fonction de lvolution des programmes des concours.

- Biologie des organismes (13h30 CM) :
Larbre phylogntique ; rflexion sur la classification du monde animal (3h) ; Coelome, mtamrie, cphalisation (3h) ;
Les annexes embryonnaires (exemple du dveloppement des oiseaux), placentation des mammifres ; Viviparit et
changes materno-foetaux chez les mammifres euthriens (4h30) ; Le tissu sanguin (1h30) ; Multiplication vgtative
naturelle et artificielle des angiospermes (1h30).

- Biologie cellulaire et molculaire (15h CM) :
Constituants cellulaires des cellules procaryotes et eucaryotes et des virus ; notion de cellule eucaryote
plurifonctionnelle (exemple de la paramcie) (1h30) ; Elments de gntique bactrienne : conjugaison, transduction,
transformation (7h30) ; -Niveaux structuraux des protines et leur importance fonctionnelle (6h) : transporteurs
membranaires, rcepteurs membranaires et intracellulaires, anticorps (structure et interaction antigne-anticorps)

- Mathmatiques (33h):
Algbre linaire( espaces vectoriels, sous-espaces vectoriels, combinaisons linaires, indpendance linaire, famille
gnratrice, famille libre, bases, sous-espaces engendrs ; applications linaires, compositions dapplications linaires,
image, noyau, rang ; matrice dun systme de vecteurs, oprations sur les matrices, rang ; dterminants et
applications : calcul pratique, systme dquations linaires, inversion dune matrice carre ; valeurs propres, vecteurs
propres, sous espaces propres ) ; Rgression linaire simple ; Analyse (formule des accroissements finis,
dveloppements limits, quations diffrentielles linaires du second ordre coefficients constants ) ; Sries :
convergence, divergence dune srie, reste dune srie convergente ; sries gomtriques ; sries termes positifs,
comparaison de deux sries termes positifs ; Probabilits ( variables alatoires valeur dans R
2
, discrtes ou
densit : lois marginales, lois conditionnelles, indpendance ; introduction aux variables alatoires dans R
n)
.

ECTS

59h10min

Il sagit, dans cette UE de S3 de prparer spcifiquement les tudiants aux preuves des concours, par des sances
classiques de travaux dirigs en groupe, mais aussi et surtout par des sances individuelles dentranement, crites et
orales.

LUE comprendra donc des TD de mathmatiques, chimie, biologie, franais qui seront bass sur des corrections dan-
nales dpreuves de concours, des crits blancs de chimie, biologie et franais complts par des corrections
dtaille, et des oraux blancs sous forme de colles dans les matires des preuves dadmission du concours :
mathmatiques, langues vivantes.

S3
Bio-C
71


(2 ECTS)
10h30 7h30
EPS (1 ECTS) 18h

ANGLAIS :
domaines.

cours.

EPS :

lis cette activit.


S3
Bio-C
72

Cursus Bio-concours

Descriptif des UE


ECTS
6
26.5h00 1.5h00 27h00

anatomique dtaille.
C.M :
Il veille prsenter les relations avec les autres enseignements de la Licence, tels que la Palontologie et la
Physiologie.

T.P. :
Ils constituent une illustration et un complment, au travers de dissections et d'observations de lames microscopiques
et de pices squelettiques.

C.M :
Il prsente les diffrents aspects de la reproduction sexue dans la srie vgtale des Thallophytes aux Cormphytes. Il
aborde les notions de cycle de reproduction, fcondation, miose. Relations sporophyte/gamtophyte.

T.P. :
Ils sont une observation directe du matriel partir d'exemples simples illustrant le cours. (TP)

BO 1).

biodiversit

S3
Bio-C
73


Chimie organique fonctionnelle CHM2012L

ECTS
6
19.5 19.5 15 - 6

Connaissance des principales fonctions organiques rencontres dans le milieu biologique : tude de leur ractivit par
l'aspect mcanistique, aspect cintique et aspect strochimique.
- les hydrocarbures saturs (substitution radicalaire)
- les hydrocarbures insaturs : alcnes et alcynes (additions lectrophiles et radicalaires)
- les drivs halogns (substitutions nuclophiles SN1 et SN2, liminations E1 et E2)
- les composs aromatiques (substitution lectrophile)
- les alcools, thers, actals, thiols, amines (comportement en milieu acide ou basique)
- les composs carbonyls: ctones, aldhydes (synthses et ractions d'additions nuclophiles: formation de base de
Schiff)
- les esters, amides et nitriles (synthses et ractions daddition-limination)

L'enseignement dispens permettra l'tudiant de se familiariser avec la ractivit des molcules organiques ; une
rflexion sur les mcanismes et l'tude de l'environnement de la molcule doit permettre l'tudiant d'en dduire la
ractivit.

Les travaux pratiques permettront aux tudiants de dcouvrir les manipulations en laboratoire de chimie
organique, de sinitier aux BPL (Bonnes Pratiques de Laboratoire) ainsi qu la rdaction dun compte-rendu
dexprience.

ECTS
6
30 4 14 4.5


C.M. :
extracellulaire.

T.P. et T.D. :

S3
Bio-C
74

Physiologie vgtale

Bio-concours Chimie

ECTS
6


1) La photosynthse



ECTS
6
51 9 - -

Cette UE vise complter les connaissances de Chimie et seront dfinies par rapport au programme du concours B
des coles ENV. La chimie organique est exclue de cette UE dans la mesure o les connaissances requises dans ce
domaine sont proposes dans lUE Chimie Organique Fonctionnelle (COF) qui sera un prrequis de cette UE.

Le programme des concours peut tre modifi suivant les annes (en moyenne il est lgrement modifi tous les 3
ans) ; en consquence le contenu de lUE propose ici, bas sur le programme 2006, est susceptible dvoluer en
fonction de lvolution des programmes des concours.

LUE Bio-concours Chimie propose des enseignements concernant la constitution de la matire, les quilibres
chimiques en solution (acide/base, complexation, redox, prcipitation), des principes de cintique et de
thermodynamique ainsi quune partie interactive concernant la mise en place de travaux pratiques de chimie car les
candidats au concours peuvent tre interrogs sur la partie exprimentale correspondant au niveau licence, afin de
vrifier sils connaissent le matriel et son utilisation (dosages volumtriques, UV-visible, distillation, montages synthse
organique, notions de scurit, analyses classiques).

Pour des questions pratiques, cette formation de TP sera propose en TD sous forme de mini-exposs o chaque
tudiant participera en donnant des indications sur le matriel et/ou son utilisation. Lenseignant compltera la prsen-
tation et rappellera la thorie sur laquelle se base lexprience. Ceci peut se faire en salle de TD avec la possibilit
damener du matriel ou dfaut de projeter des documentaires.

S3
Bio-C
75

Bio-concours TD 2

ECTS

47h50min

ll sagit, dans cette UE de S4 de prparer spcifiquement les tudiants aux preuves des concours, par des sances
classiques de travaux dirigs en groupe, mais aussi et surtout par des sances individuelles dentranement, crites et
orales.

LUE comprendra donc des TD de mathmatiques, chimie, biologie, franais qui seront bass sur des corrections
dannales dpreuves de concours, des crits blancs de chimie, biologie et franais complts par des corrections
dtaille, et des oraux blancs sous forme de colles dans les matires des preuves dadmission du concours :
mathmatiques, langues vivantes.

S3
Bio-C
76

3
me
anne
77


Microbiologie (M)
Physiologie (P)

Descriptif des UE

Biologie cellulaire

ECTS
6
27 h 7,5 h 20 h

4 grands thmes sont abords en cours :
- Le cytosquelette
- Les voies de signalisation intracellulaire
- Le cycle cellulaire
- Les bases du trafic intracellulaire

Sur les bases de ce cours, 20 h de TP sont raliss dans le but de :
- Mettre en vidence et caractriser les diffrents constituants du cytosquelette
- Etudier les modifications du cytosquelette d'actine au cours de l'adhsion et du dplacement cellulaire
- Mettre en vidence diffrents tissus au sein dun organe par histologie et immunohistochimie sur coupe paraffine
- Mettre en vidence le processus de phagocytose en microscopie lectronique balayage
Ces TP permettent lacquisition de connaissances et de savoir-faire en culture cellulaire, immuno-marquage,
microscopies fond clair et fluorescence et enfin microscopie lectronique balayage.

Les exercices proposs en TD sont des problmes conus partir darticles scientifiques, en application directe avec
les 4 thmes abords en cours. Ils permettent de mieux apprhender les diffrentes techniques utilises en biologie
cellulaire.

S5
GBC
M
P
78


Outils et bases molculaires BIO3033L

ECTS
6
36 2 12

Les enseignements touchent les domaines de la biologie et physiologie des microorganismes et leurs applications
conomiques. Ils permettent de dvelopper des connaissances fondamentales et appliques, d'acqurir une mthode
de recherche, de dvelopper rigueur et sens critique grce un enseignement interactif dans le cadre de travaux
dirigs et pratiques.

Sont dvelopps:- la diversit biologique: bactries, levures, champignons microscopiques, protozoaires,
- la diversit mtabolique : catabolismes, bioconversions, fermentations et applications industrielles et agroalimentaires
- la diversit physiologique : agents antimicrobiens, mcanismes de rsistance
- le rle et l'implication des diffrents lments structurels de la cellule bactrienne et fongique dans les mcanismes
d'adaptation au milieu et de virulence. (mouvement bactrien, quorum sensing, biofilms, systmes de scrtion...)
- les stratgies infectieuses des microorganismes : les mcanismes cellulaires et molculaires mis en place dans le cas
dinfections bactriennes, fongiques et parasitaires seront abords par lintermdiaire dexemples dvelopps dans le
cours.

Les Travaux Pratiques sont organiss sous la forme de ministage et ont pour objectif une illustration du cours et doivent
permettre aux tudiants dacqurir les gestes et raisonnement de base de la microbiologie

ECTS
6
24 12 18
3h si pris en charge
par le plan licence

Le programme sera prsent avec un niveau de dtail moyen : il ne sagit pas de prsenter le plan du cours par
exemple, mais les grands thmes abords, les objectifs de lenseignement.
Il est demand un maximum de 25 lignes.

Lobjectif de cette UE est de prsenter aux tudiants les principaux outils molculaires qui sont utiliss actuellement en
biologie pour tudier les gnomes et lexpression des gnes, et qui permettent daborder diverses questions biologiques
avec une mthodologie approprie.
Pour bien comprendre lutilisation de ces outils molculaires et leurs limites, seront revues et approfondies les
connaissances sur lorganisation de la chromatine et des gnomes, le maintien du gnome ainsi que les bases
molculaires du fonctionnement des gnes et les divers mcanismes de rgulation de leur expression.

Des travaux dirigs et pratiques aideront les tudiants relier leurs connaissances thoriques des faits concrets,
laboration dun protocole exprimental et sa ralisation, manipuler des concepts abstraits (comportements de diverses
molcules dans diverses situations, un tube, un gel dlectrophorse ), prvoir les rsultats exprimentaux attendus
et analyser les rsultats observs.

Les travaux dirigs sont constitus dexercices construits partir darticles scientifiques portant sur les diverses parties
du cours. Ltudiant doit analyser les rsultats obtenus par les chercheurs, les interprter, et rdiger lensemble de son
raisonnement. Quelques exercices sont rdigs en anglais pour exercer la comprhension de langlais scientifique.
Les travaux pratiques sont construits sous forme dun mini stage et sont une initiation une approche molculaire
exprimentale pour caractriser la fonction et la structure dun gne eucaryote.

S5
GBC
M
P
79

Rgulations physiologiques BIO3040L

ECTS
6
30 9 18

LUE vise faire acqurir aux tudiants les bases des rgulations endocrines et neuroendocrines des fonctions
physiologiques. Par son approche intgre et compare, cette UE sadresse aux tudiants de la licence Sciences,
Technologies, Sant quel que soit leur parcours.
L'enseignement aborde les grands thmes suivants en cours magistraux avec des illustrations plus spcifiques en
travaux dirigs et pratiques.

C.M. :
Rgulations endocrines et neuro-endocrines ; Synthse des hormones, dosages, explorations fonctionnelles, modes
daction des hormones ; Le complexe hypothalamo-hypophysaire ; Les principales glandes endocrines ; Systme
nerveux vgtatif, systme nerveux ortho et parasympathique ; Rgulations du milieu intrieur (glycmie, quilibre
hydrominral) ; Rgulations du mtabolisme nergtique et de la croissance ; Rgulations de la digestion et de la
reproduction ; Rponses au stress ; Endocrinologie compare : oiseaux, poissons et insectes

T.D. :
Illustration du cours, exploration fonctionnelle de lactivit endocrine, endocrinologie des cycles reproducteurs chez les
animaux

T.P. :
Consquences morphologiques et fonctionnelles de modifications pharmacologiques du statut endocrine, dissection
des glandes endocrines, rgulation endocrine de la glycmie, Histologie des glandes endocrines, immuno-histochimie,
rgulation endocrine de la lipolyse.

S5
GBC
M
P
80


SHS (2ECTS) 15h CM ou TD
EPS (1 ECTS) 18h

ANGLAIS :
Cet enseignement a pour objectifs :
- Obtenir le niveau B1+ du cadre europen de rfrence.
- Acqurir langlais de spcialit (lexique, particularits de la langue) .
- Sexprimer loral en situation similaire des situations professionnelles (entretien dembauche, runions,
dbats, changer avec des pairs, savoir parler de sa formation et son exprience).
- Aborder la lecture darticle scientifique et pouvoir le dcrire loral dans une situation informelle de discussion avec
des pairs et progresser en expression et comprhension orales et crites (CV, lettres de motivation).
- Dvelopper un regard critique sur les documents (niveau de fiabilit du document, ton, information implicite, humour,
cohrence

Sciences Humaines et Sociales (SHS) :
service commun de formation en sciences humaines et sociales de lUniversit Claude Bernard propose une srie de
formations permettant dapporter, une problmatique relevant des sciences de la vie ou de la sant, des sciences
mathmatiques, des sciences de la matire ou des sciences pour lingnieur, un regard anthropologique, didactique,
conomique, pistmologique, historique, philosophique ou encore sociologique. Les thmes sont renouvels chaque
semestre pour permettre une meilleure inscription de cette rflexion dans le quotidien.

EPS :
Cette formation initiale vise dvelopper chez ltudiant, les qualits de communication, la prise de responsabilits et
les capacits travailler en quipe. Elle lui permet galement dlaborer et de mener terme des projets travers la

lis cette activit.


S5
GBC
M
P
81

Gntique et Biologie Cellulaire

Descriptif des UE

Gntique 3 BIO 3017L

Dynamique de la cellule BIO3009L
ECTS
6
40 15

C.M. :
- Adressage des protines aux compartiments cellulaires
- Mcanismes du trafic dans le systme endomembranaire
- Rgulation du cycle cellulaire- Drgulation du cycle cellulaire et pathologies
- Diffrenciation cellulaire
- Notions concernant l'apoptose et l'anokis

T.D. :
- Exercices d'application des diffrentes parties du cours. Problmes conus partir d'articles scientifiques
- Interprtation dtaille de l'architecture cellulaire l'chelle histologique et ultrastructurale.

Mthodologiques :
Recherche bibliographique
Analyse d'articles scientifiques

Secteur dactivit concern :
Public : Organismes de recherche en sciences de la vie et de la sant
Priv : Laboratoires R&D et lignes de production en sciences biologiques et biotechnologie

ECTS
6
40 16 0 0 0

Cette UE est centre sur l'analyse et la dynamique des gnes et des gnomes.
Elle s'attache prsenter et comparer les situations de la bactrie l'homme et runit aussi bien des enseignants
spcialistes des unicellulaires que des enseignants spcialistes des eucaryotes suprieurs.

Gnomes et gnes
- Structure : projets gnomes, lments constitutifs et variations individuelles, cartographie
- Lsions et rparation : origines et types de lsions, senseurs, mcanismes de rparation, bilans qualit, mutations,
bilans molculaires et leurs effets.
- Mcanismes molculaires de la dynamique et de la plasticit des gnomes :
variabilit gntique et situations de brassages gntiques
recombinaisons, conversions, hyper mutabilit, transduction, transferts horizontaux
pathologies associes,
applications et biotechnologies.
- volution de la structure du gne :
quel(s) gne(s) originel(s) ? quelles volutions ? quels avantages ?

S6
GBC
82

Mcanismes du dveloppement BI5532L3

TP de Gntique et biologie cellulaire BIO3077L

ECTS
6
30 10 15

I - Mcanismes gntiques, molculaires et cellulaires du dveloppement animal
- Mcanismes de spcification cellulaire, mise en place du plan dorganisation chez des animaux modles,
comparaison Invertbrs/ Vertbrs : gnes homotiques, mise en place de laxe dorsoventral, Dveloppement et
croissance post-embryonnaire, mtamorphose

II Prsentation de faon intgrative des particularits et des mcanismes du dveloppement vgtal
- les plantes modles utilises en laboratoire.
- totipotence et transformation stable des plantes modles
- contrle gntique et molculaire de la croissance indfinie des plantes qui s'oppose la croissance dtermine des
animaux.

III - Dveloppement et volution
De lembryologie lvo-dvo: phylotype, htrochronies, mthodes; Mcanismes gntiques, Processus volutifs

IV - Introduction des cellules souches
Les cours sont illustrs par des travaux pratiques.
L'tudiant ralisera aussi une recherche bibliographique sur un thme de biologie du dveloppement humain, animal ou
vgtal, li une question de socit actuelle.

ECTS
6
80
+ 4h si pris en charge
par le plan licence


Cette UE est un stage de travaux pratiques temps plein, qui permet aux tudiants dapprhender la dmarche
exprimentale avec les outils actuels de la gntique et de la biologie cellulaire.

L'objectif mthodologique de ces travaux pratiques est d'une part une initiation la gntique molculaire et
l'approche interfrence (RNAi) en utilisant un organisme modle, le nmatode Caenorhabditis elegans, et d'autre part
l'utilisation des outils de biologie cellulaire moderne appliqus diffrents processus cellulaires sur un organisme
entier, sur des tissus et en culture cellulaire.
L'ensemble de l'UE abordera l'laboration d'un plan exprimental, la manipulation, la collecte et l'analyse des rsultats
obtenus.

Cette UE, dont le volume horaire est volontairement important, est prprofessionalisante, car elle permet de mettre les
tudiants dans les conditions de travail en laboratoire pendant prs de 3 semaines conscutives.
Elle correspond ainsi l'quivalent d'une UE obligatoire de stage en S6 quand celui-ci s'effectue dans un laboratoire de
recherche.

Dans le cadre du plan russite en licence, 2 sances de 2 heures sont demandes luniversit. Pour accroitre laspect
de professionnalisation de cette UE, les mtiers de la recherche et de lenseignement suprieur seront prsents ces
tudiants en S6, avec des exemples prcis et des tmoignages : enseignants chercheurs et chercheurs, tudiants M2,
doctorant, post doctorant, ingnieur, et technicien.

S6
GBC
83
Vous devez choisir une UE optionnelle de Biologie ou lUE libre

Approches statistiques et bioinformatique du vivant (optionnelle) BIO3001L

Conduite de projet BIO3008L

ECTS
6
18 12 24 0 0

Ce module est constitu de deux units denseignement de 3 crdits chacune, lune portant sur lacquisition des outils
statistiques de base en biologie et lautre axe sur lacquisition des outils bioinformatiques de base en gnomique,
protomique et phylognie.
Chacune des deux units denseignement peut tre suivie indpendamment.

L'objectif du module de statistiques est de permettre l'tudiant d'analyser des donnes exprimentales simples :
remise niveau: principe des tests d'hypothse
comparaison de moyennes, ANOVA 1, ANOVA 2
corrlation, rgression linaire simple
tests non paramtriques correspondant aux situations ci-dessus
test de Chi-2

Les T.D. seront consacrs au choix et la mise en oeuvre de ces mthodes dans le cadre de questions biologiques
relevant de la gntique, la microbiologie et la physiologie. Des travaux pratiques seront effectus sur machine en
utilisant un logiciel de statistiques en libre accs, R.

Le programme pdagogique propos en bioinformatique repose sur lutilisation des logiciels les plus usits en
gnomique : recherche dinformation dans les banques de squences, techniques d'annotation de squences
(identification de gnes, identification de rgions de rgulation, recherche par similarit), utilisation de donnes
d'expression.
Phylognie : notions fondamentales (familles multigniques, orthologie / paralogie), comparaison des mthodes,
reconstruction phylogntique.

ECTS
6
9 4

Un enseignement fondamental de 9 heures, comprenant :
- Une initiation la conduite de projet
- Une initiation la rdaction scientifique et la prsentation orale
- Une histoire des sciences et pistmologie

Un stage de 4 semaines :
Soit dans un laboratoire de recherche, priv ou public, ...
Soit dans le secteur public : enseignement, institution d'tat, collectivits territoriales,
Chaque tudiant reste libre de choisir un stage dans l'universit ou l'extrieur de l'universit, lui permettant de mettre
en pratique les connaissances thoriques et de prendre contact avec l'environnement professionnel vers lequel il se
destine.
La dure du stage doit tre de 4 semaines, sur une priode continue ou discontinue selon le thme du stage et le
calendrier denseignement.

S6
GBC
84

Interactions entre macromolcules BCH3014L

ECTS

24 8 24

Cette UE a pour but de prsenter les donnes thoriques et les approches techniques ncessaires ltude des
interactions entre macromolcules dans leur contexte biologique. Le rle essentiel des interactions protine-protine et
protine-acides nucliques sera illustr par divers exemples biologiques (voies de transduction du signal, interaction
antigne-anticorps, rgulations gniques).

C.M. :
1. Les protines au centre des interactions entre macromolcules
- Rappels sur les proprits physicochimiques des protines
- Prparation et sparation des protines dintrt : techniques chromatographiques et electrophortiques
- Modifications post-traductionnelles et leur rle dans les interactions protine-macromolcules biologiques
- Les liaisons entre biomolcules
- Notion daffinit et de spcificit, cintique de linteraction (constante dquilibre et de dissociation)
2. Les interactions protine-protine
- Techniques dtude des interactions protine-protine in vitro : Far western, pull down
- Techniques dtude des interactions in vivo : co-fractionnement chromatographique, pontage chimique, co-
immunoprcipitation, double hybride, FRET
- Linteractome : approches globales (double-hybride systmatique, protomique fonctionelle, approches gntiques)
Choix de la stratgie en fonction des paramtres connus
3. Les interactions protine-acides nucliques et acide nuclique-acide nuclique
- Rle des interactions protine-acide nuclique. Les motifs protiques de fixation de lADN, notions de domaines
protiques fonctionnels
- Les interactions acide nuclique-acide nuclique, rle dans le contrle de lexpression des gnes
- Techniques dtude des interactions protine-acide nuclique et acide nuclique-acide nuclique : footprinting, gel-
retard, simple hybride, ChIP, ChIP-ChIP, hybridation ADN-ARN, ARN-ARN.

T.D. :
Illustration du cours sur la base danalyse darticles rcents

T.P. :
-Mise en vidence de linteraction in vitro entre les protines Not5 et TAF19
- Surproduction et purification des protines recombinantes 6his-Not5 et GST-TAF19
- Mise en vidence de leur interaction par GST pull-down
- Vrification in vivo de la prsence d'un facteur de transcription sur un promoteur par la technique ChIP

S6
GBC
85

Devenir des tudiants de L3 mention Biologie, lanne suivante, Lyon 1:

Intituls des Masters :
BCMO Biologie Cellulaire et Molculaire, Oncologie puis GBC Gntique et Biologie de la Cellule (depuis
lhabilitation 2007/2010) ; Biosciences ; EEME Ecologie, Ecologie Microbienne, Evolution puis ME Microbiologie
Ecologie depuis lhabilitation 2007/2010; ERNIU Environnement, risques naturels, industriels et Urbains ;
Physiologie et Neurosciences ; Biochimie ; HPDS Histoire Philosophie et Didactique des Sciences ; AMIV
Approches statistiques et Informatiques du Vivant puis Sant Populations (depuis lhabilitation 2007/2010) ;
Gnie lectrique, Gnie des procds ; ST Sciences de la Terre.

Parcours Gntique et Biologie de la Cellule (GBC)

Devenir Lyon 1, des tudiants inscrits en licence parcours GBC

lhabilitation 2007/2010) ;

Autres masters Lyon1 choisis : Biochimie ; EEME ; HPDS ; ERNIU ; Biosciences

Conclusions :
15,6%, en moyenne, des tudiants, en moyenne, redoublent en L3 GBC
75% des diplms de la licence STS parcours GBC, en moyenne, continuent en master Lyon 1, principalement en
master BCMO (ou GBC)(73,4%)
Nombre et % de russite
en L3 parcours GBD puis GBC (2007)
2006/2007
35 diplms (74,5 %)
2007/2008
32 diplms (72,7 %)
Conclusions :
73 % des tudiants de L3 parcours GBC
sont, en moyenne, diplms chaque anne.
Redoublement en L3 biologie
Lyon 1
Nombre et % dtudiants diplms de licence poursuivant
en Master Lyon1, dont le master BCMO (ou GBC)
Autre orientation Lyon 1
Masters Lyon1 Master BCMO puis GBC
2007/2008
7 tudiants (14,9%)
2007/2008
26 tudiants (74,3%)
2007/2008
25 tudiants (71,4%)

2008/2009
8 tudiants (18%)
2008/2009
27 tudiants (84,4%)
2008/2009
26 tudiants (81,25%)

S6
GBC
86

Microbiologie

Descriptif des UE

Gntique 3 BIO 3017L
TP de Gntique microbienne
ECTS
6
40 16 0 0 0

Cette UE est centre sur l'analyse et la dynamique des gnes et des gnomes.
Elle s'attache prsenter et comparer les situations de la bactrie l'homme et runit aussi bien des enseignants
spcialistes des unicellulaires que des enseignants spcialistes des eucaryotes suprieurs.
Gnomes et gnes
- Structure : projets gnomes, lments constitutifs et variations individuelles, cartographie
- Lsions et rparation : origines et types de lsions, senseurs, mcanismes de rparation, bilans qualit, mutations,
bilans molculaires et leurs effets.
- Mcanismes molculaires de la dynamique et de la plasticit des gnomes :
variabilit gntique et situations de brassages gntiques
recombinaisons, conversions, hyper mutabilit, transduction, transferts horizontaux
pathologies associes,
applications et biotechnologies.
- volution de la structure du gne :
quel(s) gne(s) originel(s) ? quelles volutions ? quels avantages ?

ECTS
6
80 0 0

Cette UE propose daborder les concepts de base et la pratique de la Gntique en initiant ltudiant aux techniques
classiques de gntique formelle et molculaire, couramment utilises chez les microorganismes. Ces concepts seront
en relation avec les cours dispenss dans lUE Gntique 3 , UE obligatoire suivie par les tudiants su parcours.
Cette UE sera organise sous la forme dun stage de travaux pratiques de 3 semaines o ces concepts seront illustrs
laide de deux modles exprimentaux diffrents : la bactrie Escherichia coli (procaryote) et la levure
Saccharomyces cerevisiae (eucaryote). Dans chaque modle, les approches gntiques seront utilises pour tudier
des processus dadaptation mtaboliques de ces microbes face leur environnement : lopron lactose chez E. coli et
la rgulation des gnes GAL chez S. cerevisiae.

Les comptences mthodologiques acquises seront la caractrisation gnotypique/phnotypique, la mutagnse, la
recherche et lanalyse de mutants, les invalidations de gne, les interactions gntiques et fonctionnelles, les
interactions protine-protine par 2-hybride, le clonage de gnes. Les techniques, spcifiques ou communes aux deux
microbes, seront dordre microbiologique (culture et croissance microbienne, laboration de milieux), gntique
(mutagnse, transformation, transduction de phages, rpliques), biochimique (extraits cellulaires, dosages
enzymatiques, SDS-PAGE, Western-blot), de biologie molculaire (extraction/analyse dADN gnomique et
plasmidique, PCR)
Les dbouchs et secteurs d'activit concerns sont:
- La formation pratique de base en biologie pour poursuivre en cologie microbienne, gntique ou biologie du
dveloppement.
- Les mtiers de la recherche fondamentale et applique dans les domaines de la microbiologie/gntique.
- Les secteurs biomdical, bioindustriel, agroalimentaire ainsi que les biotechnologies

S6
M
87

Vous devez choisir entre lUE Biologie cellulaire microbienne ou lUE Ecologie microbienne

Biologie cellulaire microbienne BIO3005L

Ecologie microbienne BIO3012L
ECTS
6
30 25

Les enseignements concernent les domaines de la biologie, de la biochimie et de la physiologie molculaire des
microorganismes en traitant dexemples tris chez les champignons, protozoaires et bactries. Ils permettent dacqurir
des connaissances de type fondamental et appliqu, damliorer la comprhension des outils et des mthodes de la
recherche et de dvelopper rigueur et sens critique.

Contenu de l'UE :
1. Architecture de la cellule : paroi - compartiments - structures spcialises
2. Dynamique cellulaire : polarit - signalisation - transport et scrtion - microorganismes pluricellulaires
3. Diffrenciation cellulaire : sporulation - reproduction - infection symbiose - filamentation

Partie exprimentale :
Un stage continu de 4 jours par groupe de TP permet de mener bien un projet exprimental centr autour de
ladaptation un environnement dun microorganisme infectieux des plantes.

ECTS
6
22,5h 8h 24,5h

L'objectif du module est l'acquisition de concepts thoriques et de mthodologies en cologie des micro-organismes
dans les domaines suivants :

I- Acclimatation et adaptation des micro-organismes aux contraintes environnementales, rgulation de l'homostasie.
-pH
-temprature
-salinit...

II-Relations interspcifiques
- Comptition - Amensalisme- Commensalisme
- Parasistisme
- Symbiose
- Prdation

III Notion de Bioindicateurs

Comptences acquises
* Mthodologiques :
Analyse et comprhension de la diversit microbienne, de l'volution et des interactions au sein du monde microbien.
Notions de bioindicateurs, example.

* Techniques :
Techniques d'observation, d'identification et caractrisation taxonomique des micro-organismes: mthodes
phnotypiques (morphologie, analyse de la paroi, donnes mtaboliques, approches immunologiques, etc...) et
molculaires (PCR, etc..), de dnombrement. Mesure d'activits microbiennes

* Secteur d'activit concern :
Ecologie microbienne, microbiologie environnementale, bioscurit, taxonomie microbienne.

Cette UE est trs fortement conseille pour le Master " Ecologie, Ecologie Microbienne, Evolution" .

S6
M
88

Stage de Microbiologie

Vous devez choisir une UE optionnelle de biologie ou lUE libre

Conduite de projet (optionnelle) BIO3008L

ECTS
6
1,5 0 48,5 0 0

Stage de Microbiologie
- Un cours dintroduction sur : Les xylanases microbiennes et leur intrt en industrie

- Un TP de Bactriologie sur : Le Criblage de bactries du sol productrices de xylanases, puis la recherche et
lidentification de Bacillus dans cette population (Dtermination bactrienne, Galerie biochimique miniaturise)

- Un TP de Mycologie sur : La Production de Xylanase par fermentation en milieu solide dune moisissure.
Lobservation des contaminants en industrie (moisissures et levures).

- Un TP de Biotechnologie sur : La bioproduction de xylanase htrologue chez la levure Kluyveromyces lactis
(Extraction dADN plasmidique de bactries, Obtention de levures comptentes, Transformation des levures)

- Un TP de Biochimie sur : Le Dosage dactivits xylanases dorigine bactrienne, recombine, fongique et
commerciale. La visualisation des activits xylanases sur Zymmogramme.

- Un TP de BioInformatique sur : La recherche in silico de gnes codant pour des activits xylanases sur la squence
gnomique dune moisissure.

ECTS
6
9 4


destine.

S6
M
89

Interactions entre macromolcules (optionnelle) BCH3014L

Ou

LUE libre
ECTS

24 8 24


C.M. :
Les protines au centre des interactions entre macromolcules
Rappels sur les proprits physicochimiques des protines
Prparation et sparation des protines dintrt : techniques chromatographiques et electrophortiques
Modifications post-traductionnelles et leur rle dans les interactions protine-macromolcules biologiques
Les liaisons entre biomolcules
Notion daffinit et de spcificit, cintique de linteraction (constante dquilibre et de dissociation)

Les interactions protine-protine
Techniques dtude des interactions protine-protine in vitro : Far western, pull down
Techniques dtude des interactions in vivo : co-fractionnement chromatographique, pontage chimique, co-
Linteractome : approches globales (double-hybride systmatique, protomique fonctionelle, approches gntiques)

Les interactions protine-acides nucliques et acide nuclique-acide nuclique
Rle des interactions protine-acide nuclique. Les motifs protiques de fixation de lADN, notions de domaines
Les interactions acide nuclique-acide nuclique, rle dans le contrle de lexpression des gnes
Techniques dtude des interactions protine-acide nuclique et acide nuclique-acide nuclique : footprinting, gel-

T.D. :

T.P. :
Vrification in vivo de la prsence d'un facteur de transcription sur un promoteur par la technique ChIP

S6
M
90



Parcours Microbiologie

Devenir, Lyon 1, des tudiants inscrits en licence parcours Microbiologie

EEME Ecologie, Ecologie Microbienne, Evolution puis ME Microbiologie Ecologie depuis lhabilitation 2007/2010;

lhabilitation 2007/2010) ;

Autres masters Lyon 1 choisis : ERNIU ; Physiologie-Neurosciences ; AMIV puis Sant-Populations

Conclusions :

23% des tudiants en moyenne redoublent le L3 parcours microbiologie
77% des diplms continuent en master lyon1 : 50% en master EEME (M-E) et 25 % en master BCMO (GBC)
Conclusions :
57,6 des tudiants de L3 parcours Microbiologie
nombre et % de russite en L3
parcours microbiologie
2006/2007
40 diplms (52,6%)
2007/2008
47 diplms (62,7 %)
Redoublement en L3
biologie Lyon 1
Nombre et % dtudiants diplms de licence
poursuivant en Master Lyon1
Autre orientation
Lyon 1
Masters Lyon1 Masters EEME puis M-E
(2007)
Master BCMO
puis GBC (2007)

2007/2008
18 tudiants (23,7)
2007/2008
27 tudiants (67,5%)
2007/2008
21 tudiants (52,5%)
2007/2008
6 tudiants (15%)
2007/2008
DUT (1 tud)
Lic Pro (1 tud.)
2008/2009
22 tudiants (29,3)
2008/2009
35 tudiants (74,5%)
2008/2009
22 tudiants (46,8%)
2008/2009
10 tudiants (21,3%)
2008/2009
DUT (1 tud)
S6
M
91

Physiologie

Vous devez choisir, soit 4 UE de Physiologie fonctionnelle parmi celles prsentes ci-dessous
soit 3 de ces UE et une UE Conduite de projets.

Descriptif des UE

Neurophysiologie BIO3031

ECTS
6
30 12 12

L'objectif de ce module est de donner des bases solides en neurophysiologie qui permettront d'induire une rflexion
scientifique associe une approche mthodologique et de dvelopper ainsi les comptences techniques et
intellectuelles ncessaires l'approche scientifique.

C.M.:
- Prsentation dtaille des caractristiques cytologiques et molculaires des diffrents lments cellulaires
constituant les systmes nerveux priphrique et central.
- Etude du codage lectrique de l'information sensorielle ; exemples de modalits sensorielles abordes
audition, olfaction, vision, gustation.
- Etude de la motricit rflexe et volontaire
- Etude d'une grande fonction cognitive, la mmoire

T.P :
Les TP se drouleront sous forme d'un stage de 4 demi-journes, durant lequel chaque petit groupe d'tudiants (3 4
tudiants par groupe) devra choisir une problmatique neurophysiologique et en faire une tude cellulaire et
fonctionnelle en y incluant quelques pathologies associes.
Pour chaque thme propos (audition, vision, gustation, olfaction, motricit, mmoire) les tudiants doivent raliser une
tude histologique et cytologique de la structure partir dchantillons prlves chez des animaux adultes et au cours
de stades embryonnaires afin dtudier leur mise en place (observation de lames en microscopie photonique, de
clichs de microscopie lectronique), rechercher et identifier les structures centrales impliques dans cette fonction
(analyse de lames de cerveau, d'atlas, de documents via des CD ROM, le Net ...) raliser un test fonctionnel (olfaction :
test d'identification et recherche de seuils olfactifs et gustatifs audition : audiogramme Motricit : EMG Mmoire :
tests mnsiques), rechercher des pathologies (analyse de documents - imagerie crbrale) et dduire les rgions
impliques dans ces dysfonctionnements.
TDs prparations des TP et TD final sous forme d'un oral avec support visuel +discussion sous forme de table ronde.

S6
P
92

Physiologie cardio-respiratoire BIO 3036L

Physiologie digestive et nergtique BIO3037L
ECTS
6
30 9 16.5 aucun aucun

C.M. :
La fonction cardio-circulatoire :
Rappels sur la structure du systme cardio-vasculaire et sur la composition des parois des vaisseaux. Les paramtres
hmodynamiques. Rles des pompes auxiliaires passives dans le secteur artriel et dans le secteur veineux. Les
dterminants des changes hydriques capillaires. Importance du systme lymphatique. Les diffrents types de
rgulation de la circulation sanguine et leur niveau d'intervention. Anatomie et histologie fonctionnelles de la pompe
cardiaque. La propagation spatio-temporelle de l'activit lectrique cardiaque dans la masse cardiaque. Relations entre
l'activit lectrique cardiaque globale et l'activit lectrique cellulaire. La fonction contractile du myocarde. Effets et
mcanismes d'action des neurotransmetteurs du systme nerveux vgtatif sur le fonctionnement de la pompe
cardiaque.
Le sang : fluide vecteur de substances dans l'organisme. La composition du sang. L'hmatopose. Le sang et les
changes de substances entre l'organisme et le milieu extrieur et l'intrieur de l'organisme. Donnes lmentaires
sur les rles des autres cellules sanguines. Le sang et l'quilibre acido-basique.
La fonction respiratoire :Donnes lmentaires. La respiration "externe" [mise en vidence (volumes et dbits de gaz),
bilan (VO2, VCO2, R)]. La ventilation. Le transport des gaz respiratoires par le sang. Les changes gazeux pulmonaires
et tissulaires. Ajustement, contrle, rgulation de la ventilation. Variations sur le thme.

T.D. :
Prsentation des manipulations, analyse et exploitation des rsultats

T.P. :
Rgulation de la pression artrielle ; lectrocardiographie ; activit contractile du cur ; l'automatisme cardiaque.
Etude de la ventilation et de son contrle

ECTS
6
27 7h30 18

Les thmatiques abordes sont :
Composition corporelle, compartiment
Dpense nergtique et ses variations
Les besoins nergtiques et leur couverture
Digestion, absorption
Mtabolisme cellulaire et relation inter-organes

Afin dillustrer le cours, plusieurs travaux pratiques sont mis en place :
Comparaison inter spcifique de la dpense nergtique
Absorption intestinale du glucose
Histologie et ultrastructure de la sphre digestive
Estimation indirecte de la puissance arobie maximale

S6
P
93

Physiologie uro-gnitale BIO3039L

ECTS
6
25 18 11

1. Physiologie rnale :
Mcanisme et rgulation de la filtration glomrulaire
Mcanisme et rgulation de la rabsorption tubulaire
Rle du rein dans le maintien de l'quilibre hydrolectrique - Dtoxification
Physiologie compare de l'excrtion
Miction
Anatomie - histologie - ultrastructure

2. Physiologie de la reproduction humaine
Fonction testiculaire et ovarienne chez l'adulte
Folliculognse et cycle menstruel chez la femme
Hormones sexuelles - Strodognse chez l'homme et la femme
Le sperme - les mcanismes de l'rection
Fcondation - nidation - gestation
Matrise de la reproduction - procration mdicalement assiste
Anatomie - histologie - ultrastructure
COMPTENCES ACQUISES
Mthodologiques :
Savoir calculer la capacit d'puration du rein (calculs de clairance..)
Savoir lire des clichs de microscopie lectronique et de lames histologiques : savoir faire la relation structure-
fonction
travail personnel sur dossier thmatique : recherche de documentations synthse bibliographique et rdaction d'un
rapport expos oral

Techniques :
Travail sur animaux vivants (anesthsie - catheterisme...)
Dosages colorimtriques (spectro-photomtre)
Secteur d'activit concern : tous secteurs Sciences de la Vie / secteur biomdical / Recherche

ECTS
6
9 4


destine.

S6
P
94

Vous devez choisir une UE optionnelle de biologie parmi celles prsentes ci-dessous ou
une UE libre

Approches statistiques et bioinformatique du vivant (optionnelle) BIO3001L

Physiologie applique l'ergonomie (optionnelle) BIO3035L

ECTS
6
18 12 24 0 0

Ce module est constitu de deux units denseignement de 3 crdits chacune, lune portant sur lacquisition des outils
statistiques de base en biologie et lautre axe sur lacquisition des outils bioinformatiques de base en gnomique,
protomique et phylognie.
Chacune des deux units denseignement peut tre suivie indpendamment.
L'objectif du module de statistiques est de permettre l'tudiant d'analyser des donnes exprimentales simples :
remise niveau: principe des tests d'hypothse
comparaison de moyennes, ANOVA 1, ANOVA 2
corrlation, rgression linaire simple
tests non paramtriques correspondant aux situations ci-dessus
test de Chi-2
Les travaux dirigs seront consacrs au choix et la mise en oeuvre de ces mthodes dans le cadre de questions
biologiques relevant de la gntique, la microbiologie et la physiologie. Des travaux pratiques seront effectus sur
machine en utilisant un logiciel de statistiques en libre accs, R.

Le programme pdagogique propos en bioinformatique repose sur lutilisation des logiciels les plus usits en
gnomique : recherche dinformation dans les banques de squences, techniques d'annotation de squences
(identification de gnes, identification de rgions de rgulation, recherche par similarit), utilisation de donnes
d'expression.
Phylognie : notions fondamentales (familles multigniques, orthologie / paralogie), comparaison des mthodes,
reconstruction phylogntique.

ECTS
6
30 30

Lobjectif de lenseignement consiste prsenter les donnes et mthode de la physiologie utilisables pour lanalyse
des situations de travail. Il a galement pour objectif de prsenter aux tudiants les modalits dune orientation
professionnelles vers les mtiers de lergonomie. Les thmes abords sont les suivants :
- prsentation de la dmarche ergonomique
- dpense nergtique et travail
- les bases biomcaniques pour lanalyse du geste professionnel
- les troubles dhyper sollicitation
- bruit et travail
- les liens aves la conception des poste et lorganisation du travail
-
Les tudiants doivent raliser lanalyse dune situation de travail en entreprise pour prsenter des applications du cours

S6
P
95

Ecophysiologie, vie en milieux extrmes (optionnelle) BIO3013L

ECTS
6
36 3 15

Objectifs pdagogiques :
Les rponses comportementales, physiologiques et mtaboliques des animaux aux variations des conditions
environnementales seront prsentes dans un premier temps selon une logique comparative (cophysiologie
gnrale), puis sous la forme d'une tude des adaptations aux conditions extrmes les plus couramment rencontres
dans la nature.

Cette UE permettra aux tudiants :
d'acqurir des connaissances concernant la survie et les rponses des animaux vivant en milieu extrme (qui
reprsente limmense majorit des cosystmes du globe : les zones arides ou semi-arides occupent plus de 40% des
terres mergs, le milieu marin profond plus de 65% de la surface du globe) ou tout simplement perturb (situation
trs courante dans la nature),
d'aborder tous les problmes d'ordre cologique traitant de l'adaptation un biotope donn,
d'intgrer les Masters comportant de l'cologie, de l'cophysiologie et/ou de la physiologie comparative.

C.M.:
Ecophysiologie gnrale : excrtion, respiration et osmorgulation chez les animaux (
Adaptation aux environnements et aux situations extrmes chez les animaux : milieux souterrain, polaire, dsertique,
abyssal, sursal et acide. Hyperthermie, hyperbarie/plonge, manque doxygne, jene alimentaire, altitude/haute
montagne, espace/apesanteur et bactrie extrmophiles
La thermorgulation (changes de chaleur, mcanismes...) ; la thermogense et les adaptations au froid chez les
endothermes (hibernation, manchot empereur...)

T.P. et T.D. :
Ils permettront aux tudiants de travailler sur des animaux vivants et d'acqurir les techniques de base de
l'cophysiologie (dont exprimentation assiste par ordinateur, respiromtrie, mesure de marqueurs physiologiques,
ralisation dun protocole exprimental puis dun rapport scientifique).
Thmes traits : rponses respiratoires et mtaboliques aux variations de la teneur en oxygne et de la salinit,
dtoxication en milieu pollu

S6
P
96

Interactions entre macromolcules (optionnelle) BCH3014L

Ou

lUE libre

ECTS

24 8 24


C.M. :
Les protines au centre des interactions entre macromolcules
Rappels sur les proprits physicochimiques des protines
Prparation et sparation des protines dintrt : techniques chromatographiques et electrophortiques
Modifications post-traductionnelles et leur rle dans les interactions protine-macromolcules biologiques
Les liaisons entre biomolcules
Notion daffinit et de spcificit, cintique de linteraction (constante dquilibre et de dissociation)

Les interactions protine-protine
-Techniques dtude des interactions protine-protine in vitro : Far western, pull down
-Techniques dtude des interactions in vivo : co-fractionnement chromatographique, pontage chimique, co-
-Linteractome : approches globales (double-hybride systmatique, protomique fonctionelle, approches gntiques)

Les interactions protine-acides nucliques et acide nuclique-acide nuclique
Rle des interactions protine-acide nuclique. Les motifs protiques de fixation de lADN, notions de domaines
Les interactions acide nuclique-acide nuclique, rle dans le contrle de lexpression des gnes
Techniques dtude des interactions protine-acide nuclique et acide nuclique-acide nuclique : footprinting, gel-

T.D. :

T.P. :
- Vrification in vivo de la prsence d'un facteur de transcription sur un promoteur par la technique ChIP

S6
P
97



Parcours Physiologie

Devenir, Lyon 1, des tudiants inscrits en licence parcours Physiologie

Autres masters Lyon 1 choisis : ERNIU ; EEME puis ME ; GBC ; AMIV puis Sant-Populations ; Gnie lectrique,
Gnie des procds.

Conclusions :

17,6% des tudiants en moyenne redoublent le L3 parcours Physiologie
70% de ces diplms continuent en master lyon1, principalement en master physiologie/neurosciences (66,8%)
Nombre et % de russite en L3
parcours physiologie
2006
57 diplms (72,2 %)
2007
53 diplms (69,7 %)
Conclusions :
55 % des tudiants de L3 parcours Physiologie
Lyon 1
Nombre et % dtudiants diplms de licence poursuivant
en Master Lyon1
Autre orientation Lyon 1
Masters Lyon1 Master physio/neuro
2007/2008
10 tudiants (12,6%)
2007/2008
38 tudiants (66,6%)
2007/2008
34 tudiants (59,6%)
2007/2008
1 en Licence Pro
2008/2009
13 tudiants (17,1%)
2008/2009
36 tudiants (67,9%)
2008/2009
33 tudiants (62,3,%)
2008/2009
1 en DUT gnie biol.
1 en Licence Pro
S6
P
98


Descriptif des UE

Mathmatiques appliques a la biologie BIO3025L

Biologie et cologie de lorganisme
ECTS
6
27 27 0 0

Cette UE a pour objectif l'acquisition des mthodes mathmatiques et statistiques indispensables l'analyse des
phnomnes biologiques. Les cours sont illustrs avec des problmatiques biologiques et des applications sont
prsentes. LUE se scinde en 3 partie gales : Statistique, Modlisation et Algbre linaire. Les outils mis en uvre
lors des TD sont appliqus des problmatiques biologiques concrtes. Les TD de statistiques se font sur ordinateur
en utilisant le logiciel de statistique R. Ce logiciel est trs largement reconnu comme un outil puissant pour lanalyse de
donnes. Sa matrise constitue un atout indniable pour les tudiants, quils souhaitent sorienter vers la vie active ou
poursuivre leurs tudes. Cette formation sera complte en Master (M1) par l'UE "Analyse des Systmes Biologiques".

Les principales notions abordes seront :
Statistique : Vraisemblance d'une hypothse. Dcisions et risques d'erreurs. Raisonnement commun aux tests
d'hypothses. Applications aux statistiques de rangs. TD : Estimations et tests d'hypothses (principe de l'infrence,
frquences, statistiques de rang). Les TD seront raliss sous le logiciel R.

Modlisation : Equations diffrentielles ordinaires en dimension 1 et 2. Typologie des systmes linaires. Isoclines
zros. Portrait de phase en dimension 2. Applications en dynamique des populations ; les modles tudis seront :
Logistique, Gompertz, Malthus, Lotka-Volterra. TD: Rsolution des quations diffrentielles et systmes dynamiques
(ex interaction entre espces).

Algbre : Introduction aux calculs matriciels et prsentation de problmatiques biologiques traits par cette
mthodologie. Ecriture matricielle, changement de base, produit matriciel, application linaire, diagonalisation de
matrices.TD :Calculs matriciels. Applications la dynamique de populations (calcul du taux d'accroissement d'une
population structure en ge), modles compartiments

ECTS
6
30 9 16 0 0

En s'appuyant sur les acquis des deux premiers niveaux de la licence (biologie des organismes, physiologie, gntique
des populations), ce module prsente une conception systmique des fonctions d'acquisition, d'allocation et de mise en
rserve de l'nergie chez les animaux.

Dans une premire partie, les relations entre le mtabolisme et la taille corporelle reprsentent la base conceptuelle de
l'analyse des cots nergtiques des principales activits : locomotion, perception, thermorgulation, scrtion animale,
etc

Dans une seconde partie, l'UE visera donner l'tudiant une vision synthtique de la reproduction et du
dveloppement post-embryonnaire: stratgies, modalits, rpartition et rgulation, dans une perspective cologique et
volutive chez les animaux.

S5
BOP
99

Gntique et dynamique des populations BIO3019L

ECTS
6
28,5 27 0

Objectifs :
Acquisition des concepts thoriques et des outils d'analyse de la Gntique, Dynamique et Biologie des Populations et
leurs liens avec lcologie et lvolution: tudier comment les populations animales et vgtales s'organisent dans la
nature (structures spatiales, temporelles, sociales, gntiques) et analyser l'volution de ces structures notamment en
terme deffectifs et de frquences des gnes au cours du temps. Laccent est port sur les mcanismes gntiques res-
ponsables des phnomnes d'adaptation et de spciation. Le fonctionnement des populations est tudi en prenant en
compte la complexit de l'environnement dans lequel elles voluent (htrognit spatiale et fragmentation des popu-
lations) ainsi que les perturbations dorigines naturelles ou anthropiques. Fournir les bases conceptuelles ncessaires
la comprhension de l'Ecologie Evolutive (UE de M1) et lutilisation des outils gntiques et dmographique pour la
gestion des populations (contrle des ravageurs/pathognes, conservation des espces patrimoniales, ressources g-
ntiques, invasion)

C.M. :
1-Introduction la Biologie des Populations : population unit dtude en cologie, structure et variable dtat.

2-Gntique des populations :
Organisation et transmission de la variabilit gntique dans les populations spatialement structures. Les marqueurs
gntiques et leurs utilisations. Les forces volutives : Processus dterministes (mutations, migrations, slection mono/
multi-locus, paysages adaptatifs, frquence dpendante, multi-niche, de parentle). Facteurs slectifs, adaptations
locales, covolution. Processus stochastiques (drive gntique, taille efficace). Maintien du polymorphisme (quilibre
slection-mutation, slection coefficients variables, corrlation gntique et trade-off). Interaction slection-drive -
Introduction la thorie de la coalescence. Diffrenciation des populations et distance gntique. Isolement
reproducteur et mcanismes gntiques de la spciation.

3-Introduction la Dynamique des Populations
Dfinition et estimation des principaux paramtres biodmographiques d'une population partir de modles
mathmatiques dterministes en temps continu et discret (Matrice de Leslie). Mcanismes dpendants et indpendants
de la densit. Les modles mathmatiques matriciels (Math Bio II) seront particulirement tudis.

T.D. :
Gntique des Populations:
Transmission mono et multilocus (dsquilibre gamtique, D/Dmax, Lod score) Simulation des effets de la drive
gntique. Coefficient de consanguinit li la drive. Estimation de la taille efficace Ne. Les diffrents modles de
slection, estimation de la valeur slective (intra et inter-gnration). Equilibre slection-mutation. Diffrenciation
gographique et statistique F. Distance gntique.Interactions slection, drive, migration.

Dynamique des Populations : Utilisation d'un modle de base de Capture-Marquage-Recapture - Construction et
interprtation d'une table de survie - Modlisation de la dynamique d'une population isole et structure en ge -
Modlisation de la dynamique d'une mtapopulation.

S5
BOP
100


ECTS
6
22,5h 8h 24,5h

Le programme sera prsent avec un niveau de dtail moyen : il ne sagit pas de prsenter le plan du cours par
exemple, mais les grands thmes abords, les objectifs de lenseignement.
Il est demand un maximum de 25 lignes.

-pH
-temprature
-salinit

- Parasistisme
- Symbiose
- Prdation


Comptences acquises
* Mthodologiques : Analyse et comprhension de la diversit microbienne, de l'volution et des interactions au sein
du monde microbien. Notions de bio-indicateurs, exemple.
* Techniques :Techniques d'observation, d'identification et caractrisation taxonomique des micro-organismes:
mthodes phnotypiques (morphologie, analyse de la paroi, donnes mtaboliques, approches immunologiques, etc...)
et molculaires (PCR, etc..), de dnombrement. Mesure d'activits microbiennes
* Secteur d'activit concern : Ecologie microbienne, microbiologie environnementale, bioscurit, taxonomie
microbienne.

Cette UE est trs fortement conseille pour le Master " Ecologie, Ecologie Microbienne, Evolution" .

S5
BOP
101


EPS (1 ECTS) 18h

ANGLAIS : Cet enseignement a pour objectifs :
cohrence


EPS :

lis cette activit.


S5
BOP
102


Descriptif des UE

Outils molculaires pour lcologie et lvolution
Evolution
ECTS
6
18 14 24

Lobjectif de cette UE est de prsenter aux tudiants qui sorientent vers une formation en cologie et en volution les
principaux outils molculaires qui sont utiliss actuellement pour rpondre des problmatiques dcologie et
dvolution, tudier et identifier au niveau molculaire les gnomes des divers organismes et les modalits dexpression
de leurs gnes et gnomes.
Pour bien comprendre lutilisation de ces outils molculaires et leurs limites, seront revues les connaissances de base
sur lorganisation de la chromatine et des gnomes, le maintien du gnome ainsi que le fonctionnement des gnes et
les divers mcanismes de rgulation de leur expression.
Des illustrations dapplications cologiques et volutives seront prsentes : variations des squences ADN pour
lidentification des espces, des frquences allliques pour la dtermination de parentle, des niveaux dexpression des
gnes et des gnomes pour tudier linfluence de lenvironnement, etc.

Des travaux dirigs et pratiques aideront les tudiants relier leurs connaissances thoriques des faits concrets et
des comptences techniques, laboration dun protocole exprimental et sa ralisation, manipuler des concepts
abstraits (comportements de diverses molcules in vitro dans diverses situations, un tube, un gel dlectrophorse ),
prvoir les rsultats exprimentaux attendus et analyser les rsultats observs, rigueur exprimentale, souci de la
contamination etc.
Les TD sont constitus dexercices construits partir darticles scientifiques sur divers exemples dapplications
cologiques et volutives. Ltudiant doit analyser les rsultats obtenus par les chercheurs, les interprter, et rdiger
lensemble de son raisonnement. Quelques exercices sont rdigs en anglais pour exercer la comprhension de
langlais scientifique.
Les TP permettront aux tudiants de se familiariser avec les techniques molculaires de base appliques une
problmatique dcologie et dvolution : extraction dADN de divers organismes, dosage relatif ADNg/ADNmt,
amplification de rgions spcifiques par PCR, identification de lorganisme par comparaison de squence (BLAST),
tude de lexpression dun gne par RT-PCR.

ECTS
6
28 9 18

But et objectifs de lenseignement :
Rien en biologie n'ayant de sens si ce n'est la lumire de l'volution, cette nouvelle UE a pour but de prsenter un
enseignement unifi des sciences de l'volution. Elle a pour objectif de permettre aux tudiants en fin de licence, d'une
part de faire la difficile synthse des connaissances qui leur ont t transmise au cours de leur cursus et d'autre part
dapprofondir des notions complexes telles que les reconstructions phylogntiques.
Les grands thmes abords :
Aprs un rappel de ce qu'est l'volution, de l'histoire des sciences de l'volution et de l'articulation entre fait et thorie
de l'volution, cet enseignement abordera les notions de patron et de processus, ainsi que le lien existant entre macro
et microvolution. Les patrons volutifs seront explicits travers la phylognie, le registre fossile, les rythmes de
l'volution et les radiations volutives. Concernant les processus volutifs nous approfondirons les notions de variation,
drive, slection et adaptation. L'articulation micro-macrovolution sera aborde en tudiant la spciation, l'volution
des phnomnes, des traits d'histoire de vie et les mcanismes de co-volution.
S6
BOP
103

Vous devez choisir, soit 3 UE optionnelles de Biologie parmi celles prsentes ci-dessous,
soit 2 de ces UE optionnelles et lUE libre.


Ecologie des communauts BIO3011L

ECTS
6
9 4


destine.

ECTS
6
25 12 18

Cette UE aborde lcologie des interactions entre les espces, au sein des communauts, pour arriver lcologie de la
biodiversit lchelle des cosystmes.

Les interactions entre espces sont abordes par les exemples de la comptition, de la prdation et du parasitisme.
Ces interactions sont replaces dans le contexte de lcologie volutive. Lcologie des communaut est aborde
lchelle locale (relation stabilit-diversit, rle des perturbations), rgionale (importance de la dissmination et des
refuges) et continentale (biogographie, hot-spots). Lcologie des systmes est aborde du point de vue des
interactions entre niveaux trophiques (contrles top-down et bottom-up) et du rle des organismes dans le fonctionne-
ment biogochimique (groupes fonctionnels, organismes ingnieurs).

Lobjectif de cet enseignement est de donner aux tudiants de Licence des bases suffisantes pour leur permettre
daborder la littrature cologique et de pouvoir suivre toute UE dcologie de M1.

S6
BOP
104

Ecophysiologie, vie en milieux extrmes BIO3013L

Evolution et phylognse
ECTS
6
36 3 15

Objectifs pdagogiques :
Les rponses comportementales, physiologiques et mtaboliques des animaux aux variations des conditions
environnementales seront prsentes dans un premier temps selon une logique comparative (cophysiologie
gnrale), puis sous la forme d'une tude des adaptations aux conditions extrmes les plus couramment rencontres
dans la nature.

Cette UE permettra aux tudiants :
d'acqurir des connaissances concernant la survie et les rponses des animaux vivant en milieu extrme (qui
reprsente limmense majorit des cosystmes du globe : les zones arides ou semi-arides occupent plus de 40% des
terres mergs, le milieu marin profond plus de 65% de la surface du globe) ou tout simplement perturb (situation
trs courante dans la nature),
d'aborder tous les problmes d'ordre cologique traitant de l'adaptation un biotope donn,
d'intgrer les Masters comportant de l'cologie, de l'cophysiologie et/ou de la physiologie comparative.

Cours :
Ecophysiologie gnrale : excrtion, respiration et osmorgulation chez les animaux.
Adaptation aux environnements et aux situations extrmes chez les animaux : milieux souterrain, polaire, dsertique,
abyssal, sursal et acide. Hyperthermie, hyperbarie/plonge, manque doxygne, jene alimentaire, altitude/haute
montagne, espace/apesanteur et bactrie extrmophiles.
La thermorgulation (changes de chaleur, mcanismes...) ; la thermogense et les adaptations au froid chez les
endothermes (hibernation, manchot empereur...).

TP et TD :
Ils permettront aux tudiants de travailler sur des animaux vivants et d'acqurir les techniques de base de
l'cophysiologie (dont exprimentation assiste par ordinateur, respiromtrie, mesure de marqueurs physiologiques,
ralisation dun protocole exprimental puis dun rapport scientifique).
Thmes traits : rponses respiratoires et mtaboliques aux variations de la teneur en oxygne et de la salinit,
dtoxication en milieu pollu

ECTS
6
28 9 18



S6
BOP
105

Techniques didentification de la biodiversit BIO3043L
ECTS
6
22,5h 8h 24,5h


-pH
-temprature
-salinit...

- Parasistisme
- Symbiose
- Prdation


Comptences acquises
Mthodologiques : Analyse et comprhension de la diversit microbienne, de l'volution et des interactions au sein du
monde microbien. Notions de bioindicateurs, exemple.
Techniques : Techniques d'observation, d'identification et caractrisation taxonomique des micro-organismes:
Secteur d'activit concern : Ecologie microbienne, microbiologie environnementale, bioscurit, taxonomie
microbienne.

Cette UE est trs fortement conseille pour le Master "Ecologie, Ecologie Microbienne, Evolution".

ECTS
6
0 12 43

LUE Techniques dIdentification de la Biodiversit sadresse aux tudiants qui ont pour projet un M2 Professionnel
dans les domaines de lcologie ou la gestion de la biodiversit. Elle peut aussi concerner des tudiants choisissant
dentrer le monde du travail en sortie de Licence, et qui visent un emploi dans lenvironnement.

Elle veut former les tudiants aux expertises de biodiversit qui reposent sur des inventaires et des recensements. Le
but est donc d'acqurir les techniques d'identification de la faune et de la flore par un enseignement intgr. Cet
enseignement devrait mettre cet acquis mthodologique dans la perspective de biovaluation et de la caractrisation
des habitats selon les normes typologiques en vigueur.

Cette UE est donc fortement axe sur le travail dinventaire de terrain : comment concevoir une tude de terrain, tablir
un protocole, lappliquer sur le terrain, identifier les organismes, analyser et prsenter les rsultats obtenus.
Lenseignement sorganise autour dune vritable cole de terrain qui comprendra les thmes suivants :
- Inventaire Floristique en zone suburbaine
- Entomologie en milieu terrestre (naturalit des milieux, invasions biologiques, indication biologique)
- Hydrobiologie (Application des mthodes biologiques normalises pour le diagnostic de lintgrit cologique des
cours deau-IBGN)

A lissu de chaque travail de terrain, les tudiants produiront un rapport et/ou une prsentation orale individuels ou
collectifs. Une valuation des comptences individuelles sera effectue l'crit sur la base de mise en situation.

Cette dmarche volontairement pratique vise enseigner des comptences immdiatement mobilisables, ainsi que
dapporter une relle exprience du terrain, ncessaire tout travail en cologie ou en environnement.

S6
BOP
106

Ecologie et gestion des populations

Ou

lUE Libre
ECTS
6
22,5 15 15

Objectifs: Voir comment la Biologie, la Gntique et la Dynamique des Populations peuvent servir des problmatiques
lies notamment la gestion des populations. Cette UE est troitement adosse lUE de GDP laquelle elle constitue
un complment indispensable.

C.M. :
Structure des populations et contrle des ravageurs. Comment la connaissance de l'volution des structures des
populations peut contribuer la gestion des populations (exemple : contrle des ravageurs des cultures)? Comment la
connaissance des structures gntique, dmographique et spatiale chez des insectes vecteurs de maladie humaine
peut aider leur contrle (exemple : maladie de Chagas) ?
* Dynamique et gestion des populations : Comment la connaissance des concepts et des outils mthodologiques de la
dynamique des populations peut tre utiliss dans la gestion des populations ? L'analyse d'lasticit et de sensibilit
des modles structurs pour tudier l'impact d'une variation relative ou absolue d'un des paramtres dmographiques
sur le taux d'accroissement d'une population sera particulirement aborde.
* Gntique : le cours aura pour objectif de prsenter les concepts de base en Gntique de la conservation. L'tude
de la structure gntique des populations fragmentes ainsi que les consquences gntiques de la fragmentation de
l'habitat seront prsentes (estimation de flux gniques, de paramtres dmographiques, notion de vortex d'extinction).
Autours de nombreux exemples seront prsents les outils de gestion de populations captives ou en danger.

T.P. :
1/ Analyse de la structure gntique de populations de chats : recherche et interprtation des facteurs slectifs.
2/ Structure spatiale d'une population de plantes : stratgie d'chantillonnage et estimation de la taille d'une population
3/ Application des modles de Capture-Marquage-Recapture la gestion des populations de vertbrs.
4/ Etude de la dynamique d'une mtapopulation simple

T.D. :
1/ Structure spatiale d'une population de plantes : en lien avec le TP (3 sances)
2/ Structure temporelle d'une population
3/ Analyse de sensibilit d'un modle de Leslie applique la gestion et la conservation des populations
4/ Importance des facteurs de structuration dans les modles de Capture-Marquage-Recapture en gestion et conserva-
tion des populations
5/ Analyse du fonctionnement d'une mtapopulation
6/ Populations structures et taille efficace : importance dans la gestion et la conservation des populations.
7/ Diffrentiation entre marqueurs neutres et slectionns : leur importance dans la mesure de la biodiversit.

S6
BOP
107


Ecologie (depuis lhabilitation 2007/2010); ERNIU Environnement, risques naturels, industriels et Urbains ;
Physiologie-Neurosciences ; Biochimie ; HPDS Histoire Philosophie et Didactique des Sciences ; AMIV Approches
statistiques et Informatiques du Vivant puis Sant-Populations (depuis lhabilitation 2007/2010) ; Gnie
lectrique, Gnie des procds ; ST Sciences de la Terre.

Parcours Biologie des organismes et des populations (BOP)

Devenir, Lyon 1, des tudiants inscrits en licence parcours BOP

Autres masters Lyon 1 choisis : ERNIU ; Physiologie-Neurosciences ; Sciences de linformation et des
bibliothques ; BCMO ; Gnie lectrique, gnie des procds ; Sant-Populations

Conclusions :

20,3% des tudiants en moyenne redoublent le L3 parcours BOP
60% de ces diplms continuent en master lyon1 avec 52,6% en master EEME puis E-M
Conclusions :
67 % des tudiants de L3 parcours BOP sont,
en moyenne, diplms chaque anne
parcours BOP
2006/2007
49 diplms (71 %)
2007/2008
46 diplms (63 %)
Lyon 1
Autre orientation
Lyon 1

Masters Lyon1 Master EEME puis M-E(2007)

2007/2008
15 tudiants (21,7%)
2007/2008
28 tudiants (57,1%)
2007/2008
26 tudiants (53%)
2007/2008
2 en licence Pro
2008/2009
22 tudiants (30%)
2008/2009
24 tudiants (52,2%)
2008/2009
22 tudiants (47,8%)
2007/2008
1 en licence pro
S6
BOP
108


Descriptif des UE

Mathmatiques appliques a la biologie BIO3025L

ECTS
6
27 27 0 0

Cette UE a pour objectif l'acquisition des mthodes mathmatiques et statistiques indispensables l'analyse des
phnomnes biologiques. Les cours sont illustrs avec des problmatiques biologiques et des applications sont
prsentes. LUE se scinde en 3 partie gales : Statistique, Modlisation et Algbre linaire. Les outils mis en uvre
lors des TD sont appliqus des problmatiques biologiques concrtes. Les TD de statistiques se font sur ordinateur
en utilisant le logiciel de statistique R. Ce logiciel est trs largement reconnu comme un outil puissant pour lanalyse de
donnes. Sa matrise constitue un atout indniable pour les tudiants, quils souhaitent sorienter vers la vie active ou
poursuivre leurs tudes. Cette formation sera complte en Master (M1) par l'UE "Analyse des Systmes Biologiques".

Les principales notions abordes seront :
Statistique : Vraisemblance d'une hypothse. Dcisions et risques d'erreurs. Raisonnement commun aux tests
d'hypothses. Applications aux statistiques de rangs. TD : Estimations et tests d'hypothses (principe de l'infrence,
frquences, statistiques de rang). Les TD seront raliss sous le logiciel R.

Modlisation : Equations diffrentielles ordinaires en dimension 1 et 2. Typologie des systmes linaires. Isoclines
zros. Portrait de phase en dimension 2. Applications en dynamique des populations ; les modles tudis seront :
Logistique, Gompertz, Malthus, Lotka-Volterra. TD: Rsolution des quations diffrentielles et systmes dynamiques
(ex interaction entre espces).

Algbre : Introduction aux calculs matriciels et prsentation de problmatiques biologiques traits par cette
mthodologie. Ecriture matricielle, changement de base, produit matriciel, application linaire, diagonalisation de
matrices.TD :Calculs matriciels. Applications la dynamique de populations (calcul du taux d'accroissement d'une
population structure en ge), modles compartiments

S6
MIV
109

Gntique et dynamique des populations BIO3019L

ECTS
6
28,5 27 0

Objectifs : Acquisition des concepts thoriques et des outils d'analyse de la Gntique, Dynamique et Biologie des
Populations et leurs liens avec lcologie et lvolution: tudier comment les populations animales et vgtales
s'organisent dans la nature (structures spatiales, temporelles, sociales, gntiques) et analyser l'volution de ces
structures notamment en terme deffectifs et de frquences des gnes au cours du temps. Laccent est port sur les
mcanismes gntiques responsables des phnomnes d'adaptation et de spciation. Le fonctionnement des
populations est tudi en prenant en compte la complexit de l'environnement dans lequel elles voluent
(htrognit spatiale et fragmentation des populations) ainsi que les perturbations dorigines naturelles ou
anthropiques. Fournir les bases conceptuelles ncessaires la comprhension de l'Ecologie Evolutive (UE de M1) et
lutilisation des outils gntiques et dmographique pour la gestion des populations (contrle des ravageurs/
pathognes, conservation des espces patrimoniales, ressources gntiques, invasion)

C.M. :
1-Introduction la Biologie des Populations : Population unit dtude en cologie, structure et variable dtat.
2-Gntique des populations : Organisation et transmission de la variabilit gntique dans les populations spatiale-
ment structures. Les marqueurs gntiques et leurs utilisations. Les forces volutives : Processus dterministes
(mutations, migrations, slection mono/multi-locus, paysages adaptatifs, frquence dpendante, multi-niche, de
parentle). Facteurs slectifs, adaptations locales, covolution. Processus stochastiques (drive gntique, taille
efficace). Maintien du polymorphisme (quilibre slection-mutation, slection coefficients variables, corrlation
gntique et trade-off). Interaction slection-drive - Introduction la thorie de la coalescence.. Diffrenciation des
populations et distance gntique. Isolement reproducteur et mcanismes gntiques de la spciation.
3-Introduction la Dynamique des Populations : Dfinition et estimation des principaux paramtres
biodmographiques d'une population partir de modles mathmatiques dterministes en temps continu et discret
(Matrice de Leslie). Mcanismes dpendants et indpendants de la densit. Les modles mathmatiques matriciels
(Math Bio II) seront particulirement tudis.

T.D. :
Gntique des Populations :
Transmission mono et multilocus (dsquilibre gamtique, D/Dmax, Lod score) Simulation des effets de la drive
gntique. Coefficient de consanguinit li la drive. Estimation de la taille efficace Ne. Les diffrents modles de
slection, estimation de la valeur slective (intra et inter-gnration). Equilibre slection-mutation. Diffrenciation
gographique et statistique F. Distance gntique. Interactions slection, drive, migration.
Dynamique des Populations :
Utilisation d'un modle de base de Capture-Marquage-Recapture - Construction et interprtation d'une table de survie -
Modlisation de la dynamique d'une population isole et structure en ge - Modlisation de la dynamique d'une
mtapopulation.

S6
MIV
110

Vous devez choisir 2 UE optionnelles, parmi celles prsentes ci-dessous, soit de Biologie,
soit de Mathmatiques.

Biologie cellulaire et gntique (optionnelle)

Biologie et cologie de lorganisme (optionnelle)

ECTS
6
27 h 7,5 h 20 h

4 grands thmes sont abords en C.M. :
- Le cytosquelette

Les T.P. sont raliss dans le but de :
microscopies fond clair et fluorescence et enfin microscopie lectronique balayage

Les exercices proposs en T.D. sont des problmes conus partir darticles scientifiques, en application directe avec
cellulaire.

ECTS
6
30 9 16 0 0


etc ...

Dans une seconde partie, l'UE visera donner l'tudiant une vision synthtique de la reproduction et du
dveloppement post-embryonnaire: stratgies, modalits, rpartition et rgulation, dans une perspective cologique et
volutive chez les animaux.

S6
MIV
111

Ecologie microbienne (optionnelle) BIO3012L

Endocrinologie et neuroanatomie fonctionnelle (optionnelle) BIO3014L
ECTS
6
22,5h 8h 24,5h

-pH
-temprature
-salinit...
- Parasistisme
- Symbiose
- Prdation


Comptences acquises
Techniques :Techniques d'observation, d'identification et caractrisation taxonomique des micro-organismes:
microbienne.


ECTS
6
33 9 15

Lenseignement de cette unit denseignement porte sur deux thmes essentiels la communication cellulaire au sein
dun organisme, la communication hormonale et nerveuse. A travers cet enseignement hybride, seront abords les
mcanismes cellulaires et molculaires propres aux systmes endocrinien et nerveux. Concernant les enseignements,
ils seront rpartis entre les deux thmes de la manire suivante

Partie endocrinologie :
Introduction lendocrinologie, synthse des hormones et interactions hormone-rcepteur
Etude du complexe hypothalamo-hypophysaire, de la thyrode, du pancras endocrine et du tube digestif
Rgulations cellulaires et molculaires de la croissance
Rgulation de lquilibre hydrominral
Laxe corticotrope et la rponse au stress

Partie neuroanatomie fonctionnelle :
Introduction aux diffrents types de systme nerveux (systme nerveux somatique et vgtatif, systme nerveux central
et priphrique)
Histologie du tissu nerveux et barrire hmato-encphalique
Communication nerveuse et interactions neurotransmetteurs-rcepteurs
Exemples darcs rflexes somatiques et vgtatifs
Aspects phylogentiques du systme nerveux

S6
MIV
112

Ecologie et gestion des populations (optionnelle)
Evolution (optionnelle)
ECTS
6
22,5 15 15

Objectifs : Voir comment la Biologie, la Gntique et la Dynamique des Populations peuvent servir des
problmatiques lies notamment la gestion des populations. Cette UE est troitement adosse lUE de GDP la-
quelle elle constitue un complment indispensable.

C.M. :
Structure des populations et contrle des ravageurs : Comment la connaissance de l'volution des structures des
Dynamique et gestion des populations : Comment la connaissance des concepts et des outils mthodologiques de
la dynamique des populations peut tre utiliss dans la gestion des populations ? L'analyse d'lasticit et de sensibilit
Gntique : le cours aura pour objectif de prsenter les concepts de base en Gntique de la conservation. L'tude de
la structure gntique des populations fragmentes ainsi que les consquences gntiques de la fragmentation de
l'habitat seront prsentes (estimation de flux gniques, de paramtres dmographiques, notion de vortex d'extinction).

T.P. :
Travaux dirigs :
4/ Importance des facteurs de structuration dans les modles de Capture-Marquage-Recapture en gestion et
conservation des populations

ECTS
6
28 9 18



S6
MIV
113


Algorithmique et programmation procdurale (optionnelle) INF2002L - LIF5

ECTS
6
9 4


destine.

ECTS
6 18 18 24
Oui

Lobjectif de cette UE est que les tudiants matrisent les structures de donnes fondamentales utilises en
algorithmique et en programmation.

Sur le plan algorithmique, il sagit de dcouvrir les forces et faiblesses de chaque structure afin de pouvoir ensuite
concevoir des algorithmes performants, sappuyant sur la structuration des donnes la plus approprie. Ainsi, cette UE
propose une premire introduction la notion de complexit algorithmique, en temps et en espace mmoire, en
tudiant la complexit des oprations de manipulation de donnes dans les diffrentes structures de donnes abordes
(insertion ou suppression dun lment, tri des lments...).

Au niveau de la programmation, il sagit dapprendre implanter chaque structure de donnes sous forme de type de
donnes abstrait , ce qui implique notamment de dcouvrir la programmation modulaire, spare sur plusieurs
fichiers. LUE apporte ainsi une premire familiarisation avec des notions importantes en gnie logiciel : abstraction,
conception modulaire, rutilisabilit, extensibilit. Par ailleurs, les structures de donnes tudies tant
fondamentalement dynamiques, il sagit aussi de comprendre les notions dallocation dynamique de mmoire et de
pointeur, et dapprendre drouler prcisment lvolution en mmoire des donnes manipules par un programme.
La programmation est effectue dans le cadre du paradigme procdural, en langage C. Les travaux pratiques sont
effectus sous Linux.
Structures de donnes tudies : liste, pile, file, tableau dynamique, arbre binaire, arbre binaire de recherche, tas
binaire et file dattente priorit
Algorithmes de tri tudis : tri par slection, tri par insertion, tri fusion sur fichiers, tri par tas
Programmation : manipulation de pointeurs, allocation dynamique de mmoire, criture et lecture de fichiers,
programmation modulaire (programmation spare sur plusieurs fichiers source), utilisation de loutil make pour
faciliter la compilation (criture dun Makefile )

S6
MIV
114

Conception et dveloppement dapplications (optionnelle) INF2004L - LIF7

Algorithmique, programmation et complexit (optionnelle) INF3002L - LIF9

ECTS
6
8 10 40 Oui

Lobjectif de cette UE est de donner une premire exprience de dveloppement dune application informatique de taille
assez consquente pour des tudiants ayant suivis dj 3 UE dalgorithmique et de programmation avant.
Nous abordons essentiellement trois domaines de comptences :

- conception de larchitecture dun logiciel (programmation modulaire, diagramme de dpendances des modules, boucle
dvnements, utilisation de librairies externes, multiplateforme) ;

- outils daide la mie au point de programme (dbogueur, documentation du code, analyse de performances, makefile,
gestion de version de code) ;

- gestion de projet (cahier des charges, diagramme de Gantt, documentations, rapport, soutenance).

Une part importante de cette UE est consacre la conception et au dveloppement dune application durant les TP,
par groupe de 2 ou 3 tudiants.

ECTS
6
15 15 30 Oui

LUE LIF9 Algorithmique, Programmation et Complexit a pour objectif dancrer les diffrents types de donnes
abstraits (TDA) en les tudiants sous langle de la performance/complexit/cot et en introduisant la notion de
gnricit. Les TDA tudis sont essentiellement les arbres quilibrs et les graphes. Nous abordons galement les
diffrentes mthodes de conception des algorithmes (incrmentale, diviser pour rgner, gloutons, programmation
dynamique).

Nous abordons les notions suivantes :
* Complexit asymptotique des algorithmes (temps, espace), meilleur des cas, pire des cas, complexit en moyenne ;
* Cot amorti des algorithmes ;
* Notion de gnricit ;
* TDA arbre et arbre binaire de recherche quilibr ;
* TDA graphe, reprsentation, mise jour, parcours, applications certains problmes de recherche oprationnelle ou
de graphe (coloration, ...) ;
* Mthodes de conception des algorithmes : conception incrmentale, mthode diviser pour rgner , algorithmes
gloutons, programmation dynamique ;
* Quelques notions sur les preuves de programmes.

S6
MIV
115


EPS (1 ECTS) 18h

ANGLAIS : Cet enseignement a pour objectifs :
cohrence


EPS :

lis cette activit.


S6
MIV
116


Descriptif des UE

Biostatistiques-(MIV) BI03053L

Bio-informatique (MIV) BIO3051L
ECTS
6
18 36 0 0 0

L'objectif est d'acqurir les bases thoriques et pratiques de l'analyse de donnes par la statistique infrentielle. Du
point de vue thorique, l'accent sera mis sur les lments de probabilits sous-jacents a la statistique; du point de vue
pratique, sur l'analyse de donnes relles par des mthodes statistiques pertinentes. A la fin de ce cours, un tudiant
doit tre capable de traiter un jeu de donnes simple l'aide de tests classiques, mais aussi de comprendre la
mthodologie employe dans le cadre d'analyse plus complexes sur des donnes complexes, et d'tre capable de la
reproduire dans d'autres circonstances.

Les diffrents thmes abords seront:
Des rappels sur les lois communes de probabilits et leurs proprits.
La mthode des moments en probabilits, qui servira de base pour les dmonstrations ultrieures
Le thorme central limite et ses applications en statistiques.
Le concept de vraisemblance d'un modle, le maximum de vraisemblance, l'information de Fisher.
Les fondements de la thorie des tests de Neyman-Pearson.
Les diffrents tests classiques paramtriques ou non paramtriques, leur conception et leurs proprits, et les cas
dans lesquels ils s'appliquent.
L'analyse de puissance

ECTS
6
12 42

Cette UE vise apprendre des fondamentaux de bio-informatique, en particulier autour de l'analyse de squences et
de la manipulation des donnes biologiques in silico. Ainsi, on abordera l'accs aux diffrentes banques de donnes
biologiques (EMBL,SWISSPROT, ensEMBL), ainsi que l'utilisation d'outils d'analyse via Internet (Blast, Genscan, ...).

Les mthodes usuelles d'analyse de squences (prdiction de gnes, recherche de motifs,recherche de similarits
entre squences,...) seront dcrites, et les principes de phylognie molculaire seront galement abords. Nous
insisterons sur l'aspect modlisation des donnes de ces mthodes ainsi que sur quelques algorithmes fondamentaux.

Les tudiants tudient, via le langage Python, les principes de la programmation, de la programmation oriente-objet, et
de l'algorithmique. Tous les tudiants apprendront utiliser le langage Python en tant que langage de script, et des
exemples pratiques de manipulation de donnes biologiques seront tudis.

En outre, nous abordons la conception et l'utilisation de bases de donnes relationnelles, par exemple pour la gestion
de donnes cologiques, par l'utilisation du langage SQL.

S6
MIV
117

Bio-Mathmatique et Modlisation (MIV) BIO3046L

Vous devez choisir 2 UE optionnelles, parmi celles prsentes ci-dessous, soit de Biologie, soit
de Mathmatiques.

Biologie cellulaire et gntique (optionnelle)
ECTS
6
0 49.5 10.5 0 0

L'objectif de l'U.E. Biologie Mathmatique et Modlisation est de permettre aux tudiants des parcours
Mathmatiques et Informatique du Vivant des Licences de Biologie, Mathmatiques ou Informatique, de se
familiariser avec les systmes dynamiques linaires et non linaires bass d'une part sur des quations diffrentielles
ordinaires (EDO) d'ordre 1 et 2 mais galement sur des quations aux drives partielles (EDP), ainsi que leurs
applications dans les diffrents domaines des Sciences de la Vie.

La thorie des systmes dynamiques sera ainsi aborde la fois de manire thorique et pratique dans le cadre d'un
enseignement intgr mixte entre cours et travaux dirigs. Les tudiants seront confronts la mise en quations de
phnomnes biologiques, la rsolution thoriques des quations mises en jeu, puis l'interprtation des rsultats en
termes biologiques.

Les modles classiques de la dynamique des populations serviront de point de dpart (Verhulst, Gompertz, Lotka-
Volterra,...) pour aborder ensuite les modles classiques de l'pidmiologie (modles de type SIR) puis des modles
plus complexes de cellules excitables (FitzHugh-Nagumo) ou de communaut (modles de chane trophique).

Les sances de TP de cette U.E. permettront d'illustrer ces thmes biologiques et les modles sous-jacents laide de
logiciels de calcul scientifique et/ou de simulation numrique ; laccent sera mis linterprtation biologique des rsultats
et le ralisme biologique des quations. Ltudiant pourra sappuyer sur une recherche bibliographique (articles
scientifiques, Internet,) pour son argumentation. Les TP, qui mettront en uvre une pdagogie d'apprentissage par
problme, donneront lieu la rdaction d'un rapport qui sera valu.

ECTS
6
27 h 7,5 h 20 h

4 grands thmes sont abords en cours :
- Le cytosquelette

Les TP sont raliss dans le but de :
microscopies fond clair et fluorescence et enfin microscopie lectronique balayage.

Les exercices proposs en TD sont des problmes conus partir darticles scientifiques, en application directe avec
cellulaire.

S6
MIV
118

Biologie et cologie de lorganisme (optionnelle)

Ecologie microbienne (optionnelle) BIO3012L

ECTS
6
30 9 16 0 0

etc ...

Dans une seconde partie, l'UE vise donner l'tudiant une vision synthtique de la reproduction et du dveloppement
post-embryonnaire: stratgies, modalits, rpartition et rgulation, dans une perspective cologique et volutive chez
les animaux.

ECTS
6
22,5h 8h 24,5h

-pH
-temprature
-salinit...
- Parasistisme
- Symbiose
- Prdation


Comptences acquises
Techniques :Techniques d'observation, d'identification et caractrisation taxonomique des micro-organismes:
microbienne.


S6
MIV
119

Endocrinologie et neuroanatomie fonctionnelle (optionnelle) BIO3014L

Evolution (optionnelle)

ECTS
6
33 9 15

ils seront rpartis entre les deux thmes de la manire suivante

Partie endocrinologie :

Partie neuroanatomie fonctionnelle :
et priphrique)

ECTS
6
28 9 18



S6
MIV
120

Ecologie et gestion des populations (optionnelle)

ECTS
6
22,5 15 15

Objectifs : Voir comment la Biologie, la Gntique et la Dynamique des Populations peuvent servir des problmati-
ques lies notamment la gestion des populations. Cette UE est troitement adosse lUE de GDP laquelle elle
constitue un complment indispensable.

C.M. :
Structure des populations et contrle des ravageurs. Comment la connaissance de l'volution des structures des
Dynamique et gestion des populations : Comment la connaissance des concepts et des outils mthodologiques de la
dynamique des populations peut tre utiliss dans la gestion des populations ? L'analyse d'lasticit et de sensibilit
Gntique : le cours aura pour objectif de prsenter les concepts de base en Gntique de la conservation. L'tude de
la structure gntique des populations fragmentes ainsi que les consquences gntiques de la fragmentation de l'ha-
bitat seront prsentes (estimation de flux gniques, de paramtres dmographiques, notion de vortex d'extinction).

T.P. :

T.D. :
4/ Importance des facteurs de structuration dans les modles de Capture-Marquage-Recapture en gestion et
conservation des populations

ECTS
6
9 4


destine.

S6
MIV
121

Algorithmique et programmation procdurale (optionnelle) INF2002L - LIF5

Conception et dveloppement dapplications (optionnelle) INF2004L - LIF7
ECTS
6 18 18 24
Oui

Lobjectif de cette UE est que les tudiants matrisent les structures de donnes fondamentales utilises en
algorithmique et en programmation.

Sur le plan algorithmique, il sagit de dcouvrir les forces et faiblesses de chaque structure afin de pouvoir ensuite
concevoir des algorithmes performants, sappuyant sur la structuration des donnes la plus approprie. Ainsi, cette UE
propose une premire introduction la notion de complexit algorithmique, en temps et en espace mmoire, en
tudiant la complexit des oprations de manipulation de donnes dans les diffrentes structures de donnes abordes
(insertion ou suppression dun lment, tri des lments...).

Au niveau de la programmation, il sagit dapprendre implanter chaque structure de donnes sous forme de type
de donnes abstrait , ce qui implique notamment de dcouvrir la programmation modulaire, spare sur plusieurs
fichiers. LUE apporte ainsi une premire familiarisation avec des notions importantes en gnie logiciel : abstraction,
conception modulaire, rutilisabilit, extensibilit. Par ailleurs, les structures de donnes tudies tant
fondamentalement dynamiques, il sagit aussi de comprendre les notions dallocation dynamique de mmoire et de
pointeur, et dapprendre drouler prcisment lvolution en mmoire des donnes manipules par un programme.
La programmation est effectue dans le cadre du paradigme procdural, en langage C. Les travaux pratiques sont
effectus sous Linux.
Structures de donnes tudies : liste, pile, file, tableau dynamique, arbre binaire, arbre binaire de recherche, tas
binaire et file dattente priorit
Algorithmes de tri tudis : tri par slection, tri par insertion, tri fusion sur fichiers, tri par tas
Programmation : manipulation de pointeurs, allocation dynamique de mmoire, criture et lecture de fichiers,
programmation modulaire (programmation spare sur plusieurs fichiers source), utilisation de loutil make pour
faciliter la compilation (criture dun Makefile )

ECTS
6
8 10 40 Oui

Lobjectif de cette UE est de donner une premire exprience de dveloppement dune application informatique de taille
assez consquente pour des tudiants ayant suivis dj 3 UE dalgorithmique et de programmation avant.

Nous abordons essentiellement trois domaines de comptences :

- conception de larchitecture dun logiciel (programmation modulaire, diagramme de dpendances des modules, boucle
dvnements, utilisation de librairies externes, multiplateforme) ;

- outils daide la mie au point de programme (dbogueur, documentation du code, analyse de performances, makefile,
gestion de version de code) ;

- gestion de projet (cahier des charges, diagramme de Gantt, documentations, rapport, soutenance).

Une part importante de cette UE est consacre la conception et au dveloppement dune application durant les TP,
par groupe de 2 ou 3 tudiants.

S6
MIV
122

Algorithmique, programmation et complexit (optionnelle) INF3002L - LIF9

Ou

lUE Libre
ECTS
6
15 15 30 Oui

LUE LIF9 Algorithmique, Programmation et Complexit a pour objectif dancrer les diffrents types de donnes
abstraits (TDA) en les tudiants sous langle de la performance/complexit/cot et en introduisant la notion de
gnricit. Les TDA tudis sont essentiellement les arbres quilibrs et les graphes. Nous abordons galement les
diffrentes mthodes de conception des algorithmes (incrmentale, diviser pour rgner, gloutons, programmation
dynamique).

Nous abordons les notions suivantes :
* Complexit asymptotique des algorithmes (temps, espace), meilleur des cas, pire des cas, complexit en moyenne ;
* Cot amorti des algorithmes ;
* Notion de gnricit ;
* TDA arbre et arbre binaire de recherche quilibr ;
* TDA graphe, reprsentation, mise jour, parcours, applications certains problmes de recherche oprationnelle ou
de graphe (coloration, ...) ;
* Mthodes de conception des algorithmes : conception incrmentale, mthode diviser pour rgner , algorithmes
gloutons, programmation dynamique ;
* Quelques notions sur les preuves de programmes.

S6
MIV
123



Parcours Mathmatiques et informatique du vivant (MIV)

Devenir, Lyon 1, des tudiants inscrits en licence parcours MIV

Autres masters Lyon 1 choisis : HPDS ; EEME puis ME

Conclusions :

24,5% des tudiants, en moyenne, redoublent le L3 parcours MIV
80% des tudiants diplms continuent en master lyon1 avec 62% en master MIV (master Sant-Population de-
puis 2007/2008)
Conclusions :
62 % des tudiants de L3 parcours MIV sont,
en moyenne, diplms chaque anne.
Nombre et % de russite en
L3 mention MIV puis parcours MIV
(depuis 2007/2008)
2006/2007
10 diplms (47,6 %)
2007/2008
10 diplms (76,9 %)
Lyon 1
Autre orientation
Lyon1

Masters Lyon1 Master MIV puis Sant-
Population (2007)

2007/2008
6 tudiants (28,6%)
2007/2008
6 tudiants (60%)
2007/2008
6 tudiants (60%)

2008/2009
3 tudiants (23%)
2008/2009
8 tudiants (80%)
2008/2009
6 tudiants (60%)

S6
MIV
124


Descriptif des UE

Grandes fonctions animales 1 BIO 3020L

ECTS
6
30 6 19.5 aucun aucun

Les deux fonctions traites dans cette UE sont tudies sur le plan de l'organisme, de l'organe, de la cellule et de la
molcule, en regroupant des notions de physiologie, histologie, anatomie et zoologie.

1-La respiration :
- Respiration dans le rgne animal (9 h CM) : les diffrentes stratgies respiratoires en relation avec un mode de vie
aquatique ou terrestre ; structure et fonctionnement des diffrents appareils respiratoires (traches, branchies,
poumons) ; Aspects physiologiques au niveau cellulaire et infracellulaire ; les diffrents pigments respiratoires.

- Physiologie de la respiration humaine (9 h CM): lois physiques des gaz ; anatomie fonctionnelle du systme neuro-
mcanique ventilatoire (thorax, muscles respiratoires, poumons, alvoles, surfactant) ; changes gazeux pulmonaires ;
transport des gaz par le sang ; effet Bohr, effet Haldane ; action des muscles respiratoires ; rgulation de la respiration ;
Adaptations physiologiques du systme d'change des gaz selon les besoins de l'organisme et/ou les conditions de
milieu.

T.D. :
Contrle de la ventilation : donnes thoriques, prsentation de la manipulation correspondante ; analyse et exploitation
des rsultats.(3h)

T.P. :
Etude de la ventilation et de son contrle (6h)
Histologie de la fonction de respiration ; microscopie optique et lectronique : poumons, branchies, surfaces
d'changes dans le rgne animal. (3h)

2- La Circulation (12 h CM)
Principes gnraux : les pompes, les vaisseaux, le pouvoir oxyphorique.
Circulation des vertbrs : compartiments liquidiens et volume sanguin; organisation de l'appareil circulatoire des
vertbrs; cur et volume d'jection; contrle du fonctionnement cardiaque; les vaisseaux sanguins.
La mcanique de l'coulement du fluide sanguin dans les vaisseaux : pression sanguine, dbit cardiaque et dbits
rgionaux, rsistances priphriques.
Les changes au niveau du systme capillaire.

T.D. (3 h) :
Prsentation des manipulations, analyse et exploitation des rsultats

T.P. (10.5 h) :
Rgulation de la pression artrielle ; lectrocardiographie ; activit contractile du cur ; l'automatisme cardiaque.

S5
BGSTU
125

Evolution des vgtaux BIO3016L

Evolution : Espce, Espace et Temps (E
3
T)
ECTS
3
15,5h00 12h00 Plan licence
72h00

C.M. : Il concerne les notions d'volution, caractres apomorphes, plsiomorphes, volution des flores au cours des
temps gologiques, mise en place des caractres innovants
Phylogense des Ptridophytes, intrt volutif de l'appareil vgtatif.
Phylognse des Gymnospermes et Prspermatophytes, volution de l'appareil reproducteur femelle.
Phylognse des Angiospermes, origine de la fleur et critres d'volution et intrts volutifs.
Le cours est illustr de 4 sances de TP-TD en salle ou sur le terrain.

T.P. - T.D. : 4 sances : Ptridophytes, Gymnospermes, Angiospermes, plantes fossiles.

Mthodologie :
Notions d'volution Dfinitions des caractres volutifs (apomorphie, plsiomorphie...) Interprtations des arbres
volutifs.

Techniques :
Terrain : notion de milieux, transects vgtaux ... Utilisation de flores papiers et informatiques.

ECTS
3
15 15

Lobjectif de cet enseignement, qui sera dispens aux tudiants L3 BGSTU, est de travailler sur des fossiles et
certaines mthodes et disciplines en palontologie qui sont utiliss pour reconstituer lvolution du monde vivant.

A- Les 4 grands thmes abords en C.M. seront :
1- La taphonomie : ltude des processus de fossilisation nous renseigne sur les conditions de prservation du
matriel. Cette approche permet de discuter de la notion despce en palontologie et de mieux interprter des
rsultats en palobiologie, palocologie et palobiogographie.
2- La reconstruction phylogntique : lespce est lunit de base de la systmatique. Les diverses mthodes de
classification seront traits, notamment le cladisme.
3- La palobiogographie : lespce est ici considre comme indicateurs de changements environnementaux et
gographiques globaux. La dynamique volutive des faunes (marines et continentales) est troitement lie aux
variations des facteurs biologiques, cologiques et environnementaux. Ltude des variations de laire de rpartition des
espces peut alors tre utilise pour tester les reconstitutions palogographiques dans le cadre de la mobilit
continentale.
4- La biostratigraphie : lespce est utilise comme indicateur temporel. Phnomne irrversible, lvolution des
espces est utilise pour tablir une chelle relative des temps gologiques.

B- Les T.P. permettront l'tudiant de connatre le plan d'organisation de certains groupes d'invertbrs (bivalves,
cphalopodes, gastropodes, brachiopodes, trilobites, chinodermes) ayant une utilit reconnue en palocologie,
palobiogographie et biostratigraphie. Les tudiants devront tre capables d'interprter leurs observations en termes
de reconstitutions paloenvironnementales. Les problmatiques lies la taphonomie et l'volution seront galement
abordes.

S5
BGSTU
126

Communication crite et stage professionnalisant

Microbiologie immunologie BIO 3028L
ECTS
6
15 33 Au moins 4 demi-
journes


Ce module correspond une prprofessionnalisation aux mtiers de lenseignement.
Lenseignement dispens est multidisciplinaire et regroupe tous les domaines des Sciences de la Vie et de la Terre ; Il
porte sur lapprentissage de mthodes pdagogiques ncessaires aux futurs enseignants.

- C.M. : (2 x 3 h) d'introduction l'UE + initiation l'analyse de documents scientifiques, de la rdaction de plans
dtaills, introductions et conclusions sur sujets de synthse
- C.M. : (6 fois 1h30) par des intervenants de l'IUFM sur l'enseignement des Sciences de la Vie et de la Terre en
primaire et dans le secondaire, les modalits d'accs aux mtier d'enseignant et les perspectives de carrire dans le
primaire et le secondaire, les missions des enseignants, la dmarche exprimentale dans les enseignements, la
didactique des sciences.

- T.D. : 33 h (11 sances de 3 heures) (3 sances de Sciences de la Terre et de l'Univers, 6 sances de Sciences de la
Vie, 1 sance de prparation au concours de professorat des coles, 1 sance de prparation et d'exploitation du
stage d'observation)

-dans le cadre de la prprofessionalisation l'enseignement primaire et secondaire, l'UE comprend galement un stage
d'observation (au minimum 2 demi-journes en primaire et 2 demi-journes en collge ou lyce). Ce stage
OBLIGATOIRE donne lieu un rapport de stage valu dans le cadre du contrle continu
-rdaction d'un rapport de stage

L a plupart des sances de TD donnent lieu un contrle continu.

ECTS
6
30 14,5 10,5

LUE microbiologie-immunologie est principalement destine aux tudiants du parcours BGSTU en licence 3. Elle
sadresse donc un public nayant pas encore dacquis en microbiologie et immunologie. Cette UE est composs de
deux composantes la microbiologie et limmunologie, de 3 ECTS chacune. LUE de microbiologie est compose de 12 h
de cours, 4 h de TD et 10,5 h de TP. LUE dimmunologie est compose de 18h de cours et de 10,5 h de TD.

Microbiologie :
-Connaissance des grands groupes de microorganismes et leurs principales caractristiques
-La cellule procaryote, structure, croissance et diffrenciation
-Diversit mtabolique et applications
-Les flores microbiennes naturelles et pathologiques : notions dinfection et pathognse
-Agents antimicrobiens (strilisation, agents chimiques, antibiotiques)
Les sances de travaux pratiques de microbiologie portent sur lapprentissage des manipulations en conditions striles,
la notion de culture pure, lidentification morphologique et mtabolique des microorganismes, la notion
dantibiogramme.

Immunologie :
- Bases de l'immunologie molculaire (rcepteurs du soi, du danger, de l'antigne)
- Bases de l'immunologie cellulaire (cellules prsentatrices de l'antigne, lymphocytes, cellules NK)
- Coopration cellulaires dans les rponses immunitaires innes et adaptatives
- Adaptation la nature du pathogne, vaccination et immunothrapie cellulaire.
- Acquisition des mthodologies propre limmunologie: les anticorps monoclonaux, les souris transgniques, transfert
adoptif, le dosage ELISA et limmunofluorescence.

S5
BGSTU
127

Endocrinologie et neuroanatomie fonctionnelle BIO3014L
ECTS
6
33 9 15

ils seront rpartis entre les deux thmes de la manire suivante :

Partie endocrinologie : CM 16,5h, TD 4,5h, TP 9h

Partie neuroanatomie fonctionnelle : CM 16,5h, TD 4,5h, TP 6h
et priphrique)

S5
BGSTU
128


Descriptif des UE

Grandes fonctions animales 2 BIO 3021L

ECTS
6
43,5 15

Etude des grandes fonctions animales sur le plan de lorganisme, de lorgane, de la cellule et de la molcule,
regroupant des notions relevant de la physiologie, de lhistologie, de lanatomie et de la zoologie.

Alimentation dans le RA : recherche et dtection de la nourriture ; prise de nourriture sous forme solide (grosses et
fines particules) ; lalimentation sous forme liquide ; la digestion dans le RA (systmes digestifs, modalits de la
digestion, adaptations particulires). La digestion et labsorption chez lhomme : anatomie fonctionnelle de lAD et des
glandes annexes ; motilit et scrtions du tube digestif ; les hormones gastro-intestinales ; les diffrentes phases de la
digestion ; mcanismes dabsorption des protines, glucides, lipides ; bilan ; absorption des sels, de leau, des
vitamines.

Excrtion chez les invertbrs : coelomoductes, nphridies, nphrons, tubes de Malpighi ; dchets en relation avec le
milieu de vie. Osmorgulation en milieux aquatique et terrestre. La fonction rnale chez les vertbrs : anatomie
fonctionnelle de lappareil excrteur ; structure et fonction du rein, quilibre hydrolectrique, quilibre acido-basique.

Thermorgulation : ectothermie et endothermie ; caractristiques physiques des ambiances thermiques ; changes
thermiques; Bilan, comportement thermorgulateur ; ractions autonomes court et moyen terme chez les
endothermes ; Mcanismes de thermogense (frisson thermique, thermogense sans frisson) ; Elments du systme
thermorgulateur.

Les diffrentes stratgies locomotrices et les adaptations la locomotion dans les milieux terrestre, arien et aquatique;
cot mtabolique des diffrents modes de locomotion et processus rgulateurs neurophysiologiques. Les migrations.

S6
BGSTU
129

Grandes fonctions biodiversit vgtale BIO3022L

Gologie historique
ECTS
6
25h00 30h00
Plan licence 54h00

Le cours est divis en deux parties :
* Relation structures-fonctions :
C.M. : Mtabolisme hydrique des plantes, circulation au niveau de la racine de la tige et de la feuille.
Particularits des cellules et des tissus vgtaux, histologie vgtale.
Stratgies d'adaptation, aspects cologiques (photosynthse en C3, C4, CAM).
T.P. - T.D. : 5 sances d'histologie vgtale et adaptations

* Biodiversit :
C.M. : Prsentation systmatique des vgtaux vasculaires angiospermiens.
Biologie florales des principales familles d'Angiospermes.
T.P. - T.D. : 3 sances biologie florale et 2 sorties d'herborisation.

Mthodologie :
Notions d'intgration physiologie/morpho-anatomie. Observations, utilisation de flores. Capacit raliser des
dterminations botaniques (inventaires).

Techniques :
Ralisation de coupes. Utilisation et technique de colorations. Interprtations et lectures de photographies MET et MEB
(Microscopie Electronique Balayage et Transmission). Dissections florales et constructions de diagrammes floraux.

ECTS
6
12 21 3 jours (18h TP)

L'UE apporte aux tudiants les notions essentielles pour comprendre l'volution de la plante dans son ensemble,
depuis son origine jusqu'au dbut des temps phanrozoques. Des exemples concrets seront tudis avec l'appui de
cartes gologiques diffrentes chelles et de sorties sur le terrain.

C.M. :
La nuclosynthse et la formation du systme solaire et de la Terre. Les grands traits de l'histoire de la Terre avant le
Phanrozoque. L'Archen. La Terre prcambrienne. La formation et dislocation des masses continentales. La Pange.

T.P. :
Etude de cartes gologiques diffrentes chelles (1 :1.000.000, 1 : 250.000 et 1 : 50.000), dans des domaines
sdimentaires et cristallins.
L'analyse et l'interprtation des documents s'accompagneront de coupes gologiques sur les cartes 1 : 50.000.

Stage de terrain :
Trois journes (18 h TP) d'activits de terrain seront organises dans les rgions limitrophes, afin de permettre aux
tudiants de mettre en pratique les connaissances acquises en salle.
Le programme de ces activits comprendra :
La matrise des mthodes de terrain (orientation, utilisation de cartes topographiques, mesures de pendages, levers de
coupes, ...). La reconnaissance sur le terrain des lithologies et des structures tectoniques. L'analyse des paysages
gologiques

Les trois sorties se drouleront Saint Jean des Vignes (Bas Beaujolais), sur les Monts d'Or lyonnais et dans la rgion
de Privas-Aubenas (Ardche)

S6
BGSTU
130

Biologie cellulaire et gntique BIO3047L-3048L

ECTS
6
37 18

Lobjectif de cette UE est de revoir et d'approfondir les connaissances de gntique et de biologie cellulaire, en relation
avec les programmes des concours de CAPES et dagrgation.

* Biologie cellulaire :
C.M. : 18,5 heures
Cette partie de lUE apporte aux tudiants prparant le CAPES et lagrgation des connaissances solides sur les trois
destins cellulaires que sont la prolifration, la diffrenciation et la mort cellulaire. Sont traits :
-Le cycle cellulaire : les diffrentes tapes; les points de contrle, les facteur de la rgulation du cycle (facteurs
externes, contrle endogne), les complexes cycline/cdk; les inhibiteurs des cdk ; p53.
-La diffrenciation cellulaire : relation directe entre les cellules au sein dun organisme, rle des matrices extracellulaire,
facteurs de diffrenciation.
-Lapoptose : caractristiques cellulaires, facteurs inducteur et inhibiteur, mthodes dtude.
-La cancrisation : caractristiques des cellules tumorales, oncognes et oncoprotines, mcanismes de loncogense.

* Gntique :
C.M. : Cette partie de l'UE porte sur la gntique molculaire et les outils molculaires utiliss actuellement dans les
laboratoires, pour rpondre des questions biologiques varies.
Seront traits dans cette partie de l'UE :
* Linformation gntique :
- ADN, support de linformation gntique (structure du gne et organisation des gnomes
- Conservation (rplication, rparation), transmission et recombinaison
- Expression et son contrle : transcription et traduction
*Quelques technologies de gnie gntique : clonage, banques, PCR, squenage, transfert de gnes.

T.D. de gntique (9 heures) et biologie cellulaire (9 heures) :
Exercices dapplication des diffrentes parties du cours. Problmes conus partir darticles scientifiques o ltudiant
doit analyser les rsultats exprimentaux obtenus par les chercheurs, les analyser et en donner une interprtation.

S6
BGSTU
131

Climats et paysages gologiques STU3018L

ECTS
6
27 0 27 0 0

Elments de climatologie et de gomorphologie

La partie "Climatologie" comporte un cours de quinze heures sur :
- rayonnement solaire : nature, rpartition et bilan
- dynamique et couplage des enveloppes fluides (circulations atmosphriques et ocaniques)
- changes thermiques, gazeux et particulaires entre les diffrentes enveloppes
- variables climatiques et leur enregistrement
- atmosphre primitive, volution de l'atmosphre et variations climatiques au cours des temps gologiques.
- causes des variations climatiques

Objectifs : matrise les notions essentielles pour comprendre les dynamiques et les couplages de l'atmosphre et des
ocans ainsi que les causes des changements climatiques. La thorie astronomique des climats, les climats actuels et
passs (jusqu'au Cnozoque) seront traits. Le cas du Quaternaire sera abord en Master 1.

La partie "Gomorphologie" comporte un cours de douze heures sur :
- les processus superficiels (mcanismes de la mtorisation)
- le rle de l'eau dans la godynamique externe (rosion linaire-rosion arolaire)
- les formes du relief hrites de la lithologie et de la structure, sous le contrle des facteurs climatique
- limportance de la fracturation toutes les chelles pour la mtorisation et les contraintes structurales sur
l'hydrographie.
Objectifs : comprendre les interactions entre les structures gologiques, la nature lithologique des matriaux et les
climats afin de pouvoir analyser et interprter les paysages, comprendre leur gense et lvolution du relief terrestre.

Les vingt-sept heures de travaux pratiques porteront essentiellement sur la partie "Gomorphologie" : tude de
diffrents documents, diffrentes chelles : cartes gologiques et topographiques, analyses et interprtation de
photographies ariennes sous vision stroscopique (ralisation de calques interprtatifs, coupes main leve
associes) et dimages satellitales (coordonnes gographiques fournies pour utilisation de Google Earth).

S6
BGSTU
132



Parcours Biologie gnrale, sciences de la Terre et de lunivers
(BGSTU)

Devenir, Lyon 1, des tudiants inscrits en licence parcours MIV
Autres masters Lyon 1 choisis : Physiologie-Neurosciences ; Sciences de linformation et des bibliothques

Conclusions :

17% des tudiants, en moyenne, redoublent le L3 parcours BGSTU
51% des tudiants diplms continuent en master M1 SVTU (en vue dune prparation CAPES SVTU) ;
16% des tudiants diplms poursuivent lIUFM de lacadmie (Ain, Rhne, Loire) pour prparation du CRPE
(donnes fournies depuis que lIUFM est une composante de Lyon1) soit 67% en moyenne de diplms en
poursuite dtudes pour les mtiers de lenseignement
Conclusions :
73,5 % des tudiants de L3 parcours BGSTU
Nombre et % de russite
en L3 parcours BGSTU
2006/2007
69 diplms (74,2 %)
2007/2008
62 diplms (72,9 %)
Redoublement en L3
biologie Lyon 1
Nombre et %
dtudiants diplms
de licence poursuivant
IUFM
Autre orientation
Lyon 1
Masters Lyon1 Master ST
2007/2008
14 tudiants (15%)
2007/2008
37 tudiants (53,6%)
2007/2008
35 tudiants (50,7%)
Non communiqu 2007/2008
Lic pro (2 tud.)
DUT gnie Biol (1 tud.)
2008/2009
18 tudiants (21,2%)
2008/2009
32 tudiants (51,6%)
2008/2009
30 tudiants (48,4%)
2008/2009
10 tudiants (16%)
2008/2009
Lic Pro (1 tud.)
S6
BGSTU
133

Biosciences (BS)

Descriptif des UE

La cellule

Mcanisme de l'expression des gnes

ECTS
6
36 18 - - -

LUE La Cellule fournit les enseignements de bases sur larchitecture et le fonctionnement de la cellule. Les
grandes familles molculaires sont prsentes dans le contexte de leur fonctions cellulaires. En complment de
lexposition des acteurs principaux et des grands principes qui rgissent la vie de la cellule, des exemples issues de la
recherche contemporaine viendront illustrer les cours.

ECTS
6
36 18

Le gnome est le lieu de stockage de l'information gntique dans toutes les cellules. Il doit tre recopi au cours du
cycle cellulaire et doit s'exprimer de manire rgule pour permettre une adaptation au milieu et un dveloppement
harmonieux des organismes. L'objectif de ce cours et de donner une vision actuelle et moderne des mcanismes
molculaires intervenant lors de ces processus chez les procaryotes et les eucaryotes.

Plan Gnral du cours :
Chromosomes et noyau
Gntique molculaire procaryote
Mcanismes d'expression des gnes eucaryotes
Cycle cellulaire et oncognse

S5
BS
134

Bio statistiques
Protines et protomique
Mthodes & TP de Biochimie, Gntique bactrienne, Biologie molculaire et
cellulaire
ECTS
3
14 10 6

Les statistiques procurent des outils essentiels pour rpondre de manire quantifie aux questions biologiques poses
dans les domaines de la biologie au sens large.
Les dveloppements mthodologiques qui sous-tendent ces outils seront abords au travers du cours magistral et dun
cours en ligne http://mathsv.univ-lyon1.fr

- Rappels de la notion de test statistique risque derreur puissance -
- Comparaison de moyennes, variances, frquences, table de contingence
- Analyse de variance un facteur, deux facteurs avec et sans rptition
- Rgression linaire - Statistiques non paramtriques -
- Introduction aux statistiques multivaries

Les T.D. auront pour objectif la mise en uvre raisonne des tests statistiques pour lanalyse de donnes biologiques.
Une part des TD sera ralise avec le logiciel R.

ECTS
3
24 8 - - -

Ltude du protome a montr que le dogme une squence, une structure, une fonction nest plus suffisant pour
expliquer de trs nombreuses donnes rcentes, avec des implications sur notre comprhension du fonctionnement
des organismes tous les niveaux.
Le but de cette UE est de prsenter les mcanismes assurant la diversit des protines, de leur organisation et la
modulation de leurs fonctions biologiques. Chaque partie de lUE comprendra une description biochimique, molculaire,
des mcanismes tudis et sera suivi dexemples physiologiques ou pathologiques illustrant la diversit gnre au
niveau des protines et de leurs fonctions.

ECTS
6
20 105

Le module, qui combine cours et travaux pratiques, propose une familiarisation avec tous les aspects de la dmarche
scientifique exprimentale. Il propose une trousse outils universelle, composes des approches mthodologiques
les plus usites, mais, au-del de lapprentissage des techniques et de leurs principes, il permet une rflexion sur la
conduite dun projet scientifique, depuis la dfinition du champs danalyse jusqu la rdaction des rsultats.
C.M. :
Prsentation des mthodes, et des concepts sous-jacents, usuelles en gntique, biochimie, biologie molculaire et
biologie cellulaire. Prsentation de modles biologiques courants depuis la molcule (GFP, bta-galactosidase...)
jusqu lorganisme (E. coli, nmatode...).
T.P. de gntique, biochimie, biologie molculaire et biologie cellulaire :
Mise en uvre de techniques des 4 disciplines autour de problmatiques transversales.
Sensibilisation la planification des travaux, la gestion du temps, la scurit.
Synthse, mise en forme et rdaction des rsultats de ltude selon les normes scientifiques. Chaque binme rdige un
compte-rendu, et un entretien oral individuel a lieu lors des TP.

S5
BS
135

Evolution Biosphre Ecologie

ECTS
6
36 18

La conservation de la biodiversit est un enjeu majeur de notre sicle. Lobjectif de cette UE sera de prsenter les outils
permettant de caractriser et de prserver la biodiversit et dexposer les principaux mcanismes volutifs lorigine
des espces. Cette UE opposera une vision crationniste du monde les arguments en faveur de la thorie de
lvolution.

Partie 1 : Lhistoire du vivant
1. Lorigine de la vie et les molcules organiques extra-terrestres
2. Les grandes tapes de lvolution

Partie 2 : Lorigine des espces
1. Les grands concepts de la thorie de lvolution
2. Les mcanismes de la spciation

Partie 3 : Dcrire & conserver la biodiversit
1. Les diffrentes dfinitions de lespce
2. Ltendue de la biodiversit : survol qualitatif & quantitatif
3. Lhomme face la biodiversit (Evolutionary Stable Units)

S5
BS
136

Biosciences (BS)

Descriptif des UE

Gnomique et gntique molculaire

Physiologie et biologie du dveloppement

TP de Gntique molculaire
ECTS
3
24 8

Le squenage complet de nombreux gnomes, les progrs de la transgnse et lavnement de techniques danalyse
du transcriptome et du protome haut dbit ont boulevers la faon de concevoir, raliser et analyser les expriences
de gntique. Cette UE propose de faire un point sur ces techniques et concepts actuels.

ECTS
6
36 18

Cette UE aborde la fois des aspects de biologie du dveloppement et de physiologie animale et vgtale. Un accent
particulier sera mis sur les approches exprimentales (gntique, molculaire, anatomie fonctionnelle, physiologie
intgrative) mises en jeu dans ces diffrents domaines ainsi que sur les apports conceptuels quelles ont permis
dapporter.

Physiologie
1. Physiologie de la nutrition vgtale
2. Physiologie du couplage excitation-contraction du muscle squelettique
3. Neurophysiologie

Biologie du dveloppement
1. Introduction aux concepts gnraux et modles
2. Etablissement du plan d'organisation
3. Morphogense
4. Croissance
5. Plantes

ECTS
3
70

Acqurir les principes mthodologiques des approches de gntique classique et inverse chez les eucaryotes, en
utilisant comme modle biologique le nmatode C. elegans. On sintressera la comprhension molculaire dun
phnotype dit uncoordinated qui rsulte de mutations dans un gne de larchitecture musculaire des nmatodes

S6
BS
137

Analyse & communication scientifique
Anglais

Vous devez choisir parmi les UE prsentes ci-dessous, soit 2 UE TP de Biologie soit
une UE TP de Biologie et une UE TP de Biochimie

TP de Physiologie
ECTS
3
12

L'objectif de cette UE est dapporter une formation lanalyse de la littrature scientifique, premier vecteur de la
connaissance. Les tudiants seront confronts la dmarche scientifique des chercheurs en suivant des sminaires de
recherche et en ralisant une prsentation orale dun article scientifique en anglais.

Contenu
1. Sminaires scientifiques :
Les tudiants assistent quatre des sminaires des laboratoires de recherche. Chaque sminaire est prcd de 45
min TD prcisant la partie introductive (TD assur par le scientifique organisant le sminaire et/ou un enseignant
chercheur) et suivi dun TD de 45 min avec le confrencier permettant de prciser ce qui na pas t compris et de
susciter la discussion.

2. Travail personnel d'analyse bibliographique : Les tudiants devront analyser 1 article scientifique et une revue
choisis par un enseignant en vue d'une prsentation orale. Un enseignant sera affect pour chaque tudiant pour le
guider dans la comprhension et la prparation de la restitution orale.
ECTS
3
30 10

Deux objectifs principaux visent dune part langlais du quotidien (se prsenter, parler de soi, prendre part des
discussions informelles, crire des courriers lectroniques formels ou non (registres de langue), rdiger un CV et une
lettre de motivation, passer un coup de tlphone professionnel, passer un entretien), dautre part langlais scientifique
(les tudiants font une prsentation en anglais avec vidoprojecteur sur un sujet en lien direct avec leur spcialit).

ECTS
3
70

Lenseignement thorique dispens au sein de lUE de physiologie sera ici illustr au cours de deux semaines de
travaux pratiques. La premire semaine sera consacre ltude de modles murins de troubles neurologiques, et la
suivante la physiologie de la nutrition vgtale chez Arabidopsis thaliana.

NEURO-PHYSIOLOGIE
Analyse intgre de souris prsentant des anomalies comportementales.

PHYSIOLOGIE VEGETALE
Analyse intgre dun mutant de nutrition minrale dArabidopsis thaliana.
A partir dune liste de protocoles, les tudiants organisent leur semaine de travail en concertation avec lquipe
enseignante afin de mener bien les diffrentes exprimentations.

S6
BS
138

TP de biologie cellulaire et du dveloppement

TP de Biochimie et Chimie pour les biologistes

Vous devez choisir parmi les UE prsentes ci-dessous, 2 UE optionnelles

Bio-Informatique (optionnelle)

Biochimie et Chimie pour les biologistes (optionnelle)
ECTS
3
70

Ce T.P. a pour but de dissquer les voies molculaires de lapoptose, un processus essentiel au dveloppement, chez
la drosophile (mouche du vinaigre). En combinant une connaissance de la biologie du dveloppement de lil de
drosophile et les techniques de gntique et de biologie molculaire, les tudiants mettront en vidence les principaux
acteurs et rgulateurs de lapoptose chez la drosophile.

ECTS
3
70

Cette unit introduit diffrentes mthodes chimico-physiques pour une analyse quantitative de proprits structurales et
fonctionnelles des protines. En prenant lexemple de la cratine kinase (CK), on analyse : les proprits diffrentes
des isoformes, lattachement du substrat au site actif, la cintique de la catalyse enzymatique deux substrats, la
formation de complexes protiques, et linteraction protine-membrane. Les techniques suivantes sont utilises :
lectrophorse native, photomtrie, fluorimetrie, dispersion de la lumire, microcalorimtrie (DSC), rsonance
plasmonique de surface (Biacore).

ECTS
3
5 30

Lobjectif de cette unit denseignement est dassurer aux biologistes une certaine autonomie en bioinformatique pour le
dveloppement doutils spcifiques leur problmatique biologique. Ceci sera fait par l'initiation la programmation et
aux bases de donnes.

ECTS
3
24 8

Cette UE approfondit les connaissances de la constitution chimique des protines et des acides nucliques, leur
synthse par la cellule et par lHomme, leur repliement et les facteurs thermodynamiques linfluenant, leur fusion
tudie par la calorimtrie (DSC), leur interaction avec dautres molcules par la technologie Biacore et la fonction
catalytique que certains entre eux exercent (enzymologie). Le cours sera enrichi par des observations sur lhistoire de
la biologie molculaire.

S6
BS
139
Gntique des populations, Gntique humaine (optionnelle)

Introduction la virologie et l'immunologie (optionnelle)

Modlisation des systmes biologiques (optionnelle)
ECTS
3
24 8

Objectifs : Introduction aux concepts thoriques et aux outils fondamentaux pour l'tude de la transmission et
lvolution de la variabilit gntique dans les populations naturelles. Etude des mcanismes responsables de la
divergence gntique des individus et des populations, de leur adaptation un environnement variable, de lvolution
des espces et du maintien du polymorphisme. Applications en pidmiologie des maladies gntiques, histoire des
peuplements et volution de lhomme.

ECTS
3
24 8

L'UE dbutera par des introductions exposant les concepts gnraux de la virologie et de limmunologie, puis ces
concepts seront illustrs par un dveloppement plus approfondi, (allant au cours des TD jusqu' l'analyse fine de
donnes scientifiques rcentes) des aspects virologiques et immunologiques des infections virales sur un petit nombre
de modles : rtrovirus (virus HIV-1), virus de la grippe

Immunologie
1- Introduction (dfinition de limmunit, rappels historiques)
2- Cellules et organes du systme immunitaire
3- Immunit inne
4- Immunit adaptative
5- La subversion de la rponse immune par les pathognes

Virologie
1- Introduction gnrale la virologie
2- Le modle des rtrovirus (virus HIV)

ECTS
3
18 12

Lapproche par modlisation en biologie a pour objectif de suppler lexprimentation lorsquelle est irralisable,
didentifier les paramtres dintrt du fonctionnement dun systme biologique et de faire de la prospective concernant
lvolution du systme. Toutes les disciplines biologiques sont concernes par de telles approches. Lobjectif du module
sera au travers de ltude de plusieurs thmes biologiques de prsenter les diffrents types de modlisation et leur
potentialit. Le module na pas pour objectif de rentrer dans les dveloppements mathmatiques. Des connaissances
de base en analyse sont suffisantes pour aborder ce module.
Aprs un cours dintroduction (2h), chaque thme sera abord avec 4h de cours et 3h de TP.
* Lpidmiologie des maladies mergentes Modlisation de la transmission du pathogne
* Les infrences phylogntiques - Modlisation des changements le long dun arbre phylogntique
* Gntique et drive Modlisation de lvolution des variants gntiques
* Lcotoxicologie Modlisation des effets diffrentes chelles.

Les thmes abords seront susceptibles de varier selon les annes. Afin dapprhender la dmarche de modlisation,
les diffrents thmes seront traits sous forme de travaux pratiques avec lutilisation de logiciel de modlisation comme
Maple ou R.

S6
BS
140



Parcours Biologie fondamentale (Biosciences depuis 2011)

Devenir, Lyon 1, des tudiants inscrits en licence parcours Biologie fondamentale

Conclusions :

Lessentiel (90% au moins) de chaque promotion de L3 BF enchane par le master BioSciences ENS/UCB. Les
autres tudiants ayant russi poursuivent par un master en dehors de ltablissement (ex : ENS Paris, Paris VI...).
Conclusions :
98 % des tudiants de L3 BF, sont en
moyenne, diplms chaque anne
parcours BF
2006/2007
51 (100 %)
2007/2008
45 (96%)
Lyon 1
poursuivant en Master Lyon 1
Autre orientation
Lyon1

Masters Lyon1 Master BioSciences

2007/2008
0
2007/2008
42 (90%)
2007/2008
42 (90%)
0
2008/2009
1
2008/2009

2008/2009

0
S6
BS
141

Comptences couvertes par les enseignements
142

Domaines de comptences
Biochimie
- matriser les techniques courantes de laboratoire et danalyse
spectrophotomtrique. Doser une activit enzymatique et mesurer une
vitesse de raction

base

tous les parcours
Biologie cellulaire
- matriser les techniques de culture et dimagerie cellulaires
- matriser lanalyse des structures et des fonctions cellulaires

-approfondi
-base
-base

GBC, BS,
M, P
GBC, BS, M, P
Biologie des organismes
- matriser les techniques de dissections morpho-anatomiques et
histologiques animales et vgtales
- utiliser des cls de dtermination pour la systmatique animale et
vgtale
- savoir reconnatre les principaux lments de la biodiversit dans un
contexte cologique, volutionniste et naturaliste

- approfondi
base
- approfondi
base

BGSTU
BOP, BS
BGSTU
BOP
Ecologie
- matriser des approches quantitatives de la biodiversit

- matriser des interactions sols/plantes/animaux
- matriser les approches de terrain (relevs, inventaires, cartographie)

- approfondi
base
- approfondi
- base

BOP, BGSTU
BS
BOP, BGSTU
BOP
Evolution
- comprendre la place des processus volutifs dans la reproduction,
le dveloppement, la physiologie et la diversit des organismes
- savoir analyser les mcanismes de lvolution (mutation, slection,
drive et migration) et de la gntique des populations
- matriser les mthodes dtude de lvolution (exprimentation, analyse
des gnomes et des populations, phylognie, palontologie)

- approfondi
base
- approfondi
base
- approfondi
base

BOP, BGSTU
GBC, M, P, BS
BOP, BGSTU, MIV
GBC, M, P, BS, BGSTU
BOP, MIV
BGSTU
Gntique
- analyser et comprendre les mcanismes de la transmission des
caractres : du gne la molcule (ARN protine), la cellule,
lorganisme entier et aux populations
- connatre et utiliser les principaux outils molculaires du gnie
gntique

- approfondi
base

- approfondi
base

GBC
BOP, M, P, BGSTU, BS

GBC, BS
autres parcours
Gologie
- reconnatre les grands types de roches en macroscopie et
microscopie, et les principaux groupes dinvertbrs fossiles
- matriser les techniques de cartographie gologique

- base

- base

BGSTU

BGSTU
Microbiologie
- matriser les manipulations en conditions de strilit
- matriser la croissance microbienne

- utilisation doutils molculaires microbiens
- caractrisation et identification de souches microbiennes

- connaissance des relations microorganismes et environnement
observation de microorganismes au microscope
- analyser les gnotypes/phnotypes de microorganismes

- approfondi
- approfondi
base
- approfondi
- approfondi
base
- base
- base
- base

M, GBC, P, BS
M
GBC, P
M
M
GBC, P
M
BOP, GBC, M, P, BS
GBC, M, BS
Modlisation
- matriser la formalisation mathmatique dun problme biologique

- notions d'algorithmique et programmation
- automatisation de traitement des donnes, bases de donnes
- matriser des langages de programmation
- concevoir et manipuler des bases de donnes en bioinformatique
- matriser un logiciel d'analyse statistique

- approfondi
base
- base
- base
- approfondi
- base
- approfondi

BOP, MIV
BS
MIV
MIV
MIV
MIV
MIV
Physiologie
- exprimenter in vivo: anesthsie, cathtrisme, dosages plasmatiques,
prlvements dorganes
- analyse physiologique non invasive (ECG, EMG..), tests sensoriels et
mnsiques
- savoir faire la relation entre la structure dun organe et sa fonction

- approfondi
base
- approfondi

- approfondi

P
GBC et M
P

P
143

Domaines de comptences transversales tous les parcours de la Licence
prise en compte de lenvironnement
- connatre et observer les rgles de scurit (laboratoire, terrain)
- dfinir et prciser son projet professionnel

- base
- base

mthodes
- mettre en uvre une dmarche analytique exprimentale
- analyser et interprter des donnes exprimentales
- savoir rechercher et traiter la documentation
- organiser un travail en quipe

- base
- approfondi (MIV)
base
- base
communication
- matriser les outils de bureautique
- utiliser les nouvelles technologies de linformation et de la
communication
- exposer oralement ses rsultats et rdiger un rapport
- communiquer en anglais :comprhension et, expressions crite et orale

- base
- C2i niveau 1

- base
- niveau B1/B2
144

A n n e x e s
Rsum descriptif de la certification : CNCP

Rpertoire National des Certifications Professionnelles
Rsum descriptif de la certification

Intitul
Licence Sciences Technologie Sant
Mention Biologie

Autorit responsable de la certification Qualit du(es) signataire(s) de la certification
Universit Claude Bernard Lyon 1
Ministre de lEnseignement Suprieur et de la Recherche

Prsident de l'universit Lyon 1 (Claude Bernard)
Recteur chancelier des universits

Niveau et/ou domaine dactivit
Niveau II: Licence
Code(s) NSF : 1OO ; 118 b ; 118f

Rsum du rfrentiel demploi et lments de comptences acquis
Liste des activits vises par le diplme, le titre ou le certificat
Cette licence mention Biologie vise assurer une formation de base dans les diffrents domaines de la biologie, allant
des concepts de base jusquaux dveloppements rcents des diverses disciplines que sont la biologie cellulaire, la
biologie des organismes et des populations, lcologie, lenvironnement, les biomathmatiques et les biostatistiques, la
gntique, la biologie du dveloppement, la microbiologie, les neurosciences, la physiologie
Comptences ou capacits attestes
Biochimie: matriser les techniques courantes de laboratoire et danalyse spectrophotomtrique. Doser une activit
enzymatique et mesurer une vitesse de raction
Biologie Cellulaire : matriser les techniques de culture et dimagerie cellulaires ; matriser lanalyse des structures et
des fonctions cellulaires
Biologie des Organismes : matriser les techniques de dissections morpho-anatomiques et histologiques animales et
vgtales ; utiliser des cls de dtermination pour la systmatique animale et vgtale ; savoir reconnatre les principaux
lments de la biodiversit dans un contexte cologique, volutionniste et naturaliste.
Ecologie : matriser des approches quantitatives de la biodiversit ; matriser des interactions sols/plantes/animaux ;
matriser les approches de terrain (relevs, inventaires, cartographie)
Evolution : comprendre la place des processus volutifs dans la reproduction, le dveloppement, la physiologie et la
diversit des organismes ; savoir analyser les mcanismes de lvolution (mutation, slection, drive et migration) et de
la gntique des populations ; matriser les mthodes dtude de lvolution (exprimentation, analyse des gnomes et
des populations, phylognie, palontologie)
Gntique : analyser et comprendre les mcanismes de la transmission des caractres : du gne la molcule (ARN,
protine), la cellule, lorganisme entier et aux populations ; connatre et utiliser les outils molculaires du gnie
gntique
Gologie : reconnatre les grands types de roches en macroscopie et microscopie, et les principaux groupes dinvertbrs
fossiles ; matriser les techniques de cartographie gologique
Microbiologie : matriser les manipulations en conditions de strilit ; matriser la croissance microbienne ; utiliser des
outils molculaires microbiens ; caractriser et identifier des souches microbiennes ; connaissance des relations
microorganismes et environnement ; observer des microorganismes au microscope ; analyser des gnotypes/phnotypes
de microorganismes
Modlisation : matriser la formalisation mathmatique dun problme biologique ; notions d'algorithmique et
programmation ; automatiser les traitements des donnes, bases de donnes ; matriser des langages de programmation ;
concevoir et manipuler des bases de donnes en bioinformatique ; matriser un logiciel d'analyse statistique
Physiologie : exprimenter in vivo: anesthsie, cathtrisme, dosages plasmatiques, prlvements dorganes, analyse
physiologique non invasive (ECG, EMG..), tests sensoriels et mnsiques ; savoir faire la relation entre la structure dun
organe et sa fonction
- connaissances gnrales acquises dans le cadre du cursus : connatre et observer les rgles de scurit (laboratoire,
terrain) ; dfinir et prciser son projet professionnel ; mettre en uvre une dmarche analytique exprimentale ;
analyser et interprter des donnes exprimentales ; savoir rechercher et traiter la documentation ; organiser un travail
en quipe ; matriser les outils de bureautique ; utiliser les nouvelles technologies de linformation et de la
communication ; exposer oralement ses rsultats et rdiger un rapport ; communiquer en anglais :comprhension et,
expressions crite et orale

Secteurs dactivit et types demplois accessibles par le dtenteur
de ce diplme, ce titre ou ce certificat

Les mtiers auxquels peuvent prtendre les diplms de la Licence STS mention Biologies sont:
- Les mtiers de lenseignement primaire, secondaire, technique, suprieur
- Les mtiers de la recherche fondamentale et applique en Sciences de la Vie dans de nombreux domaines : biologie
molculaire, biologie cellulaire, biologie du dveloppement, biologie des organismes, biomathmatiques et
biostatistiques, cologie, gntique, immunologie, microbiologie, neurosciences, physiologie, virologie.
- Les mtiers de la recherche applique et du dveloppement dans les secteurs de lagro-alimentaire, des
biotechnologies, des bio-mathmatiques, de lindustrie pharmaceutique,
- Les mtiers de la protection et de la gestion de lenvironnement, de la gestion des risques naturels et
technologiques, de lamnagement du territoire urbain et rural, de la conservation et de la gestion de la biodiversit
- Les mtiers de la vente (dlgus mdicaux, technico-commerciaux, entretien dappareillages scientifiques)
- Les mtiers du conseil (consultants, experts auprs de cabinets juridiques ou dinstitutions)
- Les mtiers du journalisme scientifique

Ainsi, les diffrents parcours de cette Licence ouvrent les secteurs dactivit suivants :
Parcours professionnel : Gntique et biologie cellulaire
Secteur dactivit : Etude des mcanismes de lhrdit lchelle molculaire et cellulaire, et des outils molculaires
utiliss dans les biotechnologies
Parcours professionnel : Microbiologie
Secteur dactivit : Etude des microorganismes sous laspect fondamental et appliqu, de la biologie cellulaire et de la
gntique bactriennes
Parcours professionnel : Physiologie
Secteur dactivit : tude du fonctionnement des diffrentes parties du corps c'est--dire la faon dont celles-ci
travaillent et permettent le maintien en vie.
Parcours professionnel : Biologie des organismes et des populations
Secteur dactivit : Champs de la biologie des organismes et ses relations avec le milieu, la biologie des populations
avec ses aspects dmographies et gntiques ainsi que la biologie volutive
Parcours professionnel : Biologie gnrale sciences de la terre et de lunivers
Secteur dactivit : Formation et enseignement (Accs aux IUFM (professorat des coles, Prparation au concours du
CAPES))

Tout diplom de Licence peut :
- prsenter les concours des instituts publics (INRA, CNRS, IRD, CIRAD, INSERM,) pour des emplois dassistant
ingnieur ou technicien suprieur ; concours administratifs
- postuler des emplois de technicien suprieur ou technico-commercial dans le secteur priv, dans touts les domaines
biologiques (agro-industrie, environnement, cosmtiques,)

Il est aussi possible d'ajouter la comptence scientifique un complment de formation par exemple en informatique ou
en commerce et marketing. Une insertion professionnelle dans des postes de gestion ou de technico-commercial de
petites, moyennes ou grandes entreprises du secteur chimie-biologie est par ce biais envisageable
Codes des fiches ROME les plus proches :
22 121 et 22122 (Professeur),
52 315 (Rdacteur/ rdactrice technique en biologie),
52 232 (technicien suprieur/technicienne suprieur biochimiste)
53121 (biologiste recherche fondamentale)
52141 (biologiste recherche et dveloppement)
24212 (technicien laboratoire de biologie)

Modalits daccs cette certification
- Accs en premire anne (L1) :
-Baccalaurat ou quivalent
-Les responsables des mentions de Biologie et Biochimie de Lyon 1, aprs connaissance des contenus pdagogiques de
la premire anne de Mdecine (4 UFR Lyon 1) et de Pharmacie, ont propos des quivalences entre les modules de
sant valids Lyon 1 et des UE de L1 du portail SVT (Biochimie, Biologie, Sciences de la Terre), aux tudiants
ajourns en PCEM1 et PCEP1).
- Accs en deuxime anne (L2) :
-60 ects valids de L1 du portail SVT, de Lyon 1
-Les tudiants reus-colls de Mdecine et Pharmacie accdent directement en L2 mention Biologie avec validation
de 60 crdits pour lanne de L1 et prise en compte de la note de PCEM1 et PCEP1 comme note globale des semestres
S1 et S2.
- Accs en troisime anne (L3) :
120 ects valids de la Licence STS, mention Biologie ; sur dossier avec entretien avec un jury lentre du L3 parcours
BS.
Un accs en L2 ou L3 est galement possible, sur dossier, aprs validation par la commission pdagogique de validation
des acquis de formation
pour les tudiants titulaires dun BTS ou DUT :
Suivant la qualit du dossier et la spcialit de DUT suivie par le candidat, la commission pdagogique peut proposer un
accs direct en L3 avec validation de 120 crdits ECTS (sans prise en compte de note) ou un accs en L2 avec validation
de 60 crdits ECTS (sans prise en compte de note)
Seuls les tudiants de la premire moiti de la promotion peuvent prtendre une admission en L3.
pour les tudiants issus des CPGE (Classes Prparatoires aux Grandes Ecoles) :
Pour les filires compatibles (BCPST), accs direct en L2 mention Biologie avec validation des 60 crdits ECTS de L1
(sans prise en compte de note), pour tout candidat admis passer en classe suprieure dans son lyce dorigine ; dans les
autres cas, accs en L1 ou en L2 selon les lments du dossier.
Pour les filires compatibles (BCPST), accs direct en L3 mention Biologie, avec validation des 120 crdits ECTS de L1
et L2 (sans prise en compte de note), pour tout candidat justifiant dune admissibilit un concours, ou autoris
redoubler sa deuxime anne dans son lyce dorigine ; dans les autres cas, accs en L2 ou en L3 selon les lments du
dossier.
pour les tudiants, en cours de licence Sciences de la Vie dans une universit franaise, autre que Lyon 1, ou
europenne :
Poursuite dtudes en mention Biologie, en prenant en compte intgralement les ECTS des UE ou semestres valids dans
luniversit dorigine avec report des notes semestrielles obtenues dans luniversit dorigine, conformment larrt
du 26 aot 2008 modifiant larrt du 23 avril 2002 relatif aux tudes universitaires conduisant au grade de licence
pour les tudiants de pays trangers (hors systme lmd)
Suivant la qualit du dossier, la commission pdagogique peut proposer un accs direct en L3 ou en L2 mais dans le cas
dun accs en L2 le candidat doit auparavant tre pass par la procdure DAP (demande dadmission pralable)
Autre possibilit : Validation des acquis de lexprience

Liens avec dautres certifications Accords europens ou internationaux
180 ects oui

Base lgale
Arrt du 23 avril 2002 publi au J O du 30 avril 2002

Pour plus dinformation
Historique de la formation
Licence de Biologie spcialisations Biologie cellulaire et Physiologie, Biologie des organismes et populations et
Biologie gnrale Sciences de la Terre et de lUnivers (avant 2003)
Licence ST mention Biologie (habilitation 2003/2006)
Licence STS mention Biologie (habilitation 2007/2010)
Autres sources d'information : www.univ-lyon1.fr
Lieu(x) de certification : Universit Lyon 1 (Claude Bernard)

Service d'Orientation et d'Insertion Professionnelle des Etudiant-e-s
LICENCE STS
BIOLOGIE (*)
Parcours :
Biologie Gnrale Sciences de la Terre et de lUnivers (BGSTU)
Microbiologie (M)
Physiologie (P)
Biosciences (BS) (L3)cohabilitation ENS
Cursus Bioconcours ( L2) *

Objectifs
Cette Licence vise assurer une formation de base dans les diffrents domaines de la biologie, allant des
concepts de base jusquaux dveloppements rcents des diverses disciplines que sont la biologie
cellulaire, la biologie du dveloppement, la biologie des organismes et des populations, les
biomathmatiques et les bio-statistiques, lcologie, lenvironnement, la gntique molculaire et
cellulaire, la gologie, la microbiologie, les neurosciences et la physiologie.

Conditions daccs
Accs en premire anne (L1) :
Baccalaurat (S de prfrence), ou quivalent
Etudiant-e-s UE : Accs sous condition de connaissance du franais (TCF niveau 4)
Etudiant-e-s hors UE : ncessit de DAP (demande dadmission pralable)
Etudiant-e-s coll-e-s de PCEM1 (mdecine) ou PCEP1 (pharmacie) de Lyon : quivalences avec des UE de L1 portail SVT

Accs en deuxime anne (L2) :
Etudiant-e-s ayant valid 60 crdits (ECTS) de L1 portail SVT de Lyon1.
Etudiant-e-s reu-e-s coll-e-s de PCEM1 ou PCEP1 de toutes les universits franaises.
Sur dossier, aprs validation par la commission pdagogique de validation des acquis de formation :
pour les tudiant-e-s issu-e-s dune universit franaise, autre que Lyon1 ayant valid 60 ects, ou trangre (tudiant-e-s
hors UE : ncessit de DAP).
* Sur dossier et entretien pour le cursus Bioconcours (prparation au concours B des Ecoles Nationales Vtrinaires)

Accs en troisime anne (L3) :
Etudiant-e-s ayant valid 120 crdits (ECTS) de la Licence STS mention Biologie
Sur dossier et entretien (tudiant-e auditeur-trice) et/ou sur concours (tudiant-e normalien-ne) pour les tudiant-e-s
qui choisissent le parcours Biosciences
Sur dossier, aprs validation par la commission pdagogique de validation des acquis de formation :
pour les tudiant-e-s issu-e-s dune universit franaise, autre que Lyon1 ayant valid 120 ects, ou trangre
(tudiant-e-s hors UE : ncessit de DAP).
Un accs en Licence STS mention Biologie peut tre envisag par la Validation des Acquis de lExprience (VAE).
Orientation aprs validation de la L2
Poursuite en 3me anne de Licence STS mention Biologie (L3), dans lun des 7 parcours proposs.
Poursuite en Licence Professionnelle Lyon1 dans les spcialits suivantes (accs sur dossier et/ou entretien)
* Espaces naturels
Analyse et techniques dinventaires de la biodiversit
* I ndustries chimiques et pharmaceutiques
Microbiologie industrielle et biotechnologie

* Biotechnologies
Gnomique

* I ndustrie agroalimentaire, alimentation
Ingnierie de la production alimentaire

* Productions animales
Conseil en : production laitire, qualit et scurit sanitaire, dveloppement durable des filires
Technologie en physiologie et physiopathologie
* Productions vgtales
Biotechnologies vgtales et cration varitale
Responsable de la qualit dans les filires fruits et lgumes
* Protection de lenvironnement
Matrise des pollutions et nuisances
* Ressources documentaires et bases de donnes
Documentation et informations scientifiques et techniques
* Sant
Visiteur mdical
Accs en Licences Professionnelles hors Lyon1
Candidature (sur dossier ou concours) au recrutement dans des coles dingnieurs, des coles de commerce.
Poursuites dtudes aprs validation de la Licence
Poursuite en Master (2 annes : M1 et M2 = 120 crdits)
Accs sur dossier et/ou entretien, en fonction du parcours de votre Licence
Luniversit Lyon 1 propose plusieurs mentions de Masters, constitues de diffrentes spcialits :

Mention Ecosciences, Microbiologie
Microbiologie (Professionnel/Recherche)
Ecologie, gnomique, volution, biomtrie (Pro/Rech)
Phytoressources (Pro)
Mathmatique et informatique du vivant (Pro/Rech)
Comptences complmentaires en informatique (Pro)
Mention Gntique et biologie de la cellule
Infectiologie fondamentale (Rech)
Gntique, biologie cellulaire et pathologie (Rech)
Infectiologie (Pro)
Imagerie des microstructures (Pro)
Mention Physiologie et neurosciences
Neurosciences (Pro/Rech)
Physiologie intgre en conditions extrmes (Rech)
Bioexprimentation animale (Pro)
Physiologie et pathologie musculaires (Rech)
Rgulations cardiovasculaires, mtaboliques et nutritionnelles (Rech)
Comptences complmentaires en informatique (Pro)

Mention Biosciences
Biosciences (cohabilitation ENS)(Rech)
Mention I ngnierie pour la sant et le mdicament
Physique mdicale (Pro/Rech
Ingnierie biomdicale et pharmaceutique (Rech)
Ingnierie pharmaceutique et cosmtique : de lvaluation clinique la qualit (Pro)
Ingnierie des dispositifs mdicaux (Pro/Rech)
Mention Environnement et risques naturels
Sciences de lenvironnement industriel et urbain (Rech)
Environnement et risques (Pro)
Comptences acquises lissue de la licence ( selon le parcours choisi)

Biochimie
Matriser les techniques courantes de laboratoire et danalyse spectrophotomtrique ; doser une activit enzymatique et
mesurer une vitesse de raction
Biologie Cellulaire
Matriser les techniques de culture et dimagerie cellulaires ; matriser lanalyse des structures et des fonctions cellulaires
Biologie des Organismes
Matriser les techniques de dissections morpho-anatomiques et histologiques animales et vgtales ; utiliser des cls de
dtermination pour la systmatique animale et vgtale ; savoir reconnatre les principaux lments de la biodiversit
dans un contexte cologique, volutionniste et naturaliste

Ecologie
Matriser les approches quantitatives de la biodiversit ; matriser les interactions sols/plantes/animaux ; matriser les
approches de terrain (relevs, inventaires, cartographie)
Evolution
Comprendre la place des processus volutifs dans la reproduction, le dveloppement, la physiologie et la diversit des
organismes ; savoir analyser les mcanismes de lvolution (mutation, slection, drive et migration) et de la gntique
des populations ; matriser les mthodes dtude de lvolution (exprimentation, analyse des gnomes et des
populations, phylognie, palontologie)
Gntique
Analyser et comprendre les mcanismes de la transmission des caractres : du gne la molcule (ADN ARN protine), la
cellule, lorganisme entier et aux populations ; connatre et utiliser les outils molculaires du gnie gntique
Gologie
Reconnatre les grands types de roches en macroscopie et microscopie, et les principaux groupes dinvertbrs fossiles ;
matriser les techniques de cartographie gologique

Microbiologie
Matriser les manipulations en conditions de strilit; matriser la croissance microbienne ; utilisation doutils molculaires
microbiens ; caractrisation et identification de souches microbiennes ; connaissance des relations microorganismes et
environnement ; observation de microorganismes au microscope ; analyser les gnotypes/phnotypes de
microorganismes
Modlisation
Matriser la formalisation mathmatique dun problme biologique ; notions d'algorithmique et matrise de langages de
programmation ; automatisation du traitement des donnes ; conception et manipulation de bases de donnes
bioinformatiques
Physiologie
Exprimenter in vivo: anesthsie, cathtrisme, dosages plasmatiques, prlvements dorganes, analyse physiologique
non invasive (ECG, EMG..), tests sensoriels et mnsiques ; savoir faire la relation entre la structure dun organe et sa
fonction
Statistiques
Etre capable de valider ou invalider des hypothses explicatives laide de tests ; matriser les techniques standard
danalyse des donnes ; pouvoir adapter des techniques statistiques standard des cas complexes ; automatiser le
traitement statistique de donnes laide de logiciels statistiques
Mention Sant publique
Biostatistique, biomathmatique, Bioinformatique et sant (Pro/Rech)
Pharmacologie, modlisation et essais cliniques (Pro/Rech)
Epidmiologie et gestion des risques (Pro/Rech)
Actions de sant publique (Pro/Rech)
Evaluation en sant - Recherche Clinique (Pro/Rech)
Mention Sciences de linformation et des bibliothques
Sciences de linformation et des bibliothques et information scientifique et technique (Pro)
Mention Histoire, philosophie et didactique des sciences
Construction, communication et appropriation des savoirs scientifiques et techniques (Rech)
Didactique, pistmologie et histoire des sciences et des techniques (Pro)
Comptences complmentaires en statistiques (Pro)
Mention Mtiers de lenseignement scolaire, de la formation et de la culture
Education et sciences (Pro/Rech)
Education et TIC (Pro/Rech)
Education et sant (Pro/Rech)
Mention Enseignement et diffusion des sciences exprimentales
Sciences de la Vie, de la Terre et de lUnivers (Pro/Rech)

Accs en Masters hors Lyon1.
Prparation au concours de recrutement de catgorie A de la fonction publique.
Candidature (sur dossier ou concours) au recrutement dans des coles dingnieurs, des coles de commerce.
soie.univ-lyon1.fr
Universit Claude Bernard Lyon 1
43 Boulevard du 11 Novembre 1918 F - 69622 Villeurbanne CEDEX
Comptence ( suite)
Comptences transversales :
Connatre et observer les rgles de scurit (laboratoire, terrain)
Dfinir et prciser son projet professionnel
Mettre en uvre une dmarche analytique exprimentale
Analyser et interprter des donnes exprimentales
Savoir rechercher et traiter la documentation
Organiser un travail en quipe
Matriser les outils de bureautique

Exposer oralement ses rsultats et rdiger un rapport
Communiquer en anglais : comprhension et, expressions crite et orale

Mtiers
Ces diplm-e-s peuvent prtendre aux mtiers suivants des niveaux hirarchiques diffrents (sous
rserve de concours et/ou de stages).

Enseignant-e : Par concours de recrutement de professeur-e-s de la fonction publique, gnralement via les IUFM,
pour lenseignement en primaire (CRPE) et pour lenseignement dans le secondaire (CAPES, CAPET).

Technicien-ne de laboratoire de contrle : Ralise des mesures et des analyses de conformit (normes, taux ...)
sur la qualit biologique, chimique ou physique, de matires ou de produits, au moyen de matriel de laboratoire,
selon un protocole de contrle et les rgles d'hygine, scurit, environnement. (Rome H1503)

Technicien-ne aide-biologiste : Ralise des mesures et des analyses de conformit (normes, taux, ...) sur la qualit
biologique, chimique ou physique, de matires ou de produits, au moyen de matriel de laboratoire, selon un protocole
de contrle et les rgles d'hygine, scurit, environnement. (Rome H1503)

Technicien-ne de laboratoire danalyses mdicales : Ralise et traite des prlvements biologiques en vue
d'analyses biomdicales selon la prescription mdicale, dans un objectif de diagnostic, dpistage, traitement,
prvention ou de recherche. Peut raliser des prlvements biologiques spcifiques (sang, scrtions, ...).
(Rome J1302)

Technicien-ne en environnement : Procde lanalyse de la biodiversit animale et vgtale, ralise les inventaires
faunistiques et floristiques, assure la mise en protections, le classement des sites sensibles (arrt de znieff) en
collaboration avec les collectivits locales et territoriales. Participe lacquisition des donnes biologiques et cologiques
dans le cadre de projets europens type Natura 2000.

Technico-comercial-e : Prospecte une clientle de professionnels, propose des solutions techniques selon les
besoins, impratifs du client et ngocie les conditions commerciales de la vente. Peut coordonner une quipe
commerciale et animer un rseau de commerciaux. (Rome D1407)

Secteurs dactivit
Agroalimentaire - Biotechnologies - Cosmtologie - Enseignement (sur concours) - Environnement :
organismes publics, semi publics et privs qui touchent les domaines de lenvironnement et la conservation du
patrimoine (CREN, DIREN, ONCFS, parc rgionaux et nationaux) (sur concours) - Industrie pharmaceutique -
Journalisme scientifique - Laboratoires de recherche public (CNRS, INRA, INSERM) (sur concours) - Police
scientifique (sur concours) - Sant (laboratoires danalyses en milieu hospitalier, priv et recherche)

(*) Sous rserve dhabilitation.

Responsable : Sylvie Dupr-Aucouturier - Tlphone : 04.72.44.81.56
Courriel : sylvie.dupre-aucouturier@univ-lyon1.fr
Sites web : http://www.univ-lyon1.fr - http://offre-de-formations.univ-lyon1.fr
Catalogue d'UEs Transversales Insertion Professionnelle : Tr IP

C Co oo or rd di in na at ti io on n L Ly yo on n1 1 p po ou ur r l l I In ns se er rt ti io on n P Pr ro of fe es ss si io on nn ne el ll le e d de es s E Et tu ud di ia an nt ts s

Rechercher un stage, un emploi
En atelier (complmentaire aux confrences des Rencontres du jeudi)
O chercher, comment chercher. Formation aux techniques de recherche d'emploi
(CV, lettre de motivation, prparation d'entretien).
24h
2 ECTS
Utiliser la vido pour prparer un entretien
Atelier avec web-cam 12h
1 ECTS
Prparer une candidature en anglais
Connaitre les spcificits anglo-saxonnes du recrutement 12h
1 ECTS
Connaitre son march - explorer son milieu
professionnel
Comprendre les attentes des entreprises cibler les entreprises du secteur de
formation dcrypter le march cach- travail sur petites annonces
24h
2 ECTS
Economie et Entreprise
Macro et micro conomie- situation de l'emploi et des entreprises par secteur.
Organisation de l'entreprise. Cours
18h
2 ECTS
Connaissance du monde du travail
Son organisation : les diffrents partenaires sociaux, les contrats, les statuts
initiation au droit du travail - Cours
9h
1 ECTS
Construire une dmarche rseau
En atelier 24h
2 ECTS
Savoir utiliser les rseaux sociaux pour l'insertion
professionnelle
Reprer et bien utiliser internet pour favoriser son insertion professionnelle et se
rendre visible sur un rseau (social networking)
12h
1 ECTS
Prciser son projet professionnel
A partir d'un projet non encore finalis, dmarche de confrontation la ralit et
traitement de l'exprience acquise Atelier + exprimentation
24h
2 ECTS
Mthodologie de projet et ralisation
Formation la gestion de projet : une comptence transversale qui peut 'faire la
diffrence'
En petits groupes, ralisation d'un projet tudiant : mise en pratique de la
dmarche projet

3 ECTS
Savoir valoriser son stage
Potentialiser l'importance du stage comme atout pour l'insertion professionnelle
par un temps d'analyse permettant de remettre en perspective les comptences
acquises au cours du stage et l'enrichissement du rseau- retour sur le CV

12h
1 ECTS
Les Rencontres du Jeudi : srie de 20 confrences ralises chaque semaine par des acteurs du monde socio-conomique sur des thmatiques trs
varies et adaptes aux formations qui intgrent ces confrences dans leur cursus
1 ECTS = 8* 1.5h TD ou 6* 1.5h CM
2 ECTS = 16* 1.5h TD ou 12* 1.5h CM
Sylvie BLAINEAU 25 juin 2009

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