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Les protines

1.

INTRODUCTION . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .1

2.

LES ACIDES AMINS STANDARD DES PROTINES . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .1


2.1.
2.1.1.

Groupe 1 : acides amins aliphatiques ..................................................................................3

2.1.2.

Groupe 2 : acides amins aromatiques ..................................................................................3

2.1.3.

Groupe 3 : acides amins dicarboxyliques et leurs amides.........................................................4

2.1.4.

Groupe 4 : acides amins dibasiques.....................................................................................5

2.1.5.

Groupe 5 : acides amins alcools .........................................................................................6

2.1.6.

Groupe 6 : acides amins soufrs .........................................................................................7

2.1.7.

Groupe 7 : iminoacide........................................................................................................7

2.2.

La chiralit ......................................................................................................................8

2.2.2.

Absorption et fluorescence ..................................................................................................9

2.2.3.

Solubilit ....................................................................................................................... 10
P ROPRITS CHIMIQUES......................................................................................................... 10

2.3.1.

Le groupement carbonyle ( -carboxylique) .......................................................................... 10

2.3.2.

Le groupement amine (-amin)......................................................................................... 11

2.3.3.

Les groupes latraux........................................................................................................ 14

2.4.

P ROPRITS IONIQUES ........................................................................................................... 15

2.4.1.

Remarque gnrale.......................................................................................................... 16

2.4.2.

Dfinition du pH isolectrique ........................................................................................... 18

2.4.3.

Aminoacides chane latrale ne comportant pas de groupe ionisable ...................................... 19

2.4.4.

Aminoacides chane latrale comportant une fonction acide.................................................. 20

2.4.5.

Aminoacides chane latrale comportant une fonction base................................................... 22

2.4.6.

Rcapitulatif des pK des fonctions ionisables ........................................................................ 24

2.5.

4.

P ROPRITS PHYSIQUES ...........................................................................................................8

2.2.1.

2.3.

3.

F ORMULES GNRALES ...........................................................................................................2

AUTRES CLASSIFICATIONS DES AMINOACIDES ......................................................................... 24

2.5.1.

Hydrophilicit................................................................................................................. 24

2.5.2.

pH isolectrique (pI) ........................................................................................................ 25

LES ACIDES AMINS NON STANDARD . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25


3.1.

AMINOACIDES SUBISSANT UNE MODIFICATION POST-TRADUCTIONNELLE .................................. 25

3.2.

AUTRES AMINOACIDES .......................................................................................................... 26

LES PEPTIDES . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
4.1.

LA LIAISON PEPTIDIQUE ......................................................................................................... 27

_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines

4.1.1.

Type de liaison................................................................................................................ 27

4.1.2.

Gomtrie de la liaison peptidique...................................................................................... 27

4.2.

LES CHANES PEPTIDIQUES ET LEUR NOMENCLATURE .............................................................. 28

4.3.

IONISATION DES PEPTIDES ...................................................................................................... 29

4.3.1.

Exemple 1 ...................................................................................................................... 29

4.3.2.

Exemple 2 ...................................................................................................................... 33

4.4.
4.4.1.

Hydrolyse de la liaison peptidique ...................................................................................... 37

4.4.2.

Dtermination de la squence ............................................................................................ 39

4.4.3.

Dtermination de la squence : la dgradation rcurrente d'Edman .......................................... 40

4.4.4.

Dtermination de la squence : technique rcente.................................................................. 40

4.5.

LES PEPTIDES D'INTRT BIOLOGIQUE ..................................................................................... 41

4.5.1.

Peptides rle physico-chimique ....................................................................................... 41

4.5.2.

Peptides activit de mdiateur ......................................................................................... 41

4.5.3.

Peptides antibiotiques ...................................................................................................... 43

4.5.4.

Peptides immunomodulateurs ............................................................................................ 43

4.6.
5.

DTERMINATION DE LA STRUCTURE D'UN PEPTIDE................................................................... 37

LA SYNTHSE PEPTIDIQUE...................................................................................................... 44

LES PROTINES. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
5.1.

S TRUCTURE PRIMAIRE ........................................................................................................... 45

5.1.1.

Mthodes directes............................................................................................................ 45

5.1.2.

Les apports de la connaissance des structures primaires......................................................... 45

5.2.

S TRUCTURE SECONDAIRE ...................................................................................................... 45

5.2.1.

Les contraintes de la liaison peptidique ............................................................................... 46

5.2.2.

-hlice......................................................................................................................... 46

5.2.3.

Feuillet ....................................................................................................................... 47

5.2.4.

Le coude........................................................................................................................ 49

5.2.5.

La pelote statistique ......................................................................................................... 49

5.3.
5.3.1.
5.4.

S TRUCTURE TERTIAIRE .......................................................................................................... 49


Mthodes de dtermination de structure tertiaire des protines ................................................ 51
S TRUCTURE QUATERNAIRE .................................................................................................... 51

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DEUG SV2 : les protines

Les protines

11.. IInnttrroodduuccttiioonn
En 1839, le chimiste hollandais Gerrit MULDER publia des rsultats sur l'analyse de la
fibrine du sang, des albumines du srum sanguin et de l'uf. Ceux-ci indiquaient que c'taient
des composs quaternaires (C, H, O, N) avec des pourcentages quasiment identiques pour ces
quatre atomes et qui contenaient des traces variables de soufre et de phosphore. En 1938, sur
la suggestion du chimiste sudois BERZELIUS, MULDER dsigna ces composs sous le
nom de protines (du grec : prminence).
Aprs une priode d'identification des composants, les acides -amins, FISCHER et
HOFMEISTER prsentrent chacun, le mme jour, lors d'un congrs en 1902 le mode de
liaison des acides amins dans les protines: la liaison peptidique.
Les protines sont des biomolcules de premire importance :
- par leur prsence universelle dans le monde vivant, seuls des virodes en sont dpourvus.
- par leur abondance cellulaire : c'est le premier constituant aprs l'eau (10 fois plus que des
glucides)
- par leur extrme diversit : elles assurent des fonctions vitales tant structurales que
dynamiques et de plus elles sont le support de la spcificit des "espces".

22.. LLeess aacciiddeess aam


miinnss ssttaannddaarrdd ddeess pprroottiinneess
Sur un ensemble de quelques 300 aminoacides, pour le moment inventoris, seuls 20 de ceuxci composent les protines en tenant compte du fait que certains aminoacides non standard,
trouvs dans les protines, sont modifis aprs la traduction (modification posttraductionnelle). Les noms de ces 20 aminoacides, dont le dernier tre caractris fut la
thronine en 1935, n'obissent aucune nomenclature et voquent soit leurs sources, soit
leurs proprits physiques ou encore un quelconque caractre analytique.
On a l'habitude d'utiliser des abrviations trois lettres ou une lettre pour cette srie de
vingt aminoacides.
Les animaux suprieurs sont incapables de biosynthtiser la totalit de ces aminoacides. Chez
l'homme, l'isoleucine, la leucine, la lysine, la mthionine, la phnylalanine, la thronine, le
tryptophane et la valine doivent tre apports par la ration alimentaire, ils sont qualifis
d'indispensables. A ceux-ci, on peut ajouter des aminoacides essentiels que l'organisme
synthtise une vitesse trop lente : l'arginine et l'histidine, qui sont indispensables pour le
nouveau-n ou l'enfant.
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Nom

Abrviations

Nom

Abrviations

alanine

Ala

leucine

Leu

arginine

Arg

lysine

Lys

asparagine

Asn

mthionine

Met

acide aspartique

Asp

phnylalanine

Phe

cystine

Cys

proline

Pro

acide glutamique

Glu

srine

Ser

glutamine

Gln

thronine

Thr

glycine

Gly

tryptophane

Trp

histidine

His

tyrosine

Tyr

isoleucine

Ile

valine

Val

Asp ou Asn
Glu ou Gln
inconnu

Asx
Glx

B
Z
X

non identifis par l'analyse

2.1.

Formules gnrales

Les aminoacides ont en commun d'tre des molcules bifonctionnelles portant un groupement
amine (primaire) sur le carbone porteur du groupement carboxyle, dit carbone . La fonction
amine est une base et la fonction carboxyle est un acide (fonctions ionisables).
Ce sont des acides -amins (ou encore 2-amino-acides), exception pour la proline qui a une
amine secondaire (acide -imin). Leur formule gnrique s'crit :
NH 2

NH 2
R

C
H

acide -amin

OH

R : chane latrale

OH
R
O

Le rsidu R est un rsidu variable qu'on appelle la chane latrale. On distingue :


- les R aliphatiques
- chane carbone de type carbure, linaire ou branche
- chane carbone portant des groupements fonctionnels (acide, amide, alcool, thiol,
amine, guanidine)
- les R cycliques :
- aromatiques
- htrocycles azote
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- 2 -

Sept groupes d'aminoacides peuvent tre dfinis par rapport leurs chanes latrales :

2.1.1. Groupe 1 : acides amins aliphatiques

La chane latrale est une chane carbone aliphatique linaire ou ramifie.


Glycine (Gly, G) :
NH 2
H C COOH
H

Alanine (Ala, A) : R est un groupement mthyle


NH 2
CH 3

C COOH
H

Valine (Val, V) : R est un groupement isopropyle


CH 3

NH 2
CH C COOH

CH 3

Leucine (Leu, L) : R est un groupement isobutyle


CH 3

NH 2
CH CH 2

CH 3

C COOH
H

Isoleucine (Ile, I) : R est un groupement butyle secondaire


NH 2
CH 3

CH 2

CH C COOH
CH 3 H

2.1.2. Groupe 2 : acides amins aromatiques

La chane latrale contient un groupe aromatique, structure cyclique 6 lectrons dlocaliss.


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- 3 -

Phnylalanine (Phe, F) : R est un groupement phnyle


NH 2
CH 2

C COOH
H

Tyrosine (Tyr, Y) : R est un groupement phnol


NH 2
HO

CH 2

C COOH
H

Les alcools aromatiques sont des acides trs faibles dont la forme base conjugue est un
phnate.

Tryptophane (Trp, W) : R est un groupement indole


NH 2
CH 2

C COOH
H

N
H

La dlocalisation des lectrons supprime les proprits basiques de l'azote : le doublet


lectronique n'est plus un accepteur de protons.

2.1.3. Groupe 3 : acides amins dicarboxyliques et leurs amides

La chane latrale contient un groupement carbonyle libre ou sous forme d'amide.


Acide aspartique (Asp, D) : groupement -carboxyle
NH 2

O
C CH 2
HO

C COOH
H

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- 4 -

Le groupement -carboxyle est ionisable. Il est charg ngativement pH physiologique


(forme base conjugue).
Asparagine (Asp, N) : amide de l'acide aspartique
NH 2

O
C CH 2
NH2

C COOH
H

Le groupement amide n'est pas protonable : le doublet lectronique de l'azote est dlocalis et
engag dans une orbitale hybride sp2 avec les atomes C et O.

Acide glutamique (Glu, E) : groupement -carboxyle


NH 2

O
C CH 2

CH 2

HO

C COOH
H

Le groupement -carboxyle est ionisable. Il est charg ngativement pH physiologique


(forme base conjugue).

Glutamine (Gln, Q) : amide de l'acide glutamique


NH 2

O
C CH 2

CH 2

NH2

C COOH
H

Le groupement amide n'est pas protonable (voir l'asparagine).

2.1.4. Groupe 4 : acides amins dibasiques

La chane latrale contient une fonction amine qui porte sous la forme acide conjugue une
charge positive.
Lysine (Lys, K) : groupement -amino
NH 2
H 2 N CH 2

CH 2

CH 2

CH 2

C COOH
H

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- 5 -

Le groupement -amino est un accepteur de proton (forme acide conjugu : ion ammonium).

Histidine (His, H) : groupement imidazole


NH 2
CH 2
3

NH

C COOH

Le doublet libre de l'azote en position 3 est un accepteur de proton. Le doublet de l'azote en


position 1 participe la conjugaison des doubles liaisons et n'est pas disponible pour accepter
un proton. Bien videmment, les rles des deux azotes peuvent tre changs (formes
msomres).

Arginine (Arg, R) : groupement -guanidyle


NH 2

H 2N
C N H CH 2

CH 2

CH 2

H N (a)

C COOH
H

La double liaison de l'azote (a) et les doublets libres des deux autres azotes forment un
hybride de rsonance. Seul le doublet de l'azote (a) est libre et peut fixer un proton.

2.1.5. Groupe 5 : acides amins alcools

La chane latrale contient une fonction alcool. Les groupes OH ne sont pas ionisables.
Srine (Ser, S) : alcool primaire
NH 2
HO CH 2

C COOH
H

Thronine (Thr, T) : alcool secondaire


NH 2
HO CH C COOH
CH H

3
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2.1.6. Groupe 6 : acides amins soufrs

La chane latrale contient un atome de soufre.


Cystine (Cys, C) : groupement thiol
NH 2
H S CH 2

C COOH
H

Le groupement thiol (SH) ou sulfhydrile est un donneur de proton, c'est un acide trs faible
(forme base conjugue : thiolate).
Mthionine (Met, M) : groupement thiother
NH 2
CH 3

CH 2

CH 2

C COOH
H

2.1.7. Groupe 7 : iminoacide

L'amine de l'acide amin est une amine secondaire (imine).


Proline (Pro, P) :
Le groupe -amino est engag dans une structure cyclique. L'amine est une amine secondaire
(imine) dont l'azote prsente un doublet libre, accepteur de proton : la fonction base d'un
acide amin est donc conserve.
CH 2

()

CH 2

CH COOH
NH

groupe -aminocarboxylique

CH 2

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2.2.

Proprits physiques

2.2.1. La chiralit

A l'exception de la glycine, le carbone porte quatre substituants diffrents : c'est donc un


centre chiral dont la conformation dfinira les stroisomres, isomres optiques pouvoir
rotatoire spcifique oppos. Les deux nantiomres sont dfinis de la mme manire que pour
les oses en prenant le glycraldhyde comme rfrence dans la reprsentation de Fischer :
motif L
des aminoacides

CHO
HO

H 2N

CH2OH

COOH

COOH
H 2N

CH2OH

CH3

L-glycraldhyde

L-alanine

L-srine

Les acides amins des protines appartiennent tous la srie L. Comme pour les oses,
aucune prdiction du pouvoir rotatoire ne peut tre faite : un aminoacide de la srie L peut
tre lvogyre ou dextrogyre.
Cas d'acides amins ayant un deuxime centre chiral
Le carbone 3 () de la thronine et de l'isoleucine est aussi un centre chiral : leur nantiomre
(L) existera sous deux formes pimres. On affecte le prfixe "allo" l'pimre que l'on ne
trouve pas dans les protines :
COOH

COOH
1

H 2N

COOH
H 2N

2
3

COOH

OH
CH3

L-thronine

H 2N

H 2N

CH3

H 3C
CH2

CH2

CH3

CH3

CH3

L-allo-thronine

L-isoleucine

HO

L-allo-isoleucine

En utilisant la nomenclature strochimique R/S, la thronine des protines est de


configuration (2S,3R), et l'isoleucine (2S,3S).
La racmisation et les acides amins D
La racmisation est le passage d'un nantiomre un autre. Certains microorganismes
peuvent utiliser ou produire des aminoacides D, par exemple les antibiotiques peptidiques
scrts par des bactries :
- une D-Phe dans la gramicidine S et la tyrocidine A
- 6 aminoacides D (D-Leu et D-Val) sur les 15 de la gramicidine A.
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Cette particularit augmente la rsistance de ces peptides la dgradation par des enzymes
protolytiques dont une spcificit est d'agir que sur des aminoacides de srie L.
Une solution d'aminoacide L volue trs lentement vers un l'quilibre racmique. Aprs la
mort d'un organisme vivant qui ne contient que des aminoacides de srie L, on aura une
volution lente vers l'quilibre racmique pour chacun d'entre eux : l'valuation du rapport
D/L de l'acide aspartique est utilise comme mthode de datation de fossiles.

2.2.2. Absorption et fluorescence

Absorption
- les aminoacides n'absorbent pas la lumire visible, leurs solutions sont incolores.
- les bandes d'absorption dans l'infrarouge sont caractristiques de leurs chanes latrales
- les chanes latrales aromatiques des aminoacides ont des spectres d'absorption
caractristiques dans l'ultraviolet moyen :
Absorption
Tryptophane
Spectres d'absorption des
aminoacides aromatiques
dans l'ultra-violet

Tyrosine

Phnylalanine

240

260

280

300

nm

La phnylalanine absorbe peu et le tryptophane est 4 fois plus absorbant que la tyrosine au
maximum d'absorption, proche de 280 nm. Cette proprit est trs souvent utilise pour le
dosage des peptides et des protines.
Remarquons que l'absorption de la tyrosine dans l'UV sera dpendante de l'tat d'ionisation
du phnol et par consquent du pH.
Fluorescence
Certaines molcules, lorsqu'elles sont excites par une lumire incidente une longueur
d'onde o elles absorbent ce rayonnement mettent une lumire de longueur d'onde plus
grande : c'est le phnomne de fluorescence qui est maximum pour une longueur d'onde
excitatrice gale leur maximum d'absorption. Cette mission est trs dpendante des
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molcules voisines : cette dpendance permet des tudes fines de l'environnement des
molcules fluorescentes.
C'est le cas du tryptophane et de la tyrosine dont la fluorescence permet l'tude de leur
environnement proche dans les protines (analyse de structure tridimensionnelle ou de
mcanisme catalytique).

Emission de fluorescence
Tyrosine (excitation 274 nm)

Tryptophane (excitation 280 nm)

280

320

360

nm

2.2.3. Solubilit

La solubilit des aminoacides dans l'eau (de un gramme une centaine par litre) va dpendre
essentiellement de deux facteurs :
- le double groupement fonctionnel commun qui peut s'ioniser et donc favoriser la
dissolution
- la chane latrale qui peut avoir un caractre plus ou moins polaire ou apolaire.
La solubilit dans les solvants organiques est faible de quelques mg/L et encore moins dans
les solvants plus apolaires. En prsence de deux phases liquides (thanol/eau), les
aminoacides se rpartissent dans les deux phases avec des coefficients de partage spcifique :
cette proprit est utilise pour les classer (voir plus loin).

2.3.

Proprits chimiques

Lorsque l'acide amin est libre, il a au moins deux groupements fonctionnels sur le mme
carbone et pour certains un troisime sur la chane latrale.

2.3.1. Le groupement carbonyle (-carboxylique)

Dans l'eau, un pH physiologique, l'ion carboxylate est fortement stabilis par rsonance et
donc peu ractif :
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O
C

C
-

carboxylate

structure rsonante stable

Estrification par les alcools


Cette raction est utilise pour sparer les aminoacides en phase gazeuse (et mme en phase
liquide) en produisant des drivs esters butyliques.
Dans la synthse peptidique, il faut lier le carboxyle d'un aminoacide avec l'amine du suivant,
cela se fait dans les cellules par "activation" du carboxyle en anhydride d'acide avec l'ATP.
Dcarboxylation
Cette raction est prsente dans les organismes vivants pour produire partir des aminoacides
des drivs (amines) qui peuvent tre des prcurseurs d'autres molcules et ce par des
dcarboxylases.
COOH
R CH
NH 2

R CH2 NH 2
amine

CO2

Quelques produits de dcarboxylation d'aminoacides :


- srine : produit de dcarboxylation : thanolamine qui est le prcurseur de la choline des
phospholipides
- histidine : produit de dcarboxylation : histamine qui est un vasodilatateur intervenant
dans les ractions d'allergie ou d'inflammation
- acide glutamique : produit de dcarboxylation : 4-aminobutanoique ou "GABA" qui est
un neurotransmetteur.

2.3.2. Le groupement amine (-amin)

Le groupement amine est trs ractif : le doublet lectronique de l'azote est un puissant
nuclophile. Cette ractivit a t utilise dans l'identification des aminoacides et l'lucidation
des structures primaires des protines.
Addition de carbonyle
Les fonctions -amins des aminoacides ragissent rversiblement avec les aldhydes pour
donner des bases de Schiff qui sont relativement labiles. Ces bases de Schiff apparaissent trs
souvent comme intermdiaires dans des ractions enzymatiques impliquant les aminoacides
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comme substrat. La proline qui contient une fonction amine secondaire ne ragit pas avec les
aldhydes.

COOH
R CH N
H
H

H2O

COOH

H
C R'

R CH N

aldhyde

C R'

COOH
R CH N

OH

C R'
H

base de Schiff

Un des moyens trs sensibles de dtection des aminoacides utilise cette raction : l'aldhyde
utilis est le 1, 2-dialdhyde benznique. Le produit d'addition est trs fluorescent.
Arylation
Cette raction l'aide d'un driv aromatique activ a permis Frederik SANGER (1953)
d'tablir la premire structure primaire d'une protine : l'insuline, hormone pancratique qui
contrle la production et l'utilisation du glucose.
NO2
H
O2N

NO2

R
N

CH COOH

O2N

R
CH COOH

H
2, 4-dinitrophnyl aminoacide
DNP aminoacide
Couleur jaune

fluoro-2, 4-dinitrobenzne
FDNB (ractif de Sanger)

Acylation
Le ractif de Sanger a t supplant par un ractif donnant un produit plus stable et
fluorescent permettant une plus grande sensibilit dans la dtection : c'est le chlorure de
dansyle (1-dimthyl-amino-naphtalne-5-sulfonyle).
CH2

CH2

N
CH2

H
N
SO2Cl H

Chlorure de dansyle
(DNS Cl)

CH COOH

CH2

R
SO2 N

CH COOH

dansyl-aminoacide
DNS aminoacide
Fluorescent

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Dans les cellules, aprs leur biosynthse, nombreuses sont les protines subissent une
acylation sur leur extrmit - NH 2 par l'acide actique "activ".
Carbamylation
La carbamylation avec le phnylisothiocyanate (PTC), un pH basique de 9, donne des
drivs qui absorbent dans l'ultraviolet et facilement sparable par chromatographie. De plus
la raction avec l'acide amin terminal d'une protine libre le driv d'addition et une
protine ampute de son aminoacide N-terminal : en itrant le processus, la dtermination de
la structure primaire de la protine sera possible (dgradation rcurrente d'Edman).
S

H
N

C
N

CH COOH

CH

COOH

N
H

N
H
phnylthiocarbamyl aminoacode
PTC-aminoacide
Absorbe dans l'UV

phnylisothicyanate
PTC (ractif d'Edman)

Dans le cas d'un peptide de n aminoacides, le PTC-peptide va subir une cyclisation et une
coupure un pH lgrement acide, librant un phnylthiohydantoine-aminoacide identifiable
(PTH-aminoacide), qui absorbe dans l'UV, et un peptide de (n-1) aminoacides.
S

C NH
CH
N
O C
NH
R2

PTC-peptide

CH
C O

R1

NH

C NH
N
CH
C

+
R1

R2

CH
C O

peptide (n-1)

Phnylthiohydantoine-aminoacide
PTH-aminoacide
Absorbe dans l'UV

Dsamination
Pour maintenir la rserve intracellulaire des 20 aminoacides servant la synthse protique,
le mtabolisme passera par des dsaminations avec oxydation qui produiront des acides ctoniques, source principale, sinon la seule, partir de laquelle les aminoacides sont
synthtiss.

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R CH COOH

R CH COOH

NH 2

R CH COOH + NH3

NH

acide -imin

acide amin

acide -ctonique

La raction avec la ninhydrine est l'une des plus connue et utilise, elle aboutit un produit
violet pour les amines primaires et un autre driv de couleur jaune pour les amines
secondaires. L'acide amin est compltement dgrad par une raction de dsamination et de
dcarboxylation.

H 2N

CH COOH

CHO
O

ninhydrine

+ CO2

OH

OH

HO
O

NH 3

OH
produit violet

N
O

2.3.3. Les groupes latraux

Les groupes latraux ractifs des aminoacides sont :


- les carboxyles et amines : ils sont de ractivit identique celles des groupes
- les chanes latrales contenant du soufre, des groupes imidazole ou aromatique autre que le
phnyle inerte.
Ces ractions sont prsentes dans les cellules pour modification post-traductionnelle, comme
sites actifs dans les protines. Elles sont aussi utilises par les biochimistes dans l'tude des
protines.
Les chanes latrales des lysines
La ractivit de la fonction amine se retrouve dans :
- la condensation des aldoses et ctoses sur les protines : glycation des protines du plasma
- la fixation des coenzymes prosthtiques sur leur apoprotine
_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 14 -

- l'tablissement de liaisons covalentes entre molcules de protines fibreuses (collagne)


qui passe par l'oxydation enzymatique d'une chane latrale de lysine en aldhyde et ensuite
la condensation de l'aldhyde avec une amine d'une lysine d'une autre chane (base de Schiff).
Les chanes latrales soufres
Le groupe thiol de la cystine est trs ractif :
- son oxydation permet la formation des ponts disulfures que l'on trouve dans les protines
(pont intra-chane ou entre chanes polypeptidiques).
CH2

SH

HS

CH2

cystine

CH2

CH2

pont disulfure
(cystine)

- des thiols sont indispensables l'expression de la fonction de nombreuses protines


- les drivs mercuriels se fixent spcifiquement sur les groupements thiols
- les protines peuvent fixer des mtaux par l'intermdiaire du groupe thiol de la cystine
(l'histidine peut aussi fixer des mtaux sur le groupement imidazole)
- le slnium (oligo-lment) peut remplacer le soufre du groupe thiol : slnocystine.
- dans les tudes de protines, l'acide iodoactique est utilis pour bloquer les thiols des
protines : l'acide amin modifi obtenu est une carboxymthylcystine.
Le groupe thiother de la mthionine est trs peu ractif :
- dans les cellules, l'alkylation enzymatique du soufre par un nucloside produit le driv SAdnosylmthionine qui est un coenzyme d'activation et de transfert du groupement mthyle.
- dans les tudes de protines, le bromure de cyanogne (BrCN) est utilis. Il ragit avec le
soufre d'une mthionine et coupe la chane polypeptidique cet endroit.
Les chanes latrales alcools et amides
Ces groupes sont peu ractifs :
- la srine intervient dans des mcanismes de catalyse enzymatique
- la srine, la thronine et la tyrosine sont des sites potentiels de phosphorylation
- la srine, la thronine et l'asparagine sont des sites potentiels de O et N-glycosylations
- l'hydroxyle de la tyrosine donne au noyau phnyle une ractivit assez forte qui favorise
les substitutions lectrophiles. L'iodation enzymatique de la tyrosine est une tape dans la
biosynthse des prohormone (T4) et hormone (T3) thyrodiennes.

2.4.

Proprits ioniques

Lorsque l'acide amin est libre, il a au moins deux groupements fonctionnels sur le mme
carbone et pour certains un troisime sur la chane latrale.
_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 15 -

L'un des deux groupements est un acide (carboxylique) et l'autre est une base (amine). C'est
une molcule amphotre. Avant d'tudier les quilibres des diverses formes qu'on peut
trouver en solution aqueuse pour un aminoacide et les courbes de titrage, nous allons faire
une remarque gnrale.

2.4.1. Remarque gnrale

Considrons une molcule (M) portant deux fonctions ionisables et tudions les diverses
formes en solution en quilibre : une fonction note 1 et une fonction note 2 avec leurs
constantes individuelles acides de dissociation notes respectivement K1 et K 2 . Nous
pouvons reprsenter le systme ainsi dans le cas o les groupes sont indpendants (l'tat de
fixation du site 1 n'a aucune influence sur l'quilibre du site 2 et vice-versa).
1
K1

M
2H

1H

K2
1

M
2H
K2

1H
M

2
K1

2
Nous pouvons aussi l'crire en considrant uniquement le nombre d'H port par la molcule
indpendamment du groupe concern en dfinissant de nouvelles constantes acides de
dissociation, constante apparente ou successive : K1s et Ks2 (avec K1s > Ks2 )

MHH

K s1

MH

K s2

MH reprsente les formes :


1
1H
M
et
M
2H
2

Pour ce cas particulier de deux fonctions, les relations entre les constantes individuelles et
successives s'crivent en utilisant la relation [MH] = [M12H] + [M1H2] et bien sr les
relations d'quilibre pour les deux faons d'crire le systme :
(KS)

K1s = K1 + K 2

et Ks2 =

K1K 2
K1 + K 2

Remarquons que si les deux groupes sont identiques et bien sr indpendants, nous avons :
K
, d'une manire gnrale, on peut dmontrer que si nous avons n
2
n - j +1
groupes identiques et indpendants, les constantes successives sont : Ksj =
K o
j
K1s = 2K

et Ks2 =

K est la constante individuelle.


_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 16 -

Pour les aminoacides, les constantes tabules des fonctions ionisables sont les constantes
individuelles acides de dissociation et leurs pK correspondant.
Examinons les courbes de titrage que nous pouvons obtenir :
1) Si K1 et K 2 ont des valeurs assez diffrentes, la courbe de titrage ressemblera la
juxtaposition de chacune des courbes relatives chacun des deux groupes ionisables : nous
avons dj vu que pour des valeurs de pH extrieures au segment [pK-1 pK+1], l'quilibre
est compltement dplac.

pH

Courbe de titrage

pK2

Cas o les constantes individuelles


de dissociation sont diffrentes d'un
facteur suprieur 100
(2 units pH entre les pK)
pK1
eq OH
0,5

1,5

2) Si K1 et K 2 ont des valeurs assez proches, la courbe de titrage sera une combinaison de
chacune des courbes de titrage

pH
Courbe de titrage
Cas o les constantes individuelles
de dissociation sont diffrentes d'un
facteur infrieur 10
(1 unit pH entre les pK)

eq OH
0,5

1,5

_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 17 -

Caractristiques des courbes de titrage :


1) K1 et K 2 ont des valeurs assez diffrentes :
- pour des valeurs de pH voisines de pK1, le seul quilibre concern est celui du groupe 1,
la valeur du pH au premier point de demi-quivalence correspond au pK de ce groupe (1).
- pour des valeurs de pH voisines de pK2, le seul quilibre concern est celui du groupe 2,
la valeur du pH au deuxime point de demi-quivalence correspond au pK de ce groupe (2).
Le systme d'quations (KS) peut se simplifier et on retrouve bien dans l'criture avec les
quilibres successifs ce que nous avons dit dans les lignes prcdentes, [MH] reprsente
uniquement la forme [M12H] et cela se passe comme si on pouvait tudier chacun des
quilibres sparment :
K1 >> K 2 K1s K1 et Ks2 K 2 , les constantes successives sont gales aux
constantes individuelles ( 10% pour une diffrence de 1 unit entre pK1 et pK2, de 3% pour
1,5 unit de diffrence) .
2) K1 et K 2 ont des valeurs assez proches
Les points de la courbe de titrage, qui correspondent aux demi-quivalences successives dans
le cas prcdent, n'ont plus la valeur de pH correspondant aux pK des groupes : la variation
de pH implique un dplacement concomitant des quilibres de chacun des deux groupes.
3) K1 et K 2 ont des valeurs identiques : K
Dans ce cas particulier, la point de la courbe de titrage qui correspond la demi-quivalence
globale a une valeur de pH correspondant au pK du groupe ionisable. Toutefois, dans
l'criture des quilibres successifs, il y a deux quilibres avec des constantes successives
diffrentes.

2.4.2. Dfinition du pH isolectrique

Considrons une molcule portant des fonctions ionisables telles que diffrentes formes
charges de la molcule puissent exister en solution aqueuse. Le pH isoionique (pI) est la
valeur du pH de la solution dans laquelle la charge totale nette moyenne de la molcule
est nulle : (on dit aussi pH isolectrique)

zi [fip ] - z j[f jn ]
i

= 0

o [fip ] est la concentration de la forme i portant z i charges

nettes positives et [f jn ] est la concentration de la forme j portant z j charges nettes ngatives.


Les aminoacides qui portent au moins une fonction carboxylique et une fonction amine se
prsenteront en solution aqueuse sous diverses formes en quilibre, charges positivement ou
ngativement.
_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 18 -

Nous pouvons faire la remarque importante suivante :


- pour un pH infrieur la valeur du pI, la charge nette moyenne de l'aminoacide est
positive
- pour un pH suprieur la valeur du pI, la charge nette moyenne de l'aminoacide est
ngative

2.4.3. Aminoacides chane latrale ne comportant pas de groupe ionisable

Les pK des groupes -COOH et -amin sont trs diffrents, celui correspondant l'acide
tant beaucoup plus faible. Les quilibres successifs de dissociation s'crivent avec les
constantes individuelles de dissociation (gales aux constantes successives dans ce cas) :

C
NH3

K1

COOH

C
NH3

pK-COOH

[A + ]

K2

COO

COO
C

pK-NH3

NH 2
[A - ]

[A +- ]

La forme qui porte une charge nette nulle est un ion mixte ou bipolaire ou encore zwitterion.
pH isolectrique : dfini par [A + ] - [A - ] = 0
Nous avons rsoudre le systme d'quations suivant :

[A -+ ][H + ]
K
=
1
[A + ]

[A - ][H + ]

K
=

2
[A -+ ]

+
[A ] = [A ]

d'o [H + ]2 = K1K 2 ou encore

pI =

pK1 + pK 2
2

pK -COOH

pK -amine

pI

Gly, Ala, Val, Leu, Ile

2,3

9,8

6,05

Ser

2,2

9,2

5,7

Thr

2,6

10,4

6,5

Met

2,3

9,2

5,75

Asn
Gln

2,0
2,2

8,8
9,1

5,4
5,65

Phe
Trp

2,6
2,4

9,2
9,4

5,9
5,9

Pro

2,0

10,6

6,3

Aminoacide

_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 19 -

Pour ces aminoacides avec une chane latrale ne comportant pas de fonction ionisable, la
courbe de la charge totale nette moyenne en fonction du pH a l'allure suivante :
Charge totale nette moyenne

Alanine

Zone
0

pH

4
Iso

pK-COOH = 2,3
pK-NH

+
3

= 9,8

pI = 6,05

-1
La zone de pH o l'aminoacide a une charge totale nette moyenne nulle est appele zone
isoionique ou isolectrique : celle-ci sera d'autant plus importante que les pK de la fonction
carboxylique et de la fonction amine seront loigns et on peut l'estimer par excs
[ (pK -COOH + 1) .. (pK
+ - 1) ].
-NH 3

Dans une zone de pH < pK -COOH - 1 , la forme prpondrante est : A + (cation)


Dans la zone de pH "iso", la forme prpondrante de l'aminoacide est : A -+
Dans une zone de pH > pK

-NH 3+

+ 1, la forme prpondrante est : A - (anion)

- pour un pH < pI, l'aminoacide a une charge totale nette moyenne positive
- pour un pH > pI, l'aminoacide a une charge totale nette moyenne ngative

2.4.4. Aminoacides chane latrale comportant une fonction acide

Dans le cas d'une fonction carboxylique, le phnomne d'ionisation est reprsent par les
quilibres successifs suivants (le pK du COOH de la chane latrale est plus lev que le pK
du -COOH et plus faible que le pK de l' -amine) :

COOH
R

COOH
C

NH3
[A + ]

K1

COOH

pK-COOH

COO
C
NH3

[A +- ]

K3 COO COO
K2 COO COO
R C
R C
+
+
pKR-COOH
NH 2
NH3 pK-NH3

[A +
2-]

[A 2 - ]

_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 20 -

pH isolectrique : dfini par [A + ] - [A +2- ] - 2[A 2- ] = 0


Nous avons rsoudre le systme d'quations suivant :

K1 =

[A -+ ][H + ]
[A + ]

- carboxylique

K2 =

[A +2- ][H + ]
[A -+ ]

R - carboxylique

K3 =

[A 2- ][H + ]
[A +2- ]

- amine

d'o

[H + ]3 - K1K 2 [H + ] - 2K1K 2 K 3 = 0

[A + ] - [A +2- ] - 2[A 2- ] = 0

Les quilibres successifs de dissociation en fonction du pH nous indiquent que si la forme


A 2- est prpondrante, alors la forme A + sera en concentration trs faible et l'quation de
contrainte du pH isolectrique ne pourra tre satisfaite : ncessairement la valeur du pH sera
infrieure la valeur de pK 3 ( [H + ] >> K 3 ). L'quation du troisime degr en H peut donc
tre approxime :
[H + ]2 = K1K 2

d'o

pI =

pK1 + pK 2
2

Charge totale nette moyenne


Acide glutamique

4
3

pH

pK-COOH = 2,2
pKR-COOH = 4,3
pK-NH3+ = 9,7

-1

pI = 3,25

-2
Contrairement aux aminoacides chane latrale ne comportant pas de fonctions ionisables, il
n'y a pas de zone isolectrique pour l'acide glutamique : la forme portant une charge nette
nulle est au centre des deux quilibres correspondant aux deux fonctions carboxyliques et
leurs pK ont des valeurs trop proches. Il en est de mme pour l'acide aspartique .

_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 21 -

pK -COOH

pK -amine

pK R-acide

pI

Asp
Glu

2,1
2,2

9,8
9,7

3,9
4,3

3,0
3,25

Cys

1,7

10,8

8,3

5,0

Tyr

2,2

9,1

10,1

5,65

Aminoacide

Pour la cystine, la diffrence des pK est leve (1,7 et 8,3) et on retrouvera le cas du
paragraphe prcdent avec une zone isolectrique [2,7 7,3] (par excs).
Pour la tyrosine, le deuxime quilibre ne concerne pas la deuxime fonction acide mais la
fonction -amine, le pI sera la moyenne des pK -COOH et -amine. La diffrence des pK
est leve (2,2 et 9,1) et on aura une zone isolectrique [3,2 8,1] (par excs)

2.4.5. Aminoacides chane latrale comportant une fonction base

Ces aminoacides portent une amine sur leur chane latrale. , le phnomne d'ionisation est
reprsent par les quilibres successifs suivants (le pK de la fonction -amine est plus faible
que celui de la fonction R-amine) :
+
NH 3
R

COOH

+
NH 3
R

NH3
[A 2 + ]

K1

pK-COOH

COO
C
NH3

K2

+
NH 3

pK-NH3+

[A 2-+ ]

COO
C
NH 2

[A +- ]

K3 NH 2 COO
R C
pKR-NH3+
NH 2
[A - ]

pH isolectrique : dfini par 2[A 2+ ] + [A 2+


- ] - [A ] = 0
Nous avons rsoudre le systme d'quations suivant :

[A 2+
][H + ]
K1 =
[A 2+ ]

- carboxylique

K2 =

[A -+ ][H + ]
[A 2+
- ]

- amine

K3 =

[A - ][H + ]
[A -+ ]

R - amine

d'o

2[H + ]3 + K1[H + ]2 - K1K 2 K 3 = 0

2[A 2+ ] + [A 2+
- ] - [A ] = 0

Les quilibres successifs de dissociation en fonction du pH nous indiquent que si la forme


A 2+ est prpondrante, alors la forme A - sera en concentration trs faible et l'quation de
contrainte du pH isolectrique ne pourra tre satisfaite : ncessairement la valeur du pH sera
_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 22 -

suprieure la valeur de pK1 ( [H + ] << K1 ). L'quation du troisime degr en H peut donc


tre approxime :
K1[H + ]2 = K1K 2 K 3 d'o

pI =

pK 2 + pK 3
2

Charge totale nette moyenne

Lysine
pK-COOH = 2,2

pK-NH3+ = 8,95
pKR-NH
pH

11
0

+
3

= 10,5

pI = 9,725

-1
Contrairement aux aminoacides chane latrale ne comportant pas de fonctions ionisables, il
n'y a pas de zone isolectrique pour la lysine : la forme portant une charge nette nulle est au
centre des deux quilibres correspondant aux deux fonctions amines et leurs pK ont des
valeurs trop proches. Il en sera de mme pour l'histidine et l'arginine avec toutefois une
"petite" zone isolectrique puisque les deux quilibres concerns ont des valeurs de pK
diffrentes de 3 units.

pK -COOH

pK -amine

pK R-amine

pI

His

1,8

9,2

7,6

Lys

2,2

8,95

10,5

9,725

Arg

2,2

9,05

12,5

10,775

Aminoacide

Dans l'criture des quilibres successifs, il faut remarquer que, pour l'histidine, la fonction Ramine perdra son proton avant celle -amine.
Rappel :
NH2
N
H

NH
N

NH 2

+
NH 2

groupement guanidyle
Arginine

_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 23 -

HN

NH

NH

groupement imidazole
Histidine

2.4.6. Rcapitulatif des pK des fonctions ionisables

Asp

Glu

His

Cys

-COOH

-COOH

-COOH

NH+

SH

1,8 - 2,6

3,9

4,3

8,3

2.5.

-NH3+

8,9 - 10,8

Tyr

Lys

Arg

-OH

-NH3+

NH2+

10,1

10,5

12,5

Autres classifications des aminoacides

Dans le paragraphe 2.1 (Formules des aminoacides), les aminoacides standard ont t classs
en sept groupes par rapport aux proprits de leurs chanes latrales.
D'autres classifications ont t dfinies dont les deux les plus utilises sont :
- proprit d'hydrophilicit
- valeur du pI

2.5.1. Hydrophilicit

Par rapport la structure et la fonction des peptides et des protines, la classification des
aminoacides a t faite en tenant compte essentiellement des interactions de l'aminoacide
avec son environnement, c'est--dire les liaisons faibles autres que les interactions de Van der
Waals : liaisons lectrostatiques, hydrogne, interactions hydrophobes. On distingue trois
classes sur le critre de la polarit de la chane latrale (R) :
- R apolaire (hydrophobe)
Gly, Ala, Val, Pro, Met, Leu, Ile, Phe, Tyr, Trp
- R polaire mais non charg pH physiologique (hydrophile)
Ser, Cys, Asn, Thr, Gln, Arg
- R polaire et charg (plus ou moins hydrophile selon le pH)
Asp, Glu, Lys, His
La valeur de la polarit de l'aminoacide est soit calcule thoriquement partir des valeurs
des groupes simples, ou obtenue exprimentalement en mesurant le coefficient de partage
entre deux phases liquides thanol/eau.

_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 24 -

2.5.2. pH isolectrique (pI)

Trois catgories d'aminoacides sont dfinies d'aprs la valeur de leur pI :


- aminoacide "acide" : Asp, Glu
- aminoacide "basique" : Lys, Arg, His
- aminoacide "neutre" : les autres

33.. LLeess aacciiddeess aam


miinnss nnoonn ssttaannddaarrdd
Les acides amins non standard sont soit :
- acide amin d'une protine modifi aprs la traduction (modification post-traductionnelle)
- des intermdiaires de la biosynthse d'autres aminoacides, des lments de construction
d'autres molcules (lipides, coenzymes) ou encore des molcules actives

3.1.

Aminoacides subissant une modification post-traductionnelle

Ces modifications peuvent concerner dans les protines, les groupes des extrmits
terminales ou ceux qui appartiennent la chane latrale.
Modification

Acide amin

Protines ou fonctions

hydroxylation

Pro -> 4-hydroxyPro


Lys -> 5-hydroxyLys

tablissement de liaisons H
sites d'O-glycosylation
(collagne)

mthylation

azote de l'histidine

- protines contractiles
- protines se complexant aux
acides nucliques (histones)

carboxylation

Glu -> 4-carboxyGlu

protine fixant le Ca++


(facteurs de coagulation et de
l'ostoggense)

actylation

- NH 2 terminaux
- NH 2 des Lys

rsistance la dgradation
interactions avec l'ADN
(histones)

O et N-glycosylations

O : Ser, Thr
N : Asn
- NH 2 terminaux ou -SH

glycoprotines

OH des Ser et Thr


OH des Ser , Thr et Tyr

phosphoprotines (casine)
modulation de l'activit

fixation de lipides
phosphorylation

inclusion des protines dans les


membranes

_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 25 -

3.2.

Autres aminoacides

Citons quelques drivs importants :


Les drivs obtenus par dcarboxylation :
- histidine dcarboxyle en histamine qui entre en jeu dans les ractions d'inflammation
- acide glutamique dcarboxyl en 4-aminobutanoique (GABA) qui est un
neurotransmetteur
Les drivs de la tyrosine :
Tyrosine
iodation
iodoTyr

ttra et tri-iodothyronines
prohormone et hormone
thyroidiennes

hydroxylation
3,4-dihydroxyPhe (DOPA)
dcarboxylation
dopamine

adrnaline
hormone des glandes
mdullo-surrnales

oxydation
quinone
polymrisation
mlanines
pigments de la
peau et des cheveux

Chez les mammifres, citons :


- l'ornithine (homologue 5 carbones de la lysine) et la citrulline (driv amide du
prcdent) sont des intermdiaires du cycle qui convertit dans le foie l'ion ammonium en
ure.
- la taurine est un acide 2-aminosulfonique (oxydation de la cystine en acide cystique puis
dcarboxylation de ce dernier) qui entre dans la composition des sels biliaires ncessaires
l'absorption des lipides.
Chez les plantes, champignons et bactries, citons :
- le poison -cyanoalanine, scrt par des plantes et des champignons
- la bactrie Streptomyces scrte des antibiotiques comme la D-cyclosrine et l'azasrine,
cette dernire est employe dans des thrapeutiques pour ses proprits antifongique et
antitumorale.

44.. LLeess ppeeppttiiddeess


Les chanes peptidiques sont le produit de la polymrisation covalente des aminoacides par
une liaison peptidique. Elles diffrent par le nombre, la nature et l'ordre des aminoacides. On
dfinit arbitrairement :

_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 26 -

- peptide : enchanement d'un nombre d'aminoacide infrieur 50. Parmi ceux-ci, on parle
d'oligopeptide pour un nombre d'aminoacides infrieur 10 et de polypeptide pour un
nombre suprieur 10.
- protine : enchanement d'un nombre d'aminoacides au-del de 50.

4.1.

La liaison peptidique

4.1.1. Type de liaison

La liaison est de type amide substitue : limination d'eau entre les groupes -COOH et
- NH 2 de deux aminoacides. Cette liaison amide lie les deux carbones C des deux
aminoacides.
R1

R2

H 2 N CH C

OH + H 2 N

R1

CH C

H 2 N CH C

OH

N CH C

OH + H2 O

R2

liaison peptidique

Cette raction est thermodynamiquement en faveur de l'hydrolyse :


- la synthse chimique d'un peptide n'est possible qu'en milieu anhydre et une forme active
de l'acide
- la biosynthse cellulaire, en milieu aqueux, est dpendante d'une "activation nergtique"
qui a lieu par un couplage avec l'hydrolyse d'un "donneur d'nergie" (ATP).
Cette liaison, une fois forme, est trs stable et son hydrolyse spontane est quasiment nulle.

4.1.2. Gomtrie de la liaison peptidique

Les lectrons du groupe carbonyle et le doublet lectronique libre de l'azote sont trs
proches. La rsonance de ces lectrons donne au groupe peptidique des structures
intermdiaires entre deux formes msomres.
H

N
+

N
+

C
O-

Cette liaison est intermdiaire entre une simple et une double liaison qui implique les
proprits suivantes :

_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 27 -

- la structure du groupe peptidique est rigide : les 6 atomes sont coplanaires. Les angles des
liaisons pour le carbone et pour l'azote avec leurs substituants sont de 120.
- les 2 carbones C se placent de part et d'autre du pont C-N dans la configuration trans la
plus favorable thermodynamiquement
- de part et d'autre de cette structure rigide, les rotations des groupes des liaisons C-N et
C-C sont libres et seulement limites par l'encombrement strique.
3,5 - 3,6
O
H 2N
R1

C
C

R2

H
C

axe de la liaison
O

: angle de rotation autour


d'une liaison C-N

R3

: angle de rotation autour


d'une liaison C-C

plan de la liaison peptidique

Les atomes d'oxygne et d'hydrogne d'une liaison peptidique sont d'excellents accepteurs et
donneurs de liaisons hydrogne.

4.2.

Les chanes peptidiques et leur nomenclature

Les chanes peptidiques sont vectorises : les liaisons peptidiques attachent les acides amins
dans un ordre spcifique. Les conventions sont les suivantes :
- les aminoacides engags dans une chane peptidique sont appels rsidus. Leur nom est
celui de l'aminoacide auquel on ajoute le suffixe yl.
- les deux aminoacides aux extrmits de la chane sont appels : N-terminal pour celui qui
a sa fonction -amine libre et C-terminal pour celui qui a sa fonction -COOH libre
- on numrote les aminoacides en crivant l'enchanement de gauche droite partir de
l'extrmit N-terminal.
On distingue trois types de peptides :
- peptide form d'une seule chane (monocatnaire) et linaire
Met(N-terminal)
1

Ala
2

Lys Asp
3
4
MAKD

Thr(C-terminal)
n
T(C-terminal)

code une lettre

_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 28 -

- peptide form d'une seule chane (monocatnaire) et cyclique


Pont disulfure
Oxydation de thiol

Cys

N-terminal
C-terminal

S
S

boucle

Cys

Cystine

Les 2 cystines impliques


sont appeles demi-cystine

Une liaison covalente (pont S-S) intra-chane est prsente et ralise par l'oxydation de deux
fonctions thiol de deux cystines

- peptide form de plusieurs chanes (polycatnaire)


N-terminal

S
S

N-terminal

C-terminal
Pont disulfure
inter-chanes
C-terminal

Une liaison covalente (pont S-S) inter-chanes est prsente et ralise par l'oxydation de deux
fonctions thiol de deux cystines appartenant deux chanes peptidiques diffrentes

4.3.

Ionisation des peptides

Les groupes ionisables d'un peptide sont :


- le groupe - NH3+ de l'aminoacide N-terminal
- le groupe -COOH de l'aminoacide C-terminal
- les groupes ionisables des chanes latrales des diffrents aminoacides du peptide,
l'exception toutefois des thiols (cystine) ayant subi une oxydation et qui sont engags dans
une liaison S-S.
Nous allons voir quelques exemples de calcul du pI d'un peptide de dtermination des formes
prpondrantes en quilibre dans une solution un pH donn. Pour traiter ces problmes,
nous comptabiliserons toutes les fonctions ionisables, nous les classerons par leurs valeurs
croissantes de pK et nous crirons les quilibres successifs. Nous supposerons
l'indpendance complte des diffrents groupes ionisables entre eux.

4.3.1. Exemple 1

Peptide Ala-Lys-Leu-Met-Asp-Ile (AKLMDI)


_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 29 -

Fonctions ionisables :
pK1 = 2,6
- Ile -COOH
- Asp R-COOH
- Ala -NH3+
- Lys
+
R-NH 2

K1 = 2,5 10-3 M

pK2 = 3,9

K 2 = 1,25 10-4 M

pK3 = 9,8

K 3 = 1,6 10-10 M

pK4 = 10,5

K 4 = 3,16 10-11 M

Considrons que les valeurs des constantes individuelles sont assez diffrentes pour crire les
quilibres successifs avec celles-ci. Le cas litigieux est celui des deux derniers quilibres
(diffrence de 0,7 entre les deux pK). Les quilibres successifs s'crivent :

2+

K1

K2

2+

P-

pK1

2+
P 2-

pK2

K3
pK3

+
P 2-

K4

P 2-

pK4

pH

pH isolectrique
L'quation de contrainte s'crit :
+
2[P 2+ ] + [P 2+
- ] - [P2- ] - 2[P2- ] = 0 (C)

Au lieu d'crire le systme complet dcrivant ce phnomne d'quilibres, nous allons voir si
nous ne pouvons pas le simplifier en sachant que la valeur du pI sera ncessairement dans une
zone de pH particulire.
L'quation de contrainte du pH isolectrique (C) nous indique :
- si le pH a une valeur suprieure pK3, les formes prpondrantes seront charges
ngativement et l'quation (C) ne pourra tre satisfaite
- de manire symtrique, si le pH a une valeur infrieure pK2, les formes prpondrantes
seront charges positivement et l'quation (C) ne pourra tre satisfaite
La valeur du pI sera comprise entre pk2 et pK3, vu d'une part, les diffrences entre pK2 et
pK1 et d'autre part, les diffrences entre pK3 et pK4, les quilibres concerns seront
uniquement ceux qui entourent la forme qui a une charge nette moyenne nulle P 2+
2- . Ecrivons
le systme approxim d'quations :

[P 2+
][H + ]
2 K2 =
[P 2+
- ]

+
[P2][H + ]

K3 =
[P 2+
2- ]

2+
+
[P - ] - [P2- ] = 0

d'o

pI =

pK 2 + pK 3
3,9 + 9,8
=
= 6,85
2
2

_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 30 -

Courbe de titrage : les valeurs de pK2 et de pK3 sont trs diffrentes, on note donc une zone
de pH isoionique.
2

Charge totale nette moyenne

Peptide AKLMD
zone
0

pH
pI = 6,85

iso

-2

Pourcentage des formes prpondrantes pH = pI (6,85)

(S1)

K1 =

+
[P 2+
- ][H ]
[P 2 + ]

K2 =

+
[P 2+
2- ][H ]
[P 2+
- ]

K3 =

+
[P2][H + ]
[P 2+
2- ]

K4 =

[P2- ][H + ]
+
[P2]

2+
+
[P 2 + ] + [P 2+
- ] + [P 2- ] + [P2- ] + [P2- ] = [PT ] concentration totale

En exprimant chacune des formes en fonction de P 2+


2- l'aide des quatre premires quations
d'quilibre et en les remplaant dans l'quation de conservation, on obtient :
2+
[P 2]

K3
[H + ]
[H + ]2
K 4K3
1
+
+
+
+

= [PT ] (P1)
K2
K 2 K1
[H + ]
[H + ]2

Les deux derniers termes reprsentent les contributions des formes P 2+ et P2- dont les
valeurs respectives sont : 6,2 10-6 et 2,57 10-7 pour une valeur de pH de 6,85
_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 31 -

([H + ] = 1, 4 10-7 M ), termes absolument ngligeables. L'quation (P1) peut tre approxime
par l'quation :
K3
[H + ]
2+
[P 2] 1 +
+
= [PT ]
K 2
[H + ]

2+
Le calcul nous donne un pourcentage de la forme P 2+
2- de 99,7 % et pour les formes P - et
+
P 2un pourcentage de 0,15 %

Remarque :
Nous pouvons simplifier le calcul en crivant un systme d'quations dj approxim.
Compte tenu des remarques prcdentes pour le calcul du pI, les formes significatives ce
2+
+
pH seront P 2+
- , P 2- et P 2- , les quilibres concerns sont les deuxime et troisime : le
systme approxim d'quations s'crit :
+

[P 2+
2- ][H ]
K
=

2
[P 2+
- ]

+
[P2][H + ]

K3 =
[P 2+
2- ]

2+
2+
+
[P - ] + [P 2- ] + [P2- ] = [PT ] concentration totale de la protine

On obtient les mmes valeurs numriques : pourcentage de la forme P 2+


2- de 99,7 % et pour
2+
+
les formes P - et P 2- un pourcentage de 0,15 %.
Pourcentage des formes prpondrantes pH 10,15
+
Reprenons le systme d'quations (S1), et calculons chacune des formes en fonction de P 2
l'aide des quatre premires quations d'quilibre. En les remplaant dans l'quation de
conservation, on obtient :
+
[P 2]

K4
[H + ]
[H + ]2
[H + ]3
+
+
+
= [PT ] (P2.1)
1 +
K3
K 3K 2
K 3K 2 K1
[H + ]

2+
Les deux termes qui reprsentent les contributions des formes P 2+
sont
- et P
-7
-15
respectivement gaux 2, 45 10 et 6,8 10 , contribution absolument ngligeable.
L'quation (P2.1) se rduit :

K4
[H + ]
+
[P 2] 1 +
+
= [PT ] (P2.2)
K 3
[H + ]

_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 32 -

K4
[H + ]
o le terme
reprsente la contribution de la forme P2- , et le terme
celle de la
K3
[H + ]
forme P 2+
2- .
+
Calcul numrique : P 2+
2- = 23,5 % P 2- = 53 % et P2- = 23,5 % (R1)

Comme prcdemment, on aurait pu approxim le systme d'quations avant de le rsoudre :


pour une telle valeur de pH (10,15) celui-ci s'crit :
+

[P2][H + ]
K3 =
[P 2+
2- ]

[P2- ][H + ]

K
=

4
+
[P2]

2+
+
[P 2- ] + [P2- ] + [P2- ] = [PT ]

et on retrouve bien l'quation (P2.2)


La charge totale nette moyenne du peptide est gale -1 ce pH de 10,15 (0,53 + (2 x
0,235)).

Remarque importante :
Nous avons vu au paragraphe 2.4.1 (Remarque gnrale) que lorsque les constantes
individuelles ont des valeurs trop proches (diffrence pour les pK de l'ordre de 1), les
constantes successives ne peuvent pas tre remplaces par les constantes individuelles (erreur
de 10% pour une diffrence pour les pK de l'ordre de 1). Ici nous avons les valeurs suivantes
des pK : 9,8 et 10,5. Recommenons le calcul prcdent avec les constantes successives.
Ks3

= K3 + K 4

et

Ks4

K 3K 4
d'o :
=
K3 + K 4

Ks3 = 1,9 10-10 M pKs3 = 9,72


s
-11
s
K 4 = 2,6 10 M pK 4 = 10,58

En remplaant ces valeurs dans l'quation (P1), le calcul numrique donne :


+
P 2+
2- = 21,5 % P 2- = 57 % et P2- = 21,5 %, comparer avec les rsultats (R1).

1.1.2. Exemple 2

Peptide Ala-Glu-Glu-Met-Glu-Glu-Ile (AEEMEEI)


Fonctions ionisables :
pK1 = 2,6
- Ile -COOH
- 4 Glu R-COOH
- Ala -NH3+

K1 = 2,5 10-3 M

pK = 4,3

K = 5 10-5 M

pK6 = 9,8

K 6 = 1,6 10-10 M

_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 33 -

Pour crire les quilibres successifs, il faut expliciter les constantes successives de
dissociation des 4 groupes COOH des chanes latrales des rsidus acide glutamique. Pour
n - j +1
K (ici n=4), d'o :
des fonctions ionisables indpendantes et identiques, K j =
j
Ks2 = 4K = 2 10-4 M
pKs2 = 3,7
3
Ks3 = K = 7,5 10-5 M
pKs3 = 4,125
2
2
s
K 4 = K = 3,33 10-5 M
pKs4 = 4,48
3
1
s
K 5 = K = 1,25 10-5 M
pKs5 = 4,91
4

K1

pK1

P-

s
K2
s
pK 2

s
K3

+
P 2-

pK s3

+
P 3-

s
K4
pK s4

+
P 4-

s
K5
pK s5

+
P 5-

K6
pK6

P 5pH

pH isolectrique
L'quation de contrainte s'crit :
+
+
+
[P 2+ ] - [P +2- ] - 2[P3] - 3[P4] - 4[P5] - 5[P5- ] = 0 (C2)

Au lieu d'crire le systme complet dcrivant ce phnomne d'quilibres, comme


prcdemment, simplifions le systme d'quations en sachant que la valeur du pI sera
ncessairement dans une zone de pH particulire.
L'quation de contrainte du pH isolectrique (C2) nous indique :
- la valeur du pI sera comprise entre pK1 et pKs2 : les quilibres concerns sont ceux qui
entourent la forme de charge nette nulle.
- les diffrences de valeur du pI avec les valeurs des pKs4 , pKs5 et pK6 nous indiquent que
seuls les trois premiers quilibres seront concerns.
Le systme approxim d'quations s'crit :

K1 =

[P-+ ][H + ]
[P + ]

Ks2 =

+
[P2][H + ]
[P-+ ]

Ks3 =

+
[P3][H + ]
+
[P2]

d'o [H + ]3 - K1Ks2 [H + ] - 2K1Ks2 Ks3 = 0 (C3)

+
+
[P + ] - [P2] - 2[P3] = 0

_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 34 -

Nous pouvons simplifier l'quation (C3) en constatant que K1Ks2 [H + ] >> 2K1Ks2 Ks3 d'au
moins un facteur 10 et obtenir la valeur du pI avec une prcision suprieure 5% :
L'quation (C3) se simplifie en :
[H + ]3 - K1Ks2 [H + ] = 0 d'o pI =

pK1 + pKs2
2,6 + 3,7
=
= 3,15
2
2

Si on avait conserv la valeur de la constante individuelle pour les fonctions ionisables des
acides glutamiques, on aurait trouv : pI = 3,45
Courbe de titrage : les valeurs de pK1 et de pKs2 sont assez proches, il n'y a pas de zone
isoionique. On note une zone de pH o la charge est constante et gale -4, elle est situe
entre pKs5 et pK6 qui ont des valeurs trs diffrentes.

Charge totale nette moyenne

1
0

pH

Peptide AEEMEEI

2
pI = 3,15

-4
-5

_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 35 -

Pourcentage des formes prpondrantes pH = pI (3,15)

(S2)

K1 =

[P-+ ][H + ]
[P + ]

Ks2

+
[P2][H + ]
=
[P-+ ]

Ks3

+
[P3][H + ]
=
+
[P2]

Ks4 =

+
[P4][H + ]
+
[P3]

Ks5 =

+
[P5][H + ]
+
[P4]

K6 =

[P5- ][H + ]
+
[P5]

+
+
+
+
] + [P4] + [P5] + [P5- ] = [PT ]
[P + ] + [P-+ ] + [P2] + [P3-

A l'aide des 6 premires quations, exprimons les diffrentes formes en fonction de la forme
P +- et remplaons celles-ci dans l'quation de conservation :
[H + ] Ks2
Ks Ks Ks Ks Ks Ks Ks Ks K
Ks Ks Ks Ks Ks
+ + + 2+ 23 + 2 +3 3 4 + 2 3+ 44 5 + 2 3 +4 5 5 6 = [PT ]
(P3) [P +- ] 1 +
K1 [H ] [H ]
[H ]
[H ]
[H ]

Pour la valeur de pH de 3,15 ( [H + ] = 7 10-4 M ), les termes des contributions des diffrentes
+
+
+
formes P3, P4, P5et P5- sont ngligeables (pour le plus lev : 3%) et l'quation (P3) se
rduit :
[P

+
-]

[H + ] Ks2
1 + K + + = [PT ]
[H ]

+
Le calcul nous donne un pourcentage de la forme P +- de 64 % et pour les formes P + et P 2un pourcentage de 18 %.

Pourcentage des formes prpondrantes pH = 4,48


+

Reprenons le systme d'quations (S2), et calculons chacune des formes en fonction de P 4l'aide des six premires quations d'quilibre. En les remplaant dans l'quation de
conservation, on obtient :

_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 36 -

[H + ] Ks
[H + ]2 Ks K
[H + ]3
[H + ]4
+
[P 4] 1 + s + +3 + s s + 5+ 26 + s s s +
= [PT ] (P4)
K 2 K 3K 4 K1Ks2 Ks3Ks4
K 4 [H ] K 3K 4 [H ]

Les termes reprsentant les contributions des formes P5- , P +- et P + sont ngligeables ( 5%
prs pour le terme le plus lev) pour une valeur de pH de 4,48 ( [H + ] = 3,11 10-5 M ).
L'quation (P4) se simplifie en :
[H + ] Ks
[H + ]2
+
[P 4] 1 + s + +3 + s s = [PT ]
K 4 [H ] K 3K 4

Le calcul nous donne les valeurs suivantes :


+
+
+
= 15,4 %
P3= 35,6 %
P4= 36 %
P2-

+
P5= 13 %

La charge totale nette moyenne de ce peptide pH 4,48 est de -2,46.

4.4.

Dtermination de la structure d'un peptide

La dtermination de la structure primaire d'un peptide est conduite en deux tapes :


1) dtermination de la composition en aminoacides
2) dtermination de l'ordre des enchanements des rsidus
Ces deux tapes ont comme point commun l'hydrolyse de la liaison peptidique.

4.4.1. Hydrolyse de la liaison peptidique

La liaison peptidique est trs stable, son hydrolyse spontane est quasiment nulle.
Hydrolyse chimique complte
L'action de l'acide chlorhydrique (HCl) 6M sur un peptide, bullition pendant au moins 24
heures, aboutit un hydrolysat contenant les aminoacides avec toutefois les restrictions
suivantes :
- l'aminoacide acide tryptophane est entirement dtruit
- les amides (Asn, Gln) sont hydrolyses en ammoniac et acides correspondants (Asp, Glu)
- certains aminoacides (Tyr, Ser, Thr) peuvent tre partiellement dtruits (un temps
d'hydrolyse plus faible permet de rsoudre le problme).
Hydrolyse chimique spcifique
Certains ractifs hydrolysent une liaison peptidique avec une spcificit sur un des
aminoacides participant la liaison :
- le bromure de cyanogne (BrCN) hydrolyse la liaison peptidique du ct carboxyle de la
mthionine : cette dernire devient alors un rsidu C-terminal transform en rsidu
homosrine lactone
_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 37 -

- le 2-nitro-5-thiocyanobenzoate (NTCB) hydrolyse la liaison peptidique du ct amine de


la cystine.
Hydrolyse enzymatique
L'hydrolyse des liaisons peptidiques peut tre ralise par des enzymes protolytiques (ou
protases ou encore peptidases) qui sont des hydrolases. La spcificit principale de ce
groupe d'enzymes est l'hydrolyse des liaisons peptidiques.
Leur spcificit secondaire permet de les classer en deux groupes :
- exopeptidase
L'enzyme n'hydrolyse que la premire liaison peptidique (aminopeptidase) ou la dernire
liaison peptidique (carboxypeptidase) en librant l'aminoacide terminal. Bien videmment,
le processus recommence sur le peptide amput d'un aminoacide (un temps d'hydrolyse court
permet de librer un seul aminoacide).
aminopeptidase
H 2N

COOH
Carboxypeptidase

Certaines exopeptidases ont des spcificits secondaires particulires. Exemples :


Type

Nom

Source

leucine aminopeptidase rein de porc


aminopeptidase

Particularit
- sauf Pro

aminopeptidase M

rein de porc

aminopeptidase K

moisissure

- autres que basiques


- arrte par Pro

carboxypeptidase A

pancras de boeuf

- autres que basiques


- arrte par Pro

carboxypeptidase B

pancras de boeuf

carboxypeptidase C

feuille de citronnier

carboxypeptidase P

moisissure

carboxypeptidase

- sauf Ser et Gly

- endopeptidase
L'enzyme hydrolyse des liaisons peptidiques internes entre deux aminoacides i, (i+1). Il peut
tre spcifique du rsidu en position i ou (i+1). L'hydrolyse d'un peptide par une
endopeptidase donnera plusieurs fragments peptidiques : si on a m coupures (m liaisons
peptidiques hydrolyses), le peptide sera dgrad en (m+1) fragments peptidiques.

_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 38 -

H 2N

COOH
n

1
hydrolyse enzymatique

H 2N

2 coupures

COOH
i
H 2N
i+1

COOH
j
H 2N

j+1

fragments peptidiques
COOH
n

Exemples d'endopeptidases avec leurs spcificits :


Enzyme

Source

rsidu i

trypsine

pancras de boeuf

Arg, Lys

chymotrypsine

pancras de boeuf

Phe, Tyr, Trp

Sa protase

Staphylococcus
aureus

Asp, Glu

Fm protase

Flavobacterium
meningosepticum

Pro

thermolysine

Bacillus
thermoprotolyticus

rsidu (i+1)

particularit
sauf (i+1) = Pro

Ala, Val, Leu


Ile, Met

Remarque : on peut dire que la thermolysine est une endopeptidase spcifique des
aminoacides Ala, Val, Leu, Ile, Met avec une coupure du ct amino de la liaison peptidique.
Les autres enzymes sont spcifiques des aminoacides indiqus avec une coupure du ct
carboxyle de la liaison peptidique.

4.4.2. Dtermination de la squence

La dtermination de la structure primaire d'un peptide obit en gnral la stratgie suivante :


1) Identification des aminoacides terminaux
- l'extrmit N : on utilise en gnral le chlorure de dansyl et aprs hydrolyse chimique
complte du peptide, on identifie le dansyl-aminoacide (voir paragraphe 2.3.2). La prsence
de lysine dans le peptide va perturber cette mthode puisque la chane latrale de ce rsidu
porte un groupe -NH 2 qui ragira avec le DNS-Cl.
- l'extrmit C : on utilise en gnral une dgradation limite l'aide des carboxypeptidases
_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 39 -

2) Rsolution des problmes


- l'absence d'aminoacide terminal indiquera que ceux-ci ont t modifis et sont srement
cycliques ou semi-cycliques
- la prsence de ponts disulfure intra-chane posera des problmes quant la composition en
aminoacide. La rduction de ceux-ci par un thiol, suivie d'une alkylation supprimera les
problmes
- la prsence de plusieurs groupements N et C-terminaux indiquera que le peptide est form
de plusieurs chanes lies des ponts disulfure. La rduction de ceux-ci par un thiol, suivie
d'une alkylation, sparera les diffrentes chanes.
3) Dgradation des peptides en fragments
En utilisant les diffrentes mthodes de coupure de liaisons peptidiques qui fragmentent le
peptide et en rptant l'tape 1 (identification des aminoacides terminaux), on peut
positionner certains aminoacides dans la squence. En rptant le processus 3 et 1 de manire
itrative sur chacun des fragments, on peut arriver la dtermination complte de la structure
primaire du peptide original.

4.4.3. Dtermination de la squence : la dgradation rcurrente d'Edman

On a vu au paragraphe 2.3.2 la raction d'Edman avec l'aminoacide terminal : formation d'un


PTC-peptide pH 9. Par un changement de pH (lgrement acide), il y a cyclisation et
libration d'un driv PTH-aminoacide et d'un peptide amput de son aminoacide N-terminal.
En rptant ces cycles :
- action du PTC pH 9 pour donner un PTC-peptide
- puis libration du PTH-aminoacide par passage un pH acide, et du peptide (n-1) amput
du ct N-terminal,
on a, chaque cycle, la libration de l'aminoacide suivant dans la squence du peptide
original.
Des appareils (squenceur) sont capables d'effecteur ces cycles automatiquement. Toutefois
l'analyse est techniquement limite de squences dont le nombre d'aminoacides est infrieur
200.
Avec cette technique, il faudra rsoudre le problme d'aminoacides qui sont cycliss sur
l'aminoacide N-terminal.

4.4.4. Dtermination de la squence : technique rcente

On utilise de plus en plus la spectromtrie de masse (dviation d'une particule charge dans
un champ lectrique). Un spectromtre de masse est un appareil capable de mesurer avec
grande prcision le rapport masse/(charge lectrique) de molcules. Cette technique comporte
deux tapes :
_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 40 -

- le bombardement d'un peptide par des atomes "rapides" d'un gaz rare (argon ou xnon)
produit l'espce peptidique ionique (P,H)+ isole du milieu par un premier spectromtre,
- l'ion peptidique est ensuite bombard par des atomes neutres d'hlium qui provoquent des
ruptures partir des deux extrmits. Une srie de fragments est obtenue, et ces derniers sont
soumis une analyse par un second spectromtre de masse.
Les rsultats sont analyss et un traitement informatique reconstitue la squence primaire.
Cette technique ne peut analyser que des peptides d'environ 30 aminoacides, il faudra dans le
cas de peptides de nombre d'aminoacides suprieur les fragmenter.

4.5.

Les peptides d'intrt biologique

Les peptides participent la structure de membranes comme lments de construction, jouent


des rles importants dans des activits biologiques. En voici quelques exemples :

4.5.1. Peptides rle physico-chimique

Le glutathion (tripeptide Glu-Cys-Gly : liaison de Glu par le carbonyle ) joue un rle


central dans la dfense cellulaire contre le dioxygne et ses drivs actifs. C'est un couple
Red-Ox trs efficace contre les peroxydes :

peroxydes
agressifs
formes
rduites
inoffensives

O
2 G-SH
HO
G-S-S-G

SH

NH 2
-Glu

H
N

N
H

O
OH

O
Cys

Gly

Glutathion : G-SH

Citons un peptide synthtique trs employ comme dulcorant : l'aspartame. C'est un


dipeptide dont l'extrmit COOH est estrifie : aspartyl-phnylalanylmthylester

4.5.2. Peptides activit de mdiateur

Cette famille de peptides se retrouve dans les grandes de fonctions de communication dans le
systme endocrine, la transmission et la modulation nerveuses, la motricit des vaisseaux
sanguins, les ractions inflammatoires. Citons quelques exemples :
Les peptides hormonaux
- l'hypothalamus contient des neurones, fonction endocrine, qui scrtent 2 nonapeptides
activit hormonale :

_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 41 -

- l'ocytocine qui dclenche les contractions des muscles lisses (utrus pour
l'accouchement, glande mammaire pour la rjection du lait)
- la vasopressine : effet antidiurtique au niveau du rein (action hypertensive comme
mdicament)
- d'autres neurones produisent des peptides activateurs (librines) ou inhibiteurs
(inhibines) de la scrtion d'hormones par le lobe antrieur de l'hypophyse.
- le lobe antrieur de l'hypophyse biosynthtise et scrte de nombreuses hormones
peptidiques : citons l'ACTH (hormone adrnocorticotrope), polypeptide de 39 aminoacides.
- le pancras endocrine scrte :
- l'insuline, polypeptide form de deux chanes (une de 21 et une de 30 aminoacides),
qui rgule le mtabolisme du glucose (hypoglycmie)
- le glucagon, peptide de 29 aminoacides, qui provoque une augmentation de la
glycmie (hyperglycmie)
- la muqueuse duodnale produit la scrtine, peptide de 27 aminoacides, qui stimule le
pancras exocrine au cours de la digestion
Les neuropeptides
Ce sont deux familles de molcules, ligands de rcepteurs crbraux : la famille des
enkphalines et la famille des endorphines. Ces molcules participent au contrle de la
douleur. Elles contiennent le mme ttra peptide N-terminal (Tyr-Gly-Gly-Phe).
Les peptides vasomoteurs
Citons des peptides vasoconstricteurs :
- l'angiotensine II est un octapeptide
- les endothlines, dont la production est localise dans le tissu pulmonaire sont des
peptides de 21 aminoacides,
des peptides vasodilatateurs :
- l'oreillette du cur scrte une famille de peptides natriurtiques atriaux (ANP) qui
agissent au niveau rnal en augmentant la scrtion d'ions Na+ et dans la diurse (limination
d'eau) : chez l'homme, l'-ANP est un polypeptide de 28 aminoacides.
- la bradykinine est un hypotenseur libr lors d'une raction inflammatoire.
Les molcules de l'inflammation
Une agression tissulaire dclenche une raction de dfense d'abord locale : c'est la raction
inflammatoire dont les manifestations sont douleur, chaleur, rougeur et dme provoqus par
des molcules vasodilatatrices :
_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 42 -

- les amines histamine et srotonine, produits de dcarboxylation de l'histidine pour


l'histamine et de l'hydroxytryptophane pour la srotonine
- une famille de peptides : les kinines dont le prototype est la bradykinine qui est un
nonapeptide. Le venin de gupe contient un dcapeptide : la glycyl-bradykinine.

4.5.3. Peptides antibiotiques

Certains micro-organismes synthtisent des peptides, inhibiteurs de la synthse protique, qui


sont des "armes" de dfense et de colonisation. Ce sont des peptides cycliques et qui intgrent
des aminoacides D ou non-standard, proprits qui les protgent des dgradations
protolytiques.
Les peptides bactriens
On peut isoler de diffrentes souches de Bacillus :
- la famille des tyrocidines, dcapeptides cycliques comprenant une D-Phe et l'ornithine
(homologue 5 carbones de la lysine)
- la bacitracine A est un peptide 12 aminoacides dont trois appartiennent la srie D
(Glu, Asn, Phe) et dont un est un driv, l'ornithine.
Les peptides fongiques
La moisissure Penicillium produit la pnicilline qui est un dipeptide de deux drivs
d'aminoacides :

O
R

cycle
thiazolidine

C NH

liaison
peptidique

CH3
S
CH CH C
CH3
CH
C
N
O

Pnicilline
R dpend de la souche de Penicillium

COOH

4.5.4. Peptides immunomodulateurs

Le champignon micromycte Tolypocladium scrtent des mtabolites secondaires dont une


famille de peptides antifongiques, les cyclosporines, qui sont des immunosuppresseurs
utiliss dans les transplantations d'organes. Ils inhibent l'activation des lymphocytes T sans
affecter les autres systmes de dfense ni la moelle osseuse.
La cyclosporine A est un undcapeptide cyclique (11 aminoacides) comportant de nombreux
aminoacides atypiques :
- une alanine D
- 7 aminoacides N-mthyls : ce qui se traduit par 7 liaisons peptidiques modifies
_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 43 -

- un acide amin non-standard (en C9), spcifique des cyclosporines : 2-amino-3-hydroxyl4-mthyl-6octnoque

4.6.

La synthse peptidique

Spcialit trs technique, nous n'en dirons que quelques mots.


La synthse chimique doit intgrer les difficults suivantes :
- activation des carboxyles et blocage des groupes ractifs indsirables
- viter les problmes de racmisation
- limination des diffrents produits chaque tape.
Des synthtiseurs automatiques sont capables de produire des peptides jusqu' une centaine
d'aminoacides et cela en 4 5 jours. Une bactrie effectue une telle synthse en 4 5
secondes.
Les micro-organismes sont utiliss pour obtenir des peptides particuliers comme les
antibiotiques, les immunomodulateurs qui contiennent un aminoacide non-standard et des
cyclisations.

55.. LLeess pprroottiinneess


L'tude des protines et de leurs fonctions est la partie la plus importante de l'enseignement
de biochimie dans le second cycle. Aussi, nous nous limiterons quelques notions
structurales qui vous seront dveloppes ultrieurement.
Les protines, peptides de plus de 50-100 aminoacides, sont classes en deux groupes
principaux :
- les holoprotines qui ne sont constitues que d'aminoacides
- les htroprotines qui contiennent :
- un groupe prosthtique minral, mtallique ou organique
- une partie glucidique lie de manire covalente : glycoprotines
- une partie lipidique lie de manire covalente : lipoprotines
Les caractristiques spatiales des protines sont la cl de leurs fonctions. La structure des
protines est dfinie plusieurs niveaux :
- structure primaire : composition et squence des aminoacides
- structure secondaire : c'est une structure locale qui rend compte de l'organisation
spcifique d'un fragment d'aminoacides conscutifs dans l'espace
- structure tertiaire : c'est l'organisation spatiale complte des structures locales de la
molcule
- structure quaternaire : c'est l'organisation de protines oligomriques qui sont des
assemblages non covalent de sous-units (protomres)
_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 44 -

2.1.

Structure primaire

Elle est dfinie par la composition et l'enchanement des aminoacides dont la dtermination
peut se faire par :
- des mthodes directes
- des mthodes indirectes partir de la squence d'un ARN messager dont la traduction est
base sur le code gntique.

2.1.1. Mthodes directes

Les mthodes utilises sont celles qui sont dcrites dans le paragraphe 4.4 (Dtermination de
la structure d'un peptide). Les mthodes les plus utilises sont soit la dgradation rcurrente
d'Edman, soit la spectromtrie de masse. Toutefois celles-ci obligent utiliser des fragments
peptidiques d'une longueur infrieure 200 aminoacides pour la premire et 30 aminoacides
pour la seconde : il faut donc utiliser les techniques classiques pour obtenir des fragments
analysables comme l'hydrolyse de la protine par des enzymes protolytiques ou des
hydrolyses chimiques spcifiques avec BrCN ou NTCB.
Les problmes rencontrs seront identiques que ceux dj dcrits pour la dtermination de la
structure d'un peptide :
- prsence de ponts disulfure intra-chane ou inter-chane
- cyclisation de l'aminoacide N-terminal pour la mthode d'Edman

2.1.2. Les apports de la connaissance des structures primaires

Les bases de donnes de protines et les programmes informatiques disponibles permettent


partir de la structure primaire d'une protine d'tudier :
- des familles molculaires de protines
- des problmes d'volution molculaire
- de dterminer des "signatures" spcifiques de protines ayant la mme fonction, ce sont
des motifs o pour chaque position, on peut valuer la probabilit de prsence d'un ou
plusieurs aminoacides spcifiques.

2.2.

Structure secondaire

Cest l'arrangement, dans l'espace, de fragments courts de squences en 4 grands types de


forme. Les liaisons hydrogne potentielles que peuvent avoir les atomes d'oxygne (C=0) et
d'hydrogne (N-H) d'une liaison peptidique et l'impact de la gomtrie de la liaison
peptidique sur la structure locale sont trs importants.
_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 45 -

5.2.1. Les contraintes de la liaison peptidique

Cet impact sera double :


- la rigidit de la liaison peptidique conduira un squelette dfini et stable
- les liberts de rotation des atomes aux extrmits de cette liaison permettront la structure
locale d'adopter diffrentes conformations dans l'espace.
Plans de deux liaisons peptidiques

R
C

C
N

Les proprits de la liaison peptidique sont :


1) les atomes N, H, O, C sont coplanaires
2) l'angle ne prend que deux valeurs :
- 180 pour les C en trans
- 0 pour les C en cis
Distance en Amstrong :
C-N 1,33
C=O 1,23
N-C 1,45
C-C 1,52
N-H 1,0

L'angle didre est compt positivement quand on dplace dans le sens des aiguilles d'une
montre l'atome situ en avant pour qu'il se superpose l'atome situ en arrire (dans la
reprsentation de Newmann). Les angles et sont caractristiques de la gomtrie locale
des deux plans de liaisons peptidiques conscutifs
- : rotation autour de la liaison C-N
- : rotation autour de la liaison C-C

5.2.2. -hlice

C'est une structure locale rptitive et relativement compacte dont les caractristiques
principales sont :
- la structure est stabilise par les liaisons hydrogne de l'atome d'oxygne (C=0 d'une
liaison peptidique i avec l'atome d'hydrogne (N-H) de la liaison peptidique (i+4)
- les radicaux des rsidus sont l'extrieur de l'hlice, ce qui minimise les encombrements
striques
- l'hlice ne peut s'tablir qu'avec des rsidus de la mme srie (L ou D)
- la configuration L des aminoacides privilgie un enroulement droite (dans un
enroulement gauche, les chanes latrales recouvrent trop le squelette de l'hlice)
- les plans des liaisons peptidiques sont parallles l'axe de l'hlice et forment le squelette
de l'hlice.

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DEUG SV2 : les protines
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Caractristiques de l'hlice :
- pas : 0,54 nm par tour
- nb de rsidus par tour : 3,6
- translation par rsidu : 0,15 nm
- diamtre de l'hlice : 0,50 nm
- angles didre : = - 57 et = - 47
- la liaison hydrogne C=O--------N-H, d'une longueur de 0,286 nm, est presque
parallle l'axe de l'hlice

R
C i+5

O
O
R
i+3

H C N
C
H
R
N
i+4
H

pas

O,54 nm

C
O
R
i

Structure -hlice droite


pas : 0,54 nm
3,6 rsidus par tour
liaison hydrogne
entre O du C=O du rsidu i
et H du NH du rsidu (i +4)

NH

H C N
R
C
H i+1
N

sens du
peptide

Cette structure est favorise par les rsidus dont les chanes latrales ne portent pas de
charges et dont l'encombrement strique est faible.
Certains rsidus dstabilisent l'hlice par la prsence de charge dans leurs chanes latrales
(Asp, Glu, Arg et Lys).
La proline est un point de rupture d'une hlice pour deux raisons :
- il n'existe pas de NH pour une liaison hydrogne
- le cycle rigide pyrrolidone engag dans la liaison peptidique bloque la rotation, dtruisant
la continuit de l'hlice.

5.2.3. Feuillet

Les liaisons hydrogne des atomes d'oxygne (C=0) et d'hydrogne (N-H) d'une liaison
peptidique se rptent non plus sur une portion continue de la chane peptidique mais entre
des segments diffrents qui peuvent appartenir la mme chane ou des chanes diffrentes.
_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 47 -

Cette structure est une structure plat, tire et tale : feuillet pliss.
Le sens peptidique des deux brins adjacents peut tre identique ou contraire, les feuillets sont
respectivement dits parallles ou anti-parallles. Ces derniers sont plus stables, les liaisons
H subissant de plus faibles distorsions.
Les chanes latrales des rsidus se distribuent alternativement de part et d'autre du plan
moyen.
Les feuillets parallles et anti-parallles ont des caractristiques trs similaires :
- parallle
- translation : 0,32 nm
- angles didre : = - 119 et = 113
- anti-parallle
- translation : 0,34 nm
- angles didre : = - 139 et = 135
H
N

H
N

H
H
N

H
H

Structure en feuillet pliss


O

R
N

0,66 nm

brins parallles
H
N

H
N

N
H

N
O

N
H

H
O

H
O

R
H

OR

N
H

N
H

brins antiparallles
Une liaison peptidique sur deux ne participe pas une liaison hydrogne : cela implique que
nous pourrons avoir une structure en feuillet pliss, compose de plus de deux brins.

_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
- 48 -

1.1.4. Le coude

Certaines rgions protiques ne sont pas structures dans des conformations priodiques.
Toutefois leurs structures sont semblables par le fait qu'elles imposent un changement
brusque de direction de 180: on les appelle coude ou tour ( turn). La lettre rappelle
qu'ils sont indispensables pour des feuillets de chanes anti-parallles.
Cette structure peut tre ralise de diffrentes manires, toutefois on peut dire :
- c'est un court segment peptidique de 2 4 rsidus
- une ou deux liaisons hydrogne se forment entre le premier et le dernier rsidu du coude
- la configuration de la proline est telle qu'elle provoque un changement de direction et peut
donc tre presque elle seule un coude.
O
C
3

R3

R2

C
2

R4
N

C N
1
R1

Coude 4 rsidus

Liaison peptidique impliquant une proline


O
H
R

C
H
H
R
C N

C N
H C O
O
Conformation trans

Conformation cis

Dans le coude 4 rsidus, les rsidus R2 et R3 avec des chanes latrales portant des charges
favoriseront une telle structure (chanes latrales l'extrieur et interagissant avec l'eau). Les
rsidus R1 et R4 avec des chanes latrales de faible encombrement strique favoriseront
cette structure.

1.1.5. La pelote statistique

Certaines rgions protiques ne sont pas structures dans des conformations priodiques
comme l'-hlice ou le feuillet pliss : leur forme irrgulire est qualifie de pelote
statistique (random coil). Cette structure n'est pas pour autant inorganise, elle obit aux
contraintes locales de voisinage.

1.3.

Structure tertiaire

L'arrangement spatial des structures secondaires locales aboutit une forme globale
spcifique de la protine maintenue par des interactions qui peuvent tre de nature diffrente :
- liaison covalente : pont disulfure
- liaisons ioniques entre groupements chargs de signe oppos (pont salin)

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DEUG SV2 : les protines
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- interactions lectrostatiques entre diples permanents et groupements ioniss ou encore


entre deux diples : les plus rpandues sont les liaisons hydrogne
- attractions hydrophobes (force de Van der Waals entre groupes apolaires subissant des
forces de rpulsion par l'eau, ce qui favorise leur rapprochement)
- interactions des chanes latrales des rsidus avec le solvant : dans l'eau, les chanes
latrales polaires pourront tre exposes au solvant, alors que les chanes latrales apolaires
auront tendance "s'enfouir" dans des poches hydrophobes de la protine.
pont disulfure

Phe Val
Ile
Leu
Met

interactions
hydrophobes

O
O
N-terminal

O
+
NH3

H
O

liaison hydrogne
entre chanes latrales

C-terminal
pont salin
attraction lectrostatique
Les liaisons ou interactions entre chanes latrales des rsidus,
impliques dans la structure tertiaire des protines
La structure tertiaire d'une protine est le paramtre fondamental dont dpend l'expression de
ses fonctions biologiques qu'elles soient structurales ou dynamiques (protines des
membranes ou du cytosquelette ou etc, rcepteurs, enzymes, etc). Cette structure est trs
dpendante des interactions que nous venons de dcrire. Ces interactions subissent l'influence
du milieu dans lequel elles se trouvent (solvant, temprature, pH, force ionique, agents
dtruisant ces interactions, etc).
La conformation native de la protine est la structure tertiaire qui correspond celle qui
exprime sa fonction biologique dans les conditions physiologiques. Un traitement dtruisant
cette structure qui a pour consquence de supprimer sa fonction est appel dnaturation :
elle aboutit un tat plus dsorganis de la molcule.
L'tude des protines est la partie la plus importante de l'enseignement de deuxime cycle,
nous n'aborderons pas les relations structure-fonction, ni les proprits physicochimiques.
Avant de nous arrter, citons les deux grands types de structure des protines :
- protines fibreuses : elles forment des agrgats ordonns de protines qui sont en gnral
sous une unique conformation principale, soit -hlice (la kratine a est sous formes de

_______________________________________________________________________________
DEUG SV2 : les protines
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torsades de dimres en -hlice) ou feuillets plisss (les fibrones sont des empilements de
protines en feuillets plisss ).
- les autres protines sont dites globulaires : leurs structures tertiaires sont trs dpendantes
des interactions. Elles peuvent comprendre des motifs de structure -hlice ou feuillets
plisss . On les subdivise en groupes par rapport la dominance des motifs de structure
secondaire :
- protines domaine
- protines domaine
- protines / : elles comprennent des domaines et des domaines (les plus
nombreuses).

5.3.1. Mthodes de dtermination de structure tertiaire des protines

Les mthodes de dtermination de la structure tertiaire d'une protine les plus utilises et
performantes sont :
- analyse par diffraction aux rayons X de cristaux de protines : cette technique a t utilise
partir de 1937 et permit de dterminer des structures partielles (premires tudes sur
l'hmoglobine par Max PERUTZ). La premire rsolution complte de la structure d'une
protine (myoglobine de cachalot) 0,28 nm fut ralise par John KENDREW en 1968.
Depuis, des centaines de structures tertiaires de protines ont t rsolues.
- par rsonance magntique nuclaire (RMN), limite des fragments d'au maximum 80
100 rsidus.
D'autres mthodes prdictives, essentiellement informatiques, sont utilises. Elles sont bases
sur la comparaison de structure primaire d'une protine avec d'autres protines dont on
connat la structure tertiaire (banques de structure 3D).

5.4.

Structure quaternaire

C'est l'organisation des protomres qui dfinit la structure quaternaire d'une protine forme
de multimres. De manire trs succincte, indiquons que :
- l'association ou la dissociation des protomres permettent ces protines d'avoir des
fonctions de signalisation ou de contrle (l'enzyme protine-kinase dpendante de l'AMP
cyclique)
- l'interaction entre les protomres (sous-units) est un moyen trs prcis de rgulation :
phnomne coopratif de fixation de ligands, enzymes allostriques, rcepteurs
membranaires
- les isoformes des protines : elles ont les mmes fonctions, toutefois leur structure est
dpendante du tissu soit au niveau du nombre de protomres dans l'association soit une
diffrence au niveau du protomre.
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