Vous êtes sur la page 1sur 60

BIOPROCÉDÉS: 210-123-MA

THÈMES À EXPLORER

1ere PARTIE: STRUCTURES DE BASE DES ÊTRE VIVANTS


1. Les deux types de cellule (procaryote versus eucaryote)
2. L’anatomie d’une cellule eucaryote
2.1. Les organites dans le cytoplasme
2.2. La membrane cytoplasmique
3. La bactérie

2eme PARTIE: MÉTABOLISME & NUTRITION BACTÉRIENNE


1. Introduction
2. Le métabolisme (catabolisme/anabolisme)

18-08-26 A.BENFEDDA
3. La respiration cellulaire
3.1. Respiration aérobie
3.2. Réaction globale du glucose et bilan d’énergie
3.3. Le cycle de Krebs
3.4. La fermentation alcoolique et lactique.

3ème PARTIE: LE MICROSCOPE OPTIQUE PHOTONIQUE

18-08-26 A.BENFEDDA
1ÈRE PARTIE
STRUCTURES DE BASE DES ÊTRES VIVANTS

18-08-26 A.BENFEDDA
1. Les deux types de cellules

q Cellule Procaryote (avant noyau): comporte les éléments de base


d'une cellule vivante et dont le matériel génétique est libre dans le
cytoplasme. Ordre de grandeur: 1 < Ø < 10µm.

18-08-26 A.BENFEDDA
q Cellule Eucaryote (après noyau): cellule possédant des organites
dans son cytoplasme.

18-08-26 A.BENFEDDA
Classification biologique contemporaine

18-08-26 A.BENFEDDA
2. L’anatomie d’une cellule eucaryote

La cellule est une unité vivante qui a sa vie propre, c'est-à-dire qui a sa
propre homéostasie (biochimie), mais en même temps doit répondre
aux besoins de l'organisme, c'est-à-dire doit être réceptive.
Les cellules sont caractérisées par leur membrane, leur noyau et leur
cytoplasme (plasma parce que, initialement, les structures autres que le
noyau et le contour cellulaire n'étaient pas visibles).

Une cellule a un diamètre de 5 µm à 100 µm et contient environ un


milliard de molécules protéiques, constituant à peu près 60% de sa masse
sèche. On pense qu'il y a environ 10.000 types différents de protéines
dans une cellule.
Pour bien fonctionner, les cellules ont compartimenté leur processus
biochimiques dans le cytoplasme et ces compartiments sont les
organites cellulaires (ou organelles) .

18-08-26 A.BENFEDDA
L’anatomie d’une cellule

18-08-26 A.BENFEDDA
2.1. Les organites dans le cytoplasme.

Les organites ont leur anatomie fonctionnelle et ont leur processus


biochimiques propres. Selon leur fonction principale, les organites
interviennent dans les processus de synthèse ou de dégradation
métaboliques. Cette distinction arbitraire a l'intérêt de montrer le
dynamisme du métabolisme cellulaire. Les constituants sont soumis
à un renouvellement permanent qui permet à la cellule de répondre
au mieux aux sollicitations physiologiques.

18-08-26 A.BENFEDDA
Le noyau (organite de synthèse)
ü localisation et réplication
de l'information génétique (ADN),
ü synthèse des ARN (ARNm), ARNt)
et (ARNr).

18-08-26 A.BENFEDDA
La mitochondrie (organite de Synthèse).

ü cycle de l'acide citrique,


ü chaîne respiratoire
ü production d'ATP (source d'énergie)
ü Production de NAD(P)H

(Le nicotinamide adénine dinucléotide phosphate est un cofacteur d’oxydoréduction )

18-08-26 A.BENFEDDA
Le Réticulum Endoplasmique (RE) (organite de Synthèse).

ü synthèse des (glyco) protéines


et des lipides.
ü Réseau tubulaire qui agit comme
système de synthèse et transport
ü Formé par des membranes relié
au noyau
ü 2 types:
RE rugueux
RE lisse

18-08-26 A.BENFEDDA
L'appareil de Golgi (organite de Synthèse).

Poches membraneuses qui ressemble


à un empilement d’assiettes.
ü Impliquées dans le stockage des protèines,
ü l’emballage et le transport des protéines.

18-08-26 A.BENFEDDA
Le ribosome (organite de Synthèse): est un énorme complexe
ribonucléoprotéique permettant la traduction des ARNm en protéines.

18-08-26 A.BENFEDDA
Le lysosome ( organite de dégradation): C’est l’estomac de la cellule
ü dégradation des nucléotides, des protéines, des lipides et des
polysaccharides.

18-08-26 A.BENFEDDA
Les vacuoles (organite de transport chez les cellules végétales):
ü Contiennent de l’eau et d’autre substances
ü Utilisées pour stocker ou transporter les molécules.

18-08-26 A.BENFEDDA
Le cytosquelette (organite de structure):
ü Rôle dans la mobilité cellulaire (cils et flagelles)
ü Charpente de la cellule (maintien de sa forme)
ü résistance aux agressions physiques,
ü forme cellulaire, contraction musculaire.

18-08-26 A.BENFEDDA
2.2 La membrane plasmique
Les cellules sont entourées par la membrane plasmique qui est
essentiellement une barrière indispensable entre le cytoplasme et le
milieu extracellulaire.
La membrane plasmique est un film très fin constitué de molécules
protéiques (50% de la masse) et lipidiques (également 50% ).

18-08-26 A.BENFEDDA
Évaluation formative.: Questions à choix multiple.

1. Je suis l'organite qui stocke la matière que la cellule n'utilise pas immédiatement.
Le noyau
La vacuole
Le réticulum endoplasmique
La cytoplasme
2. Cet organite est gélatineux et baigne les autres organites cellulaires.
Le noyau
La vacuoles
Le réticulum endoplasmique
Le cytoplasme
3. Cet organite est le centre de contrôle de la cellule. Il possède l'ADN.
Le noyau
La vacuole
Le réticulum endoplasmique
Le cytoplasme

18-08-26 A.BENFEDDA
Évaluation formative.: Questions à choix multiple/suite

4. La mitochondrie est:
Le centre de contrôle de la cellule.
Responsable de la structure de la cellule.
Responsable de la production d'énergie de la cellule.
Le lieu de la photosynthèse chez la cellule végétale.
5. Les organites qui ne sont pas présentes chez les cellules animales sont :
Les vacuoles et les mitochondries
Les chloroplastes et les mitochondries
Les mitochondries et les ribosomes
Aucunes de ces réponses
6 . Les chloroplastes sont vertes grâce au :
Cytoplasme
Chlorophylle
Mitochondries
Membranes

18-08-26 A.BENFEDDA
Évaluation formative.: Questions à choix multiple/suite

7. Réseaux de tubes qui transportent les nutriments dans la cellule.


Réticulum endoplasmique.
Paroi cellulaire.
Membrane cellulaire
Vacuole.
8 .Le site de la photosynthèse :
Le cytoplasme
Le chloroplaste
Le protoplasme
Le noyau
9 .La cellule absorbe les nutriments et sécrète les déchêts grâce :
à la mitochondrie
à la membrane cellulaire
Au cytoplasme
Au noyau

18-08-26 A.BENFEDDA
Correction du QCM:

1. Je suis l'organite qui stocke la matière que la cellule n'utilise pas immédiatement.
La vacuole
2. Cet organite est gélatineux et baigne les autres organites cellulaires.
Le cytoplasme
3. Cet organite est le centre de contrôle de la cellule. Il possède l'ADN.
Le noyau
4. La mitochondrie est:
Responsable de la production d'énergie de la cellule.
5. Les organites qui ne sont pas présentes chez les cellules animales sont :
Aucunes de ces réponses
6 . Les chloroplastes sont vertes grâce au :
Chlorophylle
7. Réseaux de tubes qui transportent les nutriments dans la cellule.
Réticulum endoplasmique.
8 .Le site de la photosynthèse :
Le chloroplaste
9 .La cellule absorbe les nutriments et sécrète les déchets grâce :
à la membrane cellulaire

18-08-26 A.BENFEDDA
3. La Bactérie:

3.1. définition

Une bactérie est un être unicellulaire (procaryote) de petite taille, de


morphologie variable qui présente des caractéristiques propres.

La taille d’une bactérie varie entre 1 à 10 µm. Le poids d’une bactérie est
d’environ 10-12 g. Elle contient 70% d’eau. Rapporté au poids sec, une
bactérie est constituée de protéines (55%), de lipides (10%), de
lipopolysaccharides (3%), de peptidoglycane (3%), de ribosomes (40%),
d’ARN (20%) et d’ADN (3%).

18-08-26 A.BENFEDDA
3.2 les microorganismes hétérotrophes:
Se nourrissent de molécules organiques pour assurer leur développement.
Celles-ci servent en partie comme matériaux pour la synthèse de leurs
propres composés organiques (source de carbone) et en partie de carburant,
l’oxydation de ce dernier fournit l’énergie nécessaire à leur fonctionnement.
Cette catégorie de cellule est de loin la plus utilisée dans les bioprocédés
industriels. Les levures, les moisissures, les champignons
supérieurs et les cellules animales, sont des hétérotrophes.

3.3. Les microorganismes autotrophes:


Elles se nourrissent de substances inorganiques, leur source de carbone
étant le gaz carbonique (CO2). Par contre, ils doivent synthétiser les
différentes molécules organiques propres à la vie (glucides, lipides,
protéines, etc.) en ayant recours à une source d’énergie physique ou
chimique (inorganique) disponible dans leur environnement naturel; la
lumière est la source la plus utilisée, par la voie du processus de
photosynthèse. Les cyanobactéries et bactéries et les algues sont des
autotrophes .

18-08-26 A.BENFEDDA
Exemples de bactéries hétérotrophes:

La bactérie: Escherichia coli.


ü Espèce pathogène: microbes responsables de maladies ( tuberculose, la
coqueluche, la typhoïde, le choléra, le tétanos, la diphtérie,

18-08-26 A.BENFEDDA
Bactérie staphylococcus sp:
ü Espèces pathogènes: microbes responsables de maladies ( tuberculose, la
coqueluche, la typhoïde, le choléra, le tétanos, la diphtérie.

18-08-26 A.BENFEDDA
Bactérie streptomyces sp:
ü Espèces pathogènes: microbes responsables de maladies ( tuberculose, la
coqueluche, la typhoïde, le choléra, le tétanos, la diphtérie.

18-08-26 A.BENFEDDA
Bactérie bifidobactérium:
ü Espèces utiles: bactéries qui forment notre indispensable flore intestinale, qui
fermentent le yaourt, produisent le vinaigre ou décomposent les feuilles
mortes et les cadavres à la surface de la terre et dans toutes les eaux du globe.

18-08-26 A.BENFEDDA
Exemple de bactérie autotrophe:

Cyanobactérie: appelée communément algue verte.


ü Utiles pour le plancton marin
ü Fertilisant de sol

18-08-26 A.BENFEDDA
Évaluation formative
1. Légender la cellule suivante:

18-08-26 A.BENFEDDA
2. Questions à choix multiples.
La cellule :
a. constitue une unité commune uniquement aux eucaryotes
b. constitue une unité structurale mais non fonctionnelle
c. échange de la matière mais pas d’énergie avec son environnement
d. présente une organisation structurale et fonctionnelle commune chez tous les êtres vivants

Une cellule procaryote :


a. est une cellule compartimentée
b. a pour matériel génétique un chromosome contenu dans un noyau
c. possède un cytoplasme
d. ne présente pas de métabolisme intracellulaire

L’activité métabolique intracellulaire :


a. est contrôlée par le patrimoine génétique
b. n’est pas contrôlée par les conditions du milieu
c. est contrôlée uniquement par le noyau
d. n’est sous aucun contrôle .
Important: Pour d’autres exercices sur la cellule, allez au site
Cellule.ccdmc.qc.ca
Répondez aux questions sur l’anatomie cellulaire dans la rubrique activités,

18-08-26 A.BENFEDDA
2ÈME PARTIE
MÉTABOLISME ET NUTRITION MICROBIENNE

18-08-26 A.BENFEDDA
I. Introduction
Pour assurer sa croissance ou sa survie, un microorganisme doit trouver
dans son environnement de quoi satisfaire ses besoins nutritifs: sources
d’énergie, de carbone, d'azote, etc...

Ces éléments doivent être apportés dans un milieu où règnent des


conditions physico- chimiques favorables (température, pH, pression
osmotique, etc...).

2. Le métabolisme
C’est l'ensemble des réactions biochimiques mises en jeu par un organisme
pour permettre sa croissance (voir diapo suivant).
Les réactions métaboliques peuvent être classées en deux catégories:
- celles qui produisent de l’énergie: catabolisme.
- celles qui consomment de l’énergie: anabolisme ou biosynthèse.

18-08-26 A.BENFEDDA
18-08-26 A.BENFEDDA
On définit deux types d’énergie:

énergie lumineuse: phototrophie.


énergie chimique : chimiotrophie.
Cette énergie est stockée dans des liaisons chimiques comme l’ATP
(Adénosine TriPhosphate).

(ATP)
(GTP: coenzyme: Guanosine Triphosphates)

18-08-26 A.BENFEDDA
18-08-26 A.BENFEDDA
Synthèse et Utilisation de l’ATP

18-08-26 A.BENFEDDA
3. La respiration cellulaire: la dégradation du glycose
La respiration cellulaire est une réaction chimique d'oxydo-
réduction qui fournit l'énergie nécessaire à une cellule pour
fonctionner.
Une espèce chimique (atome, molécule, ion) qui capte un ou
plusieurs électrons est un oxydant.
Une espèce chimique qui donne un ou plusieurs électrons est un
réducteur.
Quand un réducteur perd des électrons, il s'oxyde.
Quand un oxydant capte des électrons, il se réduit.
Exemple:

18-08-26 A.BENFEDDA
3.1. Respiration aérobie

La respiration cellulaire aérobie nécessite :


ü un carburant : glucose, acides gras ou autres molécules
organiques (acides aminés, corps cétoniques).
chez les animaux, il provient de la digestion et est amené par la
circulation sanguine;
ü un comburant : l'oxygène
dans le cas des humains, il est extrait de l'air par la ventilation
pulmonaire et est amené à la cellule par la circulation sanguine, fixé sur
l'hémoglobine des hématies (globules rouges).

18-08-26 A.BENFEDDA
3.2. La réaction globale du glucose

Cette réaction globale se fait en cinq étapes qui permettent de libérer


graduellement l'énergie contenue dans le glucose :

ü la glycolyse (dégradation du glucose en pyruvate) qui produit de l'ATP


et du NADH + H+ (nicotinamide adénine dinucléotide réduite)
ü l'oxydation du pyruvate en acétyl-CoA et du CO2 qui produit du
NADH

18-08-26 A.BENFEDDA
ü le cycle de Krebs où l’acétyl-CoA est dégradé en CO2 qui produit de
l'ATP, du NADH + H+ et du FADH2 (Coenzyme Q réduite).

ü la chaîne de transport d’électrons où les molécules de NADH + H+


et de FADH2 cèdent leurs électrons (oxydation) à une série de complexes
membranaires. Le transport des électrons à travers ces complexes
permet de pomper des protons à travers la membrane ce qui produit un
potentiel électrochimique (une force proton-motrice).

ü les électrons aboutissent sur l'oxygène (O2) qui est réduit et s'associe
à des protons pour produire de l’eau.

18-08-26 A.BENFEDDA
Processus global de la respiration cellulaire

18-08-26 A.BENFEDDA
Glycolyse

ü La glycolyse se déroule dans le cytosol de la cellule. Elle transforme le


glucose (sucre à 6 carbones) en deux molécules de pyruvate (sucre à 3
carbones) qui seront par la suite transformées soit par le cycle de
Krebs (en aérobiose), soit par fermentation (en anaérobiose).

ü La glycolyse ne nécessite pas d'oxygène. Au cours de ce processus,


on assiste à des réactions d'oxydoréduction au cours desquelles un
accepteur d'électrons (coenzyme NAD) est réduit :

18-08-26 A.BENFEDDA
ü Le NAD+ est une forme oxydée, il a une charge + puisqu'il a un
électron de moins.
ü Le NAD+ capte les électrons et l'hydrogène du glucose grâce à des
enzymes qui s'appellent des déshydrogénases.

ü Mais plutôt que de devenir le NAD en captant un seul électron, ces


enzymes vont retirer une paire d'atomes d'hydrogène (2H) du glucose.
ü Or un atome d'hydrogène contient 1 électron et 1 proton.
ü Donc, 2H équivaut à 2 électrons et 2 protons.

NAD+ + 2 H+ + 2 é → (NADH + H+)

18-08-26 A.BENFEDDA
ü Chaque NADH formé pendant la respiration cellulaire représente une
petite réserve d'énergie.
Le NADH est seulement riche en énergie mais il ne la stocke pas. Il
"donnera", plus tard au cours de la respiration cellulaire, son énergie à
l'ATP.

18-08-26 A.BENFEDDA
La Glycolyse: Phase investissement de l’énergie

18-08-26 A.BENFEDDA
La Glycolyse: phase libération de l’énergie

18-08-26 A.BENFEDDA
Bilan de la glycolyse

18-08-26 A.BENFEDDA
Le pyruvate produit dans le cytosol lors de la glycolyse entre dans la
mitochondrie par transport actif. Il y est transformé en acétyl-coenzyme A
par trois enzymes. La première réaction biochimique retire la fonction
carboxyle et libère une molécule de CO2. La seconde réaction transfert
des électrons au NAD+ qui devient du NADH + H+. La troisième étape
ajoute un coenzyme A qui rend l'acétyl-CoA très réactif. L'acétyl-CoA
alimentera le cycle de Krebs.

18-08-26 A.BENFEDDA
le Cycle de Krebs

ü Le cycle de Krebs ou cycle de l'acide citrique (citrate) est au centre du


métabolisme cellulaire.
ü Le cycle de Krebs se déroule donc dans la matrice de la mitochondrie en
aérobiose.
ü Il comprend huit étapes, qui sont toutes catalysées par une enzyme
spécifique.
ü Le pyruvate subit aussi une décarboxylation (retrait des atomes de
carbone) totale qui conduit à la libération de dioxyde de carbone, déchet
de la respiration.
ü Une fois dégradé par la glycolyse, le glucose en pyruvate est transformé
en acétylcoenzyme A (acétylCoA) et oxaloacétate.
ü Ces deux composés sont le point de départ du cycle de Krebs.

18-08-26 A.BENFEDDA
18-08-26 A.BENFEDDA
Transport d’électrons et chimiosmose

18-08-26 A.BENFEDDA
LA FERMENTATION
ü En l’absence de dioxygène, plusieurs types de cellules font appel à la
fermentation pour produire de l’ATP par phosphorylation au niveau du
substrat. L’acétaldéhyde (fermentation alcoolique) et le pyruvate
(fermentation lactique) servent d’accepteurs d’électrons dans l’oxydation
du NADH + H+ en NAD+.
Le NAD+ peut être employé de nouveau pendant la glycolyse. (a) L’éthanol
et (b) le lactate, la forme ionisée de l’acide lactique, sont deux des
principaux produits de la fermentation.

18-08-26 A.BENFEDDA
Il existe plusieurs types de fermentation, notamment la fermentation
alcoolique et la fermentation lactique. Ils se distinguent par les sous-
produits formés à partir du pyruvate.

La fermentation alcoolique:
le pyruvate est converti en éthanol, en deux étapes.
Dans la première étape, du dioxyde de carbone est enlevé au pyruvate ;
celui-ci devient de l’acétaldéhyde, un composé à deux atomes de carbone.
Au cours de la seconde étape, le NADH + H+ réduit l’acétaldéhyde en
éthanol, régénérant ainsi le NAD+ nécessaire à la glycolyse.
Beaucoup de bactéries réalisent la fermentation alcoolique dans des
conditions anaérobies.

18-08-26 A.BENFEDDA
Les levures (qui appartiennent au règne des Eucaryotes) peuvent également
réaliser la fermentation alcoolique. Depuis des milliers d'années, les
humains utilisent des levures pour fabriquer de la bière, du vin et du pain.
Outre l'alcool, les levures produisent du CO2, sous forme de bulles qui
s’accumulent dans la pâte et font lever le pain, ou qui engendrent
l’effervescence de vins comme le champagne.

la fermentation lactique :
Le pyruvate se fait réduire directement par le NADH+ , H+ : du lactate est
ainsi formé sans libération de dioxyde de carbone.
(Le lactate est la forme ionisée de l’acide lactique.)
Dans l’industrie laitière, la fermentation lactique due à des levures et à des
bactéries donne des fromages et du yogourt.

18-08-26 A.BENFEDDA
LE MICROSCOPE OPTIQUE
(PHOTONIQUE)

18-08-26 A.BENFEDDA
1. Introduction
Le microscope optique est un instrument d'optique muni d'un système objectif
et d'un système habituellement binoculaire qui permet de grossir l'image d'un
objet de petites dimensions (ce qui caractérise son grossissement) et de séparer
les détails de cette image (et son pouvoir de résolution) afin qu'il soit observable
par l'œil humain.

Il est utilisé en biologie cellulaire, pour observer les cellules, les tissus, en
pétrographie pour reconnaître les roches, en métallurgie et en métallographie
pour examiner la structure d'un métal ou d'un alliage. Il comprend des parties
mécaniques d'une très grande précision et des optiques tout aussi fragiles.

Un système microscopique est constitué d'un


objectif et d'un oculaire, permettant de résoudre le problème des conjugaisons
pupillaires (suppression du vignettage par la pupille de l'oeil qui peut ici être
placée sur la pupille de sortie du microscope) et celui de la correction des
aberrations de champ (système global “épais” constitué de plusieurs lentilles ou
multiplets).

18-08-26 A.BENFEDDA
2. Parties composantes du microscope :
A. Parties mécaniques
[1]. La potence
[2]. Pied ou socle
[3]. Platine
[4]. Vis macrométrique
[5]. Vis micrométrique
[6]. Vis de déplacement avant-arrière
[7]. Vis de déplacement latéral
[8]. Vis du condenseur
(déplacements haut-bas)
B. Parties optiques
[9]. Oculaire
[10]. Port-oculaire
[11]. Revolver
[12]. Objectifs
[13]. Préparation (lame)
[14]. Condenseur
[15]. Diaphragme
[16]. Lampe
[17]. Interrupteur

18-08-26 A.BENFEDDA
3. Utilisation du microscope optique:

- Placer correctement le microscope devant soi, travailler assis, les coudes posés sur
la table.
- Vérifier que le petit objectif (x10) est en place et bien enclenché.
- Allumer l’éclairage.
- Placer la préparation microscopique (lame) sur la platine; positionner l’objet à
étudier dans le cône de lumière. La lame se glisse sur la platine, comprise par les
valets, de telle façon que la partie que nous désirons observer, soit au dessus et
placée au milieu du trou central.
- Faire la mise au point grossière en tournant la vis macrométrique puis ajuster
finement avec la vis micrométrique.
- Dans la préparation microscopique, rechercher puis centrer une zone favorable à
l’observation demandée.
- Adapter l’intensité de la lumière en jouant sur la commande du diaphragme.
- Passer à un grossissement supérieur si nécessaire: sans descendre la platine ;
tourner la tourelle revolver avec précaution (surtout avec le gros objectif x40)
jusqu'à encliqueter l’objectif. Retoucher la mise au point: pour les objectifs x20 et
x40, n’utiliser que la vis micrométrique pour ne pas casser lame et lamelle !
- A chaque changement de grossissement, refaire le centrage de la préparation et le
réglage de la lumière.

18-08-26 A.BENFEDDA
Exercice d’application.
Légendez le schéma du microscope suivant:

18-08-26 A.BENFEDDA