SCD3 Statistique 2014–2015

TP : Modèles linéaires généralisés

1 Présence des oiseaux dans les prairies
1.1 Présentation du problème
Certaines espèces d’oiseaux constituent des indicateurs de biodiversité. Leur présence
peut également présenter un atout touristique important. C’est pourquoi, nous nous
intéressons à leur présence/absence.
La présence ou l’absence d’oiseaux dans les prairies est déterminée par plusieurs facteurs,
notamment par les caractéristiques de leur habitat comme l’intensité du pâturage ou la
surface en eau. Nous nous intéressons ici à la modélisation de l’influence d’une variable
caractérisant la prairie qui est la hauteur d’herbe, sur la présence d’une espèce d’oiseau
dans les prairies du Marais Poitevin. L’espèce d’oiseau considérée ici est le chevalier
gambette (Tringatotanus), un échassier vivant dans les prairies humides et les marais.
L’objectif est d’établir un modèle et de l’étudier afin de déterminer la probabilité de
présence de ces oiseaux en fonction de la hauteur d’herbe.

1.2 Descriptif des données

Les données (oiseaux.txt) sont établies pour 424 sites-années correspondant à des prairies
localisées en France dans le Marais Poitevin. Une mesure moyenne d’hauteur d’herbe
(HauteurHerbe), en cm, correspond à la moyenne de 50 mesures par prairie, soit env-
iron 20 mesures par hectare. Les mesures de présence/absence (Presence) de chevalier
gambette, sur chaque site-année, ont été réalisées au stade d’incubation de l’oiseau; on
observe chaque prairie à la jumelle binoculaire ou au télescope tous les 10 jours à une
distance généralement supérieure à 150 m.

1.3 Démarche
Etude descriptive Après avoir importé les données dans R (read.table), on pourra
découvrir les données et leur caractéristiques (str, summary), faire des représentations
graphiques (plot, boxplot, hist) et commenter.

Modèle Choisir un modèle qui permet d’expliquer la présence/absence des oiseaux en

fonction de la hauteur d’herbe. Avant d’écrire la commande R (glm) associée au modèle
choisi, ce dernier doit être rigoureusement écrit sous forme mathématique.

Interprétation des sorties Soit glm.oiseaux le modèle sous R. Les fonctions R per-
mettant d’obtenir les paramètres estimés et les tables d’analyse de déviance sont sum-
mary(glm.oiseaux), anova(glm.oiseaux,test="Chisq") et Anova(glm.oiseaux).

Conclusion

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2 Développement de plantes dans différents lieux

2.1 Présentation du problème
On souhaite expliquer le nombre d’espèces de plantes qui se développent dans différents
lieux en fonction de la biomasse de ces lieux et du pH du sol.
Plus précisément, on se demande si la pente de la relation entre le nombre d’espèces et
la biomasse dépend du pH.

2.2 Descriptif des données

Les données sont prélevées sur 90 lieux. On dispose du nombre d’espèces d’arbres
(Species), d’un indicateur du pH du sol (pH) qui a trois modalités qui sont fort, moyen
et faible (high,mid,low), et de la valeur de la biomasse (Biomass).

2.3 Démarche
Les grandes lignes de la démarche à suivre sont les mêmes que celles présentées dans la
section précédente.

3 Bilan énergétique chez les lézards

3.1 Présentation du problème
On s’intéresse aux facteurs jouant sur la balance énergétique des lézards qui peut-être
évaluée en mesurant la proportion de lézards d’une espèce chassant le ventre vide.
L’objectif est alors d’expliquer le nombre de ces derniers par leur classe phylogénétique,
leur stratégie de recherche de nourriture et leur période d’activité.

3.2 Descriptif des données

Pour 125 espèces de lézards à travers le monde, les chercheurs ont prélevé un certain
nombre d’individus (Noguts) et mesuré le nombre de ceux qui avaient le ventre vide
(Noempty). Pour chaque espèce, on a noté, sa position dans une classification en trois
classes de la phylogénie des lézards (CladeI), sa stratégie de recherche de nourriture
(Foraging = SW pour sit-and-wait ou WF pour wide-foraging) et sa période d’activité
(Timeofactivity = D pour diurne et N pour nocturne).

3.3 Démarche
Les grandes lignes de la démarche à suivre sont les mêmes que précedemment.

Le compte rendu de ce TP est à rendre pour le vendredi 9 janvier (par mail à votre
enseignante). Il est à réaliser en binôme et ne devra pas dépasser 10 pages, soit 5 pages
recto-verso.

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